单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 563 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2024-08-05 |
D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response
2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.19.537364
PMID:37131803
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研究论文 | 本文介绍了一种计算框架D-SPIN，用于从单细胞RNA测序数据中构建基因调控网络模型 | D-SPIN模型能够通过量化的方式揭示细胞在基因敲低干扰下的调控逻辑和细胞路径组织 | NA | 旨在重建基因调控网络，理解细胞如何在有不同干扰条件下调节基因表达 | 大规模的Perturb-seq和药物反应数据集 | 计算生物学 | NA | 单细胞mRNA测序 | 概率模型 | 基因表达数据 | 来自数千种不同干扰条件的单细胞数据集 |
| 402 | 2024-08-05 |
Neutrophil extracellular traps induced by IL-1β promote endothelial dysfunction and aggravate limb ischemia
2024-Jun, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension
IF:4.3Q1
DOI:10.1038/s41440-024-01661-3
PMID:38605142
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研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）在肢体缺血相关的血管炎症和重塑中的功能意义 | 研究揭示了IL-1β诱导的NETs在肢体缺血中加剧内皮功能障碍的机制 | 未提供肢体缺血中NETs作用的全面机制和治疗效果的长期观察 | 研究NETs在肢体缺血相关血管炎症中的作用 | 本研究对象为人类肢体缺血中的中性粒细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫荧光法 | NA | NA | NA |
| 403 | 2024-08-05 |
RIPK1 protects naive and regulatory T cells from TNFR1-induced apoptosis
2024-Jun, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01301-w
PMID:38734851
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研究论文 | 本研究探讨了RIPK1在维持外周T细胞存活和防止TNFR1诱导的凋亡中的重要作用 | 揭示了RIPK1在不同外周T细胞亚群中的功能差异，且RIPK1的支架功能对T细胞的存活至关重要 | 未能明确不同外周T细胞亚群对RIPK1的需求差异 | 研究RIPK1在外周T细胞的生存和免疫反应中的作用 | 以RIPK1条件性缺失小鼠和其他基因敲除小鼠作为研究对象 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 小鼠基因敲除技术 | NA | 转录组数据，细胞分选数据 | 涉及的样本包括不同亚群的CD4和CD8 T细胞 |
| 404 | 2024-08-05 |
T cells in testicular germ cell tumors: new evidence of fundamental contributions by rare subsets
2024-Jun, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02669-9
PMID:38649788
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研究论文 | 本文分析了罕见T细胞亚型在睾丸生殖细胞肿瘤（TGCT）中的基本贡献 | 首次发现人类睾丸中稀有Treg和Tfh细胞与TGCT的病理生物学相关 | 样本来源和患者间的显著异质性可能影响结果的普遍性 | 研究TGCT中免疫细胞组成的变化及其在肿瘤微环境中的角色 | 分析来自独立患者队列的人类睾丸标本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 睾丸癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化和流式细胞术 | NA | 组织样本 | 来自多个独立患者队列的人类睾丸标本 |
| 405 | 2024-08-05 |
Spatially distinct epithelial and mesenchymal cell subsets along progressive lineage restriction in the branching embryonic mammary gland
2024-Jun, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00115-3
PMID:38760574
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序绘制了小鼠乳腺上皮和间充质的图谱，并重建了多能干细胞的分化轨迹 | 确定了承诺的和多能乳腺干细胞的早期分子标记，并定义了它们在发育组织中的空间分布 | 缺乏对早期命运特征的具体标记，限制了对乳腺干细胞衍生的谱系承诺前体的描述 | 阐释多能干细胞的谱系特征及其在乳腺发育中的空间定位 | 小鼠乳腺上皮和间充质中的多能干细胞及其后代 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | E13.5到分娩阶段的小鼠样本 |
| 406 | 2024-08-05 |
Knocking down of Xkr8 enhances chemotherapy efficacy through modulating tumor immune microenvironment
2024-Jun, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2024.04.041
PMID:38685385
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研究论文 | 本研究评估了Xkr8敲除对增强化疗效果和调节肿瘤免疫微环境的影响 | 提出了Xkr8与化疗联合的全新策略，以增强抗肿瘤免疫反应并克服化学免疫耐药性 | 在临床相关的正位模型中进行的研究可能限制了结果的广泛适用性 | 探索Xkr8敲除对肿瘤免疫微环境的影响及其在化疗中的潜在应用 | 研究对象为肿瘤细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | 在正位胰腺肿瘤模型中使用了具有临床相关性的样本 |
| 407 | 2024-08-05 |
Multi-omics profiling reveal cells with novel oncogenic cluster, TRAP1low/CAMSAP3low, emerge more aggressive behavior and poor-prognosis in early-stage endometrial cancer
2024-Jun-17, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02039-2
PMID:38880903
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研究论文 | 该研究通过多组学分析揭示了一种新的癌基因集群，TRAP1低表达/CAMSAP3低表达在早期子宫内膜癌中表现出更具攻击性的行为和较差的预后。 | 首次发现TRAP1和CAMSAP3在特定细胞集群中显著下调，并构建了结合TRAP1、CAMSAP3和TP53的新的预测模型。 | 本研究的样本量相对较小，仅包含24名早期子宫内膜癌患者，可能限制了结果的普遍适用性。 | 研究早期子宫内膜癌的临床异质性，识别高质量预后标志物及其在肿瘤攻击性行为中的潜在作用。 | 研究对象为早期子宫内膜癌患者及其癌和旁癌组织的样本。 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 蛋白质组学和单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 生物样本 | 24名早期子宫内膜癌患者 |
| 408 | 2024-08-04 |
Cystatin F attenuates neuroinflammation and demyelination following murine coronavirus infection of the central nervous system
2024-Jun-15, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03153-0
PMID:38879499
|
研究论文 | Cystatin F在小鼠冠状病毒感染后的神经炎症和脱髓鞘化过程中的作用 | 首次详细探讨了Cystatin F在病毒感染后神经疾病严重性中的影响 | 主要使用小鼠模型，结果可能无法直接推广到人类 | 研究Cystatin F在小鼠冠状病毒引起的神经疾病中的作用 | Cystatin F缺失的小鼠和野生型小鼠 | 数字病理学 | NA | qPCR, 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 电子显微镜 | NA | 细胞, RNA | Cst7-/-小鼠和控制小鼠的细胞样本 |
| 409 | 2024-08-04 |
Chemokine expression profile of an innate granuloma
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.30.577927
PMID:38352492
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研究论文 | 本研究旨在表征参与形成粒腺瘤的趋化因子。 | 使用空间转录组学技术动态研究趋化因子表达在粒腺瘤形成过程中的变化。 | 研究中对其他免疫细胞的角色探索不足。 | 探索趋化因子在免疫细胞形成粒腺瘤中的作用。 | 小鼠感染模型和其免疫反应中的单核细胞来源巨噬细胞。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 小鼠感染模型 |
| 410 | 2024-08-05 |
KLF4 in smooth muscle cell-derived progenitor cells is essential for angiotensin II-induced cardiac inflammation and fibrosis
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.597485
PMID:38895472
|
研究论文 | 本文研究KLF4在平滑肌细胞来源的祖细胞中的作用，探讨其对心脏炎症和纤维化的影响 | 首次发现源自成熟血管平滑肌细胞的AdvSca1-SM细胞在心脏纤维化中的作用，并揭示了KLF4在调控这些细胞向致纤维化表型转变过程中的关键角色 | 目前尚不清楚KLF4如何具体调节AdvSca1-SM表型的分子机制 | 探讨KLF4在心脏炎症和纤维化相关过程中对平滑肌细胞来源祖细胞的作用 | 研究对象为来自主动脉、颈动脉和股动脉的AdvSca1-SM细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学方法 | NA | 基因组数据 | NA |
| 411 | 2024-08-05 |
ScSNViz: a user-friendly toolset for visualization and analysis of Cell-Specific Expressed SNVs
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596816
PMID:38895293
|
研究论文 | 介绍了一种名为scSNViz的R基础工具集，用于可视化和分析细胞特异性表达的单核苷酸变异。 | 提供了3D可视化功能，兼容多个流行的scRNA-seq处理工具，并能够进行统计指标的估计和图形表示。 | NA | 旨在理解单细胞水平的遗传变异，以获取细胞异质性和基因表达调控的见解。 | 着重分析细胞特异性表达的单核苷酸变异（sceSNVs）。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 412 | 2024-08-05 |
The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596699
PMID:38895305
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研究论文 | 本研究探讨了自体造血干细胞移植作为一种用于难治性克罗恩病的细胞治疗的免疫学修复后果 | 提出了通过细胞表型分析和功能研究重新理解SCT作为免疫疾病治疗的细胞治疗模式 | 未明确指出研究的具体局限性 | 研究自体造血干细胞移植在难治性克罗恩病中的应用和免疫重建机制 | 难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本 | 数字病理学 | 克罗恩病 | CyTOF、单细胞RNA测序、T细胞受体测序 | 小鼠模型 | 血液和组织样本 | 来自接受SCT的难治性克罗恩病患者的样本数量未具体说明 |
| 413 | 2024-08-04 |
Single-cell lineage capture across genomic modalities with CellTag-multi reveals fate-specific gene regulatory changes
2024-Jun, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01931-4
PMID:37749269
|
研究论文 | 本研究提出了一种新的方法CellTag-multi，用于在不同的单细胞基因组测序中进行细胞谱系追踪 | 提出了CellTag-multi方法，可以直接捕获作为多腺苷酸化转录本表达的遗传随机条形码，适用于多种单细胞测定 | NA | 研究细胞谱系追踪与转录组分析相结合的方法 | 小鼠造血过程中的前体细胞谱系及其重编程过程中的基因调控机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测定 | NA | 转录本 | 小鼠造血过程中的前体细胞 |
| 414 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics in embryonic mouse diaphragm muscle reveals regional gradients and subdomains of developmental gene expression
2024-Jun-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110018
PMID:38883818
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研究论文 | 本文提供了小鼠胚胎横膈肌空间基因表达数据，揭示了肌肉区域的基因特征及其发育过程 | 首次报告了小鼠胚胎横膈肌的空间基因表达模式 | 目前缺乏对其他胚胎时期或不同肌肉类型的系统性研究 | 研究小鼠胚胎横膈肌的发育和神经肌肉连接形成中的基因表达模式 | 小鼠胚胎横膈肌，特别是在胚胎天数E14.5和E18.5的样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 横截面小鼠胚胎样本，具体样本大小未提供 |
| 415 | 2024-08-05 |
Resident vascular Sca1+ progenitors differentiate into endothelial cells in vascular remodeling via miR-145-5p/ERG signaling pathway
2024-Jun-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110080
PMID:38883819
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研究论文 | 这篇文章研究了血管重塑中Sca1+前体细胞如何通过miR-145-5p/ERG信号通路分化为内皮细胞。 | 文章创新点在于揭示了Sca1细胞在血管重塑中的分化过程及其受miR-145-5p/ERG通路的负调控。 | 本研究的局限性在于未完全阐明Sca1细胞的所有潜在起源及机制。 | 研究的目的是探讨Sca1+前体细胞向内皮细胞分化的机制。 | 研究对象为小鼠模型中的Sca1+前体细胞及其在血管重塑过程中的作用。 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 小鼠模型中的Sca1+前体细胞 |
| 416 | 2024-08-05 |
Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596749
PMID:38854073
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研究论文 | 本文探讨了水静压力对内皮细胞在流动中的反应的影响。 | 本文创新地开发了体外模型，阐明了水静压力如何影响内皮细胞响应流动的机制，并揭示了压力在内皮细胞机制转导中的重要性。 | 尽管研究揭示了一些关键的转录特征，但对某些细胞类型和环境的普适性仍需进一步验证。 | 研究水静压力对内皮细胞反应流动的影响机制。 | 研究对象为内皮细胞及其在水静压力和剪切应力下的反应。 | 生物医学工程 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 通过多重细胞测序分析了人类内皮细胞的多样性 |
| 417 | 2024-08-05 |
Decoding temporal heterogeneity in NSCLC through machine learning and prognostic model construction
2024-Jun-13, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-024-03435-0
PMID:38872167
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）中的时间异质性及其预后模型的构建 | 首次结合cNMF和XGBoost进行NSCLC细胞功能模块分类及标记基因选择，并建立了基于基因的风险评分模型 | 研究范围可能受限于所选择的样本数量及其异质性，影响结果的普适性 | 识别与非小细胞肺癌进展相关的时间异质性生物标志物 | 93,406个来自22名非小细胞肺癌患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组分析，XGBoost，cNMF，LASSO回归 | XGBoost | 转录组数据 | 93,406个细胞，来自22名患者 |
| 418 | 2024-08-05 |
IPF-related new macrophage subpopulations and diagnostic biomarker identification - combine machine learning with single-cell analysis
2024-Jun-13, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02845-8
PMID:38872139
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研究论文 | 本研究分析了特发性肺纤维化(IPF)患者的单细胞转录组测序数据，识别了IPF相关的巨噬细胞亚群并探讨其分子特征和生物功能 | 首次识别了IPF特有的ATP5-MΦ巨噬细胞亚群及其特征基因，揭示了其与氧化磷酸化和质子跨膜转运的关联 | 对巨噬细胞的异质性和分子特征的理解仍然有限，临床相关性待进一步验证 | 探讨IPF患者巨噬细胞的分子特征及其在疾病预后中的价值 | 特发性肺纤维化患者的肺组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | 机器学习 | 基因组数据 | IPF患者肺组织中的单细胞样本 |
| 419 | 2024-08-05 |
The Contribution of Meckel's Cartilage-Derived Type II Collagen-Positive Cells to the Jawbone Development and Repair
2024-Jun-05, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241259059
PMID:38836522
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研究论文 | 本研究探讨了麦克尔软骨来源的II型胶原阳性细胞在下颌骨发育和修复中的贡献 | 首次揭示了II型胶原阳性细胞在下颌骨形成和再生中的关键作用 | 研究主要依赖于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 阐明II型胶原阳性细胞在下颌骨发育和修复过程中的功能 | 分析小鼠在胚胎第10.5天的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 小鼠样本 |
| 420 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveals antigen-presenting capacity and therapeutic resistance potential of immunomodulatory endothelial cells in colorectal cancer
2024-Jun, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.1311
PMID:38874280
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研究论文 | 本研究揭示了肠道癌症中的免疫调节内皮细胞(IMECs)的抗原呈递能力及其对治疗抵抗的潜力 | 首次揭示了IMECs对成熟CD4+ T细胞的MHC-II抗原呈递能力，并指出其在肿瘤内具有增强的血管生成特性 | 本研究基于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚 | 研究免疫调节内皮细胞在肠道癌症中的作用及其对抗血管生成治疗的影响 | 研究了肠道癌症中内皮细胞的亚群体，特别是免疫调节内皮细胞的特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA |