单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-10-16	Expression of SOX4 Significantly Predicts the Risk of Lymph Node Metastasis for Patients With Early-Stage Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2024-05, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2024.102042 PMID:38431117	研究论文	研究探讨了SOX4基因表达与早期食管鳞状细胞癌患者淋巴结转移风险的关系	首次通过单细胞RNA测序发现SOX4基因与侵袭性转移高度相关，并进一步验证了其在预测淋巴结转移中的独立作用	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	研究SOX4基因在早期食管鳞状细胞癌患者淋巴结转移中的预测作用	SOX4基因表达与食管鳞状细胞癌患者的淋巴结转移风险	数字病理学	食管癌	免疫组化染色	NA	组织样本	124个组织样本，来自106名患者（106个肿瘤样本和18个淋巴结样本）
102	2024-10-10	A novel sorting method for the enrichment of early human spermatocytes from clinical biopsies 2024-May, F&S science DOI:10.1016/j.xfss.2024.02.002 PMID:38369016	研究论文	本文介绍了一种利用荧光激活细胞分选（FACS）从人类睾丸活检中富集早期精母细胞的新方法	首次使用TSP50和SWI5-dependent homologous recombination repair protein 1作为表面标记物，通过FACS成功富集早期精母细胞	研究样本量较小，仅涉及三名患者	确定是否可以通过FACS从人类睾丸活检中富集早期精母细胞	早期精母细胞	NA	NA	荧光激活细胞分选（FACS）	NA	单细胞RNA测序数据	三名患有阻塞性无精症的男性（年龄范围30-40岁）
103	2024-10-09	Human IL-6 fosters long-term engraftment of patient-derived disease-driving myeloma cells in immunodeficient mice 2024-May-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177300 PMID:38713510	研究论文	研究展示了人IL-6转基因NSG小鼠支持恶性及前恶性人浆细胞的植入，并建立了一个有效的患者来源的异种移植模型	首次展示了NSG+hIL6小鼠作为多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病的有效患者来源异种移植模型	NA	建立一个有效的动物模型来重现人类多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病	多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括单克隆丙种球蛋白病、前及复发后骨髓瘤、浆细胞白血病和轻链淀粉样变性的患者来源的浆细胞
104	2024-10-05	Single-cell analysis reveals an antiviral network that controls Zika virus infection in human dendritic cells 2024-May-14, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00194-24 PMID:38567950	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了人类树突状细胞对寨卡病毒感染的抗病毒反应	首次在单细胞水平上揭示了寨卡病毒感染时抗病毒网络的组成和功能	研究仅限于人类树突状细胞，未涉及其他细胞类型	深入理解宿主对寨卡病毒感染的反应机制	人类树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	一批人类单核细胞衍生的树突状细胞
105	2024-10-01	Helicobacter pylori CagA Promotes the Formation of Gallstones by Increasing the Permeability of Gallbladder Epithelial Cells 2024 May-Jun, Helicobacter IF:4.3Q2 DOI:10.1111/hel.13100 PMID:38873839	研究论文	研究了幽门螺杆菌CagA通过增加胆囊上皮细胞的通透性促进胆结石形成的作用	首次发现幽门螺杆菌CagA是导致胆结石形成的关键致病因素	研究主要基于小鼠模型和少量患者样本，需要进一步的人体研究验证	探索导致慢性炎症和胆结石形成的关键致病菌及其机制	胆结石患者和小鼠模型的胆囊上皮细胞	NA	胆结石	单细胞转录组测序、bulk转录组测序、16S rRNA测序	NA	转录组数据、微生物组数据	6名胆结石患者和6名肝移植供体的胆囊黏膜样本，以及胆结石小鼠模型
106	2024-09-28	LYVE-1-expressing Macrophages Modulate the Hyaluronan-containing Extracellular Matrix in the Mammary Stroma and Contribute to Mammary Tumor Growth 2024-May-31, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0205 PMID:38717149	研究论文	研究LYVE-1+巨噬细胞在乳腺基质中调节透明质酸基质外基质的作用及其对乳腺肿瘤生长的影响	首次揭示了LYVE-1+巨噬细胞在肿瘤微环境中促进肿瘤生长的机制，并展示了其在透明质酸重塑中的作用	研究主要基于遗传小鼠模型，可能无法完全反映人类乳腺肿瘤中的情况	探讨LYVE-1+巨噬细胞在乳腺基质中的功能及其对乳腺肿瘤生长的影响	LYVE-1+巨噬细胞、透明质酸基质外基质、乳腺肿瘤	NA	乳腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
107	2024-09-28	HCCDB v2.0: Decompose Expression Variations by Single-cell RNA-seq and Spatial Transcriptomics in HCC 2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae011 PMID:38886186	研究论文	本文介绍了HCCDB v2.0数据库，该数据库整合了肝细胞癌（HCC）临床样本的bulk、单细胞和空间转录组数据，提供了对HCC分子特征的深入理解	提出了sc-2D指标，用于总结细胞类型特异性和失调基因表达模式，并整合了最新的单细胞和空间转录组数据	NA	通过整合大规模转录组数据，深入理解肝细胞癌的分子特征	肝细胞癌（HCC）临床样本的bulk、单细胞和空间转录组数据	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	共整合了3917个bulk样本和1656个新样本，以及182,832个单细胞和69,352个空间位点
108	2024-09-21	Interactions between LAMP3+ dendritic cells and T-cell subpopulations promote immune evasion in papillary thyroid carcinoma 2024-May-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008983 PMID:38816233	研究论文	研究探讨了LAMP3+树突状细胞与T细胞亚群在乳头状甲状腺癌中的相互作用及其对免疫逃逸的影响	首次揭示了LAMP3+树突状细胞在乳头状甲状腺癌进展中的高度浸润及其与T细胞亚群的相互作用，为免疫治疗提供了新的思路	研究样本量较小，且仅限于手术组织样本，可能影响结果的普适性	探讨乳头状甲状腺癌免疫重塑的机制，寻找新的治疗靶点	LAMP3+树突状细胞与T细胞亚群在乳头状甲状腺癌中的相互作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	18个手术组织样本，来自14名患者
109	2024-09-20	6-Formylindolo[3,2-b]carbazole, a potent ligand for the aryl hydrocarbon receptor, attenuates concanavalin-induced hepatitis by limiting T-cell activation and infiltration of proinflammatory CD11b+ Kupffer cells 2024-05-29, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae018 PMID:38366630	研究论文	研究FICZ（6-formylindolo[3,2-b]carbazole）作为芳香烃受体激动剂在减轻由伴刀豆球蛋白A诱导的自身免疫性肝炎中的作用	首次揭示了FICZ通过限制T细胞活化和减少促炎性CD11b+库普弗细胞的浸润来减轻肝炎	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨FICZ激活芳香烃受体在自身免疫性肝炎中的作用机制	小鼠模型中的T细胞、库普弗细胞和B细胞	NA	肝炎	单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
110	2024-09-20	Small nucleolar RNA host gene 18 controls vascular smooth muscle cell contractile phenotype and neointimal hyperplasia 2024-May-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae055 PMID:38498586	研究论文	研究探讨了SNHG18在调节血管平滑肌细胞收缩表型和损伤诱导的新内膜增生中的作用	首次揭示了SNHG18在血管疾病中的功能，特别是其在调节血管平滑肌细胞收缩表型和预防损伤诱导的新内膜增生中的作用	NA	探索SNHG18在血管平滑肌细胞收缩表型和损伤诱导的新内膜形成中的作用	SNHG18、血管平滑肌细胞、新内膜增生	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、转录组数据分析	NA	RNA	小鼠和人类动脉样本
111	2024-09-15	MIF as a potential diagnostic and prognostic biomarker for triple-negative breast cancer that correlates with the polarization of M2 macrophages 2024-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202400578R PMID:38787620	研究论文	研究探讨了MIF作为三阴性乳腺癌的潜在诊断和预后生物标志物，并分析了其与M2巨噬细胞极化的关系	首次揭示了MIF在三阴性乳腺癌中通过调节巨噬细胞极化影响肿瘤微环境和预后的机制	研究样本量较小，且仅限于特定患者群体，需要进一步的大规模验证	探讨MIF在三阴性乳腺癌中的作用及其作为诊断和预后标志物的潜力	三阴性乳腺癌患者的肿瘤微环境和预后	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学	NA	RNA	41,567个细胞来自10个三阴性乳腺癌肿瘤样本和2名患者的空间转录组数据
112	2024-09-15	Scuphr: A probabilistic framework for cell lineage tree reconstruction 2024-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012094 PMID:38723024	研究论文	本文介绍了一种基于概率框架的细胞谱系树重建方法Scuphr	Scuphr采用距离法结合批量和单细胞DNA测序数据，解决了单细胞DNA测序中的常见挑战，如等位基因丢失和扩增错误，并在速度和准确性上优于现有方法	NA	开发一种用于细胞谱系树重建的方法，以研究细胞发育、分化和癌症进展	健康组织的批量和单细胞DNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞DNA测序	距离法	DNA测序数据	18个细胞的生物数据集和多种合成数据集
113	2024-09-14	scRNA+TCR+BCR-seq revealed the proportions and gene expression patterns of dual receptor T and B lymphocytes in NPC and NLH 2024-05-21, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149820 PMID:38547605	研究论文	研究利用单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序，分析了鼻咽癌和鼻咽淋巴组织增生症中双受体T和B淋巴细胞的比例和基因表达模式	首次发现鼻咽癌和鼻咽淋巴组织增生症的肿瘤微环境中存在双受体淋巴细胞，并确认其克隆扩增，揭示了其在免疫反应中的潜在作用	研究样本量较小，仅包括7名鼻咽癌患者和3名鼻咽淋巴组织增生症患者	探讨双受体淋巴细胞在鼻咽癌和鼻咽淋巴组织增生症肿瘤微环境中的起源和生物学作用	鼻咽癌和鼻咽淋巴组织增生症中的双受体T和B淋巴细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序	NA	基因表达数据	7名鼻咽癌患者和3名鼻咽淋巴组织增生症患者
114	2024-09-14	Inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomics based on graph embedding 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae291 PMID:38810116	研究论文	本文提出了一种基于图嵌入的监督深度学习框架IGEGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	该方法通过GraphSAGE捕获基因的上下文信息，并使用Top-k池化筛选出最具影响力的节点，最后通过堆叠CNNs预测基因间的潜在调控关系	NA	推断基因调控网络以理解复杂的生物过程	单细胞转录组数据中的基因调控网络	机器学习	NA	图嵌入	CNN	转录组数据	六个时间序列的单细胞转录组数据集
115	2024-09-14	CASCC: a co-expression-assisted single-cell RNA-seq data clustering method 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae283 PMID:38662553	研究论文	本文介绍了一种名为CASCC的单细胞RNA测序数据聚类方法，通过基因共表达特征提高生物学准确性	CASCC方法利用无监督自适应吸引子算法识别的基因共表达特征，改进了现有聚类方法的局限性	现有聚类方法在处理过渡细胞群时存在不均匀性问题	开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法，以提高生物学准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	无监督自适应吸引子算法	基因表达数据	NA
116	2024-09-14	scTPC: a novel semisupervised deep clustering model for scRNA-seq data 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae293 PMID:38684178	研究论文	本文提出了一种名为scTPC的新型半监督深度聚类模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	scTPC模型结合了三元组约束、成对约束和交叉熵约束，通过深度学习方法在学习的潜在特征空间中进行深度聚类，并引入了加权交叉熵损失来优化模型	NA	研究目的是提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	10个真实scRNA-seq数据集和5个模拟数据集
117	2024-09-14	scPRAM accurately predicts single-cell gene expression perturbation response based on attention mechanism 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae265 PMID:38625746	研究论文	本文介绍了一种基于注意力机制的单细胞基因表达扰动响应预测方法scPRAM	scPRAM通过变分自编码器和最优传输对扰动前后的细胞状态进行对齐，并利用注意力机制准确预测未见过的细胞类型的基因表达响应，超越了现有方法	NA	预测单细胞基因表达对各种外部扰动的响应	单细胞基因表达扰动响应	机器学习	NA	单细胞测序	注意力机制	基因表达数据	多个真实扰动数据集，涉及药物治疗和细菌感染
118	2024-09-14	CopyVAE: a variational autoencoder-based approach for copy number variation inference using single-cell transcriptomics 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae284 PMID:38676578	研究论文	本文介绍了一种基于变分自编码器（VAE）的深度学习框架CopyVAE，用于从单细胞转录组数据中推断拷贝数变异（CNV）	CopyVAE在检测CNV方面比现有方法具有更高的敏感性和特异性	NA	提高从单细胞测序数据中推断CNV的准确性和可靠性	拷贝数变异（CNV）	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器（VAE）	转录组数据	NA
119	2024-09-14	Topological benchmarking of algorithms to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae267 PMID:38627250	研究论文	本文提出了一种名为STREAMLINE的三步基准测试管道，用于评估从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的算法在捕捉网络拓扑结构和识别枢纽基因方面的能力	本文创新性地提出了STREAMLINE基准测试管道，量化了算法捕捉网络拓扑结构的能力，并提供了根据感兴趣的全局网络属性选择算法的指导	NA	评估从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的算法在捕捉网络拓扑结构方面的能力	单细胞RNA测序数据推断的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因调控网络	使用了来自三种不同生物体的实验数据以及不同类型网络的模拟数据
120	2024-09-13	Coordinated immune dysregulation in juvenile dermatomyositis revealed by single-cell genomics 2024-May-14, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176963 PMID:38743491	研究论文	本文通过单细胞基因组学研究了青少年皮肌炎（JDM）中的免疫失调	揭示了JDM中B细胞向未成熟幼稚状态的偏移以及T细胞的Th2介导炎症特征，并发现了免疫群体中超激活的I型IFN反应与先前未被发现的细胞状态之间的协调关系	NA	探讨青少年皮肌炎（JDM）中免疫系统的失调机制	JDM患者的血液样本	NA	青少年皮肌炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同疾病活动阶段的JDM患者血液样本