单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-08-04	Identification of sepsis-associated mitochondrial genes through RNA and single-cell sequencing approaches 2024-May-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01891-x PMID:38702721	研究论文	本研究通过RNA和单细胞测序方法鉴定与脓毒症相关的线粒体基因	发现了两个与脓毒症预后密切相关的线粒体基因COX7B和NDUFA4	样本量较小，仅包含20名脓毒症患者和10名健康志愿者作为对照	识别与脓毒症相关的线粒体生物标志物，以提高脓毒症诊断和预后的准确性	20名脓毒症患者的外周血样本及10名健康志愿者的血样作为对照	数字病理学	脓毒症	RNA-seq和单细胞测序	NA	基因表达数据	20名脓毒症患者和10名健康志愿者
482	2024-08-04	Machine learning and deep learning to identifying subarachnoid haemorrhage macrophage-associated biomarkers by bulk and single-cell sequencing 2024-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18296 PMID:38702954	研究论文	本研究调查了蛛网膜下腔出血（SAH）巨噬细胞亚群，并识别了改善诊断和治疗策略的关键基因	本研究通过单细胞转录组测序和整体RNA测序，确定了独特的SAH巨噬细胞亚群以及160个关键相关基因	需要进一步实验和临床调查来验证这些发现并探索这些靶点在SAH治疗中的临床意义	研究SAH巨噬细胞亚群体特征及其相关关键基因	SAH大鼠模型及其脑组织样本	数字病理	蛛网膜下腔出血	单细胞转录组测序和RNA-seq	卷积神经网络	基因数据	SAH大鼠模型脑组织样本
483	2024-08-04	Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate the crosstalk between cancer-associated fibroblasts and cancer cells in hepatocellular carcinoma with spleen-deficiency syndrome 2024-May, Journal of traditional and complementary medicine IF:3.3Q1 DOI:10.1016/j.jtcme.2023.11.008 PMID:38707923	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）合并脾虚综合征（SDS）中癌症相关成纤维细胞（CAFs）与癌细胞之间的相互作用	揭示了CAFs与癌细胞之间的交互在SDS中促进肿瘤发展，并确认了PDGF信号通路在此过程中的重要作用	本研究主要基于小鼠模型，临床应用和人类数据的验证需进一步研究	研究脾虚综合征下肝细胞癌中细胞间的相互作用	主要研究对象为肝细胞癌细胞及其相关的癌症相关成纤维细胞	数字病理	肝癌	单细胞转录组学与空间转录组学	NA	基因组数据	建立了以HCC-SDS小鼠为模型共29个细胞簇
484	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals 2D cytokine assay can model atopic dermatitis more accurately than immune-competent 3D setup 2024-May, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15077 PMID:38711200	研究论文	本研究探讨了不同体外模型对特应性皮炎（AD）模拟的准确性。	首次使用单细胞RNA测序数据比较了2D和3D细胞培养在模拟AD方面的效果。	未能研究Th2细胞对模型AD的影响，且仅基于特定细胞类型的研究，结果可能有限。	理解特应性皮炎的病理生理，并识别新的治疗方法。	使用原代成纤维细胞和角质形成细胞进行的体外模型实验。	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	2D/3D细胞培养	基因表达数据	使用来自临床研究的皮肤活检的单细胞RNA测序数据和健康与AD供体的已发布数据
485	2024-08-05	Deciphering Müller cell heterogeneity signatures in diabetic retinopathy across species: an integrative single-cell analysis 2024-May-03, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01847-y PMID:38698486	研究论文	本研究通过单细胞分析阐明了糖尿病视网膜病变中穆勒细胞的复杂特征	首次揭示了不同物种中穆勒细胞的异质性及其在糖尿病视网膜病变中的作用	未明确提到该研究的局限性	深入理解糖尿病视网膜病变中穆勒细胞的细胞机制	糖尿病视网膜病变中的穆勒细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用了斯普拉吉-道利大鼠模型和人类患者的样本
486	2024-08-04	A cuproptosis-related signature predicts prognosis and indicates cross-talk with immunocyte in ovarian cancer 2024-May-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-00981-7 PMID:38696071	研究论文	本文构建了一个新的与铜死亡相关的基因特征，具有良好的预后能力，以评估卵巢癌患者的结果	建立了与铜死亡相关的预后模型，并发现了其与免疫细胞的交互作用和化疗反应的关系	本研究主要依赖于TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏差问题	研究铜死亡与卵巢癌进展之间的关系	卵巢癌患者的基因组数据和细胞实验	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	LASSO-Cox回归模型	基因组数据	TCGA中583名卵巢癌患者和GEO中260名卵巢癌患者
487	2024-08-05	Development of an Automated Morphometric Approach to Assess Vascular Outcomes following Exposure to Environmental Chemicals in Zebrafish 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13214 PMID:38701112	研究论文	本文开发了一种自动化形态度量方法来评估环境化学物质对血管的影响	提出了一个基于深度学习的定量框架ECA-ResXUnet，用于自动分割血管网和提取特征	对环境化学物质对血管的影响研究还不够全面	研究环境化学物质对血管形态的影响并开发评估方法	Tg(fli1a:eGFP)斑马鱼胚胎作为实验对象	数字病理学	NA	高含量成像平台和单细胞RNA测序	ECA-ResXUnet	图像	对150种环境化学物质处理的斑马鱼幼体进行了评估
488	2024-08-05	Modeling acute myocardial infarction and cardiac fibrosis using human induced pluripotent stem cell-derived multi-cellular heart organoids 2024-May-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06703-9 PMID:38693114	研究论文	本研究利用人诱导多能干细胞衍生的多细胞心脏类器官建模急性心肌梗死和心脏纤维化	该研究通过生成自组织的心脏类器官，首次将心肌细胞、成纤维细胞和内皮细胞的多细胞组成结合在一起，从而模仿人心脏的细胞组成	该研究可能在细胞模型的完全功能性和长期稳定性方面存在限制	研究旨在创建与临床相关的心脏疾病体外模型，以促进心脏疾病的研究和药物筛选	研究对象为使用人诱导多能干细胞生成的心脏类器官	数字病理学	心脏病	单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、q-PCR	多细胞模型	细胞和组织样本	NA
489	2024-08-05	Pan-cancer analysis of prognostic and immunological role of IL4I1 in human tumors: a bulk omics research and single cell sequencing validation 2024-May-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01000-5 PMID:38691253	研究论文	本研究探讨了IL4I1在多种肿瘤中的预后和免疫学角色	IL4I1被发现与癌症的预后和免疫细胞浸润密切相关，且可能作为新的治疗靶点	研究主要依赖于现有数据库，可能存在数据偏差	探索IL4I1在肿瘤中的表达及其与预后和免疫的关系	IL4I1在多种人类肿瘤中的表达和作用	数字病理学	肿瘤相关疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多种肿瘤样本
490	2024-08-04	Exhaled volatolomics profiling facilitates personalized screening for gastric cancer 2024-May-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216881 PMID:38614384	研究论文	本研究建立了一种非侵入性方法，通过呼气挥发物组学和集成学习来检测胃癌	该研究开发了一种基于质谱的程序，筛选出用于区分胃癌与对照组的 biomarkers 面板，并表现出高准确性	未提及具体的局限性	旨在开发一种有效的非侵入性筛查工具用于胃癌的早期检测	研究对象为314个呼吸样本	数字病理学	胃癌	质谱	集成学习	呼吸样本	314个呼吸样本
491	2024-08-04	BMP signaling maintains auricular chondrocyte identity and prevents microtia development by inhibiting protein kinase A 2024-May-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91883 PMID:38690987	研究论文	本文研究BMP信号在维持耳廓软骨细胞身份及防止微小耳畸形发展中的作用	发现BMP-Smad1/5/9信号激活与耳廓软骨细胞再生活性降低相关，提供了微小耳发病机理的新见解	目前对于微小耳发病机制的理解仍不完全，研究可能未能涵盖所有相关基因和路径	探讨BMP信号如何维持耳廓软骨细胞身份以及防止微小耳的发病	研究对象为成人小鼠耳廓软骨细胞以及人类微小耳样本	数字病理学	微小耳畸形	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成人小鼠耳廓软骨细胞和人类微小耳样本
492	2024-08-05	Acute Lymphoblastic Leukemia with Myeloid Mutations Is a High-Risk Disease Associated with Clonal Hematopoiesis 2024-May-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0106 PMID:38150184	研究论文	本研究探讨了急性淋巴细胞白血病（ALL）中与骨髓突变相关的克隆性造血的影响	该研究首次揭示了急性淋巴细胞白血病中骨髓突变的存在及其对预后的影响	本研究的样本量可能不足以全面反映该疾病的所有临床特征	研究急性淋巴细胞白血病中骨髓突变的作用及其病理机制	成年人急性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	急性淋巴细胞白血病	单细胞蛋白基因组分析，单细胞RNA测序	NA	基因组数据	研究涉及的成年ALL案例中，包括TP53突变和骨髓克隆突变的患者
493	2024-08-05	Galectin-3 inhibition ameliorates alveolar epithelial cell pyroptosis in phosgene-induced acute lung injury 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111965 PMID:38583242	研究论文	本研究探讨了Galectin-3抑制对磷酸酯引发的急性肺损伤中的肺泡上皮细胞焦亡的改善作用	首次提出Galectin-3通过抑制Gal3/caspase-8/GSDMD信号通路来改善肺泡上皮细胞焦亡的机制	该研究主要在小鼠模型中进行，临床应用的转化需要进一步验证	探究Galectin-3在磷酸酯引发的急性肺损伤中的作用及其机制	磷酸酯引发的急性肺损伤模型中的肺泡上皮细胞和肺泡巨噬细胞	数字病理学	急性肺损伤	scRNA-seq	NA	细胞	小鼠模型，未具体说明样本数量
494	2024-08-05	Establishment and validation of a tumor-infiltrating γδT cell related prognostic gene signature in head and neck squamous cell carcinoma 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112054 PMID:38608477	研究论文	本文建立并验证了与肿瘤浸润γδT细胞相关的预后基因特征在头颈部鳞状细胞癌中的应用	首次提出γδT细胞基因特征作为头颈部鳞状细胞癌患者的独立预后指标	本研究仅使用了TCGA HNSCC数据库及100个肿瘤样本，样本数量可能限制了结果的广泛适用性	评估γδT细胞在头颈部鳞状细胞癌中的浸润及其与临床病理因素的关联	头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本和相应的基因特征	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq	Cox回归模型	基因组数据	100个头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本
495	2024-08-05	CXCR6 defines therapeutic subtypes of CD4+ cytotoxic T cell lineage for adoptive cell transfer therapy in pediatric B cell acute lymphoblastic leukemia 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111972 PMID:38569429	研究论文	本研究探讨CXCR6作为新生儿B细胞急性淋巴细胞白血病中细胞毒性CD4 T细胞的治疗亚型的作用	提出CXCR6可以作为小儿B-ALL患者骨髓中细胞毒性CD4 Trm细胞的标志	需要更多的临床数据验证CXCR6在其他患者群体中的作用	研究CXCR6在小儿B细胞急性淋巴细胞白血病患者中细胞毒性CD4 T细胞的影响	小儿B细胞急性淋巴细胞白血病患者及健康供体的骨髓和外周血样本	数字病理学	B细胞急性淋巴细胞白血病	流式细胞术 (FCM), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	集成机器学习算法	血液样本	包括小儿B-ALL患者和健康供体的样本，具体数量未说明
496	2024-08-05	The skin circadian clock gene F3 as a potential marker for psoriasis severity and its bidirectional relationship with IL-17 signaling in keratinocytes 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111993 PMID:38565044	研究论文	本研究探讨了皮肤生物钟基因F3与牛皮癣严重程度及其与IL-17信号传导之间的双向关系	揭示了皮肤生物钟基因F3与IL-17信号通路之间的双向联系，指出F3可能通过激活JAK-STAT信号在角质形成细胞中引发异常细胞内炎症	关于F3和IL-17信号通路关系的机制需要进一步研究	研究皮肤生物钟基因F3与牛皮癣病理机制之间的关系	牛皮癣病灶与健康对照组	数字病理	牛皮癣	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	生物信息学数据	GSE121212的牛皮癣病灶和健康对照样本，以及多个数据集进行验证
497	2024-08-05	Living in Syn: T Cell Antigen Identification Based on Synapse Sequencing 2024-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0239 PMID:38557780	研究论文	本文介绍了一种基于突触测序的T细胞抗原识别新平台Tsyn-seq	提出了一种新的抗原发现平台Tsyn-seq，利用TCR-肽-HLA诱导的突触进行全基因组表位筛选	文章没有提及具体的局限性	研究T细胞抗原的识别机制	聚焦于通过突触测序识别T细胞表位	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
498	2024-08-04	TENET: Triple-enhancement based graph neural network for cell-cell interaction network reconstruction from spatial transcriptomics 2024-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2024.168543 PMID:38508302	研究论文	本文提出了一种新的图神经网络方法TENET，用于从空间转录组数据重构细胞-细胞相互作用网络	TENET采用三重增强机制来改善细胞-细胞相互作用网络的重构精度，尤其在稀疏连接和噪声数据的情况下表现出色	可能在特定类型的噪声数据或极端稀疏的连接情况下依然存在准确性挑战	旨在提升细胞-细胞相互作用网络的重构准确性	重构细胞-细胞相互作用网络	数字病理学	NA	空间转录组学	图神经网络	真实和合成空间转录组数据	NA
499	2024-08-05	High-Frequency Spinal Stimulation Suppresses Microglial Kaiso-P2X7 Receptor Axis-Induced Inflammation to Alleviate Neuropathic Pain in Rats 2024-May, Annals of neurology IF:8.1Q1 DOI:10.1002/ana.26898 PMID:38450773	研究论文	本研究探讨了高频脊髓刺激对神经病理性疼痛的减轻效果及其机制	揭示了HF10 SCS通过抑制小胶质细胞的Kaiso-P2X7受体病理轴来减少免疫反应，从而提供持久的疼痛缓解	仅在动物模型中进行试验，尚需在人类临床研究中验证结果	探讨10kHz HF SCS在疼痛缓解中的作用机制	以神经病理性疼痛大鼠模型为研究对象	数字病理学	神经病理性疼痛	RNA测序	NA	生物样本	使用大鼠模型进行测试，具体样本数量未提及
500	2024-08-05	Single-cell transcriptomic landscape of peripheral blood cells provides insights into adaptation of red-eared sliders (Trachemys scripta elegans) 2024-May, Integrative zoology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/1749-4877.12725 PMID:37226359	研究论文	本研究描绘了红耳龟外周血细胞的单细胞转录组图谱，探讨了其环境适应机制	首次使用单细胞RNA测序技术对红耳龟外周血细胞进行转录组分析，发现新的免疫信号类型	目前的研究主要集中在外周血细胞的转录组分析，未深入探讨其功能和机制	研究红耳龟在环境压力下的适应机制，主要通过血液学角度进行探索	红耳龟外周血细胞的多种细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA