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当前共找到 544 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-02-05 |
Machine learning identifies activation of RUNX/AP-1 as drivers of mesenchymal and fibrotic regulatory programs in gastric cancer
2024-06-25, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278565.123
PMID:38777607
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研究论文 | 本研究利用ATAC-seq和RNA-seq数据，通过机器学习方法识别了胃癌中驱动间质和纤维化调控程序的关键转录因子，特别是RUNX/AP-1的激活 | 开发了一种基于ATAC-seq数据的机器学习方法，首次系统性地确定了胃癌中间质和上皮状态的转录因子驱动者，并揭示了拷贝数变异如何影响这些转录因子的失调 | NA | 探究胃癌中间质表型的调控机制，识别驱动胃癌异质性和进展的关键转录因子 | 胃癌细胞系和原发性肿瘤样本 | 机器学习 | 胃癌 | ATAC-seq, RNA-seq | 机器学习方法 | 基因组和转录组数据 | NA | NA | ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-02-05 |
ScSNViz: a user-friendly toolset for visualization and analysis of Cell-Specific Expressed SNVs
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596816
PMID:38895293
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scSNViz的R语言工具集，用于可视化和分析单细胞RNA测序数据中的细胞特异性表达单核苷酸变异 | scSNViz是首个提供3D sceSNV可视化功能、兼容主流scRNA-seq处理工具（如Seurat、SingleR、scType）并支持轨迹推断（如Slingshot）的综合性工具集，填补了单细胞水平遗传变异分析工具的空缺 | 工具依赖于R环境，可能对非编程用户有一定学习曲线，且未提及处理大规模数据时的性能优化 | 开发一个用户友好的工具集，以可视化和分析单细胞RNA测序数据中的细胞特异性表达单核苷酸变异，促进对细胞异质性、克隆进化和基因表达调控的理解 | 单细胞RNA测序数据中的细胞特异性表达单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-01-28 |
STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics
2024-Jun-20, ArXiv
PMID:38947920
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研究论文 | 本研究介绍了STimage-1K4M数据集，该数据集通过空间转录组学数据提供子图块图像的基因组特征，以弥补现有医学图像-文本数据集中文本描述不足的缺陷 | STimage-1K4M是首个将病理图像子图块与高维基因表达数据（15,000-30,000维）配对的大规模数据集，提供了前所未有的空间分辨率，支持多模态数据分析的深入研究 | 数据集中仅包含1,149张原始图像，且基因表达数据维度较高，可能对计算资源要求较高，同时未提及数据来源的具体疾病类型或样本多样性 | 旨在通过提供细粒度的图像-基因表达配对数据，推动计算病理学和多模态算法的发展 | 空间转录组学数据中的病理图像及其对应的基因表达信息 | 计算病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像和基因表达数据 | 1,149张图像，分解为4,293,195个子图块-基因表达对 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-01-24 |
Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood
2024-06-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfae047
PMID:38648751
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了生命早期暴露于阻燃剂BDE-99会重编程肠道-肝脏轴，导致雄性小鼠在成年后期出现促炎症代谢特征 | 首次结合单细胞转录组测序（scRNA-seq）和无菌（GF）小鼠模型，阐明了生命早期BDE-99暴露如何通过改变肠道微生物组，持久地重编程肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯，从而促进成年后期的促炎症状态 | 研究仅针对雄性C57BL/6小鼠，未探讨性别差异；暴露时间窗口（出生后2-4天）和剂量（57 mg/kg）可能无法完全模拟人类真实暴露场景；机制关联性部分基于预测和相关性分析 | 探究生命早期暴露于环境污染物BDE-99对肠道-肝脏轴的长期影响，特别是其对肝脏免疫代谢稳态和肠道微生物组的重编程作用 | 雄性C57BL/6小鼠（包括常规饲养和无菌小鼠），重点关注其肝脏细胞（如肝细胞、中性粒细胞）和肠道组织 | 单细胞组学 | 代谢与炎症相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），微生物移植 | NA | 单细胞转录组数据，基因表达数据 | 雄性C57BL/6小鼠（具体数量未明确说明），包括BDE-99暴露组和玉米油对照组，并在15月龄进行分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-01-21 |
Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.15.599167
PMID:38915676
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研究论文 | 本研究通过批量与空间RNA测序分析人类胫神经和腓肠神经，揭示了糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞转录组变化 | 首次结合批量与空间转录组学分析人类周围神经，发现感觉轴突mRNA运输在神经退行中的潜在作用 | 样本主要来自糖尿病患者截肢手术，可能无法完全代表早期或轻度病变 | 深入探究糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞变化 | 人类胫神经和腓肠神经 | 数字病理学 | 糖尿病周围神经病变 | 批量RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 来自下肢截肢手术的胫神经和腓肠神经样本，主要来自糖尿病患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-01-21 |
SLC45A3 Serves as a Potential Therapeutic Biomarker to Attenuate White Matter Injury After Intracerebral Hemorrhage
2024-06, Translational stroke research
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s12975-023-01145-5
PMID:36913120
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和动物实验，发现SLC45A3基因在脑出血后白质损伤中作为潜在治疗生物标志物，其过表达可减轻脑损伤 | 首次结合加权基因共表达网络分析、差异表达基因筛选及单细胞RNA-seq技术，系统鉴定SLC45A3在脑出血后白质损伤中的关键作用，并验证其治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集，尚未在人类临床样本中进行验证，且具体分子机制需进一步探索 | 探究脑出血后白质损伤的分子机制，并寻找潜在治疗靶点 | 脑出血小鼠模型（自体血或胶原酶诱导）及公共基因表达数据集（GSE24265、GSE125512、GSE167593） | 生物信息学与神经科学 | 脑血管疾病（脑出血） | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达基因分析、单细胞RNA-seq、扩散张量成像（DTI）、基础医学实验 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、影像数据 | 两个公共数据集（GSE24265和GSE125512）及一个单细胞RNA-seq数据集（GSE167593），具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-01-16 |
Single-cell phylotranscriptomics of developmental and cell type evolution
2024-06, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.02.005
PMID:38490933
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综述 | 本文总结了单细胞系统转录组学在揭示发育和细胞类型进化分子机制中的应用 | 利用单细胞系统转录组学分析，揭示了发育过程中谱系和细胞类型间转录组年龄的异质性，并识别了驱动整体生物钟形模式的谱系和组织 | NA | 探讨单细胞系统转录组学在理解发育进化模式和细胞类型进化史中的作用 | 发育过程中的谱系、细胞类型和组织 | 计算生物学 | NA | 单细胞系统转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-01-16 |
The Transpeptidase Sortase A Binds Nucleic Acids and Mediates Mammalian Cell Labeling
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305605
PMID:38581131
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研究论文 | 本文发现金黄色葡萄球菌的转肽酶Sortase A能与核酸结合，并基于此开发了CellID技术用于单细胞RNA测序中的样本多重标记 | 首次揭示了Sortase A与核酸的未知相互作用，并利用这一特性开发了新的细胞标记技术CellID | 未详细探讨Sortase A与核酸结合的具体分子机制，且技术应用潜力尚未完全验证 | 探索Sortase A的非经典功能及其在生物技术中的应用 | 金黄色葡萄球菌Sortase A蛋白、哺乳动物细胞、核酸寡核苷酸 | 生物技术 | NA | CRISPR筛选、scRNA-seq | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-01-15 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1
PMID:38978567
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间生物学中的细胞类型和状态注释，无需训练数据，并在多个数据集中验证了其准确性和可扩展性 | 开发了TACIT算法，这是一种无监督方法，利用预定义签名进行细胞注释，无需训练数据，并通过无偏阈值处理区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学检测中的模糊细胞 | 未明确说明算法的计算资源需求或处理大规模数据时的潜在限制 | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易错挑战，提高注释的准确性和可扩展性 | 细胞类型和细胞状态，涉及大脑、肠道和腺体三个生态位 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学和空间蛋白质组学 | 无监督算法 | 空间多组学数据 | 五个数据集，总计5,000,000个细胞，涉及51种细胞类型 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 10 | 2026-01-15 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596861
PMID:38895230
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间生物学中的细胞类型和状态注释，无需训练数据，通过预定义签名和阈值区分细胞，并在多个数据集中验证其准确性和可扩展性 | 开发了TACIT算法，这是一种无监督方法，利用预定义签名和阈值区分细胞，无需训练数据，能处理细胞、邻域和生态位层面的变异性，在多组学分析中识别模糊细胞 | NA | 解决空间生物学中细胞类型和状态注释的耗时和易错挑战，提高注释的准确性和可扩展性 | 细胞类型和状态，包括来自大脑、肠道和腺体等生态位的细胞 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学和蛋白质组学 | 无监督算法 | 空间多组学数据 | 5个数据集，涉及5,000,000个细胞和51种细胞类型 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-01-14 |
A prognostic matrix gene expression signature defines functional glioblastoma phenotypes and niches
2024-Jun-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4541464/v1
PMID:38947019
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研究论文 | 本研究通过计算基因组学和蛋白质组学方法，分析胶质母细胞瘤中细胞外核心基质蛋白表达的功能和临床相关性，并开发了一个17基因的基质组表达特征用于患者分层 | 识别了基质蛋白表达特征，将胶质母细胞瘤分为高表达和低表达组，并发现该特征与患者生存、致癌改变、间充质状态及免疫检查点基因表达相关，且比MGMT启动子甲基化状态和经典亚型具有更强的预后价值 | 未明确说明样本量或数据来源的具体限制，可能依赖于现有数据库的覆盖范围和准确性 | 探究胶质母细胞瘤中细胞外核心基质蛋白表达的功能和临床意义，以改善患者分层和治疗策略优化 | 胶质母细胞瘤肿瘤组织 | 计算生物学 | 胶质母细胞瘤 | 计算基因组学，蛋白质组学，单细胞转录组分析，空间解剖分析 | NA | 基因组数据，蛋白质组数据，单细胞转录组数据，空间解剖数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2026-01-14 |
Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing
2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597786
PMID:38895367
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研究论文 | 本研究通过绘制骨组织的体感传入神经回路，揭示了骨折愈合过程中神经源性营养信号的关键作用 | 首次系统性地绘制了长骨体感传入神经的神经解剖学回路，并发现神经元来源的FGF9是骨折修复的重要调节因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证；单细胞测序样本量相对有限 | 阐明骨骼伤害感受和再生过程中的精确神经解剖学回路及神经源性信号机制 | 小鼠长骨的体感背根神经节（DRG）传入神经元 | 单细胞转录组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆向标记技术，多组织相互作用分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 6,648个DRG神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-01-11 |
Clinically unfavorable transcriptome subtypes of non-WNT/non-SHH medulloblastomas are associated with a predominance in proliferating and progenitor-like cell subpopulations
2024-06-07, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-024-02746-6
PMID:38847845
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研究论文 | 本研究通过反卷积分析揭示了非WNT/非SHH髓母细胞瘤中与临床预后相关的转录组亚型与肿瘤内细胞亚群组成的关联 | 首次将单细胞RNA-seq参考数据集应用于Grp3/Grp4髓母细胞瘤的批量RNA谱反卷积分析，揭示了亚组特异性肿瘤细胞亚群与临床预后的关联 | 研究为回顾性分析，需要未来研究验证所识别细胞亚群的预后和治疗作用，且未对每个SGS MB单独应用单细胞技术 | 探究非WNT/非SHH髓母细胞瘤亚组中细胞组成异质性与其临床-分子多样性及预后的关系 | 非WNT/非SHH（Grp3/Grp4）髓母细胞瘤样本及其八个第二世代亚组（SGS I-VIII） | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | RNA反卷积分析，单细胞RNA-seq | 反卷积分析模型 | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-01-04 |
Ultrasound Neuromodulation of an Anti-Inflammatory Pathway at the Spleen Improves Experimental Pulmonary Hypertension
2024-Jun-21, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323679
PMID:38712557
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研究论文 | 本研究探讨了通过无创聚焦超声刺激脾脏（sFUS）调节脾神经的抗炎神经免疫通路，以改善实验性肺动脉高压 | 首次将非侵入性聚焦超声神经调控应用于脾脏，通过调节抗炎通路改善肺动脉高压，并揭示了其剂量依赖性和持续效应 | 研究基于大鼠实验模型，尚未在人类中进行验证，且长期安全性和具体机制需进一步探索 | 研究sFUS通过神经免疫通路治疗肺动脉高压的疗效和机制 | 使用Sugen/缺氧和野百合碱模型诱导肺动脉高压的大鼠 | NA | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学、超声心动图 | NA | 基因表达数据、细胞计数数据、组织学图像、血流动力学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-12-27 |
Practical considerations for machine learning-enabled discoveries in spatial transcriptomics
2024-Jun, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0050
PMID:41438128
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综述 | 本文讨论了机器学习在空间转录组学数据分析中的实际应用考虑因素 | 强调了机器学习工具在空间转录组学中的集成应用，并提供了选择合适工具以解决特定生物学问题的启发式方法 | 未涉及具体实验验证或详细技术比较，主要聚焦于概念性指导 | 提升对空间分子模式在健康和疾病中过程的基本理解，并指导机器学习工具的选择与应用 | 空间转录组学数据及其分析 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，多重免疫荧光 | NA | 空间分子成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2025-12-24 |
TrkA + sensory neurons regulate osteosarcoma proliferation and vascularization to promote disease progression
2024-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.20.599869
PMID:38979210
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研究论文 | 本研究揭示了表达TrkA的感觉神经元通过调节肿瘤微环境中的CGRP和VEGF信号通路，促进骨肉瘤的生长、血管化和疾病进展 | 首次发现肿瘤相关感觉神经元在骨肉瘤进展中具有超越痛觉感知的调控功能，并证实通过抑制TrkA或使用局麻药脂质体可破坏肿瘤神经支配，从而抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的多组学分析仍需进一步验证；临床转化潜力有待后续研究确认 | 探究感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控功能及其分子机制 | 骨肉瘤（OS）小鼠模型、人类骨肉瘤骨样本、人类背根神经节神经元 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学、多组学分析、化学遗传学方法 | NA | 转录组数据、多组学数据 | 转基因小鼠模型及人类样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-12-24 |
Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596749
PMID:38854073
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研究论文 | 本研究探讨了流体静压和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响，通过体外模型和转录组分析揭示了压力在血管发育和疾病中的协同作用 | 开发了体外模型以研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应，首次系统性地整合了流体静压与剪切应力在内皮细胞机械转导中的作用 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的血管环境；压力与剪切应力的相互作用机制仍需进一步探索 | 阐明流体静压和剪切应力在内皮细胞身份和功能中的综合作用，以更好地理解血管发育和疾病机制 | 人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育过程 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-12-18 |
Modifications of lipid pathways restrict SARS-CoV-2 propagation in human induced pluripotent stem cell-derived 3D airway organoids
2024-06, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2023.08.005
PMID:37557954
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研究论文 | 本研究利用人诱导多能干细胞衍生的3D气道类器官，揭示了脂质代谢途径的修饰如何通过影响ACE2受体的细胞内定位来限制SARS-CoV-2的传播 | 首次在模拟人类呼吸道生理的iPSC-AOs模型中，系统阐明了脂质代谢修饰（如他汀类药物）通过重定位ACE2受体来抑制多种SARS-CoV-2变异株进入和复制的机制 | 研究主要基于体外类器官模型，其在完全模拟体内复杂免疫环境和全身代谢相互作用方面存在局限 | 阐明脂质代谢修饰影响SARS-CoV-2感染的分子机制，探索针对宿主代谢的抗病毒替代策略 | 人诱导多能干细胞衍生的气道类器官（iPSC-AOs）及SARS-CoV-2病毒（包括野生型、Alpha、Delta、Omicron变异株） | 干细胞与类器官研究 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（ScRNAseq）、免疫荧光染色、生物信息学分析、假病毒实验 | 3D类器官模型 | 单细胞转录组数据、显微图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-12-03 |
GSK3β and UCHL3 govern RIPK4 homeostasis via deubiquitination to enhance tumor metastasis in ovarian cancer
2024-06, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03040-1
PMID:38664501
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研究论文 | 本研究揭示了GSK3β和UCHL3通过去泛素化调控RIPK4稳定性，从而促进卵巢癌转移的新机制 | 首次发现UCHL3作为关键去泛素酶调控RIPK4稳定性，并阐明GSK3β介导的磷酸化增强RIPK4与UCHL3互作，形成促进卵巢癌转移的新通路 | NA | 探究卵巢癌中RIPK4稳定性的调控机制及其在肿瘤转移中的作用 | 卵巢癌组织、细胞系及动物模型 | 肿瘤生物学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、去泛素化分析、磷酸化修饰研究 | NA | 测序数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-11-20 |
OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596831
PMID:38895453
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研究论文 | 介绍OneSC计算平台，用于通过随机微分方程系统模拟细胞状态转换 | 不同于现有网络推断方法，OneSC优先生成能够产生忠实细胞状态转换和稳定细胞状态的布尔网络 | NA | 开发计算平台以模拟细胞状态转换和细胞命运决策 | 小鼠骨髓祖细胞及其分化轨迹 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机微分方程系统，布尔网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |