单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-04-16	Integrative analyses of bulk and single-cell transcriptomics reveals the infiltration and crosstalk of cancer-associated fibroblasts as a novel predictor for prognosis and microenvironment remodeling in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-05-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05238-z PMID:38702814	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞转录组学数据，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的浸润和相互作用作为肝内胆管癌（ICC）预后和微环境重塑的新型预测因子	首次通过WGCNA和单细胞转录组学分析构建了CAFs浸润的生物标志物，并揭示了成纤维细胞与肿瘤细胞间的关键相互作用及其在免疫抑制微环境重塑中的作用	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量在某些队列中可能不足	探索肝内胆管癌微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性和相互作用，及其对预后和微环境重塑的影响	肝内胆管癌（ICC）患者样本	数字病理学	肝内胆管癌	WGCNA, 单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	TCGA-CHOL、GSE89748和107,943队列的样本
82	2025-04-12	A multi-platform analysis of human gingival crevicular fluid reveals ferroptosis as a relevant regulated cell death mechanism during the clinical progression of periodontitis 2024-05-27, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00306-y PMID:38802345	研究论文	该研究通过多平台分析揭示了铁死亡在牙周炎临床进展中的相关调控细胞死亡机制	首次在牙周炎患者中发现与铁死亡相关的蛋白质和过程，为进行性牙周疾病的分子机制提供了新见解	样本量较小（16名患者），且研究时间较短（12周）	探究铁死亡在牙周炎进展中的参与和意义	牙周炎患者及其龈沟液（GCF）样本	生物医学研究	牙周炎	蛋白质组学分析、生物信息学工具、Western blot验证、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	16名牙周炎诊断患者
83	2025-04-12	Machine learning and deep learning to identifying subarachnoid haemorrhage macrophage-associated biomarkers by bulk and single-cell sequencing 2024-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18296 PMID:38702954	研究论文	通过单细胞转录组测序和批量RNA-seq研究蛛网膜下腔出血（SAH）巨噬细胞亚群，并识别相关关键基因以改进诊断和治疗策略	首次识别SAH相关巨噬细胞亚群，构建基于10个关键基因的诊断模型，并发现CD14、GPNMB、SPP1和PRDX5作为潜在治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证这些发现并探索靶点在SAH治疗中的临床意义	改进蛛网膜下腔出血的诊断和治疗策略	SAH大鼠模型中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序, 批量RNA-seq	CNN, 机器学习算法	RNA-seq数据	SAH大鼠模型的脑组织样本
84	2025-04-11	Transcriptomic and spatial dissection of human ex vivo right atrial tissue reveals proinflammatory microvascular changes in ischemic heart disease 2024-May-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101556 PMID:38776872	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究人类离体右心房组织和心包液在缺血性心脏病、心肌梗死及缺血性和非缺血性心力衰竭中的基因表达变化	首次在人类右心房组织和心包液中应用单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了疾病相关基因表达的显著差异，特别是炎症性微血管功能障碍的发现	研究样本为离体组织，可能无法完全反映体内生理状态	探讨心血管疾病在右心房电学和结构重塑中的作用，及其与心律失常、心力衰竭和猝死的关系	人类离体右心房组织和心包液	心血管疾病研究	缺血性心脏病、心肌梗死、心力衰竭	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学	NA	基因表达数据	无症状瓣膜疾病患者作为对照组，具体样本数量未明确说明
85	2025-03-26	Systematic dissection of tumor-normal single-cell ecosystems across a thousand tumors of 30 cancer types 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48310-4 PMID:38744958	研究论文	通过整合分析数百万个单细胞转录组数据，系统解析了30种癌症类型中肿瘤与正常组织的生态系统	首次在如此大规模的样本中（1070个肿瘤和493个正常样本）整合单细胞转录组、空间转录组和TCGA数据，定义了肿瘤-正常生态系统的多种细胞状态和标志性基因特征	研究虽然样本量大，但可能无法涵盖所有癌症亚型的异质性	全面研究肿瘤与正常组织的生态系统，以更好地理解肿瘤微环境的复杂性	1070个肿瘤样本和493个正常样本，涵盖30种癌症类型	数字病理学	多种癌症	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、TCGA数据	1070个肿瘤样本和493个正常样本，外加137个空间转录组样本、8887个TCGA样本和1261个接受检查点抑制剂治疗的肿瘤样本
86	2025-03-22	Heart failure promotes multimorbidity through innate immune memory 2024-05-24, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ade3814 PMID:38787963	研究论文	本文探讨了心力衰竭（HF）如何通过造血干细胞（HSCs）的改变促进多发病，并揭示了其机制	研究发现HF通过改变HSCs的表观基因组，影响其生成促炎性巨噬细胞的能力，从而驱动反复的HF事件和相关并发症	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示心力衰竭与多发病之间的病理相互作用机制	心力衰竭小鼠模型及其造血干细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全局染色质可及性分析	小鼠模型	基因表达数据，染色质可及性数据	小鼠骨髓移植实验
87	2025-03-22	Gene networks and systems biology in Alzheimer's disease: Insights from multi-omics approaches 2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13790 PMID:38534018	综述	本文综述了阿尔茨海默病（AD）领域中的基因网络和系统生物学研究，探讨了多组学方法的应用及其发现	本文强调了单细胞组学和空间组学技术在AD研究中的应用，提供了对基因调控网络的全面研究	本文主要集中于技术应用的综述，未涉及具体实验数据或模型验证	探讨阿尔茨海默病的基因网络和系统生物学研究	阿尔茨海默病	系统生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、表观基因组学、空间组学	NA	RNA转录本、染色质状态	NA
88	2025-03-21	Transfer Learning Reveals Cancer-Associated Fibroblasts Are Associated with Epithelial-Mesenchymal Transition and Inflammation in Cancer Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-May-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1660 PMID:38587552	研究论文	本研究通过整合人类肿瘤的单细胞数据和人类类器官共培养实验，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中癌症相关成纤维细胞（CAF）与上皮细胞的上皮-间质转化（EMT）和炎症的关联	引入了从人类单细胞数据到类器官共培养分析的迁移学习，用于实验验证细胞间相互作用的发现，并识别了成纤维细胞介导的EMT和炎症调控	研究主要基于体外实验和计算模型，未涉及体内实验验证	探索PDAC中CAF与上皮细胞之间的相互作用及其对EMT和炎症的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAF）和上皮细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、类器官共培养实验	迁移学习	单细胞RNA测序数据、转录数据	NA
89	2025-03-19	SCIPAC: quantitative estimation of cell-phenotype associations 2024-05-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03263-1 PMID:38741183	研究论文	本文介绍了SCIPAC算法，该算法首次定量估计单细胞数据中每个细胞与表型（如癌症）之间的关联	SCIPAC是首个能够定量估计单细胞数据中每个细胞与表型之间关联的算法，并提供每个关联的p值	NA	开发一种算法来定量估计单细胞数据中细胞与表型之间的关联	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	四个真实数据集（包括癌症和非癌症数据）
90	2025-03-12	Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-May-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1 PMID:38798691	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	首次揭示了NAT在PDAC中通过上调TME中的补体基因表达，改善免疫抑制状态，并与患者生存率提高相关	样本量相对较小（23例NAT治疗患者和13例未治疗患者），且需要进一步验证补体基因表达作为预后标志物的临床实用性	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤学	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗患者和13例未治疗患者
91	2025-03-10	Single Cell Analysis of Human Colonoids Exposed to Uranium-Bearing Dust 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13855 PMID:38771937	研究论文	本文研究了铀尘暴露对人类结肠类器官的分子和细胞变化的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了铀尘暴露对结肠上皮细胞的转录组变化和谱系分化的影响	研究仅基于三个生物学上不同的供体的结肠类器官，样本量较小	确定铀尘暴露对结肠的分子和细胞变化	人类结肠类器官	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个生物学上不同的供体的结肠类器官
92	2025-03-06	Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma 2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.25757 PMID:38047487	研究论文	本研究构建并验证了一个与NAD+代谢相关的新型风险模型，用于骨肉瘤的预后预测	通过结合生物信息学分析和体外实验验证，首次揭示了NAD代谢相关基因在骨肉瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其对预后的影响	研究主要依赖于公开数据库的数据，且体外实验的样本量可能有限	探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	Cox分析、共识聚类、主成分分析、t-SNE、UMAP、基因集富集分析、基因集变异分析、Lasso分析、生存和ROC曲线、Nomogram、免疫相关分析、药物敏感性分析、单细胞RNA测序分析	风险模型和Nomogram	基因表达数据	从TARGET和GEO数据库获取的骨肉瘤数据
93	2025-02-27	Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48267-4 PMID:38744839	研究论文	本文通过空间转录组学和多路单细胞技术，揭示了双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在及其与树突状细胞的相互作用	首次发现双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在，并揭示其与表达DNASE1L3和C1q的树突状细胞的相互作用	研究主要基于人类样本，未在小鼠中观察到相同现象，可能限制了结果的普适性	探讨肠道相关淋巴组织对细菌的初始反应及细菌处理机制	双阴性2型B细胞、树突状细胞、DNASE1L3、C1q	免疫学	自身免疫疾病	空间转录组学、多路单细胞技术	NA	单细胞数据	人类肠道相关淋巴组织样本
94	2025-02-26	SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918 PMID:38537539	研究论文	本研究探讨了SFXN1在肺腺癌（LUAD）中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了SFXN1在LUAD中的上调及其与不良预后的关联，并发现SFXN1通过抑制NK和细胞毒性T细胞的浸润促进肿瘤进展	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨SFXN1在LUAD中的功能及其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌（LUAD）	肿瘤学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化	NA	RNA-seq数据、scRNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
95	2025-02-21	MAPPING ALZHEIMER'S DISEASE PSEUDO-PROGRESSION WITH MULTIMODAL BIOMARKER TRAJECTORY EMBEDDINGS 2024-May, Proceedings. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging DOI:10.1109/isbi56570.2024.10635249 PMID:39371469	研究论文	本研究提出了一种新方法，通过医学影像和其他模态的纵向生物标志物数据来理解阿尔茨海默病的异质性进展路径	采用单细胞转录组学领域的PHATE和Slingshot两种流行机器学习方法，将多模态生物标志物轨迹投影到低维空间，作为伪时间估计	目前尚未提及具体局限性	旨在更准确地测量阿尔茨海默病的进展，以便早期发现脑功能丧失、及时干预和开发有效治疗方法	阿尔茨海默病患者	机器学习	阿尔茨海默病	PHATE, Slingshot	NA	医学影像数据, 多模态生物标志物数据	阿尔茨海默病神经影像倡议（ADNI）数据集
96	2025-02-18	Spatial Transcriptomic Analysis Identifies Epithelium-Macrophage Crosstalk in Endometriotic Lesions 2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.23.586434 PMID:38798560	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了子宫内膜异位症病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用	揭示了子宫内膜异位症病变中上皮细胞在驱动炎症信号和促进巨噬细胞修复表型中的新作用，并提出了补体3在病变病理生物学中的新角色	研究主要关注浅表腹膜子宫内膜异位症病变，未涉及深部病变或其他类型的子宫内膜异位症	识别子宫内膜异位症病变中细胞类型特异性基因表达变化，并阐明基质、上皮细胞和巨噬细胞之间的相互作用	浅表腹膜子宫内膜异位症病变及患者匹配的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
97	2025-02-08	TRPV4-Expressing Tissue-Resident Macrophages Regulate the Function of Collecting Lymphatic Vessels via Thromboxane A2 Receptors in Lymphatic Muscle Cells 2024-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.21.595189 PMID:38826322	研究论文	本文研究了TRPV4通道在收集淋巴管中的表达及其对淋巴管收缩功能的调节作用	揭示了TRPV4通道在淋巴系统中的新作用，特别是其在组织驻留巨噬细胞中的表达及其通过血栓素A2受体调节淋巴管收缩功能的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	表征TRPV4通道在收集淋巴管中的表达并确定其对淋巴管收缩功能的调节程度	收集淋巴管及其周围的细胞	生物医学	淋巴水肿	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自小鼠、大鼠和非人灵长类动物的淋巴管样本
98	2025-02-08	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2024-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582604 PMID:38464095	研究论文	本文介绍了SciDAP平台，一个用户友好的单细胞测序数据分析工具，旨在简化scRNA-Seq、scATAC-Seq和scMultiome数据的分析过程	SciDAP平台通过使用Common Workflow Language (CWL)编写的可移植和可重复的管道，为非计算专业的生物学家提供了无需编码的单细胞测序数据分析方法	本文未明确提及SciDAP平台在处理特定类型数据或大规模数据集时的性能限制	开发一个用户友好的平台，以简化单细胞测序数据的分析过程，提高分析结果的可重复性	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）和单细胞多组学测序（scMultiome）数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome	NA	单细胞测序数据	NA
99	2024-08-04	Accurately deciphering spatial domains for spatially resolved transcriptomics with stCluster 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae329 PMID:38975895	研究论文	本文介绍了一种新方法stCluster，用于提高空间转录组数据的空间域识别准确性	stCluster结合了图对比学习和多任务学习，以优化空间转录组数据的表示	目前还未提及具体的局限性	优化空间转录组数据的解读，以更好地识别复杂空间域	空间转录组数据以及其与基因表达和空间组织的关系	数字病理学	NA	图对比学习	NA	空间转录组数据	覆盖组织、器官和胚胎等多个数据集和平台
100	2024-08-05	The heterogeneity of tumour-associated macrophages contributes to the clinical outcomes and indications for immune checkpoint blockade in colorectal cancer patients 2024-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152805 PMID:38669865	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞在结直肠癌患者临床结果和免疫检查点抑制治疗中的作用	研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性与患者预后及免疫疗法反应之间的关系	研究仅基于60名结直肠癌患者的数据，样本量相对较小	了解肿瘤相关巨噬细胞的异质性如何影响结直肠癌的临床结果和免疫治疗指征	结直肠癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	60名结直肠癌患者