单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2024-08-05	FTO elicits tumor neovascularization in cancer-associated fibroblasts through eliminating m6A modifications of multiple pro-angiogenic factors 2024-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216911 PMID:38685450	研究论文	本研究揭示了FTO通过消除多种促血管生成因子的m6A修饰，促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）介导的肿瘤血管生成	首次明确了FTO在肿瘤微环境中对CAFs介导的血管生成的作用机制	本研究的局限性在于未能明确m6A修饰对CAFs激活的具体作用	探讨FTO在CAFs介导的血管生成中的作用及机制	研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	眼睑黑色素瘤	单细胞转录组分析、多组学分析	NA	mRNA	CAFs样本数量未明确
522	2024-08-04	Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis of Dermal Fibroblast Development in Perinatal Mouse Skin: Dynamic Lineage Differentiation and Key Driver Genes 2024-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.11.008 PMID:38072389	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和空间转录组学研究了胎儿鼠皮肤中真皮成纤维细胞的发展	首次系统分析了不同发育阶段的单细胞RNA测序数据，并识别了多个重要驱动基因	主要集中在小鼠的发育阶段，可能不适用于其他物种或更广泛的生物学过程	探讨皮肤发育过程中真皮成纤维细胞的动态谱系分化及其关键驱动基因	聚焦于不同发育阶段小鼠皮肤的真皮成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA数据	多个阶段的小鼠样本（胚胎13.5天，14.5天，16.5天和出生后0天，2天，4天）
523	2024-08-05	Hepatic organoids move from adolescence to maturity 2024-Jun, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.15893 PMID:38451053	研究论文	这篇文章探讨了肝脏类器官在肝脏研究中的贡献和未来发展	指出肝脏类器官在基本研究、药物发现和疾病病理生物学理解方面的四种先进应用	没有具体提及研究的局限性	旨在评估肝脏类器官在肝脏疾病研究中的应用	肝脏类器官及其在不同领域的应用	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序和CRISPR技术	类器官模型	细胞和组织	NA
524	2024-08-04	Single-cell and spatial transcriptomics analysis of human adrenal aging 2024-Jun, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101954 PMID:38718896	研究论文	本研究对人类肾上腺老化机制进行了单细胞和空间转录组分析	该研究是第一项在单细胞分辨率下详细分析人类老化肾上腺皮质的研究	由于人类肾上腺生物学的显著物种差异，相关机制的研究仍然不足	阐明人类肾上腺皮质的功能和结构变化与老化之间的关系	老化的人类肾上腺皮质	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学分析	NA	转录组数据	NA
525	2024-08-04	Atherosclerotic Plaque Epigenetic Age Acceleration Predicts a Poor Prognosis and Is Associated With Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Humans 2024-Jun, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320692 PMID:38634280	研究论文	该文章探讨了动脉粥样硬化斑块的表观遗传年龄加速（EAA）与心血管事件风险之间的关系	文章首次揭示了动脉粥样硬化斑块的EAA是预示未来不良预后的独立标志	研究局限于单一的观察性队列，缺乏更广泛人群的验证	探究动脉粥样硬化斑块的表观遗传年龄加速对心血管事件风险的预测能力	研究对象包括485例人类颈动脉动脉粥样硬化斑块和93例血液样本	数字病理	心血管疾病	全基因组DNA甲基化分析和单细胞RNA测序	Cox回归模型	血液和组织样本	总样本数为578例，其中斑块样本485例，血液样本93例
526	2024-08-05	NK Cell-Monocyte Cross-talk Underlies NK Cell Activation in Severe COVID-19 2024-Jun-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300731 PMID:38578283	研究论文	这篇文章探讨了重症COVID-19患者外周血中的NK细胞与单核细胞之间的相互作用及其对NK细胞激活和功能障碍的影响	首次结合了细胞间通讯分析与体外原代细胞共培养实验，以揭示COVID-19中NK细胞功能障碍的机制	仅在体外模型中进行验证，尚未在活体系统中进行全面观察	了解重症COVID-19中NK细胞功能障碍的机制	重症COVID-19患者的NK细胞和单核细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，体外共培养实验	NA	细胞数据	健康供体的NK细胞与来自重症COVID-19患者或健康供体的单核细胞共培养
527	2024-08-05	Integration of multiomics analyses reveals unique insights into CD24-mediated immunosuppressive tumor microenvironment of breast cancer 2024-Jun, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01882-9 PMID:38622285	研究论文	本研究揭示了CD24介导的乳腺癌免疫抑制肿瘤微环境的独特见解	使用多组学分析方法深入探索了CD24与免疫细胞的相互作用及其对预后模型的影响	未探讨所有可能的免疫标志物，可能限制了研究的全面性	探讨CD24在乳腺癌中的免疫调节作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	CD24相关基因及其与免疫细胞之间的相互作用	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq和MQIF	机器学习预后模型	基因表达数据	基于 bulk RNA-seq 数据构建的风险模型包含1488个差异基因
528	2024-08-05	Integrated single-cell transcriptome and T cell receptor profiling reveals defects of T cell exhaustion in pulmonary tuberculosis 2024-Jun, The Journal of infection IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.jinf.2024.106158 PMID:38642678	研究论文	本研究利用单细胞转录组学和T细胞受体分析揭示了肺结核中T细胞耗竭的缺陷。	首次探索了肺结核中T细胞耗竭的功能障碍，并揭示了CD8+ T细胞的耗竭水平显著降低。	未能完全明确慢性炎症的性质和免疫抑制细胞的特定作用	探讨肺结核中T细胞耗竭的功能障碍及其可能的影響	研究了肺结核患者中的T细胞耗竭响应与免疫抑制细胞	数字病理学	肺结核	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
529	2024-08-04	Single-cell sequencing reveals distinct immune cell features in cutaneous lesions of pemphigus vulgaris and bullous pemphigoid 2024-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110219 PMID:38631594	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了天疱疮和大疱性类天疱疮皮肤损伤中的免疫细胞特征	首次通过单细胞RNA测序和单细胞VDJ测序详细分析了BP和PV皮肤损伤中的免疫细胞组成和状态	对皮肤损伤中的免疫特征的认识仍然有限，可能需要更大的样本量和其他生物标志物的验证	探究BP和PV皮肤损伤中的免疫细胞特征和转录谱	大疱性类天疱疮和天疱疮患者的皮肤病变	数字病理学	大疱性类天疱疮，天疱疮	单细胞RNA测序，单细胞VDJ测序	NA	细胞转录组数据	涉及BP和PV患者的皮肤损伤样本
530	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing analysis of vestibular schwannoma reveals functionally distinct macrophage subsets 2024-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02646-2 PMID:38480935	研究论文	本研究分析了前庭神经瘤中功能上不同的巨噬细胞亚群	本研究首次利用单细胞RNA测序技术揭示了前庭神经瘤中巨噬细胞的三种不同亚群及其基因表达特征	样本量较小，仅分析了三例前庭神经瘤样本，可能影响结果的广泛性	评估前庭神经瘤中巨噬细胞的表型和功能特征	前庭神经瘤样本中的巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三例前庭神经瘤样本和十例前庭神经瘤样本的RT-qPCR分析
531	2024-08-05	MUFFIN: a suite of tools for the analysis of functional sequencing data 2024-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae051 PMID:38745992	研究论文	MUFFIN是一个用于分析功能测序数据的Python工具包	MUFFIN提供了广泛的工具，填补了Python生态系统中缺失的功能，特别是针对非编码区域的分析	文章未详细讨论MUFFIN在处理特定种类样本时的局限性	开发一个适用于多种基因组测序分析的工具包	针对scRNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq数据集进行建模和分析	数字病理学	NA	NA	NA	测序数据	三个不同的scRNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq数据集
532	2024-08-04	Navigating colorectal cancer prognosis: A Treg-related signature discovered through single-cell and bulk transcriptomic approaches 2024-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24214 PMID:38459654	研究论文	本研究通过单细胞和大规模转录组方法发现了与Treg相关的结直肠癌预后标志	本研究结合了单细胞异质性和大规模转录组数据，构建了基于Treg相关特征的预后模型	临床应用验证尚需进一步研究，以及样本量的限制可能影响结果的普适性	研究结直肠癌的预后及其与调节性T细胞的关系	结直肠癌患者的Treg细胞及其相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序和大规模转录组分析	生存分析模型	基因表达数据	分析了GSE132465和GSE188711中结直肠癌的单细胞和大规模数据集
533	2024-08-04	Precision unveiled: Synergistic genomic landscapes in breast cancer-Integrating single-cell analysis and decoding drug toxicity for elite prognostication and tailored therapeutics 2024-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24205 PMID:38450906	研究论文	本研究探索了与T细胞相关的基因与谷氨酰胺代谢之间的关系，以构建乳腺癌患者的预后分级指标	创新点在于开发了一种TRG_GM分类器，整合了临床指标，提高了乳腺癌的预后预测能力	缺少对多种指标结合的深入探索以揭示不同维度的预后表现	研究旨在通过分析基因与代谢的关系，提升乳腺癌的个性化治疗效果	研究对象为乳腺癌患者及其相关的生物标志物	数字病理学	乳腺癌	机器学习，Cox分析，Lasso算法	NA	基因组数据，免疫特征数据	NA
534	2024-08-05	Integrative analysis of bulk RNA-seq and scRNA-seq data indicates the prognostic and immunologic values of SERPINH1 in glioma 2024-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24192 PMID:38506564	研究论文	本文章探讨了SERPINH1在胶质瘤中的预后和免疫学价值	本研究首次阐明了SERPINH1在胶质瘤中的表达及其作为独立预后因素的作用	仅使用了在线数据库的数据，未报告临床样本的多样性	研究SERPINH1在胶质瘤中的潜在价值	胶质瘤相关的RNA-seq和scRNA-seq数据	数字病理学	胶质瘤	RNA-seq，qRT-PCR，免疫组织化学	Cox回归分析	RNA序列数据	NA
535	2024-08-05	Exploring the causal relationship between antihypertensive drugs and glioblastoma by combining drug target Mendelian randomization study, eQTL colocalization, and single-cell RNA sequencing 2024-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24210 PMID:38450887	研究论文	本研究评估了抗高血压药物对神经胶质母细胞瘤的潜在因果影响	本研究首次结合了药物靶点孟德尔随机化研究、eQTL共定位以及单细胞RNA测序，探讨了抗高血压药物与神经胶质母细胞瘤之间的因果关系	需要更多的研究来验证这些发现，并进一步揭示血压与神经胶质母细胞瘤之间的复杂关系	评估血压和抗高血压药物对神经胶质母细胞瘤的潜在因果影响	针对5种抗高血压药物的研究对象，包括β-受体拮抗剂等	数字病理学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序、Mendelian随机化分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	欧洲人群的基因组广泛关联研究（GWAS）总结统计信息
536	2024-08-05	Clinicopathological role of Cyclin A2 in uterine corpus endometrial carcinoma: Integration of tissue microarrays and ScRNA-Seq 2024-Jun, The International journal of biological markers DOI:10.1177/03936155241238759 PMID:38646803	研究论文	研究Cyclin A2在子宫体内膜癌中的表达及其潜在分子作用	首次系统地评估Cyclin A2在子宫体内膜癌中的表达和预后意义，并结合了单细胞RNA测序分析	Cyclin A2未被确认为子宫体内膜癌中的独立预后因子	探讨Cyclin A2在子宫体内膜癌中的表达特征及其与预后的关系	收集子宫体内膜癌及正常子宫内膜组织样本	数字病理学	子宫癌	单细胞RNA测序	Cox回归模型	组织样本	共收集了32个内部子宫体内膜癌样本、30个正常子宫内膜样本、720个公共数据库中的子宫体内膜癌样本和165个对照样本
537	2024-08-05	Integrated enhancer regulatory network by enhancer-promoter looping in gastric cancer 2024-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae020 PMID:38720882	研究论文	本研究分析了胃癌细胞中增强子-启动子环状相互作用的调控网络	发现胃癌特异性增强子通过增强子-启动子环与近邻启动子相互作用激活多个基因，尤其是在胃癌细胞中表达的肿瘤相关基因	未提及具体的局限性	研究胃癌细胞中增强子如何调控癌基因转录	胃癌细胞系与正常胃上皮细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，CRISPR干扰	NA	基因表达数据	使用了两种胃癌细胞系和临床胃癌样本
538	2024-08-04	Cell communication pathway prognostic model identified detrimental neurodevelopmental pathways in neuroblastoma 2024-06, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.100997 PMID:38669760	研究论文	该文章开发了一种细胞通信通路预后模型，以识别神经母细胞瘤中的有害神经发育通路	文章提出了细胞通信通路预后模型（CCPPM），为研究细胞通信通路对疾病预后的影响提供了新的方法	由于样本量有限和单细胞RNA-seq数据的临床生存信息不完整，确定这些通信通路对预后的影响具有挑战性	研究细胞通信路径对神经母细胞瘤预后的影响	神经母细胞瘤的细胞通信通路	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA-seq和批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
539	2024-08-04	TIGIT Blockade Reshapes the Tumor Microenvironment Based on the Single-cell RNA-Sequencing Analysis 2024-Jun-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000511 PMID:38545758	研究论文	这篇文章研究了TIGIT阻断治疗对肿瘤微环境的影响。	文章提供了对TIGIT阻断后免疫微环境变化的新理解，并揭示了其在肿瘤免疫疗法中的潜力。	文章中没有提到具体的临床数据和长期疗效评估。	研究TIGIT阻断在肿瘤免疫治疗中的作用和机制。	小鼠在接受抗TIGIT治疗前后的单细胞RNA测序分析。	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞样本	在小鼠中进行的单细胞测序
540	2024-08-05	Narrow band imaging-based radiogenomics for predicting radiosensitivity in nasopharyngeal carcinoma 2024-Jun, European journal of radiology open IF:1.8Q3 DOI:10.1016/j.ejro.2024.100563 PMID:38681663	研究论文	本研究评估了窄带成像内镜在利用放射组学预测鼻咽癌放射敏感性的有效性，并探讨相关的分子机制	基于窄带成像的放射组学模型为预测鼻咽癌放射敏感性提供了一种新颖有效的方法	论文中未提及研究的局限性	研究的目的是评估窄带成像内镜在鼻咽癌放射敏感性预测中的有效性	参与研究的对象是57名经过病理诊断的鼻咽癌患者	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序	随机森林算法	图像	57名鼻咽癌患者