单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-21	Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis 2024-06-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn5228 PMID:38941469	研究论文	本研究探讨了肝星状细胞（HSCs）中糖酵解如何通过组织区域特异性途径协调纤维化放大	揭示了HSCs中糖酵解通过增强组蛋白3赖氨酸9乙酰化促进EV释放，从而放大肝纤维化的机制	未涉及糖酵解抑制对肝纤维化治疗的具体临床应用效果	研究HSCs中糖酵解在肝纤维化放大中的作用机制	肝星状细胞（HSCs）及其释放的细胞外囊泡（EVs）	细胞生物学	肝纤维化	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
22	2025-07-21	Single-cell transcriptomic-informed deconvolution of bulk data identifies immune checkpoint blockade resistance in urothelial cancer 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109928 PMID:38812546	research paper	该研究提出了一种名为ProM的计算方法，通过整合单细胞RNA测序和批量组织RNA测序数据，识别膀胱尿路上皮癌中对免疫检查点抑制剂抵抗的细胞特征	ProM方法能够检测主要和次要细胞类型，相比现有方法在配对单细胞和批量RNA测序数据上表现出优越性，并揭示了与不良预后相关的预处理细胞特征	研究主要聚焦于膀胱尿路上皮癌，可能不适用于其他癌症类型	研究肿瘤微环境异质性及免疫检查点阻断抵抗机制	人类膀胱尿路上皮癌样本	digital pathology	urothelial cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	ProM	RNA-seq数据	配对的单细胞和批量RNA测序的人类膀胱尿路上皮癌样本
23	2025-07-21	GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966 PMID:38512867	研究论文	介绍了一种名为GoT-Splice的协议，用于在人类细胞中进行基因表达、细胞表面蛋白质、突变状态和RNA剪接的多组学分析	结合了GoT与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变型细胞的困难以及短读长测序数据重建剪接信号的准确性不足的问题	需要详细的协议执行步骤，可能对实验条件和技术要求较高	开发一种多组学分析协议，以更准确地研究RNA剪接因子突变	人类细胞	基因组学	NA	长读长单细胞转录组测序、细胞表面蛋白质组分析、GoT	NA	基因表达数据、蛋白质组数据、突变数据、RNA剪接数据	NA
24	2025-07-21	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.20.594719 PMID:38826447	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了小鼠卵巢排卵过程中的时空细胞类型图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了排卵过程的精确时间窗口，并鉴定了排卵依赖性细胞状态的基因标记	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	揭示排卵过程中卵巢细胞类型的时空动态变化	小鼠卵巢	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	配对的小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
25	2025-07-20	Challenges and opportunities in cancer immunotherapy: a Society for Immunotherapy of Cancer (SITC) strategic vision 2024-Jun-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009063 PMID:38901879	review	本文总结了癌症免疫疗法在过去10-15年的发展，并提出了未来十年的战略愿景	提出了七个高优先级领域和三个关键指导原则，以促进癌症免疫疗法的未来发展	未提及具体实验数据或样本量，更多是基于专家共识的战略性讨论	识别癌症免疫疗法领域的当前机遇和挑战，优先考虑具有最高临床潜力的领域	癌症免疫疗法的科学和临床进展	癌症免疫疗法	癌症	单细胞测序和空间转录组学	NA	NA	NA
26	2025-07-20	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	通过批量及空间RNA测序技术，研究糖尿病周围神经病变（DPN）患者胫神经和腓肠神经的分子特征	首次在人类感觉轴突中发现了mRNA的显著定位，揭示了感觉轴突mRNA运输在周围神经退行性变中的潜在作用	研究样本主要来自糖尿病患者的下肢截肢，可能限制了结果的普遍性	深入理解糖尿病周围神经病变的分子机制	糖尿病周围神经病变患者的胫神经和腓肠神经	分子生物学	糖尿病周围神经病变	批量RNA测序, 空间转录组学分析	NA	RNA测序数据	主要来自糖尿病患者的下肢截肢神经样本
27	2025-07-20	Single-cell multi-ome and immune profiles of the Inspiration4 crew reveal conserved, cell-type, and sex-specific responses to spaceflight 2024-Jun-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49211-2 PMID:38862516	研究论文	通过单细胞多组学和免疫分析，研究Inspiration4宇航员在太空飞行中的免疫反应	首次在单细胞水平上揭示了太空飞行对免疫系统的具体影响，并确认了这种影响在不同数据集中的一致性	样本量较小，仅针对Inspiration4任务的四名宇航员进行研究	表征太空飞行对宇航员免疫系统的影响	SpaceX Inspiration4任务的宇航员	生物医学	NA	单细胞多组学分析、细胞游离RNA测序、生化分析、血液学分析	NA	单细胞多组学数据、cfRNA数据、生化数据、血液学数据	4名宇航员（Inspiration4任务机组人员）
28	2025-07-20	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.11.589096 PMID:38645001	research paper	该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了人类胰腺胰岛中性别差异对β细胞功能及2型糖尿病发病机制的影响	揭示了性别差异在胰岛细胞基因表达和染色质可及性中的独特模式，特别是在X连锁KDM6A和Y连锁KDM5D染色质重塑因子上的差异，以及在2型糖尿病中性别对常染色体基因表达的显著影响	研究主要基于体外培养的胰岛细胞，可能无法完全反映体内环境下的性别差异	探究性别差异在胰岛调控和功能中的作用，以理解β细胞衰竭在糖尿病中的性别特异性异质性	人类胰腺胰岛细胞	生物医学	2型糖尿病	scRNA-seq, snATAC-seq, 动态激素分泌分析, 生物能量学分析	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 激素分泌数据	52名捐赠者（包括37名来自HPAP数据集）的胰岛样本
29	2025-07-20	IL-17 signaling in primary sclerosing cholangitis patient-derived organoids 2024-06-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000454 PMID:38829197	研究论文	本研究通过患者来源的胆管细胞类器官（ECO）研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎（PSC）中的作用	首次直接评估了PSC胆管细胞对IL-17A刺激的反应，并发现了PSC ECO与非PSC ECO在IL-17刺激下的不同反应	未发现调控IL-17通路的候选罕见变异	探究IL-17信号在PSC发病机制中的作用	原发性硬化性胆管炎（PSC）患者的胆管细胞类器官	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学、分泌组分析、基因组测序	NA	RNA测序数据、分泌组数据、基因组数据	PSC患者和非PSC患者的胆管细胞类器官
30	2025-07-16	Early Developmental Origins of Cortical Disorders Modeled in Human Neural Stem Cells 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.598925 PMID:38915580	research paper	该研究通过人类神经干细胞（NSCs）探索了皮质障碍的早期发育起源，分析了皮质和神经精神障碍相关基因的表达动态	揭示了疾病特异性关键阶段和跨多种疾病的信号汇聚，模拟了风险转录因子缺失对不同神经细胞类型的影响，并发现了自闭症患者来源NSCs中脑模式化和NSCs谱系承诺的转录因子反复改变	研究主要基于体外和体内的人类NSCs数据，可能无法完全反映实际发育过程中的复杂性	探索人类大脑功能障碍在发育早期的机制	人类神经干细胞（NSCs）和皮质障碍相关基因	神经科学	自闭症和其他皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
31	2025-07-11	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	research paper	本文介绍了SpotSweeper，一种用于空间转录组学数据的空间感知质量控制方法	SpotSweeper能够识别局部异常值和区域伪影，减少生物异质性带来的偏差，并改进下游聚类和标记基因检测	目前尚无针对SRT特有的组织学伪影的识别方法	开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially-resolved transcriptomics (SRT), single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq)	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的Visium数据
32	2025-07-11	Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy 2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s12195-024-00812-3 PMID:39050513	研究论文	该研究通过结合单细胞RNA测序和活细胞成像技术，探索了自然杀伤（NK）细胞在杀伤过程中的动态转录程序	首次将单细胞RNA测序与活细胞成像技术结合，用于研究NK细胞杀伤功能与转录因子活性的关系	研究仅使用了NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系作为模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探索NK细胞杀伤功能与细胞内信号传导的关系，以改进基于NK细胞的免疫治疗方法	NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系	细胞免疫治疗	宫颈癌	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、活细胞成像、ViPER和DoRothEA R包分析	NA	转录组数据、显微成像数据	NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养系统
33	2025-07-05	S100A8/A9hi neutrophils induce mitochondrial dysfunction and PANoptosis in endothelial cells via mitochondrial complex I deficiency during sepsis 2024-06-28, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06849-6 PMID:38942784	研究论文	本文研究了S100A8/A9高表达的中性粒细胞通过线粒体复合物I缺陷在脓毒症期间诱导内皮细胞线粒体功能障碍和PANoptosis的机制	揭示了S100A8/A9通过下调Nrf1表达抑制线粒体复合物I中的Ndufa3表达，进而导致线粒体功能障碍和PANoptosis的新机制	研究主要基于体外实验和测序分析，缺乏在体实验验证	探究S100A8/A9在脓毒症期间诱导内皮细胞功能障碍的分子机制	中性粒细胞和内皮细胞	分子生物学	脓毒症	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	测序数据	NA
34	2025-07-05	Multiomics integration-based immunological characterizations of adamantinomatous craniopharyngioma in relation to keratinization 2024-06-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06840-1 PMID:38906852	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学对58,081个细胞核进行综合分析，揭示了颅咽管瘤的免疫微环境特征及其细胞间网络	首次通过多组学整合分析揭示了颅咽管瘤的免疫抑制微环境特征，并发现了一种与肿瘤角质化相关的调控网络	样本量相对有限，且研究结果需要进一步的功能验证	阐明颅咽管瘤的免疫微环境特征及其与肿瘤进展的关系	颅咽管瘤(ACP)样本	数字病理学	颅咽管瘤	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学, asmFISH	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	58,081个细胞核
35	2025-07-05	CSTF3 contributes to platinum resistance in ovarian cancer through alternative polyadenylation of lncRNA NEAT1 and generating the short isoform NEAT1_1 2024-06-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06816-1 PMID:38898019	研究论文	本研究揭示了CSTF3通过调节lncRNA NEAT1的选择性多聚腺苷酸化（APA）在卵巢癌铂类耐药中的作用机制	首次发现CSTF3通过调控NEAT1的APA过程生成短亚型NEAT1_1，从而促进卵巢癌铂类耐药的新机制	研究主要基于公共数据库的单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证	探索卵巢癌铂类耐药的分子机制	卵巢癌患者的铂类耐药和敏感组织	癌症生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	公共数据库中的卵巢癌患者单细胞RNA测序数据集
36	2025-07-05	CXCR7 activation evokes the anti-PD-L1 antibody against glioblastoma by remodeling CXCL12-mediated immunity 2024-06-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06784-6 PMID:38898023	研究论文	本研究探讨了CXCR7激活通过重塑CXCL12介导的免疫反应，增强抗PD-L1抗体对胶质母细胞瘤的疗效	发现了CXCR7作为CXCL12的非典型受体在肿瘤细胞中的负调控作用，并验证了选择性CXCR7激动剂VUF11207能逆转GAM诱导的免疫抑制，增强抗PD-L1抗体的治疗效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索通过靶向CXCR7-CXCL12轴增强胶质母细胞瘤免疫治疗效果的机制	胶质母细胞瘤细胞、胶质母细胞瘤相关巨噬细胞(GAMs)和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	转录组分析、单细胞转录组测序、体外共培养系统	小鼠胶质母细胞瘤模型	转录组数据、单细胞测序数据、体外实验数据	未明确说明样本数量，但使用了复发胶质母细胞瘤标本、公共胶质母细胞瘤数据集和小鼠模型
37	2025-07-05	Chemerin attracts neutrophil reverse migration by interacting with C-C motif chemokine receptor-like 2 2024-06-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06820-5 PMID:38890311	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞反向迁移（rM）的机制，发现趋化因子受体样2（Ccrl2）及其配体chemerin在这一过程中起关键作用	首次揭示了chemerin通过与其受体CCRL2相互作用吸引中性粒细胞离开炎症部位的新机制	研究主要基于小鼠模型，人体中的相关性尚需验证	探索中性粒细胞反向迁移的分子机制	中性粒细胞及其迁移行为	免疫学	急性肺损伤	scRNA-seq、气袋模型	NA	基因表达数据、细胞追踪数据	小鼠急性肺损伤模型
38	2025-07-05	The Mohawk homeobox gene represents a marker and osteo-inhibitory factor in calvarial suture osteoprogenitor cells 2024-06-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06813-4 PMID:38886383	研究论文	该研究揭示了Mohawk同源盒基因（Mkx）在小鼠颅骨缝合间充质祖细胞中作为骨抑制因子的作用及其在骨修复中的机制	首次发现Mkx基因在颅骨缝合间充质祖细胞中作为骨抑制因子，并证明其机械响应性调控骨分化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Mkx基因在颅骨缝合间充质祖细胞中的功能及其在骨修复中的作用机制	小鼠颅骨缝合间充质祖细胞	骨生物学	骨修复障碍	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、基因敲除/敲低、机械拉伸实验	基因报告小鼠模型（Mkx; R26R）	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本量（使用转基因小鼠模型）
39	2025-07-05	Synergistic immunochemotherapy targeted SAMD4B-APOA2-PD-L1 axis potentiates antitumor immunity in hepatocellular carcinoma 2024-06-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06699-2 PMID:38886351	研究论文	提出一种针对肝细胞癌的协同免疫化疗策略，通过SAMD4B-APOA2-PD-L1轴增强抗肿瘤免疫	首次提出基于三种常见抗肿瘤药物的协同免疫化疗策略，并揭示其通过SAMD4B介导的2'-O-甲基化修饰调控免疫微环境的机制	研究主要基于PDX小鼠模型，临床样本量可能有限	开发针对晚期肝细胞癌的有效治疗方案	肝细胞癌患者和PDX小鼠模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序、2'-O-甲基化修饰、多重免疫荧光染色	PDX小鼠模型	RNA测序数据、免疫荧光图像数据	未明确说明具体样本量，涉及PDX小鼠模型和临床患者数据
40	2025-07-05	MAL2 reprograms lipid metabolism in intrahepatic cholangiocarcinoma via EGFR/SREBP-1 pathway based on single-cell RNA sequencing 2024-06-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06775-7 PMID:38866777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现MAL2在肝内胆管癌中特异性富集，并通过调控EGFR/SREBP-1通路促进脂质代谢，影响癌细胞增殖和迁移	首次揭示MAL2通过稳定EGFR膜定位激活PI3K/AKT/SREBP-1轴促进脂质积累的机制，并筛选出小分子抑制剂sarizotan	研究主要基于体外实验和类器官模型，尚未进行大规模临床验证	探究MAL2在肝内胆管癌发生发展中的作用机制及治疗靶点	肝内胆管癌细胞及类器官模型	肿瘤生物学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学、代谢组学、分子对接、Co-IP	类器官模型	RNA测序数据、代谢物数据	未明确说明具体样本数量