单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-03	Role of macrophages in regression of myocardial fibrosis following alleviation of left ventricular pressure overload 2024-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00240.2023 PMID:38363214	research paper	该研究探讨了巨噬细胞在左心室压力超负荷缓解后心肌纤维化消退中的作用	首次揭示了巨噬细胞在压力超负荷缓解后对胶原降解和间质纤维化部分消退的潜在益处	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	确定心肌巨噬细胞表型在压力超负荷和缓解后的时间变化，以及巨噬细胞耗竭是否改变胶原降解	小鼠心肌巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫组织化学、流式细胞术、RT-PCR、免疫印迹、单细胞测序分析	小鼠横向主动脉缩窄(TAC)模型	基因表达数据、蛋白质数据	控制组(非TAC)、2周和4周TAC组、2周、4周和6周unTAC组小鼠
42	2025-05-03	Notch ligands are biomarkers of anti-TNF response in RA patients 2024-May, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-023-09897-2 PMID:37796367	research paper	研究Notch配体在类风湿性关节炎(RA)患者中对抗TNF治疗反应的生物标志物作用	发现RA中的Notch配体（如JAG1、DLL4）可作为抗TNF治疗反应的生物标志物，并揭示其在RA滑膜组织细胞中的表达调控机制	研究主要关注Notch配体在RA中的表达变化，未涉及其他潜在生物标志物或治疗靶点	探讨Notch通路在RA发病机制中的作用及其作为治疗反应标志物的潜力	类风湿性关节炎患者的滑膜组织细胞（包括巨噬细胞、成纤维样滑膜细胞和内皮细胞）	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、形态学研究	NA	转录组数据、形态学数据	未明确说明样本数量，但涉及RA患者的滑膜组织细胞
43	2025-05-03	SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025 PMID:38504518	research paper	该研究揭示了SOCS3通过调节小胶质细胞和巨噬细胞中SPP1的表达在病理性视网膜血管生成中的关键作用	首次发现SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的调控机制，并证明药物激活SOCS3或阻断SPP1可显著减少病理性新生血管形成	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究免疫系统与血管变化在眼部新生血管形成中的细胞和分子机制	小胶质细胞和巨噬细胞	分子生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序	血管生成小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（使用小鼠模型）
44	2025-05-03	Macrophages in necrotic liver lesion repair: opportunities for therapeutical applications 2024-05-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00053.2024 PMID:38618702	综述	本文讨论了肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其潜在的治疗应用	通过更特异的巨噬细胞标记物、靶向细胞耗竭和单细胞RNA测序，揭示了单核细胞来源巨噬细胞在肝脏损伤和修复中的不同功能亚群	未明确区分驻留巨噬细胞和浸润巨噬细胞的功能差异	探讨肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其治疗潜力	肝脏巨噬细胞（包括Kupffer细胞和单核细胞来源巨噬细胞）	肝脏病理学	急性肝衰竭和慢加急性肝衰竭	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
45	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Identifies Response of Renal Lymphatic Endothelial Cells to Acute Kidney Injury 2024-May-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000325 PMID:38506705	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究小鼠肾脏淋巴管内皮细胞在急性肾损伤中的反应	首次描述了肾脏淋巴管内皮细胞的异质性，并揭示了其在急性肾损伤中调节局部免疫反应的分子途径	研究仅基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索淋巴管内皮细胞在急性肾损伤中的免疫调节作用	小鼠肾脏淋巴管内皮细胞	生物医学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肾脏淋巴管内皮细胞样本
46	2025-05-03	Spatiotemporal Evolution of Developing Palate in Mice 2024-05, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241232317 PMID:38619065	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间增强分辨率组学测序技术，构建了小鼠腭部发育过程中的时空转录图谱，揭示了腭部细胞亚群的分布和功能	整合scRNA-seq和stereo-seq技术，首次在单细胞分辨率下解析了小鼠腭部发育的时空转录组特征，并鉴定了关键细胞亚群及其信号网络	研究仅针对C57BL/6J小鼠的特定胚胎阶段，人类腭部发育可能存在差异	探究腭部发育过程中的细胞群体组成及其功能机制	C57BL/6J小鼠胚胎12.5、14.5和16.5天的腭部组织	发育生物学	腭裂	scRNA-seq, stereo-seq, CellTrek	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	三个发育时间点(E12.5、E14.5、E16.5)的小鼠腭部样本
47	2025-05-03	Interleukin 21 Drives a Hypermetabolic State and CD4+ T-Cell-Associated Pathogenicity in Chronic Intestinal Inflammation 2024-05, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.01.026 PMID:38266738	research paper	该研究探讨了白细胞介素21（IL21）在调节性T细胞（Tregs）代谢状态中的作用及其在慢性肠道炎症中的致病机制	揭示了IL21通过影响线粒体-内质网接触及糖原合成酶激酶3β的功能，驱动Tregs进入高代谢状态并增强其炎症反应的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	阐明Tregs代谢重编程在肠道炎症中的分子机制	人类调节性T细胞和小鼠结肠炎模型	免疫学	炎症性肠病（克罗恩病）	电子显微镜、共聚焦成像、邻近连接实验、免疫印迹、质谱流式细胞术、荧光激活细胞分选、代谢组学、基因表达分析、Seahorse XF实时代谢分析仪、单细胞RNA测序	CD4+ T细胞诱导的小鼠结肠炎模型	分子生物学数据、细胞影像数据、基因表达数据	人类Tregs样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
48	2025-05-03	Group 1 ILCs: Heterogeneity, plasticity, and transcriptional regulation 2024-05, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13327 PMID:38563448	review	本文综述了小鼠第1组先天淋巴样细胞（ILCs）的基本特征，包括其发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控	利用单细胞RNA测序技术揭示了第1组ILCs的异质性，并通过命运图谱研究增进了对这些细胞发育和效应成熟程序的理解	主要关注小鼠模型，人类ILCs的相关研究可能有所不同	探讨第1组ILCs的发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控	小鼠第1组先天淋巴样细胞（ILC1s和NK细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），命运图谱研究	NA	基因表达数据	NA
49	2025-05-03	Envelope protein-specific B cell receptors direct lentiviral vector tropism in vivo 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.002 PMID:38449314	研究论文	研究通过系统性给药慢病毒载体后，脾脏B细胞被高效转导的现象，并发现不同假型包膜蛋白导致转导不同的B细胞亚群	揭示了不同假型包膜蛋白通过特异性B细胞受体(BCR)介导病毒进入，从而选择性转导特定B细胞亚群的新机制	NA	探索慢病毒载体系统性给药后转基因表达的生物分布机制	脾脏B细胞	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
50	2025-05-03	Unveiling cell subpopulations in T1D mouse islets using single-cell RNA sequencing 2024-May-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00323.2023 PMID:38506753	research paper	利用单细胞RNA测序技术揭示T1D小鼠胰岛中的细胞亚群	首次在T1D小鼠模型中通过scRNA-Seq技术鉴定了11种主要的胰岛细胞类型，并发现α和β细胞的异质性可能在T1D发展中起关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类T1D尚需验证	探究T1D小鼠胰岛细胞的异质性及其与疾病发展的关系	链脲佐菌素诱导的T1D小鼠模型	digital pathology	diabetes	scRNA-Seq, flow cytometry	NA	RNA sequencing data	T1D小鼠胰岛组织
51	2025-05-03	Nfe2l3 promotes neuroprotection and long-distance axon regeneration after injury in vivo 2024-May, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2024.114741 PMID:38395216	研究论文	本研究探讨了Nfe2l3在神经保护和长距离轴突再生中的作用，并揭示了其在治疗中枢神经系统损伤和疾病中的潜在应用	首次揭示了Nfe2l3在神经保护和轴突再生中的功能，并发现其与已知的神经保护和轴突再生机制相关	研究主要集中在小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究Nfe2l3在神经保护和轴突再生中的作用及其治疗潜力	小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）和皮质投射神经元	神经科学	中枢神经系统损伤和疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和病毒载体递送技术	NA	RNA-seq数据	小鼠的视网膜神经节细胞和皮质投射神经元
52	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.15.553436 PMID:37645713	research paper	该论文介绍了一种新的统计方法GBCD，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性，以识别与癌症进展相关的共享转录模式	提出了一种新的统计方法GBCD，能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性和与疾病亚型相关的共享组分	方法在存在强烈的肿瘤间异质性时表现更优，但在其他情况下可能效果有限	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的共享转录模式	胰腺癌腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq	GBCD	RNA测序数据	来自三项研究的数据
53	2025-04-26	Multimodal Learning for Mapping the Genotype-Phenotype Dynamics 2024-May-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4355413/v1 PMID:38798675	研究论文	本文提出了一种计算整合遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观	整合单细胞RNA测序和语言模型等先进学习方法，开发了一个多模态基础模型，探索人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系流形	NA	定量表征基因型与表型之间的复杂关系	人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	语言模型	转录组数据	NA
54	2025-04-23	Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-05-28, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c01401 PMID:38751164	research paper	该研究利用单细胞RNA测序技术探究了人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡对小鼠皮肤伤口微环境的影响	揭示了hucMSC-EVs诱导的造血成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞的出现，并发现了一条独特的PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制	小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞	单细胞测序	伤口愈合	scRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
55	2025-04-17	Stem-cell states converge in multistage cutaneous squamous cell carcinoma development 2024-05-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adi7453 PMID:38815020	research paper	研究通过基因表达网络、谱系追踪和单细胞RNA-seq技术，揭示了多阶段皮肤鳞状细胞癌发展中干细胞状态的趋同现象	发现了表达谱系可塑性和耐药性标志物的癌前肿瘤细胞状态的趋同，并揭示了两种细胞状态（多谱系可塑性与增殖）之间的互斥关系	研究主要基于小鼠组织样本，尚未在人类样本中验证	探索干细胞状态在皮肤鳞状细胞癌发展中的作用及其潜在治疗靶点	小鼠正常和肿瘤组织样本	癌症生物学	皮肤鳞状细胞癌	基因表达网络分析、谱系追踪、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	数百个小鼠组织样本（正常与肿瘤）
56	2025-04-17	Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics 2024-05-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adh2602 PMID:38781372	研究论文	通过单细胞基因组学揭示了自闭症谱系障碍(ASD)中的分子级联和细胞类型特异性特征	利用深度单核RNA测序(snRNA-seq)和单核转座酶可及染色质测序(snATAC-seq)及空间转录组学，鉴定了ASD中细胞类型特异性基因调控网络(GRNs)的失调	研究基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	理解自闭症谱系障碍的分子机制及其与遗传易感性的关系	自闭症个体的死后脑组织	基因组学	自闭症谱系障碍	snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞基因组数据	未明确提及样本数量
57	2025-04-17	A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers 2024-05-03, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj4857 PMID:38696569	研究论文	该研究通过单细胞转录组、B细胞受体库和染色质可及性数据，解码了20种不同癌症类型中肿瘤浸润B细胞的功能	揭示了B细胞的异质性，识别出15个亚群，并分为两条独立的发育路径（滤泡外与生发中心），发现滤泡外路径与较差的临床结果和免疫治疗抵抗相关	研究样本量相对有限（477个样本，269名患者），且未涵盖所有癌症类型	解码肿瘤浸润B细胞的功能，探索其在癌症中的作用	肿瘤浸润B细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞转录组测序、B细胞受体库分析、染色质可及性分析	NA	单细胞转录组数据、B细胞受体库数据、染色质可及性数据	477个样本，来自269名患者，涵盖20种癌症类型
58	2025-04-16	Transcript and protein signatures derived from shared molecular interactions across cancers are associated with mortality 2024-05-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05268-7 PMID:38734658	研究论文	通过分析多种实体癌中的共享细胞间相互作用，构建了一个共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与癌症死亡率相关的基因特征	首次构建了一个跨癌种的共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与死亡率相关的基因特征，揭示了基质癌相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的调控作用	研究仅基于五种癌症类型的数据，可能无法完全代表所有癌症类型	识别跨癌种的共享细胞间相互作用及其与癌症死亡率的关系	乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌和卵巢癌	肿瘤微环境	多种实体癌	单细胞RNA测序、NicheNet分析	共享多细胞肿瘤模型(shared-MCTM)	RNA测序数据、蛋白质组学数据	TCGA队列(9185个肿瘤样本和727个对照，22种癌症)和UK生物银行队列(10,384名癌症患者和5063名对照，17种癌症)
59	2025-04-16	Choline metabolism reprogramming mediates an immunosuppressive microenvironment in non-small cell lung cancer (NSCLC) by promoting tumor-associated macrophage functional polarization and endothelial cell proliferation 2024-05-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05242-3 PMID:38730286	研究论文	本研究探讨了胆碱代谢在非小细胞肺癌(NSCLC)免疫抑制微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	发现胆碱酯酶(ChE)作为NSCLC预后标志物，揭示了胆碱代谢相关基因特征与免疫抑制微环境的关联，并阐明了MTHFD1在巨噬细胞分化和内皮细胞增殖中的作用	研究样本量有限(277例)，且机制研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探究胆碱代谢在NSCLC免疫微环境中的作用及其对免疫治疗反应的影响	277例接受一线免疫治疗的晚期NSCLC患者	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，Cox回归分析，Kaplan-Meier生存分析	预后模型(nomogram)，风险特征模型	临床数据，基因表达数据	277例晚期NSCLC患者
60	2025-04-16	Integrative analyses of bulk and single-cell transcriptomics reveals the infiltration and crosstalk of cancer-associated fibroblasts as a novel predictor for prognosis and microenvironment remodeling in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-05-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05238-z PMID:38702814	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞转录组学数据，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的浸润和相互作用作为肝内胆管癌（ICC）预后和微环境重塑的新型预测因子	首次通过WGCNA和单细胞转录组学分析构建了CAFs浸润的生物标志物，并揭示了成纤维细胞与肿瘤细胞间的关键相互作用及其在免疫抑制微环境重塑中的作用	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量在某些队列中可能不足	探索肝内胆管癌微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性和相互作用，及其对预后和微环境重塑的影响	肝内胆管癌（ICC）患者样本	数字病理学	肝内胆管癌	WGCNA, 单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	TCGA-CHOL、GSE89748和107,943队列的样本