单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 542 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-09-15 |
Single-cell sequencing revealed metabolic reprogramming and its transcription factor regulatory network in prostate cancer
2024-Jun, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101925
PMID:38447277
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研究论文 | 研究利用单细胞测序技术揭示了前列腺癌中的代谢重编程及其转录因子调控网络 | 首次通过单细胞测序技术全面分析了前列腺癌中代谢变化及其转录因子调控网络，并发现了抑制剂Betulin在抑制前列腺癌生长中的潜在治疗作用 | NA | 研究前列腺癌中的代谢重编程变化并识别潜在的治疗靶点 | 前列腺癌及其良性前列腺组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种前列腺癌亚型及良性前列腺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 282 | 2024-09-14 |
Adaptive digital tissue deconvolution
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae263
PMID:38940181
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研究论文 | 本文提出了一种名为自适应数字组织解卷积（ADTD）的新方法，用于从批量和空间转录组数据中估计预选细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献 | ADTD方法通过适应细胞的分子环境来调整原型参考配置文件，从而进一步解析从批量转录组数据中细胞类型特异性基因调控 | ADTD方法依赖于训练数据，这些数据可能无法捕捉到转录组分析中遇到的所有生物多样性 | 开发一种新的计算方法，以改进从批量和空间转录组数据中推断细胞组成的过程 | 从批量转录组数据中估计细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献 | 机器学习 | 乳腺癌 | NA | NA | 转录组数据 | 涉及乳腺癌患者的批量转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 283 | 2024-09-14 |
Accurate assembly of multiple RNA-seq samples with Aletsch
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae215
PMID:38940157
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Aletsch的新型RNA-seq样本组装工具，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接 | Aletsch引入了多种算法创新，包括一个“桥接”系统，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接，并利用多个样本的“支持”信息来指导复杂顶点的分解 | NA | 开发一种能够准确组装多个RNA-seq样本的新方法 | RNA-seq数据中的全长度转录本 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 随机森林模型 | RNA-seq数据 | 多个RNA-seq样本，包括bulk和单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 284 | 2024-09-14 |
SPRITE: improving spatial gene expression imputation with gene and cell networks
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae253
PMID:38940132
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPRITE的元算法，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，改进现有方法的空间基因表达预测 | SPRITE算法利用了空间转录组学中的丰富空间和基因关系信息，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，提高了基因表达预测的准确性 | NA | 改进空间基因表达预测算法，以解决当前技术在单细胞分辨率下测量基因数量有限的局限性 | 空间转录组学数据中的基因表达预测 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 元算法 | 基因表达数据 | 多个空间转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 285 | 2024-09-14 |
scGrapHiC: deep learning-based graph deconvolution for Hi-C using single cell gene expression
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae223
PMID:38940151
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的图解卷积框架scGrapHiC，用于利用单细胞基因表达数据预测伪批量scHi-C接触图 | scGrapHiC通过图解卷积从批量Hi-C接触图中提取全基因组单细胞相互作用，并使用scRNA-seq作为指导信号，显著提高了细胞类型特异性拓扑关联域的恢复率 | NA | 开发一种新的方法，利用广泛可用的基因组信号生成细胞类型特异性的scHi-C接触图，以研究细胞类型特异性的染色质相互作用 | 单细胞Hi-C数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图解卷积 | 基因组数据 | 七个细胞类型共检测数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2024-09-14 |
Forseti: a mechanistic and predictive model of the splicing status of scRNA-seq reads
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae207
PMID:38940130
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研究论文 | 本文开发了一种名为Forseti的机械性和预测性模型，用于确定单细胞RNA测序读取的剪接状态 | Forseti模型通过结合绑定亲和力模型和稳健的片段长度分布模型，能够概率性地分配剪接状态，从而提高下游分析的准确性和置信度 | NA | 开发一种能够准确预测单细胞RNA测序读取剪接状态的模型 | 单细胞RNA测序数据中的剪接状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-09-14 |
HE2Gene: image-to-RNA translation via multi-task learning for spatial transcriptomics data
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae343
PMID:38837395
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研究论文 | 本文提出了一种基于多任务学习的图像到RNA翻译方法HE2Gene，用于空间转录组数据 | HE2Gene是首个能够预测数万个点级基因表达并结合病理注释的多任务学习方法 | 现有计算工具仅限于预测少数基因，且大多数方法设计用于批量RNA-seq | 探索组织形态与基因表达之间的定量联系 | H&E染色图像和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 多任务学习 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 288 | 2024-09-14 |
scCross: efficient search for rare subpopulations across multiple single-cell samples
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae371
PMID:38889273
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scCross的双聚类方法，用于在多个单细胞样本中高效搜索稀有亚群 | scCross通过全局求和准则而非个体细胞间的成对比较，联合识别具有特定标记基因的细胞群，从而在处理scRNA-seq数据的高变异性和批次效应时表现出鲁棒性 | NA | 旨在解决在聚合多个单细胞样本时，由于批次效应导致的稀有细胞类型识别困难的问题 | 单细胞RNA测序数据中的稀有细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞样本，包括肺癌细胞和人类胰腺样本 | NA | NA | NA | NA |
| 289 | 2024-09-14 |
Spatial Transcriptomics in a Case of Follicular Thyroid Carcinoma Reveals Clone-Specific Dysregulation of Genes Regulating Extracellular Matrix in the Invading Front
2024-Jun, Endocrine pathology
IF:11.3Q1
DOI:10.1007/s12022-024-09798-0
PMID:38280140
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术详细分析了滤泡性甲状腺癌（FTC）的侵袭前沿和中央惰性核心区域的转录组图谱 | 首次使用Visium空间基因表达平台对FTC进行2D全局转录组映射，揭示了侵袭性克隆在ECM重塑和上皮间质转化（EMT）相关基因表达上的显著失调 | 研究仅限于单个FTC病例，结果的普适性有待进一步验证 | 揭示滤泡性甲状腺癌侵袭前沿的分子信号机制 | 滤泡性甲状腺癌的侵袭前沿和中央惰性核心区域 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 四个6 × 6 mm的FTC区域，包括侵袭前沿和中央核心区域 | NA | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-09-13 |
Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546927
PMID:37425795
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研究论文 | 本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性 | 首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略 | NA | 探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用 | 乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 291 | 2024-09-11 |
Transcriptomic Analysis of the Spatiotemporal Axis of Oogenesis and Fertilization in C. elegans
2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.03.597235
PMID:38895354
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研究论文 | 本文对秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞形成过程进行了转录组水平分析 | 通过单细胞RNA测序技术，深入分析了不同阶段的卵母细胞转录组，揭示了基因表达和剪接事件的详细变化，并提供了卵母细胞形成过程的新见解 | NA | 研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成和受精过程中的时空轴转录组变化 | 秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞和受精卵 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个不同阶段的卵母细胞和受精卵 | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-09-06 |
A Novel Mechanism of MSCs Responding to Occlusal Force for Bone Homeostasis
2024-06, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241236120
PMID:38665065
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研究论文 | 研究了咬合力对骨稳态的影响机制，特别是MSC在失去咬合力后对牙槽骨的影响 | 首次揭示了咬合力通过Yap/Taz/Ptn轴调控MSC介导的血管生成，从而维持牙槽骨稳态的机制 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨失去咬合力后牙槽骨损失的机制 | 鼠牙槽骨中的非造血细胞（CD45细胞） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠牙槽骨中的非造血细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2024-09-05 |
Oncogenic Cell Tagging and Single-Cell Transcriptomics Reveal Cell Type-Specific and Time-Resolved Responses to Vhl Inactivation in the Kidney
2024-Jun-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3248
PMID:38502859
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研究论文 | 本研究通过肿瘤细胞标记和单细胞转录组学技术，纵向研究了von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞类型特异性及时间解析反应的影响。 | 本研究采用了一种实验策略，即在细胞自然环境中生成携带遗传改变的细胞，进行标记并随时间分析，以理解致癌过程。 | NA | 旨在定义肿瘤发生初期的细胞反应，以理解癌症的起始。 | von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞的影响。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 294 | 2024-09-01 |
Macrophages upregulate mural cell-like markers and support healing of ischemic injury by adopting functions important for vascular support
2024-Jun, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00478-0
PMID:39196227
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞在缺血性损伤后是否采取壁细胞表型，以促进组织修复 | 首次通过单细胞RNA测序证实巨噬细胞在缺血性肌肉中向壁细胞转变，并发现这一转变对血管成熟和功能恢复至关重要 | 研究主要在鼠模型中进行，未来需在人类样本中验证这些发现 | 探究巨噬细胞在缺血性损伤后的功能转变及其对组织修复的影响 | 巨噬细胞在缺血性肌肉中的表型转变及其功能相关性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠肌肉中的巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 295 | 2024-08-30 |
A practical guide to spatial transcriptomics
2024-06, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2024.101276
PMID:38776574
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综述 | 本文是一篇关于空间转录组学的实用指南，旨在为研究人员提供关于已商业化的技术及其应用的最新信息 | 介绍了空间转录组学领域的快速发展及其在多个学科中的应用，特别是已商业化的技术 | 文章主要关注已商业化的技术，可能未涵盖所有新兴技术 | 为研究人员提供空间转录组学技术的基本原理、数据分析挑战、实验考虑因素以及方法选择指南 | 空间转录组学技术及其在生物学和疾病研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-08-24 |
Integrated Analysis Construct a Tumor-Associated Macrophage Novel Signature with Promising Implications in Predicting the Prognosis and Immunotherapeutic Response of Gastric Cancer Patients
2024-Jun, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-024-08365-1
PMID:38573378
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研究论文 | 本研究通过综合分析构建了一个与肿瘤相关巨噬细胞（TAM）相关的新型风险特征，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | 开发了一个基于TAM的九基因风险特征，能够准确预测胃癌的预后，并为临床诊断、预测和免疫治疗提供新的视角 | NA | 研究TAM在胃癌中的特征，并开发基于TAM的风险特征以预测胃癌患者的预后 | 胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞（TAM）及其相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-08-22 |
SLC44A2 regulates vascular smooth muscle cell phenotypic switching and aortic aneurysm
2024-Jun-25, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173690
PMID:38916960
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研究论文 | 本文研究了SLC44A2在血管平滑肌细胞表型转换和主动脉瘤中的作用 | 首次揭示了SLC44A2通过与NRP1和ITGB3相互作用激活TGF-β/SMAD信号通路，从而调控血管平滑肌细胞的表型转换 | NA | 探讨SLC44A2在主动脉瘤中的作用及其机制 | SLC44A2在血管平滑肌细胞中的表达及其对主动脉瘤的影响 | 心血管疾病 | 主动脉瘤 | 微阵列和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括腹主动脉瘤患者和Ang II诱导的Apoe-/-小鼠的主动脉组织 | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2024-08-19 |
Complex immune microenvironment of chordoma: a road map for future treatment
2024-Jun-21, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009313
PMID:38908855
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序等技术，深入分析了脊索瘤的复杂免疫微环境，并探讨了免疫治疗在该疾病中的应用前景 | 首次采用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合CellChat和基因集变异分析，全面解析了脊索瘤的免疫微环境 | 研究样本量较小，仅包括126名脊索瘤患者和6名患者的单细胞RNA测序数据 | 探讨脊索瘤的免疫微环境特征及其对免疫治疗效果的影响 | 脊索瘤的免疫微环境及其对患者预后的影响 | 数字病理学 | 脊索瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 126名脊索瘤患者和6名患者的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 299 | 2024-08-18 |
MD-ALL: an integrative platform for molecular diagnosis of B-acute lymphoblastic leukemia
2024-06-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2023.283706
PMID:37981856
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research paper | 介绍了一个名为MD-ALL的综合平台，用于基于基因表达谱和RNA测序数据中的关键遗传改变进行B-急性淋巴细胞白血病的敏感和准确分类 | MD-ALL平台整合了RNA测序数据中的多种关键遗传改变，包括序列突变、大规模拷贝数变异和基因重排，以进行全面的B-ALL分类 | NA | 开发一个用户友好的B-ALL分类平台，实现集成、准确和全面的B-ALL亚型分类 | B-急性淋巴细胞白血病及其亚型分类 | machine learning | 血液病 | RNA-seq | machine learning algorithms | RNA-seq data | 2,955个B-ALL RNA-seq样本 | NA | NA | NA | NA |
| 300 | 2024-08-17 |
Advances and challenges in investigating B-cells via single-cell transcriptomics
2024-Jun, Current opinion in immunology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.coi.2024.102443
PMID:38968762
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research paper | 本文探讨了通过单细胞转录组学研究B细胞的进展与挑战 | 利用单细胞RNA测序（scRNAseq）和VDJ分析，揭示了B细胞的中间状态及其在免疫反应中的保护作用 | 在研究跨组织的人类B细胞状态、空间位置与B细胞表型和功能的关系、抗体同型转换事件以及克隆关系的明确确定方面仍存在挑战 | 旨在通过单细胞转录组学技术深化对B细胞发育和分化的理解 | B细胞的中间状态、其在免疫反应中的作用以及克隆关系的确定 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |