单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 558 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-11-02 |
Quantifying 3'UTR length from scRNA-seq data reveals changes independent of gene expression
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48254-9
PMID:38744866
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研究论文 | 本文开发了一种名为scUTRquant的计算流程，用于从单细胞RNA测序数据中快速、准确地同时量化基因和3'UTR异构体的表达 | 首次提出了从单细胞RNA测序数据中量化3'UTR长度的方法，并发现3'UTR长度的变化与基因表达变化广泛且协调，但影响不同的基因 | NA | 研究3'UTR长度在不同细胞类型中的变化及其对基因调控的影响 | 人类和小鼠的200多种初级细胞类型 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 474种细胞类型和2134种扰动 |
| 42 | 2024-10-30 |
EmptyDropsMultiome discriminates real cells from background in single-cell multiomics assays
2024-05-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03259-x
PMID:38741206
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研究论文 | 本文开发了一种名为EmptyDropsMultiome的方法，用于区分单细胞多组学测序中的真实细胞和背景 | EmptyDropsMultiome在统计能力和准确性上优于现有的方法，如CellRanger-arc和EmptyDrops | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞多组学测序中真实细胞的识别率 | 单细胞多组学测序中的真实细胞和背景 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq和scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 43 | 2024-10-30 |
Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins
2024-May-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13100793
PMID:38786017
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研究论文 | 本研究通过单细胞水平分析比较了人体外周动脉和静脉的细胞重塑潜力 | 首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了两者在重塑过程中的显著差异 | 研究样本仅来自30名器官捐赠者，可能存在样本量不足的问题 | 探讨动脉和静脉在重塑过程中的生物学差异，为抗狭窄疗法的开发提供依据 | 人体外周动脉和静脉的细胞组成和重塑潜力 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组学数据、流式细胞术数据、组织学数据 | 30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉 |
| 44 | 2024-10-27 |
Development of a CD163-Targeted PET Radiotracer That Images Resident Macrophages in Atherosclerosis
2024-May-01, Journal of nuclear medicine : official publication, Society of Nuclear Medicine
IF:9.1Q1
DOI:10.2967/jnumed.123.266910
PMID:38548349
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研究论文 | 开发了一种靶向CD163的PET放射性示踪剂，用于成像动脉粥样硬化中的常驻巨噬细胞 | 首次开发了一种靶向CD163的PET放射性示踪剂，用于非侵入性检测动脉粥样硬化中的常驻巨噬细胞 | 需要在转化研究中进一步验证[Cu]Cu-ICT-01的敏感性和特异性 | 开发一种靶向PET放射性示踪剂，用于成像动脉粥样硬化中的CD163阳性巨噬细胞，并评估CD163作为人类动脉粥样硬化生物标志物的潜力 | CD163阳性巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块 | NA | 心血管疾病 | PET成像 | NA | 图像 | 多个小鼠动脉粥样硬化模型和人类颈动脉粥样硬化斑块 |
| 45 | 2024-10-26 |
Integrated Single-cell Multiomic Analysis of HIV Latency Reversal Reveals Novel Regulators of Viral Reactivation
2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae003
PMID:38902848
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序技术，研究了HIV潜伏逆转的机制，并揭示了新的病毒再激活调控因子 | 本文首次整合了单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序技术，以同时分析潜伏感染的CD4+ T细胞的转录组和表观基因组特征，并利用机器学习模型预测病毒再激活 | 本文仅验证了两个候选HIV调控因子，未来需要进一步验证其他潜在的调控因子 | 研究HIV潜伏机制，揭示新的病毒再激活调控因子 | 潜伏感染的CD4+ T细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq） | 机器学习模型 | 转录组和表观基因组数据 | 约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞 |
| 46 | 2024-10-24 |
Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4
2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596719
PMID:38854109
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研究论文 | 研究了NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的下调机制 | 发现VGLL4和FAT3/4的上调是高级别NF2突变型脑膜瘤中YAP活性下调的潜在机制 | 研究主要基于体外实验和RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探讨NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的调控机制 | NF2突变型脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大量人类脑膜瘤样本 |
| 47 | 2024-10-24 |
scRNA-seq reveals transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages
2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596468
PMID:38853846
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研究论文 | 研究了Encephalitozoon intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的转录动态 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究宿主和寄生虫在感染期间的转录变化 | 研究样本量较小，可能无法全面代表所有感染情况 | 探讨微孢子虫在人类巨噬细胞中的感染响应和发育轨迹 | Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 少量感染巨噬细胞样本 |
| 48 | 2024-10-24 |
Discovery and characterization of dietary antigens in oral tolerance
2024-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.26.593976
PMID:38853977
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研究论文 | 本文研究了食物抗原通过肠道中的调节性T细胞（Tregs）引发免疫耐受的机制 | 首次鉴定了针对玉米、小麦和大豆的特异性T细胞受体，并使用表达克隆技术确定了其对应的表位 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 揭示食物抗原引发免疫耐受的机制及其相关表位 | 玉米、小麦和大豆的种子储存蛋白及其特异性T细胞 | 免疫学 | NA | 表达克隆技术，RNA测序 | NA | RNA | 多个无关的T细胞克隆 |
| 49 | 2024-10-24 |
Single-cell transcriptomics reveals stage- and side-specificity of gene modules in colorectal cancer
2024-May-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4402565/v1
PMID:38826219
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研究论文 | 本研究利用网络理论方法分析结直肠癌（CRC）的单细胞转录组数据，以更好地描述其进展和侧向性 | 本研究首次通过单细胞转录组数据分析，揭示了结直肠癌在不同阶段和侧向的基因模块特异性 | 本研究仅使用了单一数据集，未来需要更多数据集验证结果 | 旨在通过网络理论方法分析结直肠癌的单细胞转录组数据，以更好地理解其发展和进展机制 | 结直肠癌的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 基因表达数据 | 使用了GEO-GSE178341数据集中的细胞X基因数据 |
| 50 | 2024-10-24 |
Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach
2024-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.28.582604
PMID:38464095
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SciDAP的用户友好型平台，用于加速单细胞测序数据的分析 | SciDAP平台允许没有计算专业知识的生物学家使用Common Workflow Language (CWL)编写的便携式和可重复的管道来分析测序数据 | NA | 开发一种用户友好的平台，以简化单细胞测序数据的分析过程 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和单细胞多组学测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、单细胞多组学测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 51 | 2024-10-24 |
Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations
2024-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594981
PMID:38826475
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学数据分析多样性杂交小鼠的细胞类型特异性网络，识别可能与人类骨密度全基因组关联研究相关的基因 | 通过单细胞转录组学数据，将疾病相关变异与基因联系起来，并提供细胞类型背景，从而为骨密度全基因组关联研究提供新的功能性解释 | NA | 利用单细胞转录组学数据，为骨密度全基因组关联研究提供新的功能性解释和细胞类型背景 | 多样性杂交小鼠的骨髓间充质干细胞在成骨条件下的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 52 | 2024-10-24 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CoCo-ST的图对比特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集，以识别潜在的生物学模式 | 通过引入代表正常组织的背景数据集，增强了在目标数据集中识别有趣模式的能力，同时减少了背景和目标数据集中共享的常见模式的影响 | NA | 克服传统特征降维方法在空间转录组数据分析中可能忽略低变异模式的问题 | 小鼠肺部癌前组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比特征表示方法 | 空间转录组数据 | 小鼠肺部癌前组织样本 |
| 53 | 2024-10-24 |
Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes
2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.16.594572
PMID:38826410
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究神经系统中细胞特异性转录本的表达和剪接模式 | 开发了一种算法来识别细胞特异性表达模式，并发现细胞特异性剪接变体和潜在的RNA结合蛋白 | NA | 揭示神经系统中细胞特异性剪接变体的表达模式 | 神经系统中的单个神经元 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 由CeNGEN联盟生成的具有生物学重复的细胞特异性转录组数据 |
| 54 | 2024-10-24 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.14.594208
PMID:38798590
|
研究论文 | 介绍了一种从单细胞数据中推断祖先的工具scAI-SNP | 开发了一种新的工具scAI-SNP，能够直接从单细胞基因组数据中推断出供体的祖先信息 | 未提及 | 确保单细胞图谱能够代表人类遗传多样性，推断单细胞数据供体的祖先 | 单细胞基因组数据 | 基因组学 | NA | 单核苷酸多态性（SNP）分析 | NA | 基因组数据 | 450万个体，来自1000 Genomes Project数据集的3201个个体，涵盖26个种群 |
| 55 | 2024-10-24 |
Multimodal Learning for Mapping the Genotype-Phenotype Dynamics
2024-May-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4355413/v1
PMID:38798675
|
研究论文 | 本文提出了一种计算集成遗传学框架，用于分析和解释基因型和表型的高维景观 | 本文通过整合单细胞RNA测序和语言模型等高级学习方法，开发了一种多模态基础模型，用于探索基因型-表型关系的多维结构 | NA | 研究基因表达模式与复杂表型之间的关系 | 基因型和表型的动态相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 语言模型 | 基因表达数据 | NA |
| 56 | 2024-10-24 |
Identification and Pharmacological Targeting of Treatment-Resistant, Stem-like Breast Cancer Cells for Combination Therapy
2024-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.08.562798
PMID:38798673
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研究论文 | 本文研究了耐药性乳腺癌干细胞样细胞的鉴定及其在联合治疗中的药理学靶向 | 利用单细胞RNA测序和扰动分析，识别出调控耐药性乳腺癌干细胞样细胞转录状态的主调控蛋白，并验证了通过联合疗法靶向这些蛋白的可行性 | 研究仅限于七名转移性乳腺癌患者的数据，且验证实验主要在患者来源的异种移植模型中进行 | 开发针对耐药性乳腺癌干细胞样细胞的机制性联合疗法 | 耐药性乳腺癌干细胞样细胞及其主调控蛋白 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 七名转移性乳腺癌患者 |
| 57 | 2024-10-24 |
Tendon-associated gene expression precedes osteogenesis in mid-palatal suture establishment
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.11.590129
PMID:38798531
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研究论文 | 研究探讨了中腭缝形成过程中肌腱相关基因表达在骨生成前的关键作用 | 首次揭示了中腭缝形成过程中肌腱相关基因在时空调控信号环境中的重要作用，并发现了与颅缝形成相似的基因表达模式 | 研究主要集中在胚胎晚期到出生早期的时间点，未来需要进一步扩展到更长时间段的研究 | 探讨中腭缝形成机制及其与颅缝形成的共同生物学原理 | 中腭缝的形成过程及其相关基因表达 | NA | NA | 多模态转录组学 | NA | scRNA-seq | NA |
| 58 | 2024-10-24 |
Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration
2024-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588321
PMID:38645054
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研究论文 | 本文研究了中脑多巴胺神经元慢性过度激活导致的特异性退化 | 开发了一种化学遗传学（DREADD）小鼠模型来模拟慢性多巴胺神经元活动增加，并观察到中脑多巴胺神经元的特异性退化 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 探讨帕金森病中多巴胺神经元死亡的病理生理机制 | 中脑多巴胺神经元及其在帕金森病中的退化机制 | 神经科学 | 帕金森病 | 化学遗传学（DREADD）、电生理学、空间转录组学 | NA | 电生理数据、转录组数据 | 小鼠模型 |
| 59 | 2024-10-24 |
Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2024-May-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1
PMID:38798691
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研究论文 | 研究新辅助治疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境中补体表达的影响及其对免疫调节和生存的意义 | 首次探讨了新辅助治疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境中补体基因表达的调控作用，并发现补体表达与患者生存改善相关 | 样本量较小，且仅基于单核RNA测序数据进行验证 | 探讨新辅助治疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境和癌细胞的影响 | 胰腺导管腺癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学和单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 23名接受新辅助治疗的胰腺导管腺癌患者和13名未接受新辅助治疗的患者 |
| 60 | 2024-10-24 |
Endothelial deletion of p53 generates transitional endothelial cells and improves lung development during neonatal hyperoxia
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.07.593014
PMID:38766251
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研究论文 | 研究探讨了p53在新生儿高氧环境下对肺发育和内皮细胞类型的影响 | 首次揭示了p53在内皮细胞类型转换中的作用，并展示了内皮特异性p53缺失对高氧环境下血管和肺泡简化的改善效果 | NA | 探讨p53在新生儿高氧环境下对肺发育和内皮细胞类型的影响 | 内皮细胞、肺血管和肺泡 | NA | 肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |