单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2024-08-04	Single-cell sequencing reveals VEGFR as a potential target for CAR-T cell therapy in chordoma 2024-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02635-5 PMID:38605247	研究论文	本研究揭示了VEGFR作为脊索瘤中CAR-T细胞治疗的潜在靶点.	首次识别了脊索瘤特异性抗原VEGFR及其作为CAR-T细胞治疗的靶点.	数据主要来自单一医院的患者样本，样本量有限.	确定脊索瘤患者的新免疫治疗靶点.	来自患者的14个脊索瘤样本.	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	14个脊索瘤样本
542	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing analysis of vestibular schwannoma reveals functionally distinct macrophage subsets 2024-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02646-2 PMID:38480935	研究论文	本研究分析了前庭神经瘤中功能上不同的巨噬细胞亚群	本研究首次利用单细胞RNA测序技术揭示了前庭神经瘤中巨噬细胞的三种不同亚群及其基因表达特征	样本量较小，仅分析了三例前庭神经瘤样本，可能影响结果的广泛性	评估前庭神经瘤中巨噬细胞的表型和功能特征	前庭神经瘤样本中的巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三例前庭神经瘤样本和十例前庭神经瘤样本的RT-qPCR分析
543	2024-08-05	MUFFIN: a suite of tools for the analysis of functional sequencing data 2024-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae051 PMID:38745992	研究论文	MUFFIN是一个用于分析功能测序数据的Python工具包	MUFFIN提供了广泛的工具，填补了Python生态系统中缺失的功能，特别是针对非编码区域的分析	文章未详细讨论MUFFIN在处理特定种类样本时的局限性	开发一个适用于多种基因组测序分析的工具包	针对scRNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq数据集进行建模和分析	数字病理学	NA	NA	NA	测序数据	三个不同的scRNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq数据集
544	2024-08-04	Navigating colorectal cancer prognosis: A Treg-related signature discovered through single-cell and bulk transcriptomic approaches 2024-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24214 PMID:38459654	研究论文	本研究通过单细胞和大规模转录组方法发现了与Treg相关的结直肠癌预后标志	本研究结合了单细胞异质性和大规模转录组数据，构建了基于Treg相关特征的预后模型	临床应用验证尚需进一步研究，以及样本量的限制可能影响结果的普适性	研究结直肠癌的预后及其与调节性T细胞的关系	结直肠癌患者的Treg细胞及其相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序和大规模转录组分析	生存分析模型	基因表达数据	分析了GSE132465和GSE188711中结直肠癌的单细胞和大规模数据集
545	2024-08-04	Precision unveiled: Synergistic genomic landscapes in breast cancer-Integrating single-cell analysis and decoding drug toxicity for elite prognostication and tailored therapeutics 2024-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24205 PMID:38450906	研究论文	本研究探索了与T细胞相关的基因与谷氨酰胺代谢之间的关系，以构建乳腺癌患者的预后分级指标	创新点在于开发了一种TRG_GM分类器，整合了临床指标，提高了乳腺癌的预后预测能力	缺少对多种指标结合的深入探索以揭示不同维度的预后表现	研究旨在通过分析基因与代谢的关系，提升乳腺癌的个性化治疗效果	研究对象为乳腺癌患者及其相关的生物标志物	数字病理学	乳腺癌	机器学习，Cox分析，Lasso算法	NA	基因组数据，免疫特征数据	NA
546	2024-08-05	Integrative analysis of bulk RNA-seq and scRNA-seq data indicates the prognostic and immunologic values of SERPINH1 in glioma 2024-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24192 PMID:38506564	研究论文	本文章探讨了SERPINH1在胶质瘤中的预后和免疫学价值	本研究首次阐明了SERPINH1在胶质瘤中的表达及其作为独立预后因素的作用	仅使用了在线数据库的数据，未报告临床样本的多样性	研究SERPINH1在胶质瘤中的潜在价值	胶质瘤相关的RNA-seq和scRNA-seq数据	数字病理学	胶质瘤	RNA-seq，qRT-PCR，免疫组织化学	Cox回归分析	RNA序列数据	NA
547	2024-08-05	Exploring the causal relationship between antihypertensive drugs and glioblastoma by combining drug target Mendelian randomization study, eQTL colocalization, and single-cell RNA sequencing 2024-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24210 PMID:38450887	研究论文	本研究评估了抗高血压药物对神经胶质母细胞瘤的潜在因果影响	本研究首次结合了药物靶点孟德尔随机化研究、eQTL共定位以及单细胞RNA测序，探讨了抗高血压药物与神经胶质母细胞瘤之间的因果关系	需要更多的研究来验证这些发现，并进一步揭示血压与神经胶质母细胞瘤之间的复杂关系	评估血压和抗高血压药物对神经胶质母细胞瘤的潜在因果影响	针对5种抗高血压药物的研究对象，包括β-受体拮抗剂等	数字病理学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序、Mendelian随机化分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	欧洲人群的基因组广泛关联研究（GWAS）总结统计信息
548	2024-08-05	Clinicopathological role of Cyclin A2 in uterine corpus endometrial carcinoma: Integration of tissue microarrays and ScRNA-Seq 2024-Jun, The International journal of biological markers DOI:10.1177/03936155241238759 PMID:38646803	研究论文	研究Cyclin A2在子宫体内膜癌中的表达及其潜在分子作用	首次系统地评估Cyclin A2在子宫体内膜癌中的表达和预后意义，并结合了单细胞RNA测序分析	Cyclin A2未被确认为子宫体内膜癌中的独立预后因子	探讨Cyclin A2在子宫体内膜癌中的表达特征及其与预后的关系	收集子宫体内膜癌及正常子宫内膜组织样本	数字病理学	子宫癌	单细胞RNA测序	Cox回归模型	组织样本	共收集了32个内部子宫体内膜癌样本、30个正常子宫内膜样本、720个公共数据库中的子宫体内膜癌样本和165个对照样本
549	2024-08-05	Integrated enhancer regulatory network by enhancer-promoter looping in gastric cancer 2024-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae020 PMID:38720882	研究论文	本研究分析了胃癌细胞中增强子-启动子环状相互作用的调控网络	发现胃癌特异性增强子通过增强子-启动子环与近邻启动子相互作用激活多个基因，尤其是在胃癌细胞中表达的肿瘤相关基因	未提及具体的局限性	研究胃癌细胞中增强子如何调控癌基因转录	胃癌细胞系与正常胃上皮细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，CRISPR干扰	NA	基因表达数据	使用了两种胃癌细胞系和临床胃癌样本
550	2024-08-04	Cell communication pathway prognostic model identified detrimental neurodevelopmental pathways in neuroblastoma 2024-06, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.100997 PMID:38669760	研究论文	该文章开发了一种细胞通信通路预后模型，以识别神经母细胞瘤中的有害神经发育通路	文章提出了细胞通信通路预后模型（CCPPM），为研究细胞通信通路对疾病预后的影响提供了新的方法	由于样本量有限和单细胞RNA-seq数据的临床生存信息不完整，确定这些通信通路对预后的影响具有挑战性	研究细胞通信路径对神经母细胞瘤预后的影响	神经母细胞瘤的细胞通信通路	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA-seq和批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
551	2024-08-04	TIGIT Blockade Reshapes the Tumor Microenvironment Based on the Single-cell RNA-Sequencing Analysis 2024-Jun-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000511 PMID:38545758	研究论文	这篇文章研究了TIGIT阻断治疗对肿瘤微环境的影响。	文章提供了对TIGIT阻断后免疫微环境变化的新理解，并揭示了其在肿瘤免疫疗法中的潜力。	文章中没有提到具体的临床数据和长期疗效评估。	研究TIGIT阻断在肿瘤免疫治疗中的作用和机制。	小鼠在接受抗TIGIT治疗前后的单细胞RNA测序分析。	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞样本	在小鼠中进行的单细胞测序
552	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis 2024-Jun, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13770 PMID:38425094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫检查点抑制剂相关心肌炎中的固有免疫变化	本研究创建了免疫检查点抑制剂相关心肌炎的PBMC细胞图谱，并识别了S100A蛋白家族作为潜在的血清标志物	对免疫检查点抑制剂相关心肌炎的确切机制和特定治疗靶点尚待深入研究	鉴定免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征	免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者的外周血单核细胞样本	数字病理学	心肌炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	四组患者的PBMC样本
553	2024-08-05	Early life vaccination reprograms the metabolism and function of myeloid cells in neonates 2024-Jun, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13772 PMID:38424694	研究论文	本研究探讨了出生后疫苗接种对新生小鼠髓系细胞代谢和功能的影响	发现BCG疫苗接种通过增强mTOR/HIF1a信号通路和糖酵解，减少新生小鼠髓系抑制细胞的免疫抑制功能	尚需进一步研究以完全了解疫苗接种对新生儿免疫的细致影响	研究出生后疫苗接种对新生儿免疫系统的影响	新生小鼠的髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序，代谢物分析，功能分析	NA	生物样本	新生小鼠
554	2024-08-05	Narrow band imaging-based radiogenomics for predicting radiosensitivity in nasopharyngeal carcinoma 2024-Jun, European journal of radiology open IF:1.8Q3 DOI:10.1016/j.ejro.2024.100563 PMID:38681663	研究论文	本研究评估了窄带成像内镜在利用放射组学预测鼻咽癌放射敏感性的有效性，并探讨相关的分子机制	基于窄带成像的放射组学模型为预测鼻咽癌放射敏感性提供了一种新颖有效的方法	论文中未提及研究的局限性	研究的目的是评估窄带成像内镜在鼻咽癌放射敏感性预测中的有效性	参与研究的对象是57名经过病理诊断的鼻咽癌患者	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序	随机森林算法	图像	57名鼻咽癌患者
555	2024-08-04	Single-cell sequencing analysis of chronic subdural hematoma cell subpopulations and their potential therapeutic mechanisms 2024-Jun-01, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.110936 PMID:38554980	研究论文	该研究分析了慢性硬膜下血肿(CSDH)患者外围血液和术后切除血肿中的细胞亚群及其潜在治疗机制	首次通过单细胞测序对慢性硬膜下血肿中细胞进行详细分类，揭示了不同细胞在CSDH发病机制中的作用	尚未充分探讨不同细胞亚群在临床实践中的具体应用和影响	分析慢性硬膜下血肿患者血液和术后血肿中的细胞亚群，探索其在CSDH复发中的关联	慢性硬膜下血肿患者的外围血液和术后切除的血肿样本	数字病理学	慢性硬膜下血肿	单细胞测序	NA	细胞数据	分析了切除的血肿和外围血液中的细胞群体
556	2024-08-05	Targeting cellular senescence as a therapeutic vulnerability in gastric cancer 2024-Jun-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.122631 PMID:38621585	研究论文	本研究构建了一个胃癌的细胞衰老图谱，并探索了潜在的治疗方案	首次提出胃癌特异性细胞衰老评分（GSS）并发现其与临床结果有关联	本研究主要依赖于体外实验，临床验证尚需进一步研究	探讨细胞衰老在胃癌中的应用作为治疗脆弱性	胃癌患者中的细胞衰老相关调节因子	数字病理学	胃癌	scRNA-seq	NA	基因数据	38个与衰老相关的调节因子
557	2024-08-04	Unique challenges and best practices for single cell transcriptomic analysis in toxicology 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100475 PMID:38645720	综述	本综述探讨了在毒理学中应用单细胞转录组分析面临的独特挑战及最佳实践	提出了针对毒理学中单细胞转录组分析的关键挑战和实用分析解决方案	该论文未提供具体的实验数据或样本分析	提高单细胞转录组学在毒理学中的应用	单细胞转录组数据在毒理学中的应用	数字病理学	NA	NA	NA	转录组数据	NA
558	2024-08-04	Comprehensive single-cell transcriptomic profiling reveals molecular subtypes and prognostic biomarkers with implications for targeted therapy in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101948 PMID:38582059	研究论文	这篇文章揭示了食道鳞状细胞癌的分子亚型和预后生物标志物。	本研究通过单细胞转录组分析揭示了食道鳞状细胞癌的分子异质性和新的预后生物标志物。	该研究可能未涵盖所有可能的分子亚型和标志物，需进一步实验验证。	本研究旨在识别食道鳞状细胞癌中与DNA复制压力相关的生物标志物，以改善预后风险分层。	研究对象为食道鳞状细胞癌（ESCC）样本。	数字病理学	食道癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	ESCC样本（具体样本数未提供）
559	2024-08-04	High-dimensional deconstruction of ovarian cancer at single-cell precision reveals HEBP2 that reshape the TIME and drive carboplatin resistance 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101917 PMID:38554571	研究论文	该研究利用单细胞测序分析卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境，探讨不同巨噬细胞亚群在卵巢癌进展中的作用。	该研究首次揭示了脂肪酸相关基因HEBP2在卵巢癌化疗耐药中的重要作用，且说明了其在改变肿瘤免疫微环境中发挥的作用。	未提及具体的样本量和实验细节，可能对结果的普遍适用性产生影响。	旨在揭示卵巢癌化疗耐药的机制，并研究HEBP2在这一过程中的作用。	研究对象为卵巢癌患者的肿瘤组织及其免疫细胞环境。	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	肿瘤组织样本	未具体提及
560	2024-08-07	CCR7 affects the tumor microenvironment by regulating the activation of naïve CD8+ T cells to promote the proliferation of oral squamous cell carcinoma 2024-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101924 PMID:38430712	研究论文	本文研究了CCR7通过调节幼稚CD8+ T细胞的激活来影响口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤微环境的机制	首次深入研究了CCR7在肿瘤微环境中对幼稚CD8+ T细胞抗肿瘤免疫反应的作用	仅通过CCR7敲除小鼠模型进行研究，可能需要更多临床数据支持	探讨CCR7在口腔鳞状细胞癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	CCR7在口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的作用及对幼稚CD8+ T细胞的影响	NA	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	CCR7敲除小鼠模型