单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-08-05	Distinct pulmonary and systemic effects of dexamethasone in severe COVID-19 2024-Jun-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49756-2 PMID:38942804	研究论文	本研究探讨了地塞米松在重症COVID-19患者中对肺部和全身免疫细胞的影响	揭示了地塞米松在不同细胞区室中的特异性作用及其潜在机制	未提及特定的限制条件NA	研究地塞米松在重症COVID-19患者中的免疫学效应及机制	重症COVID-19患者的下呼吸道和血液样本	数字病理学	COVID-19	RNA测序	无	血液样本和下呼吸道样本	NA
262	2024-08-05	Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival 2024-Jun-24, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202502 PMID:38912572	研究论文	该研究定义了胚胎eCNm的分子亚域并揭示了EN1/2在小脑兴奋性神经元中的保守作用	首次使用scRNA-seq和空间表达分析定义了胚胎eCNm的分子亚域，并描述了它们的发育过程	未涉及其他小脑核团的发育机制和影响	研究胚胎小脑兴奋性神经元的分子多样性及其生存机制	胚胎小脑中间核的兴奋性神经元及其分子亚域	数字病理	NA	scRNA-seq	NA	NA	NA
263	2024-08-05	TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair in back pain conditions 2024-Jun-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.22.581620 PMID:38948728	研究论文	本研究探讨了TNFα受体在疼痛性椎间盘退变中的作用及其对修复的影响	首次揭示了TNFR1介导的衰老和TNFR2信号缺乏对人类椎间盘细胞修复的限制	研究主要集中在小型样本，可能限制结果的广泛应用	研究疼痛性椎间盘退变中的细胞修复机制	参与研究的对象为有背痛的患者的椎间盘组织	数字病理学	脊椎病	单细胞RNA测序	NA	组织样本	来自背痛患者的椎间盘病变组织
264	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing of Mutant Whole Mouse Embryos: From the Epiblast to the End of Gastrulation 2024-Jun-14, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66866 PMID:38949298	研究论文	本文介绍了一种针对小鼠胎儿突变体的单细胞RNA测序管道，涵盖了从外胚层到胃肠发育结束的过程	提出了一种新方法，以克服对突变体胚胎进行单细胞分析的技术限制	此研究依然受到胚胎基因分型及其数量限制的影响	研究突变如何影响胃肠发展的细胞景观	小鼠胚胎突变体，特别是在胃肠形成期间的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	涉及多个人工妊娠的突变体小鼠胚胎
265	2024-08-05	Machine learning integrative approaches to advance computational immunology 2024-06-11, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01350-3 PMID:38862979	评论	这篇文章讨论了机器学习整合方法在计算免疫学中的应用。	文章强调了现代机器学习技术在整合多种‘组学’数据方面的创新能力，尤其是在单细胞和空间分析中的应用。	文章提到了一些整体方法的挑战，但具体的限制未详细说明	探讨机器学习整合技术如何推动免疫学研究的发展。	聚焦于免疫学领域内多层次数据集的整合分析。	计算免疫学	NA	单细胞RNA测序	机器学习	多组学数据	NA
266	2024-08-05	Mitochondrial Oxidative Stress Regulates FOXP3+ T-Cell Activity and CD4-Mediated Inflammation in Older Adults with Frailty 2024-Jun-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25116235 PMID:38892421	研究论文	本研究阐明了衰弱老年人CD4/Treg轴的复杂免疫动力学	首次揭示了衰弱老年人Treg细胞亚群及其转录组特征与CD4 T细胞反应失调之间的关系	当前研究主要比较年轻和老年人群，未充分考虑健康老年人与经历病理衰老者之间的差异	研究衰弱老年人中CD4/Treg轴的免疫调节机制	衰弱老年人及其与同龄健康老年人的比较	数字病理学	衰弱	RNA测序和单细胞RNA测序	NA	RNA数据	使用公开的外周血单核细胞数据进行分析
267	2024-08-05	Invasive growth of brain metastases is linked to CHI3L1 release from pSTAT3-positive astrocytes 2024-Jun-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae013 PMID:38271182	研究论文	本研究探讨了pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞分泌的CHI3L1与脑转移瘤侵袭性生长之间的关系	发现pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞通过分泌CHI3L1促进脑转移瘤的侵袭生长	动物模型与人类脑转移瘤的异质性可能影响研究结果的普遍性	研究pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞及其分泌物在脑转移瘤侵袭中的作用	人类的高侵袭性和低侵袭性脑转移瘤及小鼠模型	数字病理学	脑癌	免疫组化，单细胞RNA测序	PDX，转基因小鼠模型	组织样本	涉及人类和患者来源的异种移植（PDX）脑转移瘤模型
268	2024-08-05	Tumor suppressive role of the epigenetic master regulator BRD3 in colorectal cancer 2024-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16129 PMID:38494600	研究论文	本研究探讨了BET家族蛋白BRD3在结直肠癌中的肿瘤抑制作用	首次展示了BRD3通过诱导p21表达抑制细胞周期并抑制肿瘤生长的作用	未讨论BRD3以外的其他BET家族成员在结直肠癌中的作用	研究BRD3在结直肠癌（CRC）中的功能角色	结直肠癌细胞及临床样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，免疫组化分析	NA	组织样本	NA
269	2024-08-05	Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo 2024-Jun-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135 PMID:38875113	研究论文	本文介绍了一种在体内功能性鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集协议	提出了利用病毒介导的活动依赖性标记工具进行样本收集的新方法	缺乏对样本收集或分析方法的具体数据支持	研究如何在虚拟现实环境中进行神经元群体的样本收集	以小鼠为对象，研究功能性鉴定的神经元群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	生物信息数据	NA
270	2024-08-04	Single-cell sequencing of immune cells from the coronary sinus reveals immune mechanisms of the progression of persistent atrial fibrillation 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110127 PMID:38966571	研究论文	该文章探讨了来自冠状窦的免疫细胞在持续性心房颤动进程中的作用	首次通过单细胞测序揭示了持续性心房颤动患者冠状窦中免疫细胞的异质性及其与心房颤动复发的相关性	研究未明确提及样本量及潜在的临床应用限制	探索免疫细胞在持续性心房颤动进展中的作用及机制	持续性心房颤动患者的冠状窦免疫细胞	数字病理学	心房颤动	单细胞测序	NA	免疫细胞	NA
271	2024-08-04	STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics 2024-Jun-20, ArXiv PMID:38947920	研究论文	本研究介绍了STimage-1K4M，一个用于空间转录组学的组织病理图像-基因表达数据集	STimage-1K4M 数据集通过为小tile图像提供基因组特征，填补了现有医学图像文本数据集中信息不足的空白	NA	旨在促进多模态数据分析及其在计算病理学中的应用	包含来自空间转录组数据的1,149幅图像和4293195对小tile图像与基因表达	计算病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	1149幅图像，4293195对小tile图像与基因表达
272	2024-08-04	An integrated single-cell RNA-seq map of human neuroblastoma tumors and preclinical models uncovers divergent mesenchymal-like gene expression programs 2024-06-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03309-4 PMID:38898465	研究论文	本研究生成了神经母细胞瘤细胞系、患者衍生异种移植模型及基因工程小鼠模型的单细胞RNA-seq图谱	提出了一种无监督机器学习方法(acNMF)来比较临床与前临床模型中的基因表达程序	未详细研究弱表达的间充质样基因表达与药物耐受机制之间的关系	更好地理解患者肿瘤异质性与前临床模型之间的关系	聚焦于神经母细胞瘤细胞系及其前临床模型的基因表达程序	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA-seq	无监督机器学习模型	基因表达数据	涉及多种细胞系、患者衍生异种移植模型及基因工程小鼠模型的多个样本
273	2024-08-05	CXCR7 activation evokes the anti-PD-L1 antibody against glioblastoma by remodeling CXCL12-mediated immunity 2024-Jun-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06784-6 PMID:38898023	研究论文	本研究探讨了CXCR7在胶质母细胞瘤中重塑CXCL12介导的免疫反应，以激发抗PD-L1抗体。	揭示了CXCR7作为CXCL12的负调节因子，并通过靶向激活CXCR7来增强抗肿瘤免疫反应。	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需要进一步验证。	提高胶质母细胞瘤免疫疗法的有效性。	胶质母细胞瘤细胞与相关巨噬细胞的相互作用。	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组分析	小鼠模型	基因数据	多个复发性胶质母细胞瘤样本及小鼠实验相结合
274	2024-08-04	Advances in single-cell long-read sequencing technologies 2024-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae047 PMID:38774511	综述	本文讨论了单细胞长读长测序技术的最新进展	提供了针对细胞复杂性来源的新见解，并强调了单细胞RNA异构体测序(scRiso-seq)的显著进展	主要集中在下游分析的实际考虑和操作挑战上	探讨单细胞测序技术在转录组和基因组研究中的应用	长读长测序技术在单细胞中的应用	数字病理学	NA	长读长测序	NA	RNA和DNA序列	NA
275	2024-08-04	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024-Jun-24, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种用于大规模单细胞RNA测序数据分析的Coreset方法	创新性地提出了单细胞Coreset（scCoreset）作为数据摘要框架，从海量稀疏单细胞RNA-seq数据中提取具有权重的小子集，以提高下游数据分析效率	方法可能在某些特定条件下的适用性或准确性有限	提高大规模单细胞RNA-seq数据的分析效率	大规模单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	单细胞数据	多种单细胞数据集
276	2024-08-04	The Mohawk homeobox gene represents a marker and osteo-inhibitory factor in calvarial suture osteoprogenitor cells 2024-Jun-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06813-4 PMID:38886383	研究论文	这篇文章探讨了Mohawk同源盒基因在颅缝骨祖细胞中的标记作用及抑制骨生成的功能	文章首次阐明了Mkx细胞在颅缝间充质中的祖先群体身份以及其作为抑制骨生成因子的作用	这项研究的局限性在于其主要基于小鼠模型，尚需在人类研究中验证相关发现	探讨Mohawk基因在颅缝细胞骨生成中的作用	研究对象为小鼠的颅缝间充质祖细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠颅缝细胞的单细胞转录组数据
277	2024-08-05	Systematic evaluation with practical guidelines for single-cell and spatially resolved transcriptomics data simulation under multiple scenarios 2024-06-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03290-y PMID:38831386	研究论文	本文系统评估了49种针对单细胞RNA测序和空间分辨转录组数据的模拟方法	提供了关于不同模拟方法的准确性、功能性、可扩展性和可用性的详细比较，并提出了实际的选择指导	没有任何方法在所有标准上表现最佳，且某些方法只能生成不真实的模拟数据	评估单细胞RNA测序和空间分辨转录组数据的模拟方法以提供实践指导	49种用于单细胞RNA测序和空间分辨转录组的数据模拟方法	数字病理学	NA	NA	NA	转录组数据	152个来自24个平台的参考数据集
278	2024-08-04	Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer 2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology IF:1.9Q3 DOI:10.1093/jjco/hyae033 PMID:38521965	综述	本文概述了评估乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的方法。	文章提出了多种新技术用于揭示肿瘤微环境中肿瘤浸润淋巴细胞的异质性。	传统的组织学评估方法标准化程度有限，可能影响结果的准确性。	本研究旨在探讨乳腺癌肿瘤浸润淋巴细胞的评估手段和技术进步。	研究对象为乳腺癌中的肿瘤浸润淋巴细胞及其异质性。	数字病理学	乳腺癌	人工智能计算机组织成像、流式细胞术分选、多组学分析、单细胞分析、空间转录组学	NA	图像	NA
279	2024-08-05	Integrated bioinformatics analysis and experimental validation identifies CPE as a potential biomarker and therapeutic target for skin aging 2024-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15120 PMID:38886965	研究论文	本文通过整合生物信息学分析和实验验证，识别了CPE作为皮肤衰老的潜在生物标志物和治疗靶点。	创新点在于首次通过加权基因共表达网络分析和机器学习技术，确定了CPE作为皮肤衰老的关键标志物，揭示其在皮肤衰老中的功能。	本文未提及特定的临床试验或广泛的人群数据以验证CPE的生物标志物和治疗靶点的有效性。	研究皮肤衰老的机制并识别新的生物标志物和治疗靶点。	研究对象为人类真皮成纤维细胞(HDFs)，分析其在衰老过程中的CPE表达变化。	数字病理学	皮肤衰老	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习	NA	转录组数据	使用了衰老相关的总体转录组和单细胞转录组数据
280	2024-08-05	Deficiency of Secreted Phosphoprotein 1 Alleviates Hyperoxia-induced Bronchopulmonary Dysplasia in Neonatal Mice 2024-Jun-29, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02088-1 PMID:38951356	研究论文	该研究探讨了分泌型磷蛋白1(SPP1)在缺氧诱导的支气管肺发育不良(BPD)中的作用	研究首次揭示了SPP1在BPD进展中的重要作用，表明其可能作为新的治疗靶标	没有具体提到研究的样本量限制或实验条件的详细限制	探索SPP1在缺氧诱导的支气管肺发育不良中的作用及其机制	新生小鼠以及在不同氧气条件下的肺组织和细胞	数字病理	肺部疾病	scRNA-seq	小鼠模型	组织样本	新生小鼠及人类BPD患者组织样本