单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 553 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-05 |
Vanin-2 is expressed in peripheral blood T cells and upregulated in SLE patients
2024-Jun-26, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae145
PMID:38920355
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研究论文 | 该研究探讨了Vanin-2在外周血T淋巴细胞中的表达及其在系统性红斑狼疮(SLE)患者中的上调情况 | 发现Vanin-2在T细胞中的独特表达，并与SLE患者T细胞功能变化相关 | 研究中未探讨其他vanin家族成员在T细胞中的作用 | 阐明Vanin-2在外周血T淋巴细胞中的重要性 | 外周血T淋巴细胞及其在SLE患者中的表达 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，西方印迹 | NA | NA | NA |
| 362 | 2024-08-04 |
Long-read single-cell sequencing reveals the transcriptional landscape of spermatogenesis in obstructive azoospermia and Sertoli cell-only patients
2024-Jun-25, QJM : monthly journal of the Association of Physicians
DOI:10.1093/qjmed/hcae009
PMID:38192002
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研究论文 | 本研究展示了阻塞性无精症和仅有塞尔托利细胞患者中生精过程的长读转录组特征 | 首次利用PacBio长读测序揭示了人类生精过程中的新转录本和新基因 | 研究样本量较小，仅限于患者的睾丸活检样本 | 揭示阻塞性无精症患者中生精的转录组特征 | 阻塞性无精症和非阻塞性无精症患者的睾丸细胞 | 数字病理学 | 生育不孕 | PacBio长读单细胞测序 | NA | 转录组数据 | OA患者3个样本，NOA患者3个样本 |
| 363 | 2024-08-05 |
SCTC: inference of developmental potential from single-cell transcriptional complexity
2024-Jun-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae340
PMID:38709881
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞转录复杂性指标(SCTC)，用于更准确地推断单细胞的发育潜力。 | 引入了经济复杂性理论的见解，以改进对单细胞发育潜力的测量，比现有指标SCTD更精确。 | 在某些情况下，G表达并不会单调减少，这可能影响现有发育潜力估计的准确性。 | 研究单细胞分析中发育潜力的推断及伪时间重建方法。 | 关注单细胞转录组数据，这些数据能够提供细胞的发育潜力信息。 | 数字病理 | NA | scRNA-Seq | NA | NA | NA |
| 364 | 2024-08-05 |
GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data
2024-Jun-19, IEEE transactions on neural networks and learning systems
IF:10.2Q1
DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753
PMID:38896510
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研究论文 | 本研究介绍了一种新颖的基于图的因果自编码框架GRACE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 将结构因果模型与图神经网络结合，以促进基因间因果关系的推理和基因调控网络的推断 | 未提及具体的局限性 | 重建基因调控网络以揭示细胞命运发展和异质性 | 利用单细胞RNA测序数据进行基因调控网络推断 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 在七个基准上进行广泛评估，应用于人外周血单核细胞样本 |
| 365 | 2024-08-05 |
Glutamatergic neuronal activity regulates angiogenesis and blood-retinal barrier maturation via Norrin/β-catenin signaling
2024-Jun-19, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.03.011
PMID:38599212
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研究论文 | 本研究揭示了谷氨酸能神经元活动通过调节内皮Norrin/β-连环蛋白信号通路来调控视网膜血管生成和血-retinal屏障的成熟 | 研究首次表明谷氨酸能活动在视网膜血管生成和血-retinal屏障成熟中扮演重要角色 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能不完全适用于人类 | 探讨谷氨酸能神经元活动如何调控视网膜血管生成和血-retinal屏障成熟 | 小鼠视网膜中的神经元和血管内皮细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和药理学激活 | NA | 基因组数据和功能验证结果 | 使用了若干小鼠视网膜样本 |
| 366 | 2024-08-05 |
MAL2 reprograms lipid metabolism in intrahepatic cholangiocarcinoma via EGFR/SREBP-1 pathway based on single-cell RNA sequencing
2024-Jun-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06775-7
PMID:38866777
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研究论文 | 本研究揭示了MAL2如何通过EGFR/SREBP-1通路重编程肝内胆管癌中的脂质代谢 | 发现MAL2在肝内胆管癌中的特异富集及其通过EGFR稳定膜定位来促进脂质积累的机制 | 本研究的局限性在于未能完全阐明MAL2与EGFR之间的所有可能交互作用 | 研究MAL2在肝内胆管癌中的作用及其机制 | 研究对象为肝内胆管癌细胞及其相关的细胞系和类器官 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | scRNA-seq，转录组学和代谢组学分析 | NA | NA | 涉及的样本数量及类型未明确说明 |
| 367 | 2024-08-05 |
Lysine acetyltransferase 14 mediates TGF-β-induced fibrosis in ovarian endometrioma via co-operation with serum response factor
2024-Jun-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05243-2
PMID:38867256
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研究论文 | 这篇文章探讨了赖氨酸乙酰转移酶14在TGF-β诱导的卵巢内膜囊肿纤维化中的作用 | 揭示了KAT14通过与血清反应因子SRF的合作，促进组蛋白H4乙酰化并增加ECM生成的机制 | 尚未深入探讨KAT14在其他类型内膜异位症中的作用及其潜在临床应用 | 研究TGF-β诱导的卵巢内膜囊肿相关纤维化的分子机制 | 研究对象为卵巢内膜囊肿患者的内膜活检样本及人类内膜间质细胞 | 数字病理学 | 卵巢内膜囊肿 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本，细胞系 | 涉及卵巢内膜囊肿患者的内膜活检样本及人类间质细胞 |
| 368 | 2024-08-05 |
Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness
2024-Jun-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae313
PMID:38682582
|
研究论文 | 这篇文章研究了人类胰腺β细胞的衰老如何通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应性 | 揭示了人类β细胞衰老如何通过染色质驱动的功能成熟程序上调以及干扰素刺激基因的反应性增加 | 未明确探讨衰老β细胞在体内的具体生理影响 | 探讨人类胰腺β细胞衰老对胰岛素分泌的影响及其机制 | 成年人的胰腺β细胞，尤其是表达p16的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA | 成年人胰腺β细胞的单细胞转录组数据集 |
| 369 | 2024-08-04 |
Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065
PMID:38753488
|
研究论文 | 本文介绍了一种评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路的协议 | 创新性地基于患者数据库的单细胞测序来评估肿瘤免疫微环境和代谢途径 | 未提及具体的样本量和可能的实验限制 | 研究肿瘤组织中的免疫微环境及其代谢特征 | 基于单细胞测序的数据来分析肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | NA | NA |
| 370 | 2024-08-04 |
Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050
PMID:38703368
|
研究论文 | 本文介绍了用于从组织切片中提取高质量单细胞RNA测序的详细协议 | 开发了结合DRaqL和Smart-seq2的新协议，以提高从酒精固定小鼠卵巢切片中获得的单细胞RNA测序的质量 | 未提及具体样本数量和适用场景的限制 | 研究旨在提供一种高效的单细胞RNA测序方法 | 研究对象为酒精固定的小鼠卵巢切片中的单细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 371 | 2024-08-04 |
Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986
PMID:38555590
|
研究论文 | 本研究提供了一种用于小鼠肌肉骨骼组织固定石蜡包埋样本的空间转录组学的制备方案 | 本方案详细描述了组织收集、样本制备、石蜡嵌入等步骤的创新性方法 | 该协议的完整执行时间长达18天，且对矿化组织的脱钙要求超过50%的时间 | 研究目的在于为小鼠骨骼及多组织肌肉骨骼样本提供标准化的空间转录组学处理方法 | 研究对象为固定石蜡包埋的小鼠肌肉骨骼组织样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 小鼠的股骨及相邻肌肉样本 |
| 372 | 2024-08-05 |
GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966
PMID:38512867
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研究论文 | 本文介绍了GoT-Splice协议用于对人类细胞中基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接进行多组学分析 | 该协议结合了GoT和增强的单细胞转录组及细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变细胞的挑战 | 仍然需要处理复杂人类组织中的细胞变异和短读片测序数据带来的重构剪接信号的不准确性 | 研究RNA剪接因子突变及其在细胞中的表现 | 人类细胞中的基因表达和细胞表面蛋白 | 数字病理学 | NA | 长读长测序 | NA | 转录组数据和蛋白质组数据 | NA |
| 373 | 2024-08-05 |
Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083
PMID:38781077
|
研究论文 | 本文提出了一种量化干细胞来源心肌细胞成熟度的协议 | 通过单细胞RNA测序基础上的熵评分指标来量化心肌细胞成熟度 | 未提及具体的实验限制 | 旨在评估从多能干细胞生成的成人样心肌细胞的成熟度 | 干细胞来源的心肌细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 374 | 2024-08-05 |
A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067
PMID:38748883
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研究论文 | 本文介绍了一种用于去噪和排序单细胞RNA测序数据的深度学习框架 | 提出了一种动态批处理对抗自编码器(DB-AAE)来去噪scRNA-seq数据 | 未提及具体的局限性 | 研究如何通过深度学习提高单细胞RNA测序数据的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 对抗自编码器 | RNA测序数据 | NA |
| 375 | 2024-08-04 |
Bioinformatics Analysis and Experimental Verification Define Different Angiogenesis Subtypes in Endometrial Carcinoma and Identify a Prognostic Signature
2024-Jun-18, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.4c03034
PMID:38911819
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，定义了子宫内膜癌的不同血管生成亚型，并识别了预后标志。 | 发现了子宫内膜癌患者的五种血管生成亚型，并构建了与血管生成相关的预后风险评分（APRS），提供了个体化的预后评估。 | 本研究的特定分子介导的血管生成对肿瘤免疫微环境的影响尚未清楚说明。 | 探讨血管生成在子宫内膜癌中的作用，并评估其对个体预后的影响。 | 研究了506例子宫内膜癌患者的血管生成模式及其相关的预后因素。 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | qRT-PCR、免疫组化和单细胞测序数据分析 | NA | 转录组信息 | 506名子宫内膜癌患者 |
| 376 | 2024-08-05 |
Anti-PD-1 cancer immunotherapy induces central nervous system immune-related adverse events by microglia activation
2024-Jun-12, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adj9672
PMID:38865481
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研究论文 | 本研究探讨了抗PD-1免疫疗法引发的中枢神经系统免疫相关不良事件（CNS-irAEs）中小胶质细胞的作用 | 揭示了小胶质细胞在抗PD-1治疗引发CNS-irAEs中的促进作用，并识别了溶脾酪氨酸激酶作为潜在靶点 | 本研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证 | 探讨抗PD-1免疫疗法对小胶质细胞的影响及其在CNS-irAEs中的作用机制 | 研究对象包括接受抗PD-1治疗的鼠类模型及临床患者样本 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序和成像质谱细胞术 | NA | 小鼠模型数据和患者组织样本数据 | 小鼠模型和患者队列的具体样本量未明确说明 |
| 377 | 2024-08-04 |
Single-cell multi-ome and immune profiles of the Inspiration4 crew reveal conserved, cell-type, and sex-specific responses to spaceflight
2024-Jun-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49211-2
PMID:38862516
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研究论文 | 本研究揭示了宇航员在太空飞行中出现的免疫反应。 | 文章首次系统性绘制了太空飞行对免疫系统影响的单细胞多组学特征，并确认了与多个独立数据集的相符性。 | 研究可能受限于样本大小和只涵盖了特定太空任务的宇航员健康数据。 | 研究太空飞行对宇航员免疫反应的影响。 | SpaceX Inspiration4 (I4) 任务的宇航员。 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学、cfRNA、biochemical 数据及血液学数据 | NA | 基因表达数据 | SpaceX Inspiration4 任务的宇航员数据以及 NASA Twins Study 和其他独立数据集 |
| 378 | 2024-08-05 |
A body-brain circuit that regulates body inflammatory responses
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07469-y
PMID:38692285
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研究论文 | 该文章展示了一个调节身体炎症反应的身体-大脑回路 | 本研究首次揭示了外周免疫损伤如何激活身体-大脑轴以调节免疫反应 | 尚未探讨该回路在所有免疫疾病中的普遍适用性 | 研究身体-大脑轴在调节免疫反应中的作用 | 主要研究外周免疫刺激下的身体-大脑回路及其对炎症反应的影响 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 功能成像数据 | NA |
| 379 | 2024-08-07 |
Uncovering intestinal macrophages through the integration of single-cell and spatial transcriptomics
2024-06, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-023-00242-7
PMID:38142267
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 380 | 2024-08-05 |
Microcirculatory disturbance in acute liver injury is triggered by IFNγ-CD40 axis
2024-Jun-21, Journal of inflammation (London, England)
DOI:10.1186/s12950-024-00387-w
PMID:38907339
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研究论文 | 文章分析了急性肝损伤中IFNγ-CD40轴引发的微循环障碍的分子机制 | 首次揭示了IFNγ-CD40轴在急性肝损伤微循环障碍中的关键作用 | 研究仅限于单中心的回顾性分析，结果可能有限于特定人群和模型 | 探讨急性肝损伤的发病机制及其与微循环障碍的关系 | 急性肝损伤患者和小鼠模型 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | Con A诱导的小鼠模型 | 血液样本、肝脏组织 | 120名急性肝损伤患者 |