单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 543 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-09-21 |
Ancient origin of the rod bipolar cell pathway in the vertebrate retina
2024-Jun, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-024-02404-w
PMID:38627529
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研究论文 | 本文研究了脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的古老起源 | 发现哺乳动物的初级杆状通路在斑马鱼中得以保存，并揭示了该通路的细胞类型和电路设计在辐鳍鱼和哺乳动物分化之前就已经出现 | NA | 探讨脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的起源和进化 | 斑马鱼和哺乳动物的杆状双极细胞及其下游电路 | NA | NA | 单细胞RNA测序、电生理学、组织学和超微结构重建 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-09-15 |
Single-cell sequencing revealed metabolic reprogramming and its transcription factor regulatory network in prostate cancer
2024-Jun, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101925
PMID:38447277
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研究论文 | 研究利用单细胞测序技术揭示了前列腺癌中的代谢重编程及其转录因子调控网络 | 首次通过单细胞测序技术全面分析了前列腺癌中代谢变化及其转录因子调控网络，并发现了抑制剂Betulin在抑制前列腺癌生长中的潜在治疗作用 | NA | 研究前列腺癌中的代谢重编程变化并识别潜在的治疗靶点 | 前列腺癌及其良性前列腺组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种前列腺癌亚型及良性前列腺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-09-14 |
Adaptive digital tissue deconvolution
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae263
PMID:38940181
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研究论文 | 本文提出了一种名为自适应数字组织解卷积（ADTD）的新方法，用于从批量和空间转录组数据中估计预选细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献 | ADTD方法通过适应细胞的分子环境来调整原型参考配置文件，从而进一步解析从批量转录组数据中细胞类型特异性基因调控 | ADTD方法依赖于训练数据，这些数据可能无法捕捉到转录组分析中遇到的所有生物多样性 | 开发一种新的计算方法，以改进从批量和空间转录组数据中推断细胞组成的过程 | 从批量转录组数据中估计细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献 | 机器学习 | 乳腺癌 | NA | NA | 转录组数据 | 涉及乳腺癌患者的批量转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-09-14 |
Accurate assembly of multiple RNA-seq samples with Aletsch
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae215
PMID:38940157
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Aletsch的新型RNA-seq样本组装工具，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接 | Aletsch引入了多种算法创新，包括一个“桥接”系统，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接，并利用多个样本的“支持”信息来指导复杂顶点的分解 | NA | 开发一种能够准确组装多个RNA-seq样本的新方法 | RNA-seq数据中的全长度转录本 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 随机森林模型 | RNA-seq数据 | 多个RNA-seq样本，包括bulk和单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2024-09-14 |
SPRITE: improving spatial gene expression imputation with gene and cell networks
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae253
PMID:38940132
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPRITE的元算法，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，改进现有方法的空间基因表达预测 | SPRITE算法利用了空间转录组学中的丰富空间和基因关系信息，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，提高了基因表达预测的准确性 | NA | 改进空间基因表达预测算法，以解决当前技术在单细胞分辨率下测量基因数量有限的局限性 | 空间转录组学数据中的基因表达预测 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 元算法 | 基因表达数据 | 多个空间转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-09-14 |
scGrapHiC: deep learning-based graph deconvolution for Hi-C using single cell gene expression
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae223
PMID:38940151
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的图解卷积框架scGrapHiC，用于利用单细胞基因表达数据预测伪批量scHi-C接触图 | scGrapHiC通过图解卷积从批量Hi-C接触图中提取全基因组单细胞相互作用，并使用scRNA-seq作为指导信号，显著提高了细胞类型特异性拓扑关联域的恢复率 | NA | 开发一种新的方法，利用广泛可用的基因组信号生成细胞类型特异性的scHi-C接触图，以研究细胞类型特异性的染色质相互作用 | 单细胞Hi-C数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图解卷积 | 基因组数据 | 七个细胞类型共检测数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2024-09-14 |
Forseti: a mechanistic and predictive model of the splicing status of scRNA-seq reads
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae207
PMID:38940130
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研究论文 | 本文开发了一种名为Forseti的机械性和预测性模型，用于确定单细胞RNA测序读取的剪接状态 | Forseti模型通过结合绑定亲和力模型和稳健的片段长度分布模型，能够概率性地分配剪接状态，从而提高下游分析的准确性和置信度 | NA | 开发一种能够准确预测单细胞RNA测序读取剪接状态的模型 | 单细胞RNA测序数据中的剪接状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-09-14 |
HE2Gene: image-to-RNA translation via multi-task learning for spatial transcriptomics data
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae343
PMID:38837395
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研究论文 | 本文提出了一种基于多任务学习的图像到RNA翻译方法HE2Gene，用于空间转录组数据 | HE2Gene是首个能够预测数万个点级基因表达并结合病理注释的多任务学习方法 | 现有计算工具仅限于预测少数基因，且大多数方法设计用于批量RNA-seq | 探索组织形态与基因表达之间的定量联系 | H&E染色图像和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 多任务学习 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-09-14 |
scCross: efficient search for rare subpopulations across multiple single-cell samples
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae371
PMID:38889273
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scCross的双聚类方法，用于在多个单细胞样本中高效搜索稀有亚群 | scCross通过全局求和准则而非个体细胞间的成对比较，联合识别具有特定标记基因的细胞群，从而在处理scRNA-seq数据的高变异性和批次效应时表现出鲁棒性 | NA | 旨在解决在聚合多个单细胞样本时，由于批次效应导致的稀有细胞类型识别困难的问题 | 单细胞RNA测序数据中的稀有细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞样本，包括肺癌细胞和人类胰腺样本 | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-09-14 |
Spatial Transcriptomics in a Case of Follicular Thyroid Carcinoma Reveals Clone-Specific Dysregulation of Genes Regulating Extracellular Matrix in the Invading Front
2024-Jun, Endocrine pathology
IF:11.3Q1
DOI:10.1007/s12022-024-09798-0
PMID:38280140
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术详细分析了滤泡性甲状腺癌（FTC）的侵袭前沿和中央惰性核心区域的转录组图谱 | 首次使用Visium空间基因表达平台对FTC进行2D全局转录组映射，揭示了侵袭性克隆在ECM重塑和上皮间质转化（EMT）相关基因表达上的显著失调 | 研究仅限于单个FTC病例，结果的普适性有待进一步验证 | 揭示滤泡性甲状腺癌侵袭前沿的分子信号机制 | 滤泡性甲状腺癌的侵袭前沿和中央惰性核心区域 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 四个6 × 6 mm的FTC区域，包括侵袭前沿和中央核心区域 | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-09-13 |
Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174746
PMID:38869957
|
研究论文 | 研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制 | 首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制 | 研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证 | 探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制 | 肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-09-13 |
Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546927
PMID:37425795
|
研究论文 | 本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性 | 首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略 | NA | 探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用 | 乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-09-11 |
DRA involvement in linaclotide-stimulated bicarbonate secretion during loss of CFTR function
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172364
PMID:38869953
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研究论文 | 研究了在CFTR功能丧失的情况下，linaclotide对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制 | 发现linaclotide在CFTR功能丧失的情况下仍能刺激十二指肠碳酸氢盐分泌，并揭示了DRA在这一过程中的补偿作用 | 研究主要基于小鼠和人类十二指肠样本，未涉及更大规模的人体临床试验 | 探讨linaclotide在CFTR功能丧失时对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制 | 小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验 | NA | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验 | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-09-11 |
SFTPB in serum extracellular vesicles as a biomarker of progressive pulmonary fibrosis
2024-Jun-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177937
PMID:38855869
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析血清外泌体，发现肺表面活性物质相关蛋白B（SFTPB）作为渐进性肺纤维化（PPF）的潜在生物标志物 | 首次发现SFTPB在血清外泌体中作为预测间质性肺病进展的独立预后因子，优于已知的生物标志物KL-6和SP-D | 研究仅在两个队列中验证了SFTPB的预测效用，需要更多样本和队列验证其普适性 | 寻找渐进性肺纤维化的早期检测生物标志物 | 血清外泌体中的蛋白质，特别是SFTPB及其前体形式 | NA | 肺纤维化 | 蛋白质组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质数据 | 两个队列的样本，包括血清外泌体和血清样本 | NA | NA | NA | NA |
| 275 | 2024-09-11 |
Transcriptomic Analysis of the Spatiotemporal Axis of Oogenesis and Fertilization in C. elegans
2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.03.597235
PMID:38895354
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研究论文 | 本文对秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞形成过程进行了转录组水平分析 | 通过单细胞RNA测序技术，深入分析了不同阶段的卵母细胞转录组，揭示了基因表达和剪接事件的详细变化，并提供了卵母细胞形成过程的新见解 | NA | 研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成和受精过程中的时空轴转录组变化 | 秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞和受精卵 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个不同阶段的卵母细胞和受精卵 | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-09-06 |
A Novel Mechanism of MSCs Responding to Occlusal Force for Bone Homeostasis
2024-06, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241236120
PMID:38665065
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研究论文 | 研究了咬合力对骨稳态的影响机制，特别是MSC在失去咬合力后对牙槽骨的影响 | 首次揭示了咬合力通过Yap/Taz/Ptn轴调控MSC介导的血管生成，从而维持牙槽骨稳态的机制 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨失去咬合力后牙槽骨损失的机制 | 鼠牙槽骨中的非造血细胞（CD45细胞） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠牙槽骨中的非造血细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2024-09-06 |
Single cell transcriptomics reveals distinct transcriptional responses to oxycodone and buprenorphine by iPSC-derived brain organoids from patients with opioid use disorder
2024-Jun, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01837-8
PMID:36302966
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组学分析了来自阿片类药物使用障碍患者的iPSC衍生的脑类器官对羟考酮和丁丙诺啡的不同转录反应 | 首次在单细胞水平上揭示了羟考酮和丁丙诺啡对iPSC衍生的脑类器官的不同转录反应，特别是丁丙诺啡对胶质细胞的显著影响和羟考酮诱导的I型干扰素信号 | 研究仅限于男性OUD患者，样本量较小，且仅进行了7天的药物处理 | 探讨阿片类药物对脑细胞类型功能的单细胞水平调控机制 | 来自阿片类药物使用障碍患者的iPSC衍生的脑类器官 | 单细胞转录组学 | 阿片类药物使用障碍 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | Seurat整合分析管道 | 转录组数据 | 3名男性OUD患者 | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2024-09-05 |
Oncogenic Cell Tagging and Single-Cell Transcriptomics Reveal Cell Type-Specific and Time-Resolved Responses to Vhl Inactivation in the Kidney
2024-Jun-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3248
PMID:38502859
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研究论文 | 本研究通过肿瘤细胞标记和单细胞转录组学技术，纵向研究了von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞类型特异性及时间解析反应的影响。 | 本研究采用了一种实验策略，即在细胞自然环境中生成携带遗传改变的细胞，进行标记并随时间分析，以理解致癌过程。 | NA | 旨在定义肿瘤发生初期的细胞反应，以理解癌症的起始。 | von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞的影响。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-09-01 |
Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina
2024-Jun, Molecular and cellular neurosciences
DOI:10.1016/j.mcn.2024.103932
PMID:38679247
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了蛋白磷酸酶在正常和受损鸡视网膜中对穆勒胶质细胞向穆勒胶质源性前体细胞转化的调控作用 | 首次详细研究了蛋白磷酸酶在穆勒胶质细胞转化过程中的作用，并揭示了不同磷酸酶对前体细胞形成的不同影响 | 研究主要集中在鸡视网膜模型，可能需要进一步在其他物种中验证结果 | 探讨蛋白磷酸酶在视网膜中对穆勒胶质细胞向穆勒胶质源性前体细胞转化的调控作用 | 鸡视网膜中的穆勒胶质细胞及其前体细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个类型的视网膜神经元及穆勒胶质细胞和穆勒胶质源性前体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-09-01 |
Macrophages upregulate mural cell-like markers and support healing of ischemic injury by adopting functions important for vascular support
2024-Jun, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00478-0
PMID:39196227
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞在缺血性损伤后是否采取壁细胞表型，以促进组织修复 | 首次通过单细胞RNA测序证实巨噬细胞在缺血性肌肉中向壁细胞转变，并发现这一转变对血管成熟和功能恢复至关重要 | 研究主要在鼠模型中进行，未来需在人类样本中验证这些发现 | 探究巨噬细胞在缺血性损伤后的功能转变及其对组织修复的影响 | 巨噬细胞在缺血性肌肉中的表型转变及其功能相关性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠肌肉中的巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA |