单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-05	MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection 2024-05-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004899 PMID:38238904	研究论文	本研究探讨了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中促炎性同种异体移植物浸润巨噬细胞（AIMs）免疫代谢重编程中的作用	首次揭示了MEK1/2-PKM2通路在调节AIMs免疫代谢表型中的关键作用，并提出了其作为心脏移植治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	阐明心脏移植排斥反应中巨噬细胞免疫代谢调控的分子机制	同种异体移植物浸润巨噬细胞（AIMs）	免疫代谢	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、基因敲除	小鼠心脏移植模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（基于小鼠实验）
42	2025-06-04	6-Formylindolo[3,2-b]carbazole, a potent ligand for the aryl hydrocarbon receptor, attenuates concanavalin-induced hepatitis by limiting T-cell activation and infiltration of proinflammatory CD11b+ Kupffer cells 2024-05-29, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae018 PMID:38366630	研究论文	本研究探讨了FICZ通过激活芳烃受体在自身免疫性肝炎模型中的抗炎作用及其机制	首次揭示了FICZ通过调控CD3+ T细胞活化和CD11b+ Kupffer细胞浸润减轻肝炎的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人体中验证	探究FICZ通过芳烃受体途径对自身免疫性肝炎的保护作用	小鼠自身免疫性肝炎模型	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
43	2025-06-03	TCL1A-expressing B cells are critical for tertiary lymphoid structure formation and the prognosis of oral squamous cell carcinoma 2024-05-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05292-7 PMID:38764038	research paper	该研究探讨了TCL1A表达B细胞在口腔鳞状细胞癌(OSCC)三级淋巴结构形成及预后中的作用	揭示了TCL1A通过调控B细胞的增殖和trogocytosis促进三级淋巴结构形成，从而改善OSCC预后的新机制	样本量相对有限，且机制研究主要在细胞系中进行	阐明B细胞在OSCC免疫治疗中的作用机制	口腔鳞状细胞癌患者组织和B淋巴细胞	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、慢病毒转导	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据	13例OSCC组织+8例癌旁组织(单细胞测序)，146例临床样本(组织芯片)，359例TCGA样本
44	2025-06-03	Single-cell approaches define two groups of mammalian oligodendrocyte precursor cells and their evolution over developmental time 2024-05-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.03.002 PMID:38579710	研究论文	利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和单细胞空间转录组学技术，研究小鼠皮质少突胶质前体细胞在出生后的发育过程中的特征	识别出两种转录和表观遗传不同的PDGFRα OPCs群体，并揭示了它们在发育和成年期的功能差异	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探究哺乳动物少突胶质前体细胞在发育过程中的异质性和功能差异	小鼠皮质少突胶质前体细胞(OPCs)	单细胞组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 单细胞空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	NA
45	2025-06-02	Multifactoral immune modulation potentiates durable remission in multiple models of aggressive malignancy 2024-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302675R PMID:38738472	研究论文	研究报道了一种独特的免疫调节和细胞抑制剂组合，能够重塑肿瘤微环境并消除多种复杂和/或预后不良的肿瘤类型	提出了一种针对多种肿瘤模型的多因素免疫调节策略，显示出持久的抗肿瘤效果	研究结果主要基于动物模型，尚未在临床试验中得到验证	探索多因素免疫调节策略在治疗多种恶性肿瘤中的效果	非免疫原性4T-1三阴性乳腺癌模型、侵袭性MOC-2头颈鳞癌模型和高风险MYCN扩增神经母细胞瘤模型	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌、头颈鳞癌、神经母细胞瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多种肿瘤模型动物
46	2025-06-02	CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning 2024-May-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1 PMID:38826463	研究论文	提出了一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集，以克服传统特征降维方法的局限性	通过结合代表正常组织的背景数据集，增强了在代表癌前组织的目标数据集中识别有趣模式的能力，同时减少了背景和目标数据集共享的显性共同模式的影响	NA	改进空间转录组数据的特征表示方法，以更好地识别生物相关特征	小鼠癌前肺组织样本的空间转录组数据	生物信息学	肺癌	空间转录组学	图对比学习	空间转录组数据	NA
47	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594208 PMID:38798590	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断供体的祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先信息，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能代表人类遗传多样性，通过推断供体祖先信息	单细胞基因组数据	genomics	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq	NA	genomic data	3201名来自26个人群群体的个体
48	2025-05-24	A phase 2 randomized trial with autologous polyclonal expanded regulatory T cells in children with new-onset type 1 diabetes 2024-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn2404 PMID:38718135	研究论文	该研究探讨了自体多克隆扩增调节性T细胞（expT）在新发1型糖尿病儿童中的安全性和有效性	首次在儿童和青少年中进行自体多克隆扩增调节性T细胞的随机二期临床试验，并评估其安全性和对β细胞功能的影响	单次剂量的expT未能显著阻止β细胞功能的下降，且治疗效果与T细胞的质量相关	评估自体多克隆扩增调节性T细胞在1型糖尿病治疗中的安全性和有效性	新发1型糖尿病的儿童和青少年	临床医学	1型糖尿病	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	110名儿童和青少年患者
49	2025-05-24	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591541 PMID:38746119	research paper	该研究通过单细胞测序技术，探索了不同细胞内信号域（ICD）结构如何影响CAR-T细胞的功能，特别是在分子水平上	首次系统性地研究了不同ICD结构如何通过信号传导影响CAR-T细胞的转录输出和功能，并发现了一种与持久性相关的独特信号特征	研究发现这种持久性信号特征仅适用于液体肿瘤，对实体瘤无效	解码CAR信号传导的设计原则，为下一代优化ICD结构的合理设计提供依据	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
50	2025-05-23	Bioengineered vascular grafts with a pathogenic TGFBR1 variant model aneurysm formation in vivo and reveal underlying collagen defects 2024-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg6298 PMID:38718134	research paper	该研究通过结合人类诱导多能干细胞(hiPSCs)、生物工程血管移植物(BVGs)和基因编辑技术，建立了一种功能性的人类胸主动脉瘤(TAA)动物模型	利用基因编辑和生物工程技术创建了携带Loeys-Dietz综合征(LDS)相关致病变异的血管移植物，成功在动物体内模拟了人类TAA的形成过程	研究仅针对特定基因变异(LDS相关)导致的TAA，可能无法完全代表所有类型TAA的发病机制	建立更好的人类胸主动脉瘤疾病模型并研究其发病机制	人类诱导多能干细胞衍生的血管平滑肌细胞和生物工程血管移植物	生物医学工程	胸主动脉瘤	基因编辑、hiPSC技术、生物工程技术、空间转录组学分析	动物模型(裸鼠)	基因表达数据、蛋白质数据、组织学数据	使用基因编辑细胞和患者来源细胞构建的生物工程血管移植物
51	2025-05-22	scRNA-seq data from the larval Drosophila ventral cord provides a resource for studying motor systems function and development 2024-05-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.016 PMID:38569548	研究论文	利用高质量的scRNA-seq数据，结合解剖学验证，对果蝇幼虫腹神经索（VNC）的细胞类型进行全面普查	首次在幼虫阶段定义了构成成虫VNC的神经谱系，并发现了一种在幼虫神经肌肉接头处基础神经传递和稳态中必需的谷氨酸受体亚基	NA	研究果蝇幼虫VNC的细胞类型及其在运动系统功能和发育中的作用	果蝇幼虫腹神经索（VNC）的细胞类型	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq, FACS	NA	单细胞RNA测序数据	果蝇幼虫VNC细胞
52	2025-05-22	Villus myofibroblasts are developmental and adult progenitors of mammalian gut lymphatic musculature 2024-05-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.005 PMID:38537630	研究论文	该研究揭示了小肠绒毛内平滑肌细胞的发育和维持机制，及其在脂肪吸收中的作用	通过单细胞RNA测序和定量谱系追踪，鉴定了小肠绒毛内平滑肌细胞的祖细胞层次结构，并发现NOTCH3-DLL4信号轴调控平滑肌纤维与乳糜管的组装	研究主要基于小鼠模型，人类肠道平滑肌的发育和维持机制可能有所不同	探究小肠绒毛平滑肌的形成、组装及维持机制	小鼠小肠绒毛内的平滑肌细胞及其祖细胞	发育生物学	消化系统疾病	单细胞RNA测序, 定量谱系追踪	NA	基因表达数据, 谱系追踪数据	NA
53	2025-05-22	Metaplastic regeneration in the mouse stomach requires a reactive oxygen species pathway 2024-05-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.002 PMID:38521055	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠胃部损伤后细胞再生的机制，揭示了活性氧（ROS）通路在胃部化生再生中的关键作用	首次详细描述了ROS和线粒体调控因子Ppargc1a（Pgc1α）及Nf2el2（Nrf2）在胃部化生再生过程中的作用机制，并发现这些机制同样适用于胰腺腺泡细胞的化生过程	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探究胃部损伤后细胞再生的分子机制	小鼠胃部细胞及胰腺腺泡细胞	细胞生物学	胃部疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
54	2025-05-21	Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes 2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.16.594572 PMID:38826410	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究神经元中基因表达和选择性剪接的多样性	利用CeNGEN联盟生成的深度细胞特异性转录组数据，揭示了泛神经元基因中的细胞特异性剪接变体，并开发了识别细胞特异性表达模式的算法	由于低捕获效率和灵敏度，单细胞RNA测序在分析选择性剪接方面存在挑战	研究神经元中基因表达和选择性剪接的多样性	神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	CeNGEN联盟生成的生物重复样本
55	2025-05-17	scRNA-seq reveals transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596468 PMID:38853846	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态	首次通过单细胞RNA测序揭示了宿主和寄生虫在感染过程中的转录变化，提供了寄生虫发育的蓝图	研究仅关注了人类巨噬细胞中的感染过程，未涉及其他可能的宿主细胞类型或器官系统	探究微孢子虫在人类巨噬细胞中的感染机制及其发育轨迹	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	基因组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及人类巨噬细胞和寄生虫的转录组分析
56	2025-05-17	Inferring B Cell Phylogenies from Paired H and L Chain BCR Sequences with Dowser 2024-May-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300851 PMID:38557795	研究论文	本研究探讨了如何利用配对的H和L链BCR序列推断B细胞系统发育树，并发现整合L链能显著提高树的准确性和可重复性	首次系统评估了配对H和L链序列在B细胞系统发育树构建中的作用，并提出使用最大似然法处理混合数据类型时的优化方案	当部分L链缺失时（如混合单细胞和批量测序数据），许多系统发育方法会估计出显著偏差的分支长度	优化B细胞系统发育树的构建方法	B细胞受体（BCR）的H和L链序列	生物信息学	NA	单细胞测序、批量测序	最大似然法	基因序列数据	NA
57	2025-05-17	Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning 2024-May-15, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.04.006 PMID:38754367	研究论文	介绍了一种名为Polaris的分析流程，用于基于图像的空间转录组学数据，结合深度学习模型和概率基因解码器来准确量化单细胞基因表达	提出了一种结合深度学习和概率基因解码器的统一解决方案，用于分析多种空间转录组学数据	NA	开发一种自动化的分析流程，用于准确量化单细胞基因表达	基于图像的空间转录组学数据	数字病理学	NA	MERFISH, seqFISH, ISS	深度学习模型	图像	NA
58	2025-05-17	Targeting SCD triggers lipotoxicity of cancer cells and enhances anti-tumor immunity in breast cancer brain metastasis mouse models 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592766 PMID:38766019	研究论文	本研究探讨了靶向SCD酶如何通过触发癌细胞脂毒性并增强抗肿瘤免疫力来治疗乳腺癌脑转移	首次揭示了SCD抑制剂在乳腺癌脑转移模型中通过重塑脂质组、增强抗肿瘤免疫反应及抑制免疫抑制途径的双重作用机制	研究仅限于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索SCD抑制剂作为乳腺癌脑转移治疗新策略的有效性	乳腺癌细胞及乳腺癌脑转移小鼠模型	肿瘤代谢与免疫治疗	乳腺癌脑转移	脂质组学分析、qPCR、Western blot、单细胞RNA测序	小鼠脑转移模型	分子生物学数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本量（基于小鼠模型研究）
59	2025-05-16	Type I interferons induce an epigenetically distinct memory B cell subset in chronic viral infection 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.016 PMID:38593796	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了慢性病毒感染中记忆B细胞的一个独特亚群，该亚群富含干扰素刺激基因，并探讨了干扰素受体阻断对记忆B细胞表观遗传和表型的影响	发现了慢性病毒感染中一个富含干扰素刺激基因的记忆B细胞新亚群，并证明早期干扰素受体阻断可以改变记忆B细胞的表观遗传特征和表型	研究显示感染4周后的记忆B细胞对干预措施具有抵抗性，暗示存在关键的时间窗口限制	探究慢性病毒感染如何影响记忆B细胞的发育及其可逆性	记忆B细胞在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染中的差异	免疫学	慢性病毒感染	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
60	2025-05-15	Identification of a myofibroblast differentiation program during neonatal lung development 2024-May-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202659 PMID:38602479	research paper	该研究通过使用Fgf18CreER谱系追踪小鼠、细胞分选、单细胞RNA测序和原代细胞培养，识别了新生儿肺中多种间充质细胞亚型，包括一种未成熟的前体细胞，该细胞可产生成熟的肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）	研究发现了MyoFB的分化程序，这一程序与其他间充质细胞类型不同，并增加了新生儿肺中间充质细胞类型的已知种类	NA	研究新生儿肺发育过程中肌成纤维细胞的分化程序	新生儿肺中的间充质细胞，特别是肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）和脂质丰富的细胞	发育生物学	NA	Fgf18CreER lineage trace, cell sorting, single-cell RNA sequencing, primary cell culture	NA	RNA测序数据	NA