单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 542 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-20
Advances in spatial transcriptomics and its applications in cancer research
2024-06-20, Molecular cancer IF:27.7Q1
综述 总结了空间转录组学技术的发展、工具及其在癌症研究中的应用,并讨论了当前的局限性和未来前景 系统梳理了空间转录组学技术的最新进展、分析工具及其在肿瘤研究中的具体应用 空间转录组学技术目前仍存在分辨率和通量等方面的局限性,且面临数据分析复杂等挑战 综述空间转录组学技术的发展及其在癌症研究中的应用 恶性肿瘤及空间转录组学技术 空间转录组学 癌症 空间转录组测序 NA NA NA NA 空间转录组学 NA NA
2 2026-09-20
Multi-omics profiling reveal cells with novel oncogenic cluster, TRAP1low/CAMSAP3low, emerge more aggressive behavior and poor-prognosis in early-stage endometrial cancer
2024-06-17, Molecular cancer IF:27.7Q1
研究论文 通过蛋白质组学和单细胞转录组学分析早期子宫内膜癌,识别出TRAP1低/CAMSAP3低的肿瘤细胞簇,并构建了结合TRAP1、CAMSAP3和TP53的预后预测模型 发现了新的致癌细胞簇TRAP1低/CAMSAP3低,并构建了结合TRAP1、CAMSAP3和TP53的多组学预测模型,提高了早期子宫内膜癌的诊断效能 摘要中未明确提及研究局限性 识别早期子宫内膜癌的高质量预后标志物,并探究其在侵袭性肿瘤行为中的潜在作用 24例具有不同生存结局的早期子宫内膜样子宫内膜癌患者的癌组织和癌旁组织 数字病理学 子宫内膜癌 蛋白质组学,单细胞转录组测序,免疫组织化学 NA 蛋白质表达数据,单细胞转录组数据,图像 24例早期子宫内膜样子宫内膜癌患者的癌和癌旁组织 NA 单细胞RNA测序,蛋白质组学,免疫组织化学 NA NA
3 2026-09-20
Practical considerations for machine learning-enabled discoveries in spatial transcriptomics
2024-Jun, GEN biotechnology IF:2.0Q3
综述 本文讨论了在空间转录组学中应用机器学习进行发现的实践考虑因素 强调了机器学习在空间转录组学分析中的关键目标和数据科学概念,并提供了选择合适工具的启发式方法 未提及具体的实验验证或案例研究 帮助研究人员理解在空间转录组学中应用机器学习的主要计算考虑因素 空间转录组学数据 机器学习 NA 空间转录组学,多重免疫荧光 NA 图像,文本 NA NA NA NA NA
4 2026-09-19
Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung
2024-06-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1
研究论文 通过对健康人肺组织进行SARS-CoV-2有效感染并结合scRNA-seq重建各肺细胞类型的感染伪时间转录程序,揭示病毒主要感染活化的间质巨噬细胞并诱导促纤维化和炎症反应。 首次在健康人肺组织模型中通过感染伪时间重建单细胞转录程序,发现活化的间质巨噬细胞是病毒大量复制和炎症纤维化的核心位点,并揭示AM和IM分别通过ACE2/Sialoadhesin和DC-SIGN介导入侵。 研究基于体外感染人肺组织模型,可能无法完全反映体内COVID-19早期病理过程,且样本来源和数量有限。 阐明SARS-CoV-2在人肺早期感染中的细胞嗜性和转录组效应,确定病毒入侵的关键细胞类型及分子机制。 健康人肺组织及其中的肺巨噬细胞(间质巨噬细胞和肺泡巨噬细胞) 单细胞转录组学 COVID-19 scRNA-seq NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
5 2026-09-19
Self-regulating CAR-T cells modulate cytokine release syndrome in adoptive T-cell therapy
2024-06-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1
研究论文 该研究开发了分泌托珠单抗衍生的单链可变片段(Toci)的自调节CAR-T细胞,以减轻细胞因子释放综合征(CRS)的严重程度,并在人源化小鼠模型中验证了其安全性和抗肿瘤疗效 首次报道通过工程化T细胞自我调节炎症细胞因子的产生,即让CAR-T细胞分泌Toci来减轻CRS,且意外发现其抗肿瘤疗效优于传统CD19 CAR-T细胞,同时保留记忆T细胞表型 研究主要基于人源化NSG-SGM3小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性 探究自调节CAR-T细胞(分泌Toci)是否能减轻CRS严重程度,并评估其安全性和抗肿瘤疗效 人源化NSG-SGM3小鼠模型及CD19 CAR-T细胞 免疫治疗、基因工程T细胞疗法 癌症(血液系统恶性肿瘤,如B细胞淋巴瘤/白血病)、细胞因子释放综合征 CAR-T细胞工程、scRNA-seq NA 单细胞转录组数据 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
6 2026-09-18
Global dynamics and cytokinin participation of salt gland development trajectory in recretohalophyte Limonium bicolor
2024-06-28, Plant physiology IF:6.5Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序揭示了泌盐植物海薰衣草盐腺发育轨迹及细胞分裂素的参与机制 首次在单细胞分辨率下构建了海薰衣草幼叶的基因表达图谱,鉴定了盐腺发育相关的细胞亚群和分化轨迹,并发现了TRIPTYCHON和Lb7G34824在盐腺发育中调控细胞分裂素稳态的新机制 摘要中未提及研究局限性 阐明盐腺发育轨迹及其分子机制 海薰衣草(Limonium bicolor)幼叶原生质体 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 海薰衣草幼叶原生质体,来源于盐腺起始和分化阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
7 2026-09-13
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出一种基于互信息的统计框架MICA,用于整合多个批量或单细胞转录组研究,检测具有一致多类表达模式的生物标志物 从信息论视角出发,利用互信息进行全局检验,能够检测在部分或全部组学研究中具有一致多类模式的生物标志物,并支持事后分析以识别具有一致模式的研究,克服了现有方法仅适用于二分类场景的局限 未明确提及 开发一种统计框架,用于在整合多个组学研究中检测多类生物标志物 多组学转录组研究数据,包括小鼠代谢相关转录组研究(四种组织)和雌激素处理表达谱(三个来源),以及单细胞RNA-Seq数据(三阴性乳腺癌肿瘤进展) 机器学习 三阴性乳腺癌 bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq 互信息一致性分析(MICA) 转录组数据 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
8 2026-09-09
A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching
2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 提出一种基于动态批处理对抗自编码器(DB-AAE)的深度学习框架,用于单细胞RNA测序数据的去噪和排序 引入动态批处理机制到对抗自编码器中,有效处理scRNA-seq数据的低捕获率和dropout事件带来的噪声 未提及具体局限性 利用深度学习框架改善scRNA-seq数据的去噪效果,提高数据分析准确性 scRNA-seq数据集 深度学习 NA scRNA-seq 对抗自编码器 基因表达数据 未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
9 2026-09-09
SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis
2024-06-12, Cell genomics IF:11.1Q1
研究论文 介绍SIMS,一个用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具,能够高效准确地进行细胞类型分类。 SIMS是一个低代码、可扩展且可解释的深度学习管道,即使在训练集很小(<3500个细胞)的情况下也能实现高精度分类,并能揭示细胞分化过程中的遗传变化。 文中未明确提及局限性。 开发并验证一个稳健、通用的单细胞RNA测序数据细胞类型分类工具,以改善现有分类算法的准确性。 来自不同组织和物种的单细胞RNA测序数据集,包括大脑、发育中的大脑和皮质类器官。 深度学习 NA 单细胞RNA测序 深度学习模型 单细胞转录组数据 脑数据集(<3500个细胞)和皮质类器官数据集(未明确样本数量) NA 单细胞RNA测序 NA NA
10 2026-09-06
KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment
2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序等多模态方法,鉴定出胰腺导管腺癌中KRT17高表达/CXCL8+的中间态肿瘤细胞亚型,并揭示其调控骨髓细胞浸润的作用。 首次在单细胞水平上鉴定出兼具经典和基底特征的KRT17high/CXCL8+中间态癌细胞亚型,并证明其通过CXCL8依赖性方式影响局部和系统性免疫微环境。 研究主要基于有限的样本和体外模型,患者来源类器官可能无法完全重现体内复杂的微环境,且纵向血液样本的追踪时间有限。 表征胰腺导管腺癌中中间态癌细胞亚型的特征及其在肿瘤微环境和系统免疫中的作用。 包含18个人类PDAC样本的单细胞RNA测序数据、患者来源的PDAC类器官、匹配的血液和肿瘤样本以及纵向血液样本。 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、血液和肿瘤样本的配对单细胞数据、血浆蛋白质组数据 18个人类PDAC样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
11 2026-09-04
Impact of benzo[a]pyrene, PCB153 and sex hormones on human ESC-Derived thyroid follicles using single cell transcriptomics
2024-06, Environment international IF:10.3Q1
研究论文 利用单细胞转录组学研究苯并[a]芘、PCB153及性别激素对人胚胎干细胞来源甲状腺滤泡的影响 首次使用单细胞转录组学结合人胚胎干细胞衍生的甲状腺类器官,探究性别激素环境对内分泌干扰物甲状腺毒性的调节作用 研究基于体外模型,可能无法完全模拟体内复杂的生理环境;样本量有限 评估不同性别激素环境对甲状腺滤泡响应内分泌干扰物的影响,并阐明其转录组水平的变化机制 人胚胎干细胞衍生的甲状腺类器官 单细胞转录组学 甲状腺疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-09-03
Hypoxia inducible factor 2α promotes tolerogenic macrophage development during cardiac transplantation through transcriptional regulation of colony stimulating factor 1 receptor
2024-06-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序发现HIF-2α在耐受性单核细胞中表达,并证实其通过调控CSF1R促进耐受性巨噬细胞发育,对心脏移植耐受至关重要 首次揭示HIF-2α通过直接转录调控CSF1R促进耐受性巨噬细胞发育,并利用靶向髓系细胞的roxadustat胶束增强移植耐受,提出新的治疗策略 未明确说明 探索心脏移植耐受的分子机制,特别是HIF-2α在耐受性巨噬细胞发育中的作用 小鼠心脏移植模型中的急性排斥和耐受性同种异体移植物,以及脾脏来源的单核细胞 单细胞转录组学 器官移植排斥 单细胞RNA测序、流式细胞术 NA 单细胞基因表达数据 涉及小鼠模型,但具体样本量未在摘要中提供 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'表达谱
13 2026-08-27
Multi-omics analysis uncovered systemic lupus erythematosus and COVID-19 crosstalk
2024-06-11, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
研究论文 通过多组学分析揭示系统性红斑狼疮与COVID-19之间的相互作用机制 首次利用多组学数据整合分析,阐明SLE与COVID-19共享的hub基因和关键信号通路,并确定单核细胞/巨噬细胞为共同靶细胞 未提供明确的局限性信息 利用临床信息和多组学数据阐明COVID-19对SLE的影响及两种疾病间的相互作用机制 系统性红斑狼疮和COVID-19患者 基因组学 系统性红斑狼疮, COVID-19 RNA-seq, 全基因组关联分析, 单细胞RNA-seq NA 基因表达数据, 基因组关联数据 NA NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-08-26
Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer
2024-06-10, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 本研究通过基因工程小鼠模型揭示了嗅觉神经母细胞瘤的分子异质性和谱系轨迹,并发现其与小细胞肺癌在细胞命运和微环境方面具有相似性 首次建立Rb1/Trp53/Myc突变的转移性高级别嗅觉神经母细胞瘤小鼠模型,并证明球状基底细胞是其起源细胞,同时揭示了肿瘤内细胞命运异质性和可塑性,以及与小细胞肺癌的保守相似性 未明确提及研究的局限性 探究嗅觉神经母细胞瘤的细胞起源、分子异质性及其与小细胞肺癌的相似性,为分类和治疗提供新见解 嗅觉神经母细胞瘤(人源和小鼠模型)及小细胞肺癌(作为对比) 分子生物学 嗅觉神经母细胞瘤、小细胞肺癌 基因工程小鼠模型、单细胞转录组学、条形码谱系追踪 基因工程小鼠模型 单细胞转录组数据、条形码谱系追踪数据 涉及小鼠模型和多个人类嗅觉神经母细胞瘤样本,具体数量未提供 NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-08-26
Integrative molecular and spatial analysis reveals evolutionary dynamics and tumor-immune interplay of in situ and invasive acral melanoma
2024-06-10, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 该研究通过整合基因组学、单细胞转录组学、空间转录组学及蛋白质组学方法,对147例肢端黑色素瘤进行了分子和空间特征分析,揭示了原位到浸润性进展过程中的演化动态及肿瘤-免疫相互作用。 首次揭示了肢端黑色素瘤从原位到浸润性进展中的早期单克隆播种模式和两种不同的区域扩张模式(克隆扩张和亚克隆多样化),并发现了与侵袭性相关的APOE/CD163巨噬细胞亚群及其通过IGF1-IGF1R相互作用促进肿瘤上皮-间质转化的机制。 样本量有限,且主要基于中国人群,可能影响结果的普适性;此外,体外和离体实验未能完全模拟体内微环境的复杂性。 解析肢端黑色素瘤从原位到浸润性进展的演化动态及其与肿瘤免疫微环境的相互作用,为早期检测和治疗提供生物标志物。 147例肢端黑色素瘤样本,包括原发和浸润性肿瘤,以及相关免疫细胞。 生物信息学 黑色素瘤 基因组测序、RNA-seq、单细胞RNA测序、空间转录组 NA 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据、蛋白质组数据 147例肢端黑色素瘤样本 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA-seq, 空间转录组 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq 10x Chromium单细胞3'端测序, 10x Visium空间转录组, Illumina NovaSeq高通量测序
16 2026-08-26
KLF4 in smooth muscle cell-derived progenitor cells is essential for angiotensin II-induced cardiac inflammation and fibrosis
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过谱系追踪、单细胞RNA测序和空间转录组技术,揭示了平滑肌细胞来源的AdvSca1-SM祖细胞在血管紧张素II诱导的心脏纤维化中向肌成纤维细胞分化的轨迹,并证明转录因子KLF4对该促纤维化反应至关重要 首次发现AdvSca1-SM细胞在血管紧张素II诱导的心脏纤维化中具有促纤维化分化轨迹,并揭示KLF4不仅维持细胞干性,还协调其对促纤维化刺激的反应,为心脏纤维化提供潜在治疗靶点 未提及具体局限性 阐明KLF4调控平滑肌细胞来源的AdvSca1-SM细胞表型的分子机制,及其在血管紧张素II诱导的心脏炎症和纤维化中的作用 主动脉、颈动脉和股动脉外膜中的AdvSca1-SM细胞,以及人类心脏肥大组织 生物信息学 心脏纤维化 谱系追踪、单细胞RNA测序、空间转录组 NA 基因表达数据、空间转录组数据 小鼠模型和人类心脏组织样本,具体数量未提及 NA 单细胞RNA测序、空间转录组 NA NA
17 2026-08-26
Neutrophil and macrophage crosstalk might be a potential target for liver regeneration
2024-06, FEBS open bio IF:2.8Q3
研究论文 本研究通过重新分析小鼠部分肝切除模型的单细胞RNA测序数据,追踪肝细胞和非实质细胞的转录变化,揭示了中性粒细胞与巨噬细胞之间的相互作用可能是促进肝再生的潜在治疗靶点 创新性地利用单细胞RNA测序数据重新分析,结合CellChat和加权基因共表达网络分析,首次揭示了肝再生过程中中性粒细胞与巨噬细胞之间的复杂串扰,并指出门静脉周围区域的肝细胞在其他区域中更为活跃 研究主要基于小鼠模型,可能无法完全代表人类肝脏再生的复杂性;此外,对中性粒细胞耗竭的实验结果未详细讨论其潜在的分子机制 旨在探究中性粒细胞在肝脏再生过程中的作用,并识别可能促进肝再生的潜在治疗靶点 小鼠部分肝切除模型中的肝细胞和非实质细胞(包括中性粒细胞和巨噬细胞) 单细胞测序 肝再生 单细胞RNA测序 未明确指定,但可能涉及神经网络或聚类算法(基于CellChat和WGCNA) 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2026-08-23
Development of Novel Models of Aggressive Variants of Castration-resistant Prostate Cancer
2024-06, European urology oncology IF:8.3Q1
研究论文 本研究开发了针对侵袭性变异型去势抵抗性前列腺癌的新型临床前模型,包括患者来源的异种移植模型、类器官等,并进行分子特征分析以支持药物评估 首次建立涵盖罕见分子表型如微卫星不稳定性高和神经内分泌前列腺癌的PDX、PDXO和PDO模型,并利用单细胞RNA测序验证其保留了肿瘤内异质性 样本量有限,且模型可能无法完全复制患者肿瘤的微环境复杂性 开发代表侵袭性前列腺癌变异的临床前模型,并建立新的药物评估策略 转移性去势抵抗性前列腺癌患者来源的肿瘤组织 数字病理学 前列腺癌 全外显子组测序、RNA测序、单细胞RNA测序 患者来源异种移植模型、患者来源异种移植类器官、患者来源类器官 基因组、转录组、单细胞转录组数据及组织图像 51例转移性前列腺癌患者,建立了5个神经内分泌前列腺癌、7个DNA损伤反应、1个微卫星不稳定性高的异种移植模型,16个异种移植类器官和6个患者来源类器官 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序、全外显子组测序 NA NA
19 2026-08-22
Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease
2024-06, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和底物瓜氨酸化图谱分析,揭示了中性粒细胞来源的PAD4通过瓜氨酸化CKMT1加剧炎症性肠病黏膜炎症的机制。 首次揭示了PAD4在炎症性肠病中的新底物CKMT1及其R242位点的瓜氨酸化,阐明了中性粒细胞外囊泡传递PAD4至肠上皮细胞导致屏障功能障碍的新机制。 研究主要基于小鼠模型,临床样本分析相对有限,且PAD4调控的具体信号通路细节尚需进一步阐明。 探索PAD4在炎症性肠病中的作用机制,尤其是其底物和瓜氨酸化在肠道炎症中的贡献,以评估其作为治疗靶点的潜力。 小鼠结肠炎模型和人类炎症性肠病样本中的肠上皮细胞、中性粒细胞及其细胞外囊泡。 生物信息学 炎症性肠病 单细胞RNA测序、底物瓜氨酸化图谱分析 NA 单细胞转录组数据 小鼠模型(DSS诱导的结肠炎)和人类炎症性肠病患者样本(具体数量未提供) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'试剂盒
20 2026-08-21
Single-cell transcriptional analysis of irradiated skin reveals changes in fibroblast subpopulations and variability in caveolin expression
2024-Jun-26, Radiation oncology (London, England)
研究论文 该研究通过单细胞转录组学分析受辐射与未受辐射的人类皮肤样本,揭示成纤维细胞亚群的变化及窖蛋白表达的变异性,为辐射诱导纤维化的机制提供了新见解。 首次在单细胞水平上识别出辐射皮肤中成纤维细胞的五个不同转录簇,并发现仅一个簇特异性表达Cav2,提示Cav1和Cav2可能对抗性调节纤维化反应。 研究样本量较小(仅六名患者),且主要基于观察性分析,未进行功能验证实验来确认Cav2在纤维化中的直接作用。 通过组织学与单细胞转录组分析,识别辐射诱导纤维化发展中的新型特征,以指导未来治疗策略的制定。 六名接受肿瘤切除术后乳房重建的女性患者的成对辐射与对侧非辐射皮肤样本。 单细胞转录组学 辐射诱导纤维化 单细胞RNA测序、组织学评估、免疫组化、生物力学测试 Seurat聚类、SingleR分类器 单细胞转录组数据、组织图像、力学数据 12个皮肤样本(来自6名患者,每位患者配对的辐射与非辐射样本) 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x单细胞平台(具体配置未在摘要中提供)
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