单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-21	Glutamatergic neuronal activity regulates angiogenesis and blood-retinal barrier maturation via Norrin/β-catenin signaling 2024-Jun-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.03.011 PMID:38599212	研究论文	本文探讨了谷氨酸能神经元活动通过Norrin/β-catenin信号通路对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的影响	揭示了谷氨酸能神经元活动通过调节内皮Norrin/β-catenin信号通路来调控视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	研究谷氨酸能神经元活动对视网膜血管生成和血视网膜屏障成熟的调控机制	小鼠视网膜中的谷氨酸能神经元和血管系统	神经血管生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体内遗传学研究, 功能验证	小鼠遗传模型(Vglut1和Gnat1视网膜)	基因表达数据, 功能实验数据	未明确说明小鼠数量
22	2025-06-21	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	research paper	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测多个组学研究中的多类生物标志物	MICA框架能够检测多个组学研究中的多类生物标志物，并通过全局测试和事后分析提高检测的准确性和稳健性	现有方法主要针对两类别场景，MICA虽然解决了多类别问题，但在某些特定情况下可能仍需进一步优化	提高生物标志物检测的统计功效、准确性和稳健性	多类设计的组学研究（如多种疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本）	生物信息学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	四个小鼠代谢相关转录组研究组织和三个雌激素治疗表达谱来源
23	2025-06-19	3D reconstruction of the mouse cochlea from scRNA-seq data suggests morphogen-based principles in apex-to-base specification 2024-06-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.028 PMID:38593801	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，研究小鼠耳蜗从顶端到基底端的形态发生素调控机制	首次从小鼠耳蜗的单细胞RNA测序数据中重建3D模型，揭示了视黄酸和hedgehog信号通路在耳蜗纵向轴形成中的共同作用	研究仅基于E12.5和E14.5两个时间点的数据，未覆盖耳蜗发育全过程	探索小鼠耳蜗顶端到基底端特异性基因表达的分子调控机制	小鼠耳蜗发育过程中的细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq	3D重建模型	单细胞RNA测序数据	E12.5和E14.5两个发育时间点的小鼠耳蜗细胞
24	2025-06-18	Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2024-Jun-26, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4559348/v1 PMID:38978578	研究论文	本文提出了一种名为TORC的策略，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）监督细胞类型识别中构建参考数据	TORC是首个针对scRNA-seq监督细胞类型识别中参考数据选择和构建的方法，能够缓解参考数据和目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异	未明确提及具体局限性	提高scRNA-seq数据中细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	模拟和真实数据分析
25	2025-06-18	Single-Cell Analysis Uncovers Striking Cellular Heterogeneity of Lung-Infiltrating Regulatory T Cells during Eosinophilic versus Neutrophilic Allergic Airway Inflammation 2024-Jun-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300646 PMID:38647384	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性粒细胞和中性粒细胞性气道炎症模型中肺部浸润的调节性T细胞（Tregs）的异质性	揭示了不同类型的气道炎症会导致肺部浸润的Tregs表现出显著的异质性，并发现ST2表达与嗜酸性炎症和组织驻留Tregs相关	Treg特异性ST2缺失并未影响嗜酸性过敏性炎症的发展或肺部驻留Tregs的生成，其具体机制仍需进一步研究	探究不同类型过敏性气道炎症对肺部浸润Tregs异质性和组织驻留特性的影响	肺部浸润的Foxp3+调节性T细胞（Tregs）	免疫学	过敏性气道炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
26	2025-06-13	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	research paper	该研究开发了一种可诱导的遗传工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定小胶质细胞状态，揭示了它们的可塑性及其在髓鞘再生中的作用	开发了Clec7a-CreER这一新型遗传工具，首次实现了对PAMs和DAMs的精准追踪和操纵，揭示了小胶质细胞状态的可塑性及其在疾病恢复中的功能	研究主要聚焦于PAMs和DAMs，其他小胶质细胞亚群的功能尚未完全阐明	探究小胶质细胞状态的可塑性及其在中枢神经系统发育和疾病中的功能	增殖区域相关小胶质细胞(PAMs)和疾病相关小胶质细胞(DAMs)	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 可诱导Cre-loxP系统	NA	基因表达数据	多个发育阶段和疾病模型中的小胶质细胞
27	2025-06-12	Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003 PMID:38788720	research paper	该研究通过建立遗传工程小鼠模型，揭示了嗅觉神经母细胞瘤（ONB）与小细胞肺癌（SCLC）在分子异质性和细胞命运轨迹上的相似性	首次建立了高转移性ONB的小鼠模型，并发现ONB与小细胞肺癌在分子和细胞命运上的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类ONB的临床相关性需要进一步验证	探索嗅觉神经母细胞瘤的起源和分子特征，及其与小细胞肺癌的相似性	嗅觉神经母细胞瘤（ONB）和小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤生物学	嗅觉神经母细胞瘤和小细胞肺癌	遗传工程小鼠模型、单细胞转录组学、条形码谱系追踪	遗传工程小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	小鼠模型和人类ONB样本
28	2025-06-11	Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135 PMID:38875113	研究论文	本文提出了一种用于在体内对功能识别的神经元群体进行单细胞RNA测序的样本收集协议	使用病毒传递的活动依赖性标记工具（CaMPARI2）在虚拟现实环境中对小鼠进行光转换，随后通过荧光激活细胞分选（FACS）分离不同标记的群体	需要特定的设备和病毒传递工具，可能限制了其在某些实验室的应用	开发一种用于单细胞RNA测序的样本收集协议，以研究功能识别的神经元群体	小鼠的神经元群体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	NA
29	2025-06-11	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598667 PMID:38915572	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了年轻和年老小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征，揭示了与衰老相关的巨噬细胞亚群和信号动态变化	发现了年老小鼠卵巢特有的巨噬细胞亚群，并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号在衰老卵巢髓系细胞中的显著变化，提出了衰老相关炎症和纤维化的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类卵巢衰老的直接证据	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用	年轻（3个月大）和年老（14-17个月大）小鼠卵巢中的CD45 CD11b髓系细胞	单细胞分析	卵巢衰老	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	年轻和年老小鼠卵巢样本
30	2025-06-10	Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065 PMID:38753488	研究论文	提出了一种基于患者数据库中的scRNA-seq数据检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的方案	利用单细胞测序数据评估肿瘤免疫微环境、肿瘤纯度及异常信号传导和代谢途径	未提及具体样本量或数据集的局限性	评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路	肿瘤组织	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
31	2025-06-10	Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050 PMID:38703368	研究论文	介绍了一种结合DRaqL和Smart-seq2的高质量单细胞RNA测序协议，适用于酒精固定的小鼠卵巢切片	提出了DRaqL-Smart-seq2协议，能够从酒精固定的组织切片中获取高质量的单细胞RNA测序数据，并提供了适用于福尔马林固定切片的可选方案	协议主要针对小鼠卵巢切片，未涉及其他组织或物种的验证	开发一种高质量的单细胞RNA测序方法，适用于不同类型的固定组织切片	酒精固定和福尔马林固定的小鼠卵巢切片	单细胞测序	NA	scRNA-seq, LCM, Smart-seq2	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提到使用小鼠卵巢切片
32	2025-06-10	Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986 PMID:38555590	研究论文	本文提出了一种用于小鼠骨骼和多组织肌肉骨骼福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的空间转录组学制备协议	详细描述了从组织采集到测序数据分析的完整流程，特别针对矿化组织的脱钙步骤进行了优化	整个流程耗时较长（约18天），其中超过50%的时间用于矿化组织的脱钙	开发适用于FFPE样本的空间转录组学分析流程	小鼠股骨及相邻肌肉组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	测序数据	小鼠股骨及相邻肌肉组织
33	2025-06-10	GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966 PMID:38512867	研究论文	介绍了一种名为GoT-Splice的新协议，用于在人类细胞中进行基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接的多组学分析	结合GoT与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变型细胞以及从短读长测序数据重建剪接信号的困难	需要参考Cortés-López等人的详细协议来执行该技术	开发一种能够准确分析RNA剪接因子突变的多组学分析方法	人类细胞中的基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接	基因组学	NA	长读长测序、单细胞转录组分析、细胞表面蛋白质组分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
34	2025-06-10	Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083 PMID:38781077	研究论文	提出了一种基于单细胞RNA测序的熵评分协议，用于量化干细胞衍生的心肌细胞成熟度	首次使用单细胞RNA测序的熵评分来量化心肌细胞的成熟度	未提及样本量或实验验证的详细结果	量化干细胞衍生的心肌细胞的成熟度	干细胞衍生的心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
35	2025-06-10	A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067 PMID:38748883	research paper	提出了一种名为动态批处理对抗自编码器（DB-AAE）的深度学习框架，用于去噪单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	采用动态批处理的对抗自编码器（DB-AAE）进行scRNA-seq数据的去噪和排序	未提及具体的数据集大小或实验验证的详细结果	解决scRNA-seq数据中的技术噪声问题，如低捕获率和丢失事件	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	machine learning	NA	scRNA-seq	对抗自编码器（AAE）	基因表达数据	NA
36	2025-06-08	Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging 2024-Jun-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013 PMID:38714197	研究论文	通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术，绘制人类骨髓微环境的细胞生物地理学图谱	首次整合单细胞RNA测序和CODEX空间分析技术，揭示了人类骨髓中非造血细胞的异质性及其空间组织，并预测了造血细胞与非造血细胞亚群之间的相互作用	样本来源和数量可能限制了结果的普遍性，且技术整合的复杂性可能影响数据解读	研究人类骨髓中非造血细胞的异质性及其空间组织，以理解其对造血过程的贡献	人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞	单细胞组学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、共检测索引（CODEX）	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组成像数据	29,325个非造血细胞和53,417个造血细胞，以及超过120万个细胞的空间分析
37	2025-06-08	Metabolic regulator ERRγ governs gastric stem cell differentiation into acid-secreting parietal cells 2024-Jun-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.04.016 PMID:38733994	研究论文	该研究通过小鼠模型和人类胃细胞，揭示了代谢调节因子ERRγ在胃干细胞分化为分泌胃酸的壁细胞过程中的关键作用	首次发现ERRγ在壁细胞分化中的核心作用，并详细描述了壁细胞分化的分子、细胞和超微结构阶段	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性需要进一步验证	阐明壁细胞分化的分子机制	胃干细胞和壁细胞	细胞生物学	胃部疾病	scRNA-seq	小鼠模型和人类胃细胞器官模型	基因表达数据和细胞形态数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类胃细胞
38	2025-06-07	Defining mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived suppressor cells using single-cell transcriptomics 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.04.026 PMID:38627968	研究论文	通过单细胞转录组学定义间充质干细胞/基质细胞诱导的髓系来源的抑制细胞	揭示了MSC诱导的MDSCs的独特转录谱，并鉴定出CSF-1R作为检测和治疗性富集MDSCs的关键细胞表面标记物	RELM-γ对T细胞增殖、Treg扩增或脾细胞活化无直接影响，其具体作用机制尚不明确	探究间充质干细胞/基质细胞如何通过调节免疫细胞来缓解自身免疫性炎症	间充质干细胞/基质细胞(MSCs)及其诱导的髓系来源的抑制细胞(MDSCs)	免疫学	自身免疫性葡萄膜视网膜炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和体外培养细胞
39	2025-06-07	Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection 2024-Jun-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009 PMID:38417436	研究论文	通过单核RNA测序技术比较了常染色体显性阿尔茨海默病(ADAD)与散发性阿尔茨海默病的转录组差异，并探讨了可能的疾病保护机制	首次在单细胞水平上揭示了ADAD与散发性AD的转录组差异，并发现APOE3-Christchurch变异可能通过调节特定基因表达提供神经保护	样本量相对较小(27例)，且仅针对PSEN1-E280A这一特定ADAD突变进行研究	比较不同形式阿尔茨海默病的细胞水平差异并探索神经保护机制	PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组	基因组学	阿尔茨海默病	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学	NA	转录组数据	27例(包括ADAD携带者、散发性AD患者和对照组)
40	2024-08-07	Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009 PMID:38795702	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA