单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-05	Deafness DFNB128 Associated with a Recessive Variant of Human MAP3K1 Recapitulates Hearing Loss of Map3k1-Deficient Mice 2024-Jun-27, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15070845 PMID:39062623	研究论文	本研究描述了一种与人类MAP3K1隐性变体相关的耳聋DFNB128，以及其与耳聋小鼠模型的相似性	首次识别了与非综合征性耳聋相关的新型隐性变体，并显示了其在小鼠耳蜗的表达	仅在一个巴基斯坦家族中进行研究，样本量有限	探索与隐性耳聋相关的新变体以及其机制	巴基斯坦的一个亲属家族，其中有两个兄弟姐妹出现非综合征性耳聋	数字病理学	耳聋	微阵列和外显子测序	基因缺失小鼠模型	转录组数据	一个家族的多个成员，其中两名兄弟姐妹受到影响
202	2024-08-05	Macrophage biomimetic nanoparticle-targeted functional extracellular vesicle micro-RNAs revealed via multiomics analysis alleviate sepsis-induced acute lung injury 2024-Jun-23, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02597-z PMID:38910259	研究论文	这项研究通过多组学分析识别功能性细胞外囊泡小RNA，并探寻其在脓毒症诱导的急性肺损伤中的作用	提出了一种新方法来筛选功能性EV-miRNAs，并强调了巨噬细胞来源EV在急性肺损伤中的关键作用	尚未明确揭示更有效的EV-miRNA作为治疗靶标的策略	研究脓毒症患者的急性肺损伤中，细胞外囊泡小RNA的功能性及其治疗潜力	脓毒症患者的血清EV微RNA档案及对应器官的单细胞RNA测序	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序和多组学分析	NA	RNA数据	涉及脓毒症患者的血清和小鼠模型
203	2024-08-04	Multiomics integration-based immunological characterizations of adamantinomatous craniopharyngioma in relation to keratinization 2024-Jun-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06840-1 PMID:38906852	研究论文	该文章对低恶性肿瘤的免疫微环境进行了综合分析	文章通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了ACP微环境中的免疫特征及细胞间网络	同一研究中的样本量限制可能影响结果的普适性	阐明ACP微环境的免疫特征，以扩展潜在治疗靶点的知识	研究对象为58,081个核，主要集中在ACP样本的微环境中	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	细胞核数据	58,081个细胞核
204	2024-08-05	Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse 2024-Jun-20, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000979 PMID:38900411	研究论文	本研究展示了原发性和复发性肝细胞癌的空间蛋白组谱和免疫逃逸特征	识别了一种新的树突细胞亚群（PDL1 + CD103 + DCs），与早期术后复发相关，并阐明了肿瘤微环境在复发HCC中的重要性	对术后复发的空间分子结构改变理解不足	探讨HCC术后复发的空间分布与细胞相互作用	对46名接受手术治疗的HCC患者的92个手术标本进行了分析	数字病理	肝癌	成像质谱细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	46名患者的92个手术标本
205	2024-08-04	The crosstalk role of CDKN2A between tumor progression and cuproptosis resistance in colorectal cancer 2024-06-17, Aging DOI:10.18632/aging.205945 PMID:38888512	研究论文	本文探讨了CDKN2A在结直肠癌中与肿瘤进展及杯死亡抗性之间的相互作用	揭示了CDKN2A通过调节糖酵解和铜稳态在杯死亡抗性中的作用，并与肿瘤恶性表型和促进肿瘤微环境相关联	尚未明确CDKN2A在杯死亡抗性及其与肿瘤发展的具体机制	综合研究CDKN2A在结直肠癌细胞中的分布、表达及其与肿瘤进展的关系	结直肠癌细胞及其相关的细胞通路和免疫浸润	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序、空间转录组学、病理图像分析、TCGA多组学分析	NA	NA	NA
206	2024-08-05	Identification of JUN gene and cellular microenvironment in response to PD-1 blockade treatment in lung cancer patients via single-cell RNA sequencing 2024-06-13, Aging DOI:10.18632/aging.205932 PMID:38874497	研究论文	本研究探讨了JUN基因及细胞微环境在肺癌患者PD-1阻断治疗中的反应	提出了肿瘤微环境中的细胞类型通过特定基因影响PD-1阻断免疫疗法效果的假设，并识别了JUN基因作为PD-1反应生物标志物	目前对PD-1阻断治疗反应的生物标志物仍然有限	探索非小细胞肺癌中PD-1/PDL-1阻断的分子机制	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织数据	肺腺癌患者的组织样本，具体样本数量未提及
207	2024-08-04	A Review of the Application of Spatial Transcriptomics in Neuroscience 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00603-4 PMID:38374297	综述	这篇文章回顾了空间转录组学在神经科学中的应用	全面概述了空间转录组学在神经科学中的关键方法、数据资源和技术应用	缺乏对空间转录组学在神经科学中的深入研究	调查空间转录组学在神经科学中的应用和发展方向	空间转录组学数据分析方法及其在神经科学中的应用	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	数据分析方法	NA
208	2024-08-05	scEM: A New Ensemble Framework for Predicting Cell Type Composition Based on scRNA-Seq Data 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00601-y PMID:38368575	研究论文	本研究提出了一种新颖的集成框架scEM，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞类型组成	提出了一种新的集成细胞类型识别方法scEM，通过熵权法学习共识相似性矩阵，弥补了当前方法的不足	缺乏对不同数据集和性能指标的标准化比较分析	研究旨在填补细胞类型组成预测领域的分析空白	对20种先进的无监督细胞类型识别方法进行评估	计算机视觉	NA	scRNA-seq	集成模型	真实scRNA-seq数据集	24个不同规模的真实scRNA-seq数据集
209	2024-08-05	Inference of Gene Regulatory Networks Based on Multi-view Hierarchical Hypergraphs 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00604-3 PMID:38342857	研究论文	该文章提出了一种基于多视图层次超图的基因调控网络推断模型	引入了多视图层次超图，以整合多个异质生物信息，模型更好地捕捉多对多的复杂调节关系	尚未提及具体限制。	旨在改善基因调控网络的推断准确性	使用大肠杆菌和酿酒酵母的数据集进行实验验证	计算生物学	NA	超图卷积网络	层次超图模型	基因表达数据	对5个小鼠和2个人类细胞系的scRNA-seq数据集进行了分析
210	2024-08-05	Dimethyl Fumarate Mediates Sustained Vascular Smooth Muscle Cell Remodeling in a Mouse Model of Cerebral Aneurysm 2024-Jun-27, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13070773 PMID:39061841	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸在小鼠脑动脉瘤模型中对血管平滑肌细胞(VSMCs)的影响	文章创新点在于首次揭示了二甲基富马酸对VSMCs的抑制作用与抗氧化功能紊乱之间的关联	尚未调查二甲基富马酸对VSMCs功能的潜在副作用	研究二甲基富马酸对脑动脉瘤诱导后VSMCs的影响	脑动脉瘤诱导后圈状动脉(VSMCs)中的单细胞RNA测序	数字病理学	脑动脉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	细胞数据	小鼠模型中未具体说明样本数量
211	2024-08-05	Reduction of Glyoxalase 1 Expression Links Fetal Methylmercury Exposure to Autism Spectrum Disorder Pathogenesis 2024-Jun-22, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics12070449 PMID:39058101	研究论文	这篇文章探讨了甘油醛酶1表达的降低将胎儿甲基汞暴露与自闭症谱系障碍的发病机制联系起来	研究揭示了甲基汞暴露对自闭症风险基因在皮层发育中的直接影响	具体对照组和长时间观察的数据可能不足	本研究旨在确定孕期甲基汞诱导早熟神经分化和异常神经发育的分子机制	研究对象为孕期暴露于低剂量非凋亡性甲基汞的小鼠模型	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和实时定量PCR (RT-qPCR)	NA	基因表达数据	培养的胚胎放射状胶质前体细胞 (RGPs)
212	2024-08-05	Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis 2024-Jun-21, Biology DOI:10.3390/biology13070461 PMID:39056656	研究论文	本文探讨了在嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其细胞间通讯的作用	识别出嗜酸性食管炎中至少两种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在细胞-细胞相互作用中的不同贡献	缺乏对成纤维细胞亚群的更详细功能和机制解析	研究嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的分类和其在病理过程中的作用	嗜酸性食管炎患者的食管活检样本及其成纤维细胞	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了一组嗜酸性食管炎食管活检的公共单细胞RNA测序数据
213	2024-08-04	Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC 2024-Jun-26, Aging DOI:10.18632/aging.205974 PMID:38944814	研究论文	本研究整合了单细胞多组学和空间组学的数据，揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的特征	通过整合scRNA-seq、scATAC-seq和stRNA-seq，首次分类了功能异质性的癌细胞，并探索了其在微环境中的相互作用	尚未完全建立ccRCC中肿瘤内异质性的机制	探讨透明细胞肾细胞癌中的肿瘤内异质性及其调控网络	功能上异质性的癌细胞	数字病理学	肾癌	scRNA-seq, scATAC-seq, stRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
214	2024-08-04	Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance 2024-06-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03304-9 PMID:38886757	研究论文	本研究探讨了使用监督机器学习模型来预测针对特定数据集的单细胞RNA测序分析管道性能	提出了通过分析288个scRNA-seq管道在86个数据集上的表现来预测最佳管道的可能性	未提及具体的局限性	研究预测特定数据集的最佳单细胞RNA-seq分析管道	288种scRNA-seq分析管道和86个数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习模型	单细胞RNA-seq数据	288个分析管道和86个数据集
215	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis of cavernous tissues reveals the key roles of pericytes in diabetic erectile dysfunction 2024-Jun-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88942 PMID:38856719	研究论文	本研究通过单细胞 RNA 测序分析了海绵体组织，揭示了周细胞在糖尿病勃起功能障碍中的关键作用	研究发现了新的周细胞特异性标记 Limb Bud-Heart (Lbh)，表明其在糖尿病勃起功能障碍中的重要性	研究主要集中在小鼠和人类的海绵体组织，可能缺乏其他类型组织的全面数据	深入理解糖尿病条件下海绵体微环境和细胞间通讯以开发新疗法	研究对象包括糖尿病患者的海绵体组织和相关的细胞类型	数字病理学	糖尿病勃起功能障碍	单细胞 RNA 测序	NA	RNA数据	研究涉及小鼠和人类的海绵体组织样本
216	2024-08-04	Gene representation bias in spatial transcriptomics 2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720024500070 PMID:39036848	研究论文	本研究探讨了在空间转录组学中，与大规模RNA-seq相比，哪些基因在Visium中常常被低检测到。	本研究揭示了在Visium中，特定基因由于聚合酶(T)结构的影响而被低检测的潜在机制。	该研究基于有限的人类和小鼠样本，可能未能涵盖所有组织来源的差异。	识别在Visium中相比大规模RNA-seq常常低检测的基因及其潜在机制。	研究对象包括28个人类样本和19个小鼠样本，涉及多种组织源。	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	基因计数矩阵	28个人类样本和19个小鼠样本
217	2024-08-04	NDMNN: A novel deep residual network based MNN method to remove batch effects from scRNA-seq data 2024-Jun, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S021972002450015X PMID:39036845	研究论文	提出一种名为NDMNN的新颖方法来去除scRNA-seq数据中的批次效应	NDMNN方法结合了密集深度残差网络模型和MNN方法，显著改善了批次效应的修正	NA	主要研究如何有效去除单细胞RNA测序数据中的批次效应	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度残差网络	数据	NA
218	2024-08-05	Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy 2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s12195-024-00812-3 PMID:39050513	研究论文	本文探讨了在单个NK细胞杀伤过程中转录程序的动态变化，并将形态与功能连接起来。	结合了单细胞RNA测序和活细胞成像的方法，以深入理解NK细胞的杀伤表型。	研究限于NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养，可能不完全反映真实生理状态。	目标是揭示NK细胞杀伤机制中的转录调控。	主要研究NK细胞与HeLa宫颈癌细胞的相互作用。	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	图像	使用NK-92细胞系和HeLa细胞进行共培养，样本量未具体说明
219	2024-08-05	S100A8/A9hi neutrophils induce mitochondrial dysfunction and PANoptosis in endothelial cells via mitochondrial complex I deficiency during sepsis 2024-Jun-28, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06849-6 PMID:38942784	研究论文	S100A8/A9高表达的中性粒细胞通过线粒体复合体I缺陷诱导内皮细胞的线粒体功能障碍和PANoptosis	首次揭示了S100A8/A9通过调节Nrf1表达而抑制线粒体复合体I中Ndufa3的表达，从而导致内皮细胞线粒体功能障碍的机制	研究的机制需要进一步探讨，尤其是在临床转化方面的应用	探讨S100A8/A9在脓毒症中引发内皮细胞功能障碍的机制	高表达S100A8/A9的中性粒细胞与内皮细胞的相互作用	数字病理学	脓毒症	scRNA-seq和bulk RNA-seq分析	NA	基因表达数据	NA
220	2024-08-05	Enhanced abscopal anti-tumor response via a triple combination of thermal ablation, IL-21, and PD-1 inhibition therapy 2024-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03718-1 PMID:38833177	研究论文	该研究探讨了热消融、IL-21和PD-1抑制治疗的三重组合在肿瘤治疗中的作用	研究首次探讨了热消融、IL-21和抗PD-1单克隆抗体的联合疗法对肿瘤的抗肿瘤效果	研究未提供不同治疗组的外部验证和临床试验数据	研究三重组合疗法在转移性癌症治疗中的潜力	探讨热消融对肿瘤浸润淋巴细胞中IL-21R表达的影响	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA