单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2024-08-04	Oxytocin alleviates liver fibrosis via hepatic macrophages 2024-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101032 PMID:38882603	研究论文	这项研究探讨了催产素通过肝巨噬细胞缓解肝纤维化的机制	首次揭示了催产素在肝脏中调节巨噬细胞表型的新路径	研究主要集中在小鼠模型，临床应用效果尚需验证	研究催产素在肝纤维化中的作用及其机制	使用小鼠模型来研究肝纤维化和巨噬细胞的表型变化	数字病理学	肝纤维化	单细胞测序	小鼠模型	细胞群体数据	使用若干肝纤维化小鼠模型
422	2024-08-04	Development of Novel Models of Aggressive Variants of Castration-resistant Prostate Cancer 2024-Jun, European urology oncology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.euo.2023.10.011 PMID:38433714	研究论文	本研究开发了代表侵袭性去势抵抗性前列腺癌新模型	提出了新的前临床模型，包括患者来源的异种移植（PDX）、PDX衍生的类器官（PDXO）和患者来源的类器官（PDO）	样本量有限，且主要集中于特定的前列腺癌亚型	开发新的预临床模型并为新药评估制定策略	51名转移性前列腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	前列腺癌	全外显子测序（WES）、RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序	PDX、PDXO、PDO	基因组数据和药物敏感性数据	51名患者，建立了20个前临床模型（5个NEPC、7个DDR、1个MSI-high PDX，16个PDXO和6个PDO）
423	2024-08-05	Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07466-1 PMID:38811723	研究论文	该论文探讨了寄生虫隐孢子虫生命周期的转录控制机制	发现了只有三种内部阶段的转录因子Myb-M对雄性命运的决定作用，挑战了现有模型	研究仍然缺乏对隐孢子虫某些分子机制的完全理解	理解隐孢子虫的发育和感染机制，以推动疫苗和治疗的发展	研究对象为隐孢子虫及其在培养和感染动物中的生命周期	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	感染动物和培养的隐孢子虫
424	2024-08-04	Gene Regulation of Neutrophils Mediated Liver and Lung Injury through NETosis in Acute Pancreatitis 2024-Jun-17, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02071-w PMID:38884700	研究论文	该研究系统挖掘了急性胰腺炎导致的多脏器损伤中涉及的关键分子	该研究识别了参与NETs形成的关键基因FPR1、ITGAM和C5AR1，这些基因在多脏器损伤过程中上调	尚未深入探讨其他可能的分子机制及其作用	旨在识别急性胰腺炎导致多脏器损伤的关键分子	急性胰腺炎小鼠的胰腺、肝脏和肺组织以及人类外周血样本	数字病理学	急性胰腺炎	RT-PCR，免疫组化，ELISA，免疫荧光	NA	基因表达数据	小鼠和人类外周血样本，共46个基因在不同组织中进行分析
425	2024-08-05	CellMarkerPipe: cell marker identification and evaluation pipeline in single cell transcriptomes 2024-06-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-63492-z PMID:38849445	研究论文	提出了一种自动化细胞类型特异性标记基因识别和评估的平台CellMarkerPipe	开发了一个统一的计算平台，能够自动识别和评估标记基因，提高效率	具体局限性未在摘要中体现	旨在简化单细胞转录组数据中细胞标记基因的识别和评估过程	涉及多种样本的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	数据集	多种样本
426	2024-08-04	A single-cell and spatial RNA-seq database for Alzheimer's disease (ssREAD) 2024-Jun-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49133-z PMID:38844475	研究论文	本研究介绍了一个针对阿尔茨海默病的单细胞和空间RNA测序数据库(ssREAD)	该数据库提供了更广泛的AD相关数据集，优化的分析流程和更高的可用性	NA	开发一个全面且用户友好的阿尔茨海默病单细胞和空间RNA-seq数据库	包含来自67个AD相关的scRNA-seq和snRNA-seq研究的1,053个样本	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	NA	细胞数据, 数据集	1,053个样本，包括277个整合数据集，涉及7,332,202个细胞
427	2024-08-04	Unravelling the metabolic landscape of cutaneous melanoma: Insights from single-cell sequencing analysis and machine learning for prognostic assessment of lactate metabolism 2024-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15119 PMID:38881438	研究论文	本文全面探讨了乳酸代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的潜在预后作用	该研究利用单细胞测序和机器学习构建了乳酸代谢的预后模型，并验证了关键基因NDUFS7的生物学功能	样本量和 cohorts 的多样性可能限制了模型的普适性	旨在评估乳酸代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的预后价值	涉及的研究对象为皮肤黑色素瘤患者的肿瘤组织样本	机器学习	皮肤黑色素瘤	单细胞测序，机器学习	NA	转录组数据	多个 cohort，具体样本量未提及
428	2024-08-05	TGF-β signalling limits effector function capacity of NK cell anti-tumour immunity in human bladder cancer 2024-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105176 PMID:38810560	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号如何限制NK细胞在膀胱癌中的抗肿瘤免疫功能	本研究揭示了TGF-β信号通路通过下调CD16抑制NK细胞介导的抗体依赖性细胞毒性（ADCC）机制	本研究的局限性在于仅使用了一种小鼠模型，可能无法全面反映人类膀胱癌中的所有免疫机制	研究TGF-β信号在膀胱癌中对NK细胞功能的影响	膀胱癌患者中的肿瘤浸润性NK细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高维流式细胞术	人源化小鼠模型	基因表达数据	NA
429	2024-08-05	Ketogenic diet modifies ribosomal protein dysregulation in KMT2D Kabuki syndrome 2024-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105156 PMID:38768529	研究论文	本研究探讨了生酮饮食如何改变KMT2D卡布基综合症中的核糖体蛋白功能失调	本研究首次揭示了赖氨酸甲基转移酶缺陷与核糖体蛋白功能障碍之间的关联，并展示了生酮饮食对改善认知功能的潜在影响	样本量较小，仅涉及八名参与者，可能影响结果的普适性	研究生酮饮食对KMT2D卡布基综合症相关的分子机制和临床结果的影响	对4名卡布基综合症患者与4名对照组进行比较分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和基于质谱的蛋白质组学	NA	RNA和蛋白质数据	8名参与者（4名卡布基综合症患者和4名对照组）
430	2024-08-04	Multi-omic profiling reveals potential biomarkers of hepatocellular carcinoma prognosis and therapy response among mitochondria-associated cell death genes in the context of 3P medicine 2024-Jun, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00362-8 PMID:38841626	研究论文	该研究揭示了与线粒体相关的细胞死亡基因在肝细胞癌预后和治疗反应中的潜在生物标志物	构建了一种新的线粒体细胞死亡指数（MCDI），集成了多种机器学习算法以预测肝细胞癌的预后	缺乏全面可靠的模型可能影响某些预测和个性化医学策略的效果	研究肝细胞癌的预后生物标志物和对免疫治疗及靶向治疗的反应	肝细胞癌（LIHC）患者的线粒体相关细胞死亡基因	数字病理学	肝细胞癌	RT-qPCR, western blotting, 免疫组化染色	机器学习	基因组数据	在体外临床队列中进行了验证的患者样本
431	2024-08-05	Single-cell landscape reveals the epithelial cell-centric pro-inflammatory immune microenvironment in dry eye development 2024-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.11.008 PMID:38007004	研究论文	本研究揭示了干眼病发展中的以上皮细胞为中心的促炎免疫微环境	通过单细胞转录组测序，我们识别出在干眼病急性阶段出现的一种具有纤维母细胞特征的上皮亚型	本研究主要基于环境诱导的干眼小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况	探讨干眼病的免疫学改变与发病机制	采用环境诱导的干眼小鼠的结膜组织进行单细胞转录组测序	数字病理学	干眼病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	使用了环境诱导的干眼小鼠的结膜组织
432	2024-08-05	scRNA-seq reveals the diversity of the developing cardiac cell lineage and molecular players in heart rhythm regulation 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110083 PMID:38872974	研究论文	本文利用scRNA-seq delineate了斑马鱼心脏中细胞类型的多样性	首次描述了发育心脏中多种细胞谱系和心律调节的新分子参与者	未提及具体的样本大小与实验范围	揭示发育中心脏的细胞和分子机制	斑马鱼心脏中的50,000多个细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	超过50,000个细胞
433	2024-08-04	DCRELM: dual correlation reduction network-based extreme learning machine for single-cell RNA-seq data clustering 2024-06-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-64217-y PMID:38866896	研究论文	提出了一种基于双重相关降低网络的极限学习机DCRELM，用于单细胞RNA-seq数据的聚类	DCRELM结合了极限学习机和双重相关降低网络的方法，增强了对高维、噪声和稀疏数据的处理能力	未提及具体的限制	研究单细胞RNA-seq数据的聚类方法	单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	极限学习机（ELM）	自编码器	RNA序列数据	未提及具体样本量
434	2024-08-04	Progress of single-cell RNA sequencing combined with spatial transcriptomics in tumour microenvironment and treatment of pancreatic cancer 2024-Jun-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05307-3 PMID:38867230	综述	本文探讨了单细胞RNA测序结合空间转录组学在肿瘤微环境和胰腺癌治疗中的进展	结合单细胞RNA测序和空间转录组学的方法为胰腺癌的肿瘤异质性研究提供了新的视角	单细胞RNA测序在空间信息分析上存在局限，无法独立处理细胞的物理位置	探讨单细胞RNA测序和空间转录组学在胰腺癌微环境及治疗中的应用	肿瘤微环境及胰腺癌的单细胞分析	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	NA	NA
435	2024-08-05	Comprehensive transcriptomic analysis unveils macrophage-associated genes for establishing an abdominal aortic aneurysm diagnostic model and molecular therapeutic framework 2024-Jun-12, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01900-w PMID:38867262	研究论文	该研究旨在识别与腹主动脉瘤（AAA）相关的新生物标志物和治疗靶点	研究首次揭示了六个巨噬细胞相关的中心基因，这些基因在AAA的诊断中具有良好的效果	缺乏大规模临床验证，仅在AAA小鼠模型和临床样本中进行了测试	通过转录组分析识别腹主动脉瘤的新生物标志物和治疗靶点	关注腹主动脉瘤患者及相应的巨噬细胞亚群体	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习算法	NA	基因表达数据	六个巨噬细胞相关中心基因在临床样本和AAA小鼠模型中的验证
436	2024-08-05	Macrophage and fibroblast trajectory inference and crosstalk analysis during myocardial infarction using integrated single-cell transcriptomic datasets 2024-Jun-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05353-x PMID:38867219	研究论文	本研究综合分析了心肌梗死后成纤维细胞和巨噬细胞亚群的动态的变化	发现了不同时间出现的两种ECM产生的成纤维细胞亚群及其不同的转录特征	NA	探究心肌梗死后成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用	心肌梗死后不同类型的成纤维细胞和巨噬细胞亚群	数字病理学	心脏病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	基因数据	12个不同研究的数据集
437	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals secretin as a hallmark of human enteroendocrine cell maturation 2024-06-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-63699-0 PMID:38866945	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了secretin作为人类肠内分泌细胞成熟的标志。	研究质疑了传统的'一个细胞-一个激素'的教条，表明人类肠内分泌细胞中存在多激素共表达的现象。	该研究可能只涉及人类和小鼠来源的肠内分泌细胞，可能未涵盖其他物种或细胞类型。	研究的目的在于重新审视肠内分泌细胞的分类以及激素表达的特征。	研究对象包括来自人类肠道的各种肠内分泌细胞。	数字病理学	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	NA
438	2024-08-05	Assessing transcriptomic heterogeneity of single-cell RNASeq data by bulk-level gene expression data 2024-Jun-12, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05825-3 PMID:38867193	研究论文	本文提出了一种模型框架，整合了Bulk级别和单细胞RNA测序数据，以解决数据的不足之处。	提出了逆向去卷积的框架，同时采用了多种去卷积算法进行Bulk级别数据的分解。	研究中对于Bulk级别数据的混合系数未知，且对于零条目的入选标准需要进一步研究。	研究的目的是整合不同类型的转录组数据，以更全面地推断转录组异质性。	研究对象包括小鼠的单细胞RNASeq数据、自闭症谱系障碍和正常对照、大肠癌和低级别胶质瘤的数据。	数字病理学	乳腺癌、低级别胶质瘤、自闭症谱系障碍	RNA测序	去卷积算法	基因表达数据	涉及五个数据集的验证
439	2024-08-05	Linearly Amplified Single-Stranded RNA-Derived Transcriptome Sequencing (LAST-seq) 2024-Jun-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.4998 PMID:38873015	研究论文	本文开发了一种新方法LAST-seq，可以直接扩增原始的单链RNA，以提高RNA检测的灵敏度	LAST-seq无需逆转录和第二链合成，提供高灵敏度的RNA检测，并降低单细胞转录组分析中的技术噪声	本文没有提及LAST-seq在临床应用或更大样本规模中的表现	研究单细胞转录组分析中RNA的检测灵敏度和转录爆发动力学	人类细胞中的转录爆发动力学	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	单细胞水平
440	2024-08-04	Spatial transition tensor of single cells 2024-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02266-x PMID:38755322	研究论文	本文提出了一种新的方法STT，用于表征单细胞的空间状态转变和动力学	引入空间转移张量，通过多尺度动态模型结合信使RNA剪接和空间转录组技术，能够捕获多种细胞状态和转变路径的动力学	尚未提及STT方法的具体局限性	研究单细胞转录组数据中空间状态转变的特征	使用转录组数据对不同细胞状态的动态及其相关基因进行重建	数字病理学	NA	空间转录组学	四维转移张量	转录组数据	多个转录组数据集