单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-11	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	research paper	本文介绍了SpotSweeper，一种用于空间转录组学数据的空间感知质量控制方法	SpotSweeper能够识别局部异常值和区域伪影，减少生物异质性带来的偏差，并改进下游聚类和标记基因检测	目前尚无针对SRT特有的组织学伪影的识别方法	开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially-resolved transcriptomics (SRT), single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq)	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的Visium数据
2	2025-07-11	Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy 2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s12195-024-00812-3 PMID:39050513	研究论文	该研究通过结合单细胞RNA测序和活细胞成像技术，探索了自然杀伤（NK）细胞在杀伤过程中的动态转录程序	首次将单细胞RNA测序与活细胞成像技术结合，用于研究NK细胞杀伤功能与转录因子活性的关系	研究仅使用了NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系作为模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探索NK细胞杀伤功能与细胞内信号传导的关系，以改进基于NK细胞的免疫治疗方法	NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系	细胞免疫治疗	宫颈癌	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、活细胞成像、ViPER和DoRothEA R包分析	NA	转录组数据、显微成像数据	NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养系统
3	2025-07-05	S100A8/A9hi neutrophils induce mitochondrial dysfunction and PANoptosis in endothelial cells via mitochondrial complex I deficiency during sepsis 2024-06-28, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06849-6 PMID:38942784	研究论文	本文研究了S100A8/A9高表达的中性粒细胞通过线粒体复合物I缺陷在脓毒症期间诱导内皮细胞线粒体功能障碍和PANoptosis的机制	揭示了S100A8/A9通过下调Nrf1表达抑制线粒体复合物I中的Ndufa3表达，进而导致线粒体功能障碍和PANoptosis的新机制	研究主要基于体外实验和测序分析，缺乏在体实验验证	探究S100A8/A9在脓毒症期间诱导内皮细胞功能障碍的分子机制	中性粒细胞和内皮细胞	分子生物学	脓毒症	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	测序数据	NA
4	2025-07-05	Multiomics integration-based immunological characterizations of adamantinomatous craniopharyngioma in relation to keratinization 2024-06-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06840-1 PMID:38906852	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学对58,081个细胞核进行综合分析，揭示了颅咽管瘤的免疫微环境特征及其细胞间网络	首次通过多组学整合分析揭示了颅咽管瘤的免疫抑制微环境特征，并发现了一种与肿瘤角质化相关的调控网络	样本量相对有限，且研究结果需要进一步的功能验证	阐明颅咽管瘤的免疫微环境特征及其与肿瘤进展的关系	颅咽管瘤(ACP)样本	数字病理学	颅咽管瘤	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学, asmFISH	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	58,081个细胞核
5	2025-07-05	CSTF3 contributes to platinum resistance in ovarian cancer through alternative polyadenylation of lncRNA NEAT1 and generating the short isoform NEAT1_1 2024-06-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06816-1 PMID:38898019	研究论文	本研究揭示了CSTF3通过调节lncRNA NEAT1的选择性多聚腺苷酸化（APA）在卵巢癌铂类耐药中的作用机制	首次发现CSTF3通过调控NEAT1的APA过程生成短亚型NEAT1_1，从而促进卵巢癌铂类耐药的新机制	研究主要基于公共数据库的单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证	探索卵巢癌铂类耐药的分子机制	卵巢癌患者的铂类耐药和敏感组织	癌症生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	公共数据库中的卵巢癌患者单细胞RNA测序数据集
6	2025-07-05	CXCR7 activation evokes the anti-PD-L1 antibody against glioblastoma by remodeling CXCL12-mediated immunity 2024-06-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06784-6 PMID:38898023	研究论文	本研究探讨了CXCR7激活通过重塑CXCL12介导的免疫反应，增强抗PD-L1抗体对胶质母细胞瘤的疗效	发现了CXCR7作为CXCL12的非典型受体在肿瘤细胞中的负调控作用，并验证了选择性CXCR7激动剂VUF11207能逆转GAM诱导的免疫抑制，增强抗PD-L1抗体的治疗效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索通过靶向CXCR7-CXCL12轴增强胶质母细胞瘤免疫治疗效果的机制	胶质母细胞瘤细胞、胶质母细胞瘤相关巨噬细胞(GAMs)和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	转录组分析、单细胞转录组测序、体外共培养系统	小鼠胶质母细胞瘤模型	转录组数据、单细胞测序数据、体外实验数据	未明确说明样本数量，但使用了复发胶质母细胞瘤标本、公共胶质母细胞瘤数据集和小鼠模型
7	2025-07-05	Chemerin attracts neutrophil reverse migration by interacting with C-C motif chemokine receptor-like 2 2024-06-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06820-5 PMID:38890311	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞反向迁移（rM）的机制，发现趋化因子受体样2（Ccrl2）及其配体chemerin在这一过程中起关键作用	首次揭示了chemerin通过与其受体CCRL2相互作用吸引中性粒细胞离开炎症部位的新机制	研究主要基于小鼠模型，人体中的相关性尚需验证	探索中性粒细胞反向迁移的分子机制	中性粒细胞及其迁移行为	免疫学	急性肺损伤	scRNA-seq、气袋模型	NA	基因表达数据、细胞追踪数据	小鼠急性肺损伤模型
8	2025-07-05	The Mohawk homeobox gene represents a marker and osteo-inhibitory factor in calvarial suture osteoprogenitor cells 2024-06-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06813-4 PMID:38886383	研究论文	该研究揭示了Mohawk同源盒基因（Mkx）在小鼠颅骨缝合间充质祖细胞中作为骨抑制因子的作用及其在骨修复中的机制	首次发现Mkx基因在颅骨缝合间充质祖细胞中作为骨抑制因子，并证明其机械响应性调控骨分化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Mkx基因在颅骨缝合间充质祖细胞中的功能及其在骨修复中的作用机制	小鼠颅骨缝合间充质祖细胞	骨生物学	骨修复障碍	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、基因敲除/敲低、机械拉伸实验	基因报告小鼠模型（Mkx; R26R）	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本量（使用转基因小鼠模型）
9	2025-07-05	Synergistic immunochemotherapy targeted SAMD4B-APOA2-PD-L1 axis potentiates antitumor immunity in hepatocellular carcinoma 2024-06-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06699-2 PMID:38886351	研究论文	提出一种针对肝细胞癌的协同免疫化疗策略，通过SAMD4B-APOA2-PD-L1轴增强抗肿瘤免疫	首次提出基于三种常见抗肿瘤药物的协同免疫化疗策略，并揭示其通过SAMD4B介导的2'-O-甲基化修饰调控免疫微环境的机制	研究主要基于PDX小鼠模型，临床样本量可能有限	开发针对晚期肝细胞癌的有效治疗方案	肝细胞癌患者和PDX小鼠模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序、2'-O-甲基化修饰、多重免疫荧光染色	PDX小鼠模型	RNA测序数据、免疫荧光图像数据	未明确说明具体样本量，涉及PDX小鼠模型和临床患者数据
10	2025-07-05	MAL2 reprograms lipid metabolism in intrahepatic cholangiocarcinoma via EGFR/SREBP-1 pathway based on single-cell RNA sequencing 2024-06-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06775-7 PMID:38866777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现MAL2在肝内胆管癌中特异性富集，并通过调控EGFR/SREBP-1通路促进脂质代谢，影响癌细胞增殖和迁移	首次揭示MAL2通过稳定EGFR膜定位激活PI3K/AKT/SREBP-1轴促进脂质积累的机制，并筛选出小分子抑制剂sarizotan	研究主要基于体外实验和类器官模型，尚未进行大规模临床验证	探究MAL2在肝内胆管癌发生发展中的作用机制及治疗靶点	肝内胆管癌细胞及类器官模型	肿瘤生物学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学、代谢组学、分子对接、Co-IP	类器官模型	RNA测序数据、代谢物数据	未明确说明具体样本数量
11	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的耗时和易错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
12	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	research paper	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	TACIT算法在无需训练数据的情况下，通过无偏阈值和专注于相关标记的方法，提高了细胞类型和状态识别的准确性和可扩展性	虽然TACIT在多个数据集中表现优异，但其在更广泛的组织类型和疾病模型中的通用性尚未验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易出错问题	细胞类型和状态	spatial biology	inflammatory gland diseases	spatial transcriptomics and proteomics	unsupervised algorithm	multiomic assays	5,000,000 cells; 51 cell types from three niches (brain, intestine, gland)
13	2025-07-03	Positionally distinct interferon stimulated dermal immune acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.24.600500 PMID:38979312	研究论文	本文通过单核和批量转录组学分析Sweet综合征的皮肤样本，揭示了干扰素信号在Sweet综合征中的作用，并发现不同位置的免疫活性成纤维细胞在促进中性粒细胞招募中的功能	首次在Sweet综合征中识别出位置不同的免疫活性成纤维细胞亚群，并阐明了它们通过识别I型干扰素在疾病发病机制中的作用	研究基于临床存档样本和体外培养的成纤维细胞，可能无法完全反映体内复杂环境	阐明Sweet综合征中中性粒细胞浸润的分子机制	Sweet综合征患者的皮肤样本和体外培养的原代人皮肤成纤维细胞	皮肤病理学	Sweet综合征	单核转录组学、批量转录组学、单分子分辨率空间转录组学	NA	转录组数据	临床存档的Sweet综合征皮肤样本和体外培养的原代人皮肤成纤维细胞
14	2025-07-03	Sex differences and immune correlates of Long COVID development, persistence, and resolution 2024-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.18.599612 PMID:38948732	研究论文	本研究探讨了性别差异与长新冠（LC）发展、持续和消退的免疫相关性	揭示了性别特异性的免疫失调在长新冠发病机制中的作用，并识别了与长新冠相关的多种先天和适应性免疫特征	样本量较小（45名患者），且仅基于血液样本分析	研究长新冠的免疫学基础及其性别差异	45名发展为长新冠或康复的新冠患者	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、血浆蛋白质组学	NA	血液样本	45名患者
15	2025-07-03	Anti-PD-1 cancer immunotherapy induces central nervous system immune-related adverse events by microglia activation 2024-06-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adj9672 PMID:38865481	研究论文	本文研究了抗PD-1免疫疗法在癌症治疗中引起的中枢神经系统免疫相关不良事件（CNS-irAEs）及其与小胶质细胞激活的关系	揭示了小胶质细胞在抗PD-1免疫疗法诱导的CNS-irAEs中的关键作用，并提出了基于脾酪氨酸激酶（Syk）抑制的治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据有限，需要进一步验证	探究抗PD-1免疫疗法引起的中枢神经系统免疫相关不良事件的机制	小鼠模型和接受抗PD-1治疗的患者中枢神经系统组织	免疫疗法	癌症	单细胞RNA测序、成像质谱流式细胞术、蛋白质组学方法	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	小鼠模型和一组接受抗PD-1治疗的患者组织样本
16	2025-07-02	Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.599011 PMID:38948840	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和表观遗传图谱，揭示了不同基因调控程序的个体发育及其与年龄相关表型和功能差异的联系	识别了一个从发育最早阶段就随年龄分化的基因模块，揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育过程中具有更开放的染色质状态，并利用CRISPR扰动方法结合单细胞RNA测序发现了一个保守的转录调控因子	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探究T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控程序	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、CRISPR扰动	NA	转录组数据、表观遗传数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
17	2025-07-02	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.20.594719 PMID:38826447	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了小鼠卵巢排卵过程中的时空细胞图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了排卵过程的精确时间窗口，并鉴定了排卵依赖的细胞状态基因标记	研究仅针对小鼠模型，人类卵巢排卵过程可能存在差异	解析排卵过程中卵巢细胞类型的时空动态变化	小鼠卵巢细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	配对小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
18	2025-06-27	APOE Christchurch enhances a disease-associated microglial response to plaque but suppresses response to tau pathology 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597211 PMID:38895362	研究论文	研究APOE Christchurch变异对淀粉样斑块和tau病理的微胶质细胞反应的影响	揭示了APOE Christchurch变异在不同病理模型中调节微胶质细胞反应的双重作用	研究仅基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探究APOE Christchurch变异如何发挥其对阿尔茨海默病的保护作用	5xFAD淀粉样变性小鼠模型和PS19 tau病变小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	免疫组织化学、生化分析、单细胞空间转录组学和蛋白质组学	小鼠模型	分子和细胞数据	未明确说明，但涉及两种小鼠模型
19	2025-06-26	Historic obstacles and emerging opportunities in the field of developmental metabolism - lessons from Heidelberg 2024-Jun-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202937 PMID:38912552	综述	本文总结了2023年EMBO研讨会'发育代谢：能量、物质和信息的流动'中的关键讨论，强调了现代发育生物学面临的挑战与机遇	探讨了代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序和计算模型等新技术如何为发育代谢领域带来全新的研究方向	NA	探索发育代谢领域的新机遇与技术进展	细胞特异性和组织特异性代谢网络、器官间代谢通讯以及基因与代谢物在时空上的相互作用	发育生物学	NA	代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序、计算模型	NA	代谢数据、基因表达数据	NA
20	2025-06-21	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并形成驻留记忆细胞的灵活性	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)尽管不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留的能力	研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制尚需验证	探究KLRG1+记忆T细胞在二次感染后的分化潜能和组织驻留能力	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA