单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-04	Accurately deciphering spatial domains for spatially resolved transcriptomics with stCluster 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae329 PMID:38975895	研究论文	本文介绍了一种新方法stCluster，用于提高空间转录组数据的空间域识别准确性	stCluster结合了图对比学习和多任务学习，以优化空间转录组数据的表示	目前还未提及具体的局限性	优化空间转录组数据的解读，以更好地识别复杂空间域	空间转录组数据以及其与基因表达和空间组织的关系	数字病理学	NA	图对比学习	NA	空间转录组数据	覆盖组织、器官和胚胎等多个数据集和平台
82	2024-08-05	The heterogeneity of tumour-associated macrophages contributes to the clinical outcomes and indications for immune checkpoint blockade in colorectal cancer patients 2024-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152805 PMID:38669865	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞在结直肠癌患者临床结果和免疫检查点抑制治疗中的作用	研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性与患者预后及免疫疗法反应之间的关系	研究仅基于60名结直肠癌患者的数据，样本量相对较小	了解肿瘤相关巨噬细胞的异质性如何影响结直肠癌的临床结果和免疫治疗指征	结直肠癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	60名结直肠癌患者
83	2025-01-23	Ly6Chi Monocytes Are Metabolically Reprogrammed in the Blood during Inflammatory Stimulation and Require Intact OxPhos for Chemotaxis and Monocyte to Macrophage Differentiation 2024-05-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13110916 PMID:38891050	研究论文	本文研究了急性炎症过程中单核细胞的起源和转录重编程，特别是Ly6Chi单核细胞在血液中的代谢重编程及其在趋化和向巨噬细胞分化中的作用	揭示了Ly6Chi单核细胞在急性炎症初期六小时内经历两次主要的转录重编程事件，并证明氧化磷酸化（OxPhos）在这些过程中起关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨急性炎症中单核细胞的代谢重编程及其功能	Ly6Chi单核细胞及其向巨噬细胞的分化	免疫学	炎症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类单核细胞样本
84	2025-01-23	25-Hydroxycholesterol regulates lysosome AMP kinase activation and metabolic reprogramming to educate immunosuppressive macrophages 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.021 PMID:38640930	研究论文	本文研究了25-羟基胆固醇（25HC）在肿瘤微环境中通过调节巨噬细胞的代谢重编程和免疫抑制功能，影响CD8 T细胞的监视和抗肿瘤反应	揭示了胆固醇-25-羟化酶（Ch25h）通过STAT6转录因子被IL-4和IL-13诱导表达，导致25HC积累，并发现CH25H亚群在免疫抑制巨噬细胞亚群中富集，与多种癌症的较低生存率相关	未明确提及具体局限性	研究25-羟基胆固醇在肿瘤微环境中对巨噬细胞免疫抑制功能和代谢重编程的影响	巨噬细胞、CD8 T细胞、肿瘤微环境	免疫代谢	癌症	scRNA-seq分析	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
85	2025-01-23	A human neural crest model reveals the developmental impact of neuroblastoma-associated chromosomal aberrations 2024-May-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47945-7 PMID:38702304	研究论文	本文通过人类胚胎干细胞分化和单细胞转录组及表观基因组分析，研究了神经母细胞瘤中常见的染色体17q/1q增益对胚胎肿瘤发生的影响	首次使用人类胚胎干细胞模型揭示了染色体拷贝数变异在胚胎肿瘤发生中的具体作用机制	研究主要依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内环境	探讨染色体拷贝数变异如何影响胚胎肿瘤的发生	人类胚胎干细胞及其分化的神经嵴细胞	发育生物学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	人类胚胎干细胞模型	单细胞RNA-seq数据、表观遗传数据	NA
86	2025-01-22	Adhesion G Protein-Coupled Receptor Gpr126 (Adgrg6) Expression Profiling in Diseased Mouse, Rat, and Human Kidneys 2024-05-18, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100874 PMID:38786096	研究论文	本文研究了粘附G蛋白偶联受体Gpr126在小鼠、大鼠和人类患病肾脏中的表达特征	揭示了Gpr126在肾脏疾病中的表达变化，特别是在不同类型的肾损伤中的动态表达模式	研究主要基于表达分析，未深入探讨Gpr126在肾脏疾病中的具体功能机制	探讨Gpr126在肾脏疾病中的表达变化及其潜在的治疗靶点价值	小鼠、大鼠和人类的患病肾脏	分子生物学	肾脏疾病	RT-PCR, RNAscope分析, 微阵列分析, 单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	小鼠、大鼠和人类肾脏样本，包括多种肾脏疾病患者
87	2025-01-22	Single-Cell Transcriptomic Profiling Unveils Dynamic Immune Cell Responses during Haemonchus contortus Infection 2024-05-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100842 PMID:38786064	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，监测了山羊在Haemonchus contortus感染期间外周血单核细胞（PBMCs）的动态免疫细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了H. contortus感染期间宿主PBMCs的细胞类型特异性机制	样本量较小，仅使用了四只山羊	研究H. contortus感染期间宿主免疫反应的遗传机制	山羊的外周血单核细胞（PBMCs）	生物信息学	寄生虫感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	四只山羊（两只感染，两只健康对照）
88	2025-01-21	ARID1B maintains mesenchymal stem cell quiescence via inhibition of BCL11B-mediated non-canonical Activin signaling 2024-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48285-2 PMID:38816354	研究论文	本文探讨了ARID1B在间充质干细胞（MSCs）静息状态维持中的作用及其机制	揭示了ARID1B通过抑制BCL11B介导的非经典Activin信号通路来维持MSCs静息状态的新机制	研究主要基于小鼠切牙模型，尚未在人类细胞中验证	研究ARID1B在间充质干细胞静息状态维持中的作用及其分子机制	小鼠切牙模型中的GLI1+间充质干细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	小鼠切牙模型中的间充质干细胞
89	2025-01-21	Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 (TREM2) regulates phagocytosis in glioblastoma 2024-05-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad257 PMID:38237157	研究论文	本文研究了髓系细胞表达的触发受体2（TREM2）在胶质母细胞瘤中的吞噬作用调控机制	揭示了TREM2在胶质母细胞瘤中的吞噬作用而非免疫抑制功能，并提出了其作为脑肿瘤潜在治疗策略的可能性	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探讨TREM2在胶质母细胞瘤免疫病理和进展中的作用	胶质母细胞瘤中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠胶质瘤模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量
90	2025-01-16	Single-cell profiling reveals the metastasis-associated immune signature of hepatocellular carcinoma 2024-05, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1264 PMID:38780041	研究论文	本文通过单细胞转录组数据分析，揭示了肝细胞癌（HCC）转移相关的免疫特征	发现了与HCC转移相关的效应调节性T细胞（eTregs）富集现象，并识别出PHLDA1作为耗竭特异性基因，以及CCR7+树突状细胞（DCs）的新集群	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索肝细胞癌转移相关的免疫特征	肝细胞癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肝癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	不同阶段的肝细胞癌患者
91	2025-01-14	Spatial transcriptomics reveals gene interactions and signaling pathway dynamics in rat embryos with anorectal malformation 2024-05-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09878-1 PMID:38769159	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了正常和肛门直肠畸形（ARM）大鼠胚胎中基因相互作用和信号通路动态	首次在ARM胚胎中应用空间转录组学技术，结合多种生物信息学分析方法，揭示了位置特异性的基因表达和信号通路动态	研究仅针对大鼠胚胎，未涉及人类样本，且样本量有限	研究肛门直肠畸形（ARM）的分子机制和基因调控	大鼠胚胎的肛门直肠区域	数字病理学	肛门直肠畸形	空间转录组学，WGCNA，GSEA，PROGENy，免疫荧光染色	NA	基因表达数据	妊娠14至16天的大鼠胚胎，包括正常和ARM病例
92	2025-01-12	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	本文介绍了一种基于Nextflow DSL2的管道STQ，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像，特别针对患者来源的异种移植（PDX）癌症样本进行优化	该管道能够对测序转录本进行分类以解析小鼠和人类物种，并将转录本映射到参考转录组，同时将H&E WSI与Visium载玻片的空间布局对齐，为每个Visium点生成成像和定量形态学特征	NA	开发一种用于处理空间转录组数据和H&E染色图像的管道，以支持PDX癌症样本的多模态分析	患者来源的异种移植（PDX）癌症样本	数字病理学	黑色素瘤	10x Genomics Visium空间转录组技术，H&E染色	NA	空间转录组数据，H&E染色全切片图像	四个黑色素瘤PDX样本
93	2025-01-07	Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer 2024-May-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48700-8 PMID:38782901	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，探讨了非小细胞肺癌中的肿瘤生态系统，特别是髓系细胞的作用	揭示了肿瘤中抗炎性巨噬细胞与NK细胞/T细胞之间的反向关系，以及巨噬细胞在肿瘤中的转录重编程现象	样本量相对较小，仅包括25名未接受治疗的患者	研究非小细胞肺癌肿瘤生态系统中的免疫细胞类型及其作用	25名未接受治疗的腺癌和鳞状细胞癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间转录组数据	约900,000个细胞，来自25名患者
94	2025-01-07	MUSTANG: Multi-sample spatial transcriptomics data analysis with cross-sample transcriptional similarity guidance 2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.100986 PMID:38800365	研究论文	本文介绍了一种名为MUSTANG的空间转录组数据分析框架，能够通过跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性进行多样本空间转录组数据的细胞去卷积	MUSTANG框架创新性地结合了跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性，提升了多样本空间转录组数据的分析能力	NA	开发一种能够有效分析多样本空间转录组数据的框架，以揭示组织样本细胞特征中的生物学见解	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	一个半合成空间转录组数据集和三个真实世界空间转录组数据集
95	2025-01-07	DeepDecon accurately estimates cancer cell fractions in bulk RNA-seq data 2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.100969 PMID:38800361	研究论文	本文介绍了DeepDecon，一种利用单细胞基因表达信息准确预测大块组织中癌细胞比例的深度神经网络模型	DeepDecon通过迭代估计癌细胞比例的策略，提高了大块RNA-seq数据中细胞组成分解的准确性	NA	研究目的是提高大块RNA-seq数据中癌细胞比例的估计准确性	大块RNA-seq数据中的癌细胞比例	机器学习	癌症	RNA-seq	深度神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据
96	2025-01-07	Comprehensive integration of single-cell transcriptomic data illuminates the regulatory network architecture of plant cell fate specification 2024-May, Plant diversity IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.pld.2024.03.008 PMID:38798726	研究论文	本文通过整合63个已发表的单细胞转录组数据集，构建了一个全面的植物幼苗单细胞转录组图谱，揭示了细胞类型特异性基因调控网络	首次整合大量单细胞转录组数据，构建了涵盖广泛组织的植物细胞图谱，并系统性地构建了细胞类型特异性基因调控网络	NA	揭示植物细胞命运决定的调控网络架构	植物幼苗	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	整合了63个已发表的scRNA-seq数据集
97	2025-01-06	MNMST: topology of cell networks leverages identification of spatial domains from spatial transcriptomics data 2024-05-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03272-0 PMID:38783355	研究论文	本文提出了一种多层网络模型MNMST，用于通过联合学习识别空间转录组数据中的空间域	利用细胞网络的拓扑结构精确表征和区分空间域，提高了空间域的识别和可解释性，超越了现有基线方法	未提及具体局限性	提高空间转录组数据中空间域的识别和可解释性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	多层网络模型	空间转录组数据	NA
98	2025-01-01	The expression of immune related genes and potential regulatory mechanisms in schizophrenia 2024-05, Schizophrenia research IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.schres.2023.11.007 PMID:37993327	研究论文	本研究通过单细胞转录组和批量RNA数据分析，探讨了免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了精神分裂症组织中细胞组成的显著差异及免疫相关基因的异常表达	未涉及实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探讨免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用	精神分裂症患者的脑组织	生物信息学	精神分裂症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
99	2024-12-22	Barcoding Notch signaling in the developing brain 2024-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.10.593533 PMID:38766256	研究论文	本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构	SABER-seq是一种新型平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动	传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性	开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入	斑马鱼大脑中的Notch信号	NA	NA	CRISPR-Cas, 单细胞转录组学	NA	基因组数据	斑马鱼大脑中的细胞
100	2024-12-21	The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing† 2024-May-09, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae032 PMID:38386960	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在子宫内膜异位症和子宫腺肌症研究中的应用，探讨了这两种疾病的细胞成分和分子特征	利用单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞起源和免疫微环境特征	对子宫腺肌症免疫特征的理解仍需进一步探索	探讨子宫内膜异位症和子宫腺肌症的发病机制及细胞水平的治疗靶点	子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞成分和分子特征	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA