单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-08-04	Genomic insights into the cellular specialization of predation in raptorial protists 2024-May-07, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01904-2 PMID:38715037	研究论文	本研究探讨了捕食原生动物的细胞特化的基因组机制	首次揭示了Haptoria纤毛虫在毒素生成和释放中的基因重复与表达特征	对毒素形成和释放的遗传过程的理解仍然有限	研究Haptoria纤毛虫的捕食策略及其细胞结构	七个Haptoria纤毛虫物种	数字病理学	NA	单细胞测序技术	NA	基因组数据	七个Haptoria纤毛虫物种
482	2024-08-05	Single-cell senescence identification reveals senescence heterogeneity, trajectory, and modulators 2024-May-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2024.03.009 PMID:38604170	研究论文	本文介绍了一种机器学习程序SenCID，用于准确识别衰老细胞	SenCID能够识别不同的衰老身份，并重建衰老轨迹，揭示了衰老调节因子的层级结构	未提及具体的限制	研究细胞衰老及其异质性	602个样本来自52个衰老转录组数据集	机器学习	衰老相关疾病	转录组测序	机器学习模型	文本数据	602个样本，涉及30种细胞类型
483	2024-08-04	Catalytic Nanodots-Driven Pyroptosis Suppression in Nucleus Pulposus for Antioxidant Intervention of Intervertebral Disc Degeneration 2024-May, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202313248 PMID:38299823	研究论文	本研究开发了碳化锰纳米点（MCDs）作为抗氧化剂，以抑制髓核细胞的焦亡，从而有效缓解椎间盘退变。	该研究首次使用碳化锰纳米点作为ROS清除催化生物材料，展示了其在抑制焦亡和缓解椎间盘退变中的优越效果。	该研究的局限性可能包括小鼠模型的适用性和长期效果需进一步验证。	研究的目的是开发一种新的抗氧化干预措施，以抑制椎间盘退变中的焦亡。	研究对象为椎间盘退变相关的髓核细胞。	数字病理	椎间盘退变	催化干预	小鼠模型	生物材料和生物化学数据	使用了多种小鼠样本进行体内评估
484	2024-08-05	Identification of a novel ADCC-related gene signature for predicting the prognosis and therapy response in lung adenocarcinoma 2024-May, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01871-y PMID:38507067	研究论文	该研究识别了一种新的ADCC相关基因特征，预测肺腺癌的预后和治疗反应	首次系统编制ADCC相关基因创建预后标志，并展示了其在多组患者中的有效性	可能未对所有潜在的ADCC相关基因进行全面考察，且外部验证需要进一步研究	旨在通过ADCC相关基因特征提高肺腺癌患者的预后预测和治疗反应评估	包括1564例肺腺癌患者以及其他多种癌症类型的总共5000多名患者	数字病理学	肺癌	机器学习	集成机器学习方法	基因组数据、单细胞数据	1564名肺腺癌患者，2057名非小细胞肺癌患者，以及5000多名其他癌症患者
485	2024-08-05	The Mas-related G protein-coupled receptor d (Mrgprd) mediates pain hypersensitivity in painful diabetic neuropathy 2024-May-01, Pain IF:5.9Q1 DOI:10.1097/j.pain.0000000000003120 PMID:38147415	研究论文	该研究探讨了Mrgprd在糖尿病性神经病痛中的作用。	首次揭示了Mrgprd在高脂饮食小鼠模型中的表达增加及其与神经痛相关的机制。	研究主要集中在动物模型上，尚未在人类糖尿病性神经病痛患者中验证。	阐明糖尿病性神经病痛中DRG神经元的超兴奋性分子机制。	高脂饮食小鼠模型中的DRG神经元。	数字病理	糖尿病性神经病痛	单细胞RNA测序和体内钙成像。	NA	RNA数据和钙成像数据。	研究涉及高脂饮食小鼠模型的多个神经元亚群体。
486	2024-08-05	Identification and validation of a signature based on myofibroblastic cancer-associated fibroblast marker genes for predicting prognosis, immune infiltration, and therapeutic response in bladder cancer 2024-May, Investigative and clinical urology IF:2.5Q2 DOI:10.4111/icu.20230300 PMID:38714517	研究论文	本研究探讨了用于预测膀胱癌预后、免疫浸润和治疗反应的肌成纤维癌相关成纤维细胞标记基因的特征。	本研究构建了一个基于两个基因(COL6A1和MAP1B)的风险特征，为膀胱癌患者提供了新的治疗靶点。	本研究在样本选择和数据分析上可能存在一定的局限性，未详细讨论如何克服这些局限。	研究目的在于探索膀胱癌患者临床诊断和治疗中的myCAF标记基因生物标志物。	研究对象为膀胱癌患者的单细胞RNA测序数据和临床数据。	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因组学	Cox回归, LASSO回归	转录组数据	NA
487	2024-08-05	Shared and Compartment-Specific Processes in Nucleus Pulposus and Annulus Fibrosus During Intervertebral Disc Degeneration 2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202309032 PMID:38403470	研究论文	本研究揭示了在椎间盘退化过程中，细胞群体的共享与特定过程。	该论文首次识别了退化中椎间盘各特定细胞群体的机制与分子，提供了更精确的IDD预防和治疗靶点。	具体样本来源及数量在研究中没有详细阐述。	研究椎间盘退化中细胞群体如何促使发病与进展。	对人类健康与病变椎间盘的环状纤维与髓核进行单细胞RNA测序分析。	数字病理学	椎间盘退化	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	细胞数据	共计70,000多个细胞样本，其中AF为26,983和19,978个细胞，NP为24,489和20,884个细胞
488	2024-08-05	Metaplastic regeneration in the mouse stomach requires a reactive oxygen species pathway 2024-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.002 PMID:38521055	研究论文	本文研究了小鼠胃中的再生转化过程，强调了反应性氧种的重要性	通过单细胞RNA测序分析了损伤后小鼠胃中paligenosis机制的高分辨率过程	研究主要集中在小鼠模型中的机制，未在其他动物或人类样本中验证	探讨反应性氧种在小鼠胃黏膜再生过程中的作用	小鼠胃中的成熟胃主细胞和非典型再生细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
489	2024-08-04	Airway injury induces alveolar epithelial and mesenchymal responses mediated by macrophages 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.02.587596 PMID:38617297	研究论文	急性气道损伤激活局部前体细胞并刺激细胞间相互作用的变化以恢复稳态	本研究揭示了气道损伤对远端肺部反应的影响，特别是通过巨噬细胞介导的AT2前体细胞的增殖以及MANC2细胞的动态变化	未涉及更广泛的临床应用和长期效应的探讨	研究气道急性损伤后的肺组织反应及其细胞间相互作用变化	小鼠模型，重点关注气道特异性上皮损伤后的肺泡和免疫反应	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	小鼠模型
490	2024-08-04	Nitrogen sensing and regulatory networks: it's about time and space 2024-May-01, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koae038 PMID:38366121	综述	本文探讨了植物对氮信号的感知与调控网络的时间和空间维度	揭示了氮感知/信号传导的时空系统生物学新方面，特别是在拟南芥模型中的应用	主要集中在拟南芥模型上，可能限制结果的普遍适用性	研究植物如何在不同细胞类型及长距离上整合氮的响应以确保实时协调	主要研究对象为植物，尤其是拟南芥中的氮感知和信号传导机制	植物生物学	NA	单细胞测序、轨迹推断、伪时间分析、机器学习	NA	基因表达数据	NA
491	2024-08-04	Integrative analyses of bulk and single-cell transcriptomics reveals the infiltration and crosstalk of cancer-associated fibroblasts as a novel predictor for prognosis and microenvironment remodeling in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-May-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05238-z PMID:38702814	研究论文	本文揭示了癌症相关成纤维细胞在肝内胆管癌中的浸润和相互作用及其作为预后和微环境重塑的新预测因子的作用	本研究首次通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别和构建了癌症相关成纤维细胞的浸润生物标志物，并揭示了成纤维细胞与肿瘤细胞之间相互作用的关键角色	研究可能存在样本量限制和潜在的模型过拟合问题	研究肝内胆管癌中成纤维细胞与肿瘤微环境及其对预后的影响	研究对象为肝内胆管癌中的癌症相关成纤维细胞及其与肿瘤细胞的相互作用	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞转录组分析	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	转录组数据	使用了TCGA-CHOL、GSE89748和107,943 等多个队列的样本
492	2024-08-05	Single-Cell Analysis Identifies NOTCH3-Mediated Interactions between Stromal Cells That Promote Microenvironment Remodeling and Invasion in Lung Adenocarcinoma 2024-May-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1183 PMID:38335304	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了NOTCH3介导的间质细胞间相互作用在肺腺癌中的作用	首次揭示了NOTCH信号在肿瘤微环境重塑和细胞侵袭中的作用	尚未明确NOTCH3信号靶向治疗的临床应用前景	深入理解肺腺癌中的间质生物学	9名未接受治疗的肺腺癌患者的256,379个细胞	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	来自9名患者的256,379个细胞，包括13,857个间充质细胞
493	2024-08-05	919 granules improve postpartum depression through the regulation of abnormal peripheral blood IL-1β 2024-May, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2024.116623 PMID:38643545	研究论文	该文探讨919颗粒通过调节异常外周血IL-1β来改善产后抑郁症	首次揭示了产后抑郁症患者外周血cDC2和增殖B细胞的比例升高与IL-1β的显著相关性	研究中未提及样本的多样性和长期疗效验证	研究产后抑郁症的发病机制及919颗粒的治疗效果	健康产后女性和产后抑郁症患者的外周血样本	数字病理	产后抑郁症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	动物模型	外周血样本	健康产后女性与产后抑郁症患者的外周血样本
494	2024-08-04	Identification of sepsis-associated mitochondrial genes through RNA and single-cell sequencing approaches 2024-May-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01891-x PMID:38702721	研究论文	本研究通过RNA和单细胞测序方法鉴定与脓毒症相关的线粒体基因	发现了两个与脓毒症预后密切相关的线粒体基因COX7B和NDUFA4	样本量较小，仅包含20名脓毒症患者和10名健康志愿者作为对照	识别与脓毒症相关的线粒体生物标志物，以提高脓毒症诊断和预后的准确性	20名脓毒症患者的外周血样本及10名健康志愿者的血样作为对照	数字病理学	脓毒症	RNA-seq和单细胞测序	NA	基因表达数据	20名脓毒症患者和10名健康志愿者
495	2024-08-04	Machine learning and deep learning to identifying subarachnoid haemorrhage macrophage-associated biomarkers by bulk and single-cell sequencing 2024-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18296 PMID:38702954	研究论文	本研究调查了蛛网膜下腔出血（SAH）巨噬细胞亚群，并识别了改善诊断和治疗策略的关键基因	本研究通过单细胞转录组测序和整体RNA测序，确定了独特的SAH巨噬细胞亚群以及160个关键相关基因	需要进一步实验和临床调查来验证这些发现并探索这些靶点在SAH治疗中的临床意义	研究SAH巨噬细胞亚群体特征及其相关关键基因	SAH大鼠模型及其脑组织样本	数字病理	蛛网膜下腔出血	单细胞转录组测序和RNA-seq	卷积神经网络	基因数据	SAH大鼠模型脑组织样本
496	2024-08-04	Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate the crosstalk between cancer-associated fibroblasts and cancer cells in hepatocellular carcinoma with spleen-deficiency syndrome 2024-May, Journal of traditional and complementary medicine IF:3.3Q1 DOI:10.1016/j.jtcme.2023.11.008 PMID:38707923	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）合并脾虚综合征（SDS）中癌症相关成纤维细胞（CAFs）与癌细胞之间的相互作用	揭示了CAFs与癌细胞之间的交互在SDS中促进肿瘤发展，并确认了PDGF信号通路在此过程中的重要作用	本研究主要基于小鼠模型，临床应用和人类数据的验证需进一步研究	研究脾虚综合征下肝细胞癌中细胞间的相互作用	主要研究对象为肝细胞癌细胞及其相关的癌症相关成纤维细胞	数字病理	肝癌	单细胞转录组学与空间转录组学	NA	基因组数据	建立了以HCC-SDS小鼠为模型共29个细胞簇
497	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals 2D cytokine assay can model atopic dermatitis more accurately than immune-competent 3D setup 2024-May, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15077 PMID:38711200	研究论文	本研究探讨了不同体外模型对特应性皮炎（AD）模拟的准确性。	首次使用单细胞RNA测序数据比较了2D和3D细胞培养在模拟AD方面的效果。	未能研究Th2细胞对模型AD的影响，且仅基于特定细胞类型的研究，结果可能有限。	理解特应性皮炎的病理生理，并识别新的治疗方法。	使用原代成纤维细胞和角质形成细胞进行的体外模型实验。	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	2D/3D细胞培养	基因表达数据	使用来自临床研究的皮肤活检的单细胞RNA测序数据和健康与AD供体的已发布数据
498	2024-08-05	Deciphering Müller cell heterogeneity signatures in diabetic retinopathy across species: an integrative single-cell analysis 2024-May-03, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01847-y PMID:38698486	研究论文	本研究通过单细胞分析阐明了糖尿病视网膜病变中穆勒细胞的复杂特征	首次揭示了不同物种中穆勒细胞的异质性及其在糖尿病视网膜病变中的作用	未明确提到该研究的局限性	深入理解糖尿病视网膜病变中穆勒细胞的细胞机制	糖尿病视网膜病变中的穆勒细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用了斯普拉吉-道利大鼠模型和人类患者的样本
499	2024-08-04	A cuproptosis-related signature predicts prognosis and indicates cross-talk with immunocyte in ovarian cancer 2024-May-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-00981-7 PMID:38696071	研究论文	本文构建了一个新的与铜死亡相关的基因特征，具有良好的预后能力，以评估卵巢癌患者的结果	建立了与铜死亡相关的预后模型，并发现了其与免疫细胞的交互作用和化疗反应的关系	本研究主要依赖于TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏差问题	研究铜死亡与卵巢癌进展之间的关系	卵巢癌患者的基因组数据和细胞实验	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	LASSO-Cox回归模型	基因组数据	TCGA中583名卵巢癌患者和GEO中260名卵巢癌患者
500	2024-08-05	Development of an Automated Morphometric Approach to Assess Vascular Outcomes following Exposure to Environmental Chemicals in Zebrafish 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13214 PMID:38701112	研究论文	本文开发了一种自动化形态度量方法来评估环境化学物质对血管的影响	提出了一个基于深度学习的定量框架ECA-ResXUnet，用于自动分割血管网和提取特征	对环境化学物质对血管的影响研究还不够全面	研究环境化学物质对血管形态的影响并开发评估方法	Tg(fli1a:eGFP)斑马鱼胚胎作为实验对象	数字病理学	NA	高含量成像平台和单细胞RNA测序	ECA-ResXUnet	图像	对150种环境化学物质处理的斑马鱼幼体进行了评估