单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 546 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-05 |
Identification of JUN gene and cellular microenvironment in response to PD-1 blockade treatment in lung cancer patients via single-cell RNA sequencing
2024-06-13, Aging
DOI:10.18632/aging.205932
PMID:38874497
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研究论文 | 本研究探讨了JUN基因及细胞微环境在肺癌患者PD-1阻断治疗中的反应 | 提出了肿瘤微环境中的细胞类型通过特定基因影响PD-1阻断免疫疗法效果的假设，并识别了JUN基因作为PD-1反应生物标志物 | 目前对PD-1阻断治疗反应的生物标志物仍然有限 | 探索非小细胞肺癌中PD-1/PDL-1阻断的分子机制 | 肺腺癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织数据 | 肺腺癌患者的组织样本，具体样本数量未提及 |
| 242 | 2024-08-04 |
A Review of the Application of Spatial Transcriptomics in Neuroscience
2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00603-4
PMID:38374297
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综述 | 这篇文章回顾了空间转录组学在神经科学中的应用 | 全面概述了空间转录组学在神经科学中的关键方法、数据资源和技术应用 | 缺乏对空间转录组学在神经科学中的深入研究 | 调查空间转录组学在神经科学中的应用和发展方向 | 空间转录组学数据分析方法及其在神经科学中的应用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 数据分析方法 | NA |
| 243 | 2024-08-05 |
scEM: A New Ensemble Framework for Predicting Cell Type Composition Based on scRNA-Seq Data
2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-023-00601-y
PMID:38368575
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研究论文 | 本研究提出了一种新颖的集成框架scEM，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞类型组成 | 提出了一种新的集成细胞类型识别方法scEM，通过熵权法学习共识相似性矩阵，弥补了当前方法的不足 | 缺乏对不同数据集和性能指标的标准化比较分析 | 研究旨在填补细胞类型组成预测领域的分析空白 | 对20种先进的无监督细胞类型识别方法进行评估 | 计算机视觉 | NA | scRNA-seq | 集成模型 | 真实scRNA-seq数据集 | 24个不同规模的真实scRNA-seq数据集 |
| 244 | 2024-08-05 |
Inference of Gene Regulatory Networks Based on Multi-view Hierarchical Hypergraphs
2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00604-3
PMID:38342857
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研究论文 | 该文章提出了一种基于多视图层次超图的基因调控网络推断模型 | 引入了多视图层次超图，以整合多个异质生物信息，模型更好地捕捉多对多的复杂调节关系 | 尚未提及具体限制。 | 旨在改善基因调控网络的推断准确性 | 使用大肠杆菌和酿酒酵母的数据集进行实验验证 | 计算生物学 | NA | 超图卷积网络 | 层次超图模型 | 基因表达数据 | 对5个小鼠和2个人类细胞系的scRNA-seq数据集进行了分析 |
| 245 | 2024-08-05 |
Dimethyl Fumarate Mediates Sustained Vascular Smooth Muscle Cell Remodeling in a Mouse Model of Cerebral Aneurysm
2024-Jun-27, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox13070773
PMID:39061841
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研究论文 | 本研究探讨了二甲基富马酸在小鼠脑动脉瘤模型中对血管平滑肌细胞(VSMCs)的影响 | 文章创新点在于首次揭示了二甲基富马酸对VSMCs的抑制作用与抗氧化功能紊乱之间的关联 | 尚未调查二甲基富马酸对VSMCs功能的潜在副作用 | 研究二甲基富马酸对脑动脉瘤诱导后VSMCs的影响 | 脑动脉瘤诱导后圈状动脉(VSMCs)中的单细胞RNA测序 | 数字病理学 | 脑动脉瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞数据 | 小鼠模型中未具体说明样本数量 |
| 246 | 2024-08-05 |
Reduction of Glyoxalase 1 Expression Links Fetal Methylmercury Exposure to Autism Spectrum Disorder Pathogenesis
2024-Jun-22, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics12070449
PMID:39058101
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研究论文 | 这篇文章探讨了甘油醛酶1表达的降低将胎儿甲基汞暴露与自闭症谱系障碍的发病机制联系起来 | 研究揭示了甲基汞暴露对自闭症风险基因在皮层发育中的直接影响 | 具体对照组和长时间观察的数据可能不足 | 本研究旨在确定孕期甲基汞诱导早熟神经分化和异常神经发育的分子机制 | 研究对象为孕期暴露于低剂量非凋亡性甲基汞的小鼠模型 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和实时定量PCR (RT-qPCR) | NA | 基因表达数据 | 培养的胚胎放射状胶质前体细胞 (RGPs) |
| 247 | 2024-08-05 |
Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis
2024-Jun-21, Biology
DOI:10.3390/biology13070461
PMID:39056656
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研究论文 | 本文探讨了在嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其细胞间通讯的作用 | 识别出嗜酸性食管炎中至少两种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在细胞-细胞相互作用中的不同贡献 | 缺乏对成纤维细胞亚群的更详细功能和机制解析 | 研究嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的分类和其在病理过程中的作用 | 嗜酸性食管炎患者的食管活检样本及其成纤维细胞 | 数字病理学 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用了一组嗜酸性食管炎食管活检的公共单细胞RNA测序数据 |
| 248 | 2024-08-04 |
Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC
2024-Jun-26, Aging
DOI:10.18632/aging.205974
PMID:38944814
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研究论文 | 本研究整合了单细胞多组学和空间组学的数据，揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的特征 | 通过整合scRNA-seq、scATAC-seq和stRNA-seq，首次分类了功能异质性的癌细胞，并探索了其在微环境中的相互作用 | 尚未完全建立ccRCC中肿瘤内异质性的机制 | 探讨透明细胞肾细胞癌中的肿瘤内异质性及其调控网络 | 功能上异质性的癌细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | scRNA-seq, scATAC-seq, stRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 249 | 2024-08-04 |
Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance
2024-06-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03304-9
PMID:38886757
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研究论文 | 本研究探讨了使用监督机器学习模型来预测针对特定数据集的单细胞RNA测序分析管道性能 | 提出了通过分析288个scRNA-seq管道在86个数据集上的表现来预测最佳管道的可能性 | 未提及具体的局限性 | 研究预测特定数据集的最佳单细胞RNA-seq分析管道 | 288种scRNA-seq分析管道和86个数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督机器学习模型 | 单细胞RNA-seq数据 | 288个分析管道和86个数据集 |
| 250 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis of cavernous tissues reveals the key roles of pericytes in diabetic erectile dysfunction
2024-Jun-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88942
PMID:38856719
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研究论文 | 本研究通过单细胞 RNA 测序分析了海绵体组织，揭示了周细胞在糖尿病勃起功能障碍中的关键作用 | 研究发现了新的周细胞特异性标记 Limb Bud-Heart (Lbh)，表明其在糖尿病勃起功能障碍中的重要性 | 研究主要集中在小鼠和人类的海绵体组织，可能缺乏其他类型组织的全面数据 | 深入理解糖尿病条件下海绵体微环境和细胞间通讯以开发新疗法 | 研究对象包括糖尿病患者的海绵体组织和相关的细胞类型 | 数字病理学 | 糖尿病勃起功能障碍 | 单细胞 RNA 测序 | NA | RNA数据 | 研究涉及小鼠和人类的海绵体组织样本 |
| 251 | 2024-08-04 |
Gene representation bias in spatial transcriptomics
2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720024500070
PMID:39036848
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研究论文 | 本研究探讨了在空间转录组学中，与大规模RNA-seq相比，哪些基因在Visium中常常被低检测到。 | 本研究揭示了在Visium中，特定基因由于聚合酶(T)结构的影响而被低检测的潜在机制。 | 该研究基于有限的人类和小鼠样本，可能未能涵盖所有组织来源的差异。 | 识别在Visium中相比大规模RNA-seq常常低检测的基因及其潜在机制。 | 研究对象包括28个人类样本和19个小鼠样本，涉及多种组织源。 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因计数矩阵 | 28个人类样本和19个小鼠样本 |
| 252 | 2024-08-04 |
NDMNN: A novel deep residual network based MNN method to remove batch effects from scRNA-seq data
2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S021972002450015X
PMID:39036845
|
研究论文 | 提出一种名为NDMNN的新颖方法来去除scRNA-seq数据中的批次效应 | NDMNN方法结合了密集深度残差网络模型和MNN方法，显著改善了批次效应的修正 | NA | 主要研究如何有效去除单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 深度残差网络 | 数据 | NA |
| 253 | 2024-08-05 |
Enhanced abscopal anti-tumor response via a triple combination of thermal ablation, IL-21, and PD-1 inhibition therapy
2024-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03718-1
PMID:38833177
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研究论文 | 该研究探讨了热消融、IL-21和PD-1抑制治疗的三重组合在肿瘤治疗中的作用 | 研究首次探讨了热消融、IL-21和抗PD-1单克隆抗体的联合疗法对肿瘤的抗肿瘤效果 | 研究未提供不同治疗组的外部验证和临床试验数据 | 研究三重组合疗法在转移性癌症治疗中的潜力 | 探讨热消融对肿瘤浸润淋巴细胞中IL-21R表达的影响 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-08-05 |
SIRPG expression positively associates with an inflamed tumor microenvironment and response to PD-1 blockade
2024-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03737-y
PMID:38833156
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研究论文 | 本研究旨在探讨信号调节蛋白伽玛（SIRPG）与肿瘤免疫微环境表型及T细胞介导的适应性抗肿瘤免疫之间的关系 | 高SIRPG表达与癌症中的发炎免疫表型及对PD-1阻断的良好反应相关，暗示其作为预测生物标志物和新的免疫治疗靶点的潜力 | 缺乏对不同癌症类型中SIRPG功能机制的深入研究 | 探讨SIRPG与肿瘤免疫微环境及PD-1阻断反应的关系 | 对157名非小细胞肺癌和黑色素瘤患者进行分析 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 157名患者的临床数据和103,599个细胞的单细胞RNA测序数据 |
| 255 | 2024-08-04 |
The neuroblastoma tumor microenvironment: From an in-depth characterization towards novel therapies
2024-Jun, EJC paediatric oncology
DOI:10.1016/j.ejcped.2024.100161
PMID:39036648
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综述 | 本文总结了神经母细胞瘤肿瘤微环境的特征及其针对新疗法的研究进展 | 提出通过深入理解肿瘤微环境以识别新的疗法组合，特别是针对免疫逃逸和药物耐受性的组合策略 | 本文主要是对已有研究的总结，缺乏新的实验数据 | 探讨神经母细胞瘤肿瘤微环境的特征以及靶向该微环境的新疗法 | 神经母细胞瘤患者的肿瘤微环境中的免疫和非免疫细胞群体 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | 体内和体外实验模型 | 文本 | 众多相关临床试验和研究数据 |
| 256 | 2024-08-04 |
TRPV1 inhibition suppresses non-small cell lung cancer progression by inhibiting tumour growth and enhancing the immune response
2024-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00894-7
PMID:37902941
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研究论文 | 本研究探讨了TRPV1在非小细胞肺癌(NSCLC)中的作用，发现其表现为肿瘤促进因子。 | 首次明确了TRPV1在NSCLC中的促进肿瘤生长和影响免疫反应的机制。 | 缺乏长期的临床数据或患者数量的足够样本来全面评估TRPV1的作用。 | 探讨TRPV1在非小细胞肺癌中的作用及其对肿瘤进展的影响。 | 研究对象为非小细胞肺癌组织及相关细胞系。 | 数字病理学 | 肺癌 | LC-MS/MS, ELISA, 免疫组化, CCK8, 流式细胞仪, qPCR, 西方印迹 | NA | 组织样本, 细胞系 | 使用了来自TCGA数据库的多个肿瘤组织和小鼠肿瘤异种移植模型 |
| 257 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA-seq of the rare virosphere reveals the native hosts of giant viruses in the marine environment
2024-Jun, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-024-01669-y
PMID:38605173
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研究论文 | 本研究应用单细胞RNA测序方法，揭示了海洋环境中巨病毒的原生宿主 | 首次通过单细胞RNA测序技术配对活跃的巨病毒与其原生原生生物宿主 | 未能全面覆盖所有可能的宿主和巨病毒之间的相互作用 | 研究巨病毒的原生宿主及其生态重要性 | 研究在诱导的藻类 bloom 中收集的样本中，与巨病毒感染相关的宿主细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 在多个宿主谱系中检测到数百个单细胞 |
| 258 | 2024-08-05 |
The Efficacy of Imiquimod-Induced Psoriasis Model on Murine Cells
2024-Jun, Cureus
DOI:10.7759/cureus.62914
PMID:39040747
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研究论文 | 本研究集中于使用Imiquimod诱导小鼠皮肤细胞的类银屑病模型的有效性 | 本研究通过单细胞RNA测序和轨迹分析首次阐明了IMQ诱导的细胞与对照细胞在分化模式上的显著差异 | 研究指出IMQ诱导的细胞与银屑病细胞之间的差异因素仍需进一步探索 | 研究IMQ在诱导类银屑病模型中的有效性 | 小鼠的皮肤细胞 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 259 | 2024-08-05 |
ITGB2-ICAM1 axis promotes liver metastasis in BAP1-mutated uveal melanoma with retained hypoxia and ECM signatures
2024-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00908-4
PMID:38150154
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研究论文 | 这项研究探讨了ITGB2-ICAM1轴在BAP1突变的葡萄膜黑色素瘤中促进肝转移的机制 | 揭示了BAP1缺失驱动UM转移的机制，并提出了ITGB2-ICAM1轴作为潜在的治疗靶点 | 本研究主要基于小鼠模型，临床转化的可行性尚待验证 | 研究BAP1突变葡萄膜黑色素瘤中的转移机制和相关的信号通路 | 主要分析BAP1突变与转移性葡萄膜黑色素瘤的单细胞RNA测序数据和小鼠模型 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 免疫竞争性小鼠肝脏转移模型 | 基因表达数据 | 包含初级和转移性UM样本的单细胞RNA测序数据，且使用免疫小鼠模型进行实验 |
| 260 | 2024-08-05 |
[Analysis of correlation between high expression of nucleoporin 85 (NUP85) and immune cell infiltration in hepatocellular carcinoma]
2024-Jun, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:38952090
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研究论文 | 该研究探讨了核孔蛋白85（NUP85）在肝细胞癌中的表达及其与免疫反应的相关性 | 首次系统分析了NUP85在HCC中高表达与免疫细胞浸润的相关性，并提出其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 本研究的局限性在于使用的数据库和分析方法可能存在的数据偏差 | 研究NUP85在肝细胞癌中的意义及其与免疫反应的关系 | 肝细胞癌（HCC）样本中的NUP85表达及其相关基因 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序，基因表达分析 | NA | mRNA和蛋白数据 | 涉及HCC样本的突变率为19% |