单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 558 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-04 |
Integrating population genetics, stem cell biology and cellular genomics to study complex human diseases
2024-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01731-9
PMID:38741017
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研究论文 | 探讨了如何将种群遗传学、干细胞生物学和细胞基因组学整合在一起以研究复杂的人类疾病 | 文章创新性地将人类多能干细胞与单细胞测序相结合，揭示了人类遗传变异的功能后果 | 整合这些领域和方法存在重大挑战，特别是在经济性和实用性上的问题 | 研究人类遗传变异的功能后果及其对复杂疾病的影响 | 主要研究对象为人类多能干细胞及其与遗传变异的关系 | 干细胞生物学 | 复杂疾病 | 单细胞测序 | 人类多能干细胞 | 细胞基因组数据 | NA |
| 162 | 2024-08-05 |
DeepGRNCS: deep learning-based framework for jointly inferring gene regulatory networks across cell subpopulations
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae334
PMID:38980373
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研究论文 | 本研究提出了一个基于深度学习的框架DeepGRNCS，用于联合推断细胞亚群中的基因调控网络 | 该方法通过考虑细胞间的异质性和不同细胞亚群之间的相似性，克服了现有单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的方法的局限 | 该研究的局限性在于未详细讨论DeepGRNCS在不同数据集上的表现差异 | 旨在通过推断细胞亚群中的基因调控网络，深入理解细胞功能和疾病发病机制 | 主要研究对象为细胞亚群中的基因表达和转录因子之间的关系 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 包括多个模拟和真实的scRNA-seq数据集 |
| 163 | 2024-08-04 |
Characterizing efficient feature selection for single-cell expression analysis
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae317
PMID:38975891
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研究论文 | 本文系统地比较了11种特征选择方法在单细胞RNA-seq数据分析中的表现 | 提出了使用细胞聚类准确性作为特征选择方法评估的标准，并发现低表达基因在高性能方法中往往被排除 | 未具体提及研究的局限性 | 评估不同特征选择方法在单细胞表达分析中的有效性 | 对比11种特征选择方法的性能 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 164 | 2024-08-04 |
Transcriptional programs mediating neuronal toxicity and altered glial-neuronal signaling in a Drosophila knock-in tauopathy model
2024-05-15, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278576.123
PMID:38599684
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研究论文 | 本文描述了利用CRISPR-Cas基因编辑技术构建的前额颞叶痴呆果蝇模型。 | 创造了与人类前额颞叶痴呆相关的正交突变，并且展示了非细胞自主变更在胶质细胞中的潜在作用。 | 研究可能受到模型局限性的影响，虽然模型重现了人类疾病的某些特征，但依然无法完全模拟人类遗传背景。 | 揭示TAU P301L突变引起的神经元功能障碍和死亡的分子事件。 | 研究对象为携带Tau P251L突变的果蝇及其对照品。 | 数字病理学 | 前额颞叶痴呆 | CRISPR-Cas基因编辑 | 果蝇模型 | 单细胞RNA测序数据 | 约130,000个细胞 |
| 165 | 2024-08-05 |
FlyBase: updates to the Drosophila genes and genomes database
2024-05-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyad211
PMID:38301657
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研究论文 | 本文描述了FlyBase关于果蝇基因和基因组数据库的最新进展和更新 | 引入了单细胞RNA测序数据，改善了功能信息的内容和显示，更新了同源性流程，增加了新的化学报告，并增强了宣传资源 | NA | 介绍FlyBase的最新开发和更新 | 果蝇基因组和基因信息 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 166 | 2024-08-04 |
Spatially resolved transcriptome of the aging mouse brain
2024-05, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.14109
PMID:38372175
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研究论文 | 本文生成了小鼠大脑老化的空间转录组图谱。 | 建立了老化小鼠大脑的空间分子图谱，揭示了特定大脑区域的基因表达变化。 | 研究中对人脑老化的理解可能不适用于所有哺乳动物，数据主要来源于小鼠。 | 探讨老化小鼠大脑的基因表达及细胞类型在空间组织中的变化。 | 年轻和老年小鼠的大脑空间转录组图谱及其基因表达特征。 | 数字病理学 | 老年疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的大脑样本 |
| 167 | 2024-08-04 |
Accurately deciphering spatial domains for spatially resolved transcriptomics with stCluster
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae329
PMID:38975895
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法stCluster，用于提高空间转录组数据的空间域识别准确性 | stCluster结合了图对比学习和多任务学习，以优化空间转录组数据的表示 | 目前还未提及具体的局限性 | 优化空间转录组数据的解读，以更好地识别复杂空间域 | 空间转录组数据以及其与基因表达和空间组织的关系 | 数字病理学 | NA | 图对比学习 | NA | 空间转录组数据 | 覆盖组织、器官和胚胎等多个数据集和平台 |
| 168 | 2024-08-05 |
Mutant U2AF1-Induced Mis-Splicing of mRNA Translation Genes Confers Resistance to Chemotherapy in Acute Myeloid Leukemia
2024-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2543
PMID:38417135
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研究论文 | 该文章探讨了U2AF1突变导致的mRNA翻译基因误剪接与急性髓性白血病化疗耐药之间的关系 | 本研究首次揭示了U2AF1突变如何通过影响mRNA剪接和翻译过程来促成急性髓性白血病的化疗耐药 | 本研究为回顾性分析，可能存在数据整合和样本选择偏差的局限性 | 探讨急性髓性白血病患者对诱导化疗的耐药机制 | 超过1500例急性髓性白血病患者的多组学数据 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据 | 超过1500例急性髓性白血病患者 |
| 169 | 2024-08-05 |
Striking the Balance with a PD-L1×4-1BB Bispecific Antibody
2024-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0566
PMID:38745496
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研究论文 | 本文介绍了一种新型PD-L1×4-1BB双特异性抗体ATG-101用于癌症免疫疗法 | ATG-101在降低4-1BB亲和力的同时，具有高亲和力的PD-L1，从而减轻肝毒性 | 尽管ATG-101具有良好的抗肿瘤活性，但其长期安全性和效力仍需进一步验证 | 研究ATG-101的潜力，以改善癌症免疫治疗中的肝毒性问题 | 研究对象为肿瘤微环境中的T细胞和免疫细胞群体 | 免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 在非人灵长类动物中进行了ATG-101治疗，且未给出样本具体数量 |
| 170 | 2024-08-05 |
ATG-101 Is a Tetravalent PD-L1×4-1BB Bispecific Antibody That Stimulates Antitumor Immunity through PD-L1 Blockade and PD-L1-Directed 4-1BB Activation
2024-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2701
PMID:38501978
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研究论文 | ATG-101是一种四价PD-L1×4-1BB双特异性抗体，通过PD-L1阻断和PD-L1导向的4-1BB激活刺激抗肿瘤免疫 | 本研究工程化了ATG-101，发现其能够同时与PD-L1和4-1BB结合，并能有效激活T细胞，显示出在ICIs抗性肿瘤中的潜在抗肿瘤活性 | 虽然ATG-101表现出良好的耐受性，但在临床试验中仍需进一步评估其长期安全性和有效性 | 本研究旨在开发一种新的抗肿瘤免疫疗法，以克服现有免疫检查点抑制剂的耐药性 | 研究对象为ATG-101抗体及其对4-1BB+ T细胞和肿瘤微环境的影响 | 免疫肿瘤学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 多个体内肿瘤模型 |
| 171 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing of mutant whole mouse embryos: from the epiblast to the end of gastrulation
2024-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.591777
PMID:38746120
|
研究论文 | 本研究设计了一种强大的单细胞分析流程，以研究小鼠胚胎在内胚层形成过程中的基因表达动态 | 提出了一种方法以克服在单细胞分析突变小鼠胚胎中的技术限制 | 突变胚胎的单细胞分析仍然稀少，且通常仅限于FACS分选的群体 | 探索突变如何影响胚胎在胃肠发育阶段的细胞景观 | 突变的小鼠胚胎，从E6.5到E8的发育阶段 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 172 | 2024-08-04 |
Integrating spatial transcriptomics and bulk RNA-seq: predicting gene expression with enhanced resolution through graph attention networks
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae316
PMID:38960406
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研究论文 | 本研究提出了一种新的方法STGAT，利用图注意网络提高了基因表达的空间分辨率。 | STGAT方法结合了空间转录组学和大规模RNA测序数据，可以在近细胞级别预测基因表达，填补了现有数据的空白。 | 目前仅在乳腺癌样本中进行了测试，可能不适用于其他类型的癌症。 | 本研究旨在通过空间转录组学与大规模RNA测序数据结合，改进基因表达的预测。 | 研究对象为肿瘤组织样本，特别是只有WSI和大规模RNA测序数据的患者样本。 | 数字病理 | 乳腺癌 | RNA-seq | GAT | 图像 | 两个乳腺癌空间转录组数据集 |
| 173 | 2024-08-04 |
Spatial Biology of Breast Cancer
2024-05-02, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a041335
PMID:38110242
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评论 | 本研究讨论了空间生物学在乳腺癌中的应用及其影响 | 探讨了空间转录组学和蛋白质组学以及新兴的多重成像技术对乳腺癌研究的贡献 | 未具体提及具体研究数据或样本限制 | 旨在探索空间方法对乳腺癌进展和治疗的理解 | 涉及乳腺癌相关的空间关系及其生物学机制 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学, 蛋白质组学, 多重成像技术 | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-08-05 |
Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes
2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.14.594197
PMID:38798565
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研究论文 | 本研究确定了与癌症相关的成纤维细胞亚型，特别是在胰腺导管腺癌中 | 开发了一个单样本分类器DeCAF，用于分类临床上限制性和允许性成纤维细胞亚型 | 虽然验证了DeCAF在多种肿瘤类型中的有效性，但对CAF亚型的临床相关性仍然不完全明确 | 研究与癌症相关的成纤维细胞亚型的临床相关性及其在多种肿瘤类型中的应用 | 不同肿瘤类型（如PDAC、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌）中的CAF亚群体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 分类器 | 转录组数据 | 19个独立的总体转录组数据集 |
| 175 | 2024-08-05 |
Distinct immunometabolic signatures in circulating immune cells define disease outcome in acute-on-chronic liver failure
2024-May-16, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000907
PMID:38761406
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研究论文 | 本研究识别出不同的免疫代谢特征，这些特征影响急性慢性肝衰竭患者的疾病结果 | 揭示了急性慢性肝衰竭患者的循环免疫细胞的单细胞转录组特征，涉及免疫耐受和代谢状态的不同 | 未能进一步探讨不同免疫细胞状态转变的机制 | 调查急性慢性肝衰竭患者中的免疫代谢状态与恢复或不恢复之间的关系 | 急性慢性肝衰竭患者、急性失代偿肝硬化患者和健康个体的循环免疫细胞 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 包括急性慢性肝衰竭患者和急性失代偿肝硬化患者的循环免疫细胞样本 |
| 176 | 2024-08-04 |
Sequential drug treatment targeting cell cycle and cell fate regulatory programs blocks non-genetic cancer evolution in acute lymphoblastic leukemia
2024-05-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03260-4
PMID:38822412
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研究论文 | 本研究探讨了G2/M检查点抑制在急性淋巴细胞白血病中的作用 | 揭示了WEE1靶向疗法与细胞命运决策调控回路之间的关系 | 需要进一步研究以验证不同患者群体中的疗效和反应 | 更好地理解药物效果与癌细胞状态多样性之间的机制 | 针对KMT2A重排的急性淋巴细胞白血病细胞 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq | NA | 生物学细胞数据 | RS4;11细胞系和KMT2A::AFF1重排细胞 |
| 177 | 2024-08-04 |
Potential marker genes for chronic obstructive pulmonary disease revealed based on single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis
2024-05-23, Aging
DOI:10.18632/aging.205849
PMID:38787375
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研究论文 | 本研究基于单细胞测序和孟德尔随机化分析，识别了慢性阻塞性肺疾病（COPD）的潜在标记基因 | 通过单细胞测序和孟德尔随机化分析揭示了与COPD相关的四个关键基因，提供了新的预防和治疗COPD的见解 | 提供的抽象中未提及具体的局限性 | 研究COPD的病理机制，识别相关关键基因 | 重点研究与COPD相关的免疫细胞标记基因 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和孟德尔随机化分析 | NA | 基因组数据 | 使用了来自UK Biobank数据库的独立队列（ukb-b-16751）进行分析 |
| 178 | 2024-08-04 |
Inflammation-based lung adenocarcinoma molecular subtype identification and construction of an inflammation-related signature with bulk and single-cell RNA-seq data
2024-05-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205840
PMID:38771142
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研究论文 | 本文研究了炎症在肺腺癌分子亚型识别中的作用，并构建了与炎症相关的特征 | 首次识别了炎症低（INF-low）和炎症高（INF-high）两种主要的肺腺癌亚型，并提出了一个以炎症为中心的预测模型 | 未详细阐明炎症反应中的所有分子划分 | 研究炎症对肺腺癌治疗效果和预后的影响 | 肺腺癌的炎症亚型及其临床病理特征 | 数字病理 | 肺癌 | RNA-seq | NA | 生物样本数据 | NA |
| 179 | 2024-08-05 |
Prediction of prognosis and immunotherapy efficacy based on metabolic landscape in lung adenocarcinoma by bulk, single-cell RNA sequencing and Mendelian randomization analyses
2024-05-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205838
PMID:38771130
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研究论文 | 本研究评估了肺腺癌中代谢途径与免疫治疗疗效和预后的关系 | 建立了代谢途径对偶评分模型(MPPS)，并识别出与MPPS相关的七个基因，揭示C1QTNF6在肿瘤微环境中的作用 | 尚不能全面分析代谢重编程与免疫治疗效果之间的所有关系 | 探讨代谢景观在肺腺癌预后及免疫治疗中的作用 | 针对TCGA-LUAD数据库中84条代谢路径进行评估及分析 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序和转录组分析 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用TCGA-LUAD数据库中的样本进行分析 |
| 180 | 2024-08-07 |
Retraction Note: Renal enhanced CT images reveal the tandem mechanism between tumor cells and immunocytes based on bulk/single-cell RNA sequencing
2024-May-15, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01385-0
PMID:38744724
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |