单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-04	A phosphate transporter in VIPergic neurons of the suprachiasmatic nucleus gates locomotor activity during the light/dark transition in mice 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114220 PMID:38735047	研究论文	这篇文章研究了磷酸盐转运蛋白PiT2在小鼠上丘脑SCN中对行为的影响	鉴定了PiT2作为调节小鼠活动的磷酸盐转运蛋白，揭示了其在昼夜转换中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于其他物种	探索上丘脑如何通过分子机制调节行为	小鼠SCN中的VipNms神经元	数字病理学	NA	斑点钳记录和单细胞测序	NA	生物电活动和基因表达数据	涉及的样本为小鼠SCN神经元群体
142	2024-08-05	Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114139 PMID:38652658	研究论文	本文探讨了胶质母细胞瘤中对KIF11抑制剂的抵抗机制	首次将谱系追踪条形码和单细胞RNA测序结合用于分析患者来源的胶质母细胞瘤中的药物抵抗	主要集中在药物对细胞的影响，缺乏对更大临床样本的验证	研究胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂的抵抗机制	患者来源的胶质母细胞瘤神经球及其对ispinesib的反应	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	涉及多个患者来源的胶质母细胞瘤样本
143	2024-08-05	The molecular basis of scale development highlighted by a single-cell atlas of Bicyclus anynana butterfly pupal forewings 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114147 PMID:38662541	research paper	本研究探讨了Bicyclus anynana蝴蝶蛹前翅中鳞片细胞的多样性及其分子基础	通过单细胞RNA测序技术识别了不同类型的鳞片细胞，并揭示了关键基因在细胞分化中的作用	研究主要集中在单一物种的细胞类型，可能无法全面代表其他节肢动物的情况	探索蝴蝶翅膀鳞片细胞的多样性及其转录组学基础	Bicyclus anynana蝴蝶的雄性蛹前翅中的大约5200个鳞片细胞	机遇	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	约5200个大细胞
144	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity of neutrophils in non-small cell lung cancer 2024-May, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3690 PMID:38735760	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性	识别了四种主要类型的肿瘤相关中性粒细胞，并分析了其动态特征及转录因子调控	未提及具体的样本数量和来源的多样性	研究非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性	肿瘤相关的中性粒细胞和人源多形核中性粒细胞	数字病理学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自基因表达综合数据库的样本
145	2024-08-05	Multi-omics analysis of human tendon adhesion reveals that ACKR1-regulated macrophage migration is involved in regeneration 2024-May-07, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00324-w PMID:38714649	研究论文	本文通过多组学分析揭示了ACKR1调控的巨噬细胞迁移参与人类肌腱粘连的再生过程	发现了一种新的抗纤维化巨噬细胞群体及其来源	研究中的抗纤维化机制仍需进一步验证和探讨	研究肌腱损伤后肌腱粘连的纤维化微环境	分析人类和小鼠的肌腱粘连组织样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、蛋白组学	NA	组织样本	超过74000个单细胞
146	2024-08-05	scRNA-seq data from the larval Drosophila ventral cord provides a resource for studying motor systems function and development 2024-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.016 PMID:38569548	研究论文	本文利用高质量的单细胞RNA测序创建了幼虫腹神经索细胞类型的全面普查	揭示了腹神经索的神经谱系在幼虫阶段已经被定义但处于静息状态，为进一步研究提供了新资源	未提及具体的实验条件和样本采集的局限性	旨在研究和理解运动系统的发展和功能	研究幼虫腹神经索的细胞类型和相应的神经元集群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	细胞类型数据	NA
147	2024-08-04	Heart failure promotes multimorbidity through innate immune memory 2024-May-24, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ade3814 PMID:38787963	研究论文	心力衰竭通过内源性免疫记忆促进多病共存	首次揭示了造血干细胞在心力衰竭和相关共病中的关键作用	目前尚未深入探讨共病之间的具体机制	研究心力衰竭如何通过造血干细胞影响多种共病的发生	重点研究心力衰竭患者的造血干细胞及其相关的心脏和肾脏疾病	数字病理学	心力衰竭	单细胞RNA测序	动物模型	生物医学数据	HF小鼠及其供体来源的骨髓移植小鼠
148	2024-08-04	MetalinksDB: a flexible and contextualizable resource of metabolite-protein interactions 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae347 PMID:39038934	研究论文	本文介绍了一个名为MetalinksDB的资源，用于代谢物与蛋白质之间的相互作用	MetalinksDB比现有的代谢物-受体资源大一个数量级，并能够根据具体的生物学背景进行定制	目前的细胞间知识资源对于代谢物关注的范围有限，但MetalinksDB致力于对此进行扩展	研究代谢物与蛋白质之间的相互作用，以理解其在细胞功能中的重要性	代谢物和蛋白质的相互作用，特别是在肾癌和急性肾损伤中的作用	数字病理学	肾癌	空间转录组学	知识图谱	多组学数据	NA
149	2024-08-04	Single-Cell multiomics reveals ENL mutation perturbs kidney developmental trajectory by rewiring gene regulatory landscape 2024-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.09.591709 PMID:38766219	研究论文	研究单细胞多组学揭示ENL突变通过重塑基因调控景观来扰乱肾脏发育轨迹	该研究首次揭示了与Wilms肿瘤相关的ENL突变如何在单细胞水平上重塑基因调控网络并影响肾脏发育	该研究主要集中于小鼠模型，可能不完全适用于人类肾脏发育的研究	探讨表观遗传调控因子突变在肾脏发育和病理生理中的作用	Wilms肿瘤相关的ENL突变及其对肾脏发育的影响	数字病理学	肾癌	单细胞转录组学，组蛋白乙酰化结合活性抑制	小鼠模型	基因组数据	NA
150	2024-08-05	Increased Thyroid DPP4 Expression Is Associated With Inflammatory Process in Patients With Hashimoto Thyroiditis 2024-May-17, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgad723 PMID:38127960	研究论文	本研究旨在调查Hashimoto甲状腺炎患者外周血和甲状腺组织中DPP4的表达，并探索其在病理生理过程中的作用	首次在Hashimoto甲状腺炎患者的甲状腺中发现DPP4表达显著增加，并主要局限于淋巴细胞	样本量较小，且未能探讨DPP4在其他类型甲状腺疾病中的作用	研究Hashimoto甲状腺炎患者中DPP4的表达及其在炎症过程中的角色	40名未服药的Hashimoto甲状腺炎患者和81名对照个体	数字病理学	Hashimoto甲状腺炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血液和甲状腺组织样本	共121个样本（40名HT患者和81名对照个体）
151	2024-08-04	Stem-cell states converge in multistage cutaneous squamous cell carcinoma development 2024-May-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adi7453 PMID:38815020	研究论文	本研究探讨了干细胞状态在多阶段皮肤鳞状细胞癌发展中的收敛性	研究揭示了前恶性肿瘤细胞中干细胞状态的收敛性，提供了新的癌症治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类肿瘤生物学	理解干细胞在皮肤鳞状细胞癌发展中的作用	小鼠组织样本，包括正常组织和肿瘤组织	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百个小鼠组织样本（正常和肿瘤）
152	2024-08-04	HATCHet2: clone- and haplotype-specific copy number inference from bulk tumor sequencing data 2024-05-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03267-x PMID:38773520	研究论文	本文介绍了一种新算法HATCHet2，用于从肿瘤的多样本群体DNA测序数据中同时推断克隆和单倍型特异的拷贝数异常。	HATCHet2改进了早期HATCHet方法，通过引入新的统计量mhBAF来提高对焦点拷贝数异常的识别，并能识别镜像亚克隆CNAs。	该研究可能受限于从相对较小的样本中得出的结论，并未涵盖更广泛的样本多样性。	研究的目的是提高从肿瘤样本中推断拷贝数异常的准确性。	研究对象为来自10名前列腺癌患者的肿瘤样本。	数字病理学	前列腺癌	群体DNA测序	HATCHet2	基因组数据	10个前列腺癌患者的肿瘤样本
153	2024-08-05	Gene networks and systems biology in Alzheimer's disease: Insights from multi-omics approaches 2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13790 PMID:38534018	综述	本文深入探讨了在阿尔茨海默病领域使用的多种技术及其发现	结合了多组学方法及基因调控网络对阿尔茨海默病的综合研究	对阿尔茨海默病的全面理解仍然难以实现，未来研究仍需更多数据支持	探索阿尔茨海默病的基因网络和系统生物学	阿尔茨海默病及其相关的基因调控机制	系统生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、表观基因组学、空间组学	NA	基因组数据	NA
154	2024-08-04	Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48267-4 PMID:38744839	研究论文	本研究识别了与微生物群相互作用的双阴性B细胞在肠道相关淋巴组织中的存在	首次揭示了双阴性2 B细胞与表达DNASE1L3的树突状细胞之间的相互作用	未在小鼠中观察到DNASE1L3表达的树突状细胞与细菌的关联	探讨肠道相关淋巴组织在免疫反应中如何处理细菌	研究健康个体中的双阴性2 B细胞与微生物的相互作用	数字病理学	自身免疫病	空间转录组学和多重单细胞技术	NA	NA	人类样本
155	2024-08-05	SorLA restricts TNFα release from microglia to shape a glioma-supportive brain microenvironment 2024-May, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00117-6 PMID:38499808	研究论文	本文探讨了SorLA在胶质瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞功能特性中的影响	揭示了SorLA在调节小胶质细胞释放TNFα中的作用，其对胶质瘤微环境及肿瘤进展有重要影响	本研究主要依赖于已发布的scRNA-seq数据和体外模型，可能限制了在临床背景下的直接适用性	研究SorLA如何影响胶质瘤微环境中的小胶质细胞功能	胶质瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（GAMs）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	NA
156	2024-08-05	ZEB1 controls a lineage-specific transcriptional program essential for melanoma cell state transitions 2024-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03010-7 PMID:38519642	研究论文	本研究解码了ZEB1转录因子在黑色素瘤细胞状态转变中的关键作用	识别并验证了关键谱系特异基因的ZEB1结合峰，阐明了其在黑色素瘤细胞身份中的重要性	未提及具体实验的局限性	探讨ZEB1在黑色素瘤细胞内肿瘤异质性中的转录调控机制	黑色素瘤细胞模型	数字病理学	黑色素瘤	ChIP-sequencing和RNA-sequencing	NA	单细胞空间多重分析及scRNA-Seq分析	人类黑色素瘤样本
157	2024-08-05	Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells 2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.557439 PMID:37781613	研究论文	这篇文章探讨了MEIOC如何在小鼠生殖细胞中分子地支持早期减数分裂。	该研究首次揭示了MEIOC在减数分裂启动前如何介导转录组变化，并早于之前的认识。	本研究主要集中在小鼠模型，结果的普遍适用性可能有限。	研究MEIOC如何影响小鼠生殖细胞中的减数分裂启动。	小鼠的生殖细胞，特别是有能力启动减数分裂的 spermatogenic cells。	数字病理学	NA	scRNA-seq 和 bulk RNA-seq	NA	转录组数据	NA
158	2024-08-05	Comparative single cell analysis reveals complex patterns of cell type and cell signaling innovations at the fetal-maternal interface 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.01.591945 PMID:38746137	研究论文	本研究揭示了胎盘-母体接口处细胞类型和信号传导创新的复杂模式	发现了新型的绒毛膜和决定位细胞类型，并重建了细胞间信号网络	研究中未提及样本的具体数量和选择标准	探索哺乳动物胎盘-母体接口的细胞类型和信号传导动态	对树袋熊、马达加斯加普通刺猬和小鼠等不同哺乳动物胎盘-母体接口的单细胞RNA测序进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
159	2024-08-04	Emerging Roles of Spatial Transcriptomics in Liver Research 2024-May, Seminars in liver disease IF:4.3Q1 DOI:10.1055/a-2299-7880 PMID:38574750	研究论文	空间转录组学在肝脏研究中的新兴角色，揭示了基因表达的复杂地图。	该文章通过空间转录组学技术识别肝细胞的分区功能，揭示了脂肪肝中脂质相关巨噬细胞的作用和肝再生过程中的内皮细胞信号。	NA	探讨空间转录组学在肝脏疾病理解和治疗中的应用	主要关注健康和病态肝脏中的细胞动力学和分子机制	数字病理学	肝癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
160	2024-08-04	Somatic PDGFRB activating variants promote smooth muscle cell phenotype modulation in intracranial fusiform aneurysm 2024-May-13, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-024-01040-7 PMID:38741091	研究论文	本研究探讨了PDGFRB体细胞变异在脑内梭形动脉瘤中对平滑肌细胞表型调节的作用。	该文章揭示了PDGFRB体细胞突变如何影响脑内梭形动脉瘤中平滑肌细胞表型，并探索了相关细胞信号通路及治疗干预。	本研究的样本量较小，且研究主要集中在单细胞水平，未能全面揭示所有可能的分子机制。	研究PDGFRB体细胞突变对梭形动脉瘤平滑肌细胞表型调节的影响及其潜在的治疗方案。	研究对象为脑内梭形动脉瘤的平滑肌细胞及相关基因突变。	数字病理学	脑血管疾病	单细胞测序、全外显子测序、免疫荧光	斑马鱼模型	生物样本	七个脑动脉瘤样本（六个梭形和一个囊性）