单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-12-12	OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596831 PMID:38895453	研究论文	本文介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换，通过使用单细胞RNA测序数据和随机微分方程系统来生成合成细胞	OneSC平台通过优先生成布尔网络来模拟细胞状态转换和稳定细胞状态，与当前的网络推断方法不同	NA	开发一个能够模拟细胞状态转换的计算平台，以加速和降低湿实验室中扰动实验的成本	细胞状态转换和细胞命运决定	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	随机微分方程	基因表达数据	使用了一个小鼠髓系祖细胞的单细胞RNA测序数据集
22	2024-12-12	Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07563-1 PMID:38898271	研究论文	本文提出了一种多尺度拓扑方法，用于在亚细胞水平上自动分类细胞类型，结合转录组信息和空间上下文，展示了在人类肾脏组织和鼠类免疫细胞中的应用	首次提出了一种直接利用亚细胞分辨率转录组数据进行细胞类型识别的多尺度方法，并通过多参数持久同调的拓扑管道整合预测结果，识别细胞空间关系	目前仅在人类肾脏组织和鼠类免疫细胞中进行了验证，尚未在更多样化的样本中进行测试	开发一种能够在亚细胞水平上自动分类细胞类型的方法，并识别细胞空间关系	人类肾脏组织和鼠类免疫细胞	空间转录组学	狼疮性肾炎	多参数持久同调	NA	转录组数据	人类肾脏组织和鼠类免疫细胞
23	2024-12-11	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	研究论文	提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于检测多类生物标志物，并整合多个bulk或单细胞转录组学研究	创新点在于提出了MICA方法，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究	文章未提及具体的局限性	旨在开发一种新的统计方法，用于检测多类生物标志物并整合多个转录组学研究	研究对象包括来自多个疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本，以及单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多个研究的数据集，具体样本量未详细说明
24	2024-12-08	Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9173 PMID:38905344	研究论文	构建了跨物种的三叉神经节和背根神经节细胞图谱，描述并促进了六种物种和31个数据集中18种神经元和11种非神经元细胞类型的比较	通过单细胞RNA测序构建了跨物种的背根神经节和三叉神经节细胞图谱，并发现该图谱有助于稀有神经元亚型的注释	NA	研究背根神经节和三叉神经节中感觉神经元的多样性，并促进跨物种和跨研究的细胞类型比较	背根神经节和三叉神经节中的感觉神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及六种物种和31个数据集
25	2024-12-08	CAraCAl: CAMML with the integration of chromatin accessibility 2024-Jun-13, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05833-3 PMID:38872103	研究论文	本文介绍了一种名为CAraCAl的生物信息学方法，用于在scATAC-seq数据上进行细胞类型注释	CAraCAl通过整合染色质可及性数据，改进了CAMML方法，使其能够更有效地处理scATAC-seq数据	当scRNA-seq数据存在时，CAraCAl的性能并未超过CAMML，仅在仅有scATAC-seq数据时表现较好	开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型	scATAC-seq数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scATAC-seq	NA	基因组数据	NA
26	2024-12-08	Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232192 PMID:38597954	研究论文	研究定义了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应	首次详细描述了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中对间质巨噬细胞的感染及其引发的炎症和纤维化反应	研究仅限于健康人肺组织的体外实验，未涉及临床患者样本	揭示COVID-19早期阶段病毒感染和炎症反应的机制	SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的感染和转录组变化	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康人肺组织样本
27	2024-12-08	scDMAE: A Generative Denoising Model Adopted Mask Strategy for scRNA-Seq Data Recovery 2024-06, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3383921 PMID:38568766	研究论文	本文提出了一种名为scDMAE的生成去噪模型，采用掩码策略用于单细胞RNA测序数据的恢复	scDMAE模型融合了基因表达特征和拓扑特征，使用带有掩码策略的自编码器来建模丢失事件并分离潜在噪声，结合原始数据恢复真实的生物表达值	NA	提高单细胞RNA测序数据的去噪和恢复准确性	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	多种类型的单细胞RNA测序数据集
28	2024-12-02	Identification of lipid metabolism-related gene signature in the bone marrow microenvironment of multiple myelomas through deep analysis of transcriptomic data 2024-Jun-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01398-w PMID:38916672	研究论文	通过深度分析转录组数据，识别多发性骨髓瘤骨髓微环境中与脂质代谢相关的基因特征	本研究通过分析多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据，识别出与脂质代谢相关的基因，并构建了预测模型，揭示了脂质代谢相关基因在骨髓微环境中的作用及其对患者生存状态、免疫状态和免疫治疗反应的影响	研究主要基于测序数据，未涉及临床试验验证，且样本量相对较小	探讨脂质代谢相关基因在多发性骨髓瘤骨髓微环境中的作用机制及其对患者预后的影响	多发性骨髓瘤患者的骨髓微环境及脂质代谢相关基因	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	机器学习算法	转录组数据	涉及多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据，具体样本数量未明确提及
29	2024-12-02	Revolutionary multi-omics analysis revealing prognostic signature of thyroid cancer and subsequent in vitro validation of SNAI1 in mediating thyroid cancer progression through EMT 2024-Jun-13, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01387-z PMID:38869635	研究论文	本文通过多组学分析揭示了甲状腺癌的预后特征，并在体外验证了SNAI1通过EMT介导甲状腺癌进展的作用	开发了一种基于多组学数据的共识机器学习驱动的预后模型（CMLS），并验证了其在甲状腺癌患者预后预测中的优越性	NA	开发一种基于多组学数据的预后模型，以准确预测甲状腺癌患者的预后	甲状腺癌患者的预后特征及SNAI1在甲状腺癌进展中的作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、甲基化芯片数据、基因突变数据	机器学习模型	基因表达数据、lncRNA表达数据、miRNA表达数据、甲基化数据、基因突变数据、临床数据	2种未分化甲状腺癌细胞系、1种乳头状甲状腺癌细胞系
30	2024-12-01	Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.05.592608 PMID:38766132	研究论文	本文开发了一种无监督训练方案和基于transformer的深度学习架构，用于使用空间转录组数据在整个小鼠大脑中检测空间域	本文提出了一种新的transformer架构，能够从粗到细粒度地识别小鼠大脑中的空间域，并能发现其他方法无法识别的未分类亚区域	NA	开发一种新的方法来定义小鼠大脑的空间组织	小鼠大脑的空间域	机器学习	NA	空间转录组学	transformer	空间转录组数据	多只小鼠的全脑数据
31	2024-12-01	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:39215134	研究论文	本文通过重建基因调控网络，揭示了血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素，并识别了新的增殖调控因子	通过单细胞转录组学和表观遗传学分析，重建了基因调控网络，识别了新的增殖调控因子RUNX1和TIMP1，并验证了其在血管疾病中的潜在作用	NA	揭示血管平滑肌细胞增殖的分子机制，识别新的调控因子	血管平滑肌细胞的增殖调控因子	基因调控	心血管疾病	单细胞转录组学、表观遗传学分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
32	2024-11-27	CD4+ T cells display a spectrum of recall dynamics during re-infection with malaria parasites 2024-Jun-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49879-6 PMID:38944658	研究论文	研究了在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应动态	首次详细描述了在再次感染疟原虫时，不同CD4 T细胞亚群的回忆反应多样性，并提供了用于研究基因表达动态和克隆关系的图形用户界面	研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不完全适用于人类	探讨在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应及其多样性	CD4+ T细胞及其在再次感染疟原虫时的反应	NA	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体测序（TCR-seq）和空间转录组学	NA	基因表达数据	老鼠模型中的CD4+ T细胞
33	2024-11-27	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601229 PMID:38979200	研究论文	开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究生物膜生长和免疫细胞暴露后的转录适应性	首次使用BaSSSh-seq方法捕捉生物膜转录异质性和对免疫压力的不同反应	NA	研究生物膜内细菌亚群的转录异质性和对免疫压力的适应性	细菌生物膜及其对免疫细胞暴露的转录反应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
34	2024-11-27	Rescue Blood Contamination in scRNA-Seq Data by Originator, a Computational Deciphering Tool using Genetic and Contextual Information 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588144 PMID:38617220	研究论文	本文提出了一种名为Originator的计算框架，用于解析单细胞RNA测序数据中的血液污染问题	首次提出了一种计算框架Originator，能够通过遗传和上下文信息解析单细胞的遗传起源并分离血液细胞与组织细胞	NA	揭示复杂人体组织中单细胞RNA测序数据中的血液细胞污染问题	单细胞RNA测序数据中的血液污染问题	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算框架	单细胞RNA测序数据	多种组织的单细胞RNA测序数据
35	2024-11-22	Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses 2024-06-20, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00638-0 PMID:38902839	研究论文	本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架，用于单细胞RNA测序分析，以提高识别差异表达基因的能力	提出了贝叶斯-频率主义混合框架，相比其他单细胞差异表达方法，在考虑FDR和功效时表现更优	NA	提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	肺纤维化	单细胞RNA测序	贝叶斯-频率主义混合框架	基因表达数据	NA
36	2024-11-22	TDP2 is a regulator of estrogen-responsive oncogene expression 2024-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae016 PMID:38596431	研究论文	研究了TDP2在雌激素诱导的转录组中的作用，特别是其对TOP2依赖的转录调控的影响	揭示了TDP2在雌激素诱导的转录调控中的新作用，特别是在修复TOP2引起的断裂中的作用	研究主要集中在TDP2缺陷细胞和老鼠模型上，可能需要进一步验证在其他模型中的适用性	探讨TDP2在雌激素受体诱导的转录调控中的作用	TDP2在雌激素诱导的转录调控中的作用及其对特定致癌基因表达的调控	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA	TDP2缺陷细胞和老鼠模型
37	2024-11-20	Development of a Spectral Flow Cytometry Analysis Pipeline for High-Dimensional Immune Cell Characterization 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599633 PMID:38948780	研究论文	本文开发了一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析管道	引入了一种新的分析管道，改进了光谱流式细胞术数据的分析，并将其应用于识别衰老中的稀有T细胞群体	NA	开发和验证一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析方法	年轻和老年雌性小鼠的脾细胞中的T细胞群体	生物信息学	NA	光谱流式细胞术	NA	细胞数据	11个脾脏中的3,776,804个T细胞
38	2024-11-20	Sex differences and immune correlates of Long COVID development, persistence, and resolution 2024-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.18.599612 PMID:38948732	研究论文	研究探讨了性别差异对长新冠（Long COVID）发展和持续的影响，并分析了相关的免疫机制	首次系统地研究了性别特异性免疫失调在长新冠发病机制中的作用，并发现了与长新冠相关的多个免疫途径	样本量较小，仅包括45名患者，可能限制了结果的普适性	探讨性别差异对长新冠发展和持续的影响及其免疫机制	急性SARS-CoV-2感染和感染后3个月及12个月的血液样本	免疫学	NA	单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学和血浆蛋白质组学	NA	血液样本	45名患者
39	2024-11-14	Metabolic regulator ERRγ governs gastric stem cell differentiation into acid-secreting parietal cells 2024-Jun-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.04.016 PMID:38733994	研究论文	研究揭示了代谢调节因子ERRγ在胃干细胞向壁细胞分化中的作用	首次识别了从峡部干细胞产生的壁细胞前体，并展示了ERRγ在壁细胞分化过程中的关键作用	NA	阐明胃干细胞向壁细胞分化的机制	小鼠模型和人类胃细胞中的壁细胞前体	NA	NA	scRNA-seq	NA	细胞	小鼠模型和人类胃细胞
40	2024-11-14	Differential CpG methylation at Nnat in the early establishment of beta cell heterogeneity 2024-Jun, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06123-6 PMID:38512414	研究论文	研究探讨了Nnat基因在β细胞异质性早期建立中的差异CpG甲基化机制	首次揭示了Nnat基因的差异甲基化在β细胞异质性建立中的作用	NA	探讨β细胞异质性建立的分子机制	胰腺β细胞及其亚群	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序、亲和纯化质谱分析、钙成像	NA	RNA、蛋白质	转基因小鼠和db/db小鼠