单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-12-21	Edge-relational window-attentional graph neural network for gene expression prediction in spatial transcriptomics analysis 2024-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108449 PMID:38626512	研究论文	提出了一种基于边缘关系窗口注意力图神经网络的虚拟空间转录组学方法，用于从标准组织图像中预测基因表达	创新性地构建了异构图来建模局部窗口交互，并结合注意力机制进行全局信息分析，无需先验基因表达数据	未提及具体的局限性	开发一种成本效益高的虚拟空间转录组学方法，用于基因表达预测，无需昂贵的专用设备	空间转录组学中的基因表达预测	数字病理学	乳腺癌	图神经网络	图卷积网络 (GCN)	图像	两个公开的乳腺癌数据集
102	2024-12-20	PPPCT: Privacy-Preserving framework for Parallel Clustering Transcriptomics data 2024-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108351 PMID:38520921	研究论文	本文提出了一种隐私保护的并行聚类转录组数据框架，用于处理单细胞RNA测序数据	该方法通过使用Intel SGX处理器确保敏感代码和数据的安全性，并采用对数变换、非负矩阵分解和并行k-means聚类等技术，在保证隐私的同时提高了聚类质量和计算效率	NA	解决单细胞转录组数据聚类中的隐私保护问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、非负矩阵分解、并行k-means聚类	并行计算框架	转录组数据	5000个基因和6000个细胞的单细胞RNA测序数据集
103	2024-12-18	Single cell RNA analysis uncovers the cell differentiation and functionalization for air breathing of frog lung 2024-05-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06369-1 PMID:38816547	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了陆生蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了蛙肺发育过程中13种细胞类型的分化轨迹和功能化机制，并整合了其他两栖动物和陆生哺乳动物的数据，揭示了四足动物肺进化的保守性和差异性	研究仅限于一种陆生蛙，可能无法完全代表所有两栖动物的肺发育过程	揭示蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制，并探讨四足动物肺进化的细胞类型演变	陆生蛙（Microhyla fissipes）的肺发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	一种陆生蛙的肺组织样本
104	2024-12-18	SpatialPrompt: spatially aware scalable and accurate tool for spot deconvolution and domain identification in spatial transcriptomics 2024-05-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06349-5 PMID:38796505	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialPrompt的空间感知可扩展工具，用于空间转录组学中的点反卷积和域识别	SpatialPrompt整合了基因表达、空间位置和单细胞RNA测序数据作为参考，使用非负岭回归和图神经网络高效捕捉局部微环境信息	NA	开发一种高效且准确的空间转录组学点反卷积和域识别工具	空间转录组学中的点反卷积和域识别	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络	基因表达数据	在50,000个点的鼠海马数据集上进行测试
105	2024-12-18	Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain 2024-05-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06315-1 PMID:38773256	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了Mchenga conophorus慈鲷鱼端脑的空间转录图谱，并将其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物的端脑进行比较	揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞类型之间的显著转录相似性，并支持了硬骨鱼端脑部分外翻的假设	NA	研究脊椎动物前脑的组织和进化	Mchenga conophorus慈鲷鱼的端脑及其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物端脑的比较	数字病理学	NA	空间转录组学和单核RNA测序	NA	转录组数据	Mchenga conophorus慈鲷鱼及其他脊椎动物的端脑样本
106	2024-12-18	Midkine promotes renal fibrosis by stabilizing C/EBPβ to facilitate endothelial-mesenchymal transition 2024-05-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06154-0 PMID:38714800	研究论文	研究探讨了Midkine通过稳定C/EBPβ促进内皮细胞向间充质细胞转化的机制，从而促进肾纤维化	首次揭示了Midkine在TGF-β诱导的内皮细胞向间充质细胞转化过程中的作用，并阐明了其通过稳定C/EBPβ促进这一过程的分子机制	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏对临床样本的直接验证	探讨Midkine在肾纤维化中的作用及其分子机制	内皮细胞、间充质细胞、肾纤维化	NA	肾病	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
107	2024-12-17	PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes 2024-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01887-5 PMID:37524958	研究论文	PhyloVelo通过使用单调表达基因（MEGs）增强转录组速度场映射	引入PhyloVelo框架，利用单调表达基因（MEGs）估计转录组动力学的速度，并通过整合单细胞RNA测序数据与谱系信息重建转录组速度场	NA	提高在疾病条件下准确追踪细胞命运转变的能力	单细胞RNA测序数据和谱系信息	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	七个谱系追踪的单细胞RNA测序数据集
108	2024-12-16	Charting the cellular landscape of pulmonary arterial hypertension through single-cell omics 2024-May-03, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02823-0 PMID:38702687	综述	本文综述了单细胞组学技术，特别是单细胞RNA测序（scRNAseq），如何增强我们对肺动脉高压（PAH）的理解	scRNAseq提供了更精细的视角，详细描述了PAH中的细胞多样性，识别了独特的细胞亚群、基因网络和驱动疾病的分子通路	本文主要讨论了现有研究的结果，未涉及具体的实验数据或方法	探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用及其对疾病理解的影响	肺动脉高压（PAH）的细胞病理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	涉及人类、大鼠和小鼠模型
109	2024-12-16	CXCR6-positive circulating mucosal-associated invariant T cells can identify patients with non-small cell lung cancer responding to anti-PD-1 immunotherapy 2024-May-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03046-3 PMID:38698468	研究论文	研究探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的免疫特征及其与抗PD-1免疫治疗疗效的相关性	首次揭示了CXCR6阳性CD8+MAIT细胞在预测NSCLC患者对PD-1免疫治疗反应中的潜在作用	研究样本量较小，需要进一步验证结果的普适性	探讨MAIT细胞在NSCLC中的免疫特征及其与免疫检查点抑制剂治疗疗效的相关性	非小细胞肺癌患者及其对PD-1免疫治疗的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、免疫荧光数据	转移性非小细胞肺癌患者的血液和肺组织样本
110	2024-12-16	Molecular mechanisms reconstruction from single-cell multi-omics data with HuMMuS 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae143 PMID:38460192	研究论文	本文介绍了一种名为HuMMuS的新方法，用于从单细胞多组学数据中推断调控机制	HuMMuS能够捕捉生物大分子之间的合作，并可以轻松包含额外的分子调控层，这是与现有技术的主要区别	NA	开发一种新方法来推断单细胞多组学数据中的调控机制	单细胞多组学数据中的调控机制	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	多组学数据	小鼠大脑皮层的snmC-seq、scATAC-seq和scRNA-seq数据
111	2024-12-13	Targeting pathogenic fibroblast-like synoviocyte subsets in rheumatoid arthritis 2024-May-23, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03343-4 PMID:38783357	研究论文	本文讨论了类风湿性关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群的特征及其潜在的治疗策略	通过单细胞RNA测序等高通量技术，识别出类风湿性关节炎中特定的致病性成纤维样滑膜细胞亚群，并探讨了针对这些亚群的新治疗策略	目前尚未有针对成纤维样滑膜细胞的特异性疗法应用于类风湿性关节炎的临床管理	探讨类风湿性关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群的特征及其潜在的治疗策略	类风湿性关节炎中的成纤维样滑膜细胞亚群	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
112	2024-12-13	scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592708 PMID:38766089	研究论文	本文介绍了一个名为scDAPP的单细胞转录组学分析管道，旨在优化跨组比较分析	scDAPP是一个基于R的工作流程，自动化了许多预处理步骤，使用经过基准测试的软件，并生成全面的中间数据和最终结果，适用于单细胞或核转录组数据的比较分析	NA	开发一个自动化和标准化的数据处理和分析管道，以应对单细胞转录组学数据复杂实验设计的需求	单细胞或核转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
113	2024-12-06	Learning Consistency and Specificity of Cells From Single-Cell Multi-Omic Data 2024-05, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3370868 PMID:38709615	研究论文	提出了一种基于自表示学习的多组学数据整合聚类算法sLMIC，用于整合单细胞表观基因组和转录组数据，提取细胞的一致性和特异性特征	提出了sLMIC算法，通过构建多层网络去除组学数据的异质性，并利用低秩和互斥约束分离细胞的自表示特征，明确表征组学数据的一致性和多样性	未提及	解决单细胞多组学数据整合分析中的异质性、复杂耦合和可解释性问题	单细胞表观基因组和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞DNA甲基化测序、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	自表示学习模型	多组学数据	13个来自不同生物体和组织的多组学单细胞数据集
114	2024-12-02	The prognostic genes model of breast cancer drug resistance based on single-cell sequencing analysis and transcriptome analysis 2024-May-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01372-6 PMID:38795164	研究论文	本文通过转录组数据分析和单细胞测序，识别并验证了与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建了一个基于这些基因的预后模型	本文创新性地结合了转录组分析和单细胞测序数据，识别出与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建了一个新的预后模型	本文的局限性在于仅在细胞系中验证了部分基因，未来需要在更多临床样本中进一步验证	研究目的是识别与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建一个预测乳腺癌预后的模型	研究对象是乳腺癌及其药物抗性相关的预后基因	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	转录组数据	细胞系和乳腺癌样本
115	2024-12-01	Strategies for arterial graft optimization at the single-cell level 2024-05, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00464-6 PMID:39195932	研究论文	通过分析不同动脉移植物的单细胞转录组，提出基于内乳动脉（ITA）的桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA）优化策略	首次通过单细胞转录组分析不同动脉移植物的细胞特征，并提出优化策略	研究仅限于细胞水平，未涉及临床试验验证	优化冠状动脉搭桥术中使用的动脉移植物	内乳动脉（ITA）、桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA）	NA	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组	不同动脉移植物的单细胞样本
116	2024-11-29	Cell type-specific gene expression dynamics during human brain maturation 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560114 PMID:37808657	研究论文	研究了人类大脑发育过程中基因表达的动态变化，特别是细胞类型特异性的表达模式	使用单核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组学技术，构建了一个包含75种细胞亚型的儿童和成人联合图谱，揭示了大脑成熟过程中基因和通路的变化	NA	探讨人类大脑发育过程中基因表达的动态变化，特别是细胞类型特异性的表达模式	人类大脑的时间叶组织，包括非洲裔样本	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	基因表达数据	包括儿童和成人的时间叶组织样本
117	2024-11-26	Prognostic value and potential mechanism of cellular senescence and tumor microenvironment in hepatocellular carcinoma: Insights from bulk transcriptomics and single-cell sequencing analysis 2024-May, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24121 PMID:38189188	研究论文	研究了细胞衰老和肿瘤微环境在肝细胞癌中的预后价值和潜在机制	开发了CellAge和TME评分，作为肝细胞癌的独立预后因素和免疫治疗预测因子	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨细胞衰老和肿瘤微环境在肝细胞癌中的预后价值和机制	肝细胞癌患者的细胞衰老和肿瘤微环境	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	368个肝细胞癌样本和64个GSE116174数据集样本，以及18个GSE149614数据集中的肿瘤样本
118	2024-11-24	Bulk and single cells transcriptomes with experimental validation identify USP18 as a novel glioma prognosis and proliferation indicator 2024-May, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2024.12517 PMID:38596661	研究论文	本研究通过批量和单细胞转录组分析，结合实验验证，揭示了USP18作为胶质瘤预后和增殖的新指标	首次揭示了USP18在胶质瘤中的上调与不良预后相关，并影响患者对免疫治疗的反应	研究仅限于U251和U87MG ATCC细胞系，未涵盖所有胶质瘤细胞类型	探讨USP18在胶质瘤中的作用及其对预后和增殖的影响	胶质瘤细胞和患者的预后及增殖情况	数字病理学	脑癌	转录组分析	NA	转录组数据	U251和U87MG ATCC细胞系
119	2024-11-19	Wnt pathway inhibition with the porcupine inhibitor LGK974 decreases trabecular bone but not fibrosis in a murine model with fibrotic bone 2024-May, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1093/jbmrpl/ziae011 PMID:38577521	研究论文	研究使用刺猬抑制剂LGK974抑制Wnt信号通路对小鼠纤维化骨模型中骨小梁和纤维化的影响	首次探讨了Wnt信号通路抑制剂LGK974在纤维化骨模型中的作用，揭示了其在骨小梁吸收和纤维化维持中的新机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证；LGK974在对照组小鼠中引起显著骨丢失，需进一步优化	探讨Wnt信号通路抑制剂LGK974对纤维化骨模型中骨形成和纤维化的影响	ColI(2.3)/Rs1小鼠及其对照组小鼠的骨组织	数字病理学	纤维性骨病	单细胞RNA测序	NA	RNA	9周龄雄性ColI(2.3)/Rs1小鼠及其同窝对照组小鼠
120	2024-11-17	Single-cell and spatial transcriptomics reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in osteosarcoma 2024-05-17, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03319-w PMID:38755647	研究论文	研究揭示了骨肉瘤淋巴结转移的分子机制及其对淋巴结微环境的改造	发现了新的ETS2/IBSP信号轴可能促进淋巴结转移，并阐明了骨肉瘤细胞如何影响淋巴结微环境	NA	揭示骨肉瘤淋巴结转移的机制及其对微环境的改造	骨肉瘤的淋巴结转移及其微环境改造	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、生物信息学、体外实验、免疫组化	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	18个样本，包含117,964个细胞