单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-04	ST-CellSeg: Cell segmentation for imaging-based spatial transcriptomics using multi-scale manifold learning 2024-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012254 PMID:38935799	研究论文	提出了一种基于影像的机器学习方法ST-CellSeg，用于空间转录组的细胞分割	ST-CellSeg在多尺度信息的考虑上具有创新性，利用流形进行细胞分割	尚未提及具体的局限性	研究空间转录组数据中的细胞分割问题	针对具有不同形状的空间转录组细胞进行分割	数字病理学	NA	机器学习	NA	影像	在选定数据集中明显优于基线模型的算法评估
302	2024-08-05	Genomic characteristics of adipose-derived stromal cells induced into neurons based on single-cell RNA sequencing 2024-Jun-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33079 PMID:38984299	研究论文	本研究探讨了脂肪来源的基质细胞（ADSCs）诱导分化为神经元的基因组特征	阐明了ADSCs分化为神经元的分子机制及基因组特性	对ADSCs诱导分化的分子机制了解不足	研究脂肪来源的基质细胞向神经元分化的表观遗传学机制	成年ADSCs群体及不同诱导时间组的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七个时间点的样本
303	2024-08-04	AraLeTA: An Arabidopsis leaf expression atlas across diurnal and developmental scales 2024-Jun-28, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae117 PMID:38428997	研究论文	本文构建了拟南芥叶片在日间和发育时间尺度上细胞类型特异性基因表达的地图	结合了单细胞RNA测序数据与整叶时间序列数据，揭示了不同细胞类型在时间上的转录本浓度变化	虽然进一步的细胞类型特征分析得到了加强，但依然无法完全消除整叶RNA测序的平均基因表达值的局限性	研究拟南芥叶片不同细胞类型基因表达随时间变化的模式	拟南芥（Arabidopsis thaliana）叶片的不同细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
304	2024-08-04	Spatial transcriptomics in cancer research and potential clinical impact: a narrative review 2024-Jun-08, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05816-0 PMID:38850363	综述	本综述总结了空间转录组学在癌症研究中的应用及其潜在临床影响	空间转录组学提供了肿瘤微环境的新见解，并能够捕捉肿瘤异质性和多灶性	缺乏针对临床应用中的空间信息整合的深度分析	探索空间转录组学在精准肿瘤学及肿瘤研究中的应用	主要关注固体肿瘤的现有空间转录组学研究	数字病理学	肿瘤	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
305	2024-08-04	Endothelial cell signature in muscle stem cells validated by VEGFA-FLT1-AKT1 axis promoting survival of muscle stem cell 2024-Jun-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.73592 PMID:38842166	研究论文	该研究揭示了内皮细胞转录本在肌肉干细胞生存中的作用	本研究通过揭示肌肉干细胞行为如何受特定内皮细胞转录本影响，挑战了他们具有不同基因特征的传统观点	本研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类肌肉干细胞	探讨内皮细胞标记物在肌肉干细胞中的表达及其对存活的影响	成年肌肉干细胞及其与内皮细胞的信号通路的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	小鼠肌肉干细胞
306	2024-08-04	Mapping the immune cell landscape of severe atopic dermatitis by single-cell RNA-seq 2024-06, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16121 PMID:38817208	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了严重特应性皮炎患者的免疫细胞景观	本研究揭示了严重特应性皮炎中内源性免疫细胞的显著变化，尤其是与疾病严重程度相关的特定免疫细胞亚群	需进一步研究这些免疫细胞变化对疾病发病机制的影响以及潜在治疗靶点的有效性	分析严重特应性皮炎（AD）患者全身免疫景观的综合特征	来自12名严重特应性皮炎患者和6名健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	细胞	12名严重AD患者和6名健康对照者，分析超过30万个外周血单核细胞
307	2024-08-04	scHolography: a computational method for single-cell spatial neighborhood reconstruction and analysis 2024-06-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03299-3 PMID:38915088	研究论文	本文介绍了一种名为scHolography的方法，该方法用于重建单细胞空间邻域并进行分析	提出了一种基于机器学习的方法，用于重构单细胞的空间邻域并促进3D组织可视化	NA	旨在提高对组织复杂性，特别是在单细胞分辨率下的组织结构分析	研究对象包括人类和小鼠的空间转录组学数据	数字病理学	肿瘤免疫微环境	空间转录组测序和单细胞RNA测序	机器学习模型	基因组数据	人类和小鼠的数据集
308	2024-08-05	MOXD1 is a lineage-specific gene and a tumor suppressor in neuroblastoma 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado1583 PMID:38905335	研究论文	本研究分析了神经母细胞瘤样本的RNA测序数据，以探讨MOXD1基因在肿瘤发展中的作用	发现MOXD1作为一种谱系特异性的肿瘤抑制基因，在神经母细胞瘤中具有重要作用	对早期肿瘤驱动事件的深入研究有限，模型缺乏	研究神经母细胞瘤的胚胎起源及早期肿瘤发展事件	人类神经母细胞瘤细胞及胎儿肾上腺的单细胞RNA测序数据	数字病理学	神经母细胞瘤	RNA测序	斑马鱼，雏鸡，小鼠	RNA测序数据	人类神经母细胞瘤样本和胎儿肾上腺细胞
309	2024-08-04	Spatial transcriptomics analysis identifies a tumor-promoting function of the meningeal stroma in melanoma leptomeningeal disease 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101606 PMID:38866016	研究论文	该文章研究了脑膜病中的肿瘤微环境，揭示了脑膜基质在黑色素瘤脑膜病中的肿瘤促进作用	文章创新性地确定了脑膜基质在黑色素瘤脑膜病中的肿瘤促进作用，并提供了克服微环境介导的药物抵抗的机制	样本数量有限，仅包含两个患者的九个临床标本	探讨黑色素瘤脑膜病的肿瘤微环境及其与基质的相互作用	研究对象为黑色素瘤脑膜病及与之匹配的额外颅外转移组织	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	组织样本	两名患者的九个组织样本
310	2024-08-04	Glycoengineering-based anti-PD-1-iRGD peptide conjugate boosts antitumor efficacy through T cell engagement 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101590 PMID:38843844	研究论文	该文章介绍了一种通过糖工程方法合成的抗PD-1-iRGD肽共轭物，能够增强抗肿瘤效能	通过双重靶向同时激活肿瘤细胞和PD-1 T细胞，实现肿瘤特异性T细胞激活和增殖，具有创新性	在研究中没有提及具体的临床应用或长期安全性评估	研究目标是提升肿瘤免疫治疗的效果	主要研究对象为抗PD-1-iRGD肽共轭物及其在小鼠模型中的应用	肿瘤学	癌症	糖工程	NA	流式细胞术和单细胞RNA-seq数据	在多个同系小鼠模型中进行了实验
311	2024-08-04	Single-cell multiomics profiling reveals heterogeneous transcriptional programs and microenvironment in DSRCTs 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101582 PMID:38781959	研究论文	本研究揭示了DSRCT肿瘤细胞的异质转录程序和微环境特征	首次利用单细胞多组学分析展示了DSRCT细胞在转录程序上的多样性及其与微环境的关系	样本数量有限，仅研究了五位患者的12个样本，可能影响结果的广泛适用性	探讨DSRCT肿瘤细胞的转录程序多样性及其微环境影响	对DSRCT患者的肿瘤细胞进行单细胞多组学分析	数字病理学	肿瘤	单细胞多组学	NA	转录组数据	来自五位患者的12个肿瘤样本
312	2024-08-04	Distinctive multicellular immunosuppressive hubs confer different intervention strategies for left- and right-sided colon cancers 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101589 PMID:38806057	研究论文	本文探讨了左侧和右侧结肠癌的免疫抑制特征和干预策略的差异	提出了左侧和右侧结肠癌特定的转录组表达元程序，揭示了其独特的细胞相互作用	研究可能未考虑所有潜在的肿瘤微环境因素的影响	研究左侧和右侧结肠癌在临床和分子特征上的差异	分析了来自105名结肠癌患者的426,863个单细胞转录组数据	数字病理学	结肠癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自105名结肠癌患者的426,863个单细胞
313	2024-08-05	Venetoclax acts as an immunometabolic modulator to potentiate adoptive NK cell immunotherapy against leukemia 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101580 PMID:38776913	研究论文	这篇文章报告了venetoclax作为免疫代谢调节剂的作用，通过增强NK细胞对急性髓性白血病的细胞毒性来提升NK细胞免疫疗法的效果	发现venetoclax不仅抑制BCL-2，还能激活NK细胞并提高其对AML细胞的亲和力	未足够探讨venetoclax在不同类型肿瘤中的应用和长期效果	研究venetoclax如何通过调节NK细胞功能来增强癌症免疫疗法的效果	NK细胞和急性髓性白血病(AML)细胞	数字病理学	急性髓性白血病	bulk和单细胞RNA测序，亲和力测量和功能测试	NA	细胞	NA
314	2024-08-05	scRank infers drug-responsive cell types from untreated scRNA-seq data using a target-perturbed gene regulatory network 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101568 PMID:38754419	研究论文	本文介绍了scRank，它通过未处理的单细胞转录组数据推断药物响应性细胞类型	创新性地采用目标扰动基因调控网络，通过 in silico 药物扰动排名药物响应性细胞群体	未提及具体的模型限制	旨在识别药物响应性细胞群体以阐明药物作用机制	药物响应性细胞类型以及其在不同疾病中的作用	数字病理学	脑瘤，重度抑郁障碍，心肌梗死	单细胞转录组测序	NA	未处理的单细胞转录组数据	模拟数据集和真实数据集，包括脑瘤和重度抑郁障碍的样本
315	2024-08-05	Single-cell signatures identify microenvironment factors in tumors associated with patient outcomes 2024-Jun-17, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100799 PMID:38889686	研究论文	本文介绍了一种工具scBeacon，通过单细胞RNA测序数据识别肿瘤微环境因素与患者结果的关系	创新点在于通过整合和聚类多个单细胞RNA测序数据集提取细胞类型特征，进而解构无关肿瘤数据集	本文未提及具体的局限性	研究肿瘤及其微环境在患者生存和治疗反应中的作用	重点研究TCGA（癌症基因组图谱）队列中的肿瘤样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
316	2024-08-05	GENIX enables comparative network analysis of single-cell RNA sequencing to reveal signatures of therapeutic interventions 2024-Jun-17, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100794 PMID:38861988	研究论文	该文章介绍了GENIX，这一计算框架超越了差异表达分析，能够构建基因关联网络并识别拓扑特征基因	GENIX能够识别经典差异表达分析遗漏的特征基因，扩展了精准医疗中的目标基因发现范围	可能未提及具体的算法细节和真实数据集限制	研究单细胞RNA测序对治疗干预的细胞反应的理解	利用GENIX分析合成和实验数据集，包括从康复COVID-19患者的外周血单核细胞中分析流感疫苗诱导的免疫反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	网络模型	数据集	使用合成和实验数据集
317	2024-08-05	ScHGSC-IGDC: Identifying genes with differential correlations of high-grade serous ovarian cancer based on single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32909 PMID:38975079	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析确定了高等级浆液性卵巢癌中的差异关联基因	提出了ScHGSC-IGDC框架，以识别HGSC发展中的核心基因，并通过分析找到34个模块的基因互作网络	未在更广泛的人群中验证结果的普适性	旨在通过HGSC的scRNA-seq数据分析识别正常与肿瘤状态之间的差异关联核心基因	高等级浆液性卵巢癌患者的肿瘤及其相邻正常组织样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及的人类卵巢癌细胞系和组织样本未具体说明数量
318	2024-08-04	TrkA + sensory neurons regulate osteosarcoma proliferation and vascularization to promote disease progression 2024-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.20.599869 PMID:38979210	研究论文	该研究探讨了TrkA+感觉神经元在骨肉瘤增殖和血管化中的作用	首次揭示了肿瘤相关感觉神经元在骨肉瘤进展中的神经调节功能	该研究主要依赖于小鼠模型，可能不完全适用于人类骨肉瘤的情况	研究TrkA+感觉神经元如何影响骨肉瘤的发展和血液供应	研究的对象为骨肉瘤模型小鼠及其肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	骨癌	化学基因学方法	转基因小鼠	单细胞转录组数据	包括小鼠模型和人类骨肉瘤样本的多模态分析
319	2024-08-04	Single-cell spatial transcriptomics reveals a dystrophic trajectory following a developmental bifurcation of myoblast cell fates in facioscapulohumeral muscular dystrophy 2024-06-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278717.123 PMID:38777608	研究论文	这篇文章使用单细胞空间转录组学揭示了面肩肱肌营养不良症中肌母细胞命运发育分叉后的退化轨迹	本文使用多重错误稳健荧光原位杂交技术实现了对多核肌管转录组的高分辨率分析	单细胞或细胞核RNA测序无法充分捕捉多核大肌管的转录组	研究面肩肱肌营养不良症（FSHD）中肌母细胞分化过程中的转录组变化	研究对象为健康对照、同源D4Z4收缩突变体和FSHD患者样本中的体外分化肌管及未融合单核细胞	数字病理学	面肩肱肌营养不良症	多重错误稳健荧光原位杂交（MERFISH）	NA	RNA转录本	包括控制组、同源突变体和FSHD患者样本的多个肌管和单核细胞
320	2024-08-05	Single-cell transcriptional profile of CD34+ hematopoietic progenitor cells from del(5q) myelodysplastic syndromes and impact of lenalidomide 2024-Jun-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49529-x PMID:38902243	研究论文	本研究揭示了del(5q)骨髓增生异常综合症患者CD34+造血祖细胞的转录组变化及其对来那度胺治疗的影响	首次使用单细胞RNA测序揭示了del(5q) MDS中存在的转录改变及其潜在的治疗影响	本研究未探讨其他可能的致病机制和较大样本的验证	阐明del(5q) MDS的转录变化及其影响来那度胺治疗的机制	del(5q) MDS患者的CD34+造血祖细胞	数字病理学	骨髓增生异常综合症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自del(5q) MDS患者的CD34+细胞