单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-02-09	Endothelial Cell Flow-Mediated Quiescence Is Temporally Regulated and Utilizes the Cell Cycle Inhibitor p27 2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320671 PMID:38602102	研究论文	本文研究了内皮细胞在血流诱导的机械传导下如何调节细胞周期并进入静止状态，特别是通过p27细胞周期抑制剂的调控	揭示了内皮细胞在血流刺激下静止状态的独特性质和时序调控机制，特别是p27在其中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究内皮细胞在血流诱导下如何调节细胞周期并进入静止状态	人内皮细胞、小鼠和斑马鱼的内皮细胞	细胞生物学	血管功能障碍	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	NA
42	2025-02-08	Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes 2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599799 PMID:38948852	研究论文	本文通过单细胞多组学分析揭示了少突胶质细胞中转录因子协同调控基因表达的机制	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，识别了少突胶质细胞中协同调控靶基因表达的转录因子对，并利用深度学习模型预测靶基因表达水平	实验验证部分仅使用了大鼠外周神经的ChIP-seq数据，可能限制了结果的普适性	研究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达	少突胶质细胞	生物信息学	脑部疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	NA
43	2025-02-08	TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.596911 PMID:38895265	研究论文	本文通过实验与计算相结合的方法，探讨了紫杉醇对三阴性乳腺癌（TNBC）细胞的影响，揭示了紫杉醇诱导的细胞周期相关耐药机制	研究发现紫杉醇处理TNBC细胞后，上调了与干扰素反应相关的先天免疫程序，并下调了细胞周期进程程序，同时鉴定出ELF3上调作为紫杉醇耐药的潜在生物标志物	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，尚未在临床环境中验证ELF3作为耐药标志物的有效性	探讨紫杉醇对TNBC细胞的细胞和分子反应的影响，揭示其耐药机制	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、siRNA敲低、活细胞成像	NA	RNA测序数据、临床数据	NA
44	2025-02-08	A Regularized Bayesian Dirichlet-multinomial Regression Model for Integrating Single-cell-level Omics and Patient-level Clinical Study Data 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.597391 PMID:38895417	研究论文	本文提出了一种正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据
45	2025-02-08	Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13770 PMID:38425094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫检查点抑制剂相关心肌炎中先天免疫的改变	首次使用单细胞RNA测序技术对免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征进行表征，并识别出S100A蛋白家族作为潜在血清标志物	样本量较小，仅包括四组患者，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的病理生理机制和潜在治疗靶点	外周血单核细胞（PBMC）样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk-RNA sequencing）	NA	RNA测序数据	四组患者的外周血单核细胞样本，具体样本量未明确说明
46	2025-02-08	Early life vaccination reprograms the metabolism and function of myeloid cells in neonates 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13772 PMID:38424694	研究论文	本文研究了新生儿接种疫苗对髓系细胞代谢和功能的重编程作用	揭示了BCG疫苗通过上调mTOR/HIF1a信号通路和增强糖酵解来促进新生儿髓系细胞成熟的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类新生儿中进行验证	探讨新生儿接种疫苗对免疫系统的影响	新生小鼠的髓系细胞	免疫学	NA	单细胞转录组分析、代谢物分析、功能分析	NA	转录组数据、代谢物数据	新生小鼠的髓系细胞
47	2025-02-07	Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003 PMID:38788720	研究论文	本文通过建立基因工程小鼠模型，研究了嗅觉神经母细胞瘤（ONB）的分子异质性和细胞命运异质性，揭示了其与小细胞肺癌（SCLC）的相似性	首次建立了高转移性ONB的基因工程小鼠模型，并揭示了ONB与小细胞肺癌在分子和细胞命运异质性上的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究嗅觉神经母细胞瘤的分子异质性和细胞命运异质性，及其与小细胞肺癌的相似性	嗅觉神经母细胞瘤（ONB）和小细胞肺癌（SCLC）	分子生物学	嗅觉神经母细胞瘤，小细胞肺癌	基因工程小鼠模型，单细胞转录组学	基因工程小鼠模型	基因表达数据，单细胞转录组数据	小鼠模型和人类ONB样本
48	2025-02-06	Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07563-1 PMID:38898271	研究论文	本文提出了一种多尺度方法，利用转录组信息和空间上下文在亚细胞水平自动分类细胞类型	首次提出直接利用亚细胞分辨率的转录组信息进行细胞类型注释的方法，并通过拓扑管道识别细胞空间关系	依赖于转录组数据的质量和空间分辨率，可能受限于样本的异质性	开发一种在亚细胞水平自动分类细胞类型的方法，并应用于人类肾脏组织和小鼠免疫细胞	人类肾脏组织和小鼠免疫细胞	空间转录组学	狼疮性肾炎	空间转录组技术	多尺度拓扑方法	转录组数据和空间数据	人类肾脏组织和小鼠免疫细胞样本
49	2025-02-06	Acquisition of Drug Resistance in Basal Cell Nevus Syndrome Tumors through Basal to Squamous Cell Carcinoma Transition 2024-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.040 PMID:38157930	研究论文	本研究探讨了基底细胞痣综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变获得药物耐药的机制	首次结合多组学和空间转录组学技术，定义了Gorlin综合征患者中SMO抑制剂耐药肿瘤的细胞和组织水平特征，并提出了PCYT2、ETNK1及磷脂酰乙醇胺生物合成途径作为基底细胞向鳞状细胞癌转变耐药的遗传抑制因子	研究仅基于一个长期使用SMO抑制剂治疗的Gorlin综合征患者的耐药肿瘤案例，样本量较小	探究Gorlin综合征患者中SMO抑制剂耐药肿瘤的耐药机制	Gorlin综合征患者的SMO抑制剂耐药肿瘤	肿瘤学	基底细胞癌	多组学、空间转录组学、空间全外显子基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	一个Gorlin综合征患者的耐药肿瘤样本
50	2025-02-05	Characteristics of splenic PD-1+ γδT cells in Plasmodium yoelii nigeriensis infection 2024-06, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-023-09441-w PMID:38265549	研究论文	本文研究了在Plasmodium yoelii nigeriensis感染的小鼠中，表达PD-1的γδT细胞的表型和功能特征，并探讨了其分子机制	首次揭示了RORα在调节PD-1表达γδT细胞中的作用，并发现RORα通过减弱NF-κB信号来调节宿主免疫反应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨PD-1在γδT细胞中的功能及其在Plasmodium yoelii nigeriensis感染中的调节机制	Plasmodium yoelii nigeriensis感染的小鼠脾脏中的PD-1+ γδT细胞	免疫学	疟疾	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞表型数据、基因表达数据	Plasmodium yoelii nigeriensis感染的C57BL/6小鼠
51	2024-10-24	Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601034 PMID:38979245	研究论文	本文介绍了一种名为细菌-MERFISH的高通量空间转录组学方法，用于研究细菌在复杂环境中的单细胞行为	结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光杂交（MERFISH）技术，创建了细菌-MERFISH方法，克服了细菌mRNA密度过高的问题	NA	开发一种新的空间转录组学方法，以研究细菌在复杂环境中的单细胞行为	细菌在碳饥饿、亚细胞RNA组织和肠道共生菌在哺乳动物结肠微环境中的适应性	空间转录组学	NA	多重错误鲁棒荧光杂交（MERFISH）	NA	RNA	数千个操纵子
52	2024-10-24	APOE Christchurch enhances a disease-associated microglial response to plaque but suppresses response to tau pathology 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597211 PMID:38895362	研究论文	本文研究了APOE Christchurch变异体对阿尔茨海默病相关病理的影响	首次探讨了APOE Christchurch变异体在不同病理模型中对小胶质细胞反应的调节作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨APOE Christchurch变异体在阿尔茨海默病中的保护机制	APOE Christchurch变异体对小胶质细胞和星形胶质细胞反应的影响	神经科学	阿尔茨海默病	免疫组织化学分析、生物化学分析、单细胞空间转录组学和蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	5xFAD和PS19小鼠模型
53	2024-12-08	Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232192 PMID:38597954	研究论文	研究定义了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应	首次详细描述了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中对间质巨噬细胞的感染及其引发的炎症和纤维化反应	研究仅限于健康人肺组织的体外实验，未涉及临床患者样本	揭示COVID-19早期阶段病毒感染和炎症反应的机制	SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的感染和转录组变化	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康人肺组织样本
54	2025-01-27	Invasive growth of brain metastases is linked to CHI3L1 release from pSTAT3-positive astrocytes 2024-06-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae013 PMID:38271182	研究论文	本文探讨了pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞（RAs）对脑转移瘤（BrM）侵袭模式的影响，并评估了STAT3抑制或RA特异性STAT3基因消融对BrM生长的影响	揭示了pSTAT3阳性RAs通过分泌CHI3L1驱动BrM侵袭性生长，并提出了STAT3和CHI3L1作为治疗高度侵袭性BrM的潜在靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在临床环境中验证其治疗效果	研究pSTAT3阳性RAs对脑转移瘤侵袭模式的影响，并探索其作为STAT3抑制治疗预测生物标志物的潜力	人类和患者来源的异种移植（PDX）脑转移瘤、同源和转基因小鼠模型	数字病理学	脑转移瘤	免疫组织化学、单细胞RNA测序、脑切片-肿瘤共培养实验	PDX模型、同源小鼠模型、转基因小鼠模型	图像、RNA测序数据	人类和PDX脑转移瘤样本、小鼠模型
55	2025-01-25	DNA replication in early mammalian embryos is patterned, predisposing lamina-associated regions to fragility 2024-Jun-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49565-7 PMID:38898078	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式，表明晚期复制区域在受精后的第一个细胞周期中与B区室和核纤层相关联	首次展示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式，并揭示了晚期复制区域与染色体断裂的关联	研究主要基于牛和小鼠胚胎，可能不适用于所有哺乳动物	探讨哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式及其对基因组组织的影响	牛和小鼠的早期胚胎	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	牛和小鼠的早期胚胎样本
56	2025-01-25	LMNA -Related Dilated Cardiomyopathy: Single-Cell Transcriptomics during Patient-derived iPSC Differentiation Support Cell type and Lineage-specific Dysregulation of Gene Expression and Development for Cardiomyocytes and Epicardium-Derived Cells with Lamin A/C Haploinsufficiency 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.12.598335 PMID:38915555	研究论文	本文研究了与LMNA相关的扩张型心肌病（DCM），通过患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）分化过程中的单细胞转录组学，支持了心肌细胞和心外膜来源细胞在Lamin A/C单倍体不足情况下的基因表达和发育的细胞类型和谱系特异性失调	使用患者来源的iPSC模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了Lamin A/C单倍体不足对心肌细胞和心外膜来源细胞的基因表达和发育的影响	研究中识别的影响表观遗传和分化的其他因素需要进一步改进方法来深入研究	探讨LMNA相关扩张型心肌病的分子机制	患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）及其分化过程中的心肌细胞和心外膜来源细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	iPSC模型	RNA测序数据	12个样本（4个患者样本和8个对照样本）
57	2025-01-23	ScRNA-Seq Analyses Define the Role of GATA3 in iNKT Cell Effector Lineage Differentiation 2024-06-20, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13121073 PMID:38920701	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞转录组分析，探讨了转录因子GATA-3在不变自然杀伤T细胞（iNKT）效应谱系分化中的关键作用	首次详细揭示了GATA-3在iNKT细胞分化中的具体影响，特别是其对iNKT2和iNKT17细胞亚群的缺失及iNKT1细胞分布的改变	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨GATA-3在iNKT细胞效应谱系分化中的具体作用	小鼠的iNKT细胞	免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	小鼠胸腺iNKT细胞
58	2025-01-23	Preliminary Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Uncovers Adipocyte Heterogeneity in Lipedema 2024-06-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13121028 PMID:38920656	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了脂肪水肿中三种不同的脂肪细胞群体	首次在脂肪水肿中识别出三种具有独特基因特征的脂肪细胞亚群	样本量较小，且仅针对西方人群	研究脂肪水肿的病理机制	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本	生物信息学	脂肪水肿	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本
59	2025-01-23	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	研究论文	本文介绍了一种可诱导的遗传工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定的小胶质细胞状态，揭示了它们的可塑性和在髓鞘再生中的作用	开发了一种新的遗传工具Clec7a-CreER，能够特异性地靶向和操纵PAMs和DAMs，揭示了这些细胞状态的可塑性和功能	部分小胶质细胞状态的动态性和功能意义仍不明确，可能受限于工具的特定性	研究小胶质细胞状态在CNS发育和疾病中的动态性、可塑性及其功能	小胶质细胞，特别是PAMs和DAMs	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，遗传工具Clec7a-CreER	NA	基因表达数据	多个疾病模型中的小胶质细胞
60	2025-01-23	Identifying gene expression programs in single-cell RNA-seq data using linear correlation explanation 2024-06, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2024.104644 PMID:38631462	研究论文	本研究利用线性相关解释（linear CorEx）方法，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义的基因表达程序（GEPs）	提出了一种基于机器学习的线性CorEx方法，通过总相关优化函数从scRNA-seq数据中推断GEPs，并展示了其在识别细胞类型和活动程序方面的优越性能	研究主要基于模拟和真实世界的scRNA-seq数据集，可能在实际应用中存在数据特异性的限制	从scRNA-seq数据中推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义的基因表达程序	小鼠齿状回和胚胎结肠发育的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性CorEx	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集