单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 543 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-11-09 |
Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments
2024-Jun-01, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-09665-5
PMID:38824268
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研究论文 | 研究了异质性肿瘤相关巨噬细胞在三种乳腺癌亚型中的机制，通过单细胞RNA测序和体外实验的整合 | 揭示了异质性肿瘤相关巨噬细胞在不同乳腺癌亚型中的作用机制，并通过特定的配体-受体对调控下游通路 | NA | 阐明肿瘤相关巨噬细胞在三种乳腺癌亚型中的作用 | 三种乳腺癌亚型（三阴性乳腺癌、腔内型和HER2型）中的肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三种乳腺癌细胞系（MDA-MB-231、MCF-7和SKBR3）和巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-11-08 |
Elucidating the role of liver enzymes as markers and regulators in ovarian cancer: a synergistic approach using Mendelian randomization, single-cell analysis, and clinical evidence
2024-06-24, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00642-4
PMID:38915066
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研究论文 | 研究肝酶作为卵巢癌标志物和调节因子的作用，通过孟德尔随机化、单细胞分析和临床证据的协同方法 | 首次通过孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶与卵巢癌的因果关系，并提出它们作为保护因子的作用 | 研究主要基于基因组关联研究和单细胞数据，缺乏大规模临床试验验证 | 探讨肝酶与卵巢癌的关联，验证其作为生物标志物的潜力及其在卵巢癌中的机制 | 碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转移酶等肝酶，以及卵巢癌细胞和组织 | NA | 卵巢癌 | 孟德尔随机化、单细胞转录组学分析 | NA | 基因组数据、单细胞转录组数据 | 283个单核苷酸多态性位点和209个与碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶相关的单核苷酸多态性位点，以及卵巢癌患者和健康个体的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2024-11-08 |
SARS-CoV-2 infection modifies the transcriptome of the megakaryocytes in the bone marrow
2024-06-11, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023012367
PMID:38522092
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研究论文 | 研究探讨了SARS-CoV-2感染对骨髓中巨核细胞转录组的影响 | 首次揭示了SARS-CoV-2感染在系统性炎症期间对骨髓巨核细胞转录组的显著影响，并发现这些变化与细胞靠近窦状血管的距离无关 | 研究仅限于小鼠模型，未检测到SARS-CoV-2 RNA在骨髓中的存在 | 探究SARS-CoV-2感染是否会影响骨髓中巨核细胞的转录组 | 骨髓中的巨核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学 | 机器学习 | 转录组数据 | 健康小鼠和COVID-19小鼠的骨髓巨核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 204 | 2024-11-08 |
Development of novel lysosome-related signatures and their potential target drugs based on bulk RNA-seq and scRNA-seq for diabetic foot ulcers
2024-06-11, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00629-1
PMID:38862997
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研究论文 | 本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了与糖尿病足溃疡（DFU）相关的1393个差异表达基因（DEGs），并利用机器学习算法筛选出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并验证了其诊断性能。此外，通过靶向这些标志物，发现了latamoxef、parthenolide、meclofenoxate和lomustine作为潜在的抗DFU药物。 | 本研究首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据结合机器学习算法，识别出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并发现了潜在的抗DFU药物。 | 本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此结果的临床应用仍需进一步验证。 | 识别糖尿病足溃疡（DFU）的新型分子标志物和潜在治疗药物，以改善DFU患者的预后和降低致残率。 | 糖尿病足溃疡（DFU）及其相关分子标志物和治疗药物。 | 数字病理学 | 糖尿病 | RNA-seq | 人工神经网络 | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 205 | 2024-11-02 |
Remodeling of anti-tumor immunity with antibodies targeting a p53 mutant
2024-06-18, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01566-1
PMID:38886748
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研究论文 | 开发针对p53突变体的单克隆抗体，并通过脂质纳米颗粒递送，以重塑抗肿瘤免疫反应 | 首次开发出针对p53热点突变E285K的单克隆抗体，并通过脂质纳米颗粒递送，显示出强大的抗肿瘤效果 | 研究主要集中在体外和体内实验，尚未进行临床试验 | 探索针对p53突变体的精准治疗策略 | p53突变体及其在肿瘤中的作用 | 癌症研究 | 癌症 | 单细胞测序（scRNA-seq） | 单克隆抗体（mAbs） | 蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2024-10-24 |
Global trends of single cell sequence associated in cancer from 2011 to 2024: A bibliometric analysis
2024-Jun-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32847
PMID:38975217
|
meta-analysis | 本文通过文献计量分析探讨了2011年至2024年间与癌症相关的单细胞测序研究的趋势和前沿 | 本文首次通过文献计量分析方法，系统地总结了单细胞测序在癌症研究中的应用趋势和前沿 | 本文主要依赖于文献计量分析，未涉及具体的实验数据或技术细节 | 探索基于单细胞测序的癌症分子和临床病理特征，揭示肿瘤间异质性，并为癌症的早期诊断、治疗和预后分析提供新思路 | 2011年至2024年间发表的与癌症相关的单细胞测序研究 | digital pathology | NA | 单细胞测序 | NA | 文本 | 6189篇文章 | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2024-10-24 |
Medulloblastoma Spatial Transcriptomics Reveals Tumor Microenvironment Heterogeneity with High-Density Progenitor Cell Regions Correlating with High-Risk Disease
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.25.600684
PMID:38979174
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析了十六例儿童髓母细胞瘤样本，揭示了肿瘤微环境的异质性及其与高风险疾病的关系 | 首次在空间背景下分析髓母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示了高密度静止祖细胞区域与高风险疾病特征的相关性 | 样本量相对较小，且仅限于儿童髓母细胞瘤 | 探讨髓母细胞瘤肿瘤微环境的异质性及其与疾病进展和治疗反应的关系 | 十六例儿童髓母细胞瘤样本及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 神经系统肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 十六例儿童髓母细胞瘤样本，包括两对诊断-复发匹配样本 | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2024-10-24 |
B cell-mediated antigen presentation promotes adverse cardiac remodeling in chronic heart failure
2024-Jun-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536350/v1
PMID:38978561
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研究论文 | 研究探讨了B细胞通过MHC II介导的抗原呈递在慢性心力衰竭中促进不良心脏重塑的作用 | 揭示了B细胞通过MHC II介导的抗原呈递在慢性心力衰竭中的新机制，并提出MHC II介导的信号通路作为治疗慢性心力衰竭的新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和人类心肌梗死患者的循环B细胞分析，可能需要进一步的人类临床研究来验证其普遍性 | 探讨特定免疫细胞在慢性心力衰竭中的作用机制，特别是B细胞通过MHC II介导的抗原呈递的作用 | 小鼠和人类心肌梗死患者的B细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类心肌梗死患者的B细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-10-24 |
Identify Regulatory eQTLs by Multiome Sequencing in Prostate Single Cells
2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.19.599704
PMID:38948854
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研究论文 | 本文通过多组学单细胞测序技术，研究前列腺癌细胞中调控eQTL及其靶基因的关联 | 首次应用多组学单细胞测序技术在前列腺癌细胞中识别调控eQTL及其靶基因 | 数据稀疏性问题仍然存在，尽管通过靶向测序有所改善 | 验证多组学单细胞测序技术在前列腺癌风险位点识别调控元件及其靶基因的可行性 | 前列腺癌细胞中的调控eQTL及其靶基因 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 多组学测序 | NA | 单细胞数据 | 65,501个高质量单细胞来自8种前列腺细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2024-10-24 |
A prognostic matrix gene expression signature defines functional glioblastoma phenotypes and niches
2024-Jun-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4541464/v1
PMID:38947019
|
研究论文 | 通过计算基因组学和蛋白质组学方法，分析了胶质母细胞瘤（GBM）中细胞外基质蛋白（CMP）表达的功能和临床相关性 | 识别了一个17基因的CMP表达特征，称为Matrisome 17（M17）特征，该特征进一步细化了CMP基因的预后价值，并可能预测PD1阻断的反应 | NA | 研究胶质母细胞瘤中细胞外基质蛋白的表达及其对患者生存和治疗反应的影响 | 胶质母细胞瘤（GBM）中的细胞外基质蛋白（CMP）表达 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 计算基因组学和蛋白质组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-10-24 |
Identification of a gene expression signature of vascular invasion and recurrence in stage I lung adenocarcinoma via bulk and spatial transcriptomics
2024-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.07.597993
PMID:38915565
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研究论文 | 通过批量和空间转录组学技术，识别出与血管侵袭和复发相关的基因表达特征，用于预测I期肺腺癌的血管侵袭和复发风险 | 首次通过批量和空间转录组学技术，识别出与血管侵袭和复发相关的基因表达特征，并开发了预测血管侵袭的转录组预测器 | 研究样本量较小，且仅限于I期肺腺癌 | 识别与血管侵袭和复发相关的基因表达特征，并开发预测模型以改善I期肺腺癌的诊断和管理 | I期肺腺癌的血管侵袭和复发风险 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, 空间转录组学 (stRNA-seq) | 转录组预测器 | 基因表达数据 | 162个切除的I期肿瘤样本，其中15个样本用于高分辨率空间转录组学分析 | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2024-10-24 |
Spatial Single-cell Analysis Decodes Cortical Layer and Area Specification
2024-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.05.597673
PMID:38915567
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研究论文 | 本文利用多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）和基于深度学习的细胞分割技术，研究了人类胎儿皮质在空间分辨单细胞水平上的分子、细胞和细胞结构发育 | 本文首次揭示了在妊娠中期之前，皮质层结构的早期建立，并发现了视觉皮质区域之间分子边界的突然转变，挑战了连续形态发生素梯度决定皮质区域化的传统观点 | NA | 研究人类大脑皮质层和区域分子特化的空间关系 | 人类胎儿皮质在不同妊娠阶段的分子、细胞和细胞结构发育 | 数字病理学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH） | 深度学习 | 空间单细胞数据 | 1600万单细胞，涵盖八个皮质区域，跨越妊娠第二和第三孕期的四个时间点 | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-10-24 |
Comprehensive single cell transcriptomics analysis of murine osteosarcoma uncovers Skp2 function in metastasis, genomic instability and immune activation and reveals additional target pathways
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.597347
PMID:38895216
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析小鼠骨肉瘤，揭示了Skp2在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并发现了其他潜在的靶向通路 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，系统分析了Skp2在小鼠骨肉瘤中的功能，揭示了其在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并发现了新的治疗靶点 | 本文主要基于小鼠模型进行研究，其结果在人类患者中的适用性需要进一步验证 | 研究Skp2在小鼠骨肉瘤中的功能及其在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并寻找新的治疗靶点 | 小鼠骨肉瘤模型中的Skp2功能及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠骨肉瘤模型中的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-10-24 |
Inhibition of the Eukaryotic Initiation Factor-2-α Kinase PERK Decreases Risk of Autoimmune Diabetes in Mice
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.06.561126
PMID:38895427
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研究论文 | 研究通过抑制eIF2α激酶PERK来减少小鼠自身免疫性糖尿病的风险 | 首次证明抑制PERK可以逆转人类胰岛中mRNA翻译的阻断，延迟糖尿病的发病，减少胰岛炎症并保护β细胞数量 | 研究仅在T1D易感小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨通过抑制PERK来预防或延迟自身免疫性1型糖尿病的发展 | T1D易感小鼠的胰岛和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序，空间蛋白质组学 | NA | RNA，蛋白质 | T1D易感小鼠的胰岛样本 | NA | NA | NA | NA |
| 215 | 2024-10-24 |
Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations
2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.596337
PMID:38854060
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研究论文 | 本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群 | 开发了clusterCleaver工具，利用统计距离度量来识别单细胞RNA测序数据中的候选表面标记物，用于FACS分离 | NA | 研究肿瘤内异质性癌细胞亚群的功能和动态变化 | 乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MDA-MB-436中的异质性癌细胞亚群 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | MDA-MB-231和MDA-MB-436乳腺癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-10-12 |
Myelin-associated oligodendrocytic basic protein-dependent myelin repair confers the long-lasting antidepressant effect of ketamine
2024-Jun, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-023-02288-5
PMID:37848708
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研究论文 | 研究探讨了氯胺酮的长期抗抑郁效果与其对髓鞘修复的影响之间的关系 | 首次揭示了髓鞘相关蛋白（Mobp）在氯胺酮长期抗抑郁效果中的关键作用，并发现(R)-氯胺酮比(S)-氯胺酮在髓鞘修复中具有更强的效果 | 研究仅在慢性社会挫败应激的小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨氯胺酮长期抗抑郁效果的机制及其与髓鞘修复的关系 | 小鼠的脑部髓鞘修复及氯胺酮的抗抑郁效果 | NA | NA | 空间转录组学（ST） | NA | 基因表达数据 | 慢性社会挫败应激的小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2024-10-12 |
Nature of epigenetic aging from a single-cell perspective
2024-Jun, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00616-0
PMID:38724733
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研究论文 | 本文从单细胞角度研究了表观遗传衰老的本质 | 本文通过对比小鼠组织和单细胞DNA甲基化在早期发育和成年衰老过程中的变化，揭示了表观遗传衰老的协同调控和随机成分，并提出了一个用于识别协同调控和随机CpG簇的单细胞算法 | NA | 阐明表观遗传衰老的本质 | 小鼠的组织和单细胞DNA甲基化 | 表观遗传学 | NA | DNA甲基化分析，单细胞RNA测序 | NA | DNA甲基化数据，RNA测序数据 | 小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-10-12 |
Analyses of the autism-associated neuroligin-3 R451C mutation in human neurons reveal a gain-of-function synaptic mechanism
2024-Jun, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01834-x
PMID:36280753
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研究论文 | 研究了与自闭症相关的neuroligin-3 R451C突变在人类神经元中的功能获得性突触机制 | 首次研究了NLGN3 R451C突变对人类神经元的影响，并揭示了其在兴奋性突触传递中的功能获得性增强 | 研究主要集中在体外和移植到小鼠脑内的神经元，缺乏直接的人体研究 | 探讨NLGN3 R451C突变在人类神经元中的突触功能及其对自闭症谱系障碍（ASD）病理生理的影响 | NLGN3 R451C突变和NLGN3敲除的人类神经元 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及NLGN3 R451C突变和NLGN3敲除的人类神经元样本 | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2024-10-08 |
UPK3A+ umbrella cell damage mediated by TLR3-NR2F6 triggers programmed destruction of urothelium in Hunner-type interstitial cystitis/painful bladder syndrome
2024-06, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6275
PMID:38551071
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了Hunner型间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并提出了针对UPK3A伞细胞损伤的关键信号通路的治疗策略 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了Hunner型间质性膀胱炎中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并确定了TLR3-NR2F6轴作为潜在的治疗靶点 | 治疗效果有限，缺乏对特定细胞类型和分子靶点的充分理解 | 揭示Hunner型间质性膀胱炎中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并寻找潜在的治疗靶点 | Hunner型间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中的尿路上皮细胞 | NA | 膀胱疼痛综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | HIC膀胱中的尿路上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2024-10-07 |
Inferring single-cell spatial gene expression with tissue morphology via explainable deep learning
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.12.598686
PMID:38915550
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研究论文 | 开发了一种基于视觉变换器（ViT）的框架SPiRiT，用于推断单细胞空间基因表达，并结合组织形态学信息 | 提出了SPiRiT框架，通过整合交叉验证和模型解释在超参数调优中，显著提高了预测准确性，并揭示了ViT模型用于预测基因表达的高分辨率高关注区域（HAR） | NA | 探索利用组织形态学信息推断单细胞空间基因表达的可行性 | 人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 视觉变换器（ViT） | 视觉变换器（ViT） | 图像 | 人类乳腺癌和小鼠幼崽的组织切片，评估数据来自Xenium（10x Genomics）数据集 | NA | NA | NA | NA |