本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-07 |
Gene networks and systems biology in Alzheimer's disease: Insights from multi-omics approaches
2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13790
PMID:38534018
|
综述 | 本文综述了多组学方法在阿尔茨海默病基因网络和系统生物学研究中的应用与发现 | 整合单细胞组学和空间组学技术,在单细胞分辨率和空间维度上研究阿尔茨海默病的基因调控网络 | NA | 全面理解阿尔茨海默病的发病机制 | 阿尔茨海默病相关的基因网络和分子机制 | 系统生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,表观基因组学,空间组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-07 |
Transfer Learning Reveals Cancer-Associated Fibroblasts Are Associated with Epithelial-Mesenchymal Transition and Inflammation in Cancer Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2024-May-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1660
PMID:38587552
|
研究论文 | 本研究通过整合人类肿瘤单细胞数据与类器官共培养实验,揭示了胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞与上皮细胞上皮-间质转化和炎症状态的关联 | 引入从人类单细胞数据到类器官共培养分析的迁移学习方法,用于细胞间相互作用的实验验证 | NA | 识别肿瘤细胞与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 胰腺导管腺癌患者样本和类器官共培养系统 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,迁移学习,类器官共培养 | 迁移学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2025-10-07 |
SCIPAC: quantitative estimation of cell-phenotype associations
2024-05-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03263-1
PMID:38741183
|
研究论文 | 开发了首个能够定量估计单细胞数据中每个细胞与表型关联的算法SCIPAC | 首个能够定量估计单细胞数据中细胞与表型关联的算法,并为每个关联提供p值 | 未在摘要中明确说明 | 确定单细胞RNA测序数据中细胞与表型(如癌症)之间的关联 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | SCIPAC算法 | 单细胞RNA测序数据 | 四个真实数据集(癌性和非癌性) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2025-10-07 |
Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2024-May-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1
PMID:38798691
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析新辅助治疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响,发现补体基因表达上调与患者生存改善相关 | 首次揭示新辅助治疗通过上调肿瘤微环境中补体基因表达重塑免疫微环境,并发现补体表达水平与患者预后相关 | 样本量有限(36例患者),需要更大规模研究验证 | 探究新辅助治疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的特异性影响 | 23例接受新辅助治疗和13例未接受新辅助治疗的胰腺导管腺癌患者 | 空间转录组学 | 胰腺导管腺癌 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36例胰腺导管腺癌患者(23例治疗组,13例对照组) | NA | 空间转录组学,snRNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2025-10-07 |
Single Cell Analysis of Human Colonoids Exposed to Uranium-Bearing Dust
2024-May, Environmental health perspectives
IF:10.1Q1
DOI:10.1289/EHP13855
PMID:38771937
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类结肠类器官暴露于含铀粉尘后的分子和细胞变化 | 首次在人类结肠类器官模型中揭示含铀粉尘暴露对肠道上皮细胞谱系分化的特异性影响,特别是对分泌谱系细胞(肠内分泌细胞)的异常分化 | 仅使用三个生物学上不同的供体样本,样本量有限;仅研究急性暴露效应,未评估长期暴露影响 | 确定结肠在响应含铀粉尘暴露时发生的分子和细胞变化 | 人类结肠类器官 | 单细胞组学 | 环境暴露相关肠道疾病 | 单细胞RNA测序, 形态学分析, 成像技术 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 来自三个不同生物学供体的人类结肠类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2025-10-07 |
Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma
2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society
IF:2.1Q2
DOI:10.1002/jor.25757
PMID:38047487
|
研究论文 | 本研究构建并验证了一个新型NAD+代谢相关风险模型,用于骨肉瘤的预后预测 | 首次将NAD+代谢相关基因与肿瘤免疫微环境联系起来,构建了骨肉瘤预后风险模型,并通过体外实验验证了CBS和INPP1基因通过TGF-β1/Smad2/3通路促进骨肉瘤细胞迁移、增殖和侵袭的机制 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步临床样本验证 | 探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联 | 骨肉瘤患者数据和骨肉瘤细胞系 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 细胞迁移侵袭实验 | Cox风险比例模型, Lasso回归模型, 诺莫图 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TARGET和GEO数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-07 |
SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918
PMID:38537539
|
研究论文 | 本研究探讨了SFXN1在肺腺癌中的功能作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次揭示SFXN1通过调节ERK磷酸化和CCL20表达影响免疫细胞浸润的分子机制 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库,需要更多临床样本验证 | 研究SFXN1在肺腺癌进展中的功能意义并评估其治疗靶点潜力 | 肺腺癌细胞系、TCGA和GEO数据库中的RNA-seq和scRNA-seq数据 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot, IHC | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、体外实验数据 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 128 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomic Analysis Identifies Epithelium-Macrophage Crosstalk in Endometriotic Lesions
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.23.586434
PMID:38798560
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组分析揭示了子宫内膜异位病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用机制 | 首次发现浅表腹膜子宫内膜异位病变上皮细胞通过补体3驱动炎症信号并促进巨噬细胞向促修复表型转化 | 仅分析了浅表腹膜病变,未涉及其他类型子宫内膜异位病变 | 阐明子宫内膜异位病变中细胞类型特异性基因表达变化及细胞间通讯机制 | 子宫内膜异位病变组织和患者匹配的在位子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 子宫内膜异位症 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 患者匹配的病变组织和正常组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-07 |
TRPV4-Expressing Tissue-Resident Macrophages Regulate the Function of Collecting Lymphatic Vessels via Thromboxane A2 Receptors in Lymphatic Muscle Cells
2024-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.21.595189
PMID:38826322
|
研究论文 | 本研究揭示了表达TRPV4通道的组织驻留巨噬细胞通过血栓素A2受体调控淋巴管收缩功能的机制 | 首次发现TRPV4阳性组织驻留巨噬细胞通过TXA2-TXA2R信号轴调控淋巴管功能,为淋巴水肿治疗提供新靶点 | 研究主要基于动物模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究TRPV4通道在淋巴管中的表达及其对淋巴管收缩功能的调控机制 | 收集淋巴管、组织驻留巨噬细胞、淋巴肌细胞 | 免疫学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序, 压力肌动描记术 | NA | 基因表达数据, 生理功能数据 | 小鼠、大鼠和非人灵长类动物的淋巴管样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-07 |
Accurately deciphering spatial domains for spatially resolved transcriptomics with stCluster
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae329
PMID:38975895
|
研究论文 | 提出一种名为stCluster的新方法,通过整合图对比学习和多任务学习来改进空间转录组数据的表示学习,从而提高空间域识别准确性 | 首次将图对比学习与多任务学习相结合用于空间转录组数据分析,能够识别空间一致性模式并捕获基因表达与空间组织间的复杂关系 | 论文未明确说明方法的具体局限性 | 改进空间转录组数据中的空间域识别准确性 | 空间转录组数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图对比学习, 多任务学习 | 空间基因表达数据 | 多个数据集和平台,涵盖组织、器官和胚胎水平 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 131 | 2025-10-07 |
The heterogeneity of tumour-associated macrophages contributes to the clinical outcomes and indications for immune checkpoint blockade in colorectal cancer patients
2024-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152805
PMID:38669865
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其与临床预后和免疫检查点阻断治疗的关系 | 首次系统性地定义了21个决定巨噬细胞状态的基因模块,并发现其中7个与临床预后相关、11个与免疫检查点阻断治疗适应症相关,鉴定出具有高免疫治疗响应特征的HIM TAM亚群 | 样本量相对有限(60例患者),需要更大规模的研究验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞异质性对结直肠癌患者临床预后和免疫检查点阻断治疗适应症的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织中的肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 配体-受体相互作用分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 60例结直肠癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 132 | 2025-10-07 |
Ly6Chi Monocytes Are Metabolically Reprogrammed in the Blood during Inflammatory Stimulation and Require Intact OxPhos for Chemotaxis and Monocyte to Macrophage Differentiation
2024-05-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13110916
PMID:38891050
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了Ly6Chi单核细胞在炎症刺激过程中的代谢重编程机制 | 发现单核细胞在血液中经历代谢重编程,且氧化磷酸化对其趋化性和向巨噬细胞分化至关重要 | 研究基于小鼠模型和体外实验,人类体内的直接证据仍需进一步验证 | 探究单核细胞在急性炎症过程中的代谢重编程机制 | 小鼠和人类单核细胞 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 单细胞转录组学,细胞趋化实验,细胞分化实验 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-07 |
25-Hydroxycholesterol regulates lysosome AMP kinase activation and metabolic reprogramming to educate immunosuppressive macrophages
2024-05-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.021
PMID:38640930
|
研究论文 | 本研究揭示了25-羟基胆固醇通过调控溶酶体AMPK激活和代谢重编程来诱导免疫抑制性巨噬细胞形成的机制 | 首次发现IL-4/IL-13通过STAT6诱导Ch25h表达产生25HC,并阐明25HC通过竞争性结合GPR155抑制mTORC1、激活AMPKα的分子机制 | NA | 探究胆固醇代谢物在肿瘤微环境中调控巨噬细胞免疫抑制功能的机制 | 巨噬细胞、CD8 T细胞、肿瘤微环境 | 免疫代谢 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2025-10-07 |
Adhesion G Protein-Coupled Receptor Gpr126 (Adgrg6) Expression Profiling in Diseased Mouse, Rat, and Human Kidneys
2024-05-18, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13100874
PMID:38786096
|
研究论文 | 本研究系统分析了黏附G蛋白偶联受体Gpr126在小鼠、大鼠和人类肾脏疾病中的表达谱 | 首次在多种肾脏疾病模型中详细表征Gpr126的表达变化,并发现其在肾小管和肾小球损伤中的差异表达模式 | 研究主要关注表达谱分析,功能机制研究相对有限 | 探索Gpr126在肾脏疾病中的表达变化及其潜在治疗价值 | 小鼠、大鼠和人类肾脏组织样本 | 分子生物学 | 肾脏疾病 | RT-PCR, RNAscope定量分析, 微阵列分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 组织样本 | 多种肾脏疾病患者样本(狼疮性肾炎、IgA肾病、FSGS、高血压、糖尿病、急性肾损伤、慢性肾脏病) | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列分析 | NA | NA |
| 135 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling Unveils Dynamic Immune Cell Responses during Haemonchus contortus Infection
2024-05-15, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13100842
PMID:38786064
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示山羊在捻转血矛线虫感染期间外周血单个核细胞的动态免疫细胞反应 | 首次在单细胞水平上系统解析捻转血矛线虫感染期间宿主外周血单个核细胞的转录组特征和细胞通讯网络 | 样本量较小(仅4只山羊),需要更大规模研究验证 | 探究山羊对捻转血矛线虫感染的免疫应答机制 | 波尔山羊的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 寄生虫感染 | 单细胞RNA测序,qPCR,粪便虫卵计数 | NA | 单细胞转录组数据 | 4只波尔山羊(2只感染组,2只对照组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-07 |
ARID1B maintains mesenchymal stem cell quiescence via inhibition of BCL11B-mediated non-canonical Activin signaling
2024-May-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48285-2
PMID:38816354
|
研究论文 | 本研究揭示了ARID1B通过抑制BCL11B介导的非经典Activin信号通路维持间充质干细胞静息状态的新机制 | 首次发现ARID1B通过直接结合Bcl11b第三内含子抑制其表达,从而调控非经典Activin信号通路维持MSC静息状态 | 研究主要基于小鼠切牙模型,在人类系统中的验证尚需进一步研究 | 探究ARID1B在间充质干细胞静息维持中的调控功能和分子机制 | 小鼠GLI1+间充质干细胞谱系 | 干细胞生物学 | Coffin-Siris综合征 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 137 | 2025-10-07 |
Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 (TREM2) regulates phagocytosis in glioblastoma
2024-05-03, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad257
PMID:38237157
|
研究论文 | 本研究探讨了TREM2在胶质母细胞瘤中对髓系细胞吞噬功能的调控作用 | 首次发现TREM2在胶质瘤中与吞噬功能标志物正相关而非免疫抑制通路,并揭示其通过Syk信号通路介导吞噬作用 | 使用小鼠模型可能无法完全模拟人类疾病,研究样本量未明确说明 | 探究TREM2在胶质母细胞瘤免疫病理和进展中的作用机制 | 人类胶质瘤样本和两种不同的小鼠胶质瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,体内吞噬追踪方法,体外实验 | 小鼠胶质瘤模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-07 |
A phosphate transporter in VIPergic neurons of the suprachiasmatic nucleus gates locomotor activity during the light/dark transition in mice
2024-05-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114220
PMID:38735047
|
研究论文 | 本研究通过电生理记录和单细胞测序发现视交叉上核VIP能神经元中的磷酸盐转运蛋白PiT2在夜间上调,调控小鼠明暗转换时的运动活动 | 首次发现PiT2磷酸盐转运蛋白在视交叉上核VIP能神经元中表达,并证明其通过调节神经元放电和蛋白质磷酸化来调控昼夜节律行为 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类或其他物种中验证 | 探索视交叉上核调控昼夜行为节律的分子机制 | 小鼠视交叉上核神经元 | 神经科学 | 昼夜节律紊乱 | 膜片钳记录,单细胞测序 | NA | 电生理数据,基因表达数据 | 小鼠视交叉上核单个神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-07 |
The molecular basis of scale development highlighted by a single-cell atlas of Bicyclus anynana butterfly pupal forewings
2024-05-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114147
PMID:38662541
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了双环蝶前翅鳞片细胞发育的分子基础 | 首次在蝴蝶翅膀中应用单细胞RNA测序技术,识别了多种细胞类型的分子标记,并发现senseless和HR38基因在鳞片细胞分化中的关键调控作用 | 研究仅针对双环蝶特定发育阶段(22.5-25小时雄性蛹期)的前翅大细胞,样本范围有限 | 探索蝴蝶翅膀鳞片细胞多样性的分子基础 | 双环蝶前翅鳞片细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序、原位杂交、免疫荧光、CRISPR-Cas9基因编辑 | 无监督聚类 | 单细胞转录组数据 | 约5,200个大细胞(>6μm) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-07 |
Understanding glioblastoma at the single-cell level: Recent advances and future challenges
2024-May, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002640
PMID:38814900
|
综述 | 本文综述了单细胞技术在胶质母细胞瘤研究中的最新进展与未来挑战 | 系统总结了单细胞转录组学在揭示胶质母细胞瘤异质性和细胞可塑性方面的新见解 | 存在成本高昂、数据分析复杂、临床转化困难等挑战 | 深入理解胶质母细胞瘤在单细胞水平的特征 | 胶质母细胞瘤肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |