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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-06 |
Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples
2024-May-20, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759
PMID:38626768
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研究论文 | 开发了一个用于处理10x Genomics Visium空间转录组数据和H&E染色全切片图像的Nextflow流程 | 设计了专门针对患者来源异种移植样本优化的空间转录组定量流程,能够同时处理转录组数据和图像数据 | 仅展示了在四个黑色素瘤PDX样本上的应用,样本规模有限 | 开发空间转录组数据分析流程 | 患者来源异种移植癌症样本 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学,全切片图像分析 | NA | 空间转录组数据,H&E染色图像 | 四个黑色素瘤PDX样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 102 | 2025-10-06 |
Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes
2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.14.594197
PMID:38798565
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研究论文 | 开发了一种名为DeCAF的单样本分类器,用于鉴定临床限制性和允许性癌症相关成纤维细胞亚型 | 将单细胞RNA测序衍生的CAF标志基因转化为可用于批量RNA测序数据的分类工具,并在多种肿瘤类型中验证其临床适用性 | NA | 开发能够分类癌症相关成纤维细胞亚型的临床适用工具 | 胰腺导管腺癌、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 单样本分类器 | 转录组数据 | 19个独立批量转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
Genetic and transcriptomic landscape of colonic diverticulosis
2024-05-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331267
PMID:38443061
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研究论文 | 通过遗传学和转录组学分析揭示结肠憩室病的分子机制和细胞基础 | 首次整合DNA/RNA测序、单细胞RNA-seq数据和孟德尔随机化方法系统研究结肠憩室病 | 样本量相对有限(404例),仅针对结肠组织进行分析 | 识别结肠憩室病的遗传和细胞决定因素及其与其他胃肠道疾病的关系 | 结肠憩室病患者和对照人群的结肠组织 | 基因组学 | 结肠憩室病 | DNA测序, RNA测序, 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化, 多基因风险评分 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 404例患者(172例憩室病,232例对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联研究 | NA | NA |
| 104 | 2025-10-06 |
A Mettl16/m6A/mybl2b/Igf2bp1 axis ensures cell cycle progression of embryonic hematopoietic stem and progenitor cells
2024-May, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00082-9
PMID:38605226
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研究论文 | 本研究揭示了METTL16介导的m6A修饰通过调控mybl2b/Igf2bp1轴确保胚胎造血干细胞和祖细胞周期进程的关键机制 | 首次发现METTL16-m6A-MYBL2-IGF2BP1轴在胚胎造血干细胞周期调控中的保守功能,阐明METTL16甲基转移酶活性对细胞G1/S期进程的必要性 | 研究主要基于斑马鱼模型,在哺乳动物中的验证仍需进一步深入 | 探究METTL16介导的RNA m6A修饰在胚胎造血干细胞发育中的功能机制 | 脊椎动物胚胎造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 发育生物学 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序, 跨物种分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2025-10-06 |
Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening
2024-May, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-023-01107-0
PMID:37857722
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了聚焦超声开放血脑屏障后脑巨噬细胞的免疫重塑机制 | 首次在单细胞水平系统表征聚焦超声开放血脑屏障后小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞的动态响应 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响机制 | 小鼠脑组织中的小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2025-10-06 |
Stem-cell states converge in multistage cutaneous squamous cell carcinoma development
2024-05-31, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adi7453
PMID:38815020
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研究论文 | 通过构建基因表达网络并结合谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示皮肤鳞状细胞癌多阶段发展过程中干细胞状态的收敛现象 | 发现癌前肿瘤细胞中表达谱系可塑性和耐药性标记的细胞状态收敛现象,并揭示增殖状态与多谱系可塑性状态之间的互斥关系 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证尚需进一步研究 | 探索干细胞在癌症发展过程中的作用机制 | 小鼠正常组织和肿瘤组织 | 癌症生物学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 基因表达网络分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 数百个小鼠组织样本(包括正常和肿瘤组织) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2025-10-06 |
Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment
2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.595971
PMID:38853821
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研究论文 | 本研究揭示了先驱因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制替代谱系承诺,从而保障内皮细胞特化的机制 | 首次发现ETV2通过招募转录抑制因子REST来抑制非内皮细胞谱系基因,揭示了先驱因子招募抑制因子以限制替代谱系承诺的新机制 | 研究主要基于体外诱导多能干细胞分化系统,需要在体内模型中进一步验证 | 探索ETV2驱动细胞命运特化的分子机制,特别是内皮细胞谱系特化过程 | 人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞和内皮细胞 | 发育生物学 | NA | CUT&RUN, 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因组学数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 108 | 2025-10-06 |
Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma
2024-05-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114139
PMID:38652658
|
研究论文 | 本研究利用单细胞谱系追踪技术分析胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂的耐药机制 | 首次在患者来源的胶质母细胞瘤神经球中结合谱系追踪条码和单细胞RNA测序技术研究KIF11抑制剂耐药性 | 主要基于体外模型研究,动物模型验证相对有限 | 探究胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂ispinesib的耐药机制和潜在联合治疗策略 | 患者来源的胶质母细胞瘤神经球、患者来源的异种移植模型、人源离体胶质母细胞瘤切片 | 单细胞测序 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 患者来源的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-06 |
Prognostic gene landscapes and therapeutic insights in sepsis-induced coagulopathy
2024-05, Thrombosis research
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.thromres.2024.03.011
PMID:38513536
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研究论文 | 本研究通过分析脓毒症患者的转录组数据,识别了与凝血相关的关键基因,并开发了预后模型和列线图来预测患者生存 | 首次通过单细胞测序揭示脓毒症中血小板与免疫细胞间的通讯改变,并发现FYN基因在凝血功能障碍中的核心作用 | 研究样本量有限,机制研究主要在动物模型中进行,需要进一步临床验证 | 探索脓毒症诱导凝血病(SIC)的预后基因标志物和治疗靶点 | 脓毒症患者和脓毒症大鼠模型 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序, 单细胞测序, 实时定量PCR | 预后模型, 列线图, 共识聚类 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 脓毒症患者全血转录组数据,脓毒症大鼠模型 | NA | 单细胞测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 110 | 2025-10-06 |
COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors
2024-05-20, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2022-219958
PMID:38286613
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研究论文 | 本研究揭示了COPD患者基底细胞向分泌型细胞分化失衡的分子机制及其对环境应激的增强耐受性 | 首次发现COPD-IV期基底细胞存在独特的分子特征,包括KRT5和LAMB3表达上调及Wnt/Notch信号通路激活,驱动分泌型与多纤毛细胞失衡 | 样本量较小(COPD-IV n=4,COPD-II n=3,健康对照n=4),且仅针对特定环境纳米颗粒进行研究 | 阐明环境污染物作用下COPD患者支气管上皮细胞的耐受机制 | 原发性人支气管上皮细胞(pHBECs) | 单细胞生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞转录组测序,功能分析,蛋白质分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 11例人支气管上皮细胞样本(4例COPD-IV期,3例COPD-II期,4例健康对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2025-10-06 |
Unleashed monocytic engagement in Sézary syndrome during the combination of anti-CCR4 antibody with type I interferon
2024-05-28, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023010043
PMID:38489234
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示Sézary综合征中恶性CD4+ T细胞的免疫学转变及单核细胞功能障碍机制 | 发现I型干扰素联合抗CCR4抗体可激活单核细胞吞噬功能并清除Sézary细胞 | 疾病发病机制理解仍存在局限性 | 探索Sézary综合征的发病机制及优化联合治疗方案 | Sézary综合征患者样本中的恶性CD4+ T细胞和单核细胞 | 单细胞组学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组分析, 高通量T细胞受体测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals aberrant sphingolipid metabolism in non-small cell lung cancer impacts tumor-associated macrophages and stimulates angiogenesis via macrophage inhibitory factor signaling
2024-05, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15283
PMID:38587042
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了非小细胞肺癌中鞘脂代谢异常通过巨噬细胞抑制因子信号影响肿瘤相关巨噬细胞并刺激血管生成 | 首次系统揭示鞘脂代谢在肿瘤微环境中的作用机制,发现MIF-CD74配体-受体对在巨噬细胞与癌细胞通讯中的关键作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探究鞘脂代谢在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的作用机制 | 非小细胞肺癌组织和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2025-10-06 |
Immune cell-related prognostic risk model and tumor immune environment modulation in esophageal carcinoma based on single-cell and bulk RNA sequencing
2024-05, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15301
PMID:38587029
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研究论文 | 基于单细胞和bulk RNA测序构建食管癌免疫细胞相关预后风险模型并分析肿瘤免疫环境调控 | 首次在单细胞水平构建食管癌独立预后模型,系统阐明免疫细胞组成、功能、演化和细胞间通讯模式 | 未明确说明样本量大小和数据来源的具体限制 | 开发食管癌预后风险模型并探索肿瘤免疫环境调控机制 | 食管癌患者的免疫细胞和肿瘤微环境 | 生物信息学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,多组学分析 | 预后风险模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2025-10-06 |
Targeting ARNT attenuates chemoresistance through destabilizing p38α-MAPK signaling in glioblastoma
2024-05-28, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06735-1
PMID:38806469
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研究论文 | 本研究探讨了ARNT在胶质母细胞瘤中的致癌功能及其通过稳定p38α-MAPK信号通路促进化疗耐药的作用机制 | 首次揭示ARNT通过激活p38 MAPK信号通路驱动胶质母细胞瘤化疗耐药,并证明靶向ARNT PAS-A结构域可恢复替莫唑胺敏感性 | NA | 研究ARNT在胶质母细胞瘤发病机制中的功能意义 | 胶质母细胞瘤组织和细胞系 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 慢病毒shRNA沉默, 蛋白质相互作用分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 公共数据集中的胶质母细胞瘤组织样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2025-10-06 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics reveals tumor heterogeneity and intercellular networks in colorectal cancer
2024-05-10, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06598-6
PMID:38729966
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术,揭示了结直肠癌肿瘤微环境中的细胞异质性和细胞间相互作用网络 | 首次将单细胞RNA测序与空间转录组学技术结合应用于结直肠癌研究,识别了恶性细胞亚型并发现了肿瘤-基质区域间的关键配体-受体相互作用 | 样本量相对较小(仅3对结直肠癌肿瘤-正常-血液样本),研究结果需要在更大队列中验证 | 探索结直肠癌肿瘤微环境中的细胞异质性和细胞间通讯机制 | 结直肠癌患者的肿瘤组织、正常组织和血液样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 3对结直肠癌肿瘤-正常-血液样本,共41,700个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 116 | 2025-10-06 |
Modeling acute myocardial infarction and cardiac fibrosis using human induced pluripotent stem cell-derived multi-cellular heart organoids
2024-05-01, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06703-9
PMID:38693114
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研究论文 | 本研究利用人诱导多能干细胞开发了包含多种细胞类型的心脏类器官,用于模拟急性心肌梗死和心脏纤维化 | 首次开发了包含心肌细胞、成纤维细胞和内皮细胞的自组织心脏类器官,能够准确模拟成人心脏疾病状态 | 类器官模型仍无法完全复制体内心脏的复杂生理环境 | 建立临床相关的体外心脏疾病模型以替代动物实验 | 人诱导多能干细胞衍生的心脏类器官 | 干细胞与组织工程 | 心血管疾病 | 免疫组织化学、流式细胞术、q-PCR、单细胞RNA测序 | 心脏类器官模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、功能测定数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2025-10-06 |
Rejuvenation of peripheral immune cells attenuates Alzheimer's disease-like pathologies and behavioral deficits in a mouse model
2024-05-31, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl1123
PMID:38809977
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研究论文 | 本研究通过年轻骨髓移植 rejuvenate 老年小鼠免疫系统,探索其对阿尔茨海默病病理和行为缺陷的改善作用 | 首次证明通过年轻骨髓移植 rejuvenate 外周免疫细胞可改善阿尔茨海默病样病理和行为缺陷 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索免疫 rejuvenation 作为阿尔茨海默病治疗策略的潜力 | 老年小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,年轻骨髓移植 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,行为数据,病理数据 | 老年小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-06 |
N-MYC impairs innate immune signaling in high-grade serous ovarian carcinoma
2024-05-17, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj5428
PMID:38748789
|
研究论文 | 本研究揭示N-MYC通过抑制STING和RIG-I样受体信号通路,削弱高级别浆液性卵巢癌的先天免疫应答 | 首次发现N-MYC通过抑制STING寡聚化和MAVS线粒体定位,双重抑制I型干扰素信号通路 | 研究主要基于细胞系和单细胞测序数据,需要更多体内实验验证 | 探究N-MYC在高级别浆液性卵巢癌免疫抑制中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌细胞系和临床样本 | 癌症免疫学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类临床HGSC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2025-10-06 |
Identification of epigenetic silencing of the SFRP2 gene in colorectal cancer as a clinical biomarker and molecular significance
2024-05-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05329-x
PMID:38802858
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研究论文 | 本研究探讨了结直肠癌中SFRP2基因表现遗传沉默作为临床生物标志物的潜力 | 首次在大型生物样本队列中系统评估SFRP2甲基化水平,并发现其在血液中可作为癌症分期、淋巴结侵袭和复发的预测指标 | 样本量相对有限(健康参与者110例,CRC患者85例),需要更大规模研究验证 | 研究SFRP2基因甲基化在结直肠癌中的诊断价值和临床意义 | 结直肠癌患者和健康参与者的血液、脂肪和结肠组织样本 | 分子生物学 | 结直肠癌 | qPCR, 450K DNA阵列, DNA焦磷酸测序, scRNA-Seq | NA | 基因表达数据, DNA甲基化数据, 单细胞RNA测序数据 | 健康参与者110例(男48/女62),CRC患者85例(男61/女24) | Illumina | DNA甲基化阵列, 单细胞RNA测序 | 450K DNA阵列 | Illumina 450K DNA甲基化阵列 |
| 120 | 2025-10-06 |
A new integrative analysis of histopathology and single cell RNA-seq reveals the CCL5 mediated T and NK cell interaction with vascular cells in idiopathic pulmonary arterial hypertension
2024-05-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05304-6
PMID:38797830
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研究论文 | 通过组织病理学和单细胞RNA测序的整合分析,揭示了特发性肺动脉高压中CCL5介导的T细胞和NK细胞与血管细胞的相互作用 | 首次结合组织病理学评分和多种生物信息学方法识别IPAH中的关键炎症基因,并通过单细胞RNA测序解析了CCL5介导的细胞间相互作用机制 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,实验验证仅限于动物模型 | 探索特发性肺动脉高压中炎症和免疫失调的分子机制 | IPAH患者肺组织、对照组肺组织、野百合碱诱导的大鼠肺动脉高压模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 差异表达分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 功能富集分析 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | IPAH患者和对照组的肺组织转录组数据(具体样本数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |