单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-11-14	Cellular-resolution gene expression mapping reveals organization in the head ganglia of the gastropod, Berghia stephanieae 2024-06, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25628 PMID:38852042	研究论文	本文通过结合高通量单细胞RNA测序和原位杂交链反应，在海蛞蝓Berghia stephanieae中识别和可视化了细胞类型的标记基因表达	首次在海蛞蝓中进行细胞分辨率的基因表达图谱绘制，揭示了神经元和胶质细胞的分子标记及其在神经节中的组织结构	仅限于海蛞蝓Berghia stephanieae，未涵盖其他软体动物	揭示软体动物神经系统中神经元和胶质细胞的基本细胞组织结构	海蛞蝓Berghia stephanieae的头部神经节	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、原位杂交链反应	NA	基因表达数据	多个神经元和胶质细胞样本
42	2024-11-13	Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing 2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597786 PMID:38895367	研究论文	研究描述了在骨折愈合过程中，感觉神经元如何介导骨骼再生，并确定了神经源性信号在骨折修复中的关键作用	首次详细描述了感觉神经元在骨折愈合中的神经解剖学通路，并揭示了神经源性FGF9在骨折修复中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用可能受限	探讨感觉神经元在骨折愈合中的作用机制，并确定关键的神经源性信号	小鼠的长骨骨折及其愈合过程	神经科学	骨折	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	6648个背根神经节神经元
43	2024-11-13	Identifying gene expression programs in single-cell RNA-seq data using linear correlation explanation 2024-06, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2024.104644 PMID:38631462	研究论文	本研究使用线性相关解释（linear CorEx）方法，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据识别与细胞表型和活动程序相关的基因表达程序（GEPs）	本研究首次应用线性CorEx方法，通过总相关优化函数在模拟和真实scRNA-seq数据中推断GEPs，并展示了其在识别细胞类型和活动程序方面的优越性能	本研究主要集中在模拟和特定物种的scRNA-seq数据上，未来需要在更多物种和数据集上验证其通用性	旨在通过scRNA-seq数据推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义GEPs	单细胞RNA测序数据中的基因表达程序	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性CorEx	基因表达数据	包括模拟数据和来自小鼠齿状回及胚胎结肠发育的真实scRNA-seq数据
44	2024-11-11	Ephrin Forward Signaling Controls Interspecies Cell Competition in Pluripotent Stem Cells 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.02.597057 PMID:38895424	研究论文	研究探讨了在小鼠和人类多能干细胞共培养中，Ephrin A配体在小鼠细胞中如何通过信号传导导致相邻的人类细胞死亡的机制	开发了一种跨物种细胞接触报告系统，揭示了Ephrin A配体在跨物种多能干细胞竞争中的关键作用	NA	阐明跨物种多能干细胞竞争在早期胚胎发生中的关键机制，并为在动物中生成人类化组织或器官开辟新途径	小鼠和人类多能干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
45	2024-11-10	FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium 2024-Jun-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174888 PMID:38916962	研究论文	研究探讨了纤维母细胞生长因子受体（FGFRs）在囊性纤维化（CF）气道上皮细胞衰老中的作用	首次揭示了FGFRs和MAPK p38信号通路在CF气道上皮细胞衰老中的作用，并提出了通过抑制FGFRs来减轻细胞衰老的治疗策略	研究主要基于体外模型和动物模型，尚未在人体中验证其有效性	探讨FGFRs在CF气道上皮细胞衰老中的作用及其对黏液纤毛清除功能的影响	囊性纤维化患者的气道上皮细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括非CF和CF捐赠者的原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系以及Cftr-/-大鼠
46	2024-11-09	Early Injury Landscape in Vein Harvest by Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Jun-21, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323939 PMID:38808504	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应	首次应用单细胞和空间转录组学技术研究静脉病理，揭示了静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应及其分子机制	研究仅在犬模型中进行，结果的普适性需进一步验证	阐明静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应，识别潜在的治疗靶点	静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应及其分子机制	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	4只犬
47	2024-11-09	Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments 2024-Jun-01, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09665-5 PMID:38824268	研究论文	研究了异质性肿瘤相关巨噬细胞在三种乳腺癌亚型中的机制，通过单细胞RNA测序和体外实验的整合	揭示了异质性肿瘤相关巨噬细胞在不同乳腺癌亚型中的作用机制，并通过特定的配体-受体对调控下游通路	NA	阐明肿瘤相关巨噬细胞在三种乳腺癌亚型中的作用	三种乳腺癌亚型（三阴性乳腺癌、腔内型和HER2型）中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种乳腺癌细胞系（MDA-MB-231、MCF-7和SKBR3）和巨噬细胞
48	2024-11-08	Elucidating the role of liver enzymes as markers and regulators in ovarian cancer: a synergistic approach using Mendelian randomization, single-cell analysis, and clinical evidence 2024-06-24, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00642-4 PMID:38915066	研究论文	研究肝酶作为卵巢癌标志物和调节因子的作用，通过孟德尔随机化、单细胞分析和临床证据的协同方法	首次通过孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶与卵巢癌的因果关系，并提出它们作为保护因子的作用	研究主要基于基因组关联研究和单细胞数据，缺乏大规模临床试验验证	探讨肝酶与卵巢癌的关联，验证其作为生物标志物的潜力及其在卵巢癌中的机制	碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转移酶等肝酶，以及卵巢癌细胞和组织	NA	卵巢癌	孟德尔随机化、单细胞转录组学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	283个单核苷酸多态性位点和209个与碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶相关的单核苷酸多态性位点，以及卵巢癌患者和健康个体的样本
49	2024-11-08	SARS-CoV-2 infection modifies the transcriptome of the megakaryocytes in the bone marrow 2024-06-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012367 PMID:38522092	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2感染对骨髓中巨核细胞转录组的影响	首次揭示了SARS-CoV-2感染在系统性炎症期间对骨髓巨核细胞转录组的显著影响，并发现这些变化与细胞靠近窦状血管的距离无关	研究仅限于小鼠模型，未检测到SARS-CoV-2 RNA在骨髓中的存在	探究SARS-CoV-2感染是否会影响骨髓中巨核细胞的转录组	骨髓中的巨核细胞	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	机器学习	转录组数据	健康小鼠和COVID-19小鼠的骨髓巨核细胞
50	2024-11-08	Development of novel lysosome-related signatures and their potential target drugs based on bulk RNA-seq and scRNA-seq for diabetic foot ulcers 2024-06-11, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00629-1 PMID:38862997	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了与糖尿病足溃疡（DFU）相关的1393个差异表达基因（DEGs），并利用机器学习算法筛选出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并验证了其诊断性能。此外，通过靶向这些标志物，发现了latamoxef、parthenolide、meclofenoxate和lomustine作为潜在的抗DFU药物。	本研究首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据结合机器学习算法，识别出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并发现了潜在的抗DFU药物。	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此结果的临床应用仍需进一步验证。	识别糖尿病足溃疡（DFU）的新型分子标志物和潜在治疗药物，以改善DFU患者的预后和降低致残率。	糖尿病足溃疡（DFU）及其相关分子标志物和治疗药物。	数字病理学	糖尿病	RNA-seq	人工神经网络	RNA序列	NA
51	2024-11-02	Remodeling of anti-tumor immunity with antibodies targeting a p53 mutant 2024-06-18, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01566-1 PMID:38886748	研究论文	开发针对p53突变体的单克隆抗体，并通过脂质纳米颗粒递送，以重塑抗肿瘤免疫反应	首次开发出针对p53热点突变E285K的单克隆抗体，并通过脂质纳米颗粒递送，显示出强大的抗肿瘤效果	研究主要集中在体外和体内实验，尚未进行临床试验	探索针对p53突变体的精准治疗策略	p53突变体及其在肿瘤中的作用	癌症研究	癌症	单细胞测序（scRNA-seq）	单克隆抗体（mAbs）	蛋白质	NA
52	2024-10-30	iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 2024-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03289-5 PMID:38844966	研究论文	本文介绍了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合图像和分子数据进行空间转录组学分析	iIMPACT方法通过结合AI重建的组织学图像和基因表达测量的空间上下文，识别和定义基于组织学的空间域，并检测域特异性差异表达基因	NA	提高空间转录组数据聚类分析的准确性和可解释性	空间转录组数据和组织学图像	数字病理学	NA	AI重建技术	NA	图像和基因表达数据	多个案例研究
53	2024-10-26	Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes 2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599799 PMID:38948852	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，识别了在少突胶质细胞中协同调控基因表达的转录因子	本文首次通过深度学习模型预测转录因子对目标基因表达的影响，并计算了转录因子重要性和转录因子间相互作用得分	实验验证仅限于部分转录因子对，且使用的是大鼠外周神经的ChIP-seq数据	研究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达	少突胶质细胞及其相关基因和转录因子	基因组学	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、ChIP-seq	深度学习模型	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量
54	2024-10-26	Noninvasive assessment of the lung inflammation-fibrosis axis by targeted imaging of CMKLR1 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9817 PMID:38896611	研究论文	本文验证了CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的准确性	首次证明了CMKLR1在单细胞RNA测序数据中的表达作为巨噬细胞的瞬时标志物，并展示了其在小鼠模型中作为PET成像靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	验证CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴的成像生物标志物的准确性	CMKLR1在肺部炎症-纤维化轴中的作用及其作为成像生物标志物的潜力	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描(PET)	NA	RNA测序数据	小鼠模型和IPF患者样本
55	2024-10-26	SUB1 promotes colorectal cancer metastasis by activating NF-κB signaling via UBR5-mediated ubiquitination of UBXN1 2024-Jun, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2429-5 PMID:38240906	研究论文	研究探讨了SUB1通过激活NF-κB信号通路促进结直肠癌转移的机制	首次揭示了SUB1通过UBR5介导的UBXN1泛素化激活NF-κB信号通路，从而促进结直肠癌转移	NA	探讨SUB1在结直肠癌转移中的作用及其分子机制	SUB1、UBR5、UBXN1及其在结直肠癌转移中的作用	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA	NA
56	2024-10-24	Global trends of single cell sequence associated in cancer from 2011 to 2024: A bibliometric analysis 2024-Jun-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32847 PMID:38975217	meta-analysis	本文通过文献计量分析探讨了2011年至2024年间与癌症相关的单细胞测序研究的趋势和前沿	本文首次通过文献计量分析方法，系统地总结了单细胞测序在癌症研究中的应用趋势和前沿	本文主要依赖于文献计量分析，未涉及具体的实验数据或技术细节	探索基于单细胞测序的癌症分子和临床病理特征，揭示肿瘤间异质性，并为癌症的早期诊断、治疗和预后分析提供新思路	2011年至2024年间发表的与癌症相关的单细胞测序研究	digital pathology	NA	单细胞测序	NA	文本	6189篇文章
57	2024-10-24	Positionally distinct interferon stimulated dermal immune acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.24.600500 PMID:38979312	研究论文	研究探讨了Sweet's综合征中位置特异性的干扰素刺激的真皮免疫作用成纤维细胞促进中性粒细胞招募的机制	首次揭示了Sweet's综合征皮肤样本中显著的干扰素特征，并发现这种特征在其他中性粒细胞性皮肤病中减少	研究主要基于单核和批量转录组学分析，缺乏对活体组织的直接观察	探讨Sweet's综合征中中性粒细胞浸润的机制	Sweet's综合征患者的皮肤样本和培养的初级人真皮成纤维细胞	NA	Sweet's综合征	单核和批量转录组学、单分子分辨率空间转录组学	NA	转录组数据	包括Sweet's综合征患者的皮肤样本和培养的初级人真皮成纤维细胞
58	2024-10-24	Medulloblastoma Spatial Transcriptomics Reveals Tumor Microenvironment Heterogeneity with High-Density Progenitor Cell Regions Correlating with High-Risk Disease 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.25.600684 PMID:38979174	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了十六例儿童髓母细胞瘤样本，揭示了肿瘤微环境的异质性及其与高风险疾病的关系	首次在空间背景下分析髓母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示了高密度静止祖细胞区域与高风险疾病特征的相关性	样本量相对较小，且仅限于儿童髓母细胞瘤	探讨髓母细胞瘤肿瘤微环境的异质性及其与疾病进展和治疗反应的关系	十六例儿童髓母细胞瘤样本及其肿瘤微环境	数字病理学	神经系统肿瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	十六例儿童髓母细胞瘤样本，包括两对诊断-复发匹配样本
59	2024-10-24	Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601034 PMID:38979245	研究论文	本文介绍了一种名为细菌-MERFISH的高通量空间转录组学方法，用于研究细菌在复杂环境中的单细胞行为	结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光杂交（MERFISH）技术，创建了细菌-MERFISH方法，克服了细菌mRNA密度过高的问题	NA	开发一种新的空间转录组学方法，以研究细菌在复杂环境中的单细胞行为	细菌在碳饥饿、亚细胞RNA组织和肠道共生菌在哺乳动物结肠微环境中的适应性	空间转录组学	NA	多重错误鲁棒荧光杂交（MERFISH）	NA	RNA	数千个操纵子
60	2024-10-24	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于大规模空间生物学中细胞类型和状态的去卷积	开发了TACIT算法，该算法无需训练数据，利用预定义的签名进行细胞注释，并通过多组学分析提高了准确性和可扩展性	NA	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的挑战	细胞类型和状态的识别	空间生物学	NA	空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	五个数据集，包含5,000,000个细胞和51种细胞类型，来自三个生态位（大脑、肠道、腺体）