单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-07	The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596699 PMID:38895305	research paper	该研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	提出将SCT重新构想为一种细胞疗法，通过造血祖细胞恢复免疫细胞群体，实现免疫“重置”，并揭示了SCT如何通过高维细胞表型和功能研究重建细胞免疫	研究样本来自难治性CD患者，可能不适用于所有CD患者，且HSCs的异质性可能影响SCT效果	探索SCT作为难治性CD细胞疗法的免疫修复机制及其临床效果	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本，以及造血干细胞移植的干细胞移植物	免疫学	克罗恩病	CyTOF、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、异种移植模型	NA	外周血和肠道组织样本的免疫表型和功能数据	难治性克罗恩病患者的样本，具体数量未明确说明
42	2025-06-03	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	通过批量RNA测序和空间转录组学分析，研究糖尿病周围神经病变（DPN）的分子机制	首次在人类感觉轴突中发现mRNA的显著定位，揭示了感觉轴突mRNA运输在周围神经退行性变中的潜在作用	研究样本主要来自糖尿病患者的下肢截肢，可能限制了结果的普遍性	深入了解糖尿病周围神经病变的疾病过程	胫神经和腓肠神经	分子生物学	糖尿病周围神经病变	批量RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	主要来自糖尿病患者的下肢截肢神经样本
43	2025-06-03	Human pluripotent stem cell-derived kidney organoids reveal tubular epithelial pathobiology of heterozygous HNF1B-associated dysplastic kidney malformations 2024-06-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.04.011 PMID:38788724	研究论文	通过CRISPR-Cas9基因编辑的人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞生成杂合HNF1B突变肾脏类器官，研究HNF1B相关发育不良肾脏畸形的管状上皮病理生物学	首次揭示了HNF1B在人类肾小管分化和形态发生中的形态、分子和生理作用，阐明了突变HNF1B导致肾脏疾病的发育起源	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映体内复杂环境	理解HNF1B杂合突变导致的发育不良肾脏畸形的病理生物学机制	HNF1B杂合突变的人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官	干细胞与发育生物学	肾脏发育不良畸形	CRISPR-Cas9基因编辑, RNA-seq, scRNA-seq	肾脏类器官模型	基因表达数据	来自一个HNF1B相关DKMs家族的诱导多能干细胞和基因编辑的胚胎干细胞
44	2025-06-03	The Contribution of Meckel's Cartilage-Derived Type II Collagen-Positive Cells to the Jawbone Development and Repair 2024-Jun-05, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554241259059 PMID:38836522	research paper	本研究探讨了源自Meckel软骨的II型胶原阳性细胞在颌骨发育和修复中的作用	发现了II型胶原阳性细胞在颌骨发育和修复中的关键作用，特别是在胚胎和出生后阶段的成骨过程中	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	揭示II型胶原阳性细胞在颌骨发育和修复中的具体作用和机制	小鼠颌骨中的II型胶原阳性细胞及其在胚胎和出生后阶段的成骨作用	developmental biology	NA	单细胞RNA测序、命运图谱实验、他莫昔芬诱导的CreER系统	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎10.5天的颌骨组织
45	2025-06-03	Multi-omic profiling reveals potential biomarkers of hepatocellular carcinoma prognosis and therapy response among mitochondria-associated cell death genes in the context of 3P medicine 2024-Jun, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00362-8 PMID:38841626	research paper	该研究通过多组学分析，开发了一种基于线粒体相关细胞死亡基因的新型预测模型MCDI，用于肝细胞癌的预后和治疗反应预测	结合10种机器学习算法和67种不同组合，构建了共识线粒体细胞死亡指数（MCDI），并在多个队列中验证了其预测性能	研究依赖于公开数据集和有限的内部临床队列，需要更大规模的外部验证	开发肝细胞癌预后和治疗反应的预测模型，推动预测性、预防性和个性化医学（PPPM/3PM）策略的应用	肝细胞癌（LIHC）患者	digital pathology	liver cancer	多组学分析（包括bulk、单细胞和空间转录组学）、RT-qPCR、western blotting、免疫组化染色	机器学习集成模型（10种算法组合）	多组学数据（基因组、转录组等）	多个公开数据集和内部临床队列（具体数量未明确说明）
46	2025-06-03	The diversification of methods for studying cell-cell interactions and communication 2024-Jun, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-023-00685-8 PMID:38238518	review	本文探讨了研究细胞间相互作用和通讯方法的多样化进展	介绍了新一代计算工具的演变，这些工具能够处理更复杂的数据集，如单细胞和空间转录组学，并考虑细胞的异质性、空间组织、多种配体类型和细胞内信号事件	未具体提及研究的局限性	加速发现细胞在其群落中的作用，推动细胞间相互作用和通讯的研究	细胞间相互作用和通讯	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
47	2025-06-03	Acquisition of Drug Resistance in Basal Cell Nevus Syndrome Tumors through Basal to Squamous Cell Carcinoma Transition 2024-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.040 PMID:38157930	研究论文	本研究探讨了基底细胞痣综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变获得耐药性的机制	首次揭示了Gorlin综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变获得SMO抑制剂耐药性的机制，并提名了PCYT2、ETNK1和磷脂酰乙醇胺生物合成途径作为耐药性的遗传抑制因子	研究仅基于一个病例，样本量较小	探究Gorlin综合征肿瘤对SMO抑制剂产生耐药性的机制	Gorlin综合征患者的耐药性肿瘤	肿瘤学	基底细胞痣综合征/基底细胞癌	多组学分析、空间转录组学、空间全外显子组基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	1例Gorlin综合征患者的耐药性肿瘤
48	2025-06-03	Unique challenges and best practices for single cell transcriptomic analysis in toxicology 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100475 PMID:38645720	综述	本文探讨了单细胞转录组学在毒理学中应用的独特挑战及最佳实践	提出了针对毒理学中单细胞转录组数据分析的具体挑战和解决方案	NA	解决毒理学中单细胞转录组数据分析的关键挑战并提供实用分析方案	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
49	2025-06-03	Endothelial Cell Flow-Mediated Quiescence Is Temporally Regulated and Utilizes the Cell Cycle Inhibitor p27 2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320671 PMID:38602102	研究论文	研究内皮细胞在血流介导的静止状态下的细胞周期调控机制及其时间调节特性	揭示了血流介导的内皮细胞静止状态具有时间调节特性，并依赖于细胞周期抑制剂p27的转录调控	研究主要基于体外实验和小鼠、斑马鱼模型，人类体内应用的直接证据有限	探究血流介导的内皮细胞静止状态的建立和维持机制	人原代内皮细胞、小鼠和斑马鱼的内皮细胞	细胞生物学	血管功能障碍	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、基因表达调控	NA	基因表达数据、细胞行为数据	NA
50	2025-06-03	Performing Suction Blister Skin Biopsies 2024-Jun, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.1073 PMID:38924322	研究论文	本文介绍了一种替代传统皮肤活检方法的无创、无疤痕的吸疱皮肤活检技术	提出了一种使用负压和温和加热诱导皮肤吸疱的微创活检方法，避免了传统方法的疼痛和疤痕	NA	开发一种更温和的皮肤采样方法用于表皮和真皮上层的细胞及液体成分分析	人体皮肤组织	NA	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	生物样本（皮肤组织、疱液）	每次活检可产生最多5个直径10mm的吸疱
51	2025-06-03	IL-1β Inhibition Partially Negates the Beneficial Effects of Diet-Induced Atherosclerosis Regression in Mice 2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320800 PMID:38695167	研究论文	本研究探讨了IL-1β抑制对饮食诱导的动脉粥样硬化逆转在小鼠中的部分负面影响	揭示了IL-1β在维持饮食诱导的动脉粥样硬化斑块负担减少和稳定性增加中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法直接外推到人类	研究减少饮食脂质对晚期动脉粥样硬化病变组成和稳定性的影响及其调控机制	Apoe-/-小鼠的动脉粥样硬化病变	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、飞行时间细胞术、免疫染色加高分辨率共聚焦显微镜z-stack分析	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	Apoe-/-小鼠（具体数量未明确说明）
52	2025-06-03	Cellular-resolution gene expression mapping reveals organization in the head ganglia of the gastropod, Berghia stephanieae 2024-06, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25628 PMID:38852042	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA测序和原位杂交链反应技术，揭示了裸鳃类动物Berghia stephanieae头部神经节中细胞类型的基因表达模式和组织结构	首次在裸鳃类动物中结合单细胞RNA测序和原位杂交技术，发现了神经节内和神经节间新的细胞类型和区域结构	仅针对一种裸鳃类动物进行研究，结果可能无法直接推广到其他腹足类动物	理解腹足类动物神经系统的基本细胞组织结构	裸鳃类动物Berghia stephanieae的头部神经节	神经科学	NA	单细胞RNA测序，原位杂交链反应	NA	基因表达数据	NA
53	2025-06-03	Knocking down of Xkr8 enhances chemotherapy efficacy through modulating tumor immune microenvironment 2024-Jun, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2024.04.041 PMID:38685385	研究论文	研究通过敲除Xkr8基因增强化疗效果，并调节肿瘤免疫微环境	揭示了Xkr8敲除通过阻碍凋亡细胞的正常清除导致免疫原性细胞死亡（ICD），并结合化疗药物展示了显著的抗肿瘤效果	研究主要基于临床相关原位模型，尚未进行广泛的人体临床试验	探索Xkr8敲除与化疗联合治疗对肿瘤免疫微环境的影响及其抗肿瘤效果	Xkr8基因、肿瘤免疫微环境、化疗药物（5-氟尿嘧啶和奥沙利铂前药复合物）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、siRNA敲除技术	原位胰腺肿瘤模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
54	2025-06-03	Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease 2024-Jun, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01158-6 PMID:38720063	研究论文	本研究揭示了PAD4通过CKMT1的瓜氨酸化在炎症性肠病(IBD)中加剧黏膜炎症的机制	首次发现中性粒细胞来源的PAD4通过胞外囊泡进入肠上皮细胞，导致CKMT1瓜氨酸化并破坏线粒体稳态	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	阐明PAD4在IBD发病机制中的具体作用	中性粒细胞、肠上皮细胞、CKMT1蛋白	分子病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、底物瓜氨酸化定位	DSS诱导的结肠炎小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本量(包含小鼠模型和IBD患者临床样本)
55	2025-06-03	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023 PMID:38601985	研究论文	研究Esm-1在糖尿病肾病(DKD)中的转录极化作用及其在肾内皮细胞中的表达特征	首次利用单细胞RNA测序数据揭示Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化现象及其与血管发育基因的关联	研究样本量相对有限，且主要依赖公开数据库数据	探究Esm-1在糖尿病肾病中的表达特征及其功能意义	小鼠和人类的肾内皮细胞	分子生物学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、RNAscope	NA	RNA测序数据	27,786个肾内皮细胞(来自3个小鼠和4个人类数据库)，20名健康受试者和41名DKD患者的批量转录组数据
56	2025-06-03	Syngeneic murine models with distinct immune microenvironments represent subsets of human intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.008 PMID:38458319	研究论文	本研究开发并表征了具有不同遗传驱动因素的免疫活性胆管癌（CCA）小鼠模型，以探索肿瘤免疫微环境（TIME）并测试新型免疫治疗策略	开发了模拟人类肝内胆管癌（iCCA）的Fbxw7ΔF/Akt驱动的小鼠模型，并比较了不同遗传驱动模型在肿瘤基因组学、免疫生物学和治疗反应上的差异	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索胆管癌的肿瘤免疫微环境及免疫治疗反应	小鼠模型和人类胆管癌患者队列	肿瘤免疫学	胆管癌	scRNA-seq, CITE-seq, 全外显子测序, 批量RNA测序	小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	多个小鼠模型及人类胆管癌患者队列
57	2025-06-03	Inter- and trans-generational impacts of environmental exposures on the germline resolved at the single-cell level 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100465 PMID:38586548	review	本文讨论了单细胞技术在生殖毒理学研究中的应用及其对理解环境暴露对生殖细胞功能影响的潜力	利用单细胞RNA测序、ATAC测序和多组学技术，深入分析环境暴露对生殖细胞功能的影响及其在组织和细胞类型中的差异分布	讨论主要集中在两种模式生物（果蝇和小鼠）上，可能无法完全反映人类生殖系统的复杂性	探讨单细胞技术如何促进生殖毒理学研究，以理解环境暴露对生殖细胞功能的影响	生殖细胞及其在不同环境暴露（如酒精和电子烟）下的反应	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序, ATAC测序, 多组学	NA	单细胞数据, 核转录组数据	两种模式生物（果蝇和小鼠）
58	2025-05-31	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:39215134	research paper	通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了TIMP1通过CD74介导的STAT3信号反馈促进VSMC增殖的机制	研究主要基于体外实验和计算分析，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制及其在血管疾病中的作用	血管平滑肌细胞(VSMC)	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组学, 表观遗传分析	基因调控网络	转录组数据, 表观遗传数据	NA
59	2025-05-23	STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics 2024-Jun-20, ArXiv PMID:38947920	研究论文	介绍了一个名为STimage-1K4M的新型数据集，该数据集通过为子图块提供基因组特征，弥补了现有医学图像-文本数据集的不足	STimage-1K4M数据集首次将病理图像的子图块与高维基因表达数据配对，提供了前所未有的细粒度数据	数据集仅包含1,149张图像，可能不足以覆盖所有病理情况	推动多模态数据分析和计算病理学领域的先进研究	病理图像和基因表达数据	计算病理学	NA	空间转录组学	NA	图像和基因表达数据	1,149张图像，4,293,195对子图块和基因表达数据
60	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601229 PMID:38979200	研究论文	本文开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应性	开发了BaSSSh-seq方法，首次在单细胞分辨率下捕捉生物膜的转录异质性及对免疫压力的差异响应	未明确说明方法在其它类型细菌或更复杂环境中的适用性	探索生物膜内细菌亚群的转录异质性及其对免疫压力的适应性	细菌生物膜中的亚群细胞	微生物组学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量