单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-03-15	Noninvasive assessment of the lung inflammation-fibrosis axis by targeted imaging of CMKLR1 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9817 PMID:38896611	研究论文	本文验证了CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的准确性，并探讨了其在特发性肺纤维化（IPF）患者中的应用	通过单细胞RNA测序数据集分析，发现CMKLR1在特发性肺纤维化患者中单核细胞来源的巨噬细胞（MDMφ）中表达，并验证了其在肺纤维化小鼠模型中的靶向成像潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	探索CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的潜力，用于特发性肺纤维化的风险分层和治疗监测	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描（PET）	小鼠模型	RNA测序数据、成像数据	特发性肺纤维化患者和小鼠模型
22	2025-03-14	Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.17.599411 PMID:38948715	研究论文	本文研究了特发性肺纤维化（IPF）中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制，揭示了细胞连接成分的下调、上皮-间质转化特征的上升以及基底膜基质的失调	首次描述了IPF患者中远端细支气管上皮细胞脱屑的病理现象，并通过空间转录组学和空间蛋白质组学揭示了其机制	研究样本量未明确说明，且未涉及其他类型肺纤维化的比较	探讨特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制及其对疾病进展的影响	特发性肺纤维化患者和健康对照者的远端细支气管上皮细胞和基底膜	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明
23	2025-03-13	Machine learning identifies activation of RUNX/AP-1 as drivers of mesenchymal and fibrotic regulatory programs in gastric cancer 2024-06-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278565.123 PMID:38777607	研究论文	本研究利用ATAC-seq和RNA-seq数据，通过机器学习方法识别了胃癌中调控间质和纤维化程序的关键转录因子	首次使用机器学习方法结合ATAC-seq和RNA-seq数据，系统地识别了胃癌中间质和上皮状态的调控转录因子，并揭示了DNA拷贝数变异对这些转录因子的影响	研究主要基于细胞系和原发肿瘤数据，未涉及更多临床样本的验证	探索胃癌中间质和上皮状态的调控机制，识别关键转录因子及其在胃癌异质性和进展中的作用	胃癌细胞系和原发肿瘤	机器学习	胃癌	ATAC-seq, RNA-seq	机器学习	基因表达数据, 表观基因组数据	多个胃癌细胞系和原发肿瘤样本
24	2025-03-13	Human inherited PD-L1 deficiency is clinically and immunologically less severe than PD-1 deficiency 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231704 PMID:38634869	研究论文	本文报道了两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹，该变异导致PD-L1功能丧失，并探讨了PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	首次报道了人类遗传性PD-L1缺乏的临床和免疫学特征，并与PD-1缺乏进行了对比，揭示了PD-L1缺乏不会导致致命性自身免疫病	研究样本量较小，仅涉及两名患者，可能限制了结果的普遍性	探讨PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹	免疫学	1型糖尿病	流式细胞术免疫表型分析、单细胞RNA测序	NA	血液白细胞	两名患者
25	2025-03-10	[Explorations about the correlation between biological changes of meninges in periodontitis mice and cognitive impairment via single-cell RNA sequencing] 2024-Jun-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20231102-00234 PMID:38808420	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析牙周炎小鼠脑膜的生物学变化，探讨其与认知障碍之间的潜在关联	首次使用单细胞RNA测序技术研究牙周炎小鼠脑膜的生物学变化及其与认知障碍的关系	样本量较小，仅使用小鼠模型，未涉及人类样本	探讨牙周炎小鼠脑膜生物学变化与认知障碍之间的相关性	牙周炎小鼠的脑膜组织和认知功能	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	30只C57BL/6小鼠（15只对照组，15只实验组）
26	2025-03-06	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:39215134	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明了调控血管平滑肌细胞（VSMC）增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了TIMP1通过CD74介导的STAT3信号反馈促进VSMC增殖的机制	研究主要基于体外实验和计算分析，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制，以寻找血管疾病的潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞（VSMC）	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学，表观遗传分析	基因调控网络	基因表达数据，表观遗传数据	NA
27	2025-03-05	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.29.596006 PMID:38854132	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据，对Spirostomum属的纤毛虫进行了系统发育和物种界定分析	首次利用单细胞转录组数据和多物种溯祖模型（MSC）对Spirostomum属的纤毛虫进行系统发育分析，揭示了该属中至少存在九个隐存种	样本主要来自韩国和美国，可能无法全面代表该属的全球多样性	界定Spirostomum属纤毛虫的物种边界并阐明其系统发育关系	Spirostomum属的纤毛虫	生物信息学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	多物种溯祖模型（MSC）	转录组数据	25个物种群体（代表6个形态种），37个种群和265个蛋白质编码基因
28	2025-02-28	SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100581 PMID:38823397	研究论文	本文介绍了一种名为SIMS的低代码、数据高效的单细胞RNA分类管道，用于自动化细胞标记	SIMS是一种可扩展、可解释的机器学习工具，能够在少量训练数据（<3,500个细胞）下实现高精度的细胞分类，并揭示神经元分化过程中的遗传变化	NA	开发一种高效的单细胞RNA分类工具，用于自动化细胞标记	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	不同组织和物种的数据集，包括大脑和皮质类器官的单细胞RNA数据集
29	2025-02-26	The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596699 PMID:38895305	研究论文	本文探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	提出了SCT作为免疫疾病细胞疗法的新范式，揭示了SCT如何通过高维细胞表型和功能研究重建细胞免疫	研究样本量有限，且主要依赖于小鼠模型进行功能验证	研究SCT作为难治性CD细胞疗法的免疫修复机制	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本	免疫学	克罗恩病	CyTOF、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术	小鼠异种移植模型	外周血和肠道组织样本	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本
30	2025-02-21	Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis 2024-Jun-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn5228 PMID:38941469	研究论文	本文研究了肝星状细胞（HSCs）中的糖酵解如何通过组织区域特异性途径协调纤维化的放大	揭示了HSCs中糖酵解通过增强组蛋白3赖氨酸9乙酰化促进EV释放的机制，并发现糖酵解缺陷小鼠的EV能够抑制肝纤维化的放大	未明确糖酵解调控EV释放的具体分子机制，且未涉及其他潜在调控途径	探讨HSCs中糖酵解在肝纤维化放大中的作用	肝星状细胞（HSCs）及其释放的纤维化纳米级细胞外囊泡（EVs）	细胞生物学	肝纤维化	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
31	2025-02-21	OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596831 PMID:38895453	研究论文	本文介绍了一种名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC平台通过使用由核心转录因子调控网络控制的随机微分方程系统，生成能够忠实模拟真实生物系统细胞状态转换的合成细胞	NA	开发一个计算平台，用于模拟细胞状态转换，以支持发育生物学、癌症生物学和细胞命运工程的研究	细胞状态转换	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机微分方程系统	单细胞RNA测序数据	小鼠骨髓祖细胞单细胞RNA测序数据集
32	2025-02-20	Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine 2024-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601271 PMID:38979337	研究论文	本文通过单细胞转录组学预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调节因子	通过单细胞RNA测序分析，识别了与细胞迁移相关的转录途径，并预测了年龄依赖性修复反应程序的上游调节因子，如CSF-1	研究机制尚不明确，且仅在猪模型中进行验证，未涉及人类样本	研究缺血损伤肠道中上皮修复的潜在调节机制，特别是年龄依赖性的修复反应	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞	单细胞转录组学	肠道缺血损伤	单细胞RNA测序	猪模型	RNA测序数据	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞
33	2025-02-20	Elevated phagocytic capacity directs innate spinal cord repair 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598515 PMID:38915507	研究论文	本文研究了斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力及其在脊髓修复中的作用	发现斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力是其修复的关键，并通过跨物种比较识别了相关基因	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需进一步验证	探讨脊髓损伤后免疫细胞的吞噬能力对修复的影响	斑马鱼和哺乳动物的脊髓损伤模型	生物医学	脊髓损伤	单细胞转录组学、诱导性基因敲除	NA	基因表达数据	NA
34	2025-02-19	Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection 2024-Jun-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009 PMID:38417436	研究论文	本文通过单核RNA测序技术，比较了PSEN1-E280A常染色体显性阿尔茨海默病（ADAD）携带者、散发性AD患者和对照组的转录组，揭示了ADAD与散发性AD在特定细胞类型中的下游通路差异	首次通过单核RNA测序技术深入探索了ADAD与散发性AD在特定细胞类型中的转录组差异，并发现了PSEN1-E280A病例中自噬基因和伴侣蛋白的显著表达差异	样本量较小（27例），且仅针对PSEN1-E280A突变携带者，可能无法完全代表所有ADAD病例	探索常染色体显性阿尔茨海默病（ADAD）与散发性阿尔茨海默病（AD）在特定细胞类型中的转录组差异，并揭示可能的疾病保护机制	PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组	数字病理学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	27例（包括PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组）
35	2025-02-16	Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596749 PMID:38854073	研究论文	本文研究了静水压力和剪切应力对内皮细胞（EC）响应的综合影响，揭示了压力在调节剪切应力诱导的信号传导中的剂量依赖性作用	开发了体外模型来研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应，并发现压力在调节剪切应力诱导的信号传导中具有剂量依赖性作用	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探讨静水压力和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响	内皮细胞	细胞生物学	血管疾病	RNA测序	体外模型	RNA测序数据	人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育样本
36	2025-02-13	Hofbauer cells and fetal brain microglia share transcriptional profiles and responses to maternal diet-induced obesity 2024-06-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114326 PMID:38848212	研究论文	本研究探讨了母体饮食诱导的肥胖对胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞转录组的影响，并发现它们具有共同的转录程序和反应	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞在母体肥胖条件下的共同转录变化，并提出了霍夫鲍尔细胞作为胎儿大脑小胶质细胞编程的非侵入性生物标志物的潜力	研究主要基于小鼠模型，尽管与人类数据集进行了比较，但仍需进一步验证其在人类中的适用性	探索母体肥胖对胎儿大脑小胶质细胞编程的影响，并寻找非侵入性生物标志物以早期识别易患神经发育障碍的后代	小鼠模型中的胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞	生物医学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型和人类数据集的比较
37	2025-02-13	Apolipoprotein E controls Dectin-1-dependent development of monocyte-derived alveolar macrophages upon pulmonary β-glucan-induced inflammatory adaptation 2024-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01830-z PMID:38671323	研究论文	本文研究了肺部低度炎症环境下，载脂蛋白E（ApoE）依赖的单核细胞源性肺泡巨噬细胞（ApoECD11b AMs）的发育及其功能	揭示了ApoE信号在单核细胞向ApoECD11b AMs分化中的关键作用，并发现这些细胞在肺部适应性和组织韧性中的重要性	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨肺部巨噬细胞在环境刺激下的功能和发育适应机制	小鼠模型中的单核细胞源性肺泡巨噬细胞	免疫学	肺部疾病	单细胞转录组学、高维成像、流式细胞术	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠模型
38	2025-02-12	Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598858 PMID:38948758	研究论文	本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑	引入了一种新的方法，使用线性混合效应模型系统量化恶性细胞与正常乳腺上皮细胞中染色质可及性区域与基因表达之间的关联	NA	提高对肿瘤生物学的理解，特别是乳腺癌的调控机制	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织	生物信息学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织样本
39	2025-02-12	Gene regulatory landscape of cerebral cortex folding 2024-Jun-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn1640 PMID:38838158	研究论文	本文研究了大脑皮层折叠的基因调控景观，揭示了其在哺乳动物大脑发育和进化中的关键作用	首次描述了大脑皮层折叠的转录组原图在早期胚胎阶段的出现及其涉及的细胞命运信号通路，并揭示了H3K27ac表观遗传景观在发育细胞命运限制中的作用	研究主要基于雪貂模型，可能不完全适用于人类大脑发育	探索大脑皮层折叠的基因调控机制及其在神经系统疾病中的作用	雪貂大脑皮层的基因表达和表观遗传景观	表观遗传学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
40	2025-02-11	The CD8+ T cell tolerance checkpoint triggers a distinct differentiation state defined by protein translation defects 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.026 PMID:38776918	研究论文	本文研究了外周CD8+ T细胞耐受性检查点，揭示了其与自身免疫疾病和抗癌免疫的关系	通过流式细胞术、单细胞RNA测序和染色质可及性分析，发现耐受性触发了一种与耗竭、记忆和功能性效应细胞不同的分化状态	研究主要关注于小鼠模型，可能需要在人类样本中进一步验证	探讨外周CD8+ T细胞耐受性检查点的分子机制及其在自身免疫疾病和抗癌免疫中的作用	外周CD8+ T细胞	免疫学	自身免疫疾病, 癌症	流式细胞术, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 染色质可及性分析	NA	RNA测序数据, 染色质可及性数据	NA