单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-08-04	Neuroinflammation generated by HIV-infected microglia promotes dysfunction and death of neurons in human brain organoids 2024-May, PNAS nexus IF:2.2Q1 DOI:10.1093/pnasnexus/pgae179 PMID:38737767	研究论文	本文研究了HIV感染的微胶质细胞如何促进神经元功能障碍和死亡的机制	提出HIV感染导致微胶质细胞产生的炎症反应可扩展到多个未感染的旁观者细胞，最终影响神经元功能	本研究主要依赖于体外模型，尚需在更复杂的生物系统中验证结果	探讨HIV感染微胶质细胞后，神经炎症与神经元功能障碍之间的关联	使用人类诱导多能干细胞来源的脑类器官模型进行研究	数字病理学	HIV相关神经认知障碍	单细胞RNA测序	脑类器官模型	基因表达数据	使用了两种不同的脑类器官模型（大脑和脉络丛类器官）
462	2024-08-05	Characterization of Th17 tissue-resident memory cells in non-inflamed intestinal tissue of Crohn's disease patients 2024-May, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103206 PMID:38554656	研究论文	本文研究了克罗恩病患者小肠中Th17组织驻留记忆细胞的特征及其与免疫细胞的相互作用	首次详细描述了克罗恩病小肠中Th17 Trm细胞的转录组特征及其功能特性	样本量相对较小，仅包括七名克罗恩病患者和四名对照患者	探索克罗恩病患者的小肠中Th17 Trm细胞的特征及其在疾病中的作用	七名克罗恩病患者及四名溃疡性结肠炎患者作为对照	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序和配对T细胞受体测序	NA	组织样本	七名克罗恩病患者和四名溃疡性结肠炎患者的组织样本
463	2024-08-04	Integrating spatial and single-cell transcriptomics reveals tumor heterogeneity and intercellular networks in colorectal cancer 2024-May-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06598-6 PMID:38729966	研究论文	本研究整合了空间转录组学和单细胞 RNA 测序，以揭示结直肠癌中的肿瘤异质性和细胞间网络	通过结合单细胞 RNA 测序与空间转录组测定，深入理解了肿瘤微环境中不同细胞组分之间的相互作用	该研究仅分析了来自三个结直肠癌肿瘤-正常-血液对的样本，可能限制了结果的普遍性	研究结直肠癌肿瘤微环境中的细胞相互作用及其异质性	分析来自三个结直肠癌患者的41,700个细胞	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq 和空间转录组学	NA	单细胞数据	41,700个细胞
464	2024-08-04	A time-resolved multi-omics atlas of transcriptional regulation in response to high-altitude hypoxia across whole-body tissues 2024-May-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48261-w PMID:38730227	研究论文	本研究探讨了高海拔缺氧对整体生理调节的转录调控机制	通过生成多组学数据，揭示了不同组织对缺氧的转录响应及调控基因	研究主要基于绵羊模型，可能不完全适用于其他物种	澄清高海拔缺氧适应过程中的遗传机制	使用绵羊作为模型动物研究多组织的转录变化	数字病理学	NA	全基因组测序，RNA-Seq，ATAC-Seq，单细胞RNA-Seq	NA	基因组数据，转录组数据，表型数据	20个生物指标的表型数据
465	2024-08-05	Single-cell transcriptomic analysis of decidual immune cell landscape in the occurrence of adverse pregnancy outcomes induced by Toxoplasma gondii infection 2024-May-10, Parasites & vectors IF:3.0Q1 DOI:10.1186/s13071-024-06266-w PMID:38730500	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了Toxoplasma gondii感染下的母体-胎儿微环境中蜕膜免疫细胞的变化	首次揭示了在T. gondii感染后蜕膜免疫细胞中一些未知分子的变化	尚未探讨感染的具体机制和细胞间相互作用	研究T. gondii感染对母体-胎儿微环境中的蜕膜免疫细胞的影响	人类蜕膜免疫细胞	数字病理学	孕产相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
466	2024-08-05	Choline metabolism reprogramming mediates an immunosuppressive microenvironment in non-small cell lung cancer (NSCLC) by promoting tumor-associated macrophage functional polarization and endothelial cell proliferation 2024-May-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05242-3 PMID:38730286	研究论文	本文研究了胆碱代谢重编程如何通过促进肿瘤相关巨噬细胞功能极化和内皮细胞增殖介导非小细胞肺癌(NCLC)的免疫抑制微环境	发现胆碱酯酶作为晚期NSCLC的预后标志物，并开发了基于胆碱代谢相关基因的预后特征，揭示其与免疫抑制微环境的关系	研究中未完全阐明胆碱酯酶与肿瘤免疫微环境及免疫疗法反应和抗性的确切机制	探讨胆碱代谢与非小细胞肺癌肿瘤免疫微环境的关系及其在免疫疗法中的潜在作用	277名接受一线免疫疗法的晚期非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	scRNA-seq，Cox回归分析	风险模型	生物医学数据	277名晚期非小细胞肺癌患者
467	2024-08-05	An atlas of spider development at single-cell resolution provides new insights into arthropod embryogenesis 2024-May-10, EvoDevo IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13227-024-00224-4 PMID:38730509	研究论文	本研究创建了一个蛛形纲动物发育单细胞解析图谱，为节肢动物胚胎发生提供新见解	首次对家蜘蛛的胚胎进行单细胞RNA测序，识别了20个细胞簇及其基因表达特征	尚未探讨所有基因的功能，可能无法全面反映细胞的所有命运	研究蜘蛛胚胎的细胞组成及其基因表达	常见家蜘蛛Parasteatoda tepidariorum的胚胎	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	18500个细胞
468	2024-08-05	Single-cell analysis defines highly specific leukemia-induced neutrophils and links MMP8 expression to recruitment of tumor associated neutrophils during FGFR1 driven leukemogenesis 2024-May-10, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00514-6 PMID:38730491	研究论文	该文章定义了特异性的白血病诱导中性粒细胞，并将MMP8表达与肿瘤相关中性粒细胞的招募联系起来	研究识别出基于独特基因表达谱的特定白血病响应中性粒细胞亚群，并探讨了MMP基因上调在中性粒细胞发育中的重要作用	缺乏对其他可能影响中性粒细胞表现的因素的分析	研究FGFR1驱动的白血病发病过程中免疫细胞组成的变化	小鼠模型中的白血病相关中性粒细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	NA
469	2024-08-04	Multimodal cortical neuronal cell type classification 2024-May, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-024-02923-2 PMID:38376567	研究论文	本文总结了近年来对皮层神经元细胞类型分类的新见解	提出可靠的皮层细胞类型并进行了分类，包括兴奋性和抑制性神经元的不同亚群	尚未明确哪些转录组细胞类型会转化为真实的细胞类型	深入理解皮层神经元细胞类型及其功能	兴奋性（谷氨酸能）和抑制性（GABA能）神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
470	2024-08-04	YBX1 promotes stemness and cisplatin insensitivity in intrahepatic cholangiocarcinoma via the AKT/β-catenin axis 2024-May, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3689 PMID:38676365	研究论文	本研究探讨了YBX1在肝内胆管癌中的角色及其对干性和顺铂耐药性的影响	该研究揭示了YBX1通过调节AKT/β-β-catenin通路促进肝内胆管癌的干性和顺铂耐受性，为改善肝内胆管癌预后提供了新的潜在治疗靶点	未提及该研究的具体限制	研究YBX1在肝内胆管癌中的作用及其机制	肝内胆管癌细胞和临床样本	数字病理学	肝内胆管癌	RNA-seq，肿瘤球和克隆形成实验	NA	临床样本，转录组数据	三个RNA-seq数据集和多个临床样本
471	2024-08-05	Integrated analysis of single cell-RNA sequencing and Mendelian randomization identifies lactate dehydrogenase B as a target of melatonin in ischemic stroke 2024-05, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14741 PMID:38702940	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析确定乳酸脱氢酶B作为缺血性中风的靶标	研究首次将单细胞RNA测序与孟德尔随机化结合，发现LDHB在缺血性中风中的新作用	尚未在大规模样本中验证LDHB作为生物标志物的临床应用	探索不同基因表达对缺血性中风的因果作用	研究确定的2339个在10个细胞群中表达不同的基因	数字病理学	缺血性中风	单细胞RNA测序、孟德尔随机化	NA	基因表达数据	10个细胞群中的2339个基因
472	2024-08-04	Exploring the molecular mechanisms and shared gene signatures between celiac disease and ulcerative colitis based on bulk RNA and single-cell sequencing: Experimental verification 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112059 PMID:38615385	研究论文	本研究探讨了乳糜泻（CeD）和溃疡性结肠炎（UC）之间的分子机制和共享基因特征	识别了REG4作为UC和CeD的共享基因，并提出它可能是一个潜在的生物标志物和治疗靶点	对疾病病因及免疫病理机制的理解仍不完全	进一步阐明UC和CeD之间的关系	研究乳糜泻和溃疡性结肠炎的毫无例外的共享基因表达特征	数字病理学	乳糜泻与溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序与基因表达谱分析	LASSO分析	基因表达数据	使用了两个数据库的基因表达数据集，具体样本量未详细说明
473	2024-08-05	Single-cell transcriptome profiling reveals cell type-specific variation and development in HLA expression of human skin 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112070 PMID:38640716	研究论文	该研究揭示了人类皮肤中HLA基因表达的细胞类型特异性变化与发育过程	首次全面分析了皮肤不同细胞类型中HLA基因表达的变异，特别关注了基质细胞的角色	研究中对免疫细胞和基质细胞的比较可能存在偏差，且样本量相对较少	该研究旨在揭示皮肤不同细胞类型中HLA表达的特征及其在皮肤发育中的动态变化	研究对象为人类皮肤中的多个细胞类型，包括正常成人皮肤、胎儿皮肤及毛囊	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涵盖成人和胎儿皮肤样本，及15、17和22孕周的胎儿皮肤
474	2024-08-04	Large-scale deorphanization of Nematostella vectensis neuropeptide G protein-coupled receptors supports the independent expansion of bilaterian and cnidarian peptidergic systems 2024-May-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90674 PMID:38727714	研究论文	本研究对海葵中的神经肽G蛋白偶联受体进行了大规模去孤儿化，揭示了腔肠动物和双侧动物神经肽系统的独立扩展	研究发现了31个受体被特定的神经肽激活，并揭示了腔肠动物中神经肽信号传导的独立扩展	没有直接的双侧动物神经肽系统的同源性支持	探索腔肠动物中神经肽及其受体的扩展	海葵中的神经肽及其G蛋白偶联受体	NA	NA	药理学筛选	NA	单细胞测序数据	64个肽，来自33个前体
475	2024-08-04	The role of FERMT2 in the tumor microenvironment and immunotherapy in pan-cancer using comprehensive single-cell and bulk sequencing 2024-May-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e30505 PMID:38726194	研究论文	该文章探讨了FERMT2在肿瘤微环境及免疫治疗中的作用	该研究结合单细胞和大规模测序技术，首次全面分析了FERMT2在不同癌症类型中的免疫特征和预后意义	研究的具体方法和样本数量在摘要中未提及，可能影响结果的普适性	本研究旨在评估FERMT2在肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	研究对象为在肿瘤微环境中表达FERMT2的不同癌症类型的细胞	数字病理学	泛癌症	单细胞测序、复合免疫荧光染色	NA	组织切片数据	NA
476	2024-08-04	Pan-cancer analysis for the prognostic and immunological role of CD47: interact with TNFRSF9 inducing CD8 + T cell exhaustion 2024-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-00951-z PMID:38720108	研究论文	本研究探讨了CD47在癌症免疫治疗中的作用及其与CD8+ T细胞耗竭的关系	揭示了CD47影响多种癌症类型中CD8+ T细胞耗竭的机制，并提出将CD47和TNFRSF9作为免疫治疗的新靶点	未详细讨论CD47在不同癌症微环境中的具体作用机制	阐明CD47在癌症免疫微环境中的预后和免疫学相关性	本研究对象包括多种癌症类型的患者及其肿瘤样本	数字病理学	泛癌症	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	多个癌症类型的患者队列
477	2024-08-05	Transcriptomic imputation of genetic risk variants uncovers novel whole-blood biomarkers of Parkinson's disease 2024-May-08, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-024-00698-y PMID:38719867	研究论文	本研究探讨了基因表达特征作为帕金森病生物标志物的潜力	发现PATL2基因作为临床和前驱性帕金森病的潜在生物标志物	未在不同人群中验证结果的广泛性	通过转录组插补发现新的全血生物标志物用于帕金森病	转录组插补生成的全血基因表达签名	数字病理学	帕金森病	RNA测序	随机森林分类器	基因表达数据	1176个帕金森病患者、254个前驱症状患者和860个健康对照
478	2024-08-04	Meteorin-like protein/METRNL/Interleukin-41 ameliorates atopic dermatitis-like inflammation 2024-May-10, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16150 PMID:38727640	研究论文	本研究探讨了METRNL在特应性皮炎中的功能及其调节机制	首次揭示METRNL通过调节WNT通路分子β-Catenin的活性来改善特应性皮炎的过敏炎症	尚未完全理解METRNL在其它类型皮肤炎症中的作用	阐明METRNL在特应性皮炎中的作用机制	特应性皮炎患者的皮肤和血清样本，以及MC903诱导的特应性皮炎小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA-seq，RNA-seq	NA	皮肤和血清样本	患者样本和MC903诱导的小鼠模型
479	2024-08-05	SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918 PMID:38537539	研究论文	本文探讨了SFXN1在肺腺癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示SFXN1在肺腺癌进展中的功能意义及其在肿瘤免疫微环境中的作用	缺乏更大规模的临床数据来验证结果	研究SFXN1在肺腺癌进展中的功能以及其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌细胞及其与肿瘤免疫微环境的关系	数字病理学	肺癌	RNA测序，RT-qPCR，Western blot，IHC	NA	RNA-seq数据	使用了Pan-cancer TCGA数据集的样本，具体样本数未提及
480	2024-08-05	Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era 2024-May-09, Molecular ecology IF:4.5Q1 DOI:10.1111/mec.17378 PMID:38721834	评论	本文回顾了基因表达研究中最新的基因组技术对非模式生物的影响	提出了长读序列技术和单细胞RNA测序方法在生态基因组学中的应用潜力	传统的RNA测序方法无法捕捉稀有细胞群体的表达变化	探讨基因组技术如何提高对基因表达变化的理解	非模式生物的基因表达和细胞异质性	生态基因组学	NA	长读测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA