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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2024-08-04 |
A novel single-cell model reveals ferroptosis-associated biomarkers for individualized therapy and prognostic prediction in hepatocellular carcinoma
2024-Jun-10, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01931-z
PMID:38853238
|
研究论文 | 本研究探讨了一种与铁死亡相关的单细胞预测模型,以改善肝细胞癌(HCC)的治疗反应和预后预测。 | 通过LASSO-Cox算法构建了一个包含10个与铁死亡相关的单细胞生物标志物的新模型,提供了个性化治疗和预后预测的新视角。 | 未明确提及研究的局限性 | 旨在提高肝细胞癌患者的治疗反应和预后预测准确性。 | 研究对象为肝细胞癌细胞及其相关的单细胞生物标志物。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | LASSO-Cox模型 | 基因表达数据 | 涉及HCC细胞亚群体的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 482 | 2024-08-04 |
Deciphering the genetic code of neuronal type connectivity through bilinear modeling
2024-Jun-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.91532
PMID:38857169
|
研究论文 | 本研究提出了一种新的双线性建模方法,用于解码神经元类型之间的遗传连接方式 | 该模型首次将基因表达与连接组数据相结合,成功捕捉了神经元之间的遗传相互作用 | 样本数据有限,模型在特定类型神经元的连接解读中可能存在局限性 | 研究神经元类型之间的遗传连接及其对大脑功能的影响 | 利用小鼠视网膜神经元数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | 双线性模型 | 基因表达数据 | 小鼠视网膜神经元数据集中包含的样本数量未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 483 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA-seq reveals the effects of the FecB mutation on the transcriptome profile in ovine cumulus cells
2024-06-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-64001-y
PMID:38849498
|
研究论文 | 研究FecB突变对绵羊卵泡细胞转录组特征的影响 | 采用单细胞RNA测序技术揭示了不同FecB基因型的卵泡细胞在基因表达上的异质性 | 研究中未涉及其他可能影响卵泡细胞分化的遗传因素 | 探索FecB突变如何影响绵羊卵泡细胞的分化过程 | 来自不同FecB基因型的小尾寒羊的卵泡细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三种FecB基因型的小尾寒羊卵泡细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 484 | 2024-08-05 |
B cell-mediated antigen presentation promotes adverse cardiac remodeling in chronic heart failure
2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.08.593153
PMID:38766182
|
研究论文 | 本文探讨脾脏B细胞通过MHC II介导的抗原呈现对慢性心力衰竭的影响 | 首次揭示了脾脏B细胞在慢性心力衰竭中通过MHC II介导的抗原呈现促进不良心脏重塑的机制 | 对特定免疫细胞在心脏重塑中的具体作用机制的理解仍然有限 | 研究脾脏B细胞在慢性心力衰竭中的作用 | 小鼠和人类心肌梗塞患者的脾脏B细胞 | 心血管疾病 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠 | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 485 | 2024-08-04 |
S100A16 is a potential target for reshaping the tumor microenvironment in the hypoxic context of liver cancer
2024-Jun-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112076
PMID:38733818
|
研究论文 | 本文研究了S100A16在肝癌肿瘤微环境中的作用,尤其是在缺氧条件下的表现 | 首次揭示了S100A16与肝癌缺氧微环境中免疫细胞浸润的显著关联 | 尚需进一步研究以明确S100A16在肝癌不同阶段的具体功能及机制 | 探讨S100A16在肝癌肿瘤微环境中,特别是在缺氧背景下的作用 | 肝癌肿瘤组织及其免疫细胞浸润的特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 武汉队列的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 486 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA-seq reveals the role of YAP1 in prefrontal cortex microglia in depression
2024-Jun-07, BMC neurology
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12883-024-03685-1
PMID:38849737
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了YAP1在抑郁症前额叶皮层小胶质细胞中的致病机制 | 识别YAP1作为抑郁症发展中的关键分子,并提出其作为预测抑郁症发作的生物标志物的潜力 | NA | 探讨YAP1在抑郁症前额叶皮层小胶质细胞中的作用 | 正常和抑郁前额叶皮层组织的小胶质细胞 | 数字病理学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 公共数据库中的单细胞RNA测序数据集以及临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 487 | 2024-08-04 |
The curses of performing differential expression analysis using single-cell data
2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.596315
PMID:38853843
|
研究论文 | 本文探讨了在单细胞转录组学中进行差异表达分析的挑战与局限性 | 提出了一种新的范式来应对单细胞差异表达分析中的多个问题 | 现有工作流程在归一化、过多零值、供体效应和累积偏差等方面存在显著缺陷 | 研究单细胞转录组学中的差异表达分析的挑战 | 单细胞数据中的差异表达基因 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 488 | 2024-08-05 |
Remodeling ceramide homeostasis promotes functional maturation of human pluripotent stem cell-derived β cells
2024-Jun-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.04.010
PMID:38697109
|
研究论文 | 该研究探讨了人类多能干细胞来源的β细胞的功能成熟过程 | 揭示了蜕膜代谢重塑,尤其是对神经酰胺代谢活动的下调对β细胞成熟的重要性 | 研究中具体的细胞标志物和环境因素对成熟过程的影响未深入探讨 | 研究人类胰腺β细胞的成熟机制及其功能获得 | 人类多能干细胞来源的β细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞转座酶易接触染色质测序 (scATAC-seq) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 489 | 2024-08-04 |
Smoking-induced CCNA2 expression promotes lung adenocarcinoma tumorigenesis by boosting AT2/AT2-like cell differentiation
2024-Jun-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216922
PMID:38704137
|
研究论文 | 该论文探讨了吸烟诱导的CCNA2表达如何通过促进AT2/AT2样细胞的分化来促进肺腺癌肿瘤发生 | 揭示了吸烟诱导的CCNA2过表达及其对WNT/β-catenin信号通路的抑制作为控制AT2细胞分化和肺腺癌肿瘤发生的新机制 | 研究中没有探讨其他可能影响CCNA2表达和肿瘤发生的因素 | 本研究旨在探讨吸烟如何影响与肺腺癌相关的AT2细胞分化机制 | 研究对象为肺腺癌及其相关细胞,特别关注AT2细胞及其转变为AT2样细胞的过程 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 包含147个差异表达基因的分析 | NA | NA | NA | NA |
| 490 | 2024-08-05 |
Adipocyte Progenitor Pools Composition and Cellular Niches Affect Adipogenesis Divergence in Porcine Subcutaneous and Intramuscular Fat
2024-Jun-07, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c01044
PMID:38848240
|
研究论文 | 本研究探讨了猪的皮下脂肪和内脏脂肪在脂肪生成过程中的差异 | 揭示了猪的皮下脂肪和内脏脂肪在脂肪生成的内在和微环境机制上的新发现 | 研究可能未涵盖所有脂肪细胞类型的差异 | 深入理解猪的皮下脂肪和内脏脂肪间的脂肪生成差异 | 研究对象为猪的皮下脂肪和内脏脂肪细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 未具体提到样本量 | NA | NA | NA | NA |
| 491 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal a high glycolysis B cell and tumor-associated macrophages cluster correlated with poor prognosis and exhausted immune microenvironment in diffuse large B-cell lymphoma
2024-Jun-05, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00605-w
PMID:38840205
|
研究论文 | 这项研究揭示了与差生大B细胞淋巴瘤相关的高糖酵解B细胞和肿瘤相关巨噬细胞群体的代谢特征。 | 创新点在于首次利用单细胞转录组学和空间转录组学揭示糖酵解在DLBCL进展中的作用及其与免疫微环境的关系。 | 样本量相对有限,可能影响结果的普遍性和推广性。 | 研究DLBCL进展中的代谢特征,为个性化治疗提供依据。 | 研究对象包括高度恶性DLBCL细胞及其相关的肿瘤相关巨噬细胞。 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学、免疫组化、免疫荧光 | NA | 多组学数据 | 5个单细胞转录组样本,966个总体转录组样本,10个空间转录组样本,34个免疫组化样本和20个免疫荧光样本 | NA | NA | NA | NA |
| 492 | 2024-08-04 |
HyperGCN: an effective deep representation learning framework for the integrative analysis of spatial transcriptomics data
2024-Jun-05, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10469-x
PMID:38840049
|
研究论文 | 本文提出了HyperGCN框架用于空间转录组数据的综合分析 | HyperGCN利用超图引导的图卷积网络处理高几何复杂度的组织,提升了空间转录组数据的分析能力 | NA | 研究空间转录组数据的综合分析方法 | 来自不同组织和技术的数据集,包括人类前额叶皮层、人类乳腺肿瘤等 | 数字病理学 | 乳腺癌 | NA | 超图卷积网络 | 转录组数据 | 四个真实数据集,包括不同组织和技术 | NA | NA | NA | NA |
| 493 | 2024-08-07 |
Author Correction: Multiplexed bulk and single-cell RNA-seq hybrid enables cost-efficient disease modeling with chimeric organoids
2024-Jun-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48984-w
PMID:38839746
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 494 | 2024-08-05 |
Integrative bioinformatics approach yields a novel gene expression risk model for prognosis and progression prediction in prostate cancer
2024-Jun, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18405
PMID:38842134
|
研究论文 | 本文构建了一个基于基因表达的新型前列腺癌预后和进展预测风险模型 | 开发了一个整合多种数据集的风险模型,并鉴定出八个独立预后因子 | 模型的验证仅通过一个独立数据集进行,可能限制了其广泛适用性 | 旨在建立一个有效的前列腺癌进展预测模型 | 前列腺癌患者,重点分析基因表达与无进展生存期之间的关系 | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了两例去势相关前列腺癌和两例激素相关前列腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 495 | 2024-08-05 |
3D model of mouse embryonic pancreas and endocrine compartment using stem cell-derived mesoderm and pancreatic progenitors
2024-Jun-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109959
PMID:38832019
|
研究论文 | 本研究旨在通过将小鼠胚胎干细胞分化为中胚层祖细胞和胰腺祖细胞来生成胰腺聚集体 | 该工作使用干细胞衍生的中胚层和胰腺前体生成胰腺模型,且不使用Matrigel,首次展示了PP与MP聚集的效果 | 该研究可能在组织的形态和功能复现方面存在局限性,未考虑其他可能影响胰腺发育的因素 | 研究小鼠胰腺的发育及其内分泌腺的形成机制 | 小鼠胚胎干细胞及其衍生的中胚层祖细胞和胰腺祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 496 | 2024-08-05 |
Molecular maps of synovial cells in inflammatory arthritis using an optimized synovial tissue dissociation protocol
2024-Jun-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109707
PMID:38832018
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研究论文 | 本研究优化了滑膜组织活检的解离方法,为单细胞组学研究创建了人类滑膜在炎症性关节炎中的单细胞图谱 | 提出了一种有效的滑膜解离方法,并建立了包含多种滑膜细胞亚群的新型单细胞RNA-seq图谱 | 研究中仅涉及了25个滑膜组织样本,可能限制结果的普适性 | 优化滑膜组织解离协议,以提升单细胞组学研究的效率 | 来自25个患有炎症性关节炎的滑膜组织的单细胞 | 数字病理学 | 炎症性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及25个滑膜组织样本,包含超过100,000个未分拣的滑膜细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 497 | 2024-08-05 |
Qi Lang formula relieves constipation via targeting SCF/c-kit signaling pathway: An integrated study of network pharmacology and experimental validation
2024-Jun-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31860
PMID:38841509
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研究论文 | 本研究探讨了Qi Lang公式(QLF)通过靶向SCF/c-kit信号通路在缓解便秘中的作用 | 阐明了QLF在促进ICC增殖以及恢复神经递质水平的机制 | 本研究仅在大鼠模型中进行,可能限制了其临床应用的普遍性 | 揭示Qi Lang公式缓解便秘的潜在机制 | 通过分析QLF及其靶点来研究与ICC相关的便秘 | 数字病理学 | 便秘 | UPLC-MS/MS, scRNA-seq, ELISA, Western blot, 免疫荧光 | NA | NA | 使用大鼠模型进行实验,具体样本数量未说明 | NA | NA | NA | NA |
| 498 | 2024-08-04 |
Single-cell and bulk RNA-seq unveils the immune infiltration landscape associated with cuproptosis in cerebral cavernous malformations
2024-Jun-05, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00603-y
PMID:38835051
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研究论文 | 该研究揭示了与杯死亡相关的分子特征在脑海绵状血管畸形中的作用 | 首次展示了杯死亡与脑海绵状血管畸形病理之间的分子联系以及新识别的三个关键基因 | 研究中的样本数量较小,可能影响结果的广泛适用性 | 探讨与脑海绵状血管畸形发展相关的杯死亡分子特征 | 分析了15例脑海绵状血管畸形样本和6例对照样本 | 数字病理学 | 脑海绵状血管畸形 | RNA测序 | 机器学习模型(LASSO和随机森林) | 基因表达数据 | 15例脑海绵状血管畸形样本和6例对照样本 | NA | NA | NA | NA |
| 499 | 2024-08-04 |
Deciphering the role of zinc homeostasis in the tumor microenvironment and prognosis of prostate cancer
2024-Jun-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01006-z
PMID:38833013
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研究论文 | 这篇文章探讨了锌稳态在前列腺癌肿瘤微环境和预后中的作用 | 构建了锌稳态模式亚型并开发了锌稳态相关风险评分以改进前列腺癌预后预测 | 锌稳态在前列腺癌中的具体影响尚未完全探明 | 研究锌稳态在前列腺癌中的作用及其对预后的影响 | 前列腺癌患者的临床样本和相关基因 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序,贝叶斯网络推断 | 多种机器学习算法 | 临床样本,基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 500 | 2024-08-04 |
Specialized Tfh cell subsets driving type-1 and type-2 humoral responses in lymphoid tissue
2024-Jun-04, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-024-00681-0
PMID:38834551
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研究论文 | 该研究探讨了T滤泡辅助细胞(Tfh)在类型1和类型2免疫反应中的特化功能 | 通过机器学习方法建立了能够区分Tfh1和Tfh2细胞的基因表达特征 | 缺乏对人类免疫反应的全面验证,主要基于小鼠模型 | 研究在不同免疫状况下Tfh细胞的特殊化以及其在生发中心中的功能 | 聚焦于Tfh细胞在类型1和类型2免疫反应下的特化及其在淋巴结中的定位 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学,机器学习 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本和人类个体样本 | NA | NA | NA | NA |