单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-05	Longitudinal single-cell data informs deterministic modelling of inflammatory bowel disease 2024-Jun-24, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00395-9 PMID:38914538	研究论文	本研究探讨如何利用纵向单细胞数据进行炎症性肠病的确定性建模	提出了利用ODE模型定量描述免疫动态的新方法，并验证了细胞周转率与生物过程之间的关系	模型的验证主要依赖于小鼠实验，可能不完全适用于人类	旨在通过数学建模深入理解炎症性肠病中的免疫动态	研究小鼠结肠炎中的细胞变化与人类炎症性肠病患者的数据	数字病理学	炎症性肠病	流式细胞术和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	常微分方程(ODE)	细胞计数数据和基因表达数据	涉及小鼠结肠炎模型和人类IBD患者的统一数据
382	2024-08-04	Advances in spatial transcriptomics and its applications in cancer research 2024-Jun-20, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02040-9 PMID:38902727	研究论文	本文总结了空间转录组技术的发展及其在癌症研究中的应用	本研究通过空间转录组技术能够实现基因表达的空间上下文量化与可视化，提供了比传统转录组更多的信息	目前的空间转录组方法存在一些局限性和挑战	探讨空间转录组技术在癌症研究中的应用及其未来发展方向	癌症相关的转录组数据及其空间表达	数字病理学	癌症	空间转录组测序技术	NA	基因表达数据	NA
383	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing revealed the role of the Th17 pathway in the development of anti- human leukocyte antigen antibodies in a highly sensitized mouse model 2024-Jun-13, Kidney research and clinical practice IF:2.9Q1 DOI:10.23876/j.krcp.23.317 PMID:38934039	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析探讨了人类白细胞抗原（HLA）敏化过程中Th17通路的角色。	首次揭示了Th17细胞及其细胞因子在HLA敏化中的作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全转化到人类生理	探究在人类白细胞抗原敏化中涉及的特定通路	使用HLA.A2转基因小鼠开发的异体敏化小鼠模型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	分别从ALLO和SYN生成9190和8890个单细胞转录组
384	2024-08-05	Vanin-2 is expressed in peripheral blood T cells and upregulated in SLE patients 2024-Jun-26, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae145 PMID:38920355	研究论文	该研究探讨了Vanin-2在外周血T淋巴细胞中的表达及其在系统性红斑狼疮(SLE)患者中的上调情况	发现Vanin-2在T细胞中的独特表达，并与SLE患者T细胞功能变化相关	研究中未探讨其他vanin家族成员在T细胞中的作用	阐明Vanin-2在外周血T淋巴细胞中的重要性	外周血T淋巴细胞及其在SLE患者中的表达	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序，流式细胞术，西方印迹	NA	NA	NA
385	2024-08-04	Long-read single-cell sequencing reveals the transcriptional landscape of spermatogenesis in obstructive azoospermia and Sertoli cell-only patients 2024-Jun-25, QJM : monthly journal of the Association of Physicians DOI:10.1093/qjmed/hcae009 PMID:38192002	研究论文	本研究展示了阻塞性无精症和仅有塞尔托利细胞患者中生精过程的长读转录组特征	首次利用PacBio长读测序揭示了人类生精过程中的新转录本和新基因	研究样本量较小，仅限于患者的睾丸活检样本	揭示阻塞性无精症患者中生精的转录组特征	阻塞性无精症和非阻塞性无精症患者的睾丸细胞	数字病理学	生育不孕	PacBio长读单细胞测序	NA	转录组数据	OA患者3个样本，NOA患者3个样本
386	2024-08-05	SCTC: inference of developmental potential from single-cell transcriptional complexity 2024-Jun-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae340 PMID:38709881	研究论文	本文提出了一种新的单细胞转录复杂性指标(SCTC)，用于更准确地推断单细胞的发育潜力。	引入了经济复杂性理论的见解，以改进对单细胞发育潜力的测量，比现有指标SCTD更精确。	在某些情况下，G表达并不会单调减少，这可能影响现有发育潜力估计的准确性。	研究单细胞分析中发育潜力的推断及伪时间重建方法。	关注单细胞转录组数据，这些数据能够提供细胞的发育潜力信息。	数字病理	NA	scRNA-Seq	NA	NA	NA
387	2024-08-05	Lysine acetyltransferase 14 mediates TGF-β-induced fibrosis in ovarian endometrioma via co-operation with serum response factor 2024-Jun-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05243-2 PMID:38867256	研究论文	这篇文章探讨了赖氨酸乙酰转移酶14在TGF-β诱导的卵巢内膜囊肿纤维化中的作用	揭示了KAT14通过与血清反应因子SRF的合作，促进组蛋白H4乙酰化并增加ECM生成的机制	尚未深入探讨KAT14在其他类型内膜异位症中的作用及其潜在临床应用	研究TGF-β诱导的卵巢内膜囊肿相关纤维化的分子机制	研究对象为卵巢内膜囊肿患者的内膜活检样本及人类内膜间质细胞	数字病理学	卵巢内膜囊肿	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	组织样本，细胞系	涉及卵巢内膜囊肿患者的内膜活检样本及人类间质细胞
388	2024-08-04	Bioinformatics Analysis and Experimental Verification Define Different Angiogenesis Subtypes in Endometrial Carcinoma and Identify a Prognostic Signature 2024-Jun-18, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.4c03034 PMID:38911819	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，定义了子宫内膜癌的不同血管生成亚型，并识别了预后标志。	发现了子宫内膜癌患者的五种血管生成亚型，并构建了与血管生成相关的预后风险评分（APRS），提供了个体化的预后评估。	本研究的特定分子介导的血管生成对肿瘤免疫微环境的影响尚未清楚说明。	探讨血管生成在子宫内膜癌中的作用，并评估其对个体预后的影响。	研究了506例子宫内膜癌患者的血管生成模式及其相关的预后因素。	数字病理学	子宫内膜癌	qRT-PCR、免疫组化和单细胞测序数据分析	NA	转录组信息	506名子宫内膜癌患者
389	2024-08-05	A body-brain circuit that regulates body inflammatory responses 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07469-y PMID:38692285	研究论文	该文章展示了一个调节身体炎症反应的身体-大脑回路	本研究首次揭示了外周免疫损伤如何激活身体-大脑轴以调节免疫反应	尚未探讨该回路在所有免疫疾病中的普遍适用性	研究身体-大脑轴在调节免疫反应中的作用	主要研究外周免疫刺激下的身体-大脑回路及其对炎症反应的影响	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	功能成像数据	NA
390	2024-08-07	Uncovering intestinal macrophages through the integration of single-cell and spatial transcriptomics 2024-06, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-023-00242-7 PMID:38142267	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
391	2024-08-05	Microcirculatory disturbance in acute liver injury is triggered by IFNγ-CD40 axis 2024-Jun-21, Journal of inflammation (London, England) DOI:10.1186/s12950-024-00387-w PMID:38907339	研究论文	文章分析了急性肝损伤中IFNγ-CD40轴引发的微循环障碍的分子机制	首次揭示了IFNγ-CD40轴在急性肝损伤微循环障碍中的关键作用	研究仅限于单中心的回顾性分析，结果可能有限于特定人群和模型	探讨急性肝损伤的发病机制及其与微循环障碍的关系	急性肝损伤患者和小鼠模型	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	Con A诱导的小鼠模型	血液样本、肝脏组织	120名急性肝损伤患者
392	2024-08-05	Identifying Novel Proteins for Chronic Pain: Integration of Human Brain Proteomes and Genome-Wide Association Data 2024-Jun-21, The journal of pain IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jpain.2024.104610 PMID:38909833	研究论文	本文旨在通过整合人脑蛋白组数据和全基因组关联数据来识别慢性疼痛的新蛋白质	提出了一种整合蛋白组和基因组数据的方法，以识别调节慢性疼痛风险的关键基因	研究可能受到样本选择和数据整合方法的限制	探讨遗传变异如何影响慢性疼痛的易感性	重点研究通过调节脑蛋白表达来影响慢性疼痛风险的关键基因	数字病理学	慢性疼痛	基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序	整合蛋白组与基因组的数据分析	蛋白质组数据，转录组数据	387,649（GWAS数据），376和152（发现和确认的蛋白质组数据）
393	2024-08-04	A Novel Macrophage Subpopulation Conveys Increased Genetic Risk of Coronary Artery Disease 2024-Jun-21, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.324172 PMID:38747151	研究论文	该文章探讨了一种新的巨噬细胞亚群如何增加冠状动脉疾病的遗传风险	研究揭示了CD52-hi巨噬细胞亚群在动脉粥样硬化中的关键作用，以及与冠状动脉疾病相关的特定遗传变异和候选致病基因	研究可能在样本规模和病例异质性方面存在局限性	探索冠状动脉疾病中巨噬细胞亚群的遗传贡献和致病机制	主要以人类单核细胞源的巨噬细胞为研究对象	数字病理学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序和单细胞多组学	NA	基因组数据	来自38个动脉粥样硬化样本的5000多个巨噬细胞
394	2024-08-05	Integration mapping of cardiac fibroblast single-cell transcriptomes elucidates cellular principles of fibrosis in diverse pathologies 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk8501 PMID:38905342	研究论文	本研究提供了一幅心脏纤维化的单细胞转录组整合图，揭示了多种病理状态下细胞纤维化的原理	创新性地整合了不同实验设计和分析流程的单细胞转录组数据，阐明心脏纤维化在心血管疾病中的病理生理学	NA	探讨心脏纤维化与各种心血管疾病的关系	心脏纤维细胞的单细胞转录组	数字病理学	心血管疾病	单细胞技术	NA	转录组数据	NA
395	2024-08-04	Establishment and validation of a novel CD8+ T cell-associated prognostic signature for predicting clinical outcomes and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma via integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-Jun-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01092-z PMID:38900330	研究论文	本文建立并验证了一个新的CD8+ T细胞相关预后标志，通过整合单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq数据来预测肝细胞癌的临床结果和免疫治疗反应	提出了基于CD8+ T细胞的预后标志，这为肝细胞癌患者临床结果和免疫治疗反应的预测提供了强有力的模型	尚未提及研究的具体局限性	探讨CD8+ T细胞相关基因在肝细胞癌中的预后意义	利用来自不同数据库的HCC的单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq数据	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和大规模RNA测序	Cox-Lasso回归模型	RNA数据	NA
396	2024-08-05	MYCT1 controls environmental sensing in human haematopoietic stem cells 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07478-x PMID:38839950	research paper	本文探讨了MYCT1在调节人类造血干细胞（HSCs）环境感知和内吞作用中的重要性	发现MYCT1是人类HSC的重要调控因子，其缺失使HSC在培养中失去干性	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证结果	揭示MYCT1在保持人类造血干细胞干性中的作用	人类造血干细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞样本	NA
397	2024-08-04	Structure and dynamics of enterovirus genotype networks 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado1693 PMID:38896609	研究论文	该论文研究了肠道病毒基因型网络的结构和动态	使用单细胞测序方法揭示了病毒种群结构的复杂性，并将宿主细胞转录表型与病毒基因型结构联系起来	NA	理解病毒种群如何适应选择环境的变化	肠道病毒的基因型及其与宿主细胞转录组的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	mRNA	来自数百个感染细胞的病毒单倍型
398	2024-08-04	Expansion of learning capacity elicited by interspecific hybridization 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn3409 PMID:38896617	研究论文	该文章探讨了跨种杂交引发的学习能力扩展，特别是关于鸟类的歌唱学习	研究揭示了杂交鸟类在学习能力上超越亲本的机制，特别是在神经元转录特征方面的独特性	缺乏对环境因素及其影响的具体研究	探索物种特定的歌唱学习的神经遗传机制	F杂交鸟类的学习能力及其神经元特征	自然语言处理	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	F杂交鸟类的多个个体
399	2024-08-04	Tissue module discovery in single-cell-resolution spatial transcriptomics data via cell-cell interaction-aware cell embedding 2024-Jun-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.05.001 PMID:38823396	research paper	本研究提出了一种新的深度学习方法SPACE，用于通过细胞相互作用意识的细胞嵌入分析单细胞分辨率的空间转录组数据	SPACE能够识别具有特殊空间分布模式和不同邻近相互作用细胞类型的空间信息细胞亚型，并自动发现具有明显边界的细胞社区	NA	揭示个体细胞如何发挥组织特异性功能的空间组织原则	单细胞分辨率的空间转录组数据	数字病理学	NA	深度学习	NA	空间转录组数据	NA
400	2024-08-05	Knockdown of ATRX enhances radiosensitivity in glioblastoma 2024-Jun-19, Chinese neurosurgical journal DOI:10.1186/s41016-024-00371-6 PMID:38898533	研究论文	本研究探讨了ATRX在胶质母细胞瘤中的放射敏感性作用	揭示了ATRX突变对胶质母细胞瘤患者生存期的影响，并提出ATRX作为克服放射抗性的新靶点	未提供具体的临床试验数据支持	研究ATRX在胶质母细胞瘤放射抗性中的作用	胶质母细胞瘤患者的ATRX突变率及其表达	数字病理学	胶质母细胞瘤	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从癌症基因组图谱中获取的胶质瘤患者数据