单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-08-04	Apolipoprotein E controls Dectin-1-dependent development of monocyte-derived alveolar macrophages upon pulmonary β-glucan-induced inflammatory adaptation 2024-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01830-z PMID:38671323	研究论文	该研究揭示了在肺炎β-葡聚糖诱导下，载脂蛋白E控制单核细胞来源的肺泡巨噬细胞的发展机制	创新性地开发了减少主义模型，以揭示肺巨噬细胞适应的分子机制	未提及具体的限制因素	探讨肺相关巨噬细胞功能和发育适应的机制	聚焦于载脂蛋白E依赖的单核细胞来源的肺泡巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学、高维成像和流式细胞术表征	NA	NA	小鼠肺纤维化模型的体内和体外实验
442	2024-08-04	Anoikis and SPP1 in idiopathic pulmonary fibrosis: integrating bioinformatics, cell, and animal studies to explore prognostic biomarkers and PI3K/AKT signaling regulation 2024-Jun, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2024.2315218 PMID:38318669	研究论文	本研究探讨了在特发性肺纤维化中anoikis的相关性，并识别相关的生物标志物和信号通路	揭示了与anoikis相关的两种亚型并建立了预后签名，强调了SPP1作为PI3K/AKT信号通路的关键调节因子	研究限制在于样本量和受试者的多样性可能影响结果的普遍适用性	探讨anoikis在特发性肺纤维化中的相关性及其预后生物标志物的识别	特发性肺纤维化患者及其相关的生物标志物和信号通路	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞测序，Lasso回归，多变量Cox回归	NA	基因表达数据	NA
443	2024-08-05	Single-cell proteomics by mass spectrometry: Advances and implications in cancer research 2024-Jun, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.202300210 PMID:38727198	review	此综述总结了质谱法单细胞蛋白组学在癌症研究中的应用	介绍了质谱法单细胞蛋白组学技术的最新进展和应用前景	未具体提到该研究的局限性	总结单细胞蛋白组学在癌症研究中的应用和技术进步	单细胞蛋白组学及其在癌症研究中的应用	数字病理学	癌症	质谱法	NA	NA	NA
444	2024-08-05	Unveiling blood pressure-associated genes in aortic cells through integrative analysis of GWAS and RNA modification-associated variants 2024-Jun, Chronic diseases and translational medicine DOI:10.1002/cdt3.124 PMID:38872756	研究论文	本研究通过GWAS和RNA修饰相关的单核苷酸多态性（RNAm-SNPs）阐明了与血压（BP）相关的主动脉功能基因。	本研究识别了355个与m6A及其他RNA修饰相关的RNAm-SNPs，并强调m6A在影响血压的生理过程中的潜在功能相关性。	本研究主要集中在主动脉细胞，可能未能涵盖其他类型细胞中的相关基因功能。	阐明与主动脉中血压相关的潜在功能基因。	对来自UK Biobank和国际血压联盟的757,601个个体的遗传数据进行分析。	数字病理学	主动脉夹层	RNA修饰相关单核苷酸多态性（RNAm-SNPs）	无	基因组数据	757,601个个体
445	2024-08-04	Developing a dormancy-associated ECM signature in TNBC that is linked to immunosuppressive tumor microenvironment and selective sensitivity to MAPK inhibitors 2024-Jun-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32106 PMID:38868025	研究论文	本研究揭示了与休眠相关的ECM特征在三阴性乳腺癌中如何与免疫抑制肿瘤微环境及对MAPK抑制剂的选择性敏感性相关	首次描述了休眠癌细胞的ECM特征及其与免疫抑制微环境的相互作用	研究中缺乏临床样本验证和长期随访数据	探讨三阴性乳腺癌中休眠癌细胞与ECM的相互作用及其在治疗中的潜在应用	主要研究MDA-MB-231细胞系中的休眠癌细胞及其相关的ECM特征	数字病理学	三阴性乳腺癌	RNA-seq，流式细胞术	NA	基因表达数据	主要使用MDA-MB-231细胞系进行研究
446	2024-08-04	Multi-omics analysis uncovered systemic lupus erythematosus and COVID-19 crosstalk 2024-Jun-11, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00851-6 PMID:38862942	研究论文	本研究探讨了COVID-19对系统性红斑狼疮(SLE)的影响及两种疾病之间的相互作用机制	发现了14个在COVID-19和SLE之间共享的中心基因，并确认了IFN-I/II介导的JAK-STAT信号通路在这些基因调控中的作用	本研究基于已有数据集，可能未完全覆盖所有相关的基因或信号通路	阐明COVID-19对SLE的影响及其潜在机制	研究COVID-19与系统性红斑狼疮之间的相互影响及其共享的基因特征	数字病理学	系统性红斑狼疮	RNA-seq	NA	基因组数据	使用了多个RNA-seq数据集和全基因组关联研究数据集
447	2024-08-04	Single-cell sequencing depicts tumor architecture and empowers clinical decision in metastatic conjunctival melanoma 2024-Jun-11, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00683-y PMID:38862482	研究论文	这项研究使用单细胞RNA测序描绘了转移性结膜黑色素瘤的肿瘤结构，并为临床决策提供支持	本研究首次将单细胞RNA测序分析转化为针对癌症的临床试验，提供了一个新概念，将单细胞RNA测序数据与癌症治疗相结合	样本量可能有限，仅包括7个结膜黑色素瘤样本，研究结果的普遍性需要进一步验证	揭示结膜黑色素瘤在肿瘤发生和进展过程中的肿瘤微环境的景观和异质性	正常结膜样本（n=3）和结膜黑色素瘤（n=7）中的47017个细胞	数字病理学	结膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组	共获得47017个细胞，包含3个正常结膜样本和7个结膜黑色素瘤样本
448	2024-08-04	DOT: a flexible multi-objective optimization framework for transferring features across single-cell and spatial omics 2024-Jun-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48868-z PMID:38862466	研究论文	本文提出了DOT，一个灵活的多目标优化框架，旨在在单细胞转录组学和空间组学之间转移细胞特征	DOT框架通过利用超出数据模式中的共同基因，进行空间特征的转移，并推断组织部位细胞群体的绝对和相对丰度，展示了其创新性	对细胞类型信息的空间特征转移可能受限于所使用的技术和数据的特点	研究单细胞转录组学与空间分辨率数据的结合	涉及细胞特征的转移和定位问题	数字病理学	NA	基于Frank-Wolfe算法的优化技术	NA	单细胞转录组数据和空间数据	NA
449	2024-08-04	Spatially resolved multiomics on the neuronal effects induced by spaceflight in mice 2024-Jun-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48916-8 PMID:38862479	研究论文	本研究探讨了航天飞行对小鼠大脑的神经影响，采用单细胞多组学与空间转录组学相结合的方法	首次将单细胞多组学与空间转录组学结合，深入解析航天飞行对小鼠脑部的影响	研究对象仅限于雌性小鼠，尚未纳入不同性别或品种的样本	旨在揭示航天飞行对中枢神经系统的影响	以雌性小鼠为研究对象，通过比较地面对照组和航天飞行暴露组	数字病理学	NA	单细胞多组学，空间转录组学	NA	数据集	小鼠样本数量未具体说明
450	2024-08-05	Metric multidimensional scaling for large single-cell datasets using neural networks 2024-Jun-11, Algorithms for molecular biology : AMB IF:1.5Q3 DOI:10.1186/s13015-024-00265-3 PMID:38863064	研究论文	该文章提出了一种基于神经网络的度量多维尺度方法，用于处理大规模单细胞数据集	本研究提出的神经网络方法比之前的先进方法快几个数量级，并能处理多达数百万个细胞的数据集	当前方法尚未在其它类型的数据集上进行验证	研究目的是解决传统方法在处理大规模单细胞RNA测序实验中面临的效率问题	研究对象为单细胞RNA测序实验中的大规模数据集	数字病理学	NA	神经网络	NA	单细胞数据	多达数百万个细胞
451	2024-08-05	TMPRSS2 is a tumor suppressor and its downregulation promotes antitumor immunity and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2024-Jun-11, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02870-7 PMID:38862975	研究论文	本研究探讨了TMPRSS2在肺腺癌中的作用及其与抗肿瘤免疫和免疫疗效的关系	TMPRSS2被确认为肿瘤抑制因子，其下调与肺腺癌的免疫表现和预后相关联	研究主要集中于单一类型的肺癌，可能不适用于其他癌症类型	探讨TMPRSS2在肺腺癌中的生物学功能及其与免疫特征的关系	分析肺腺癌中TMPRSS2的表达及其影响	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、转录组学、生物信息学分析、蛋白组学	NA	RNA测序数据、蛋白组学数据	使用了五个转录组学数据集、一个单细胞RNA测序数据集和一个蛋白组学数据集
452	2024-08-05	Elevated type I IFN signalling directly affects CD8+ T-cell distribution and autoantigen recognition of the skeletal muscles in active JDM patients 2024-Jun, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103232 PMID:38692172	研究论文	这项研究探讨了I型干扰素信号对活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞的影响	本研究首次揭示了I型干扰素信号在活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞分化和功能中的重要作用	该研究的样本量较小，且主要集中于特定患者群体	探讨I型干扰素信号如何影响活跃型青少年皮肌炎患者的CD8 T细胞与肌肉损伤	涉及6名活跃型青少年皮肌炎患者及对照组	数字病理学	青少年皮肌炎	流式细胞术, RT-PCR, scRNA-seq	NA	细胞, 组织活检	12名青少年皮肌炎患者及3名健康儿童对照
453	2024-08-05	Comprehensive analysis and prediction model of mitophagy and ferroptosis in primary immune thrombocytopenia 2024-Jun, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.19489 PMID:38665119	研究论文	本研究对原发性免疫性血小板减少症（ITP）中线粒体自噬和铁死亡的关系进行了综合分析和预测模型构建	提出了四个与ITP相关的新生物标志物，并探索了它们在疾病发病机制中的作用	未能深入探讨其他潜在的发病机制以及生物标志物的临床应用	识别ITP的新生物标志物并探究线粒体自噬与铁死亡在ITP发生机制中的作用	主要关注ITP患者中的关键基因及其表达和功能	数字病理学	原发性免疫性血小板减少症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、基因集富集分析等	NA	基因表达数据	NA
454	2024-08-05	A 4-gene prognostic index for enhancing acute myeloid leukaemia survival prediction 2024-Jun, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.19472 PMID:38651345	研究论文	本研究提出了一种由4个基因组成的预后指标，以增强急性髓性白血病的生存预测	首次发现将CYP2E1、DHCR7、IL2RA和SQLE组合成的4基因预后指数能够有效分层急性髓性白血病患者的风险	研究主要集中在非急性前髓细胞白血病化疗治疗的患者上，可能限制了其推广至其他类型的急性髓性白血病患者	提高急性髓性白血病患者的生存预测准确性	经过化疗治疗的急性髓性白血病患者的转录组	数字病理学	急性髓性白血病	实时定量聚合酶链反应	NA	转录组	975个样本用于模型开发和671个样本用于验证
455	2024-08-04	Disease activity drives divergent epigenetic and transcriptomic reprogramming of monocyte subpopulations in systemic lupus erythematosus 2024-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225433 PMID:38413168	研究论文	本研究调查了系统性红斑狼疮中单核细胞亚群的表观遗传和转录组谱。	揭示了系统性红斑狼疮在单核细胞分化中的影响，尤其是在DNA甲基化方面的特定改变。	研究样本主要来自单一疾病人群，可能限制了结果的广泛适用性。	探讨系统性红斑狼疮的活动性对单核细胞亚群的表观遗传和转录组重编程的影响。	系统性红斑狼疮患者及健康供体的经典、中间和非经典单核细胞。	数字病理学	系统性红斑狼疮	DNA甲基化组和转录组分析	NA	基因组数据	包括SLE患者及健康供体的经典、中间和非经典单核细胞
456	2024-08-05	Whole transcriptome analysis to identify non-coding RNA regulators and hub genes in sperm of non-obstructive azoospermia by microarray, single-cell RNA sequencing, weighted gene co-expression network analysis, and mRNA-miRNA-lncRNA interaction analysis 2024-Jun-11, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10506-9 PMID:38858625	研究论文	本研究通过全转录组分析识别非梗阻性无精症精子中的非编码RNA调节因子和核心基因	发现并识别了与非梗阻性无精症相关的新的关键基因和非编码RNA	样本量仅限于三名无精症患者，可能限制结果的普遍适用性	识别参与非梗阻性无精症的关键基因和非编码RNA，改善遗传诊断	三名经过遗传筛查未发现精子问题的无精症患者的精子样本	数字病理学	无精症	微阵列技术，单细胞RNA测序，权重基因共表达网络分析	NA	转录组数据	三名无精症患者的样本
457	2024-08-04	Integrative molecular and spatial analysis reveals evolutionary dynamics and tumor-immune interplay of in situ and invasive acral melanoma 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.04.012 PMID:38759655	研究论文	本研究揭示了体内和侵袭性肢端黑色素瘤的进化动态及肿瘤-免疫相互作用	提供了针对147个肢端黑色素瘤的综合分子和空间特征分析，揭示了垂直侵袭和区域扩展模式	本研究的样本量和背景可能无法完全代表所有类型的肢端黑色素瘤	探讨肢端黑色素瘤从原位到侵袭性发展的进化动态	147个肢端黑色素瘤样本	数字病理学	黑色素瘤	基因组学、整体和单细胞转录组学、空间转录组学和蛋白质组学	NA	NA	147个肢端黑色素瘤样本
458	2024-08-05	Pathomics and single-cell analysis of papillary thyroid carcinoma reveal the pro-metastatic influence of cancer-associated fibroblasts 2024-Jun-10, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12459-4 PMID:38858612	研究论文	本研究分析了乳头状甲状腺癌中癌相关成纤维细胞对转移的促进影响	揭示了CAFs在乳头状甲状腺癌中的新作用，特别是其在转移过程中与肿瘤细胞的相互作用	未明确讨论CAFs的具体机制以及在不同患者中的变异性	探讨乳头状甲状腺癌中癌相关成纤维细胞的作用及其对淋巴结转移的影响	包括984名乳头状甲状腺癌患者的术后病理切片和两种细胞系（TPC1和K1）的体外实验	数字病理学	乳头状甲状腺癌	单细胞RNA测序，HE染色，深度学习	NA	病理切片数据，RNA测序数据	984名乳头状甲状腺癌患者，2种细胞系
459	2024-08-05	Integrated multi-omics analyses revealed the association between rheumatoid arthritis and colorectal cancer: MYO9A as a shared gene signature and an immune-related therapeutic target 2024-Jun-10, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12466-5 PMID:38858644	研究论文	本研究探讨了类风湿关节炎与结直肠癌之间的关系及共享基因特征	本研究首次揭示了MYO9A作为类风湿关节炎与结直肠癌的共享基因标志物及免疫相关治疗靶点的潜力	本研究未能详细探讨类风湿关节炎对结直肠癌的精确机制和影响	研究目的在于探索类风湿关节炎与结直肠癌之间的关联及其机制	研究对象包括类风湿关节炎和结直肠癌相关基因	数字病理学	类风湿关节炎，结直肠癌	单细胞RNA测序，bulk RNA测序，孟德尔随机化分析	NA	基因组数据，转录组数据	NA
460	2024-08-05	Comprehensive characterization of B7 family members in breast cancer: B7-H5 switch reverses breast cancer from "immuno-cold" into "immuno-hot" status 2024-Jun-10, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03392-4 PMID:38858701	研究论文	本研究综合分析了B7家族成员在乳腺癌中的表达及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次阐明了B7-H5在乳腺癌免疫微环境中的重要作用，并提出其作为将肿瘤免疫状态从'免疫冷'转变为'免疫热'的开关	样本量较小，仅涉及来自一家医院的10名乳腺癌患者	研究B7家族成员在乳腺癌肿瘤免疫微环境中的作用	乳腺癌患者的B7家族分子及其与免疫细胞浸润的关系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和多重免疫组化 (mIHC)	NA	RNA序列数据和组织样本	10名乳腺癌患者