单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-12-06	Learning Consistency and Specificity of Cells From Single-Cell Multi-Omic Data 2024-05, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3370868 PMID:38709615	研究论文	提出了一种基于自表示学习的多组学数据整合聚类算法sLMIC，用于整合单细胞表观基因组和转录组数据，提取细胞的一致性和特异性特征	提出了sLMIC算法，通过构建多层网络去除组学数据的异质性，并利用低秩和互斥约束分离细胞的自表示特征，明确表征组学数据的一致性和多样性	未提及	解决单细胞多组学数据整合分析中的异质性、复杂耦合和可解释性问题	单细胞表观基因组和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞DNA甲基化测序、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	自表示学习模型	多组学数据	13个来自不同生物体和组织的多组学单细胞数据集
62	2024-12-02	The prognostic genes model of breast cancer drug resistance based on single-cell sequencing analysis and transcriptome analysis 2024-May-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01372-6 PMID:38795164	研究论文	本文通过转录组数据分析和单细胞测序，识别并验证了与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建了一个基于这些基因的预后模型	本文创新性地结合了转录组分析和单细胞测序数据，识别出与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建了一个新的预后模型	本文的局限性在于仅在细胞系中验证了部分基因，未来需要在更多临床样本中进一步验证	研究目的是识别与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建一个预测乳腺癌预后的模型	研究对象是乳腺癌及其药物抗性相关的预后基因	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	转录组数据	细胞系和乳腺癌样本
63	2024-12-01	Strategies for arterial graft optimization at the single-cell level 2024-05, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00464-6 PMID:39195932	研究论文	通过分析不同动脉移植物的单细胞转录组，提出基于内乳动脉（ITA）的桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA）优化策略	首次通过单细胞转录组分析不同动脉移植物的细胞特征，并提出优化策略	研究仅限于细胞水平，未涉及临床试验验证	优化冠状动脉搭桥术中使用的动脉移植物	内乳动脉（ITA）、桡动脉（RA）和胃网膜右动脉（RGA）	NA	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组	不同动脉移植物的单细胞样本
64	2024-11-29	Cell type-specific gene expression dynamics during human brain maturation 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560114 PMID:37808657	研究论文	研究了人类大脑发育过程中基因表达的动态变化，特别是细胞类型特异性的表达模式	使用单核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组学技术，构建了一个包含75种细胞亚型的儿童和成人联合图谱，揭示了大脑成熟过程中基因和通路的变化	NA	探讨人类大脑发育过程中基因表达的动态变化，特别是细胞类型特异性的表达模式	人类大脑的时间叶组织，包括非洲裔样本	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	基因表达数据	包括儿童和成人的时间叶组织样本
65	2024-11-27	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.15.553436 PMID:37645713	研究论文	本文介绍了一种新的统计方法——广义二元协方差分解（GBCD），用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性	GBCD方法能够将转录异质性分解为可解释的成分，包括患者特异性、数据集特异性和与疾病亚型相关的共享成分，在强肿瘤间异质性的情况下，比现有方法产生更易解释的结果	NA	通过单细胞RNA测序数据识别与癌症进展相关的转录变异模式，并产生新的治疗相关见解	胰腺癌腺癌（PDAC）的肿瘤亚型和基因表达程序	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义二元协方差分解（GBCD）	基因表达数据	来自三个胰腺癌腺癌（PDAC）研究的样本
66	2024-11-26	Prognostic value and potential mechanism of cellular senescence and tumor microenvironment in hepatocellular carcinoma: Insights from bulk transcriptomics and single-cell sequencing analysis 2024-May, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24121 PMID:38189188	研究论文	研究了细胞衰老和肿瘤微环境在肝细胞癌中的预后价值和潜在机制	开发了CellAge和TME评分，作为肝细胞癌的独立预后因素和免疫治疗预测因子	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨细胞衰老和肿瘤微环境在肝细胞癌中的预后价值和机制	肝细胞癌患者的细胞衰老和肿瘤微环境	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	368个肝细胞癌样本和64个GSE116174数据集样本，以及18个GSE149614数据集中的肿瘤样本
67	2024-11-24	Bulk and single cells transcriptomes with experimental validation identify USP18 as a novel glioma prognosis and proliferation indicator 2024-May, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2024.12517 PMID:38596661	研究论文	本研究通过批量和单细胞转录组分析，结合实验验证，揭示了USP18作为胶质瘤预后和增殖的新指标	首次揭示了USP18在胶质瘤中的上调与不良预后相关，并影响患者对免疫治疗的反应	研究仅限于U251和U87MG ATCC细胞系，未涵盖所有胶质瘤细胞类型	探讨USP18在胶质瘤中的作用及其对预后和增殖的影响	胶质瘤细胞和患者的预后及增殖情况	数字病理学	脑癌	转录组分析	NA	转录组数据	U251和U87MG ATCC细胞系
68	2024-11-19	Wnt pathway inhibition with the porcupine inhibitor LGK974 decreases trabecular bone but not fibrosis in a murine model with fibrotic bone 2024-May, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1093/jbmrpl/ziae011 PMID:38577521	研究论文	研究使用刺猬抑制剂LGK974抑制Wnt信号通路对小鼠纤维化骨模型中骨小梁和纤维化的影响	首次探讨了Wnt信号通路抑制剂LGK974在纤维化骨模型中的作用，揭示了其在骨小梁吸收和纤维化维持中的新机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证；LGK974在对照组小鼠中引起显著骨丢失，需进一步优化	探讨Wnt信号通路抑制剂LGK974对纤维化骨模型中骨形成和纤维化的影响	ColI(2.3)/Rs1小鼠及其对照组小鼠的骨组织	数字病理学	纤维性骨病	单细胞RNA测序	NA	RNA	9周龄雄性ColI(2.3)/Rs1小鼠及其同窝对照组小鼠
69	2024-11-17	Single-cell and spatial transcriptomics reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in osteosarcoma 2024-05-17, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03319-w PMID:38755647	研究论文	研究揭示了骨肉瘤淋巴结转移的分子机制及其对淋巴结微环境的改造	发现了新的ETS2/IBSP信号轴可能促进淋巴结转移，并阐明了骨肉瘤细胞如何影响淋巴结微环境	NA	揭示骨肉瘤淋巴结转移的机制及其对微环境的改造	骨肉瘤的淋巴结转移及其微环境改造	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、生物信息学、体外实验、免疫组化	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	18个样本，包含117,964个细胞
70	2024-11-14	Notch ligands are biomarkers of anti-TNF response in RA patients 2024-May, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-023-09897-2 PMID:37796367	研究论文	研究探讨了Notch配体在类风湿性关节炎（RA）患者中的表达及其作为抗TNF治疗反应的生物标志物的潜力	首次揭示了RA患者中Notch配体在不同细胞类型中的表达模式及其对抗TNF治疗反应的影响	研究主要集中在RA患者的滑膜组织，未涵盖其他组织或细胞类型	探讨Notch通路在RA发病机制中的作用及其在RA治疗中的潜在应用	RA患者的滑膜组织细胞和内皮细胞	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及RA患者的滑膜组织细胞和内皮细胞
71	2024-11-13	Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis 2024-May-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48484-x PMID:38734693	研究论文	研究SPI1对阿尔茨海默病相关表型的影响	首次探讨了SPI1在阿尔茨海默病中的作用及其对疾病表型的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨调节SPI1水平对阿尔茨海默病发病机制的影响	SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	转录组分析	NA	转录组数据	SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型
72	2024-11-13	Peripheral HMGB1 is linked to O3 pathology of disease-associated astrocytes and amyloid 2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13825 PMID:38624088	研究论文	研究了臭氧（O3）对疾病相关星形胶质细胞和淀粉样蛋白病理的影响，并探讨了外周高迁移率族蛋白B1（HMGB1）在其中的作用	首次探讨了外周髓系细胞中的HMGB1在O3诱导的疾病相关星形胶质细胞表型中的作用	NA	探讨臭氧（O3）对阿尔茨海默病（AD）相关病理的影响及其机制	疾病相关星形胶质细胞（DAAs）和外周髓系细胞中的高迁移率族蛋白B1（HMGB1）	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学和蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	5xFAD小鼠和Hmgb1fl/fl LysM-Cre+小鼠
73	2024-11-10	Contribution of VEGF-B-Induced Endocardial Endothelial Cell Lineage in Physiological Versus Pathological Cardiac Hypertrophy 2024-May-24, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.324136 PMID:38655691	研究论文	研究VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系在生理性和病理性心脏肥大中的作用	首次探讨了自分泌和旁分泌VEGF-B表达在转基因和基因转导小鼠中的心脏效应，揭示了VEGF-B诱导的特定心内膜来源内皮细胞群体的扩展及其在生理性和病理性心脏肥大中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨VEGF-B在心脏肥大中的作用及其对心脏功能的潜在影响	VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系及其在生理性和病理性心脏肥大中的作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	转基因小鼠模型
74	2024-11-08	Pan-cancer analysis of CDKN2A alterations identifies a subset of gastric cancer with a cold tumor immune microenvironment 2024-05-31, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00615-7 PMID:38822443	研究论文	研究探讨了CDKN2A突变和缺失与泛癌种中免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联	发现CDKN2A突变和缺失与免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联，并揭示了CDKN2A突变和缺失对肿瘤免疫微环境的影响	研究样本主要来自四个队列，可能存在样本偏倚；未详细探讨CDKN2A突变和缺失的具体机制	确定CDKN2A突变和缺失与泛癌种中总体生存期及免疫检查点抑制剂治疗反应的关联	CDKN2A突变和缺失在泛癌种中的作用及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	肿瘤测序	NA	基因组数据	45,000名肿瘤患者
75	2024-11-08	Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening 2024-May, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01107-0 PMID:37857722	研究论文	研究聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响	首次使用单细胞测序技术分析了微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞在聚焦超声介导的血脑屏障开放后的不同反应	研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不适用于人类	探讨聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响及其在神经退行性疾病治疗中的潜在应用	微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	老鼠模型
76	2024-11-07	Unleashed monocytic engagement in Sézary syndrome during the combination of anti-CCR4 antibody with type I interferon 2024-05-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023010043 PMID:38489234	研究论文	研究探讨了在Sézary综合征中，结合抗CCR4抗体和I型干扰素治疗如何激活单核细胞并消除恶性CD4+ T细胞	首次揭示了在Sézary综合征治疗中，结合I型干扰素和抗CCR4抗体可以激活单核细胞的吞噬作用，从而有效清除恶性CD4+ T细胞	研究主要集中在体外实验和临床试验，缺乏长期随访数据	探讨在Sézary综合征中，如何通过联合治疗策略有效清除恶性CD4+ T细胞	Sézary综合征中的恶性CD4+ T细胞和单核细胞	NA	皮肤癌	单细胞转录组分析，高吞吐量T细胞受体测序	NA	转录组数据，T细胞受体序列	涉及Sézary综合征患者的样本
77	2024-11-04	Momordicine-I Suppresses Head and Neck Cancer Growth by Reprogrammimg Immunosuppressive Effect of the Tumor-Infiltrating Macrophages and B Lymphocytes 2024-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0718 PMID:38315993	研究论文	研究了Momordicine-I通过重编程肿瘤浸润巨噬细胞和B淋巴细胞的免疫抑制效应来抑制头颈癌生长的机制	揭示了Momordicine-I通过调节肿瘤微环境中免疫细胞的分子表达，特别是通过抑制Sfln4和Cxcl3的表达，来抑制头颈癌生长的机制	研究主要在免疫功能正常的鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨Momordicine-I抑制头颈癌生长的机制，特别是在肿瘤微环境中的作用	头颈癌、肿瘤浸润巨噬细胞、B淋巴细胞	NA	头颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了两种免疫功能正常的鼠模型，分别使用MOC2和SCC VII细胞
78	2024-11-02	Identification of restrictive molecules involved in oncolytic virotherapy using genome-wide CRISPR screening 2024-05-23, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01554-5 PMID:38783389	研究论文	本文通过全基因组CRISPR筛选技术，识别出限制溶瘤病毒疗法效果的分子，并研究了其在胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌中的应用	本文创新性地通过CRISPR筛选技术识别出PARP1作为HSV-1复制的限制因子，并展示了PARP抑制剂与免疫检查点抑制剂联合使用在溶瘤病毒疗法中的协同作用	NA	克服溶瘤病毒疗法的固有限制，为三阴性乳腺癌、胶质母细胞瘤和其他恶性肿瘤的临床治疗提供有价值的见解	溶瘤病毒疗法在胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌中的应用	数字病理学	乳腺癌	CRISPR筛选	NA	RNA	涉及胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌的模型
79	2024-11-02	GRouNdGAN: GRN-guided simulation of single-cell RNA-seq data using causal generative adversarial networks 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48516-6 PMID:38744843	研究论文	介绍了一种基于基因调控网络（GRN）引导的参考型因果隐式生成模型GRouNdGAN，用于模拟单细胞RNA-seq数据、体内扰动实验和基准测试GRN推断方法	通过在其架构中施加用户定义的GRN，GRouNdGAN模拟稳态和瞬态单细胞数据集，其中基因在其调控转录因子（TF）的控制下因果表达	NA	开发一种新的生成模型，用于模拟单细胞RNA-seq数据和基准测试基因调控网络推断方法	单细胞RNA-seq数据、基因调控网络推断方法	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	生成对抗网络（GAN）	基因表达数据	六个实验参考数据集
80	2024-11-02	Quantifying 3'UTR length from scRNA-seq data reveals changes independent of gene expression 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48254-9 PMID:38744866	研究论文	本文开发了一种名为scUTRquant的计算流程，用于从单细胞RNA测序数据中快速、准确地同时量化基因和3'UTR异构体的表达	首次提出了从单细胞RNA测序数据中量化3'UTR长度的方法，并发现3'UTR长度的变化与基因表达变化广泛且协调，但影响不同的基因	NA	研究3'UTR长度在不同细胞类型中的变化及其对基因调控的影响	人类和小鼠的200多种初级细胞类型	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	474种细胞类型和2134种扰动