单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	Status of single-cell RNA sequencing for reproductive toxicology in zebrafish and the transcriptomic trade-off 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100463 PMID:38846809	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在斑马鱼生殖毒理学中的应用现状及其与传统方法的权衡	scRNA-seq技术为识别罕见细胞亚型及毒物暴露影响提供了新颖的细胞水平视角	scRNA-seq在生殖毒理学领域仍属未充分开发利用的技术，且需权衡与传统方法的利弊	探索scRNA-seq在生殖毒理学，特别是斑马鱼模型中的应用潜力与挑战	斑马鱼性腺组织及毒物暴露下的细胞表达谱	生殖毒理学	NA	scRNA-seq, NGS	NA	转录组数据	NA
2	2025-09-13	Cellular and transcriptional profiles of peripheral blood mononuclear cells pre-vaccination predict immune response to preventative MUC1 vaccine 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.598031 PMID:38948837	研究论文	通过单细胞RNA测序分析疫苗接种前外周血单核细胞，预测MUC1预防性疫苗的免疫反应	首次在癌前病变人群中揭示免疫系统可能存在类似癌症的抑制状态，并发现CD4+初始T细胞等预测性生物标志物	样本量较小（仅32人），需进一步验证候选生物标志物	评估MUC1肿瘤抗原疫苗的安全性和免疫原性，并探索免疫反应预测因素	有晚期结肠腺瘤病史的个体	免疫学	结肠癌	scRNA-seq, 差异基因表达分析, 转录因子推断分析, 贝叶斯网络分析	NA	单细胞RNA测序数据	32名参与者（16名应答者+16名无应答者）的疫苗接种前PBMC样本
3	2025-09-12	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因	提出NS-Forest v4.0版本，增强了对紧密相关细胞类型中高选择性表达模式标记基因的选择能力，并引入On-Target Fraction指标量化标记特异性	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型分类的最大准确度	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据
4	2025-09-05	Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis 2024-Jun-21, Biology DOI:10.3390/biology13070461 PMID:39056656	研究论文	通过单细胞RNA测序分析嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的作用	首次在EoE中鉴定出至少两个功能不同的成纤维细胞亚群（F_A和F_B），并揭示F_B亚群通过ECM-受体信号在疾病活动中起主导作用	基于公共数据库的回顾性分析，IL-13处理模型可能无法完全模拟体内复杂环境	解析EoE疾病中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的贡献	嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管活检组织和IL-13处理的成纤维细胞培养模型	单细胞生物学	嗜酸性粒细胞性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞培养模型	NA	基因表达数据	公共数据集GSE201153中的EoE食管活检样本
5	2025-08-05	TIGIT Blockade Reshapes the Tumor Microenvironment Based on the Single-cell RNA-Sequencing Analysis 2024-Jun-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000511 PMID:38545758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究TIGIT阻断对肿瘤微环境的改变及其在癌症免疫治疗中的潜力	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析TIGIT阻断后肿瘤微环境的变化，揭示了TIGIT阻断对Treg细胞、NK细胞和cDC1细胞的影响及其机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究TIGIT阻断对肿瘤免疫微环境的影响及其在癌症治疗中的应用	小鼠模型中的T细胞、NK细胞和cDC1细胞	肿瘤免疫学	恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明小鼠数量
6	2025-07-29	A Cullin 5-based complex serves as an essential modulator of ORF9b stability in SARS-CoV-2 replication 2024-06-28, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01874-5 PMID:38937432	研究论文	本研究揭示了SARS-CoV-2中ORF9b蛋白通过CUL5-TOM70-HSP90α复合物调控其稳定性的机制，并探讨了HSP90抑制剂对病毒复制的抑制作用	首次发现ORF9b蛋白在K67位点发生泛素化并通过蛋白酶体途径降解，揭示了CUL5-TOM70-HSP90α复合物在调控ORF9b稳定性中的关键作用	研究主要关注ORF9b蛋白的调控机制，未全面探讨其他病毒蛋白的相互作用	阐明SARS-CoV-2中ORF9b蛋白的稳定性调控机制及其在病毒免疫逃逸中的作用	SARS-CoV-2病毒及其突变株（如Delta和Omicron）中的ORF9b蛋白	病毒学	COVID-19	泛素化分析、单细胞测序	NA	蛋白质相互作用数据、单细胞测序数据	COVID-19患者的肺上皮细胞单细胞测序数据
7	2025-07-29	Inhibition of the eukaryotic initiation factor-2α kinase PERK decreases risk of autoimmune diabetes in mice 2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176136 PMID:38889047	研究论文	该研究通过抑制PERK激酶活性，探索预防或延缓自身免疫性1型糖尿病（T1D）发作的策略	发现PERK抑制可逆转应激状态下人类胰岛的mRNA翻译阻滞，并延迟糖尿病发作，减少胰岛炎症，保护β细胞质量	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛体外实验，尚未进行人体临床试验	探索通过靶向PERK激酶预防或延缓1型糖尿病发作的可行性	易患T1D的小鼠模型、人类胰岛和EndoC-βH1人类β细胞	分子医学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、空间蛋白质组学	动物模型（小鼠）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型、人类胰岛和β细胞系
8	2025-07-26	Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.599011 PMID:38948840	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和表观遗传图谱，揭示了年龄相关的基因调控程序差异及其与表型和功能的关系	发现了从发育早期就随年龄分化的基因模块，揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育中具有更开放的染色质状态，并利用CRISPR扰动方法结合单细胞RNA测序发现了一个保守的转录调节因子	研究仅限于小鼠模型，人类T细胞发育的年龄相关差异仍需进一步验证	探究T细胞发育过程中年龄相关的基因调控程序差异	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR扰动	NA	转录组数据, 表观遗传数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
9	2025-07-25	Antitumor efficacy and potential mechanism of FAP-targeted radioligand therapy combined with immune checkpoint blockade 2024-06-03, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01853-w PMID:38825657	研究论文	研究FAP靶向放射性配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及其潜在机制	首次展示了Ga/Lu标记的LNC1004在肿瘤模型中的摄取和保留增强，以及联合疗法在完全消除肿瘤和促进抗肿瘤免疫方面的效果	初步临床研究样本量有限，需要更大规模的临床试验验证	探索FAP靶向放射性配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及机制	MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植模型及难治性癌症患者	肿瘤学	癌症	scRNA-seq, TCR测序	NA	基因表达数据、免疫组化数据	临床前研究使用小鼠模型，初步临床研究涉及难治性癌症患者
10	2025-07-24	Deafness DFNB128 Associated with a Recessive Variant of Human MAP3K1 Recapitulates Hearing Loss of Map3k1-Deficient Mice 2024-Jun-27, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15070845 PMID:39062623	research paper	该研究通过微阵列和外显子测序技术，在一个巴基斯坦近亲家族中发现了与非综合征性耳聋相关的新型隐性变异基因MAP3K1	首次在人类中发现MAP3K1基因的隐性变异与非综合征性耳聋相关，并验证了该基因在小鼠模型中的听力损失表型	研究仅在一个家族中发现该变异，样本量较小，需要更多病例验证	探索导致罕见非综合征性耳聋的新基因变异	巴基斯坦近亲家族中的耳聋患者	遗传学	耳聋	微阵列、外显子测序、单细胞转录组测序	小鼠模型	基因序列数据、转录组数据	一个巴基斯坦家族中的两个同胞群体
11	2025-07-23	A robust model for cell type-specific interindividual variation in single-cell RNA sequencing data 2024-Jun-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49242-9 PMID:38898015	研究论文	开发了一种名为CTMM的新模型，用于检测和量化单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性个体间变异	提出CTMM模型，首次系统地建模和量化单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性个体间变异	模型在scRNA-seq样本量较小的情况下校准测试具有挑战性	阐明细胞类型特异性生物学并识别与复杂性状相关的基因和细胞类型	人类诱导多能干细胞分化为内胚层过程中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CTMM (Cell Type-specific linear Mixed Model)	基因表达数据	未明确说明样本数量，但提到样本量较小
12	2025-07-23	Dysfunction of infiltrating cytotoxic CD8+ T cells within the graft promotes murine kidney allotransplant tolerance 2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179709 PMID:38888968	研究论文	本研究探讨了小鼠肾脏同种异体移植耐受性中浸润性细胞毒性CD8+ T细胞功能失调的作用	揭示了细胞毒性CD8+ T细胞在移植肾内被重编程为耗竭/调节样表型的机制，并提出了一种称为'防御性耐受'的新概念	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索肾脏同种异体移植耐受性的机制	小鼠肾脏同种异体移植模型中的CD8+ T细胞	免疫学	肾脏移植	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞过继转移	小鼠移植模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠移植模型
13	2025-07-23	A pathologically expanded, clonal lineage of IL-21-producing CD4+ T cells drives inflammatory neuropathy 2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178602 PMID:39087473	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，研究了炎症性神经病变中IL-21产生的CD4+ T细胞的克隆扩增及其在疾病发展中的作用	发现IL-21表达的CD4+ T细胞在炎症性神经病变中克隆扩增，并揭示了IL-21信号通路、Tfh/Tph分化及CXCR6介导的细胞定位作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索炎症性神经病变中致病性CD4+ T细胞的关键特性及其作用机制	炎症性神经病变小鼠模型中的CD4+ T细胞	免疫学	炎症性神经病变	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-Seq)	IL-21受体敲除(IL-21R-KO)小鼠模型	单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据	炎症性神经病变小鼠模型的周围神经组织
14	2025-07-23	Self-regulating CAR-T cells modulate cytokine release syndrome in adoptive T-cell therapy 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221988 PMID:38607370	研究论文	本文报道了一种自调节CAR-T细胞，通过分泌与CRS相关的细胞因子抑制剂来降低CRS的严重程度	开发了能够分泌托珠单抗衍生单链可变片段（Toci）的自调节CAR-T细胞，不仅降低了CRS相关毒性，还显示出优于传统CAR-T细胞的体内抗肿瘤效果	研究主要基于人源化NSG-SGM3小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	提高CAR-T细胞治疗的安全性和有效性	CAR-T细胞和细胞因子释放综合征（CRS）	细胞治疗	癌症	scRNA-seq分析	人源化NSG-SGM3小鼠模型	基因表达数据	人源化小鼠模型中的免疫细胞
15	2025-07-23	Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects 2024-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003 PMID:39100886	研究论文	本研究通过局部递送血管生成因子促进临界尺寸骨缺损的血管修复和骨再生	创新性地结合电纺PCL纤维与电喷雾PLGA微球递送Spp1和Cxcl12因子，首次在单细胞水平揭示临界骨缺损中血管生成障碍的核心机制	目前仅在小鼠模型中进行验证，尚未开展临床研究	解决临界尺寸骨缺损修复中的血管生成障碍问题	临界尺寸骨缺损的再生组织	组织工程	骨缺损	单细胞RNA测序、电纺/电喷雾技术	小鼠临界尺寸骨缺损模型	单细胞转录组数据	未明确说明实验动物数量
16	2025-07-22	A count-based model for delineating cell-cell interactions in spatial transcriptomics data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae219 PMID:38940134	研究论文	介绍了一种基于计数的模型Copulacci，用于从空间转录组学数据中推断细胞间相互作用	使用高斯copula模型来模拟低转录本计数下配体与受体表达之间的依赖关系，优于现有的基于Spearman和Pearson相关系数的方法	未明确提及具体局限性，但可能受限于空间转录组数据的低转录本计数问题	开发一种新方法以更准确地从空间转录组数据中推断细胞间相互作用	空间转录组学数据中的细胞间相互作用	生物信息学	NA	空间转录组学(SRT)	高斯copula模型	空间转录组数据	多个真实SRT数据集（未明确具体数量）
17	2025-07-22	Joint inference of cell lineage and mitochondrial evolution from single-cell sequencing data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae231 PMID:38940122	研究论文	本文提出了一种从单细胞测序数据中联合推断细胞谱系和线粒体进化的方法	首次将线粒体克隆树与细胞谱系树的一致性约束纳入模型，解决了现有方法未考虑线粒体异质性的问题	方法性能依赖于单细胞测序数据的质量，且计算复杂度较高	开发能够准确推断细胞谱系和线粒体进化关系的新算法	单细胞测序数据中的线粒体突变模式	计算生物学	胃癌	单细胞全基因组测序	混合整数线性规划	基因组测序数据	5220个胃癌细胞系细胞
18	2025-07-22	Single-Cell RNA Sequencing of Mutant Whole Mouse Embryos: From the Epiblast to the End of Gastrulation 2024-Jun-14, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66866 PMID:38949298	研究论文	本文设计了一个稳健的流程，用于对小鼠胚胎从E6.5到E8天进行单细胞和细胞核分析，覆盖原肠胚形成过程	提出了一种针对突变胚胎的单细胞分析方法，克服了基因分型、定时妊娠等技术限制	方法依赖于同步妊娠和特定基因型胚胎的获取，可能在实际应用中存在一定限制	研究突变如何影响原肠胚形成阶段的细胞景观	小鼠突变胚胎(E6.5-E8天)	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及E6.5-E8天的小鼠胚胎
19	2025-07-22	SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100581 PMID:38823397	research paper	本文介绍了一种名为SIMS的低代码、数据高效的单细胞RNA分类流程，用于自动化细胞标记	SIMS在小型训练集（<3,500个细胞）和不同样本中均能实现高精度的细胞分类，并能准确预测发育中大脑的神经元亚型	NA	开发一种高效且可扩展的单细胞RNA测序分析工具，用于细胞类型分类	单细胞RNA测序数据集，包括大脑和皮质类器官的细胞	machine learning	NA	single-cell RNA sequencing	deep learning	RNA sequencing data	小型训练集（<3,500个细胞）和不同样本
20	2025-07-22	KLF4 in smooth muscle cell-derived progenitor cells is essential for angiotensin II-induced cardiac inflammation and fibrosis 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.597485 PMID:38895472	研究论文	本研究揭示了KLF4在血管平滑肌细胞衍生的祖细胞中对血管紧张素II诱导的心脏炎症和纤维化的关键作用	发现了KLF4不仅维持AdvSca1-SM细胞的干性，还协调其对促纤维化刺激的反应，并可能作为心脏纤维化的治疗靶点	KLF4调节AdvSca1-SM表型的分子机制仍不明确	探讨KLF4在AdvSca1-SM细胞对血管紧张素II诱导的心脏纤维化反应中的作用	血管平滑肌细胞衍生的祖细胞（AdvSca1-SM细胞）	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA