单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair in back pain conditions 2024-Jun-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.22.581620 PMID:38948728	research paper	该研究探讨了TNFα受体（TNFRs）在导致疼痛性椎间盘退变（IVDD）愈合不良中的不同作用	揭示了TNFR1和TNFR2在椎间盘细胞修复中的不同作用，提出了针对疼痛性IVDD的免疫调节治疗策略	研究主要基于体外实验，未涉及体内验证	探究TNFα受体在椎间盘退变愈合不良中的作用机制	人类椎间盘退变组织和纤维环细胞	生物医学	椎间盘退变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类椎间盘退变组织样本
2	2025-04-02	Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07466-1 PMID:38811723	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了隐孢子虫整个生命周期的基因表达程序，并确定了控制其生命周期和性别决定的关键转录因子	研究发现仅存在三种细胞内阶段，并鉴定出转录因子Myb-M作为雄性命运的最早决定因素，这在缺乏遗传性别决定的生物体中具有重要意义	研究主要基于体外培养和感染动物模型，可能无法完全反映人体内的实际情况	揭示隐孢子虫生命周期的分子机制，为疫苗和治疗方法的开发提供基础	隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)	分子生物学	腹泻病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	体外培养和感染动物的隐孢子虫样本
3	2025-04-01	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间生物学中的细胞类型和状态注释	TACIT是一种无需训练数据的无监督算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学检测中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态注释的耗时和易出错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学检测、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	五个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）来自三个生态位（脑、肠、腺体）
4	2025-04-01	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，无需训练数据即可进行细胞注释，并通过多组学分析识别模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和错误率问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析	无监督算法	空间转录组学和蛋白质组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
5	2025-03-30	iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 2024-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03289-5 PMID:38844966	研究论文	本文开发了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合空间转录组学数据中的分子信息和组织学图像的形态特征	iIMPACT方法通过AI重建的组织学图像和基因表达测量的空间背景，识别和定义基于组织学的空间域，并检测特定域的差异表达基因，提高了准确性和可解释性	NA	提高空间转录组学数据的聚类分析准确性和可解释性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学分析	AI重建	图像和分子数据	NA
6	2025-03-29	FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium 2024-Jun-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174888 PMID:38916962	研究论文	本研究探讨了FGF受体在囊性纤维化（CF）气道上皮细胞衰老中的作用及其对粘液纤毛清除功能的影响	首次揭示了FGFR/MAPK p38信号通路在CF气道上皮细胞衰老中的关键作用，并提出了通过抑制FGFRs来改善粘液纤毛功能障碍的新治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CF气道上皮细胞衰老的分子机制及其对疾病进展的影响	非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系、Cftr基因敲除大鼠	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及人原代细胞、细胞系和动物模型
7	2025-03-27	Conditional deletion of miR-204 and miR-211 in murine retinal pigment epithelium results in retinal degeneration 2024-Jun, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107344 PMID:38705389	研究论文	该研究通过条件性删除小鼠视网膜色素上皮中的miR-204和miR-211，探讨了这些microRNAs在视网膜退化中的作用	首次在成年小鼠中实现了视网膜色素上皮特异性条件性敲除miR-204和miR-211家族，揭示了其对视网膜功能和结构的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的相关性	探究miR-204和miR-211家族在视网膜色素上皮功能和视网膜退化中的作用	小鼠视网膜色素上皮和视网膜	分子生物学	视网膜退化	条件性基因敲除、光学相干断层扫描、单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、成像数据	两种条件性KO小鼠品系
8	2025-03-27	Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease 2024-Jun, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01158-6 PMID:38720063	研究论文	本研究探讨了PAD4在炎症性肠病(IBD)中的作用，揭示了PAD4通过CKMT1的瓜氨酸化影响肠道炎症的机制	首次发现PAD4通过瓜氨酸化CKMT1影响线粒体稳态和肠道屏障功能，并证实PAD4可能是IBD的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	阐明PAD4在IBD发病机制中的具体作用	中性粒细胞、肠道上皮细胞(IECs)、CKMT1蛋白	分子生物学	炎症性肠病(IBD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、底物瓜氨酸化定位	DSS诱导的结肠炎小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	IBD患者临床样本和小鼠模型
9	2025-03-25	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-06-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	research paper	该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并建立驻留记忆的能力	发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)虽然不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留记忆的灵活性	研究主要基于小鼠模型，人类KLRG1+ T细胞是否具有相同特性尚需验证	探究KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染中的行为特征和功能	KLRG1+ CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	NA
10	2025-03-25	Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9173 PMID:38905344	研究论文	构建了跨物种的背根神经节和半月神经节细胞图谱，以促进不同研究和物种间细胞类型的比较	创建了一个协调的细胞图谱，涵盖了六个物种和31个数据集中的18种神经元和11种非神经元细胞类型，改进了稀疏神经元亚型的注释	研究中未明确指出样本量的具体限制，但跨物种比较可能存在生物学差异的挑战	比较不同物种间背根神经节和半月神经节细胞类型的转录组差异，为未来镇痛药物开发提供指导	背根神经节（DRG）和半月神经节（TG）的神经元和非神经元细胞	生物信息学	NA	单细胞/核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	六个物种的31个数据集，包括人类和蝾螈的DRG样本
11	2025-03-25	Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer 2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology IF:1.9Q3 DOI:10.1093/jjco/hyae033 PMID:38521965	review	本文综述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法，从传统病理学方法到人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术	介绍了使用人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术评估肿瘤浸润淋巴细胞的方法	传统方法在标准化方面存在限制，且无法预测免疫检查点抑制剂的反应	探讨乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其在个性化医疗中的应用	乳腺癌中的肿瘤浸润淋巴细胞	digital pathology	breast cancer	immunohistochemistry, flow cytometry, multi-omics analyses, single-cell analysis, spatial transcriptomics	NA	image, omics data	NA
12	2025-03-23	Spatial transcriptomics unravels palmitoylation and zonation-dependent gene regulation by AEG-1 in mouse liver 2024-Jun, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107322 PMID:38677511	研究论文	本文通过空间转录组学技术，研究了AEG-1在小鼠肝脏中的棕榈酰化和区域依赖性基因调控机制	首次揭示了AEG-1棕榈酰化在肝脏不同区域对基因调控的影响，特别是对代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）和肝细胞癌（HCC）的促进作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	阐明AEG-1棕榈酰化如何影响其在肝脏区域中的基因调控，进而导致MASH和HCC	小鼠肝脏	空间转录组学	肝细胞癌	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	AEG-1-WT和AEG-1-C75S小鼠的肝脏样本
13	2025-03-20	Single-Cell Sequencing Technology and Its Application in the Study of Central Nervous System Diseases 2024-Jun, Cell biochemistry and biophysics IF:1.8Q4 DOI:10.1007/s12013-023-01207-3 PMID:38133792	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术及其在中枢神经系统疾病研究中的应用	单细胞测序技术能够对混合细胞群体中的单个细胞进行精确分析，并从中枢神经系统的不同空间位置、时间阶段和细胞类型中收集细胞，从而发现与特定疾病相关的细胞亚群及其相关基因	NA	探索单细胞测序技术在中枢神经系统疾病研究中的应用	中枢神经系统中的细胞，包括神经元和胶质细胞（如星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞）	生物信息学	中枢神经系统疾病	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	NA
14	2025-03-19	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	本文通过使用大量和空间RNA测序技术，研究了糖尿病周围神经病变（DPN）的分子机制，揭示了受影响神经的关键通路差异和免疫特征	首次在人类神经中揭示了感觉轴突mRNA运输的改变，并强调了其在周围神经退化中的潜在作用	研究样本主要来自糖尿病患者，可能限制了结果的普遍性	深入了解糖尿病周围神经病变的分子机制	从下肢截肢中恢复的胫神经和腓肠神经	数字病理学	糖尿病周围神经病变	bulk RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	主要来自糖尿病患者的下肢截肢样本
15	2025-03-17	Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging 2024-Jun-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013 PMID:38714197	研究论文	本文通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术，绘制了人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织图谱	结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CODEX技术，首次揭示了人类骨髓中非造血细胞的转录异质性及其与造血细胞的相互作用，并构建了空间解析的多组学图谱	研究主要基于单细胞技术，可能无法完全捕捉细胞间的动态相互作用和功能变化	研究人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织，以揭示其在造血过程中的作用	人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞	单细胞组学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CODEX成像	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组成像数据	29,325个非造血细胞和53,417个造血细胞，以及超过120万个细胞的CODEX成像数据
16	2024-08-07	Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/1673-5374.384067 PMID:37905887	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
17	2025-03-16	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	本文介绍了NS-Forest 4.0及其配套Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因	NS-Forest 4.0通过模块化最终决策树步骤，能够比较用户定义标记基因与NS-Forest计算得出的标记基因的性能，并引入了On-Target Fraction指标来量化标记基因的特异性	NA	研究目的是从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因	研究对象是单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机森林	RNA测序数据	数百万个细胞
18	2025-03-16	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	研究论文	本文介绍了SpotSweeper，一种用于空间转录组学（SRT）数据的空间感知质量控制方法	SpotSweeper是首个针对SRT数据的质量控制方法，能够识别局部异常和区域伪影，并减少生物异质性带来的偏差	目前的方法尚未完全解决SRT数据中独特的组织学伪影问题	开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法，以提高数据可靠性和准确性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	空间转录组学数据	使用公开可用的Visium数据
19	2025-03-16	Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects 2024-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003 PMID:39100886	研究论文	本文通过局部递送血管生成因子来刺激临界尺寸骨缺损中的骨再生	创新性地将电纺PCL纤维与携带Spp1和Cxcl12的电喷雾PLGA微球结合，实现了这些因子的逐步释放，从而恢复血管生成并加速骨再生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	解决临界尺寸骨缺损的复杂修复过程，促进骨再生	临界尺寸骨缺损的小鼠模型	生物医学工程	骨缺损	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
20	2025-03-15	Noninvasive assessment of the lung inflammation-fibrosis axis by targeted imaging of CMKLR1 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9817 PMID:38896611	研究论文	本文验证了CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的准确性，并探讨了其在特发性肺纤维化（IPF）患者中的应用	通过单细胞RNA测序数据集分析，发现CMKLR1在特发性肺纤维化患者中单核细胞来源的巨噬细胞（MDMφ）中表达，并验证了其在肺纤维化小鼠模型中的靶向成像潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	探索CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的潜力，用于特发性肺纤维化的风险分层和治疗监测	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描（PET）	小鼠模型	RNA测序数据、成像数据	特发性肺纤维化患者和小鼠模型