单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 539 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling reveals the metastasis-associated immune signature of hepatocellular carcinoma
2024-05, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.1264
PMID:38780041
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肝细胞癌转移相关的免疫特征 | 发现转移性肝细胞癌中效应调节性T细胞富集和CCR7+树突状细胞分化抑制的新机制 | 研究基于生物信息学分析，需要实验验证 | 探索肝细胞癌转移相关的免疫特征 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序 | 生物信息学分析 | 单细胞RNA测序数据 | 不同分期的肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 142 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics reveals gene interactions and signaling pathway dynamics in rat embryos with anorectal malformation
2024-05-21, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09878-1
PMID:38769159
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析了大鼠胚胎肛门直肠畸形的基因表达特征和信号通路动态 | 首次在胚胎发育过程中应用空间转录组学技术，揭示了肛门直肠畸形中位置特异性基因表达模式和信号通路协同作用 | 研究仅针对GD14-GD16胚胎期，缺乏更早期或更晚期的发育阶段分析 | 探究肛门直肠畸形的分子机制和基因调控网络 | 大鼠胚胎（正常组和肛门直肠畸形组） | 空间转录组学 | 肛门直肠畸形 | 空间转录组学，免疫荧光染色，WGCNA，GSEA，PROGENy | NA | 空间基因表达数据，图像数据 | GD14-GD16胚胎期大鼠样本（包含正常和畸形病例） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-07 |
LYVE-1-expressing Macrophages Modulate the Hyaluronan-containing Extracellular Matrix in the Mammary Stroma and Contribute to Mammary Tumor Growth
2024-05-31, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0205
PMID:38717149
|
研究论文 | 本研究揭示了LYVE-1+巨噬细胞通过调节透明质酸细胞外基质促进乳腺肿瘤生长的机制 | 首次证明LYVE-1+巨噬细胞通过降解透明质酸和调节免疫微环境促进肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究LYVE-1+巨噬细胞在乳腺基质和肿瘤微环境中的功能 | 小鼠乳腺组织和乳腺肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，基因敲除模型 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据，组织学数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 144 | 2025-10-07 |
Identification of MUC1-C as a Target for Suppressing Progression of Head and Neck Squamous Cell Carcinomas
2024-05-14, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0011
PMID:38619287
|
研究论文 | 本研究揭示了MUC1-C蛋白在头颈部鳞状细胞癌进展中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次发现MUC1-C通过整合STAT1炎症通路与∆Np63、SOX2基因表达，驱动头颈部鳞癌干细胞状态 | 主要基于细胞系研究，需要更多体内实验验证 | 探索MUC1-C在头颈部鳞状细胞癌进展中的作用机制 | 头颈部鳞状细胞癌细胞系和肿瘤样本 | 癌症生物学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-07 |
Role of ferroptosis in neuroimmunity and neurodegeneration in multiple sclerosis revealed by multi-omics data
2024-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18396
PMID:38801304
|
研究论文 | 通过多组学数据揭示铁死亡在多发性硬化症神经免疫和神经退行性变中的作用 | 开发了铁死亡水平的计算指标，首次通过整合单核RNA测序、空间转录组学和空间蛋白质组学数据系统研究铁死亡在多发性硬化症中的作用机制 | 铁死亡在多发性硬化症中的确切作用机制仍需进一步验证 | 探究铁死亡在多发性硬化症发病机制中的作用 | 多发性硬化症患者样本 | 生物信息学 | 多发性硬化症 | snRNA-seq, 空间转录组学, 空间蛋白质组学, AUCell方法 | 诊断模型 | 多组学数据 | 七个不同白质病变区域的样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 146 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals evolutionary reconfiguration of embryonic cell fate specification in the sea urchin Heliocidaris erythrogramma
2024-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.30.591752
PMID:38746376
|
研究论文 | 通过单细胞转录组比较分析揭示海胆胚胎细胞命运特化的进化重配置 | 首次利用比较单细胞RNA-seq发育时间序列揭示胚胎模式形成中的多样化进化变化 | 需要后续实验验证候选调控相互作用的假设 | 研究发育进化中调控互作的改变如何影响表型多样性 | 海胆Heliocidaris erythrogramma和其近缘物种的胚胎发育过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个海胆物种的发育时间序列样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2025-01-07 |
Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer
2024-May-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48700-8
PMID:38782901
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析，探讨了非小细胞肺癌中的肿瘤生态系统，特别是髓系细胞的作用 | 揭示了肿瘤中抗炎性巨噬细胞与NK细胞/T细胞之间的反向关系，以及巨噬细胞在肿瘤中的转录重编程现象 | 样本量相对较小，仅包括25名未接受治疗的患者 | 研究非小细胞肺癌肿瘤生态系统中的免疫细胞类型及其作用 | 25名未接受治疗的腺癌和鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞数据, 空间转录组数据 | 约900,000个细胞，来自25名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2025-01-07 |
MUSTANG: Multi-sample spatial transcriptomics data analysis with cross-sample transcriptional similarity guidance
2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2024.100986
PMID:38800365
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为MUSTANG的空间转录组数据分析框架，能够通过跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性进行多样本空间转录组数据的细胞去卷积 | MUSTANG框架创新性地结合了跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性，提升了多样本空间转录组数据的分析能力 | NA | 开发一种能够有效分析多样本空间转录组数据的框架，以揭示组织样本细胞特征中的生物学见解 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 一个半合成空间转录组数据集和三个真实世界空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 149 | 2025-01-07 |
DeepDecon accurately estimates cancer cell fractions in bulk RNA-seq data
2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2024.100969
PMID:38800361
|
研究论文 | 本文介绍了DeepDecon，一种利用单细胞基因表达信息准确预测大块组织中癌细胞比例的深度神经网络模型 | DeepDecon通过迭代估计癌细胞比例的策略，提高了大块RNA-seq数据中细胞组成分解的准确性 | NA | 研究目的是提高大块RNA-seq数据中癌细胞比例的估计准确性 | 大块RNA-seq数据中的癌细胞比例 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq | 深度神经网络 | RNA-seq数据 | 模拟和真实癌症数据 | NA | NA | NA | NA |
| 150 | 2025-01-07 |
Comprehensive integration of single-cell transcriptomic data illuminates the regulatory network architecture of plant cell fate specification
2024-May, Plant diversity
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.pld.2024.03.008
PMID:38798726
|
研究论文 | 本文通过整合63个已发表的单细胞转录组数据集，构建了一个全面的植物幼苗单细胞转录组图谱，揭示了细胞类型特异性基因调控网络 | 首次整合大量单细胞转录组数据，构建了涵盖广泛组织的植物细胞图谱，并系统性地构建了细胞类型特异性基因调控网络 | NA | 揭示植物细胞命运决定的调控网络架构 | 植物幼苗 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 整合了63个已发表的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 151 | 2025-01-06 |
MNMST: topology of cell networks leverages identification of spatial domains from spatial transcriptomics data
2024-05-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03272-0
PMID:38783355
|
研究论文 | 本文提出了一种多层网络模型MNMST，用于通过联合学习识别空间转录组数据中的空间域 | 利用细胞网络的拓扑结构精确表征和区分空间域，提高了空间域的识别和可解释性，超越了现有基线方法 | 未提及具体局限性 | 提高空间转录组数据中空间域的识别和可解释性 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 多层网络模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 152 | 2025-01-01 |
The expression of immune related genes and potential regulatory mechanisms in schizophrenia
2024-05, Schizophrenia research
IF:3.6Q1
DOI:10.1016/j.schres.2023.11.007
PMID:37993327
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和批量RNA数据分析，探讨了免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了精神分裂症组织中细胞组成的显著差异及免疫相关基因的异常表达 | 未涉及实验验证，且样本来源和数量未明确说明 | 探讨免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用 | 精神分裂症患者的脑组织 | 生物信息学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 153 | 2024-12-22 |
Barcoding Notch signaling in the developing brain
2024-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.10.593533
PMID:38766256
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构 | SABER-seq是一种新型平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动 | 传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性 | 开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入 | 斑马鱼大脑中的Notch信号 | NA | NA | CRISPR-Cas, 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | 斑马鱼大脑中的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 154 | 2024-12-21 |
The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing†
2024-May-09, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae032
PMID:38386960
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在子宫内膜异位症和子宫腺肌症研究中的应用，探讨了这两种疾病的细胞成分和分子特征 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞起源和免疫微环境特征 | 对子宫腺肌症免疫特征的理解仍需进一步探索 | 探讨子宫内膜异位症和子宫腺肌症的发病机制及细胞水平的治疗靶点 | 子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞成分和分子特征 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 155 | 2024-12-21 |
Edge-relational window-attentional graph neural network for gene expression prediction in spatial transcriptomics analysis
2024-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108449
PMID:38626512
|
研究论文 | 提出了一种基于边缘关系窗口注意力图神经网络的虚拟空间转录组学方法，用于从标准组织图像中预测基因表达 | 创新性地构建了异构图来建模局部窗口交互，并结合注意力机制进行全局信息分析，无需先验基因表达数据 | 未提及具体的局限性 | 开发一种成本效益高的虚拟空间转录组学方法，用于基因表达预测，无需昂贵的专用设备 | 空间转录组学中的基因表达预测 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 图神经网络 | 图卷积网络 (GCN) | 图像 | 两个公开的乳腺癌数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 156 | 2024-12-20 |
PPPCT: Privacy-Preserving framework for Parallel Clustering Transcriptomics data
2024-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108351
PMID:38520921
|
研究论文 | 本文提出了一种隐私保护的并行聚类转录组数据框架，用于处理单细胞RNA测序数据 | 该方法通过使用Intel SGX处理器确保敏感代码和数据的安全性，并采用对数变换、非负矩阵分解和并行k-means聚类等技术，在保证隐私的同时提高了聚类质量和计算效率 | NA | 解决单细胞转录组数据聚类中的隐私保护问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、非负矩阵分解、并行k-means聚类 | 并行计算框架 | 转录组数据 | 5000个基因和6000个细胞的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 157 | 2024-12-18 |
Single cell RNA analysis uncovers the cell differentiation and functionalization for air breathing of frog lung
2024-05-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06369-1
PMID:38816547
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了陆生蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了蛙肺发育过程中13种细胞类型的分化轨迹和功能化机制，并整合了其他两栖动物和陆生哺乳动物的数据，揭示了四足动物肺进化的保守性和差异性 | 研究仅限于一种陆生蛙，可能无法完全代表所有两栖动物的肺发育过程 | 揭示蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制，并探讨四足动物肺进化的细胞类型演变 | 陆生蛙（Microhyla fissipes）的肺发育过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 一种陆生蛙的肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2024-12-18 |
SpatialPrompt: spatially aware scalable and accurate tool for spot deconvolution and domain identification in spatial transcriptomics
2024-05-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06349-5
PMID:38796505
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpatialPrompt的空间感知可扩展工具，用于空间转录组学中的点反卷积和域识别 | SpatialPrompt整合了基因表达、空间位置和单细胞RNA测序数据作为参考，使用非负岭回归和图神经网络高效捕捉局部微环境信息 | NA | 开发一种高效且准确的空间转录组学点反卷积和域识别工具 | 空间转录组学中的点反卷积和域识别 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图神经网络 | 基因表达数据 | 在50,000个点的鼠海马数据集上进行测试 | NA | NA | NA | NA |
| 159 | 2024-12-18 |
Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain
2024-05-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06315-1
PMID:38773256
|
研究论文 | 本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了Mchenga conophorus慈鲷鱼端脑的空间转录图谱，并将其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物的端脑进行比较 | 揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞类型之间的显著转录相似性，并支持了硬骨鱼端脑部分外翻的假设 | NA | 研究脊椎动物前脑的组织和进化 | Mchenga conophorus慈鲷鱼的端脑及其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物端脑的比较 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学和单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | Mchenga conophorus慈鲷鱼及其他脊椎动物的端脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2024-12-18 |
Midkine promotes renal fibrosis by stabilizing C/EBPβ to facilitate endothelial-mesenchymal transition
2024-05-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06154-0
PMID:38714800
|
研究论文 | 研究探讨了Midkine通过稳定C/EBPβ促进内皮细胞向间充质细胞转化的机制，从而促进肾纤维化 | 首次揭示了Midkine在TGF-β诱导的内皮细胞向间充质细胞转化过程中的作用，并阐明了其通过稳定C/EBPβ促进这一过程的分子机制 | 研究主要集中在体外和体内实验，缺乏对临床样本的直接验证 | 探讨Midkine在肾纤维化中的作用及其分子机制 | 内皮细胞、间充质细胞、肾纤维化 | NA | 肾病 | 空间转录组学、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |