单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 544 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-10-24 |
Spatial Single-cell Analysis Decodes Cortical Layer and Area Specification
2024-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.05.597673
PMID:38915567
|
研究论文 | 本文利用多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）和基于深度学习的细胞分割技术，研究了人类胎儿皮质在空间分辨单细胞水平上的分子、细胞和细胞结构发育 | 本文首次揭示了在妊娠中期之前，皮质层结构的早期建立，并发现了视觉皮质区域之间分子边界的突然转变，挑战了连续形态发生素梯度决定皮质区域化的传统观点 | NA | 研究人类大脑皮质层和区域分子特化的空间关系 | 人类胎儿皮质在不同妊娠阶段的分子、细胞和细胞结构发育 | 数字病理学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH） | 深度学习 | 空间单细胞数据 | 1600万单细胞，涵盖八个皮质区域，跨越妊娠第二和第三孕期的四个时间点 | NA | NA | NA | NA |
| 222 | 2024-10-24 |
Comprehensive single cell transcriptomics analysis of murine osteosarcoma uncovers Skp2 function in metastasis, genomic instability and immune activation and reveals additional target pathways
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.597347
PMID:38895216
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析小鼠骨肉瘤，揭示了Skp2在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并发现了其他潜在的靶向通路 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，系统分析了Skp2在小鼠骨肉瘤中的功能，揭示了其在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并发现了新的治疗靶点 | 本文主要基于小鼠模型进行研究，其结果在人类患者中的适用性需要进一步验证 | 研究Skp2在小鼠骨肉瘤中的功能及其在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并寻找新的治疗靶点 | 小鼠骨肉瘤模型中的Skp2功能及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠骨肉瘤模型中的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 223 | 2024-10-24 |
Inhibition of the Eukaryotic Initiation Factor-2-α Kinase PERK Decreases Risk of Autoimmune Diabetes in Mice
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.06.561126
PMID:38895427
|
研究论文 | 研究通过抑制eIF2α激酶PERK来减少小鼠自身免疫性糖尿病的风险 | 首次证明抑制PERK可以逆转人类胰岛中mRNA翻译的阻断，延迟糖尿病的发病，减少胰岛炎症并保护β细胞数量 | 研究仅在T1D易感小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨通过抑制PERK来预防或延迟自身免疫性1型糖尿病的发展 | T1D易感小鼠的胰岛和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序，空间蛋白质组学 | NA | RNA，蛋白质 | T1D易感小鼠的胰岛样本 | NA | NA | NA | NA |
| 224 | 2024-10-24 |
Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations
2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.596337
PMID:38854060
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群 | 开发了clusterCleaver工具，利用统计距离度量来识别单细胞RNA测序数据中的候选表面标记物，用于FACS分离 | NA | 研究肿瘤内异质性癌细胞亚群的功能和动态变化 | 乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MDA-MB-436中的异质性癌细胞亚群 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | MDA-MB-231和MDA-MB-436乳腺癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 225 | 2024-10-12 |
Myelin-associated oligodendrocytic basic protein-dependent myelin repair confers the long-lasting antidepressant effect of ketamine
2024-Jun, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-023-02288-5
PMID:37848708
|
研究论文 | 研究探讨了氯胺酮的长期抗抑郁效果与其对髓鞘修复的影响之间的关系 | 首次揭示了髓鞘相关蛋白（Mobp）在氯胺酮长期抗抑郁效果中的关键作用，并发现(R)-氯胺酮比(S)-氯胺酮在髓鞘修复中具有更强的效果 | 研究仅在慢性社会挫败应激的小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨氯胺酮长期抗抑郁效果的机制及其与髓鞘修复的关系 | 小鼠的脑部髓鞘修复及氯胺酮的抗抑郁效果 | NA | NA | 空间转录组学（ST） | NA | 基因表达数据 | 慢性社会挫败应激的小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 226 | 2024-10-12 |
Nature of epigenetic aging from a single-cell perspective
2024-Jun, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00616-0
PMID:38724733
|
研究论文 | 本文从单细胞角度研究了表观遗传衰老的本质 | 本文通过对比小鼠组织和单细胞DNA甲基化在早期发育和成年衰老过程中的变化，揭示了表观遗传衰老的协同调控和随机成分，并提出了一个用于识别协同调控和随机CpG簇的单细胞算法 | NA | 阐明表观遗传衰老的本质 | 小鼠的组织和单细胞DNA甲基化 | 表观遗传学 | NA | DNA甲基化分析，单细胞RNA测序 | NA | DNA甲基化数据，RNA测序数据 | 小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 227 | 2024-10-12 |
Analyses of the autism-associated neuroligin-3 R451C mutation in human neurons reveal a gain-of-function synaptic mechanism
2024-Jun, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01834-x
PMID:36280753
|
研究论文 | 研究了与自闭症相关的neuroligin-3 R451C突变在人类神经元中的功能获得性突触机制 | 首次研究了NLGN3 R451C突变对人类神经元的影响，并揭示了其在兴奋性突触传递中的功能获得性增强 | 研究主要集中在体外和移植到小鼠脑内的神经元，缺乏直接的人体研究 | 探讨NLGN3 R451C突变在人类神经元中的突触功能及其对自闭症谱系障碍（ASD）病理生理的影响 | NLGN3 R451C突变和NLGN3敲除的人类神经元 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及NLGN3 R451C突变和NLGN3敲除的人类神经元样本 | NA | NA | NA | NA |
| 228 | 2024-10-08 |
UPK3A+ umbrella cell damage mediated by TLR3-NR2F6 triggers programmed destruction of urothelium in Hunner-type interstitial cystitis/painful bladder syndrome
2024-06, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6275
PMID:38551071
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了Hunner型间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并提出了针对UPK3A伞细胞损伤的关键信号通路的治疗策略 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了Hunner型间质性膀胱炎中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并确定了TLR3-NR2F6轴作为潜在的治疗靶点 | 治疗效果有限，缺乏对特定细胞类型和分子靶点的充分理解 | 揭示Hunner型间质性膀胱炎中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并寻找潜在的治疗靶点 | Hunner型间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中的尿路上皮细胞 | NA | 膀胱疼痛综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | HIC膀胱中的尿路上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 229 | 2024-10-07 |
Inferring single-cell spatial gene expression with tissue morphology via explainable deep learning
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.12.598686
PMID:38915550
|
研究论文 | 开发了一种基于视觉变换器（ViT）的框架SPiRiT，用于推断单细胞空间基因表达，并结合组织形态学信息 | 提出了SPiRiT框架，通过整合交叉验证和模型解释在超参数调优中，显著提高了预测准确性，并揭示了ViT模型用于预测基因表达的高分辨率高关注区域（HAR） | NA | 探索利用组织形态学信息推断单细胞空间基因表达的可行性 | 人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 视觉变换器（ViT） | 视觉变换器（ViT） | 图像 | 人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片，评估数据来自Xenium（10x Genomics）数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 230 | 2024-10-04 |
Integrated analyses reveal the diagnostic and predictive values of COL5A2 and association with immune environment in Crohn's disease
2024-06, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00276-5
PMID:38789829
|
研究论文 | 研究通过综合分析揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值及其与免疫环境的关联 | 首次揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值，并探讨了其与免疫环境的关联 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 探讨克罗恩病中免疫细胞异常及其与COL5A2的关联，以寻找潜在的诊断和预测标志物 | 克罗恩病患者的单细胞和批量RNA测序数据，以及COL5A2的表达和功能 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），免疫组化（IHC） | NA | RNA | 克罗恩病患者和对照组的RNA测序数据，具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 231 | 2024-10-02 |
Arrestin beta-2 deficiency exacerbates periodontal inflammation by mediating activating transcription factor 6 activation and abnormal remodelling of the extracellular matrix
2024-06, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.13952
PMID:38267365
|
研究论文 | 研究了arrestin beta-2 (ARRB2)在牙周炎进展中的具体作用及其机制 | 揭示了ARRB2通过抑制ATF6信号通路介导的细胞外基质重塑对牙周组织的保护作用 | NA | 探讨ARRB2在牙周炎进展中的作用及其机制 | 牙周炎患者和健康对照者的牙周组织 | NA | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、实时定量聚合酶链反应、Western blotting、免疫组织化学染色 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 232 | 2024-09-27 |
Lysophospholipid Acyltransferase 9 Promotes Emphysema Formation via Platelet-activating Factor
2024-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0253OC
PMID:38377392
|
研究论文 | 研究LPLAT9通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制 | 首次揭示了LPLAT9在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用及其通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证 | 探讨LPLAT9在COPD发病机制中的作用 | LPLAT9基因表达、单细胞RNA测序数据、肺泡巨噬细胞 | NA | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | LPLAT9敲除小鼠和对照小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 233 | 2024-09-26 |
Single-Cell Sequencing: High-Resolution Analysis of Cellular Heterogeneity in Autoimmune Diseases
2024-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s12016-024-09001-6
PMID:39186216
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的创新应用及其对疾病诊断和精准治疗的影响 | 单细胞测序技术能够以高分辨率分析细胞异质性，揭示驱动疾病进展的分子机制 | 尽管单细胞测序技术在自身免疫性疾病中有广泛应用，但仍存在一些局限性 | 研究单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的应用，以揭示其发病机制和治疗靶点 | 自身免疫性疾病中的细胞异质性和分子机制 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组、表观基因组或转录组信息 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 234 | 2024-09-25 |
Single Cell Analysis of Peripheral TB-Associated Granulomatous Lymphadenitis
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.596301
PMID:38853908
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了结核病患者淋巴结中的细胞类型及其通信网络 | 首次使用单细胞RNA测序技术检测结核分枝杆菌RNA转录本，并将其与宿主细胞的转录组关联，识别单个感染细胞 | 样本量较小，仅涉及23名患者 | 研究结核病患者淋巴结中的细胞组成及其通信网络 | 结核病患者的淋巴结组织 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 23名结核病患者 | NA | NA | NA | NA |
| 235 | 2024-09-25 |
Cholesterol efflux from C1QB-expressing macrophages is associated with resistance to chimeric antigen receptor T cell therapy in primary refractory diffuse large B cell lymphoma
2024-Jun-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49495-4
PMID:38890370
|
研究论文 | 研究报告了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流与原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对嵌合抗原受体T细胞疗法的抵抗性之间的关系 | 首次揭示了C1QB表达的巨噬细胞中胆固醇外流通过诱导CD8 T细胞的免疫抑制状态，导致其衰竭，从而抑制CAR-T细胞的细胞毒性 | 研究样本量较小，仅包括12名患者，可能影响结果的普适性 | 探讨原发性难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤对CAR-T细胞疗法的抵抗机制 | C1QB表达的巨噬细胞、CAR-T细胞、CD8 T细胞 | 免疫学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 236 | 2024-09-21 |
Ancient origin of the rod bipolar cell pathway in the vertebrate retina
2024-Jun, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-024-02404-w
PMID:38627529
|
研究论文 | 本文研究了脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的古老起源 | 发现哺乳动物的初级杆状通路在斑马鱼中得以保存，并揭示了该通路的细胞类型和电路设计在辐鳍鱼和哺乳动物分化之前就已经出现 | NA | 探讨脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的起源和进化 | 斑马鱼和哺乳动物的杆状双极细胞及其下游电路 | NA | NA | 单细胞RNA测序、电生理学、组织学和超微结构重建 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 237 | 2024-09-15 |
Single-cell sequencing revealed metabolic reprogramming and its transcription factor regulatory network in prostate cancer
2024-Jun, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101925
PMID:38447277
|
研究论文 | 研究利用单细胞测序技术揭示了前列腺癌中的代谢重编程及其转录因子调控网络 | 首次通过单细胞测序技术全面分析了前列腺癌中代谢变化及其转录因子调控网络，并发现了抑制剂Betulin在抑制前列腺癌生长中的潜在治疗作用 | NA | 研究前列腺癌中的代谢重编程变化并识别潜在的治疗靶点 | 前列腺癌及其良性前列腺组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种前列腺癌亚型及良性前列腺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 238 | 2024-09-14 |
Adaptive digital tissue deconvolution
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae263
PMID:38940181
|
研究论文 | 本文提出了一种名为自适应数字组织解卷积（ADTD）的新方法，用于从批量和空间转录组数据中估计预选细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献 | ADTD方法通过适应细胞的分子环境来调整原型参考配置文件，从而进一步解析从批量转录组数据中细胞类型特异性基因调控 | ADTD方法依赖于训练数据，这些数据可能无法捕捉到转录组分析中遇到的所有生物多样性 | 开发一种新的计算方法，以改进从批量和空间转录组数据中推断细胞组成的过程 | 从批量转录组数据中估计细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献 | 机器学习 | 乳腺癌 | NA | NA | 转录组数据 | 涉及乳腺癌患者的批量转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 239 | 2024-09-14 |
Accurate assembly of multiple RNA-seq samples with Aletsch
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae215
PMID:38940157
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Aletsch的新型RNA-seq样本组装工具，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接 | Aletsch引入了多种算法创新，包括一个“桥接”系统，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接，并利用多个样本的“支持”信息来指导复杂顶点的分解 | NA | 开发一种能够准确组装多个RNA-seq样本的新方法 | RNA-seq数据中的全长度转录本 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 随机森林模型 | RNA-seq数据 | 多个RNA-seq样本，包括bulk和单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 240 | 2024-09-14 |
SPRITE: improving spatial gene expression imputation with gene and cell networks
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae253
PMID:38940132
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SPRITE的元算法，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，改进现有方法的空间基因表达预测 | SPRITE算法利用了空间转录组学中的丰富空间和基因关系信息，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，提高了基因表达预测的准确性 | NA | 改进空间基因表达预测算法，以解决当前技术在单细胞分辨率下测量基因数量有限的局限性 | 空间转录组学数据中的基因表达预测 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 元算法 | 基因表达数据 | 多个空间转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |