单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-10-01	Helicobacter pylori CagA Promotes the Formation of Gallstones by Increasing the Permeability of Gallbladder Epithelial Cells 2024 May-Jun, Helicobacter IF:4.3Q2 DOI:10.1111/hel.13100 PMID:38873839	研究论文	研究了幽门螺杆菌CagA通过增加胆囊上皮细胞的通透性促进胆结石形成的作用	首次发现幽门螺杆菌CagA是导致胆结石形成的关键致病因素	研究主要基于小鼠模型和少量患者样本，需要进一步的人体研究验证	探索导致慢性炎症和胆结石形成的关键致病菌及其机制	胆结石患者和小鼠模型的胆囊上皮细胞	NA	胆结石	单细胞转录组测序、bulk转录组测序、16S rRNA测序	NA	转录组数据、微生物组数据	6名胆结石患者和6名肝移植供体的胆囊黏膜样本，以及胆结石小鼠模型
162	2024-09-28	LYVE-1-expressing Macrophages Modulate the Hyaluronan-containing Extracellular Matrix in the Mammary Stroma and Contribute to Mammary Tumor Growth 2024-May-31, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0205 PMID:38717149	研究论文	研究LYVE-1+巨噬细胞在乳腺基质中调节透明质酸基质外基质的作用及其对乳腺肿瘤生长的影响	首次揭示了LYVE-1+巨噬细胞在肿瘤微环境中促进肿瘤生长的机制，并展示了其在透明质酸重塑中的作用	研究主要基于遗传小鼠模型，可能无法完全反映人类乳腺肿瘤中的情况	探讨LYVE-1+巨噬细胞在乳腺基质中的功能及其对乳腺肿瘤生长的影响	LYVE-1+巨噬细胞、透明质酸基质外基质、乳腺肿瘤	NA	乳腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
163	2024-09-28	HCCDB v2.0: Decompose Expression Variations by Single-cell RNA-seq and Spatial Transcriptomics in HCC 2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae011 PMID:38886186	研究论文	本文介绍了HCCDB v2.0数据库，该数据库整合了肝细胞癌（HCC）临床样本的bulk、单细胞和空间转录组数据，提供了对HCC分子特征的深入理解	提出了sc-2D指标，用于总结细胞类型特异性和失调基因表达模式，并整合了最新的单细胞和空间转录组数据	NA	通过整合大规模转录组数据，深入理解肝细胞癌的分子特征	肝细胞癌（HCC）临床样本的bulk、单细胞和空间转录组数据	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	共整合了3917个bulk样本和1656个新样本，以及182,832个单细胞和69,352个空间位点
164	2024-09-21	Interactions between LAMP3+ dendritic cells and T-cell subpopulations promote immune evasion in papillary thyroid carcinoma 2024-May-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008983 PMID:38816233	研究论文	研究探讨了LAMP3+树突状细胞与T细胞亚群在乳头状甲状腺癌中的相互作用及其对免疫逃逸的影响	首次揭示了LAMP3+树突状细胞在乳头状甲状腺癌进展中的高度浸润及其与T细胞亚群的相互作用，为免疫治疗提供了新的思路	研究样本量较小，且仅限于手术组织样本，可能影响结果的普适性	探讨乳头状甲状腺癌免疫重塑的机制，寻找新的治疗靶点	LAMP3+树突状细胞与T细胞亚群在乳头状甲状腺癌中的相互作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	18个手术组织样本，来自14名患者
165	2024-09-15	MIF as a potential diagnostic and prognostic biomarker for triple-negative breast cancer that correlates with the polarization of M2 macrophages 2024-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202400578R PMID:38787620	研究论文	研究探讨了MIF作为三阴性乳腺癌的潜在诊断和预后生物标志物，并分析了其与M2巨噬细胞极化的关系	首次揭示了MIF在三阴性乳腺癌中通过调节巨噬细胞极化影响肿瘤微环境和预后的机制	研究样本量较小，且仅限于特定患者群体，需要进一步的大规模验证	探讨MIF在三阴性乳腺癌中的作用及其作为诊断和预后标志物的潜力	三阴性乳腺癌患者的肿瘤微环境和预后	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学	NA	RNA	41,567个细胞来自10个三阴性乳腺癌肿瘤样本和2名患者的空间转录组数据
166	2024-09-15	Scuphr: A probabilistic framework for cell lineage tree reconstruction 2024-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012094 PMID:38723024	研究论文	本文介绍了一种基于概率框架的细胞谱系树重建方法Scuphr	Scuphr采用距离法结合批量和单细胞DNA测序数据，解决了单细胞DNA测序中的常见挑战，如等位基因丢失和扩增错误，并在速度和准确性上优于现有方法	NA	开发一种用于细胞谱系树重建的方法，以研究细胞发育、分化和癌症进展	健康组织的批量和单细胞DNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞DNA测序	距离法	DNA测序数据	18个细胞的生物数据集和多种合成数据集
167	2024-09-14	scRNA+TCR+BCR-seq revealed the proportions and gene expression patterns of dual receptor T and B lymphocytes in NPC and NLH 2024-05-21, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149820 PMID:38547605	研究论文	研究利用单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序，分析了鼻咽癌和鼻咽淋巴组织增生症中双受体T和B淋巴细胞的比例和基因表达模式	首次发现鼻咽癌和鼻咽淋巴组织增生症的肿瘤微环境中存在双受体淋巴细胞，并确认其克隆扩增，揭示了其在免疫反应中的潜在作用	研究样本量较小，仅包括7名鼻咽癌患者和3名鼻咽淋巴组织增生症患者	探讨双受体淋巴细胞在鼻咽癌和鼻咽淋巴组织增生症肿瘤微环境中的起源和生物学作用	鼻咽癌和鼻咽淋巴组织增生症中的双受体T和B淋巴细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序	NA	基因表达数据	7名鼻咽癌患者和3名鼻咽淋巴组织增生症患者
168	2024-09-14	Inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomics based on graph embedding 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae291 PMID:38810116	研究论文	本文提出了一种基于图嵌入的监督深度学习框架IGEGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	该方法通过GraphSAGE捕获基因的上下文信息，并使用Top-k池化筛选出最具影响力的节点，最后通过堆叠CNNs预测基因间的潜在调控关系	NA	推断基因调控网络以理解复杂的生物过程	单细胞转录组数据中的基因调控网络	机器学习	NA	图嵌入	CNN	转录组数据	六个时间序列的单细胞转录组数据集
169	2024-09-14	CASCC: a co-expression-assisted single-cell RNA-seq data clustering method 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae283 PMID:38662553	研究论文	本文介绍了一种名为CASCC的单细胞RNA测序数据聚类方法，通过基因共表达特征提高生物学准确性	CASCC方法利用无监督自适应吸引子算法识别的基因共表达特征，改进了现有聚类方法的局限性	现有聚类方法在处理过渡细胞群时存在不均匀性问题	开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法，以提高生物学准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	无监督自适应吸引子算法	基因表达数据	NA
170	2024-09-14	scTPC: a novel semisupervised deep clustering model for scRNA-seq data 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae293 PMID:38684178	研究论文	本文提出了一种名为scTPC的新型半监督深度聚类模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	scTPC模型结合了三元组约束、成对约束和交叉熵约束，通过深度学习方法在学习的潜在特征空间中进行深度聚类，并引入了加权交叉熵损失来优化模型	NA	研究目的是提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	10个真实scRNA-seq数据集和5个模拟数据集
171	2024-09-14	scPRAM accurately predicts single-cell gene expression perturbation response based on attention mechanism 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae265 PMID:38625746	研究论文	本文介绍了一种基于注意力机制的单细胞基因表达扰动响应预测方法scPRAM	scPRAM通过变分自编码器和最优传输对扰动前后的细胞状态进行对齐，并利用注意力机制准确预测未见过的细胞类型的基因表达响应，超越了现有方法	NA	预测单细胞基因表达对各种外部扰动的响应	单细胞基因表达扰动响应	机器学习	NA	单细胞测序	注意力机制	基因表达数据	多个真实扰动数据集，涉及药物治疗和细菌感染
172	2024-09-14	CopyVAE: a variational autoencoder-based approach for copy number variation inference using single-cell transcriptomics 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae284 PMID:38676578	研究论文	本文介绍了一种基于变分自编码器（VAE）的深度学习框架CopyVAE，用于从单细胞转录组数据中推断拷贝数变异（CNV）	CopyVAE在检测CNV方面比现有方法具有更高的敏感性和特异性	NA	提高从单细胞测序数据中推断CNV的准确性和可靠性	拷贝数变异（CNV）	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器（VAE）	转录组数据	NA
173	2024-09-14	Topological benchmarking of algorithms to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae267 PMID:38627250	研究论文	本文提出了一种名为STREAMLINE的三步基准测试管道，用于评估从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的算法在捕捉网络拓扑结构和识别枢纽基因方面的能力	本文创新性地提出了STREAMLINE基准测试管道，量化了算法捕捉网络拓扑结构的能力，并提供了根据感兴趣的全局网络属性选择算法的指导	NA	评估从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的算法在捕捉网络拓扑结构方面的能力	单细胞RNA测序数据推断的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因调控网络	使用了来自三种不同生物体的实验数据以及不同类型网络的模拟数据
174	2024-09-13	Coordinated immune dysregulation in juvenile dermatomyositis revealed by single-cell genomics 2024-May-14, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176963 PMID:38743491	研究论文	本文通过单细胞基因组学研究了青少年皮肌炎（JDM）中的免疫失调	揭示了JDM中B细胞向未成熟幼稚状态的偏移以及T细胞的Th2介导炎症特征，并发现了免疫群体中超激活的I型IFN反应与先前未被发现的细胞状态之间的协调关系	NA	探讨青少年皮肌炎（JDM）中免疫系统的失调机制	JDM患者的血液样本	NA	青少年皮肌炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同疾病活动阶段的JDM患者血液样本
175	2024-09-11	Spatial analysis of recurrent glioblastoma reveals perivascular niche organization 2024-May-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179853 PMID:38805346	研究论文	研究分析了复发性胶质母细胞瘤的肿瘤微环境组织结构	首次通过成像技术同时评估肿瘤组织的缺氧、血管生成、炎症微环境、细胞外基质组织、TERT启动子突变状态和多种致癌扩增	NA	探讨胶质母细胞瘤中遗传多样性与肿瘤微环境之间的关系	复发性胶质母细胞瘤的肿瘤组织	数字病理学	脑肿瘤	成像技术	NA	图像	匹配的原发和复发性胶质母细胞瘤肿瘤组织样本
176	2024-09-11	Selective CAR T cell-mediated B cell depletion suppresses IFN signature in SLE 2024-May-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179433 PMID:38722688	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析，研究了CD19 CAR T细胞介导的B细胞耗竭对系统性红斑狼疮（SLE）患者免疫特征的影响	本文首次揭示了CAR T细胞介导的B细胞耗竭与SLE患者中I型干扰素信号减少之间的因果关系	NA	探讨CAR T细胞介导的B细胞耗竭对SLE患者免疫特征的影响及其分子机制	系统性红斑狼疮（SLE）患者	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	RNA	SLE患者
177	2024-09-11	Liver sinusoidal endothelial cells contribute to portal hypertension through collagen type IV-driven sinusoidal remodeling 2024-May-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174775 PMID:38713515	研究论文	研究探讨了肝窦内皮细胞通过胶原蛋白IV驱动的肝窦重塑在门脉高压中的作用	首次揭示了肝窦内皮细胞在肝纤维化和门脉高压中通过胶原蛋白IV沉积促进肝窦重塑的作用	NA	探讨胶原蛋白IV在肝纤维化和门脉高压中的作用及其细胞来源和表达调控机制	肝窦内皮细胞、胶原蛋白IV、肝纤维化、门脉高压	NA	肝病	RNA测序、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、CRISPRi-dCas9-KRAB表观基因组编辑	NA	RNA	人类肝硬化肝脏样本、小鼠纤维化肝脏样本、体外培养的肝窦内皮细胞
178	2024-09-10	Data normalization for addressing the challenges in the analysis of single-cell transcriptomic datasets 2024-May-06, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10364-5 PMID:38711017	综述	本文综述了单细胞转录组数据分析中的数据标准化方法	本文详细讨论了不同标准化方法的分类及其优缺点	没有一种标准化方法在所有情况下都表现最佳，需要根据具体指标评估	指导读者选择最合适的数据标准化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
179	2024-09-07	Advanced sequencing-based high-throughput and long-read single-cell transcriptome analysis 2024-05-14, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00105b PMID:38669201	综述	本文综述了基于高级测序技术的高通量和长读长单细胞转录组分析方法	介绍了下一代测序（NGS）和第三代测序（TGS）技术在解决单细胞转录组分析中低丰度和异质性问题方面的进展	NA	探讨单细胞转录组分析在揭示细胞类型、状态及其在发育、健康和疾病中的相互作用中的重要性	单细胞转录组	基因组学	NA	NGS, TGS	NA	转录组数据	NA
180	2024-09-06	BEST4+ cells in the intestinal epithelium 2024-05-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00042.2024 PMID:38557358	综述	本文综述了BEST4+细胞在人类肠上皮中的新发现及其潜在功能	BEST4+细胞是单细胞转录组学揭示的一种新型成熟吸收细胞，具有独特的基因表达谱	大多数关于BEST4+细胞功能的假设缺乏功能验证，特别是由于小鼠中不存在BEST4+细胞	总结现有关于BEST4+细胞的文献，强调其在健康和疾病中肠上皮的预测作用	BEST4+细胞及其在肠上皮中的功能	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	人类、猕猴、猪、斑马鱼和兔子的肠上皮细胞