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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic-informed deconvolution of bulk data identifies immune checkpoint blockade resistance in urothelial cancer
2024-Jun-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109928
PMID:38812546
|
研究论文 | 开发了一种名为ProM的单细胞转录组信息反卷积方法,用于从批量数据中识别膀胱尿路上皮癌免疫检查点阻断耐药性 | 提出ProM方法能够同时检测主要和次要细胞类型,在配对的单细胞和批量RNA测序数据评估中优于现有方法 | 未明确说明样本量的具体限制或方法在其他癌症类型中的适用性 | 开发计算反卷积方法以整合单细胞和批量RNA测序数据,获得临床相关见解 | 人类膀胱尿路上皮癌样本 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 计算反卷积 | ProM反卷积算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2025-10-06 |
GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966
PMID:38512867
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GoT-Splice的多组学分析协议,用于同时分析人类细胞的基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接 | 将Genotyping of Transcriptomes (GoT)与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析相结合,克服了传统方法在区分野生型和突变细胞以及从短读长数据重建剪接信号方面的局限性 | NA | 开发一种能够准确研究RNA剪接因子突变的多组学分析方案 | 人类细胞 | 单细胞多组学 | NA | 长读长测序, 单细胞转录组测序, 细胞表面蛋白质组分析, 基因分型 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 突变数据, RNA剪接数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 长读长测序 | NA | NA |
| 43 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary
2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594719
PMID:38826447
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术绘制小鼠卵巢排卵过程的时空图谱 | 首次在单细胞分辨率下详细描述排卵过程的精确时间窗口,并识别排卵依赖性细胞状态的基因标记 | 研究仅针对小鼠模型,未涉及其他物种 | 解析排卵过程中卵巢细胞类型的时空动态变化 | 小鼠卵巢组织 | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 配对小鼠卵巢样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 44 | 2025-10-06 |
Challenges and opportunities in cancer immunotherapy: a Society for Immunotherapy of Cancer (SITC) strategic vision
2024-Jun-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009063
PMID:38901879
|
综述 | 本文提出癌症免疫治疗领域的战略愿景,通过专家共识确定七大优先发展领域和三项关键指导原则 | 首次系统提出癌症免疫治疗未来十年发展的战略框架,整合多方专家共识确定优先发展方向 | 基于专家共识而非原始研究数据,具体实施路径需要进一步验证 | 确定癌症免疫治疗领域的机遇与挑战,优先规划具有最大临床潜力的发展方向 | 癌症免疫治疗领域的学术、产业、监管和患者社区专家共识 | 癌症免疫学 | 癌症 | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | 专家意见,共识文件 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 45 | 2025-10-06 |
Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.15.599167
PMID:38915676
|
研究论文 | 通过批量RNA测序和空间转录组学分析人类外周神经,揭示糖尿病外周神经病变的分子机制 | 首次在人类外周神经中发现神经元mRNA定位现象,并揭示感觉轴突mRNA运输在神经退行性病变中的潜在作用 | 样本主要来自糖尿病患者的下肢截肢神经,样本来源相对单一 | 深入理解糖尿病外周神经病变的分子机制和疾病过程 | 胫神经和腓肠神经(来自下肢截肢手术) | 空间转录组学 | 糖尿病外周神经病变 | bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | 主要来自糖尿病患者的下肢截肢神经样本 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 46 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-ome and immune profiles of the Inspiration4 crew reveal conserved, cell-type, and sex-specific responses to spaceflight
2024-Jun-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49211-2
PMID:38862516
|
研究论文 | 通过分析SpaceX Inspiration4宇航员的单细胞多组学和免疫数据,揭示太空飞行对免疫系统的保守性和特异性影响 | 首次在商业太空任务中整合单细胞多组学、细胞游离RNA和空间转录组学数据,识别出跨物种保守的太空飞行基因表达特征 | 样本量较小(仅4名宇航员),需要在更大规模任务中验证发现 | 表征太空飞行对宇航员免疫系统的影响机制 | SpaceX Inspiration4任务宇航员 | 空间生物学 | 免疫系统紊乱 | 单细胞多组学测序, 细胞游离RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据, 生化数据, 血液学数据 | 4名宇航员 | 10x Genomics | 单细胞多组学, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 单细胞多组学测序平台, 空间转录组学FFPE方案 |
| 47 | 2025-10-06 |
Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.11.589096
PMID:38645001
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示人类胰岛细胞调控结构的性别差异及其与2型糖尿病发病机制的关系 | 首次系统揭示人类胰岛细胞在基因可及性和表达方面存在的性别差异,并发现2型糖尿病发展过程中女性β细胞出现线粒体功能衰竭的特征 | 研究样本量相对有限,且使用体外培养的胰岛可能无法完全反映体内真实情况 | 探究人类胰岛细胞调控结构的性别差异及其在2型糖尿病发病机制中的作用 | 人类胰岛细胞,包括来自52名供体(含37名来自HPAP数据集)的胰岛样本 | 单细胞生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 动态激素分泌测定, 生物能量学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 生理功能数据 | 最多52名供体(包括糖尿病患者和非糖尿病患者) | NA | 单细胞RNA-seq, 单核ATAC-seq | NA | NA |
| 48 | 2025-10-06 |
IL-17 signaling in primary sclerosing cholangitis patient-derived organoids
2024-06-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000454
PMID:38829197
|
研究论文 | 本研究利用原发性硬化性胆管炎患者来源的胆管器类器官研究IL-17信号通路的作用机制 | 首次在PSC患者来源的胆管器类器官中直接评估IL-17A刺激的反应,并发现PSC与非PSC类器官对IL-17刺激的不同反应模式 | 未发现IL-17通路相关基因的罕见变异,样本来源有限 | 探究IL-17信号通路在原发性硬化性胆管炎发病机制中的作用 | 原发性硬化性胆管炎患者和非PSC患者的肝外胆管器类器官 | 疾病机制研究 | 原发性硬化性胆管炎 | 单细胞RNA测序,转录组学,分泌组分析,基因组测序 | 类器官模型 | 基因表达数据,分泌蛋白数据,基因组变异数据 | PSC患者和非PSC患者来源的胆管细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-10-06 |
Early Developmental Origins of Cortical Disorders Modeled in Human Neural Stem Cells
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.598925
PMID:38915580
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研究论文 | 通过人类神经干细胞研究早期端脑发育阶段与皮质障碍病因的关联 | 首次在人类神经干细胞中模拟皮质障碍的早期发育起源,揭示了疾病特异性关键阶段和跨疾病的汇聚信号通路 | 研究主要基于体外模型,需要进一步验证在完整生物系统中的适用性 | 探索人类端脑早期发育阶段在皮质障碍病因中的作用机制 | 人类神经干细胞、自闭症患者来源的神经干细胞 | 发育神经生物学 | 皮质障碍、自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2025-10-06 |
Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy
2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s12195-024-00812-3
PMID:39050513
|
研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序和活细胞成像技术,探索自然杀伤细胞在杀伤过程中的转录程序动态变化 | 首次将单细胞RNA测序与活细胞成像结合,实时关联NK细胞转录组数据与杀伤功能表型 | 研究基于NK-92细胞系和HeLa细胞的模型系统,可能不完全代表体内NK细胞功能 | 确定驱动NK细胞杀伤表型的细胞内信号传导机制 | 自然杀伤细胞和HeLa宫颈癌细胞 | 单细胞生物学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,活细胞成像,荧光显微镜 | NA | 转录组数据,图像数据 | NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养系统 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 51 | 2025-10-06 |
S100A8/A9hi neutrophils induce mitochondrial dysfunction and PANoptosis in endothelial cells via mitochondrial complex I deficiency during sepsis
2024-06-28, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06849-6
PMID:38942784
|
研究论文 | 本研究揭示了S100A8/A9高表达中性粒细胞通过线粒体复合物I缺陷诱导内皮细胞线粒体功能障碍和PANoptosis的机制 | 首次阐明S100A8/A9通过下调Nrf1抑制线粒体复合物I组分Ndufa3表达,进而导致线粒体功能障碍并激活ZBP1介导的PANoptosis | 机制研究主要在细胞水平进行,需要更多体内实验验证 | 探讨S100A8/A9在脓毒症中诱导内皮功能障碍的分子机制 | 中性粒细胞和内皮细胞 | 细胞生物学 | 脓毒症 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2025-10-06 |
Multiomics integration-based immunological characterizations of adamantinomatous craniopharyngioma in relation to keratinization
2024-06-21, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06840-1
PMID:38906852
|
研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学对牙釉质型颅咽管瘤进行多组学整合分析,揭示其免疫微环境特征 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术系统解析ACP免疫微环境,发现GPNMB高表达的非小胶质细胞来源TAM与RHCG上皮细胞的共定位关系 | 样本数量有限,需要更大队列验证研究结果 | 阐明牙釉质型颅咽管瘤的免疫微环境特征及其与角质化的关系 | 牙釉质型颅咽管瘤标本 | 数字病理学 | 颅咽管瘤 | 单核RNA测序, 空间转录组学, asmFISH | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 58,081个细胞核 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 53 | 2025-10-06 |
CSTF3 contributes to platinum resistance in ovarian cancer through alternative polyadenylation of lncRNA NEAT1 and generating the short isoform NEAT1_1
2024-06-19, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06816-1
PMID:38898019
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研究论文 | 本研究揭示了CSTF3通过调控lncRNA NEAT1的可变多聚腺苷酸化促进卵巢癌铂类耐药的新机制 | 首次发现CSTF3通过调控NEAT1的可变多聚腺苷化生成短异构体NEAT1_1,从而促进卵巢癌铂类耐药 | 研究主要基于公共数据库的单细胞RNA测序数据和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 | 探索卵巢癌铂类耐药的分子机制,寻找潜在生物标志物和治疗策略 | 卵巢癌患者的铂类耐药和敏感组织,卵巢癌细胞系 | 癌症生物学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,基因敲低,基因过表达 | 细胞系模型 | 单细胞RNA测序数据 | 公共数据库中的卵巢癌患者单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2025-10-06 |
CXCR7 activation evokes the anti-PD-L1 antibody against glioblastoma by remodeling CXCL12-mediated immunity
2024-06-19, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06784-6
PMID:38898023
|
研究论文 | 本研究通过激活CXCR7受体重塑CXCL12介导的免疫反应,增强抗PD-L1抗体对胶质母细胞瘤的疗效 | 首次发现CXCR7作为CXCL12的非典型受体可负调控CXCL12表达,并证实选择性CXCR7激动剂VUF11207能逆转GAMs诱导的免疫抑制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探索通过靶向肿瘤-巨噬细胞相互作用来增强胶质母细胞瘤免疫治疗效果的机制 | 胶质母细胞瘤细胞、胶质母细胞瘤相关巨噬细胞(GAMs)、CD8 T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序、转录组分析、体外共培养系统 | 小鼠胶质母细胞瘤模型 | 转录组数据、单细胞测序数据 | 未明确样本数量,包括复发胶质母细胞瘤标本、公共数据库数据集和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 55 | 2025-10-06 |
Chemerin attracts neutrophil reverse migration by interacting with C-C motif chemokine receptor-like 2
2024-06-18, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06820-5
PMID:38890311
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研究论文 | 本研究揭示了趋化因子chemerin通过与其受体CCRL2相互作用吸引中性粒细胞反向迁移的机制 | 首次发现中性粒细胞反向迁移过程中CCRL2表达上调,并证实chemerin-CCRL2轴在此过程中的关键作用 | 研究主要基于动物模型,人类临床相关性有待验证;反向迁移的生理病理意义需进一步探索 | 探索中性粒细胞反向迁移的分子机制 | 中性粒细胞及其反向迁移现象 | 免疫学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序,体内细胞追踪 | NA | 基因表达数据,细胞追踪数据 | 急性肺损伤模型和气囊模型中的白细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-10-06 |
The Mohawk homeobox gene represents a marker and osteo-inhibitory factor in calvarial suture osteoprogenitor cells
2024-06-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06813-4
PMID:38886383
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学发现Mohawk同源盒基因是颅骨缝间充质祖细胞的标记物,并作为骨生成抑制因子调控骨修复过程 | 首次发现Mkx基因在成年颅骨缝中标记具有肌腱/韧带相关基因表达的祖细胞群,并揭示其作为力学响应基因抑制骨分化的新功能 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的功能验证尚需进一步研究 | 探索颅骨缝间充质祖细胞的分子标记及其在骨修复中的调控机制 | 小鼠颅骨缝细胞 | 单细胞生物学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-06 |
Synergistic immunochemotherapy targeted SAMD4B-APOA2-PD-L1 axis potentiates antitumor immunity in hepatocellular carcinoma
2024-06-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06699-2
PMID:38886351
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研究论文 | 本研究开发了一种针对肝细胞癌的协同免疫化疗策略,通过调控SAMD4B-APOA2-PD-L1轴增强抗肿瘤免疫 | 首次提出基于三种常用抗肿瘤药物的协同免疫化疗方案,并揭示了通过SAMD4B介导的2'-O-甲基化修饰调控APOA2-PD-L1轴的免疫调节新机制 | 研究主要在PDX小鼠模型中进行,临床验证样本有限 | 开发有效的肝细胞癌协同免疫化疗策略并阐明其作用机制 | 肝细胞癌患者和PDX小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 2'-O-甲基化修饰, 多重免疫荧光染色 | PDX小鼠模型 | 基因表达数据, 免疫染色图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-06 |
MAL2 reprograms lipid metabolism in intrahepatic cholangiocarcinoma via EGFR/SREBP-1 pathway based on single-cell RNA sequencing
2024-06-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06775-7
PMID:38866777
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现MAL2在肝内胆管癌中特异性富集并通过EGFR/SREBP-1通路重编程脂质代谢 | 首次揭示MAL2通过稳定EGFR膜定位激活PI3K/AKT/SREBP-1轴促进脂质积累的机制,并筛选出小分子抑制剂sarizotan | 未明确说明样本量大小及临床验证的局限性 | 探究MAL2在肝内胆管癌发生发展中的作用机制及治疗潜力 | 肝内胆管癌细胞及构建的类器官模型 | 单细胞测序 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序、转录组学、代谢组学、分子对接、Co-IP | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2025-10-06 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1
PMID:38978567
|
研究论文 | 开发了一种名为TACIT的无监督细胞注释算法,用于大规模空间生物学中的细胞类型和状态识别 | 提出无需训练数据的无监督细胞注释算法TACIT,采用无偏阈值区分阳性细胞与背景,专注于相关标记物识别多组学检测中的模糊细胞 | 未提及具体的技术验证限制或数据集局限性 | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别的挑战,开发可扩展的无监督注释方法 | 脑、肠道和腺体三个生态位中的细胞 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 多组学检测,空间转录组学,空间蛋白质组学 | 无监督算法 | 空间多组学数据 | 5个数据集,5,000,000个细胞,51种细胞类型 | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学,多组学检测 | NA | NA |
| 60 | 2025-10-06 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596861
PMID:38895230
|
研究论文 | 开发了一种名为TACIT的无监督算法,用于空间生物学中的细胞类型和状态识别 | 提出无需训练数据的无监督细胞注释算法,使用无偏阈值区分阳性细胞与背景,专注于相关标记识别多组学检测中的模糊细胞 | NA | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别的挑战 | 细胞类型和细胞状态 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学,空间蛋白质组学,多组学检测 | 无监督算法 | 空间生物学数据 | 5个数据集(5,000,000个细胞;51种细胞类型) | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学,单细胞多组学 | NA | NA |