单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 540 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-11-13 |
Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis
2024-May-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48484-x
PMID:38734693
|
研究论文 | 研究SPI1对阿尔茨海默病相关表型的影响 | 首次探讨了SPI1在阿尔茨海默病中的作用及其对疾病表型的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨调节SPI1水平对阿尔茨海默病发病机制的影响 | SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型 |
| 122 | 2024-11-13 |
Peripheral HMGB1 is linked to O3 pathology of disease-associated astrocytes and amyloid
2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13825
PMID:38624088
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研究论文 | 研究了臭氧（O3）对疾病相关星形胶质细胞和淀粉样蛋白病理的影响，并探讨了外周高迁移率族蛋白B1（HMGB1）在其中的作用 | 首次探讨了外周髓系细胞中的HMGB1在O3诱导的疾病相关星形胶质细胞表型中的作用 | NA | 探讨臭氧（O3）对阿尔茨海默病（AD）相关病理的影响及其机制 | 疾病相关星形胶质细胞（DAAs）和外周髓系细胞中的高迁移率族蛋白B1（HMGB1） | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | 5xFAD小鼠和Hmgb1fl/fl LysM-Cre+小鼠 |
| 123 | 2024-11-10 |
Contribution of VEGF-B-Induced Endocardial Endothelial Cell Lineage in Physiological Versus Pathological Cardiac Hypertrophy
2024-May-24, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.324136
PMID:38655691
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研究论文 | 研究VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系在生理性和病理性心脏肥大中的作用 | 首次探讨了自分泌和旁分泌VEGF-B表达在转基因和基因转导小鼠中的心脏效应，揭示了VEGF-B诱导的特定心内膜来源内皮细胞群体的扩展及其在生理性和病理性心脏肥大中的不同作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现 | 探讨VEGF-B在心脏肥大中的作用及其对心脏功能的潜在影响 | VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系及其在生理性和病理性心脏肥大中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 转基因小鼠模型 |
| 124 | 2024-11-08 |
Pan-cancer analysis of CDKN2A alterations identifies a subset of gastric cancer with a cold tumor immune microenvironment
2024-05-31, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00615-7
PMID:38822443
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研究论文 | 研究探讨了CDKN2A突变和缺失与泛癌种中免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联 | 发现CDKN2A突变和缺失与免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联，并揭示了CDKN2A突变和缺失对肿瘤免疫微环境的影响 | 研究样本主要来自四个队列，可能存在样本偏倚；未详细探讨CDKN2A突变和缺失的具体机制 | 确定CDKN2A突变和缺失与泛癌种中总体生存期及免疫检查点抑制剂治疗反应的关联 | CDKN2A突变和缺失在泛癌种中的作用及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 肿瘤测序 | NA | 基因组数据 | 45,000名肿瘤患者 |
| 125 | 2024-11-04 |
Momordicine-I Suppresses Head and Neck Cancer Growth by Reprogrammimg Immunosuppressive Effect of the Tumor-Infiltrating Macrophages and B Lymphocytes
2024-May-02, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0718
PMID:38315993
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研究论文 | 研究了Momordicine-I通过重编程肿瘤浸润巨噬细胞和B淋巴细胞的免疫抑制效应来抑制头颈癌生长的机制 | 揭示了Momordicine-I通过调节肿瘤微环境中免疫细胞的分子表达，特别是通过抑制Sfln4和Cxcl3的表达，来抑制头颈癌生长的机制 | 研究主要在免疫功能正常的鼠模型中进行，尚未在人体中验证 | 探讨Momordicine-I抑制头颈癌生长的机制，特别是在肿瘤微环境中的作用 | 头颈癌、肿瘤浸润巨噬细胞、B淋巴细胞 | NA | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了两种免疫功能正常的鼠模型，分别使用MOC2和SCC VII细胞 |
| 126 | 2024-11-02 |
Identification of restrictive molecules involved in oncolytic virotherapy using genome-wide CRISPR screening
2024-05-23, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01554-5
PMID:38783389
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研究论文 | 本文通过全基因组CRISPR筛选技术，识别出限制溶瘤病毒疗法效果的分子，并研究了其在胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌中的应用 | 本文创新性地通过CRISPR筛选技术识别出PARP1作为HSV-1复制的限制因子，并展示了PARP抑制剂与免疫检查点抑制剂联合使用在溶瘤病毒疗法中的协同作用 | NA | 克服溶瘤病毒疗法的固有限制，为三阴性乳腺癌、胶质母细胞瘤和其他恶性肿瘤的临床治疗提供有价值的见解 | 溶瘤病毒疗法在胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌中的应用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | CRISPR筛选 | NA | RNA | 涉及胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌的模型 |
| 127 | 2024-11-02 |
GRouNdGAN: GRN-guided simulation of single-cell RNA-seq data using causal generative adversarial networks
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48516-6
PMID:38744843
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研究论文 | 介绍了一种基于基因调控网络（GRN）引导的参考型因果隐式生成模型GRouNdGAN，用于模拟单细胞RNA-seq数据、体内扰动实验和基准测试GRN推断方法 | 通过在其架构中施加用户定义的GRN，GRouNdGAN模拟稳态和瞬态单细胞数据集，其中基因在其调控转录因子（TF）的控制下因果表达 | NA | 开发一种新的生成模型，用于模拟单细胞RNA-seq数据和基准测试基因调控网络推断方法 | 单细胞RNA-seq数据、基因调控网络推断方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 生成对抗网络（GAN） | 基因表达数据 | 六个实验参考数据集 |
| 128 | 2024-11-02 |
Quantifying 3'UTR length from scRNA-seq data reveals changes independent of gene expression
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48254-9
PMID:38744866
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研究论文 | 本文开发了一种名为scUTRquant的计算流程，用于从单细胞RNA测序数据中快速、准确地同时量化基因和3'UTR异构体的表达 | 首次提出了从单细胞RNA测序数据中量化3'UTR长度的方法，并发现3'UTR长度的变化与基因表达变化广泛且协调，但影响不同的基因 | NA | 研究3'UTR长度在不同细胞类型中的变化及其对基因调控的影响 | 人类和小鼠的200多种初级细胞类型 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 474种细胞类型和2134种扰动 |
| 129 | 2024-10-30 |
EmptyDropsMultiome discriminates real cells from background in single-cell multiomics assays
2024-05-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03259-x
PMID:38741206
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研究论文 | 本文开发了一种名为EmptyDropsMultiome的方法，用于区分单细胞多组学测序中的真实细胞和背景 | EmptyDropsMultiome在统计能力和准确性上优于现有的方法，如CellRanger-arc和EmptyDrops | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞多组学测序中真实细胞的识别率 | 单细胞多组学测序中的真实细胞和背景 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq和scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 130 | 2024-10-27 |
Development of a CD163-Targeted PET Radiotracer That Images Resident Macrophages in Atherosclerosis
2024-May-01, Journal of nuclear medicine : official publication, Society of Nuclear Medicine
IF:9.1Q1
DOI:10.2967/jnumed.123.266910
PMID:38548349
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研究论文 | 开发了一种靶向CD163的PET放射性示踪剂，用于成像动脉粥样硬化中的常驻巨噬细胞 | 首次开发了一种靶向CD163的PET放射性示踪剂，用于非侵入性检测动脉粥样硬化中的常驻巨噬细胞 | 需要在转化研究中进一步验证[Cu]Cu-ICT-01的敏感性和特异性 | 开发一种靶向PET放射性示踪剂，用于成像动脉粥样硬化中的CD163阳性巨噬细胞，并评估CD163作为人类动脉粥样硬化生物标志物的潜力 | CD163阳性巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块 | NA | 心血管疾病 | PET成像 | NA | 图像 | 多个小鼠动脉粥样硬化模型和人类颈动脉粥样硬化斑块 |
| 131 | 2024-10-24 |
Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4
2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596719
PMID:38854109
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研究论文 | 研究了NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的下调机制 | 发现VGLL4和FAT3/4的上调是高级别NF2突变型脑膜瘤中YAP活性下调的潜在机制 | 研究主要基于体外实验和RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探讨NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的调控机制 | NF2突变型脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大量人类脑膜瘤样本 |
| 132 | 2024-10-24 |
Discovery and characterization of dietary antigens in oral tolerance
2024-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.26.593976
PMID:38853977
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研究论文 | 本文研究了食物抗原通过肠道中的调节性T细胞（Tregs）引发免疫耐受的机制 | 首次鉴定了针对玉米、小麦和大豆的特异性T细胞受体，并使用表达克隆技术确定了其对应的表位 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 揭示食物抗原引发免疫耐受的机制及其相关表位 | 玉米、小麦和大豆的种子储存蛋白及其特异性T细胞 | 免疫学 | NA | 表达克隆技术，RNA测序 | NA | RNA | 多个无关的T细胞克隆 |
| 133 | 2024-10-24 |
Single-cell transcriptomics reveals stage- and side-specificity of gene modules in colorectal cancer
2024-May-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4402565/v1
PMID:38826219
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研究论文 | 本研究利用网络理论方法分析结直肠癌（CRC）的单细胞转录组数据，以更好地描述其进展和侧向性 | 本研究首次通过单细胞转录组数据分析，揭示了结直肠癌在不同阶段和侧向的基因模块特异性 | 本研究仅使用了单一数据集，未来需要更多数据集验证结果 | 旨在通过网络理论方法分析结直肠癌的单细胞转录组数据，以更好地理解其发展和进展机制 | 结直肠癌的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 基因表达数据 | 使用了GEO-GSE178341数据集中的细胞X基因数据 |
| 134 | 2024-10-24 |
Tendon-associated gene expression precedes osteogenesis in mid-palatal suture establishment
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.11.590129
PMID:38798531
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研究论文 | 研究探讨了中腭缝形成过程中肌腱相关基因表达在骨生成前的关键作用 | 首次揭示了中腭缝形成过程中肌腱相关基因在时空调控信号环境中的重要作用，并发现了与颅缝形成相似的基因表达模式 | 研究主要集中在胚胎晚期到出生早期的时间点，未来需要进一步扩展到更长时间段的研究 | 探讨中腭缝形成机制及其与颅缝形成的共同生物学原理 | 中腭缝的形成过程及其相关基因表达 | NA | NA | 多模态转录组学 | NA | scRNA-seq | NA |
| 135 | 2024-10-24 |
Endothelial deletion of p53 generates transitional endothelial cells and improves lung development during neonatal hyperoxia
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.07.593014
PMID:38766251
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研究论文 | 研究探讨了p53在新生儿高氧环境下对肺发育和内皮细胞类型的影响 | 首次揭示了p53在内皮细胞类型转换中的作用，并展示了内皮特异性p53缺失对高氧环境下血管和肺泡简化的改善效果 | NA | 探讨p53在新生儿高氧环境下对肺发育和内皮细胞类型的影响 | 内皮细胞、肺血管和肺泡 | NA | 肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 136 | 2024-10-24 |
Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic
2024-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.04.592534
PMID:38765980
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研究论文 | 本文开发了一种新框架，通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和全基因组关联研究（GWAS），揭示复杂性状和疾病相关的细胞类型 | 提出了一个新的特异性评分来表征细胞类型，并展示了该框架在识别与性状相关的细胞组方面的优势 | 未提及 | 揭示复杂性状和疾病相关的细胞类型特异性生物过程 | 复杂性状和细胞类型 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因表达数据 | 超过1,000种细胞类型特征化和28种性状 |
| 137 | 2024-10-24 |
Host-derived Interleukin 1α induces an immunosuppressive tumor microenvironment via regulating monocyte-to-macrophage differentiation
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592354
PMID:38746389
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研究论文 | 研究探讨了IL-1α在调节单核细胞向巨噬细胞分化过程中对免疫抑制性肿瘤微环境的影响 | 首次揭示了IL-1α在调节巨噬细胞分化和活性中的关键作用，并提出其作为乳腺癌治疗潜在靶点的可能性 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨IL-1α在肿瘤微环境中对巨噬细胞分化的调控机制及其对免疫抑制性微环境的影响 | IL-1α、巨噬细胞、肿瘤微环境 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | 使用乳腺癌小鼠模型进行研究 |
| 138 | 2024-10-24 |
Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592310
PMID:38746317
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研究论文 | 本文介绍了一种名为T-CellAnnoTator（TCAT）的管道，用于同时量化预定义的基因表达程序（GEP），以捕捉T细胞的激活状态和细胞亚群 | TCAT管道能够从1,700,000个T细胞中识别出46个可重复的GEP，反映了T细胞的核心功能，并应用于描述Covid-19和癌症中的T细胞激活和衰竭 | NA | 推进T细胞的特征化，识别T细胞的激活状态和功能 | T细胞的基因表达程序和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 1,700,000个T细胞，来自700个个体，涉及38种组织和五种不同的疾病背景 |
| 139 | 2024-10-24 |
Unveiling Novel Double-Negative Prostate Cancer Subtypes Through Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.11.553009
PMID:38746150
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了前列腺癌中的新型双阴性亚型 | 发现了两种新型双阴性前列腺癌亚型：KRT7细胞和祖细胞样细胞，并开发了用于可视化基因表达的网络应用程序 | NA | 揭示前列腺癌中的新型亚型，并为临床诊断和治疗策略提供新见解 | 前列腺癌的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个研究中的公开队列和本研究团队生成的数据 |
| 140 | 2024-10-24 |
Single-cell transcriptomics reveals evolutionary reconfiguration of embryonic cell fate specification in the sea urchin Heliocidaris erythrogramma
2024-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.30.591752
PMID:38746376
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学分析揭示了海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运指定在进化过程中的重配置 | 利用单细胞转录组学分析多个物种的发育转录组，揭示了胚胎模式形成中的进化变化 | 需要进一步实验验证候选调控相互作用 | 揭示进化过程中胚胎发育机制的变化 | 海胆Heliocidaris erythrogramma的胚胎细胞命运指定 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个物种的发育时间序列样本 |