单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 545 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-09-21 |
Ancient origin of the rod bipolar cell pathway in the vertebrate retina
2024-Jun, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-024-02404-w
PMID:38627529
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研究论文 | 本文研究了脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的古老起源 | 发现哺乳动物的初级杆状通路在斑马鱼中得以保存，并揭示了该通路的细胞类型和电路设计在辐鳍鱼和哺乳动物分化之前就已经出现 | NA | 探讨脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的起源和进化 | 斑马鱼和哺乳动物的杆状双极细胞及其下游电路 | NA | NA | 单细胞RNA测序、电生理学、组织学和超微结构重建 | NA | RNA序列 | NA |
| 202 | 2024-09-15 |
Single-cell sequencing revealed metabolic reprogramming and its transcription factor regulatory network in prostate cancer
2024-Jun, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101925
PMID:38447277
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研究论文 | 研究利用单细胞测序技术揭示了前列腺癌中的代谢重编程及其转录因子调控网络 | 首次通过单细胞测序技术全面分析了前列腺癌中代谢变化及其转录因子调控网络，并发现了抑制剂Betulin在抑制前列腺癌生长中的潜在治疗作用 | NA | 研究前列腺癌中的代谢重编程变化并识别潜在的治疗靶点 | 前列腺癌及其良性前列腺组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种前列腺癌亚型及良性前列腺组织样本 |
| 203 | 2024-09-14 |
Adaptive digital tissue deconvolution
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae263
PMID:38940181
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研究论文 | 本文提出了一种名为自适应数字组织解卷积（ADTD）的新方法，用于从批量和空间转录组数据中估计预选细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献 | ADTD方法通过适应细胞的分子环境来调整原型参考配置文件，从而进一步解析从批量转录组数据中细胞类型特异性基因调控 | ADTD方法依赖于训练数据，这些数据可能无法捕捉到转录组分析中遇到的所有生物多样性 | 开发一种新的计算方法，以改进从批量和空间转录组数据中推断细胞组成的过程 | 从批量转录组数据中估计细胞类型的比例，并识别可能的未知和隐藏背景贡献 | 机器学习 | 乳腺癌 | NA | NA | 转录组数据 | 涉及乳腺癌患者的批量转录组数据 |
| 204 | 2024-09-14 |
Accurate assembly of multiple RNA-seq samples with Aletsch
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae215
PMID:38940157
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Aletsch的新型RNA-seq样本组装工具，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接 | Aletsch引入了多种算法创新，包括一个“桥接”系统，能够有效整合多个样本以恢复单个样本中缺失的连接，并利用多个样本的“支持”信息来指导复杂顶点的分解 | NA | 开发一种能够准确组装多个RNA-seq样本的新方法 | RNA-seq数据中的全长度转录本 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 随机森林模型 | RNA-seq数据 | 多个RNA-seq样本，包括bulk和单细胞RNA-seq数据 |
| 205 | 2024-09-14 |
SPRITE: improving spatial gene expression imputation with gene and cell networks
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae253
PMID:38940132
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPRITE的元算法，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，改进现有方法的空间基因表达预测 | SPRITE算法利用了空间转录组学中的丰富空间和基因关系信息，通过在基因相关网络和空间邻域图中传播信息，提高了基因表达预测的准确性 | NA | 改进空间基因表达预测算法，以解决当前技术在单细胞分辨率下测量基因数量有限的局限性 | 空间转录组学数据中的基因表达预测 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 元算法 | 基因表达数据 | 多个空间转录组学数据集 |
| 206 | 2024-09-14 |
scGrapHiC: deep learning-based graph deconvolution for Hi-C using single cell gene expression
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae223
PMID:38940151
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的图解卷积框架scGrapHiC，用于利用单细胞基因表达数据预测伪批量scHi-C接触图 | scGrapHiC通过图解卷积从批量Hi-C接触图中提取全基因组单细胞相互作用，并使用scRNA-seq作为指导信号，显著提高了细胞类型特异性拓扑关联域的恢复率 | NA | 开发一种新的方法，利用广泛可用的基因组信号生成细胞类型特异性的scHi-C接触图，以研究细胞类型特异性的染色质相互作用 | 单细胞Hi-C数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图解卷积 | 基因组数据 | 七个细胞类型共检测数据集 |
| 207 | 2024-09-14 |
Forseti: a mechanistic and predictive model of the splicing status of scRNA-seq reads
2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae207
PMID:38940130
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研究论文 | 本文开发了一种名为Forseti的机械性和预测性模型，用于确定单细胞RNA测序读取的剪接状态 | Forseti模型通过结合绑定亲和力模型和稳健的片段长度分布模型，能够概率性地分配剪接状态，从而提高下游分析的准确性和置信度 | NA | 开发一种能够准确预测单细胞RNA测序读取剪接状态的模型 | 单细胞RNA测序数据中的剪接状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA测序数据 | NA |
| 208 | 2024-09-14 |
Impeller: a path-based heterogeneous graph learning method for spatial transcriptomic data imputation
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae339
PMID:38806165
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研究论文 | 本文介绍了一种基于路径的异构图学习方法Impeller，用于空间转录组数据的基因插补 | Impeller通过构建包含空间接近和表达相似性两种边的异构图，同时建模空间维度的平滑基因表达变化和远距离相同类型细胞的相似基因表达特征，并引入可学习的路径操作符避免传统拉普拉斯矩阵的过度平滑问题 | NA | 解决现有空间转录组数据插补方法需要额外匹配的单细胞RNA测序数据或忽略空间接近或表达相似性信息的问题 | 空间转录组数据的基因插补 | 机器学习 | NA | 异构图学习 | 图神经网络 | 空间转录组数据 | 来自三个流行平台和两种物种的多样化数据集 |
| 209 | 2024-09-14 |
HE2Gene: image-to-RNA translation via multi-task learning for spatial transcriptomics data
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae343
PMID:38837395
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研究论文 | 本文提出了一种基于多任务学习的图像到RNA翻译方法HE2Gene，用于空间转录组数据 | HE2Gene是首个能够预测数万个点级基因表达并结合病理注释的多任务学习方法 | 现有计算工具仅限于预测少数基因，且大多数方法设计用于批量RNA-seq | 探索组织形态与基因表达之间的定量联系 | H&E染色图像和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 多任务学习 | NA | 图像 | NA |
| 210 | 2024-09-14 |
scCross: efficient search for rare subpopulations across multiple single-cell samples
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae371
PMID:38889273
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scCross的双聚类方法，用于在多个单细胞样本中高效搜索稀有亚群 | scCross通过全局求和准则而非个体细胞间的成对比较，联合识别具有特定标记基因的细胞群，从而在处理scRNA-seq数据的高变异性和批次效应时表现出鲁棒性 | NA | 旨在解决在聚合多个单细胞样本时，由于批次效应导致的稀有细胞类型识别困难的问题 | 单细胞RNA测序数据中的稀有细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞样本，包括肺癌细胞和人类胰腺样本 |
| 211 | 2024-09-14 |
Spatial Transcriptomics in a Case of Follicular Thyroid Carcinoma Reveals Clone-Specific Dysregulation of Genes Regulating Extracellular Matrix in the Invading Front
2024-Jun, Endocrine pathology
IF:11.3Q1
DOI:10.1007/s12022-024-09798-0
PMID:38280140
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术详细分析了滤泡性甲状腺癌（FTC）的侵袭前沿和中央惰性核心区域的转录组图谱 | 首次使用Visium空间基因表达平台对FTC进行2D全局转录组映射，揭示了侵袭性克隆在ECM重塑和上皮间质转化（EMT）相关基因表达上的显著失调 | 研究仅限于单个FTC病例，结果的普适性有待进一步验证 | 揭示滤泡性甲状腺癌侵袭前沿的分子信号机制 | 滤泡性甲状腺癌的侵袭前沿和中央惰性核心区域 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 四个6 × 6 mm的FTC区域，包括侵袭前沿和中央核心区域 |
| 212 | 2024-09-13 |
Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174746
PMID:38869957
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研究论文 | 研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制 | 首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制 | 研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证 | 探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制 | 肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 213 | 2024-09-13 |
Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546927
PMID:37425795
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研究论文 | 本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性 | 首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略 | NA | 探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用 | 乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 214 | 2024-09-11 |
DRA involvement in linaclotide-stimulated bicarbonate secretion during loss of CFTR function
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172364
PMID:38869953
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研究论文 | 研究了在CFTR功能丧失的情况下，linaclotide对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制 | 发现linaclotide在CFTR功能丧失的情况下仍能刺激十二指肠碳酸氢盐分泌，并揭示了DRA在这一过程中的补偿作用 | 研究主要基于小鼠和人类十二指肠样本，未涉及更大规模的人体临床试验 | 探讨linaclotide在CFTR功能丧失时对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制 | 小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验 | NA | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验 |
| 215 | 2024-09-11 |
SFTPB in serum extracellular vesicles as a biomarker of progressive pulmonary fibrosis
2024-Jun-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177937
PMID:38855869
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析血清外泌体，发现肺表面活性物质相关蛋白B（SFTPB）作为渐进性肺纤维化（PPF）的潜在生物标志物 | 首次发现SFTPB在血清外泌体中作为预测间质性肺病进展的独立预后因子，优于已知的生物标志物KL-6和SP-D | 研究仅在两个队列中验证了SFTPB的预测效用，需要更多样本和队列验证其普适性 | 寻找渐进性肺纤维化的早期检测生物标志物 | 血清外泌体中的蛋白质，特别是SFTPB及其前体形式 | NA | 肺纤维化 | 蛋白质组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质数据 | 两个队列的样本，包括血清外泌体和血清样本 |
| 216 | 2024-09-11 |
Transcriptomic Analysis of the Spatiotemporal Axis of Oogenesis and Fertilization in C. elegans
2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.03.597235
PMID:38895354
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研究论文 | 本文对秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞形成过程进行了转录组水平分析 | 通过单细胞RNA测序技术，深入分析了不同阶段的卵母细胞转录组，揭示了基因表达和剪接事件的详细变化，并提供了卵母细胞形成过程的新见解 | NA | 研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成和受精过程中的时空轴转录组变化 | 秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞和受精卵 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个不同阶段的卵母细胞和受精卵 |
| 217 | 2024-09-08 |
Plasmodium infection induces phenotypic, clonal, and spatial diversity among differentiating CD4+ T cells
2024-Jun-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114317
PMID:38848213
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研究论文 | 研究了疟原虫感染诱导的CD4+ T细胞在分化过程中的表型、克隆性和空间多样性 | 首次观察到脾脏多克隆CD4 T细胞分化为Th1和Tfh样状态，并展示了TCR克隆频率与Th1分化之间的关系 | 研究主要集中在脾脏CD4 T细胞的分化和空间分布，未涵盖其他免疫细胞类型 | 探讨疟原虫感染下CD4+ T细胞的分化、克隆性和空间分布及其与免疫反应的关系 | CD4+ T细胞的分化状态、克隆性和空间分布 | 免疫学 | 疟疾 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 218 | 2024-09-08 |
Interferon-γ induces combined pyroptotic angiopathy and APOL1 expression in human kidney disease
2024-Jun-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114310
PMID:38838223
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研究论文 | 研究探讨了干扰素-γ在人类肾脏疾病中的作用，特别是其诱导的焦亡性血管病变和APOL1表达 | 首次揭示了干扰素-γ信号通路在诱导焦亡性血管病变和APOL1表达中的双重作用，并提出了针对这一机制的治疗策略 | 研究主要基于体外实验和患者样本，缺乏体内实验验证 | 探讨干扰素-γ在肾脏疾病中的直接作用及其机制 | 人类肾脏类器官、原代内皮细胞和患者样本 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、免疫印迹、定量荧光分析 | NA | RNA | 涉及COVID-19、蛋白尿性肾脏疾病和塌陷性肾小球病的患者样本 |
| 219 | 2024-09-08 |
Unveiling the hidden role of disulfidptosis in kidney renal clear cell carcinoma: a prognostic signature for personalized treatment
2024-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-023-01933-2
PMID:38296888
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研究论文 | 本研究探讨了硫化物凋亡相关生物标志物在肾透明细胞癌中的预后预测和个体化治疗中的作用 | 首次揭示了硫化物凋亡在肾透明细胞癌中的潜在作用，并构建了一个基于硫化物凋亡相关预后特征的模型 | 研究主要基于发现队列和外部验证队列，需要进一步的多中心验证 | 探索硫化物凋亡在肾透明细胞癌中的作用，并开发一个预后预测模型以指导个体化治疗 | 肾透明细胞癌患者及其预后和治疗反应 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、定量RT-qPCR、免疫组化 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 发现队列和外部验证队列的肾透明细胞癌患者 |
| 220 | 2024-09-08 |
A novel mitochondrial unfolded protein response-related risk signature to predict prognosis, immunotherapy and sorafenib sensitivity in hepatocellular carcinoma
2024-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-024-01945-6
PMID:38493408
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研究论文 | 本文构建了一种基于线粒体未折叠蛋白反应（UPR）相关基因的风险特征，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后、免疫治疗反应和索拉非尼敏感性 | 首次基于UPR相关基因构建了HCC的预后风险特征，并研究了其对免疫细胞浸润、免疫治疗和化疗反应的影响 | NA | 建立一种新的基于UPR相关基因的风险特征，用于预测HCC患者的预后、免疫细胞浸润、免疫治疗和化疗反应 | 肝细胞癌（HCC）患者的预后、免疫细胞浸润、免疫治疗反应和索拉非尼敏感性 | 数字病理学 | 肝癌 | LASSO回归分析、TIMER算法、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序、空间转录组分析 | 风险模型 | 转录组数据 | TCGA和ICGC数据库中的转录组数据和临床信息 |