单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 543 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-12-19 |
A Fusion Learning Model Based on Deep Learning for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering
2024-06, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2024.0512
PMID:38758925
|
研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的融合学习模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类 | 创新点在于将深度学习技术应用于单细胞RNA测序数据的聚类任务，并提出了一个融合学习模型 | NA | 旨在开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 深度学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-12-18 |
Subpopulations of fibroblasts derived from human iPS cells
2024-06-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06419-8
PMID:38890483
|
研究论文 | 本文研究了从人诱导多能干细胞（iPSCs）分化而来的成纤维细胞亚群，并分析了它们在不同器官中的特性 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析了从iPSCs分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的亚群，揭示了基于发育的成纤维细胞异质性 | 研究仅限于心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞，未涵盖所有器官的成纤维细胞 | 探讨成纤维细胞在不同器官中的异质性，为控制纤维化提供治疗策略 | 从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2024-12-18 |
Integrative analysis of single-cell RNA-seq and gut microbiome metabarcoding data elucidates macrophage dysfunction in mice with DSS-induced ulcerative colitis
2024-06-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06409-w
PMID:38879692
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和肠道微生物群的宏条形码数据，揭示了DSS诱导的小鼠溃疡性结肠炎中巨噬细胞功能障碍 | 本研究首次整合单细胞RNA测序和16s rRNA扩增子测序数据，揭示了巨噬细胞在慢性溃疡性结肠炎中的异质性和炎症反应的分子机制 | 本研究仅在DSS诱导的小鼠模型中进行，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探讨免疫和代谢变化在溃疡性结肠炎中的具体作用机制 | DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型中的结肠细胞和微生物群 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序，16s rRNA扩增子测序 | NA | RNA序列，微生物群数据 | 多个时间点的DSS诱导溃疡性结肠炎小鼠结肠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-12-17 |
A Bibliometric Analysis of the Spatial Transcriptomics Literature from 2006 to 2023
2024-Jun-10, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-024-01484-3
PMID:38856921
|
综述 | 本文对2006年至2023年间的空间转录组学文献进行了文献计量分析，揭示了该领域的研究前沿和趋势 | 首次对空间转录组学领域进行了全面的文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和全球合作网络 | 文献计量分析主要基于已发表的文献，可能无法全面反映该领域的所有研究动态 | 分析空间转录组学领域的研究前沿和趋势 | 2006年至2023年间发表的空间转录组学相关文献 | NA | NA | 文献计量分析 | NA | 文本 | 1467篇论文和综述 | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-12-16 |
Integration of Pan-Cancer Cell Line and Single-Cell Transcriptomic Profiles Enables Inference of Therapeutic Vulnerabilities in Heterogeneous Tumors
2024-06-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3005
PMID:38581448
|
研究论文 | 本文开发了一种名为scIDUC的计算框架，通过整合单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据，预测个体细胞的药物疗效 | 提出了scIDUC框架，能够高效地将单细胞转录组数据转化为个体细胞的药物反应预测，为异质性肿瘤的治疗提供了新工具 | 需要进一步验证该框架在更多疾病类型和更大样本量中的适用性和准确性 | 开发一种能够预测异质性肿瘤中个体细胞药物反应的计算工具 | 单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗性前列腺癌三种不同疾病的细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-12-14 |
CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07537-3
PMID:38867048
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了IL-23受体表达细胞在肠道中的急性反应，揭示了CTLA-4在ILC3s上的上调及其在调节IL-23介导的炎症中的作用 | 首次发现CTLA-4在ILC3s上的上调，并揭示了其在调节IL-23介导的炎症中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，对人类样本的研究较少，且未探讨CTLA-4在其他炎症性疾病中的作用 | 探讨IL-23介导的炎症反应中CTLA-4的作用机制 | 肠道中的IL-23受体表达细胞及ILC3s | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类ILC3s样本 | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-12-13 |
Intrinsic Gata4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model
2024-Jun-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4420617/v1
PMID:38883722
|
研究论文 | 研究探讨了Loeys-Dietz综合征小鼠模型中主动脉根部扩张的分子机制 | 首次通过单细胞和空间转录组学技术揭示了LDS小鼠主动脉平滑肌细胞的异质性，并发现Gata4表达的VSMC在主动脉根部表现出较低的分化状态和促炎性特征 | 研究仅限于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未在人类患者中进行验证 | 识别Loeys-Dietz综合征中主动脉根部易扩张的分子决定因素 | Loeys-Dietz综合征小鼠模型的主动脉平滑肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | LDS小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 188 | 2024-12-13 |
Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
2024-Jun-03, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0913
PMID:38416133
|
研究论文 | 研究分析了胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的特征，特别是CD8+ T细胞的克隆扩展和效应功能 | 揭示了GBM中肿瘤浸润的CD8+ T细胞主要为克隆扩展的GZMK+效应T细胞，且缺乏典型的耗竭CD8+ T细胞群体 | 研究样本量较小，仅包括15名高级别胶质瘤患者 | 探讨GBM中TIL的特征及其在免疫治疗中的潜在意义 | 胶质母细胞瘤（GBM）和高级别胶质瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL） | NA | 脑癌 | 单细胞RNA测序和配对的V(D)J测序 | NA | 转录组 | 15名高级别胶质瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2024-12-08 |
CAraCAl: CAMML with the integration of chromatin accessibility
2024-Jun-13, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05833-3
PMID:38872103
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CAraCAl的生物信息学方法，用于在scATAC-seq数据上进行细胞类型注释 | CAraCAl通过整合染色质可及性数据，改进了CAMML方法，使其能够更有效地处理scATAC-seq数据 | 当scRNA-seq数据存在时，CAraCAl的性能并未超过CAMML，仅在仅有scATAC-seq数据时表现较好 | 开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型 | scATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2024-12-08 |
scDMAE: A Generative Denoising Model Adopted Mask Strategy for scRNA-Seq Data Recovery
2024-06, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3383921
PMID:38568766
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scDMAE的生成去噪模型，采用掩码策略用于单细胞RNA测序数据的恢复 | scDMAE模型融合了基因表达特征和拓扑特征，使用带有掩码策略的自编码器来建模丢失事件并分离潜在噪声，结合原始数据恢复真实的生物表达值 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的去噪和恢复准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 多种类型的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2024-12-02 |
Identification of lipid metabolism-related gene signature in the bone marrow microenvironment of multiple myelomas through deep analysis of transcriptomic data
2024-Jun-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01398-w
PMID:38916672
|
研究论文 | 通过深度分析转录组数据，识别多发性骨髓瘤骨髓微环境中与脂质代谢相关的基因特征 | 本研究通过分析多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据，识别出与脂质代谢相关的基因，并构建了预测模型，揭示了脂质代谢相关基因在骨髓微环境中的作用及其对患者生存状态、免疫状态和免疫治疗反应的影响 | 研究主要基于测序数据，未涉及临床试验验证，且样本量相对较小 | 探讨脂质代谢相关基因在多发性骨髓瘤骨髓微环境中的作用机制及其对患者预后的影响 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓微环境及脂质代谢相关基因 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 涉及多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据，具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-12-02 |
Revolutionary multi-omics analysis revealing prognostic signature of thyroid cancer and subsequent in vitro validation of SNAI1 in mediating thyroid cancer progression through EMT
2024-Jun-13, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01387-z
PMID:38869635
|
研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了甲状腺癌的预后特征，并在体外验证了SNAI1通过EMT介导甲状腺癌进展的作用 | 开发了一种基于多组学数据的共识机器学习驱动的预后模型（CMLS），并验证了其在甲状腺癌患者预后预测中的优越性 | NA | 开发一种基于多组学数据的预后模型，以准确预测甲状腺癌患者的预后 | 甲状腺癌患者的预后特征及SNAI1在甲状腺癌进展中的作用 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、甲基化芯片数据、基因突变数据 | 机器学习模型 | 基因表达数据、lncRNA表达数据、miRNA表达数据、甲基化数据、基因突变数据、临床数据 | 2种未分化甲状腺癌细胞系、1种乳头状甲状腺癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2024-11-27 |
CD4+ T cells display a spectrum of recall dynamics during re-infection with malaria parasites
2024-Jun-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49879-6
PMID:38944658
|
研究论文 | 研究了在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应动态 | 首次详细描述了在再次感染疟原虫时，不同CD4 T细胞亚群的回忆反应多样性，并提供了用于研究基因表达动态和克隆关系的图形用户界面 | 研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不完全适用于人类 | 探讨在再次感染疟原虫时，CD4+ T细胞的回忆反应及其多样性 | CD4+ T细胞及其在再次感染疟原虫时的反应 | NA | 疟疾 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体测序（TCR-seq）和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 老鼠模型中的CD4+ T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-11-22 |
Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses
2024-06-20, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00638-0
PMID:38902839
|
研究论文 | 本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架，用于单细胞RNA测序分析，以提高识别差异表达基因的能力 | 提出了贝叶斯-频率主义混合框架，相比其他单细胞差异表达方法，在考虑FDR和功效时表现更优 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯-频率主义混合框架 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-11-22 |
TDP2 is a regulator of estrogen-responsive oncogene expression
2024-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcae016
PMID:38596431
|
研究论文 | 研究了TDP2在雌激素诱导的转录组中的作用，特别是其对TOP2依赖的转录调控的影响 | 揭示了TDP2在雌激素诱导的转录调控中的新作用，特别是在修复TOP2引起的断裂中的作用 | 研究主要集中在TDP2缺陷细胞和老鼠模型上，可能需要进一步验证在其他模型中的适用性 | 探讨TDP2在雌激素受体诱导的转录调控中的作用 | TDP2在雌激素诱导的转录调控中的作用及其对特定致癌基因表达的调控 | NA | NA | RNA-seq | NA | RNA | TDP2缺陷细胞和老鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-11-20 |
Development of a Spectral Flow Cytometry Analysis Pipeline for High-Dimensional Immune Cell Characterization
2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.19.599633
PMID:38948780
|
研究论文 | 本文开发了一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析管道 | 引入了一种新的分析管道，改进了光谱流式细胞术数据的分析，并将其应用于识别衰老中的稀有T细胞群体 | NA | 开发和验证一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析方法 | 年轻和老年雌性小鼠的脾细胞中的T细胞群体 | 生物信息学 | NA | 光谱流式细胞术 | NA | 细胞数据 | 11个脾脏中的3,776,804个T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-11-14 |
Differential CpG methylation at Nnat in the early establishment of beta cell heterogeneity
2024-Jun, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06123-6
PMID:38512414
|
研究论文 | 研究探讨了Nnat基因在β细胞异质性早期建立中的差异CpG甲基化机制 | 首次揭示了Nnat基因的差异甲基化在β细胞异质性建立中的作用 | NA | 探讨β细胞异质性建立的分子机制 | 胰腺β细胞及其亚群 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、亲和纯化质谱分析、钙成像 | NA | RNA、蛋白质 | 转基因小鼠和db/db小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 198 | 2024-11-13 |
Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing
2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597786
PMID:38895367
|
研究论文 | 研究描述了在骨折愈合过程中，感觉神经元如何介导骨骼再生，并确定了神经源性信号在骨折修复中的关键作用 | 首次详细描述了感觉神经元在骨折愈合中的神经解剖学通路，并揭示了神经源性FGF9在骨折修复中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用可能受限 | 探讨感觉神经元在骨折愈合中的作用机制，并确定关键的神经源性信号 | 小鼠的长骨骨折及其愈合过程 | 神经科学 | 骨折 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 6648个背根神经节神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 199 | 2024-11-11 |
Ephrin Forward Signaling Controls Interspecies Cell Competition in Pluripotent Stem Cells
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.02.597057
PMID:38895424
|
研究论文 | 研究探讨了在小鼠和人类多能干细胞共培养中，Ephrin A配体在小鼠细胞中如何通过信号传导导致相邻的人类细胞死亡的机制 | 开发了一种跨物种细胞接触报告系统，揭示了Ephrin A配体在跨物种多能干细胞竞争中的关键作用 | NA | 阐明跨物种多能干细胞竞争在早期胚胎发生中的关键机制，并为在动物中生成人类化组织或器官开辟新途径 | 小鼠和人类多能干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-11-09 |
Early Injury Landscape in Vein Harvest by Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2024-Jun-21, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323939
PMID:38808504
|
研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应 | 首次应用单细胞和空间转录组学技术研究静脉病理，揭示了静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应及其分子机制 | 研究仅在犬模型中进行，结果的普适性需进一步验证 | 阐明静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应，识别潜在的治疗靶点 | 静脉移植在采集和植入后的早期损伤反应及其分子机制 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 4只犬 | NA | NA | NA | NA |