单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 544 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-05 |
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598484
PMID:38915481
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研究论文 | 提出一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个转录组研究时检测多类别生物标志物 | 首次从信息论角度提出能够处理多类别设计的生物标志物检测方法，突破了现有方法仅限于两类别场景的限制 | NA | 开发一种能够整合多个组学研究并检测具有一致多类别表达模式的生物标志物的统计方法 | 转录组数据中的生物标志物 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 互信息统计框架 | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-10-05 |
KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment
2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1421
PMID:37851080
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌中的KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞及其对肿瘤微环境的影响 | 首次发现KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞具有独特的细胞因子谱，能够局部和系统性地调节髓系细胞浸润 | 样本量相对较小（18例PDAC样本），需要更大规模研究验证 | 表征胰腺导管腺癌中间亚型肿瘤细胞的特性及其在肿瘤微环境中的作用 | 人类PDAC样本、患者来源的PDAC类器官、匹配的血液和肿瘤样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 18例人类PDAC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-10-05 |
Impeller: a path-based heterogeneous graph learning method for spatial transcriptomic data imputation
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae339
PMID:38806165
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研究论文 | 提出一种基于路径的异质图学习方法Impeller，用于空间转录组数据插补 | 构建包含空间邻近性和表达相似性两种边的异质图，通过可学习路径算子避免传统拉普拉斯矩阵的过平滑问题，同时建模短程和长程细胞间相互作用 | NA | 解决空间转录组数据中过度缺失值的问题，提高数据完整性和可解释性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | GNN（图神经网络） | 空间基因表达数据 | 来自三个流行平台和两个物种的多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing reveals the impact of endothelial cell PIEZO1 expression on thoracic aortic aneurysm
2024-06, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.04.015
PMID:38718563
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示内皮细胞PIEZO1表达对胸主动脉瘤的影响 | 首次发现PIEZO1在胸主动脉瘤中表达降低，并证实其激动剂Yoda1可通过干预巨噬细胞浸润、细胞外基质降解和新血管形成抑制动脉瘤形成 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证 | 探究PIEZO1在胸主动脉瘤发病机制中的作用 | 胸主动脉瘤患者样本和基因工程小鼠模型 | 单细胞生物学 | 胸主动脉瘤 | 单细胞测序，基因敲除模型，体内外药理学干预 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据，蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-05 |
Syngeneic murine models with distinct immune microenvironments represent subsets of human intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-06, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.008
PMID:38458319
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研究论文 | 本研究开发并表征了具有不同遗传驱动因素的免疫活性小鼠肝内胆管癌模型，揭示了肿瘤基因型与免疫微环境表型之间的相关性 | 首次开发了Fbxw7ΔF/Akt驱动的肝内胆管癌遗传小鼠模型，并系统比较了三种不同基因型模型的肿瘤免疫微环境特征和免疫治疗反应差异 | 研究基于小鼠模型，其临床转化价值需要进一步验证；样本规模相对有限 | 阐明胆管癌肿瘤免疫微环境特征，测试新型免疫治疗策略 | 肝内胆管癌小鼠模型和人类胆管癌患者队列 | 肿瘤免疫学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,CITE-seq,全外显子测序,批量RNA测序 | 小鼠遗传模型 | 基因组数据,转录组数据,单细胞数据 | 三种不同基因型的小鼠胆管癌模型 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-05 |
SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics
2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597765
PMID:38895212
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研究论文 | 开发了一种名为SpotSweeper的空间转录组学质量控制方法 | 首次提出考虑空间位置信息的质量控制方法，能够识别局部异常值和区域伪影 | 仅使用公开数据进行验证，缺乏更广泛的数据集验证 | 开发专门针对空间转录组数据的质量控制方法 | 空间转录组数据中的低质量点和组织伪影 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 多尺度方法 | 空间转录组数据 | 公开数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium平台 |
| 27 | 2025-10-05 |
Status of single-cell RNA sequencing for reproductive toxicology in zebrafish and the transcriptomic trade-off
2024-Jun, Current opinion in toxicology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.cotox.2024.100463
PMID:38846809
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综述 | 本文探讨单细胞RNA测序在斑马鱼生殖毒理学中的应用现状及其与传统方法的权衡 | 首次系统评述scRNA-seq在斑马鱼生殖毒理学领域的创新应用潜力，强调其在识别稀有细胞亚型和细胞特异性表达谱方面的独特优势 | 该技术在当前领域仍属未充分开发利用状态，且与传统方法存在技术权衡需要考量 | 探索单细胞RNA测序技术在生殖毒理学研究中的应用前景与方法学比较 | 斑马鱼性腺组织及其在毒物暴露下的细胞反应 | 单细胞组学 | 生殖毒理学 | 单细胞RNA测序, 下一代测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-10-05 |
Cellular and transcriptional profiles of peripheral blood mononuclear cells pre-vaccination predict immune response to preventative MUC1 vaccine
2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.598031
PMID:38948837
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析疫苗接种前外周血单核细胞，预测MUC1预防性疫苗的免疫反应 | 首次在癌前病变人群中研究非病毒癌症疫苗，并通过单细胞分析发现免疫应答者的特定细胞类型和基因特征 | 样本量较小（16名应答者和16名无应答者），需要在更大规模研究中验证 | 评估MUC1肿瘤抗原疫苗的安全性和免疫原性，并寻找预测疫苗反应的生物标志物 | 有晚期结肠腺瘤病史的个体 | 单细胞测序分析 | 结肠腺瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 贝叶斯网络分析，差异基因表达分析 | 单细胞转录组数据 | 32名参与者（16名免疫应答者和16名无应答者） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-05 |
A single-cell and spatial RNA-seq database for Alzheimer's disease (ssREAD)
2024-Jun-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49133-z
PMID:38844475
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研究论文 | 介绍了一个专门用于阿尔茨海默病的单细胞和空间RNA-seq数据库ssREAD | 提供了更广泛的AD相关数据集、优化的分析流程和改善的可用性，整合了大量单细胞和空间转录组数据 | NA | 解决阿尔茨海默病研究中单细胞和空间转录组数据缺乏综合性用户友好存储库的问题 | 阿尔茨海默病患者和模型动物的脑组织样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | RNA测序数据,空间转录组数据 | 1,053个样本（277个整合数据集）包含7,332,202个细胞，以及381个空间转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-05 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590194
PMID:38712147
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研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 引入On-Target Fraction指标量化标记基因特异性，改进算法以识别密切相关的细胞类型间高选择性表达模式的标记基因组合 | NA | 开发可扩展的数据驱动解决方案，识别最小必要且充分的标记基因组合以实现细胞类型分类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 数百万细胞的大规模单细胞RNA测序图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-06 |
Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis
2024-Jun-21, Biology
DOI:10.3390/biology13070461
PMID:39056656
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的作用 | 首次在EoE中鉴定出至少两个功能不同的成纤维细胞亚群F_A和F_B，并揭示F_B亚群通过ECM-受体信号在细胞通讯中起主导作用 | 研究基于公开数据库数据，样本来源有限；IL13处理的成纤维细胞培养模型可能无法完全模拟体内复杂环境 | 阐明嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管活检组织样本和IL13处理的成纤维细胞培养物 | 单细胞生物学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公开数据库GSE201153中的EoE食管活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-10-06 |
Unveiling the hidden role of disulfidptosis in kidney renal clear cell carcinoma: a prognostic signature for personalized treatment
2024-06, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-023-01933-2
PMID:38296888
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研究论文 | 本研究构建了一个基于二硫化物死亡相关基因的肾透明细胞癌预后特征模型，用于个性化治疗 | 首次在肾透明细胞癌中系统研究二硫化物死亡的作用，并开发了包含四个基因的预后特征模型 | 需要进一步验证模型在更广泛人群中的适用性 | 探索二硫化物死亡在肾透明细胞癌中的作用并建立预后预测模型 | 肾透明细胞癌患者 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, RT-qPCR, 免疫组化 | 机器学习, 生存模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 发现队列和外部验证队列的肾透明细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2025-10-06 |
Amelioration of NAFLD by sleeve gastrectomy-triggered hepatocyte regeneration in mice - experimental research
2024-Jun-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001387
PMID:38573134
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研究论文 | 本研究探讨了袖状胃切除术通过触发肝细胞再生改善非酒精性脂肪肝病的机制 | 首次发现袖状胃切除术通过Yes1蛋白而非YAP信号通路增强肝脏再生能力 | 研究仅在饮食诱导肥胖小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 阐明袖状胃切除术改善非酒精性脂肪肝病的作用机制 | 饮食诱导肥胖小鼠模型 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序,实时定量逆转录PCR,Olink蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质组数据,组织图像 | 饮食诱导肥胖小鼠 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-06 |
Single-cell dissection of the multicellular ecosystem and molecular features underlying microvascular invasion in HCC
2024-06-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000673
PMID:37972953
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝细胞癌中微血管侵袭相关的多细胞生态系统和分子特征 | 首次在单细胞水平系统解析了HCC中MVI形成的肿瘤微环境特征，发现了TRM2+巨噬细胞与恶性细胞之间以midkine为主导的相互作用机制 | 样本量相对有限（10例患者），需要在更大队列中验证发现 | 探究肝细胞癌中微血管侵袭的细胞和分子机制 | 肝细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据，免疫荧光图像 | 10例患者样本，46,789个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 35 | 2025-10-06 |
A novel mitochondrial unfolded protein response-related risk signature to predict prognosis, immunotherapy and sorafenib sensitivity in hepatocellular carcinoma
2024-06, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-024-01945-6
PMID:38493408
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研究论文 | 基于线粒体未折叠蛋白反应相关基因构建肝细胞癌预后预测模型 | 首次利用线粒体未折叠蛋白反应相关基因构建肝细胞癌预后特征模型 | NA | 建立预测肝细胞癌患者预后、免疫细胞浸润、免疫治疗和化疗反应的生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组分析, Cox回归, LASSO回归, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, 空间转录组分析 | 风险评分模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TCGA和ICGC数据库的肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598667
PMID:38915572
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析年轻与年老小鼠卵巢中的髓系细胞，揭示卵巢衰老过程中巨噬细胞亚群和信号通路的改变 | 首次在年老小鼠卵巢中发现独特的巨噬细胞亚群，并揭示ANNEXIN和TGFβ信号在卵巢衰老相关炎症和纤维化中的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究卵巢衰老过程中髓系细胞的功能特征和分子机制 | 年轻(3月龄)和年老(14-17月龄)小鼠卵巢中的CD45+CD11b+髓系细胞 | 单细胞生物学 | 卵巢衰老 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠卵巢样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
Enhancing radiotherapy response via intratumoral injection of a TLR9 agonist in autochthonous murine sarcomas
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.178767
PMID:39133651
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研究论文 | 本研究探讨了TLR9激动剂CpG联合放疗在自体小鼠肉瘤模型中的免疫增强机制 | 首次在自体发生的高肿瘤突变负荷肉瘤模型中证实CpG联合放疗通过CD8+T细胞依赖性机制增强抗肿瘤免疫应答 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 阐明TLR9激动剂增强放疗疗效的免疫机制 | 自体发生的小鼠软组织肉瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 软组织肉瘤 | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, TCR克隆性分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 自体发生小鼠肉瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
Stress-free single-cell transcriptomic profiling and functional genomics of murine eosinophils
2024-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-00967-3
PMID:38504138
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研究论文 | 开发了一种无应激小鼠嗜酸性粒细胞单细胞转录组分析方案，并展示了其在结肠炎研究中的应用 | 建立了首个无应激的嗜酸性粒细胞单细胞转录组捕获方法，结合基因组CRISPR筛选技术研究其分化机制 | 方法主要针对小鼠模型，人类样本的适用性需要进一步验证 | 开发嗜酸性粒细胞单细胞转录组分析和功能基因组学研究方法 | 小鼠组织驻留嗜酸性粒细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 多组织来源的小鼠嗜酸性粒细胞 | BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | BD Rhapsody | 微孔板单细胞RNA捕获系统 |
| 39 | 2025-10-06 |
TIGIT Blockade Reshapes the Tumor Microenvironment Based on the Single-cell RNA-Sequencing Analysis
2024-Jun-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000511
PMID:38545758
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示TIGIT阻断如何重塑肿瘤微环境 | 首次在治疗前后使用单细胞测序全面分析TIGIT阻断对肿瘤免疫微环境的影响，揭示了TIGIT阻断通过抑制Treg细胞、激活NK细胞和促进cDC1成熟的多重机制增强抗肿瘤免疫 | 研究基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探究TIGIT阻断治疗对肿瘤免疫微环境的影响机制 | 小鼠肿瘤模型中的免疫细胞 | 单细胞测序分析 | 恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 治疗前后的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
Evidences of neurological injury caused by COVID-19 from glioma tissues and glioma organoids
2024-06, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14822
PMID:38923860
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研究论文 | 本研究通过神经胶质瘤组织和类器官证实COVID-19可导致神经系统损伤 | 首次发现神经胶质瘤组织具有易感SARS-CoV-2感染的固有特性，并建立神经胶质瘤类器官作为中枢神经系统SARS-CoV-2感染的研究模型 | 样本来源仅限于神经胶质瘤患者，缺乏其他神经系统疾病的对照研究 | 探究SARS-CoV-2侵入中枢神经系统的机制及COVID-19导致的神经损伤 | 神经胶质瘤患者的组织样本和神经胶质瘤类器官 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 空间转录组分析，单细胞测序 | 类器官模型 | 组织样本，转录组数据 | 神经胶质瘤患者组织样本及衍生类器官 | NA | 空间转录组，单细胞测序 | NA | NA |