单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 540 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-08-05 |
Single cell RNA sequencing reveals immunomodulatory mechanism of stem cell factor and granulocyte colony-stimulating factor treatment in the brains of aged APP/PS1 mice
2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.09.593359
PMID:38766064
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研究论文 | 这项研究探讨了干细胞因子和粒细胞集落刺激因子治疗对老年APP/PS1小鼠大脑中免疫调节机制的影响 | 首次通过转录组学方法揭示SCF和G-CSF组合增强老年APP/PS1小鼠大脑修复的机制 | 未详细讨论其他可能影响结果的外部因素 | 研究SCF+G-CSF治疗如何改变老年APP/PS1小鼠大脑中小胶质细胞和单核/巨噬细胞的功能 | 28个月大的APP/PS1小鼠大脑中的CD11b小胶质细胞和单核/巨噬细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 通过流式细胞术识别的大量CD11b小胶质细胞和单核/巨噬细胞 |
| 422 | 2024-08-05 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable genes from spatial transcriptomic data
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.06.592851
PMID:38765956
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研究论文 | 介绍了一种名为scBSP的工具，该工具用于从空间转录组数据中识别空间可变基因 | scBSP通过稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理大规模空间转录组数据 | NA | 提高从空间转录组数据中识别空间可变基因的效率和准确性 | 空间转录组数据中的空间可变基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 基因表达数据 | 处理了19,950个基因在181,367个点上的数据 |
| 423 | 2024-08-04 |
Unraveling the genetic architecture of blood unfolded p-53 among non-demented elderlies: novel candidate genes for early Alzheimer's disease
2024-May-03, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10363-6
PMID:38702606
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研究论文 | 本文探讨了与血液U-p53相关的遗传变异，以识别早期阿尔茨海默病相关的新基因。 | 首次通过GWAS研究血液U-p53，揭示了与早期阿尔茨海默病相关的新基因座和通路。 | 样本仅限于健康和轻度认知受损个体，可能限制了结果的广泛适用性。 | 旨在识别血液U-p53相关的遗传变异，以促进早期阿尔茨海默病的诊断。 | 研究对象为484名来自ADNI队列的健康与轻度认知受损个体。 | 遗传学 | 阿尔茨海默病 | 基因组关联研究（GWAS） | NA | 血液数据 | 484名健康和轻度认知受损个体 |
| 424 | 2024-08-05 |
Methods to Enable Spatial Transcriptomics of Bone Tissues
2024-May-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66850
PMID:38767376
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研究论文 | 本文描述了一种处理新鲜骨组织样本以生成空间转录组学数据的方法 | 提出了一种新方法，通过去钙处理保持组织形态学细节，成功生成高质量的空间转录组数据 | 该方法对硬组织的应用仍然面临挑战，可能不是所有硬组织样本均适用 | 研究空间转录组学在骨组织分析中的应用 | 新鲜获得的骨组织样本和来自组织库的甲醇包埋样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 来自骨肉瘤的原发肿瘤和肺转移样本的组织库样本 |
| 425 | 2024-08-05 |
Molecular mechanism of radiation tolerance in lung adenocarcinoma cells using single-cell RNA sequencing
2024-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18378
PMID:38760895
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研究论文 | 本文探讨了肺腺癌细胞对放射治疗耐受性的分子机制。 | 识别了与放射耐受性相关的两个细胞亚群，并探讨了其基因突变的初步情况。 | 研究主要依赖公共数据库的数据，可能存在数据偏差。 | 探索肺腺癌放射耐受性的分子机制，以改善临床治疗效果。 | 聚焦于肺腺癌细胞及其亚群体对放射治疗的反应。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用多个公共数据库中的单细胞数据 |
| 426 | 2024-08-07 |
PRPF19 could serve as a prognostic biomarker for patients with bladder cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-May, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.01.064
PMID:38245411
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 427 | 2024-08-04 |
Cis-regulatory control of transcriptional timing and noise in response to estrogen
2024-May-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100542
PMID:38663407
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研究论文 | 该研究探讨了顺式调控元件在雌激素响应中的转录时间和噪音控制 | 首次结合使用单细胞RNA测序和机器学习方法，揭示了活跃增强子与基因转录时间和噪音之间的关系 | 对调控特性的综合理解仍不完全，可能需更深入的机制研究 | 研究雌激素对转录水平、时间动态和转录噪音的影响 | 单细胞RNA-seq技术下的雌激素处理细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 机器学习 | 基因表达数据 | NA |
| 428 | 2024-08-05 |
Unified cross-modality integration and analysis of T cell receptors and T cell transcriptomes by low-resource-aware representation learning
2024-May-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100553
PMID:38688285
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研究论文 | 提出了UniTCR，一个新的低资源感知的多模态表示学习框架，用于统一跨模态集成。 | 该框架设计了双模态对比学习模块和单模态保留模块，有效地将每种模态嵌入共同的潜在空间。 | 未提及具体的限制条件 | 研究T细胞异质性，通过跨模态数据的整合推动免疫学研究。 | 研究对象为T细胞受体和T细胞转录组。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和T细胞受体测序(TCR-seq) | 对比学习 | 多模态数据 | 多个配对的scRNA-seq/TCR-seq数据集 |
| 429 | 2024-08-04 |
Cell-mediated cytotoxicity within CSF and brain parenchyma in spinal muscular atrophy unaltered by nusinersen treatment
2024-May-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48195-3
PMID:38750052
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研究论文 | 这篇文章探讨了在脊髓性肌萎缩症(SMA)中细胞介导的细胞毒性及首个抗体nusinersen治疗的影响 | 该研究首次通过单细胞转录组学揭示了SMA患者脑脊液中的NK细胞和CD8+ T细胞扩张以及与疾病相关的细胞毒性特征 | 样本数量较小，且未能在nusinersen治疗后观察到具体的免疫反应变化 | 本研究旨在探索脊髓性肌萎缩症中的局部免疫反应及其对nusinersen治疗的影响 | 研究对象包括SMA患者和对照组的脑脊液样本 | 自然语言处理 | 脊髓性肌萎缩症 | 单细胞转录组学，多重免疫组织化学 | NA | 脑脊液样本 | SMA: N = 9 对照组: N = 9 |
| 430 | 2024-08-05 |
Machine-learning developed an iron, copper, and sulfur-metabolism associated signature predicts lung adenocarcinoma prognosis and therapy response
2024-May-14, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02839-6
PMID:38745285
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研究论文 | 本研究提出了一个与铁、铜和硫代谢相关的特征，可以预测肺腺癌的预后和治疗反应 | 首次将铁、铜和硫代谢相关基因结合在一起，构建预后特征，填补了以往研究的空白 | 未提及其他潜在影响因素和机制的详细探讨 | 探讨铁、铜和硫代谢在肺腺癌中的作用，并开发相关预后指标 | 1564名肺腺癌患者及1249名非小细胞肺癌(NCSLC)患者 | 机器学习 | 肺癌 | 机器学习方法 | 无监督集群分析 | 基因组数据 | 1564名肺腺癌患者、1249名非小细胞肺癌患者以及超过1万名其他癌症类型患者 |
| 431 | 2024-08-05 |
Multi-omics integration of scRNA-seq time series data predicts new intervention points for Parkinson's disease
2024-05-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-61844-3
PMID:38744869
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研究论文 | 该研究通过分析时间序列的scRNA-seq数据揭示了帕金森病早期发展的新干预点 | 提出了一种基于非负矩阵三因子分解的新数据整合方法，整合不同的数据集与分子相互作用网络 | 研究主要依赖于文献支持的基因，未涵盖所有可能的PD相关基因 | 揭示帕金森病早期发展的关键基因和分子机制 | 来自患者来源的诱导多能干细胞分化获得的中脑多巴胺能神经元的时间序列scRNA-seq数据 | 数字病理学 | 帕金森病 | scRNA-seq | 非负矩阵三因子分解 | 基因表达数据 | 涉及来自患者的诱导多能干细胞分化的中脑多巴胺能神经元样本 |
| 432 | 2024-08-04 |
Exploring the immune escape mechanisms in gastric cancer patients based on the deep AI algorithms and single-cell sequencing analysis
2024-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18379
PMID:38752750
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研究论文 | 本研究旨在开发胃癌患者的预后模型，并探讨免疫逃逸机制 | 通过深度机器学习和单细胞测序分析，利用101种算法构建了预测模型，并识别了潜在靶向药物 | 尚未提及具体的研究限制 | 提升胃癌患者的临床管理和个性化治疗 | 胃癌患者及其免疫逃逸机制 | 计算机视觉 | 胃癌 | 单细胞测序分析 | 深度机器学习 | 基因组数据 | NA |
| 433 | 2024-08-05 |
Single-cell atlas reveals the immunosuppressive microenvironment and Treg cells landscapes in recurrent Glioblastoma
2024-May, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00740-4
PMID:38429367
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研究论文 | 本研究揭示了复发性胶质母细胞瘤的免疫抑制性微环境及调节性T细胞的分布 | 首次在单细胞水平上分析复发性胶质母细胞瘤与脑脊液的免疫微环境，并发现S100A9作为潜在生物标志物 | 样本量较小，仅包含来自两名患者的四个临床样本 | 揭示复发性胶质母细胞瘤的免疫微环境及潜在脑脊液生物标志物 | 复发性胶质母细胞瘤与非恶性脑肿瘤患者的临床样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 临床样本 | 四个临床样本，来自两名患者 |
| 434 | 2024-08-04 |
Reconstructing developmental trajectories using latent dynamical systems and time-resolved transcriptomics
2024-May-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.04.004
PMID:38754365
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研究论文 | 本文提出了一种新框架，以克服单细胞转录组学在研究细胞命运决策动态性方面的挑战 | 引入了sci-FATE2优化的代谢标记方法和两个阶段的动态建模框架VelvetVAE和VelvetSDE，显著提高了数据质量和动态建模能力 | 目前的方法在时间分辨率和数据质量方面仍存在一定限制 | 研究细胞在发育过程中的命运决策动态性 | 45,000个分化成神经管身份的胚胎干细胞 | 数字病理学 | NA | 代谢标记 | 变分自编码器(VAE)和神经随机微分方程(nSDE) | 转录组数据 | 45,000个胚胎干细胞 |
| 435 | 2024-08-04 |
Single-Cell Multi-Omics Map of Cell Type-Specific Mechanistic Drivers of Multiple Sclerosis Lesions
2024-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200213
PMID:38564686
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研究论文 | 该文章探讨了多发性硬化损伤的细胞类型特异性机制驱动因素 | 首次使用单细胞多组学技术揭示了多发性硬化特异性少突胶质细胞遗传特征及其与铁摄取信号的关联 | 研究样本数量较少，仅涉及6名多发性硬化患者和3名非神经病对照 | 研究多发性硬化中的细胞动态及其在病变中的作用 | 使用来自6名渐进性多发性硬化患者的脑白质损伤样本 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 单核RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因组数据 | 9个病变样本和3个对照样本来自6名患者 |
| 436 | 2024-08-04 |
Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Transcriptomics
2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303752
PMID:38311573
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研究论文 | 本研究建立了椎间盘的空间转录组图谱，探讨了核髓细胞前体细胞的特征 | 首次生成了小鼠椎间盘的空间转录组图谱，为骨生物学提供了公共资源 | 由于核髓来源细胞的脆弱性，传统转录组方法的应用受限 | 研究核髓细胞前体细胞的分化序列及其相关标记 | 小鼠模型中的核髓细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 437 | 2024-08-04 |
Integration Analysis of Single-Cell Multi-Omics Reveals Prostate Cancer Heterogeneity
2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305724
PMID:38483933
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研究论文 | 该研究揭示了前列腺癌微环境中细胞异质性及其与疾病进展的相互作用 | 整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和ATAC序列分析，详细描绘了前列腺癌的细胞多样性 | 尚未完全理解肿瘤与基质细胞之间的异质性形成机制 | 研究前列腺癌的细胞异质性及其在微环境中的相互作用 | 来自前列腺癌患者及健康对照者的单细胞样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、ATAC序列分析 | 机器学习 | 细胞数据 | 多名前列腺癌患者及健康对照者的细胞样本 |
| 438 | 2024-08-05 |
Generation of complex bone marrow organoids from human induced pluripotent stem cells
2024-May, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02172-2
PMID:38374263
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研究论文 | 本文展示了一种从人类诱导多能干细胞生成复杂骨髓类器官的方法 | 创新之处在于生成了模拟人类骨髓微环境的复杂三维骨髓类器官 | 没有提到具体的局限性 | 研究与人类骨髓微环境相关的造血发展和疾病 | 从人类诱导多能干细胞生成的骨髓类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用了从人类诱导多能干细胞生成的骨髓类器官 |
| 439 | 2024-08-05 |
sciCSR infers B cell state transition and predicts class-switch recombination dynamics using single-cell transcriptomic data
2024-May, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02060-1
PMID:37932398
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研究论文 | 本文介绍了sciCSR，一个分析B细胞类转变和动态的计算管道 | sciCSR能够利用单细胞RNA测序数据分析类转变事件，并构建马尔可夫状态模型推断CSR的动态和方向 | 未提及具体限制 | 分析B细胞成熟过程中类转变重组的动态 | 采用单细胞RNA测序数据，研究B细胞的类转变和动态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫状态模型 | 基因表达数据 | 未提及具体样本量 |
| 440 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing to explore cancer-associated fibroblasts heterogeneity: "Single" vision for "heterogeneous" environment
2024-May, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13592
PMID:38158643
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综述 | 本文讨论了癌症相关成纤维细胞的异质性，重点关注单细胞RNA测序技术的应用 | 提出了利用单细胞RNA测序技术整合多模态单细胞平台的新策略，以深入理解CAF的异质性 | 未具体说明在不同肿瘤类型中CAF研究的限制 | 探讨癌症相关成纤维细胞的异质性及其在癌症治疗中的潜在应用 | 癌症相关成纤维细胞的不同亚型 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |