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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-11-08 |
Multi-model analysis of gallbladder cancer reveals the role of OxLDL-absorbing neutrophils in promoting liver invasion
2024-May-31, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00521-7
PMID:38822440
|
研究论文 | 通过多模型分析揭示胆囊癌中吸收氧化低密度脂蛋白的中性粒细胞在促进肝脏侵袭中的作用 | 发现通过细胞间接触诱导的OLR1介导的oxLDL吸收中性粒细胞亚群在胆囊癌肝侵袭中的促瘤作用 | NA | 研究胆囊癌肝侵袭的肿瘤微环境特征及中性粒细胞的作用机制 | 胆囊癌患者样本 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,蛋白质组学,多重免疫组化 | 多模型分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据,组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 42 | 2025-10-31 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable genes from spatial transcriptomic data
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.06.592851
PMID:38765956
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研究论文 | 开发了一个名为scBSP的快速准确工具,用于从空间转录组数据中识别空间可变基因 | 实现了稀疏矩阵运算,显著提高了计算效率和内存使用,能在10秒内处理包含19,950个基因和181,367个点的高清空间转录组数据 | NA | 开发高效识别空间可变基因的计算工具 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 稀疏矩阵运算 | 空间转录组数据 | 19,950个基因,181,367个点,可达数百万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 43 | 2025-10-15 |
FlyBase: updates to the Drosophila genes and genomes database
2024-05-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyad211
PMID:38301657
|
研究论文 | 介绍果蝇数据库FlyBase的最新开发进展和功能更新 | 新增单细胞RNA测序数据、改进功能信息展示、更新直系同源分析流程、新增化学报告功能以及加强科普资源 | NA | 维护和更新果蝇基因组数据库资源 | 黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)基因和基因组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、功能注释数据、化学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-10-08 |
Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic
2024-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.04.592534
PMID:38765980
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研究论文 | 开发了一种名为seismic的新框架,用于整合单细胞RNA测序与全基因组关联研究,以揭示复杂性状与细胞类型之间的关联 | 提出了一种新的特异性评分来表征细胞类型,能够系统、可扩展且可解释地识别疾病-细胞类型关联 | NA | 揭示复杂性状和疾病的细胞类型特异性生物学过程 | 28种复杂性状和超过1,000种不同粒度级别的细胞类型表征 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究 | seismic框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2025-10-05 |
Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics
2024-05-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adh2602
PMID:38781372
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研究论文 | 通过单细胞基因组学技术揭示自闭症谱系障碍中细胞类型特异的分子级联反应和特征 | 首次结合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学技术,系统揭示自闭症中细胞类型特异性基因调控网络的失调 | 研究基于死后脑组织样本,可能无法完全反映活体状态下的分子变化 | 探索自闭症谱系障碍的分子机制和遗传易感性 | 自闭症患者死后脑组织 | 单细胞基因组学 | 自闭症谱系障碍 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 46 | 2025-10-05 |
Optimizing cryopreservation of nasal polyp tissue for cellular functional studies and single-cell RNA sequencing
2024-May, International forum of allergy & rhinology
IF:7.2Q1
DOI:10.1002/alr.23275
PMID:37742089
|
研究论文 | 比较不同冷冻保存方法对鼻息肉组织细胞功能和单细胞RNA测序的影响 | 首次系统评估鼻息肉组织不同冷冻保存方法对特定细胞类型功能和单细胞测序的影响 | 仅针对鼻息肉组织,研究结果可能不适用于其他组织类型 | 优化鼻息肉组织的冷冻保存方法以支持细胞功能研究和单细胞RNA测序 | 鼻息肉组织样本 | 单细胞测序 | 鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 47 | 2025-10-05 |
Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592310
PMID:38746317
|
研究论文 | 开发了T细胞注释工具TCAT,用于在单细胞水平量化T细胞的基因表达程序 | 提出了TCAT分析框架,能够同时量化预定义的基因表达程序,揭示了46个可重复的T细胞功能程序 | NA | 改进T细胞特征分析框架,解决传统分类与单细胞数据连续状态不匹配的问题 | T细胞亚群、激活状态和功能 | 单细胞分析 | COVID-19, 癌症 | 单细胞RNA测序 | TCAT分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 170万个T细胞,来自700名个体的38种组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2025-10-05 |
Small nucleolar RNA host gene 18 controls vascular smooth muscle cell contractile phenotype and neointimal hyperplasia
2024-05-29, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae055
PMID:38498586
|
研究论文 | 本研究揭示了长链非编码RNA SNHG18通过调控miR-22-3p生物合成来维持血管平滑肌细胞收缩表型并抑制损伤诱导的新内膜增生 | 首次发现SNHG18在血管疾病中的功能作用,揭示了其通过竞争性结合ADAR2促进miR-22-3p生成的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,人类样本验证相对有限 | 探索SNHG18在血管平滑肌细胞表型调控和血管损伤修复中的作用机制 | 血管平滑肌细胞、小鼠损伤血管模型、人类动脉样本 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、基因功能增益/缺失研究 | NA | 基因表达数据、测序数据 | 小鼠和人类动脉样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-10-05 |
Interleukin-1 receptor accessory protein blockade limits the development of atherosclerosis and reduces plaque inflammation
2024-05-07, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae046
PMID:38563353
|
研究论文 | 研究通过新型抗IL1RAP阻断抗体探究其在动脉粥样硬化中的作用机制 | 首次使用非消耗性IL1RAP阻断抗体研究动脉粥样硬化,发现其能减少斑块大小和炎症细胞积累 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 探究IL1RAP在动脉粥样硬化发展中的作用及其治疗潜力 | 载脂蛋白E缺陷小鼠和人类动脉粥样硬化斑块样本 | 心血管疾病研究 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学分析,体外细胞实验 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,细胞计数数据,组织图像数据 | 未明确具体样本数量,使用Apoe-/-小鼠模型和人类斑块样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2025-10-05 |
Cardiac and perivascular myofibroblasts, matrifibrocytes, and immune fibrocytes in hypertension; commonalities and differences with other cardiovascular diseases
2024-05-07, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae044
PMID:38395029
|
综述 | 探讨高血压中心脏和血管周围成纤维细胞亚群的分类、调控机制及其在心血管纤维化中的作用 | 提出成纤维细胞亚群(肌成纤维细胞、基质纤维细胞和免疫纤维细胞)在反应性纤维化中的新型作用机制 | 分子机制尚未完全明确,主要依赖实验模型推导 | 阐明高血压相关心血管纤维化的细胞分子机制 | 心脏和血管周围成纤维细胞亚群 | 心血管病理学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell and spatial analysis reveals MUC1-mediated cellular crosstalk in mucinous colorectal adenocarcinoma
2024-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1701
PMID:38778448
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,系统分析黏液性结直肠腺癌的肿瘤微环境,揭示MUC1介导的细胞间相互作用机制 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统解析MCA肿瘤微环境,发现MUC1+肿瘤细胞与ZEB1+内皮细胞的关键相互作用 | 研究样本量有限,需要更大规模队列验证发现 | 深入理解黏液性结直肠腺癌肿瘤微环境的细胞间相互作用机制 | 黏液性结直肠腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 三维生物打印, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 52 | 2025-10-06 |
Melanocyte stem cells in the skin: Origin, biological characteristics, homeostatic maintenance and therapeutic potential
2024-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1720
PMID:38778457
|
综述 | 本文全面概述皮肤黑色素细胞干细胞的起源、生物学特性、稳态维持及治疗潜力 | 重点强调单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9技术和实用模型在黑色素细胞干细胞研究中的重要意义 | NA | 探讨黑色素细胞干细胞在皮肤组织稳态维持和疾病治疗中的潜在应用价值 | 哺乳动物毛囊、表皮或汗腺中的黑色素细胞干细胞 | 再生医学 | 皮肤色素障碍疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2025-10-06 |
Landscape of gut mucosal immune cells showed gap of follicular or memory B cells into plasma cells in immunological non-responders
2024-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1699
PMID:38783408
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析HIV感染者肠道黏膜免疫细胞,揭示免疫无应答者B细胞向浆细胞分化存在缺陷 | 首次在单细胞水平描绘HIV感染者肠道黏膜免疫细胞图谱,发现免疫无应答者滤泡/记忆B细胞向浆细胞分化存在障碍 | 样本量较小(仅17名参与者),需要更大规模研究验证 | 探究HIV感染者肠道黏膜免疫细胞在免疫恢复中的作用机制 | HIV感染者肠道黏膜免疫细胞 | 单细胞生物学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序,免疫组化,16S rRNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,微生物组数据,流式细胞数据 | 17名参与者(5名HIV阴性对照,9名免疫应答者,3名免疫无应答者),54,475个免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序,16S rRNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2025-10-06 |
Transcriptomic and Proteomic Characterization of the Immune Response to Elective Spinal Reconstructive Surgery: Impact of Aging and Comparison with Traumatic Injury Response
2024-May-01, Journal of the American College of Surgeons
IF:3.8Q1
DOI:10.1097/XCS.0000000000000922
PMID:38095316
|
研究论文 | 本研究通过转录组学和蛋白质组学方法,比较了择期脊柱重建手术与创伤性损伤的免疫反应差异,并分析了年龄对免疫反应的影响 | 首次系统比较择期大手术与多发伤患者的免疫反应时序和细胞特征差异,揭示年龄对手术免疫反应的特异性影响 | 样本量较小(老年组5例,年轻组6例,创伤组8例),可能影响统计效力 | 探究择期脊柱重建手术与创伤性损伤的免疫应激反应差异及年龄因素的影响 | 接受择期脊柱重建手术的患者(分为老年组和年轻组)和匹配的创伤患者 | 免疫学 | 脊柱疾病 | 转录组测序,蛋白质组分析,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,单细胞数据 | 19例患者(手术组11例,创伤组8例) | SomaLogic, O-link | 单细胞RNA测序,蛋白质组分析 | NA | 双平台蛋白质组分析(SomaLogic和O-link),细胞转录组和表位测序索引 |
| 55 | 2025-10-06 |
Specific photoreceptor cell fate pathways are differentially altered in NR2E3-associated diseases
2024-05, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2024.106463
PMID:38485095
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析NR2E3基因突变对视网膜光感受器细胞命运分化的影响 | 发现了一种先前未报道的锥细胞通路,可产生同时表达锥细胞和视杆细胞相关基因的杂交锥细胞 | 研究仅使用小鼠模型,未直接验证人类患者样本 | 解析NR2E3基因在视杆细胞和锥细胞转录网络中的精确功能 | 野生型和两种不同Nr2e3突变小鼠模型的视网膜组织 | 单细胞基因组学 | 视网膜营养不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型和两种Nr2e3突变小鼠模型的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2025-10-06 |
MAPPING ALZHEIMER'S DISEASE PSEUDO-PROGRESSION WITH MULTIMODAL BIOMARKER TRAJECTORY EMBEDDINGS
2024-May, Proceedings. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging
DOI:10.1109/isbi56570.2024.10635249
PMID:39371469
|
研究论文 | 本研究提出了一种利用多模态生物标志物轨迹嵌入来映射阿尔茨海默病伪进展的新方法 | 将单细胞转录组学领域的PHATE和Slingshot机器学习方法应用于神经退行性疾病的多模态生物标志物数据分析 | 研究依赖于ADNI数据集,可能需要更多样化的数据验证方法的普适性 | 开发更精确的阿尔茨海默病进展建模和早期诊断方法 | 阿尔茨海默病患者的纵向多模态生物标志物数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | PHATE, Slingshot, 轨迹嵌入 | PHATE, Slingshot | 医学影像, 多模态生物标志物数据 | ADNI数据集中的多个疾病阶段个体 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2025-10-06 |
Single-cell, single-nucleus, and spatial transcriptomics characterization of the immunological landscape in the healthy and PSC human liver
2024-05, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2023.12.023
PMID:38199298
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研究论文 | 本研究通过单细胞、单核和空间转录组学技术,全面表征了健康人和原发性硬化性胆管炎患者肝脏的免疫景观 | 首次结合单细胞RNA测序、单核RNA测序和空间转录组学技术,系统构建了PSC肝脏的细胞图谱,并发现胆管细胞样肝细胞群体和髓系细胞耗竭样表型 | 样本量相对有限,主要关注晚期PSC病变,缺乏早期疾病阶段的分析 | 构建原发性硬化性胆管炎肝脏的全面细胞图谱,揭示疾病发病机制 | 人类肝脏组织(10例PSC患者、24例神经性死亡供体肝脏、3例PBC患者) | 数字病理学 | 原发性硬化性胆管炎 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | 转录组数据, 空间定位数据, 蛋白质功能数据 | 47,156个细胞和23,000个细胞核(PSC),107,542个细胞(健康对照),18,240个细胞和20,202个细胞核(PBC) | 10x Genomics, Nanostring | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Visium, Nanostring GeoMx DSP | 10x Visium空间转录组技术, Nanostring GeoMx数字空间分析技术 |
| 58 | 2025-10-06 |
Beyond binary: bridging neutrophil diversity to new therapeutic approaches in NSCLC
2024-05, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2024.01.010
PMID:38360439
|
综述 | 本文总结了非小细胞肺癌中肿瘤相关中性粒细胞的异质性研究,并提出超越传统N1/N2二分法的新分类框架 | 通过整合不同癌症实体的转录组数据,建立了具有明确表型特征的中性粒细胞亚群分类体系,突破了传统的二元分类模式 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据验证,分类体系需要进一步实验确认 | 探索中性粒细胞在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的异质性及其治疗应用潜力 | 肿瘤相关中性粒细胞(TANs) | 单细胞生物学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins
2024-05-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13100793
PMID:38786017
|
研究论文 | 通过单细胞分析比较人类外周动脉和静脉的细胞组成差异,揭示血管重塑机制 | 首次在单细胞水平系统对比动脉和静脉的细胞图谱,发现静脉成纤维细胞在胶原产生和血管重塑中的独特作用 | 样本量相对有限(30例器官捐献者),主要关注上肢血管 | 探究动脉和静脉在闭塞性疾病和损伤反应中差异的生物学基础 | 人类外周动脉(肱动脉)和静脉(贵要静脉/头静脉) | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 蛋白质组学, 流式细胞术, 组织学 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 流式细胞数据, 组织图像 | 30例器官捐献者的动脉和静脉样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 60 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of tumor-associated macrophages and M2 macrophages in CRC: unraveling molecular heterogeneity and developing a novel risk signature
2024-05-27, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01881-z
PMID:38802881
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA-seq数据,开发了结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞和M2巨噬细胞的新型风险标志物 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据识别TAM-M2巨噬细胞相关基因,并构建了预后风险标志物TAMM2RS | 需要进一步实验验证生物标志物的功能机制 | 发现结直肠癌中TAM-M2巨噬细胞相关的新型生物标志物并解析分子异质性 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, WGCNA, LASSO Cox分析, qPCR | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |