单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-08-04	Gut-Derived Exosomes Mediate the Microbiota Dysbiosis-Induced Spermatogenesis Impairment by Targeting Meioc in Mice 2024-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310110 PMID:38526201	研究论文	这项研究展示了肠来源的外泌体如何通过靶向Meioc导致肠道微生物失调引起的精子发生障碍	本研究首次揭示了非生殖组织来源的外泌体在精子发生调节中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚需在人类模型中验证	探讨肠道微生物失调对小鼠精子发生的影响及其机制	本研究以肠道微生物失调的小鼠为研究对象	数字病理学	肥胖症和肠道炎症疾病	单细胞测序	NA	循环外泌体	使用肠道微生物失调的小鼠与野生小鼠进行对比
462	2024-08-04	A novel single-cell model reveals ferroptosis-associated biomarkers for individualized therapy and prognostic prediction in hepatocellular carcinoma 2024-Jun-10, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01931-z PMID:38853238	研究论文	本研究探讨了一种与铁死亡相关的单细胞预测模型，以改善肝细胞癌(HCC)的治疗反应和预后预测。	通过LASSO-Cox算法构建了一个包含10个与铁死亡相关的单细胞生物标志物的新模型，提供了个性化治疗和预后预测的新视角。	未明确提及研究的局限性	旨在提高肝细胞癌患者的治疗反应和预后预测准确性。	研究对象为肝细胞癌细胞及其相关的单细胞生物标志物。	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO-Cox模型	基因表达数据	涉及HCC细胞亚群体的单细胞样本
463	2024-08-04	Deciphering the genetic code of neuronal type connectivity through bilinear modeling 2024-Jun-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91532 PMID:38857169	研究论文	本研究提出了一种新的双线性建模方法，用于解码神经元类型之间的遗传连接方式	该模型首次将基因表达与连接组数据相结合，成功捕捉了神经元之间的遗传相互作用	样本数据有限，模型在特定类型神经元的连接解读中可能存在局限性	研究神经元类型之间的遗传连接及其对大脑功能的影响	利用小鼠视网膜神经元数据集进行分析	数字病理学	NA	单细胞转录组学	双线性模型	基因表达数据	小鼠视网膜神经元数据集中包含的样本数量未具体说明
464	2024-08-05	Single-Cell Transcriptomics Revealed White Matter Repair Following Subarachnoid Hemorrhage 2024-Jun-11, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01265-6 PMID:38861152	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析，揭示了蛛网膜下腔出血后白 matter 修复的机理	首次识别出SAH模型小鼠中微胶质细胞和少突胶质细胞前体细胞之间的重要互作及其信号通路	主要集中在小鼠模型上，结果转化到人类的有效性尚需进一步验证	探究蛛网膜下腔出血后大脑细胞亚群在急性和亚急性阶段的作用	蛛网膜下腔出血模型小鼠及其大脑细胞亚群	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	SAH模型小鼠
465	2024-08-05	Unveiling novel cell clusters and biomarkers in glioblastoma and its peritumoral microenvironment at the single-cell perspective 2024-Jun-08, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05313-5 PMID:38851695	研究论文	该研究以单细胞视角描绘了胶质母细胞瘤及其肿瘤周围微环境的细胞景观	首次发现了胶质母细胞瘤中新的细胞亚群和生物标志物，并为精准治疗提供了理论依据	样本量较小，仅包含4名患者的8个组织样本，因此结果的普遍适用性可能受到限制	描绘胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境的细胞景观，以发现新的细胞亚型和生物标志物	4名胶质母细胞瘤患者的组织样本	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	组织样本	8个组织样本，来自4名胶质母细胞瘤患者
466	2024-08-04	Single-cell RNA-seq reveals the effects of the FecB mutation on the transcriptome profile in ovine cumulus cells 2024-06-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-64001-y PMID:38849498	研究论文	研究FecB突变对绵羊卵泡细胞转录组特征的影响	采用单细胞RNA测序技术揭示了不同FecB基因型的卵泡细胞在基因表达上的异质性	研究中未涉及其他可能影响卵泡细胞分化的遗传因素	探索FecB突变如何影响绵羊卵泡细胞的分化过程	来自不同FecB基因型的小尾寒羊的卵泡细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三种FecB基因型的小尾寒羊卵泡细胞样本
467	2024-08-05	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.20.594719 PMID:38826447	研究论文	本研究详细描绘了小鼠卵巢中排卵的单细胞和时空特征	首次以单细胞分辨率描述排卵过程的精确时机，并揭示了卵巢细胞类型的时序转录状态和特定的定位特征	研究仅限于小鼠卵巢的排卵过程，尚未验证其他物种的适用性	研究排卵过程中的细胞动态变化和分子机制	小鼠卵巢中的细胞类型及其在排卵过程中的变化	数字病理学	NA	RNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA数据	成对小鼠卵巢
468	2024-08-05	B cell-mediated antigen presentation promotes adverse cardiac remodeling in chronic heart failure 2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.08.593153 PMID:38766182	研究论文	本文探讨脾脏B细胞通过MHC II介导的抗原呈现对慢性心力衰竭的影响	首次揭示了脾脏B细胞在慢性心力衰竭中通过MHC II介导的抗原呈现促进不良心脏重塑的机制	对特定免疫细胞在心脏重塑中的具体作用机制的理解仍然有限	研究脾脏B细胞在慢性心力衰竭中的作用	小鼠和人类心肌梗塞患者的脾脏B细胞	心血管疾病	心力衰竭	单细胞RNA测序	转基因小鼠	细胞	NA
469	2024-08-04	Stress-free single-cell transcriptomic profiling and functional genomics of murine eosinophils 2024-Jun, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-00967-3 PMID:38504138	研究论文	该文章涉及一种无压力的小鼠嗜酸性粒细胞的单细胞转录组分析和功能基因组学方法	开发了一种无压力的协议，能够高质量地捕获小鼠组织内嗜酸性粒细胞的单细胞RNA，并揭示了其在结肠炎中的不同肠道亚群及作用	需要较高的技术水平，虽然方法可被任何具备基础分子生物学和流式细胞术技能的研究人员使用，但仍需适应其他粒细胞	研究嗜酸性粒细胞的异质性及其在健康和疾病中的功能	小鼠嗜酸性粒细胞及其在不同组织中的亚群	数字病理学	结肠炎	单细胞RNA捕获，CRISPR基因筛选	NA	RNA数据	多种组织来源的嗜酸性粒细胞
470	2024-08-04	S100A16 is a potential target for reshaping the tumor microenvironment in the hypoxic context of liver cancer 2024-Jun-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112076 PMID:38733818	研究论文	本文研究了S100A16在肝癌肿瘤微环境中的作用，尤其是在缺氧条件下的表现	首次揭示了S100A16与肝癌缺氧微环境中免疫细胞浸润的显著关联	尚需进一步研究以明确S100A16在肝癌不同阶段的具体功能及机制	探讨S100A16在肝癌肿瘤微环境中，特别是在缺氧背景下的作用	肝癌肿瘤组织及其免疫细胞浸润的特征	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	组织样本	武汉队列的样本
471	2024-08-04	Identification of CXCL13 as a Promising Biomarker for Immune Checkpoint Blockade Therapy and PARP Inhibitor Therapy in Ovarian Cancer 2024-Jun-10, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01207-5 PMID:38856873	研究论文	这篇文章探讨了CXCL13作为卵巢癌中免疫检查点抑制疗法和PARP抑制剂疗法的潜在生物标志物。	CXCL13不仅反映了HRD状态，还提出了卵巢癌中ICB预测性生物标志物的新视角。	该研究可能受到样本选择和数据来源的限制，可能影响结果的广泛适用性。	研究CXCL13在卵巢癌免疫检查点抑制疗法中的生物标志物作用。	卵巢癌患者的HRD肿瘤及相关免疫微环境。	数字病理学	卵巢癌	基因组测序、免疫组化、单细胞测序	NA	生物标志物数据、临床试验数据	通过公共数据库收集的数据，样本数量不详
472	2024-08-04	Single-cell RNA-seq reveals the role of YAP1 in prefrontal cortex microglia in depression 2024-Jun-07, BMC neurology IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12883-024-03685-1 PMID:38849737	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了YAP1在抑郁症前额叶皮层小胶质细胞中的致病机制	识别YAP1作为抑郁症发展中的关键分子，并提出其作为预测抑郁症发作的生物标志物的潜力	NA	探讨YAP1在抑郁症前额叶皮层小胶质细胞中的作用	正常和抑郁前额叶皮层组织的小胶质细胞	数字病理学	抑郁症	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	公共数据库中的单细胞RNA测序数据集以及临床样本
473	2024-08-04	The curses of performing differential expression analysis using single-cell data 2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596315 PMID:38853843	研究论文	本文探讨了在单细胞转录组学中进行差异表达分析的挑战与局限性	提出了一种新的范式来应对单细胞差异表达分析中的多个问题	现有工作流程在归一化、过多零值、供体效应和累积偏差等方面存在显著缺陷	研究单细胞转录组学中的差异表达分析的挑战	单细胞数据中的差异表达基因	数字病理学	NA	NA	NA	单细胞转录组数据	NA
474	2024-08-04	Somatic mutations associate with clonal expansion of CD8+ T cells 2024-Jun-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj0787 PMID:38848368	研究论文	本文研究了CD8+ T细胞中的体细胞突变与克隆扩增之间的关系	揭示了非恶性T细胞中的突变谱，并首次确认CD8细胞中的非同义变异频率高于同义变异	未明确提及对样本选择和其他T细胞类型的影响	了解体细胞突变对CD8 T细胞扩增的影响	来自90位血液和免疫疾病患者的CD8和CD4 T细胞	数字病理学	免疫疾病	单细胞测序	NA	细胞	90名患者的T细胞
475	2024-08-05	Prediction of Clinically Significant Prostate Cancer by a Specific Collagen-related Transcriptome, Proteome, and Urinome Signature 2024-Jun-07, European urology oncology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.euo.2024.05.014 PMID:38851995	研究论文	该文章分析了与胶原相关的转录组、蛋白组和尿液组的变化，以检测临床显著性前列腺癌	通过胶原相关转录组、蛋白组和尿液组的特征建立了机器学习模型，显著优于传统的前列腺特异抗原 (PSA) 方法	本研究的一个局限性是其回顾性特征	研究胶原在前列腺癌检测中的作用	涉及临床显著性前列腺癌患者的转录组、蛋白组和尿液组数据	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序，机器学习	机器学习模型	转录组数据，蛋白组数据，尿液组数据	转录组1393个，蛋白组104个，尿液组923个
476	2024-08-05	Remodeling ceramide homeostasis promotes functional maturation of human pluripotent stem cell-derived β cells 2024-Jun-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.04.010 PMID:38697109	研究论文	该研究探讨了人类多能干细胞来源的β细胞的功能成熟过程	揭示了蜕膜代谢重塑，尤其是对神经酰胺代谢活动的下调对β细胞成熟的重要性	研究中具体的细胞标志物和环境因素对成熟过程的影响未深入探讨	研究人类胰腺β细胞的成熟机制及其功能获得	人类多能干细胞来源的β细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单细胞转座酶易接触染色质测序 (scATAC-seq)	NA	NA	NA
477	2024-08-05	Neuronal cell populations in circumoral nerve ring of sea cucumber Apostichopus japonicus: Ultrastructure and transcriptional profile 2024-Jun-05, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics DOI:10.1016/j.cbd.2024.101263 PMID:38850626	研究论文	本文观察了海参Apostichopus japonicus中环口神经环内神经细胞的超微结构和转录特征	首次应用单细胞RNA测序研究海参中神经细胞的转录特征并识别了六种神经细胞类型	缺乏对神经细胞功能及其在生态系统中作用的进一步研究	研究海参神经细胞的超微结构以及其转录特征	海参Apostichopus japonicus的环口神经环中的神经细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	六种神经细胞类型
478	2024-08-05	A cell atlas of the adult female Aedes aegypti midgut revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Jun-05, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03432-8 PMID:38839790	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序建立了成蚊Aedes aegypti中肠细胞图谱	首次建立了Aedes aegypti中肠单细胞RNA测序的分离和测序协议	缺乏对已知转录组的重复性验证和其他中肠细胞的功能研究	研究Aedes aegypti中肠细胞类型及其在arbovirus感染中的作用	Aedes aegypti成虫的中肠细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞类型	NA
479	2024-08-04	Modifications of lipid pathways restrict SARS-CoV-2 propagation in human induced pluripotent stem cell-derived 3D airway organoids 2024-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2023.08.005 PMID:37557954	研究论文	本研究探讨了脂质代谢修改如何限制SARS-CoV-2在类人气道器官中的传播	通过建立人诱导多能干细胞衍生的气道类器官，首次揭示了脂质通路修改对SARS-CoV-2传播的限制作用	本研究主要基于体外模型，尚需进一步验证在真实生物体中的效果	揭示脂质代谢在COVID-19病毒感染中的作用机制	人诱导多能干细胞衍生的气道类器官，主要关注SARS-CoV-2的感染和传播	数字病理学	新冠病毒感染	单细胞测序（ScRNAseq）	气道类器官（iPSC-AOs）	细胞与分子生物数据	NA
480	2024-08-05	Status of single-cell RNA sequencing for reproductive toxicology in zebrafish and the transcriptomic trade-off 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100463 PMID:38846809	评论	本文回顾了单细胞RNA测序在斑马鱼生殖毒理学中的应用和转录组权衡。	提出了单细胞RNA测序(scRNA-seq)作为一种创新且尚未充分利用的技术，提供了独特的细胞层面转录组分析视角。	需要考虑传统方法与scRNA-seq之间的权衡。	探讨单细胞RNA测序在生殖毒理学中的应用及其对毒性物质暴露的响应。	主要研究斑马鱼的个体细胞基因表达谱。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA