单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的耗时和易错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
42	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	research paper	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	TACIT算法在无需训练数据的情况下，通过无偏阈值和专注于相关标记的方法，提高了细胞类型和状态识别的准确性和可扩展性	虽然TACIT在多个数据集中表现优异，但其在更广泛的组织类型和疾病模型中的通用性尚未验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易出错问题	细胞类型和状态	spatial biology	inflammatory gland diseases	spatial transcriptomics and proteomics	unsupervised algorithm	multiomic assays	5,000,000 cells; 51 cell types from three niches (brain, intestine, gland)
43	2025-07-03	Positionally distinct interferon stimulated dermal immune acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.24.600500 PMID:38979312	研究论文	本文通过单核和批量转录组学分析Sweet综合征的皮肤样本，揭示了干扰素信号在Sweet综合征中的作用，并发现不同位置的免疫活性成纤维细胞在促进中性粒细胞招募中的功能	首次在Sweet综合征中识别出位置不同的免疫活性成纤维细胞亚群，并阐明了它们通过识别I型干扰素在疾病发病机制中的作用	研究基于临床存档样本和体外培养的成纤维细胞，可能无法完全反映体内复杂环境	阐明Sweet综合征中中性粒细胞浸润的分子机制	Sweet综合征患者的皮肤样本和体外培养的原代人皮肤成纤维细胞	皮肤病理学	Sweet综合征	单核转录组学、批量转录组学、单分子分辨率空间转录组学	NA	转录组数据	临床存档的Sweet综合征皮肤样本和体外培养的原代人皮肤成纤维细胞
44	2025-07-03	Sex differences and immune correlates of Long COVID development, persistence, and resolution 2024-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.18.599612 PMID:38948732	研究论文	本研究探讨了性别差异与长新冠（LC）发展、持续和消退的免疫相关性	揭示了性别特异性的免疫失调在长新冠发病机制中的作用，并识别了与长新冠相关的多种先天和适应性免疫特征	样本量较小（45名患者），且仅基于血液样本分析	研究长新冠的免疫学基础及其性别差异	45名发展为长新冠或康复的新冠患者	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、血浆蛋白质组学	NA	血液样本	45名患者
45	2025-07-03	Anti-PD-1 cancer immunotherapy induces central nervous system immune-related adverse events by microglia activation 2024-06-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adj9672 PMID:38865481	研究论文	本文研究了抗PD-1免疫疗法在癌症治疗中引起的中枢神经系统免疫相关不良事件（CNS-irAEs）及其与小胶质细胞激活的关系	揭示了小胶质细胞在抗PD-1免疫疗法诱导的CNS-irAEs中的关键作用，并提出了基于脾酪氨酸激酶（Syk）抑制的治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据有限，需要进一步验证	探究抗PD-1免疫疗法引起的中枢神经系统免疫相关不良事件的机制	小鼠模型和接受抗PD-1治疗的患者中枢神经系统组织	免疫疗法	癌症	单细胞RNA测序、成像质谱流式细胞术、蛋白质组学方法	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	小鼠模型和一组接受抗PD-1治疗的患者组织样本
46	2025-06-27	APOE Christchurch enhances a disease-associated microglial response to plaque but suppresses response to tau pathology 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597211 PMID:38895362	研究论文	研究APOE Christchurch变异对淀粉样斑块和tau病理的微胶质细胞反应的影响	揭示了APOE Christchurch变异在不同病理模型中调节微胶质细胞反应的双重作用	研究仅基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探究APOE Christchurch变异如何发挥其对阿尔茨海默病的保护作用	5xFAD淀粉样变性小鼠模型和PS19 tau病变小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	免疫组织化学、生化分析、单细胞空间转录组学和蛋白质组学	小鼠模型	分子和细胞数据	未明确说明，但涉及两种小鼠模型
47	2025-06-26	Historic obstacles and emerging opportunities in the field of developmental metabolism - lessons from Heidelberg 2024-Jun-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202937 PMID:38912552	综述	本文总结了2023年EMBO研讨会'发育代谢：能量、物质和信息的流动'中的关键讨论，强调了现代发育生物学面临的挑战与机遇	探讨了代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序和计算模型等新技术如何为发育代谢领域带来全新的研究方向	NA	探索发育代谢领域的新机遇与技术进展	细胞特异性和组织特异性代谢网络、器官间代谢通讯以及基因与代谢物在时空上的相互作用	发育生物学	NA	代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序、计算模型	NA	代谢数据、基因表达数据	NA
48	2025-06-21	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并形成驻留记忆细胞的灵活性	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)尽管不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留的能力	研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制尚需验证	探究KLRG1+记忆T细胞在二次感染后的分化潜能和组织驻留能力	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
49	2025-06-21	Glutamatergic neuronal activity regulates angiogenesis and blood-retinal barrier maturation via Norrin/β-catenin signaling 2024-Jun-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.03.011 PMID:38599212	研究论文	本文探讨了谷氨酸能神经元活动通过Norrin/β-catenin信号通路对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的影响	揭示了谷氨酸能神经元活动通过调节内皮Norrin/β-catenin信号通路来调控视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	研究谷氨酸能神经元活动对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的调控机制	小鼠视网膜中的谷氨酸能神经元和血管系统	神经血管生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体内遗传学研究, 功能验证	小鼠遗传模型(Vglut1和Gnat1视网膜)	基因表达数据, 功能实验数据	未明确说明小鼠数量
50	2025-06-21	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	research paper	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中的多类生物标志物	MICA框架能够检测多个组学研究中的多类生物标志物，并通过全局测试和事后分析提高检测的准确性和稳健性	现有方法主要针对两类别场景，MICA虽然解决了多类别问题，但在某些特定情况下可能仍需进一步优化	提高生物标志物检测的统计功效、准确性和稳健性	多类设计的组学研究（如多种疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本）	生物信息学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	四个小鼠代谢相关转录组研究组织和三个雌激素治疗表达谱来源
51	2025-06-19	3D reconstruction of the mouse cochlea from scRNA-seq data suggests morphogen-based principles in apex-to-base specification 2024-06-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.028 PMID:38593801	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，研究小鼠耳蜗从顶端到基底端的形态发生素调控机制	首次从小鼠耳蜗的单细胞RNA测序数据中重建3D模型，揭示了视黄酸和hedgehog信号通路在耳蜗纵向轴形成中的共同作用	研究仅基于E12.5和E14.5两个时间点的数据，未覆盖耳蜗发育全过程	探索小鼠耳蜗顶端到基底端特异性基因表达的分子调控机制	小鼠耳蜗发育过程中的细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq	3D重建模型	单细胞RNA测序数据	E12.5和E14.5两个发育时间点的小鼠耳蜗细胞
52	2025-06-18	Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2024-Jun-26, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4559348/v1 PMID:38978578	研究论文	本文提出了一种名为TORC的策略，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）监督细胞类型识别中构建参考数据	TORC是首个针对scRNA-seq监督细胞类型识别中参考数据选择和构建的方法，能够缓解参考数据和目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异	未明确提及具体局限性	提高scRNA-seq数据中细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	模拟和真实数据分析
53	2025-06-18	Single-Cell Analysis Uncovers Striking Cellular Heterogeneity of Lung-Infiltrating Regulatory T Cells during Eosinophilic versus Neutrophilic Allergic Airway Inflammation 2024-Jun-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300646 PMID:38647384	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性粒细胞和中性粒细胞性气道炎症模型中肺部浸润的调节性T细胞（Tregs）的异质性	揭示了不同类型的气道炎症会导致肺部浸润的Tregs表现出显著的异质性，并发现ST2表达与嗜酸性炎症和组织驻留Tregs相关	Treg特异性ST2缺失并未影响嗜酸性过敏性炎症的发展或肺部驻留Tregs的生成，其具体机制仍需进一步研究	探究不同类型过敏性气道炎症对肺部浸润Tregs异质性和组织驻留特性的影响	肺部浸润的Foxp3+调节性T细胞（Tregs）	免疫学	过敏性气道炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
54	2025-06-13	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	research paper	该研究开发了一种可诱导的遗传工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定小胶质细胞状态，揭示了它们的可塑性及其在髓鞘再生中的作用	开发了Clec7a-CreER这一新型遗传工具，首次实现了对PAMs和DAMs的精准追踪和操纵，揭示了小胶质细胞状态的可塑性及其在疾病恢复中的功能	研究主要聚焦于PAMs和DAMs，其他小胶质细胞亚群的功能尚未完全阐明	探究小胶质细胞状态的可塑性及其在中枢神经系统发育和疾病中的功能	增殖区域相关小胶质细胞(PAMs)和疾病相关小胶质细胞(DAMs)	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 可诱导Cre-loxP系统	NA	基因表达数据	多个发育阶段和疾病模型中的小胶质细胞
55	2025-06-12	Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003 PMID:38788720	research paper	该研究通过建立遗传工程小鼠模型，揭示了嗅觉神经母细胞瘤（ONB）与小细胞肺癌（SCLC）在分子异质性和细胞命运轨迹上的相似性	首次建立了高转移性ONB的小鼠模型，并发现ONB与小细胞肺癌在分子和细胞命运上的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类ONB的临床相关性需要进一步验证	探索嗅觉神经母细胞瘤的起源和分子特征，及其与小细胞肺癌的相似性	嗅觉神经母细胞瘤（ONB）和小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤生物学	嗅觉神经母细胞瘤和小细胞肺癌	遗传工程小鼠模型、单细胞转录组学、条形码谱系追踪	遗传工程小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	小鼠模型和人类ONB样本
56	2025-06-11	Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135 PMID:38875113	研究论文	本文提出了一种用于在体内对功能识别的神经元群体进行单细胞RNA测序的样本收集协议	使用病毒传递的活动依赖性标记工具（CaMPARI2）在虚拟现实环境中对小鼠进行光转换，随后通过荧光激活细胞分选（FACS）分离不同标记的群体	需要特定的设备和病毒传递工具，可能限制了其在某些实验室的应用	开发一种用于单细胞RNA测序的样本收集协议，以研究功能识别的神经元群体	小鼠的神经元群体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	NA
57	2025-06-11	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598667 PMID:38915572	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了年轻和年老小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征，揭示了与衰老相关的巨噬细胞亚群和信号动态变化	发现了年老小鼠卵巢特有的巨噬细胞亚群，并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号在衰老卵巢髓系细胞中的显著变化，提出了衰老相关炎症和纤维化的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类卵巢衰老的直接证据	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用	年轻（3个月大）和年老（14-17个月大）小鼠卵巢中的CD45 CD11b髓系细胞	单细胞分析	卵巢衰老	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	年轻和年老小鼠卵巢样本
58	2025-06-10	Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065 PMID:38753488	研究论文	提出了一种基于患者数据库中的scRNA-seq数据检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的方案	利用单细胞测序数据评估肿瘤免疫微环境、肿瘤纯度及异常信号传导和代谢途径	未提及具体样本量或数据集的局限性	评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路	肿瘤组织	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
59	2025-06-10	Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050 PMID:38703368	研究论文	介绍了一种结合DRaqL和Smart-seq2的高质量单细胞RNA测序协议，适用于酒精固定的小鼠卵巢切片	提出了DRaqL-Smart-seq2协议，能够从酒精固定的组织切片中获取高质量的单细胞RNA测序数据，并提供了适用于福尔马林固定切片的可选方案	协议主要针对小鼠卵巢切片，未涉及其他组织或物种的验证	开发一种高质量的单细胞RNA测序方法，适用于不同类型的固定组织切片	酒精固定和福尔马林固定的小鼠卵巢切片	单细胞测序	NA	scRNA-seq, LCM, Smart-seq2	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提到使用小鼠卵巢切片
60	2025-06-10	Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986 PMID:38555590	研究论文	本文提出了一种用于小鼠骨骼和多组织肌肉骨骼福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的空间转录组学制备协议	详细描述了从组织采集到测序数据分析的完整流程，特别针对矿化组织的脱钙步骤进行了优化	整个流程耗时较长（约18天），其中超过50%的时间用于矿化组织的脱钙	开发适用于FFPE样本的空间转录组学分析流程	小鼠股骨及相邻肌肉组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	测序数据	小鼠股骨及相邻肌肉组织