单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-05	A robust model for cell type-specific interindividual variation in single-cell RNA sequencing data 2024-Jun-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49242-9 PMID:38898015	研究论文	本研究开发了一种新模型CTMM，用于检测和量化单细胞RNA测序中的细胞类型特异性个体间变异	提出了一种新的细胞类型特异性线性混合模型CTMM，用于深入理解细胞类型特异性的生物学	样本量有限可能影响细胞类型特异性个体间变异的检测精度	阐明细胞类型特异性生物学，并识别与复杂性状相关的基因和细胞类型	人诱导多能干细胞中细胞分化为内胚层时的转录组变异	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	细胞类型特异性线性混合模型 (CTMM)	转录组数据	使用人诱导多能干细胞的有限样本进行研究
302	2024-08-05	Patho-transcriptomic analysis of invasive mucinous adenocarcinoma of the lung (IMA): comparison with lung adenocarcinoma with signet ring cell features (SRCC) 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598839 PMID:38948839	研究论文	该论文分析了侵袭性粘液腺癌（IMA）与具有印戒细胞特征的肺腺癌（SRCC）之间的病理转录组学比较。	通过Visium空间转录组学方法揭示了IMA和SRCC中存在的六种不同细胞簇，并识别了各自特征性基因的表达差异。	缺乏有效治疗IMA的措施，且在无法进行手术切除的情况下，研究重点可能受限于分子机制的完整性。	研究侵袭性粘液腺癌的分子机制及其与印戒细胞特征肺腺癌的差异。	侵袭性粘液腺癌（IMA）和具有印戒细胞特征的肺腺癌（SRCC）。	数字病理学	肺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	分析了两种腺癌类型的不同细胞群体，具体样本数量未提供
303	2024-08-05	Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.599011 PMID:38948840	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和表观遗传图谱	揭示了与年龄相关的不同基因调控程序的发生学，并识别出一个随年龄发散的基因模块	研究中可能未涵盖所有影响T细胞发育的因素	探讨年龄如何影响T细胞的发展	新生小鼠和成年小鼠的T细胞发育程序	数字病理学	NA	CRISPR和单细胞RNA测序	NA	转录组和表观遗传数据	新生小鼠和成年小鼠的多样本
304	2024-08-05	Tissue fibroblasts are versatile immune regulators: An evaluation of their impact on the aging process 2024-06, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2024.102296 PMID:38588867	research paper	本文章探讨了成纤维细胞作为免疫调节剂在老化过程中的作用	揭示了成纤维细胞在组织免疫和炎症中的多种功能及其在老化过程中的重要性	未明确提及具体的实验数据和样本量	探究成纤维细胞与免疫细胞在衰老过程中的相互作用	老化组织中分离的成纤维细胞	免疫学	衰老相关疾病	单细胞转录组研究	NA	基因表达数据	来自老化组织的成纤维细胞
305	2024-08-05	Ash1 l loss-of-function results in structural birth defects and altered cortical development 2024-Jun-30, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae218 PMID:38943682	研究论文	本研究探讨了ASH1L功能丧失对小鼠生存和颅面骨骼发育的影响	首次明确ASH1L在脑部发育中的作用，并探讨了其在自闭症等神经发育障碍中的潜在机制	本研究主要在小鼠模型中进行，结果能否完全转化到人类尚需进一步验证	研究ASH1L在小鼠脑部发育及颅面结构形成中的作用	ASH1L缺失的小鼠模型	数字病理学	自闭症	单细胞RNA测序、免疫组织化学	克隆小鼠模型	基因表达数据、形态数据	生存跟踪77个胚胎，出生后41个小鼠
306	2024-08-05	Macrophages as determinants and regulators of systemic sclerosis-related interstitial lung disease 2024-Jun-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05403-4 PMID:38937794	研究论文	本文探讨了巨噬细胞在系统性硬化症相关间质性肺病中的影响和调节作用	首次通过单细胞RNA测序区分系统性硬化症相关间质性肺病与特发性肺纤维化，并提出了潜在的预防和治疗方向	研究限于使用NCBI Gene Expression Omnibus数据库，可能存在样本偏差	阐明系统性硬化症相关间质性肺病与特发性肺纤维化的病理机制差异	通过单细胞分析研究健康对照组、特发性肺纤维化及系统性硬化症相关间质性肺病的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	利用来自GSE159354和GSE212109的样本进行分析
307	2024-08-05	The Alk receptor tyrosine kinase regulates Sparkly, a novel activity regulating neuropeptide precursor in the Drosophila central nervous system 2024-Jun-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88985 PMID:38904987	研究论文	本文描述了Alk受体酪氨酸激酶在果蝇中枢神经系统中调控一种新的神经肽前体的作用	揭示了Alk信号通路在神经内分泌基因表达转录调控中的新功能，以及新发现的神经肽前体作为Alk信号的转录靶标	对Alk信号通路的具体分子机制理解仍然较为有限	探讨Alk受体酪氨酸激酶在果蝇中枢神经系统中的功能及其调控机制	研究对象为果蝇幼虫的中枢神经系统和相关的基因表达	神经生物学	NA	Targeted DamID (TaDa) 转录剖析	NA	scRNA-seq数据和转录组数据	果蝇幼虫的中枢神经系统组织
308	2024-08-05	Branching topology of the human embryo transcriptome revealed by Entropy Sort Feature Weighting 2024-Jun-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202832 PMID:38691188	研究论文	本文展示了一种新的用于单细胞转录组学分析的特征选择数学框架Entropic Sorting。	创新点在于提出了连续熵排序特征加权（cESFW），并展示其在细胞状态特异基因区分上的优越性。	未提及具体的局限性	研究的目的是开发一种新的特征选择方法，以更好地分析人胚胎发育中的单细胞转录组数据。	研究对象为六个合并的人类早期胚胎发育的单细胞转录组数据集。	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	六个单细胞转录组数据集
309	2024-08-05	Global dynamics and cytokinin participation of salt gland development trajectory in recretohalophyte Limonium bicolor 2024-Jun-28, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae199 PMID:38588029	研究论文	本文研究了盐腺的发展轨迹及其相关的分子机制	通过单细胞RNA测序揭示了海熏衣草盐腺的演变及细胞命运的决定机制	研究仅基于盐腺发育的特定阶段，可能无法全面反映整个发育过程	揭示盐腺的发育轨迹以及细胞命运决定的分子机制	研究对象为海熏衣草（Limonium bicolor）中的盐腺及其相关基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
310	2024-08-05	Breast cancer patient-derived organoids for the investigation of patient-specific tumour evolution 2024-Jun-27, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03375-5 PMID:38926706	研究论文	开发了一种可靠的来自乳腺癌患者的类器官模型，以调查肿瘤演变	首次利用患者来源的类器官模型研究新辅助化疗和手术前后的肿瘤演变	研究基于单一病例，需要更多样本验证普遍性	研究患者特异性的肿瘤演变过程	69岁乳腺癌女性患者的组织样本	数字病理学	乳腺癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序、药物筛选	类器官	组织培养	2个类器官样本（则为治疗前后的组织）
311	2024-08-04	MOI is a comprehensive database collecting processed multi-omics data associated with viral infection 2024-06-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65629-6 PMID:38926513	研究论文	本研究开发了一个名为'MOI'的综合数据库，聚合与病毒感染相关的处理过的多组学数据	MOI数据库填补了缺乏集中存储病毒宿主反应数据的空白，并为病毒宿主相互作用的深入研究提供了宝贵资源	本文未提及数据库的持续更新和数据验证过程的具体细节	研究病毒宿主相互作用的分子机制，以推动对病毒致病机制的理解及治疗干预的发展	涉及3200多个病毒感染样本，包括人类和小鼠感染	数字病理学	NA	RNA测序, ChIP测序, ATAC-seq	NA	多组学数据	3200多个病毒感染样本
312	2024-08-05	Mobilization and activation of tumor-infiltrating dendritic cells inhibits lymph node metastasis in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Jun-26, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02079-z PMID:38926350	研究论文	本文研究了肝内胆管癌中肿瘤浸润性树突状细胞的动员与激活对淋巴结转移的抑制作用	揭示了肿瘤细胞内源性β-连环蛋白激活作为在肝内胆管癌中逃避树突状细胞介导的抗肿瘤免疫的关键机制	尚未探讨FL-pIC疗法或β-连环蛋白抑制剂的临床有效性	探讨淋巴结转移的机制及肿瘤免疫控制的潜在治疗方法	研究了244例肝内胆管癌样本中的树突状细胞浸润和相关免疫细胞的相互作用	数字病理学	肝内胆管癌	scRNA-seq和bulk RNA-seq	NA	RNA序列数据	219例手术切除的肝内胆管癌样本
313	2024-08-05	The Advancement and Application of the Single-Cell Transcriptome in Biological and Medical Research 2024-Jun-19, Biology DOI:10.3390/biology13060451 PMID:38927331	综述	本文回顾了单细胞RNA测序技术的发展及其在生物和医学研究中的应用	深入分析了不同单细胞转录组技术的发展过程，并总结其与其他组学分析的整合	当前单细胞转录组技术仍不完善，存在一些不足之处	帮助更深入理解scRNA-seq技术及其在生物和医学研究中的应用	单细胞转录组数据及其在多个研究领域的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
314	2024-08-05	Single-Cell Transcriptomic and Targeted Genomic Profiling Adjusted for Inflammation and Therapy Bias Reveal CRTAM and PLCB1 as Novel Hub Genes for Anti-Tumor Necrosis Factor Alpha Therapy Response in Crohn's Disease 2024-Jun-19, Pharmaceutics IF:4.9Q1 DOI:10.3390/pharmaceutics16060835 PMID:38931955	研究论文	该研究揭示了 CRTAM 和 PLCB1 作为克罗恩病抗肿瘤坏死因子 Alpha 治疗反应的新中心基因	该研究采用单细胞 RNA 测序探索特定免疫细胞亚群体，为抗 TNFα 生物治疗的生物标志物发现提供了新的视角	本研究主要集中于特定细胞类型，可能未能涵盖更广泛的生物标志物探索	研究抗肿瘤坏死因子 Alpha 治疗的生物标志物以改善克罗恩病患者的个性化治疗	克罗恩病患者的外周血单核细胞基因表达	数字病理学	克罗恩病	单细胞 RNA 测序	机器学习	基因表达数据	来自不同治疗状态的克罗恩病患者的外周血单核细胞样本
315	2024-08-04	Advances in Single-Cell Transcriptome Sequencing and Spatial Transcriptome Sequencing in Plants 2024-Jun-18, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants13121679 PMID:38931111	研究论文	文章概述了植物单细胞转录组和空间转录组测序的研究进展以及它们在植物中的应用和挑战	介绍了单细胞和空间转录组测序技术的创新以及其对细胞特异性表达的揭示	该研究主要集中在植物领域，可能不适用于动物细胞转录组的分析	探讨单细胞和空间转录组测序在植物研究中的应用	主要研究植物组织中单个细胞的转录组	数字病理学	NA	单细胞转录组测序与空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
316	2024-08-04	Exploring the Molecular Mechanism of Comorbidity of Type 2 Diabetes Mellitus and Colorectal Cancer: Insights from Bulk Omics and Single-Cell Sequencing Validation 2024-Jun-14, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060693 PMID:38927096	研究论文	本研究首次使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据探讨2型糖尿病与结直肠癌之间的分子机制	本研究揭示了EVPL和ENTPD3作为2型糖尿病和结直肠癌共病的特征分子，强调了免疫机制在这两种疾病共同发展的重要性	本研究可能在探索分子机制方面存在一定的局限性，尤其是需要更多样本验证结果	研究2型糖尿病与结直肠癌之间的共享分子机制	重点研究EVPL和ENTPD3这两个核心共病基因	数字病理学	2型糖尿病和结直肠癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
317	2024-08-04	Accurate Identification of Spatial Domain by Incorporating Global Spatial Proximity and Local Expression Proximity 2024-Jun-09, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060674 PMID:38927077	研究论文	文章提出了一种新的深度学习方法SECE，用于准确识别空间转录组数据中的空间域	提出的SECE方法结合了局部与全局空间关系，充分利用空间信息，提高了识别精度	研究未提及可能在不同生物组织中的适用性	旨在提高空间转录组数据分析中空间域的识别准确性	针对真实的空间转录组数据集进行分析	数字病理学	NA	深度学习	NA	空间转录组数据	六个真实数据集，涵盖四个不同平台
318	2024-08-05	Integrated Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Metabolic Reprogramming of Liver Cancer and Establishes a Prognostic Risk Model 2024-Jun-08, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15060755 PMID:38927691	研究论文	该文章分析了肝癌的代谢重编程，并建立了预后风险模型	通过单细胞转录组分析和代谢视角建立的预后风险模型对于肝癌的精确预防和治疗具有重要意义	该研究仅限于所选样本，可能无法广泛适用于所有肝癌患者	旨在提供肝癌患者的分层和精确治疗方法	研究对象包括105,829个单细胞转录组分析中识别的11种细胞类型	数字病理	肝癌	scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq	NA	细胞数据	105,829个单细胞
319	2024-08-05	Identification and Analysis of Biomarkers Associated with Lipophagy and Therapeutic Agents for COVID-19 2024-Jun-07, Viruses DOI:10.3390/v16060923 PMID:38932215	研究论文	本研究旨在通过生物信息学分析识别与脂质自噬相关的生物标志物和治疗COVID-19的药物靶点	首次揭示了与COVID-19相关的脂质自噬基因及其作为生物标志物和药物靶点的潜力	研究可能受现有数据集和机器学习模型的限制	探讨COVID-19中脂质自噬相关的生物标志物和治疗药物	主要研究COVID-19相关的脂质自噬基因及潜在药物	生物信息学	COVID-19	机器学习算法	随机森林、支持向量机、通用线性模型、极端梯度提升	基因表达数据（scRNA-seq和RNA-seq）	三个COVID-19相关的GEO数据集
320	2024-08-04	Ploidy inference from single-cell data: application to human and mouse cell atlases 2024-06-05, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae061 PMID:38651869	研究论文	本研究开发了一种从单细胞ATAC-seq数据推断细胞倍性的统计方法	首次将倍性分析集成到单细胞研究中，并能够系统地检测多倍性	可能需要额外的测定步骤以测量倍性	旨在填补单细胞研究中倍性分析的空白	人类和小鼠细胞图谱的数据	数字病理学	癌症	单细胞ATAC-seq	NA	单细胞数据	人类和小鼠的多个细胞类型