单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-21	Proteomic, single-cell and bulk transcriptomic analysis of plasma and tumor tissues unveil core proteins in response to anti-PD-L1 immunotherapy in triple negative breast cancer 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108537 PMID:38744008	研究论文	本文通过蛋白质组学、单细胞和批量转录组学分析，揭示了三阴性乳腺癌患者在接受抗PD-L1免疫治疗后核心蛋白质的变化	构建了一个有效的血浆蛋白质组模型，用于预测免疫治疗的反应，并发现FAP+和COMP+成纤维细胞可能是逆转免疫治疗抵抗的潜在靶点	需要进一步验证和扩展样本量以确认研究结果的普遍性和可靠性	揭示三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的反应机制，并开发预测模型	三阴性乳腺癌患者的血浆和肿瘤组织样本	蛋白质组学	乳腺癌	TMT质谱分析、单细胞RNA测序、批量RNA测序	随机森林模型	蛋白质组数据、转录组数据	来自三阴性乳腺癌患者的预处理和后处理血浆样本，以及公开的肺癌和黑色素瘤的蛋白质组数据
2	2024-12-21	K-nearest-neighbors induced topological PCA for single cell RNA-sequence data analysis 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108497 PMID:38678944	研究论文	本文提出了一种基于k近邻拓扑的PCA方法，用于单细胞RNA测序数据分析	本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种拓扑主成分分析（tPCA）方法，并通过引入k近邻持久拉普拉斯技术（kNN-PL）进一步提升了方法的鲁棒性	本文未提及具体的局限性	旨在解决单细胞RNA测序数据分析中的多尺度多类别异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PCA	基因表达数据	11个不同的单细胞RNA测序基准数据集
3	2024-12-21	ISMI-VAE: A deep learning model for classifying disease cells using gene expression and SNV data 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108485 PMID:38653063	研究论文	本文提出了一种基于变分自编码器（VAE）的深度学习模型ISMI-VAE，用于整合和分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核苷酸变异（SNV）数据，以分类疾病细胞	ISMI-VAE通过引入注意力机制来反映特征重要性，并分析潜在的致病基因特征，同时利用深度学习技术整合多模态数据并映射到低维空间	NA	开发一种能够有效整合和分析单细胞RNA测序和单核苷酸变异数据的方法，以提高疾病细胞分类的准确性和可解释性	单细胞RNA测序和单核苷酸变异数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	基因表达数据和SNV数据	三个癌症数据集和一个COVID-19数据集
4	2024-12-19	A single-cell sequence analysis of mouse subcutaneous white adipose tissue reveals dynamic changes during weaning 2024-06-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06448-3 PMID:38951550	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和其他分子及组织学检测方法，全面比较了小鼠皮下白色脂肪组织在出生后7天到断奶后7天的动态变化	首次详细描述了断奶期间小鼠皮下白色脂肪组织中前脂肪细胞的发育轨迹，并揭示了具有米色潜能的前脂肪细胞的转化过程，同时发现了断奶期特有的免疫细胞及其对前脂肪细胞的潜在调控作用	研究仅限于小鼠皮下白色脂肪组织，且样本量较小，可能无法完全代表所有脂肪组织的发育变化	探讨断奶期间小鼠皮下白色脂肪组织的发育重塑过程及其潜在调控机制	小鼠皮下白色脂肪组织在出生后7天到断奶后7天的动态变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠皮下白色脂肪组织样本
5	2024-12-19	Single-cell transcriptional profiling of clear cell renal cell carcinoma reveals a tumor-associated endothelial tip cell phenotype 2024-06-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06478-x PMID:38942917	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境，揭示了肿瘤相关内皮尖端细胞表型	发现了与上皮-间质转化相关的未被描述的血管亚群，并揭示了肿瘤血管与基质细胞在肿瘤微环境中对免疫细胞的抑制性相互作用	研究主要集中在单细胞RNA测序数据的分析，未涉及实验验证	探讨透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境特征及其与疾病进展和治疗反应的关系	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境，包括血管和免疫细胞的相互作用	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	50,236个来自配对肿瘤和健康邻近肾组织的转录组
6	2024-12-19	Regulation of endocrine cell alternative splicing revealed by single-cell RNA sequencing in type 2 diabetes pathogenesis 2024-06-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06475-0 PMID:38937540	研究论文	本研究通过重新分析已存档的全长单细胞RNA测序数据，探讨了在非糖尿病（ND）和2型糖尿病（T2D）个体中，人类胰腺内分泌细胞类型的可变剪接（AS）调控机制	首次揭示了在糖尿病进展过程中，胰腺胰岛细胞的可变剪接对β细胞功能障碍的影响，并提出了通过调控可变剪接来调节β细胞功能的机制	研究依赖于已存档的数据，可能无法涵盖所有可能的变异和情况	探讨在2型糖尿病病理过程中，胰腺内分泌细胞的可变剪接调控机制	人类胰腺内分泌细胞在非糖尿病和2型糖尿病个体中的可变剪接调控	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	非糖尿病和2型糖尿病个体的胰腺内分泌细胞
7	2024-12-19	A Fusion Learning Model Based on Deep Learning for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering 2024-06, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0512 PMID:38758925	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的融合学习模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类	创新点在于将深度学习技术应用于单细胞RNA测序数据的聚类任务，并提出了一个融合学习模型	NA	旨在开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	RNA-seq	深度学习模型	RNA测序数据	NA
8	2024-12-18	Subpopulations of fibroblasts derived from human iPS cells 2024-06-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06419-8 PMID:38890483	研究论文	本文研究了从人诱导多能干细胞（iPSCs）分化而来的成纤维细胞亚群，并分析了它们在不同器官中的特性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了从iPSCs分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的亚群，揭示了基于发育的成纤维细胞异质性	研究仅限于心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞，未涵盖所有器官的成纤维细胞	探讨成纤维细胞在不同器官中的异质性，为控制纤维化提供治疗策略	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的多个样本
9	2024-12-18	Integrative analysis of single-cell RNA-seq and gut microbiome metabarcoding data elucidates macrophage dysfunction in mice with DSS-induced ulcerative colitis 2024-06-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06409-w PMID:38879692	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和肠道微生物群的宏条形码数据，揭示了DSS诱导的小鼠溃疡性结肠炎中巨噬细胞功能障碍	本研究首次整合单细胞RNA测序和16s rRNA扩增子测序数据，揭示了巨噬细胞在慢性溃疡性结肠炎中的异质性和炎症反应的分子机制	本研究仅在DSS诱导的小鼠模型中进行，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨免疫和代谢变化在溃疡性结肠炎中的具体作用机制	DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型中的结肠细胞和微生物群	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，16s rRNA扩增子测序	NA	RNA序列，微生物群数据	多个时间点的DSS诱导溃疡性结肠炎小鼠结肠样本
10	2024-12-18	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.11.589096 PMID:38645001	研究论文	研究探讨了人类胰腺胰岛中单细胞调控结构中的性别差异，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	首次通过单细胞RNA测序和单核ATAC测序等技术，揭示了性别在β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的差异，特别是性染色体和常染色体基因表达的差异	研究样本量相对较小，且仅限于特定种族和性别的捐赠者，可能限制了结果的普适性	探讨性别差异在人类胰腺胰岛调控和功能中的作用，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	人类胰腺胰岛中的β细胞功能和2型糖尿病发病机制	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据	52名捐赠者（包括37名来自人类胰腺分析计划[HPAP]数据集的捐赠者）
11	2024-12-17	A Bibliometric Analysis of the Spatial Transcriptomics Literature from 2006 to 2023 2024-Jun-10, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-024-01484-3 PMID:38856921	综述	本文对2006年至2023年间的空间转录组学文献进行了文献计量分析，揭示了该领域的研究前沿和趋势	首次对空间转录组学领域进行了全面的文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和全球合作网络	文献计量分析主要基于已发表的文献，可能无法全面反映该领域的所有研究动态	分析空间转录组学领域的研究前沿和趋势	2006年至2023年间发表的空间转录组学相关文献	NA	NA	文献计量分析	NA	文本	1467篇论文和综述
12	2024-12-16	Integration of Pan-Cancer Cell Line and Single-Cell Transcriptomic Profiles Enables Inference of Therapeutic Vulnerabilities in Heterogeneous Tumors 2024-06-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3005 PMID:38581448	研究论文	本文开发了一种名为scIDUC的计算框架，通过整合单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据，预测个体细胞的药物疗效	提出了scIDUC框架，能够高效地将单细胞转录组数据转化为个体细胞的药物反应预测，为异质性肿瘤的治疗提供了新工具	需要进一步验证该框架在更多疾病类型和更大样本量中的适用性和准确性	开发一种能够预测异质性肿瘤中个体细胞药物反应的计算工具	单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗性前列腺癌三种不同疾病的细胞系
13	2024-12-14	Challenges and opportunities in cancer immunotherapy: a Society for Immunotherapy of Cancer (SITC) strategic vision 2024-Jun-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009063 PMID:38901879	review	本文由癌症免疫治疗学会召集的专家组讨论了癌症免疫治疗领域的当前机遇和挑战，并提出了未来十年的战略愿景	本文提出了七个高优先级的研究领域，并讨论了可能阻碍进展的潜在障碍，以及三个关键的指导原则	NA	识别癌症免疫治疗领域的当前机遇和挑战，并优先考虑具有最高临床影响的领域	癌症免疫治疗领域的七个高优先级领域及跨领域的优化工具	NA	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
14	2024-12-14	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	本研究通过批量和空间RNA测序技术，分析了糖尿病周围神经病变（DPN）患者的外周神经分子特征	首次通过空间转录组学分析揭示了DPN中感觉神经元mRNA定位的变化，并强调了mRNA运输在周围神经退化中的潜在作用	研究样本主要来自糖尿病患者，可能限制了结果的广泛适用性	深入了解糖尿病周围神经病变的疾病机制	糖尿病患者的外周神经（胫神经和腓肠神经）	数字病理学	糖尿病并发症	RNA测序	NA	RNA	来自下肢截肢的胫神经和腓肠神经样本，主要来自糖尿病患者
15	2024-12-14	CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07537-3 PMID:38867048	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了IL-23受体表达细胞在肠道中的急性反应，揭示了CTLA-4在ILC3s上的上调及其在调节IL-23介导的炎症中的作用	首次发现CTLA-4在ILC3s上的上调，并揭示了其在调节IL-23介导的炎症中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，对人类样本的研究较少，且未探讨CTLA-4在其他炎症性疾病中的作用	探讨IL-23介导的炎症反应中CTLA-4的作用机制	肠道中的IL-23受体表达细胞及ILC3s	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类ILC3s样本
16	2024-12-13	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-Jun-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	研究论文	本文开发了一种可诱导的Cre驱动工具，用于追踪和操控特定的小胶质细胞状态，揭示其在中枢神经系统发育和疾病中的可塑性和作用	开发了一种新的可诱导Cre驱动工具Clec7a-CreER，用于追踪和操控特定的小胶质细胞状态，揭示了小胶质细胞在发育和疾病中的动态变化和功能意义	由于缺乏特定的工具，对小胶质细胞状态的动态性和可塑性的理解仍然有限	研究小胶质细胞在中枢神经系统发育和疾病中的可塑性和作用	小胶质细胞在发育和疾病中的不同状态，包括增殖区域相关小胶质细胞（PAMs）和疾病相关小胶质细胞（DAMs）	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个发育和疾病模型中的小胶质细胞
17	2024-12-13	Intrinsic Gata4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Jun-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4420617/v1 PMID:38883722	研究论文	研究探讨了Loeys-Dietz综合征小鼠模型中主动脉根部扩张的分子机制	首次通过单细胞和空间转录组学技术揭示了LDS小鼠主动脉平滑肌细胞的异质性，并发现Gata4表达的VSMC在主动脉根部表现出较低的分化状态和促炎性特征	研究仅限于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未在人类患者中进行验证	识别Loeys-Dietz综合征中主动脉根部易扩张的分子决定因素	Loeys-Dietz综合征小鼠模型的主动脉平滑肌细胞	NA	心血管疾病	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	基因表达数据	LDS小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据
18	2024-12-13	Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population 2024-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0913 PMID:38416133	研究论文	研究分析了胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的特征，特别是CD8+ T细胞的克隆扩展和效应功能	揭示了GBM中肿瘤浸润的CD8+ T细胞主要为克隆扩展的GZMK+效应T细胞，且缺乏典型的耗竭CD8+ T细胞群体	研究样本量较小，仅包括15名高级别胶质瘤患者	探讨GBM中TIL的特征及其在免疫治疗中的潜在意义	胶质母细胞瘤（GBM）和高级别胶质瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	NA	脑癌	单细胞RNA测序和配对的V(D)J测序	NA	转录组	15名高级别胶质瘤患者
19	2024-12-12	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	本文研究了早期生命暴露于BDE-99对雄性小鼠肠道-肝脏轴的长期影响，揭示了其促进炎症代谢特征的机制	首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对雄性小鼠在成年后期肠道-肝脏轴的基因表达和细胞间通讯的重新编程，并探讨了肠道微生物群在这一过程中的必要性	研究仅限于雄性C57BL/6小鼠，未探讨雌性或其他品系小鼠的影响	探讨新生儿期BDE-99暴露对成年后期雄性小鼠肠道-肝脏轴的长期影响及其机制	雄性C57BL/6小鼠	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	雄性C57BL/6小鼠，从出生后第2-4天开始每天口服暴露于玉米油或BDE-99，持续至15个月龄
20	2024-12-12	Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis 2024-Jun-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49037-y PMID:38876998	研究论文	研究探讨了牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系，通过单细胞RNA测序和空间解析技术揭示了牙龈相关角质形成细胞的变化及其与免疫细胞的相互作用	首次整合了单细胞RNA测序和单细胞微生物组学数据，揭示了牙周炎中角质形成细胞的特异性变化及其与微生物和免疫细胞的相互作用	研究结果需要进一步验证以支持精准牙周干预措施	探讨牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系，揭示角质形成细胞在健康和疾病状态下的变化	牙周炎中的牙龈相关角质形成细胞（SK/JKs）及其与微生物和免疫细胞的相互作用	数字病理学	牙周病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞微生物组学、荧光原位杂交、高多重免疫荧光	NA	单细胞RNA数据、微生物组数据、图像	34个样本，105918个细胞