单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 544 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-09-14 |
scGrapHiC: deep learning-based graph deconvolution for Hi-C using single cell gene expression
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae223
PMID:38940151
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的图解卷积框架scGrapHiC，用于利用单细胞基因表达数据预测伪批量scHi-C接触图 | scGrapHiC通过图解卷积从批量Hi-C接触图中提取全基因组单细胞相互作用，并使用scRNA-seq作为指导信号，显著提高了细胞类型特异性拓扑关联域的恢复率 | NA | 开发一种新的方法，利用广泛可用的基因组信号生成细胞类型特异性的scHi-C接触图，以研究细胞类型特异性的染色质相互作用 | 单细胞Hi-C数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图解卷积 | 基因组数据 | 七个细胞类型共检测数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 242 | 2024-09-14 |
Forseti: a mechanistic and predictive model of the splicing status of scRNA-seq reads
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae207
PMID:38940130
|
研究论文 | 本文开发了一种名为Forseti的机械性和预测性模型，用于确定单细胞RNA测序读取的剪接状态 | Forseti模型通过结合绑定亲和力模型和稳健的片段长度分布模型，能够概率性地分配剪接状态，从而提高下游分析的准确性和置信度 | NA | 开发一种能够准确预测单细胞RNA测序读取剪接状态的模型 | 单细胞RNA测序数据中的剪接状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 243 | 2024-09-14 |
HE2Gene: image-to-RNA translation via multi-task learning for spatial transcriptomics data
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae343
PMID:38837395
|
研究论文 | 本文提出了一种基于多任务学习的图像到RNA翻译方法HE2Gene，用于空间转录组数据 | HE2Gene是首个能够预测数万个点级基因表达并结合病理注释的多任务学习方法 | 现有计算工具仅限于预测少数基因，且大多数方法设计用于批量RNA-seq | 探索组织形态与基因表达之间的定量联系 | H&E染色图像和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 多任务学习 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 244 | 2024-09-14 |
scCross: efficient search for rare subpopulations across multiple single-cell samples
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae371
PMID:38889273
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scCross的双聚类方法，用于在多个单细胞样本中高效搜索稀有亚群 | scCross通过全局求和准则而非个体细胞间的成对比较，联合识别具有特定标记基因的细胞群，从而在处理scRNA-seq数据的高变异性和批次效应时表现出鲁棒性 | NA | 旨在解决在聚合多个单细胞样本时，由于批次效应导致的稀有细胞类型识别困难的问题 | 单细胞RNA测序数据中的稀有细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞样本，包括肺癌细胞和人类胰腺样本 | NA | NA | NA | NA |
| 245 | 2024-09-14 |
Spatial Transcriptomics in a Case of Follicular Thyroid Carcinoma Reveals Clone-Specific Dysregulation of Genes Regulating Extracellular Matrix in the Invading Front
2024-Jun, Endocrine pathology
IF:11.3Q1
DOI:10.1007/s12022-024-09798-0
PMID:38280140
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术详细分析了滤泡性甲状腺癌（FTC）的侵袭前沿和中央惰性核心区域的转录组图谱 | 首次使用Visium空间基因表达平台对FTC进行2D全局转录组映射，揭示了侵袭性克隆在ECM重塑和上皮间质转化（EMT）相关基因表达上的显著失调 | 研究仅限于单个FTC病例，结果的普适性有待进一步验证 | 揭示滤泡性甲状腺癌侵袭前沿的分子信号机制 | 滤泡性甲状腺癌的侵袭前沿和中央惰性核心区域 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 四个6 × 6 mm的FTC区域，包括侵袭前沿和中央核心区域 | NA | NA | NA | NA |
| 246 | 2024-09-13 |
Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174746
PMID:38869957
|
研究论文 | 研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制 | 首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制 | 研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证 | 探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制 | 肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 247 | 2024-09-13 |
Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546927
PMID:37425795
|
研究论文 | 本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性 | 首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略 | NA | 探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用 | 乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 248 | 2024-09-11 |
DRA involvement in linaclotide-stimulated bicarbonate secretion during loss of CFTR function
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172364
PMID:38869953
|
研究论文 | 研究了在CFTR功能丧失的情况下，linaclotide对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制 | 发现linaclotide在CFTR功能丧失的情况下仍能刺激十二指肠碳酸氢盐分泌，并揭示了DRA在这一过程中的补偿作用 | 研究主要基于小鼠和人类十二指肠样本，未涉及更大规模的人体临床试验 | 探讨linaclotide在CFTR功能丧失时对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制 | 小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验 | NA | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验 | NA | NA | NA | NA |
| 249 | 2024-09-11 |
SFTPB in serum extracellular vesicles as a biomarker of progressive pulmonary fibrosis
2024-Jun-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177937
PMID:38855869
|
研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析血清外泌体，发现肺表面活性物质相关蛋白B（SFTPB）作为渐进性肺纤维化（PPF）的潜在生物标志物 | 首次发现SFTPB在血清外泌体中作为预测间质性肺病进展的独立预后因子，优于已知的生物标志物KL-6和SP-D | 研究仅在两个队列中验证了SFTPB的预测效用，需要更多样本和队列验证其普适性 | 寻找渐进性肺纤维化的早期检测生物标志物 | 血清外泌体中的蛋白质，特别是SFTPB及其前体形式 | NA | 肺纤维化 | 蛋白质组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质数据 | 两个队列的样本，包括血清外泌体和血清样本 | NA | NA | NA | NA |
| 250 | 2024-09-11 |
Transcriptomic Analysis of the Spatiotemporal Axis of Oogenesis and Fertilization in C. elegans
2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.03.597235
PMID:38895354
|
研究论文 | 本文对秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞形成过程进行了转录组水平分析 | 通过单细胞RNA测序技术，深入分析了不同阶段的卵母细胞转录组，揭示了基因表达和剪接事件的详细变化，并提供了卵母细胞形成过程的新见解 | NA | 研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成和受精过程中的时空轴转录组变化 | 秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞和受精卵 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个不同阶段的卵母细胞和受精卵 | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2024-09-06 |
A Novel Mechanism of MSCs Responding to Occlusal Force for Bone Homeostasis
2024-06, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241236120
PMID:38665065
|
研究论文 | 研究了咬合力对骨稳态的影响机制，特别是MSC在失去咬合力后对牙槽骨的影响 | 首次揭示了咬合力通过Yap/Taz/Ptn轴调控MSC介导的血管生成，从而维持牙槽骨稳态的机制 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨失去咬合力后牙槽骨损失的机制 | 鼠牙槽骨中的非造血细胞（CD45细胞） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠牙槽骨中的非造血细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 252 | 2024-09-06 |
Single cell transcriptomics reveals distinct transcriptional responses to oxycodone and buprenorphine by iPSC-derived brain organoids from patients with opioid use disorder
2024-Jun, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01837-8
PMID:36302966
|
研究论文 | 研究使用单细胞转录组学分析了来自阿片类药物使用障碍患者的iPSC衍生的脑类器官对羟考酮和丁丙诺啡的不同转录反应 | 首次在单细胞水平上揭示了羟考酮和丁丙诺啡对iPSC衍生的脑类器官的不同转录反应，特别是丁丙诺啡对胶质细胞的显著影响和羟考酮诱导的I型干扰素信号 | 研究仅限于男性OUD患者，样本量较小，且仅进行了7天的药物处理 | 探讨阿片类药物对脑细胞类型功能的单细胞水平调控机制 | 来自阿片类药物使用障碍患者的iPSC衍生的脑类器官 | 单细胞转录组学 | 阿片类药物使用障碍 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | Seurat整合分析管道 | 转录组数据 | 3名男性OUD患者 | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2024-09-05 |
Oncogenic Cell Tagging and Single-Cell Transcriptomics Reveal Cell Type-Specific and Time-Resolved Responses to Vhl Inactivation in the Kidney
2024-Jun-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3248
PMID:38502859
|
研究论文 | 本研究通过肿瘤细胞标记和单细胞转录组学技术，纵向研究了von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞类型特异性及时间解析反应的影响。 | 本研究采用了一种实验策略，即在细胞自然环境中生成携带遗传改变的细胞，进行标记并随时间分析，以理解致癌过程。 | NA | 旨在定义肿瘤发生初期的细胞反应，以理解癌症的起始。 | von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞的影响。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-09-01 |
Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina
2024-Jun, Molecular and cellular neurosciences
DOI:10.1016/j.mcn.2024.103932
PMID:38679247
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了蛋白磷酸酶在正常和受损鸡视网膜中对穆勒胶质细胞向穆勒胶质源性前体细胞转化的调控作用 | 首次详细研究了蛋白磷酸酶在穆勒胶质细胞转化过程中的作用，并揭示了不同磷酸酶对前体细胞形成的不同影响 | 研究主要集中在鸡视网膜模型，可能需要进一步在其他物种中验证结果 | 探讨蛋白磷酸酶在视网膜中对穆勒胶质细胞向穆勒胶质源性前体细胞转化的调控作用 | 鸡视网膜中的穆勒胶质细胞及其前体细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个类型的视网膜神经元及穆勒胶质细胞和穆勒胶质源性前体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 255 | 2024-09-01 |
Macrophages upregulate mural cell-like markers and support healing of ischemic injury by adopting functions important for vascular support
2024-Jun, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00478-0
PMID:39196227
|
研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞在缺血性损伤后是否采取壁细胞表型，以促进组织修复 | 首次通过单细胞RNA测序证实巨噬细胞在缺血性肌肉中向壁细胞转变，并发现这一转变对血管成熟和功能恢复至关重要 | 研究主要在鼠模型中进行，未来需在人类样本中验证这些发现 | 探究巨噬细胞在缺血性损伤后的功能转变及其对组织修复的影响 | 巨噬细胞在缺血性肌肉中的表型转变及其功能相关性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠肌肉中的巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 256 | 2024-08-30 |
A practical guide to spatial transcriptomics
2024-06, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2024.101276
PMID:38776574
|
综述 | 本文是一篇关于空间转录组学的实用指南，旨在为研究人员提供关于已商业化的技术及其应用的最新信息 | 介绍了空间转录组学领域的快速发展及其在多个学科中的应用，特别是已商业化的技术 | 文章主要关注已商业化的技术，可能未涵盖所有新兴技术 | 为研究人员提供空间转录组学技术的基本原理、数据分析挑战、实验考虑因素以及方法选择指南 | 空间转录组学技术及其在生物学和疾病研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 257 | 2024-08-24 |
Integrated Analysis Construct a Tumor-Associated Macrophage Novel Signature with Promising Implications in Predicting the Prognosis and Immunotherapeutic Response of Gastric Cancer Patients
2024-Jun, Digestive diseases and sciences
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s10620-024-08365-1
PMID:38573378
|
研究论文 | 本研究通过综合分析构建了一个与肿瘤相关巨噬细胞（TAM）相关的新型风险特征，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | 开发了一个基于TAM的九基因风险特征，能够准确预测胃癌的预后，并为临床诊断、预测和免疫治疗提供新的视角 | NA | 研究TAM在胃癌中的特征，并开发基于TAM的风险特征以预测胃癌患者的预后 | 胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞（TAM）及其相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 258 | 2024-08-23 |
Differential expression and prognostic value of TLR4 in kidney renal clear cell carcinoma
2024-Jun, Molecular and cellular probes
IF:2.3Q4
DOI:10.1016/j.mcp.2024.101959
PMID:38579915
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据结合体外研究，评估了TLR4在肾透明细胞癌中的表达及其预后价值 | 首次详细探讨了TLR4在肾透明细胞癌中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并发现TLR4在女性患者中具有保护作用 | 研究仅在特定细胞系和性别中进行了分析，可能需要更多的样本和性别来验证结果 | 评估TLR4在肾透明细胞癌中的表达及其预后价值 | TLR4在肾透明细胞癌中的表达及其与免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 259 | 2024-08-23 |
Bone marrow CD8+ Trm cells induced by IL-15 and CD16+ monocytes contribute to HSPC destruction in human severe aplastic anemia
2024-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2024.110223
PMID:38636890
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了严重再生障碍性贫血（SAA）患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMCs）和骨髓单个核细胞（BMMCs），发现骨髓中的CD8 Trm细胞通过高表达IFN-γ和FasL，增强了对造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的诱导凋亡能力。 | 首次揭示了IL-15诱导的CD8 Trm细胞在SAA患者中作为病理性细胞，介导HSPC破坏的机制。 | NA | 探究严重再生障碍性贫血（SAA）中T细胞诱导的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）破坏的机制。 | 严重再生障碍性贫血（SAA）患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMCs）和骨髓单个核细胞（BMMCs）。 | NA | 再生障碍性贫血 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 严重再生障碍性贫血（SAA）患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMCs）和骨髓单个核细胞（BMMCs） | NA | NA | NA | NA |
| 260 | 2024-08-22 |
SLC44A2 regulates vascular smooth muscle cell phenotypic switching and aortic aneurysm
2024-Jun-25, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173690
PMID:38916960
|
研究论文 | 本文研究了SLC44A2在血管平滑肌细胞表型转换和主动脉瘤中的作用 | 首次揭示了SLC44A2通过与NRP1和ITGB3相互作用激活TGF-β/SMAD信号通路，从而调控血管平滑肌细胞的表型转换 | NA | 探讨SLC44A2在主动脉瘤中的作用及其机制 | SLC44A2在血管平滑肌细胞中的表达及其对主动脉瘤的影响 | 心血管疾病 | 主动脉瘤 | 微阵列和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括腹主动脉瘤患者和Ang II诱导的Apoe-/-小鼠的主动脉组织 | NA | NA | NA | NA |