单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-07	An attenuated lymphocytic choriomeningitis virus vector enhances tumor control in mice partly via IFN-I 2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178945 PMID:38861331	研究论文	研究报道了一种基于减毒淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（r3LCMV）的非裂解性病毒载体在多种肿瘤模型中显著增强肿瘤控制和提高生存率的效果	首次展示了r3LCMV病毒载体在免疫缺陷小鼠模型中的肿瘤控制效果，并揭示了宿主内在的IFN-I在其抗肿瘤功效中的关键作用	文章未明确提及具体的局限性	探索和验证新型病毒载体在癌症治疗中的应用效果	肿瘤模型中的小鼠	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个肿瘤模型中的小鼠
242	2024-08-07	PIK3CA inhibition in models of proliferative glomerulonephritis and lupus nephritis 2024-Jun-06, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176402 PMID:38842935	研究论文	本文通过使用多种遗传工程小鼠模型、单细胞RNA测序和空间转录组学，展示了PIK3CA通路在增殖性肾小球肾炎发展中的关键作用，并证明了PI3Kα抑制剂alpelisib在不同小鼠模型中改善肾小球病变和肾功能的效果。	首次揭示了PI3Kα抑制剂在增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎中的双重作用，不仅影响足细胞，还影响免疫系统。	研究主要基于小鼠模型和从活动性狼疮性肾炎患者中分离的人淋巴细胞，尚未在更广泛的人类患者群体中进行验证。	探讨PIK3CA抑制在增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎中的作用及其机制。	增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎的小鼠模型及活动性狼疮性肾炎患者的人淋巴细胞。	NA	肾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	多种遗传工程小鼠模型及活动性狼疮性肾炎患者的人淋巴细胞
243	2024-08-07	DeepIMAGER: Deeply Analyzing Gene Regulatory Networks from scRNA-seq Data 2024-Jun-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070766 PMID:39062480	研究论文	本文介绍了一种名为DeepIMAGER的高级计算工具，用于通过深度学习和数据集成推断细胞特异性基因调控网络（GRNs）	DeepIMAGER通过将基因对的共表达模式转换为图像样表示，并利用转录因子（TF）结合信息进行模型训练，提高了GRN推断的准确性和鲁棒性	NA	研究目的是开发一种新的计算工具，以提高从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断基因调控网络的准确性	研究对象包括多种细胞类型的基因调控网络和转录因子	机器学习	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, ChIP-seq	深度学习模型	图像, 基因表达数据	涉及六种细胞系的scRNA-seq和ChIP-seq数据
244	2024-08-07	Single-cell landscape of immunological responses in elderly patients with sepsis 2024-Jun-22, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00446-z PMID:38909272	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了年轻和老年脓毒症患者的外周血样本，探讨了免疫细胞的转录组特征及其在老年脓毒症患者中的变化	首次揭示了老年脓毒症患者中免疫细胞的表型转变、表达异质性及细胞间通讯，并发现了HLA-KIR的新型相互作用	NA	探究老年脓毒症患者免疫反应的病理机制	老年脓毒症患者的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和老年脓毒症患者的外周血样本
245	2024-08-04	Pharmacological Improvement of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Function Rescues Airway Epithelial Homeostasis and Host Defense in Children with Cystic Fibrosis 2024-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202310-1836OC PMID:38259174	研究论文	该研究探讨了药理改善囊性纤维化转膜导管调节因子（CFTR）功能对儿童囊性纤维化患者上呼吸道上皮稳态和宿主防御的影响	首次在单细胞水平上揭示了ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮和免疫细胞转录组的影响	仅在小样本的儿童群体中进行观察，结果可能无法推广到更广泛的人群	研究ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮细胞和免疫细胞的机制	儿童囊性纤维化患者的鼻拭子样本	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	13名囊性纤维化儿童和12名健康儿童
246	2024-08-04	Glioma hexokinase 3 positively correlates with malignancy and macrophage infiltration 2024-Jun, Metabolic brain disease IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11011-023-01333-0 PMID:38687460	研究论文	这项研究全面评估了HK3在胶质瘤中的表达分布和免疫学效应	首次系统研究HK3与胶质瘤肿瘤微环境特征的关系	研究主要基于公共数据库，可能存在数据的不完整性和偏倚	探讨HK3在胶质瘤中的作用及其与肿瘤微环境的关系	胶质瘤患者样本和癌症相关公共数据集	数字病理学	胶质瘤	免疫组化技术、单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了来自GTEx、CCLE、TCGA和CGGA的数据集
247	2024-08-05	Impact of tumour stroma-immune interactions on survival prognosis and response to neoadjuvant chemotherapy in bladder cancer 2024-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105152 PMID:38728838	研究论文	本研究探讨了肿瘤基质与免疫相互作用对膀胱癌存活预后和新辅助化疗反应的影响	开发了一种基于影像组学特征的肿瘤基质预测模型，用于非侵入性评估膀胱癌患者的肿瘤基质比例	研究为回顾性分析，可能受制于已有数据的局限性	研究肿瘤基质与免疫相互作用对膀胱癌患者临床结果的影响	830名膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	RNA测序、免疫组化、单细胞RNA测序、影像组学	NA	临床数据	830
248	2024-08-05	Macrophage biomimetic nanoparticle-targeted functional extracellular vesicle micro-RNAs revealed via multiomics analysis alleviate sepsis-induced acute lung injury 2024-Jun-23, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02597-z PMID:38910259	研究论文	这项研究通过多组学分析识别功能性细胞外囊泡小RNA，并探寻其在脓毒症诱导的急性肺损伤中的作用	提出了一种新方法来筛选功能性EV-miRNAs，并强调了巨噬细胞来源EV在急性肺损伤中的关键作用	尚未明确揭示更有效的EV-miRNA作为治疗靶标的策略	研究脓毒症患者的急性肺损伤中，细胞外囊泡小RNA的功能性及其治疗潜力	脓毒症患者的血清EV微RNA档案及对应器官的单细胞RNA测序	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序和多组学分析	NA	RNA数据	涉及脓毒症患者的血清和小鼠模型
249	2024-08-04	The crosstalk role of CDKN2A between tumor progression and cuproptosis resistance in colorectal cancer 2024-06-17, Aging DOI:10.18632/aging.205945 PMID:38888512	研究论文	本文探讨了CDKN2A在结直肠癌中与肿瘤进展及杯死亡抗性之间的相互作用	揭示了CDKN2A通过调节糖酵解和铜稳态在杯死亡抗性中的作用，并与肿瘤恶性表型和促进肿瘤微环境相关联	尚未明确CDKN2A在杯死亡抗性及其与肿瘤发展的具体机制	综合研究CDKN2A在结直肠癌细胞中的分布、表达及其与肿瘤进展的关系	结直肠癌细胞及其相关的细胞通路和免疫浸润	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序、空间转录组学、病理图像分析、TCGA多组学分析	NA	NA	NA
250	2024-08-05	Identification of JUN gene and cellular microenvironment in response to PD-1 blockade treatment in lung cancer patients via single-cell RNA sequencing 2024-06-13, Aging DOI:10.18632/aging.205932 PMID:38874497	研究论文	本研究探讨了JUN基因及细胞微环境在肺癌患者PD-1阻断治疗中的反应	提出了肿瘤微环境中的细胞类型通过特定基因影响PD-1阻断免疫疗法效果的假设，并识别了JUN基因作为PD-1反应生物标志物	目前对PD-1阻断治疗反应的生物标志物仍然有限	探索非小细胞肺癌中PD-1/PDL-1阻断的分子机制	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织数据	肺腺癌患者的组织样本，具体样本数量未提及
251	2024-08-04	A Review of the Application of Spatial Transcriptomics in Neuroscience 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00603-4 PMID:38374297	综述	这篇文章回顾了空间转录组学在神经科学中的应用	全面概述了空间转录组学在神经科学中的关键方法、数据资源和技术应用	缺乏对空间转录组学在神经科学中的深入研究	调查空间转录组学在神经科学中的应用和发展方向	空间转录组学数据分析方法及其在神经科学中的应用	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	数据分析方法	NA
252	2024-08-05	scEM: A New Ensemble Framework for Predicting Cell Type Composition Based on scRNA-Seq Data 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00601-y PMID:38368575	研究论文	本研究提出了一种新颖的集成框架scEM，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞类型组成	提出了一种新的集成细胞类型识别方法scEM，通过熵权法学习共识相似性矩阵，弥补了当前方法的不足	缺乏对不同数据集和性能指标的标准化比较分析	研究旨在填补细胞类型组成预测领域的分析空白	对20种先进的无监督细胞类型识别方法进行评估	计算机视觉	NA	scRNA-seq	集成模型	真实scRNA-seq数据集	24个不同规模的真实scRNA-seq数据集
253	2024-08-05	Inference of Gene Regulatory Networks Based on Multi-view Hierarchical Hypergraphs 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00604-3 PMID:38342857	研究论文	该文章提出了一种基于多视图层次超图的基因调控网络推断模型	引入了多视图层次超图，以整合多个异质生物信息，模型更好地捕捉多对多的复杂调节关系	尚未提及具体限制。	旨在改善基因调控网络的推断准确性	使用大肠杆菌和酿酒酵母的数据集进行实验验证	计算生物学	NA	超图卷积网络	层次超图模型	基因表达数据	对5个小鼠和2个人类细胞系的scRNA-seq数据集进行了分析
254	2024-08-05	Dimethyl Fumarate Mediates Sustained Vascular Smooth Muscle Cell Remodeling in a Mouse Model of Cerebral Aneurysm 2024-Jun-27, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13070773 PMID:39061841	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸在小鼠脑动脉瘤模型中对血管平滑肌细胞(VSMCs)的影响	文章创新点在于首次揭示了二甲基富马酸对VSMCs的抑制作用与抗氧化功能紊乱之间的关联	尚未调查二甲基富马酸对VSMCs功能的潜在副作用	研究二甲基富马酸对脑动脉瘤诱导后VSMCs的影响	脑动脉瘤诱导后圈状动脉(VSMCs)中的单细胞RNA测序	数字病理学	脑动脉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	细胞数据	小鼠模型中未具体说明样本数量
255	2024-08-05	Reduction of Glyoxalase 1 Expression Links Fetal Methylmercury Exposure to Autism Spectrum Disorder Pathogenesis 2024-Jun-22, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics12070449 PMID:39058101	研究论文	这篇文章探讨了甘油醛酶1表达的降低将胎儿甲基汞暴露与自闭症谱系障碍的发病机制联系起来	研究揭示了甲基汞暴露对自闭症风险基因在皮层发育中的直接影响	具体对照组和长时间观察的数据可能不足	本研究旨在确定孕期甲基汞诱导早熟神经分化和异常神经发育的分子机制	研究对象为孕期暴露于低剂量非凋亡性甲基汞的小鼠模型	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和实时定量PCR (RT-qPCR)	NA	基因表达数据	培养的胚胎放射状胶质前体细胞 (RGPs)
256	2024-08-04	Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC 2024-Jun-26, Aging DOI:10.18632/aging.205974 PMID:38944814	研究论文	本研究整合了单细胞多组学和空间组学的数据，揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的特征	通过整合scRNA-seq、scATAC-seq和stRNA-seq，首次分类了功能异质性的癌细胞，并探索了其在微环境中的相互作用	尚未完全建立ccRCC中肿瘤内异质性的机制	探讨透明细胞肾细胞癌中的肿瘤内异质性及其调控网络	功能上异质性的癌细胞	数字病理学	肾癌	scRNA-seq, scATAC-seq, stRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
257	2024-08-04	Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance 2024-06-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03304-9 PMID:38886757	研究论文	本研究探讨了使用监督机器学习模型来预测针对特定数据集的单细胞RNA测序分析管道性能	提出了通过分析288个scRNA-seq管道在86个数据集上的表现来预测最佳管道的可能性	未提及具体的局限性	研究预测特定数据集的最佳单细胞RNA-seq分析管道	288种scRNA-seq分析管道和86个数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习模型	单细胞RNA-seq数据	288个分析管道和86个数据集
258	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis of cavernous tissues reveals the key roles of pericytes in diabetic erectile dysfunction 2024-Jun-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88942 PMID:38856719	研究论文	本研究通过单细胞 RNA 测序分析了海绵体组织，揭示了周细胞在糖尿病勃起功能障碍中的关键作用	研究发现了新的周细胞特异性标记 Limb Bud-Heart (Lbh)，表明其在糖尿病勃起功能障碍中的重要性	研究主要集中在小鼠和人类的海绵体组织，可能缺乏其他类型组织的全面数据	深入理解糖尿病条件下海绵体微环境和细胞间通讯以开发新疗法	研究对象包括糖尿病患者的海绵体组织和相关的细胞类型	数字病理学	糖尿病勃起功能障碍	单细胞 RNA 测序	NA	RNA数据	研究涉及小鼠和人类的海绵体组织样本
259	2024-08-04	Gene representation bias in spatial transcriptomics 2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720024500070 PMID:39036848	研究论文	本研究探讨了在空间转录组学中，与大规模RNA-seq相比，哪些基因在Visium中常常被低检测到。	本研究揭示了在Visium中，特定基因由于聚合酶(T)结构的影响而被低检测的潜在机制。	该研究基于有限的人类和小鼠样本，可能未能涵盖所有组织来源的差异。	识别在Visium中相比大规模RNA-seq常常低检测的基因及其潜在机制。	研究对象包括28个人类样本和19个小鼠样本，涉及多种组织源。	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	基因计数矩阵	28个人类样本和19个小鼠样本
260	2024-08-04	NDMNN: A novel deep residual network based MNN method to remove batch effects from scRNA-seq data 2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S021972002450015X PMID:39036845	研究论文	提出一种名为NDMNN的新颖方法来去除scRNA-seq数据中的批次效应	NDMNN方法结合了密集深度残差网络模型和MNN方法，显著改善了批次效应的修正	NA	主要研究如何有效去除单细胞RNA测序数据中的批次效应	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度残差网络	数据	NA