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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-06 |
Single-cell approaches define two groups of mammalian oligodendrocyte precursor cells and their evolution over developmental time
2024-05-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2024.03.002
PMID:38579710
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术揭示哺乳动物少突胶质前体细胞在发育过程中的两个亚群及其演化特征 | 首次在发育过程中鉴定出两个具有不同定位、转录和表观遗传特征的少突胶质前体细胞亚群,并发现成年期髓鞘再生过程与发育期存在本质差异 | 研究仅聚焦于小鼠皮层组织,未验证其他脑区或物种的普适性 | 解析哺乳动物少突胶质前体细胞在发育过程中的异质性和演化规律 | 小鼠皮层少突胶质前体细胞(OPCs) | 单细胞组学 | 神经系统发育 | scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组、表观基因组、空间转录组数据 | 小鼠皮层发育不同时间点的OPC细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 102 | 2025-10-06 |
Multifactoral immune modulation potentiates durable remission in multiple models of aggressive malignancy
2024-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202302675R
PMID:38738472
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研究论文 | 本研究开发了一种联合免疫调节和细胞抑制疗法,可在多种侵袭性恶性肿瘤模型中诱导持久缓解 | 发现独特的多因子免疫调节组合疗法,能重塑肿瘤微环境并消除多种难治性肿瘤模型 | 研究仅限于临床前动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索多通路靶向治疗在侵袭性恶性肿瘤中的协同抗肿瘤效应 | 三阴性乳腺癌(4T-1)、头颈鳞癌(MOC-2)和MYCN扩增型神经母细胞瘤的动物模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌,头颈癌,神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 过继性细胞转移 | NA | 基因表达数据, 治疗反应数据 | 多种肿瘤模型的实验动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition
2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.15.553436
PMID:37645713
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研究论文 | 提出一种新的统计方法GBCD,用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性 | 开发了广义二元协方差分解方法,能够将转录异质性分解为患者特异性、数据集特异性和疾病亚型相关的共享成分 | 方法在强肿瘤间异质性存在时的性能尚未与其他方法进行全面比较 | 解析肿瘤转录异质性并识别与癌症进展相关的共享模式 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 广义二元协方差分解(GBCD) | 单细胞RNA测序数据 | 来自三项研究的胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2025-10-06 |
Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48267-4
PMID:38744839
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞技术揭示了肠道相关淋巴组织中双阴性B细胞与DNASE1L3在维持肠道稳态中的作用机制 | 首次发现自身免疫疾病相关的双阴性2 B细胞亚群在健康肠道组织中存在,并揭示其与表达DNASE1L3和C1q的树突状细胞的相互作用 | 研究观察到人类与小鼠在DNASE1L3表达树突状细胞功能上存在物种差异,机制尚未完全阐明 | 探究肠道相关淋巴组织对细菌抗原的初始应答机制及细菌处理方式 | 肠道相关淋巴组织中的双阴性B细胞和树突状细胞 | 空间生物学 | 自身免疫疾病 | 空间转录组学, 多重单细胞技术 | NA | 空间转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-06 |
Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.557439
PMID:37781613
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研究论文 | 本研究揭示MEIOC与YTHDC2、RBM46通过介导mRNA降解增强小鼠精原细胞启动减数分裂能力 | 发现MEIOC在减数分裂启动前通过mRNA destabilization调控转录组变化,早于既往认知 | 研究局限于小鼠模型,未涉及其他哺乳动物验证 | 阐明MEIOC分子机制如何支持精原细胞早期减数分裂 | 小鼠精原细胞 | 发育生物学 | 生殖系统疾病 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 发育同步化的精子发生过程样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2025-10-06 |
Tendon-associated gene expression precedes osteogenesis in mid-palatal suture establishment
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.11.590129
PMID:38798531
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了腭中缝建立过程中肌腱相关基因在成骨作用前的关键表达模式 | 首次发现肌腱相关基因在腭中缝形成中发挥重要作用,并建立了细胞外基质基因、肌腱细胞标记物与新型缝线开放候选基因之间的表达关系 | 研究主要聚焦于胚胎晚期至出生早期的发育阶段,对成年期缝线维持机制的探讨较为有限 | 探究腭中缝建立的分子机制及其与颅缝发育的共同生物学原理 | 小鼠腭中缝发育过程中的组织样本和基因表达数据 | 发育生物学 | 颅面畸形 | 组织学技术、多模态转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | 胚胎晚期至出生早期多个时间点的小鼠腭中缝样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | FaceBase数据库中的单细胞RNA测序数据集 |
| 107 | 2025-10-06 |
scRNA-seq data from the larval Drosophila ventral cord provides a resource for studying motor systems function and development
2024-05-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.016
PMID:38569548
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术对果蝇幼虫腹神经索细胞类型进行全面普查,为研究运动系统功能与发育提供重要资源 | 首次使用经解剖验证的高质量scRNA-seq创建幼虫VNC细胞类型的全面普查,发现构成成虫VNC的神经谱系在幼虫阶段已确定但处于静止状态 | 研究主要聚焦于幼虫阶段,对发育过程中细胞类型动态变化的分析可能不够全面 | 研究果蝇幼虫腹神经索的细胞类型组成及其在运动系统发育和功能中的作用 | 果蝇幼虫腹神经索细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选 | NA | 单细胞转录组数据 | 果蝇幼虫腹神经索细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2025-10-06 |
The p21+ perinecrotic hepatocytes produce the chemokine CXCL14 after a severe acetaminophen overdose promoting hepatocyte injury and delaying regeneration
2024-05, Toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.tox.2024.153804
PMID:38614205
|
研究论文 | 本研究揭示了在对乙酰氨基酚严重过量后,p21+坏死周围肝细胞通过产生趋化因子CXCL14加剧肝细胞损伤并延迟再生 | 首次发现p21+肝细胞亚群通过分泌CXCL14直接阻碍肝脏恢复,而非传统认为的衰老细胞清除机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探索严重对乙酰氨基酚过量后肝脏修复障碍的机制 | 小鼠模型和人类APAP explant肝脏样本 | 分子病理学 | 急性肝衰竭 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 人类肝脏样本和雌雄小鼠模型 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-06 |
De novo detection of somatic mutations in high-throughput single-cell profiling data sets
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01863-z
PMID:37414936
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研究论文 | 开发了一种名为SComatic的算法,用于直接从单细胞转录组和ATAC-seq数据中检测体细胞突变 | 无需匹配的bulk或单细胞DNA测序数据即可直接检测体细胞突变,能够检测多克隆组织中分化细胞的突变 | 未明确说明算法在特定突变类型或低质量数据上的性能限制 | 开发单细胞水平体细胞突变检测方法,用于研究癌症进化、克隆镶嵌和细胞可塑性 | 688个单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据集中的超过260万个单细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 统计算法 | 单细胞测序数据 | 超过260万个单细胞,来自688个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 110 | 2025-10-06 |
Blimp-1 and c-Maf regulate immune gene networks to protect against distinct pathways of pathobiont-induced colitis
2024-May, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01814-z
PMID:38609547
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了转录因子Blimp-1和c-Maf在调节肠道免疫反应中的关键作用 | 首次发现Blimp-1和c-Maf共同主导调节Il10表达,同时负调控促炎细胞因子,并揭示其在保护免受不同病原体诱导结肠炎途径中的特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类疾病相关性仍需进一步验证 | 探究转录因子Blimp-1和c-Maf在肠道免疫调节中的作用机制 | 结肠固有层白细胞和纯化的CD4 T细胞 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,RNA-seq,ATAC-seq | NA | 基因表达数据,表观遗传数据 | 多种基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
| 111 | 2025-10-06 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.14.594208
PMID:38798590
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研究论文 | 开发了一种直接从单细胞基因组数据推断祖先来源的工具scAI-SNP | 首次实现了直接从稀疏的单细胞数据中准确推断个体祖先来源的方法 | 依赖于1000 Genomes Project数据集中的祖先信息SNP,可能不覆盖所有人群 | 开发从单细胞数据推断祖先来源的计算方法 | 单细胞基因组数据中的祖先信息单核苷酸多态性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 1000 Genomes Project中的3201个个体,来自26个人群群体 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 112 | 2025-10-06 |
A phase 2 randomized trial with autologous polyclonal expanded regulatory T cells in children with new-onset type 1 diabetes
2024-05-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn2404
PMID:38718135
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研究论文 | 评估自体多克隆扩增调节性T细胞在新发1型糖尿病儿童中的疗效和安全性的随机二期临床试验 | 首次在儿童新发1型糖尿病患者中开展自体多克隆扩增调节性T细胞的随机二期临床试验 | 单次剂量治疗未能阻止β细胞功能衰退,样本量有限(110例) | 评估自体多克隆扩增调节性T细胞在1型糖尿病儿童中的治疗效果 | 新发1型糖尿病的儿童和青少年患者 | 临床医学 | 1型糖尿病 | 流式细胞术,bulk RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,基因表达数据 | 110例新发1型糖尿病儿童和青少年 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2025-10-06 |
Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.591541
PMID:38746119
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研究论文 | 通过单细胞测序分析CAR信号传导,揭示驱动体内持久性的关键因素 | 首次使用单细胞测序系统性地将不同胞内信号域结构与转录输出关联,发现特定结构具有独特的强直信号特征 | 研究中发现的强直信号特征仅在液体肿瘤中驱动持久疗效,在实体瘤中无效 | 解码CAR信号传导设计原则,指导下一代胞内信号域结构的合理设计 | 表达嵌合抗原受体(CARs)的工程化T细胞 | 单细胞分析 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2025-10-06 |
Bioengineered vascular grafts with a pathogenic TGFBR1 variant model aneurysm formation in vivo and reveal underlying collagen defects
2024-05-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg6298
PMID:38718134
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研究论文 | 本研究通过结合hiPSC、生物工程血管移植物和基因编辑技术,在动物体内建立了功能性人类胸主动脉瘤模型 | 首次将hiPSC来源的血管平滑肌细胞与基因编辑技术结合,在动物体内构建了模拟人类胸主动脉瘤形成的生物工程血管移植物模型 | 研究样本量有限,仅针对特定TGFBR1变异,需要在更大多样性样本中验证 | 建立更好的人类胸主动脉瘤疾病模型并研究其发病机制 | 人类诱导多能干细胞来源的血管平滑肌细胞和生物工程血管移植物 | 组织工程 | 胸主动脉瘤 | 基因编辑,空间转录组学,组织学分析,蛋白质测定 | 生物工程血管移植物模型 | 转录组数据,组织学图像,蛋白质数据 | 使用isogenic对照hiPSC、基因编辑突变细胞和LDS患者来源细胞构建的多种生物工程血管移植物 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 115 | 2025-10-06 |
Villus myofibroblasts are developmental and adult progenitors of mammalian gut lymphatic musculature
2024-05-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.005
PMID:38537630
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和定量谱系追踪揭示了小鼠肠道绒毛平滑肌的发育起源和维持机制 | 首次发现绒毛肌成纤维细胞作为肠道淋巴管肌层在发育期和成年期的祖细胞,并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在平滑肌纤维组装和脂肪吸收中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类肠道中验证 | 探究肠道绒毛平滑肌的形成、组装和维持机制 | 小鼠肠道绒毛平滑肌细胞和淋巴管乳糜管 | 发育生物学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序,定量谱系追踪 | NA | 基因表达数据,谱系追踪数据 | 小鼠肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2025-10-06 |
Metaplastic regeneration in the mouse stomach requires a reactive oxygen species pathway
2024-05-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.002
PMID:38521055
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠胃部损伤后胃主细胞通过活性氧途径进行化生再生的机制 | 首次在单细胞分辨率下阐明了活性氧和线粒体调控在胃部化生再生中的关键作用,并发现该机制同样适用于胰腺腺泡细胞 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究胃部损伤后化生再生的分子机制 | 小鼠胃部细胞和胰腺腺泡细胞 | 单细胞生物学 | 胃部疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2025-10-06 |
Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes
2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.16.594572
PMID:38826410
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术研究神经元特异性剪接模式 | 开发新算法识别细胞特异性表达模式,发现神经元特异性异构体和调控RNA结合蛋白,并建立用户友好的空间转录组可视化平台 | 单细胞RNA-Seq方法的捕获效率和灵敏度限制 | 研究神经系统神经元特异性剪接模式和调控机制 | 神经元 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | CeNGEN联盟生成的深度细胞特异性转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-06 |
scRNA-seq reveals transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages
2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596468
PMID:38853846
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫感染的转录动态 | 首次在单细胞分辨率同时分析宿主和寄生虫在感染过程中的转录变化,揭示寄生虫通过避免宿主检测的潜行策略 | 研究仅关注人类巨噬细胞,未涉及其他细胞类型或体内环境 | 探究微孢子虫感染过程中宿主反应和寄生虫发育的转录调控机制 | 人类巨噬细胞和Encephalitozoon intestinalis寄生虫 | 单细胞生物学 | 机会性感染疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 119 | 2025-10-06 |
Inferring B Cell Phylogenies from Paired H and L Chain BCR Sequences with Dowser
2024-May-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300851
PMID:38557795
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研究论文 | 本研究开发了利用配对重链和轻链BCR序列推断B细胞系统发育树的方法 | 首次系统研究如何整合配对重链和轻链序列构建B细胞系统发育树,发现轻链整合显著提高树准确性和可重复性 | 当部分轻链数据缺失时(如混合单细胞和批量测序数据),许多系统发育方法会估计有偏的枝长 | 研究使用配对重链和轻链BCR序列构建B细胞系统发育树的策略 | B细胞受体(BCR)序列 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序,系统发育分析 | 最大似然法 | 基因序列数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 120 | 2025-10-06 |
Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning
2024-May-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.04.006
PMID:38754367
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研究论文 | 提出Polaris分析流程,通过弱监督深度学习实现图像空间转录组学中的单分子点检测 | 结合深度学习细胞分割与点检测模型及概率基因解码器,为多种空间转录技术提供统一解决方案 | NA | 开发准确量化单细胞基因表达的空间转录组学分析流程 | 图像空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 弱监督深度学习 | 深度学习模型 | 图像 | NA | NA | 空间转录组学,MERFISH,seqFISH,原位RNA测序 | NA | NA |