单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 544 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2024-08-04 |
Unravelling the metabolic landscape of cutaneous melanoma: Insights from single-cell sequencing analysis and machine learning for prognostic assessment of lactate metabolism
2024-Jun, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.15119
PMID:38881438
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研究论文 | 本文全面探讨了乳酸代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的潜在预后作用 | 该研究利用单细胞测序和机器学习构建了乳酸代谢的预后模型，并验证了关键基因NDUFS7的生物学功能 | 样本量和 cohorts 的多样性可能限制了模型的普适性 | 旨在评估乳酸代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的预后价值 | 涉及的研究对象为皮肤黑色素瘤患者的肿瘤组织样本 | 机器学习 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞测序，机器学习 | NA | 转录组数据 | 多个 cohort，具体样本量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 442 | 2024-08-05 |
TGF-β signalling limits effector function capacity of NK cell anti-tumour immunity in human bladder cancer
2024-Jun, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105176
PMID:38810560
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研究论文 | 本研究探讨了TGF-β信号如何限制NK细胞在膀胱癌中的抗肿瘤免疫功能 | 本研究揭示了TGF-β信号通路通过下调CD16抑制NK细胞介导的抗体依赖性细胞毒性（ADCC）机制 | 本研究的局限性在于仅使用了一种小鼠模型，可能无法全面反映人类膀胱癌中的所有免疫机制 | 研究TGF-β信号在膀胱癌中对NK细胞功能的影响 | 膀胱癌患者中的肿瘤浸润性NK细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高维流式细胞术 | 人源化小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 443 | 2024-08-05 |
Ketogenic diet modifies ribosomal protein dysregulation in KMT2D Kabuki syndrome
2024-Jun, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105156
PMID:38768529
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研究论文 | 本研究探讨了生酮饮食如何改变KMT2D卡布基综合症中的核糖体蛋白功能失调 | 本研究首次揭示了赖氨酸甲基转移酶缺陷与核糖体蛋白功能障碍之间的关联，并展示了生酮饮食对改善认知功能的潜在影响 | 样本量较小，仅涉及八名参与者，可能影响结果的普适性 | 研究生酮饮食对KMT2D卡布基综合症相关的分子机制和临床结果的影响 | 对4名卡布基综合症患者与4名对照组进行比较分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和基于质谱的蛋白质组学 | NA | RNA和蛋白质数据 | 8名参与者（4名卡布基综合症患者和4名对照组） | NA | NA | NA | NA |
| 444 | 2024-08-05 |
Single-cell landscape reveals the epithelial cell-centric pro-inflammatory immune microenvironment in dry eye development
2024-Jun, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2023.11.008
PMID:38007004
|
研究论文 | 本研究揭示了干眼病发展中的以上皮细胞为中心的促炎免疫微环境 | 通过单细胞转录组测序，我们识别出在干眼病急性阶段出现的一种具有纤维母细胞特征的上皮亚型 | 本研究主要基于环境诱导的干眼小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况 | 探讨干眼病的免疫学改变与发病机制 | 采用环境诱导的干眼小鼠的结膜组织进行单细胞转录组测序 | 数字病理学 | 干眼病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 使用了环境诱导的干眼小鼠的结膜组织 | NA | NA | NA | NA |
| 445 | 2024-08-05 |
scRNA-seq reveals the diversity of the developing cardiac cell lineage and molecular players in heart rhythm regulation
2024-Jun-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110083
PMID:38872974
|
研究论文 | 本文利用scRNA-seq delineate了斑马鱼心脏中细胞类型的多样性 | 首次描述了发育心脏中多种细胞谱系和心律调节的新分子参与者 | 未提及具体的样本大小与实验范围 | 揭示发育中心脏的细胞和分子机制 | 斑马鱼心脏中的50,000多个细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过50,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 446 | 2024-08-04 |
DCRELM: dual correlation reduction network-based extreme learning machine for single-cell RNA-seq data clustering
2024-06-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-64217-y
PMID:38866896
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研究论文 | 提出了一种基于双重相关降低网络的极限学习机DCRELM，用于单细胞RNA-seq数据的聚类 | DCRELM结合了极限学习机和双重相关降低网络的方法，增强了对高维、噪声和稀疏数据的处理能力 | 未提及具体的限制 | 研究单细胞RNA-seq数据的聚类方法 | 单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 极限学习机（ELM） | 自编码器 | RNA序列数据 | 未提及具体样本量 | NA | NA | NA | NA |
| 447 | 2024-08-04 |
Progress of single-cell RNA sequencing combined with spatial transcriptomics in tumour microenvironment and treatment of pancreatic cancer
2024-Jun-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05307-3
PMID:38867230
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综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序结合空间转录组学在肿瘤微环境和胰腺癌治疗中的进展 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学的方法为胰腺癌的肿瘤异质性研究提供了新的视角 | 单细胞RNA测序在空间信息分析上存在局限，无法独立处理细胞的物理位置 | 探讨单细胞RNA测序和空间转录组学在胰腺癌微环境及治疗中的应用 | 肿瘤微环境及胰腺癌的单细胞分析 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 448 | 2024-08-05 |
Comprehensive transcriptomic analysis unveils macrophage-associated genes for establishing an abdominal aortic aneurysm diagnostic model and molecular therapeutic framework
2024-Jun-12, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-024-01900-w
PMID:38867262
|
研究论文 | 该研究旨在识别与腹主动脉瘤（AAA）相关的新生物标志物和治疗靶点 | 研究首次揭示了六个巨噬细胞相关的中心基因，这些基因在AAA的诊断中具有良好的效果 | 缺乏大规模临床验证，仅在AAA小鼠模型和临床样本中进行了测试 | 通过转录组分析识别腹主动脉瘤的新生物标志物和治疗靶点 | 关注腹主动脉瘤患者及相应的巨噬细胞亚群体 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习算法 | NA | 基因表达数据 | 六个巨噬细胞相关中心基因在临床样本和AAA小鼠模型中的验证 | NA | NA | NA | NA |
| 449 | 2024-08-05 |
Macrophage and fibroblast trajectory inference and crosstalk analysis during myocardial infarction using integrated single-cell transcriptomic datasets
2024-Jun-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05353-x
PMID:38867219
|
研究论文 | 本研究综合分析了心肌梗死后成纤维细胞和巨噬细胞亚群的动态的变化 | 发现了不同时间出现的两种ECM产生的成纤维细胞亚群及其不同的转录特征 | NA | 探究心肌梗死后成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用 | 心肌梗死后不同类型的成纤维细胞和巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 心脏病 | scRNA-seq, snRNA-seq | NA | 基因数据 | 12个不同研究的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 450 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals secretin as a hallmark of human enteroendocrine cell maturation
2024-06-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-63699-0
PMID:38866945
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了secretin作为人类肠内分泌细胞成熟的标志。 | 研究质疑了传统的'一个细胞-一个激素'的教条，表明人类肠内分泌细胞中存在多激素共表达的现象。 | 该研究可能只涉及人类和小鼠来源的肠内分泌细胞，可能未涵盖其他物种或细胞类型。 | 研究的目的在于重新审视肠内分泌细胞的分类以及激素表达的特征。 | 研究对象包括来自人类肠道的各种肠内分泌细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 451 | 2024-08-05 |
Assessing transcriptomic heterogeneity of single-cell RNASeq data by bulk-level gene expression data
2024-Jun-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05825-3
PMID:38867193
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研究论文 | 本文提出了一种模型框架，整合了Bulk级别和单细胞RNA测序数据，以解决数据的不足之处。 | 提出了逆向去卷积的框架，同时采用了多种去卷积算法进行Bulk级别数据的分解。 | 研究中对于Bulk级别数据的混合系数未知，且对于零条目的入选标准需要进一步研究。 | 研究的目的是整合不同类型的转录组数据，以更全面地推断转录组异质性。 | 研究对象包括小鼠的单细胞RNASeq数据、自闭症谱系障碍和正常对照、大肠癌和低级别胶质瘤的数据。 | 数字病理学 | 乳腺癌、低级别胶质瘤、自闭症谱系障碍 | RNA测序 | 去卷积算法 | 基因表达数据 | 涉及五个数据集的验证 | NA | NA | NA | NA |
| 452 | 2024-08-05 |
Linearly Amplified Single-Stranded RNA-Derived Transcriptome Sequencing (LAST-seq)
2024-Jun-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4998
PMID:38873015
|
研究论文 | 本文开发了一种新方法LAST-seq，可以直接扩增原始的单链RNA，以提高RNA检测的灵敏度 | LAST-seq无需逆转录和第二链合成，提供高灵敏度的RNA检测，并降低单细胞转录组分析中的技术噪声 | 本文没有提及LAST-seq在临床应用或更大样本规模中的表现 | 研究单细胞转录组分析中RNA的检测灵敏度和转录爆发动力学 | 人类细胞中的转录爆发动力学 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 单细胞水平 | NA | NA | NA | NA |
| 453 | 2024-08-04 |
Spatial transition tensor of single cells
2024-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02266-x
PMID:38755322
|
研究论文 | 本文提出了一种新的方法STT，用于表征单细胞的空间状态转变和动力学 | 引入空间转移张量，通过多尺度动态模型结合信使RNA剪接和空间转录组技术，能够捕获多种细胞状态和转变路径的动力学 | 尚未提及STT方法的具体局限性 | 研究单细胞转录组数据中空间状态转变的特征 | 使用转录组数据对不同细胞状态的动态及其相关基因进行重建 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 四维转移张量 | 转录组数据 | 多个转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 454 | 2024-08-04 |
Anoikis and SPP1 in idiopathic pulmonary fibrosis: integrating bioinformatics, cell, and animal studies to explore prognostic biomarkers and PI3K/AKT signaling regulation
2024-Jun, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2024.2315218
PMID:38318669
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研究论文 | 本研究探讨了在特发性肺纤维化中anoikis的相关性，并识别相关的生物标志物和信号通路 | 揭示了与anoikis相关的两种亚型并建立了预后签名，强调了SPP1作为PI3K/AKT信号通路的关键调节因子 | 研究限制在于样本量和受试者的多样性可能影响结果的普遍适用性 | 探讨anoikis在特发性肺纤维化中的相关性及其预后生物标志物的识别 | 特发性肺纤维化患者及其相关的生物标志物和信号通路 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞测序，Lasso回归，多变量Cox回归 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 455 | 2024-08-05 |
Single-cell proteomics by mass spectrometry: Advances and implications in cancer research
2024-Jun, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202300210
PMID:38727198
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review | 此综述总结了质谱法单细胞蛋白组学在癌症研究中的应用 | 介绍了质谱法单细胞蛋白组学技术的最新进展和应用前景 | 未具体提到该研究的局限性 | 总结单细胞蛋白组学在癌症研究中的应用和技术进步 | 单细胞蛋白组学及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 质谱法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 456 | 2024-08-05 |
Unveiling blood pressure-associated genes in aortic cells through integrative analysis of GWAS and RNA modification-associated variants
2024-Jun, Chronic diseases and translational medicine
DOI:10.1002/cdt3.124
PMID:38872756
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研究论文 | 本研究通过GWAS和RNA修饰相关的单核苷酸多态性（RNAm-SNPs）阐明了与血压（BP）相关的主动脉功能基因。 | 本研究识别了355个与m6A及其他RNA修饰相关的RNAm-SNPs，并强调m6A在影响血压的生理过程中的潜在功能相关性。 | 本研究主要集中在主动脉细胞，可能未能涵盖其他类型细胞中的相关基因功能。 | 阐明与主动脉中血压相关的潜在功能基因。 | 对来自UK Biobank和国际血压联盟的757,601个个体的遗传数据进行分析。 | 数字病理学 | 主动脉夹层 | RNA修饰相关单核苷酸多态性（RNAm-SNPs） | 无 | 基因组数据 | 757,601个个体 | NA | NA | NA | NA |
| 457 | 2024-08-04 |
Developing a dormancy-associated ECM signature in TNBC that is linked to immunosuppressive tumor microenvironment and selective sensitivity to MAPK inhibitors
2024-Jun-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32106
PMID:38868025
|
研究论文 | 本研究揭示了与休眠相关的ECM特征在三阴性乳腺癌中如何与免疫抑制肿瘤微环境及对MAPK抑制剂的选择性敏感性相关 | 首次描述了休眠癌细胞的ECM特征及其与免疫抑制微环境的相互作用 | 研究中缺乏临床样本验证和长期随访数据 | 探讨三阴性乳腺癌中休眠癌细胞与ECM的相互作用及其在治疗中的潜在应用 | 主要研究MDA-MB-231细胞系中的休眠癌细胞及其相关的ECM特征 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq，流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 主要使用MDA-MB-231细胞系进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 458 | 2024-08-04 |
Multi-omics analysis uncovered systemic lupus erythematosus and COVID-19 crosstalk
2024-Jun-11, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00851-6
PMID:38862942
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研究论文 | 本研究探讨了COVID-19对系统性红斑狼疮(SLE)的影响及两种疾病之间的相互作用机制 | 发现了14个在COVID-19和SLE之间共享的中心基因，并确认了IFN-I/II介导的JAK-STAT信号通路在这些基因调控中的作用 | 本研究基于已有数据集，可能未完全覆盖所有相关的基因或信号通路 | 阐明COVID-19对SLE的影响及其潜在机制 | 研究COVID-19与系统性红斑狼疮之间的相互影响及其共享的基因特征 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | RNA-seq | NA | 基因组数据 | 使用了多个RNA-seq数据集和全基因组关联研究数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 459 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing depicts tumor architecture and empowers clinical decision in metastatic conjunctival melanoma
2024-Jun-11, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-024-00683-y
PMID:38862482
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研究论文 | 这项研究使用单细胞RNA测序描绘了转移性结膜黑色素瘤的肿瘤结构，并为临床决策提供支持 | 本研究首次将单细胞RNA测序分析转化为针对癌症的临床试验，提供了一个新概念，将单细胞RNA测序数据与癌症治疗相结合 | 样本量可能有限，仅包括7个结膜黑色素瘤样本，研究结果的普遍性需要进一步验证 | 揭示结膜黑色素瘤在肿瘤发生和进展过程中的肿瘤微环境的景观和异质性 | 正常结膜样本（n=3）和结膜黑色素瘤（n=7）中的47017个细胞 | 数字病理学 | 结膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组 | 共获得47017个细胞，包含3个正常结膜样本和7个结膜黑色素瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 460 | 2024-08-04 |
DOT: a flexible multi-objective optimization framework for transferring features across single-cell and spatial omics
2024-Jun-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48868-z
PMID:38862466
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研究论文 | 本文提出了DOT，一个灵活的多目标优化框架，旨在在单细胞转录组学和空间组学之间转移细胞特征 | DOT框架通过利用超出数据模式中的共同基因，进行空间特征的转移，并推断组织部位细胞群体的绝对和相对丰度，展示了其创新性 | 对细胞类型信息的空间特征转移可能受限于所使用的技术和数据的特点 | 研究单细胞转录组学与空间分辨率数据的结合 | 涉及细胞特征的转移和定位问题 | 数字病理学 | NA | 基于Frank-Wolfe算法的优化技术 | NA | 单细胞转录组数据和空间数据 | NA | NA | NA | NA | NA |