单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-04	A comparative study on the dose-effect of low-dose radiation based on microdosimetric analysis and single-cell sequencing technology 2024-05-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-62501-5 PMID:38773212	研究论文	本研究探讨了低剂量辐射对BEAS-2B细胞系的潜在机制	使用微剂量分析和单细胞测序技术，提供了选择对低剂量辐射反应敏感生物标志物的新视角	研究中的数值不确定性可能影响微剂量与基因表达的相关性	深入探索低剂量辐射诱发的生物机制	BEAS-2B细胞系及其对低剂量辐射的反应	数字病理学	NA	单细胞测序	蒙特卡罗模型	细胞能量分布和基因表达数据	NA
382	2024-08-05	Comprehensive analysis of KLF family reveals KLF6 as a promising prognostic and immune biomarker in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-May-21, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03369-3 PMID:38773440	研究论文	本研究全面分析了KLF家族，并揭示KLF6作为胰腺导管腺癌中有前景的预后和免疫生物标志物	本研究提出KLF6是胰腺导管腺癌中一个新的诊断生物标志物，并作为潜在治疗靶点	未在临床上验证KLF6的作用及其作为生物标志物的应用效果	探讨KLF家族基因在胰腺导管腺癌中的生物学功能及其临床意义	研究胰腺导管腺癌中的KLF家族基因及其表达模式	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Cox回归模型	转录组数据	包含了大量胰腺癌患者的转录组样本
383	2024-08-05	Dynamic changes in B cell subpopulations in response to triple-negative breast cancer development 2024-05-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60243-y PMID:38773133	研究论文	本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）发展过程中B细胞亚群的动态变化	本研究揭示了LAG-3 + B细胞在三阴性乳腺癌中的潜在良好预后意义，并提出其可能成为靶向治疗的新方向	需要更多研究来揭示这些细胞的机制路径，并在更大、更多样化的患者群体中验证其预后价值	研究B细胞在三阴性乳腺癌发展过程中的响应变化及其预后关联	使用小鼠模型探讨B细胞在肿瘤相关淋巴结中的反应	数字病理学	三阴性乳腺癌	scRNA-Seq	NA	转录组数据	研究涉及TNBC患者的转录组数据
384	2024-08-05	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a myeloid cell-related regulon predicting neoadjuvant immunotherapy response across cancers 2024-May-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05123-9 PMID:38773508	研究论文	本文分析了肿瘤免疫治疗响应相关的髓系细胞调控系统	识别了与免疫检查点抑制剂响应相关的PPARG调控单元，并构建了髓系细胞图谱	研究主要集中在特定癌症种类上，可能不适用于所有癌症类型	探索肿瘤患者对免疫治疗的反应机制	从肺腺癌患者中提取的单细胞RNA测序数据和大规模的全癌种数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	1名肺腺癌患者的预处理和后处理样本，以及多个癌症类型的大规模数据集
385	2024-08-05	Tenascin C as a novel zinc finger protein 750 target regulating the immunogenicity via DNA damage in lung squamous cell carcinoma 2024-May-06, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12285-8 PMID:38711034	研究论文	本研究揭示了锌指蛋白750（ZNF750）通过调节tenascin C（TNC）在肺鳞状细胞癌中的免疫原性和DNA损伤修复机制	首次提出ZNF750-TNC轴在肺鳞状细胞癌中的作用，以及其对免疫原性和DNA损伤修复的影响	尚未在临床环境中验证研究结果	探讨ZNF750-TNC轴在肺鳞状细胞癌中对DNA损伤修复和免疫原性的调节作用	研究对象为肺鳞状细胞癌中的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA数据	肺鳞状细胞癌样本的单细胞测序数据
386	2024-08-05	A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers 2024-May-03, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj4857 PMID:38696569	研究论文	该文章探讨了人类癌症中肿瘤浸润B细胞的功能及其异质性	揭示了肿瘤浸润B细胞的蓝图，包括单细胞转录组、B细胞受体组和染色质可及性数据	未提及具体的局限性	解码肿瘤浸润B细胞的功能	20种不同癌症类型中的B细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	RNA序列	477个样本，269名患者
387	2024-08-04	scmFormer Integrates Large-Scale Single-Cell Proteomics and Transcriptomics Data by Multi-Task Transformer 2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202307835 PMID:38483032	研究论文	提出了一种新的单细胞多模态/多任务变换器 scmFormer，以整合单细胞蛋白组学与其他组学数据	scmFormer 通过系统基准测试展示了在整合大规模单细胞多模态数据和异质多批次配对多组学数据方面的优势	NA	研究旨在填补整合单细胞蛋白组学和其他组学数据的现有空白	主要研究对象为大规模单细胞多组学数据	机器学习	COVID-19	单细胞 RNA 测序	变换器	细胞数据	超过 148 万个细胞
388	2024-08-05	Specific lineage transition of tumor-associated macrophages elicits immune evasion of ascitic tumor cells in gastric cancer with peritoneal metastasis 2024-05, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association IF:6.0Q1 DOI:10.1007/s10120-024-01486-6 PMID:38460015	研究论文	本研究系统评估了腹水中与肿瘤相关的巨噬细胞的特定谱系转变以及其对胃癌伴腹膜转移的免疫逃逸的影响	首次识别了来自PM-GC患者腹水中的CTShigh到C1Qhigh巨噬细胞的免疫抑制转变	本研究的局限性在于样本数量和来源的多样性可能影响结果的普遍性	旨在探讨腹水中肿瘤微环境在胃癌伴腹膜转移中的免疫抑制作用及其导致治疗失败的机制	研究对象为51名PM-GC患者的63个腹水样本和43个外周血样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA转录组测序 (scRNA-seq)	NA	生物样本	51名PM-GC患者的63个腹水样本和43个外周血样本
389	2024-08-05	Modulation of the Immunological Milieu in Acute Aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage: The Potential Role of Monocytes Through CXCL10 Secretion 2024-May-23, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01259-4 PMID:38780865	研究论文	本文研究了急性动脉瘤性蛛网膜下腔出血（aSAH）中单核细胞通过CXCL10分泌调节免疫环境的潜在作用	发现急性动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者的单核细胞在CSF中高表达CXCL10，并探讨了CD8+CD161+细胞的潜在角色	该研究仅在样本数量和具体机制上存在局限，可能未能全面揭示细胞间的相互作用	探讨急性动脉瘤性蛛网膜下腔出血中的免疫反应及单核细胞的作用	来自aSAH和非动脉瘤性蛛网膜下腔出血（naSAH）患者的CSF样本	数字病理学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）和RT-qPCR	NA	生物样本（脑脊液）	来自患有急性动脉瘤性蛛网膜下腔出血和非动脉瘤性蛛网膜下腔出血患者的样本
390	2024-08-04	Spatial transcriptomics reveals gene interactions and signaling pathway dynamics in rat embryos with anorectal malformation 2024-May-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09878-1 PMID:38769159	研究论文	本研究利用空间转录组学分析了含有肛门直肠畸形的鼠胚胎中的基因相互作用和信号通路动态	通过空间转录组学技术，获取了肛门直肠畸形的特定位置基因表达信息，提供了新的分子互作视角	本研究仅限于对特定阶段的胚胎样本进行分析，可能无法全面反映整个发育过程中的基因表达动态	探究肛门直肠畸形（ARM）发育过程中的分子机制与基因调控	本研究以妊娠第14至16天的正常鼠和ARM鼠为研究对象	数字病理学	肛门直肠畸形	空间转录组学	NA	基因表达数据	妊娠第14至16天的胚胎冻切片样本
391	2024-08-04	Multiomics integration reveals NETosis heterogeneity and TLR2 as a prognostic biomarker in pancreatic cancer 2024-May-20, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00586-x PMID:38769374	研究论文	本研究揭示了胰腺癌中NETosis的异质性及TLR2作为预后生物标志物的作用	通过单细胞RNA测序、空间RNA测序和多组学方法，建立了多组学预后模型，并确认了TLR2在患者预后中的重要性	研究的样本可能存在选择偏差，且标志物的适用性需要进一步验证	探讨胰腺癌微环境中NETosis的异质性及其预后相关因素	该研究对象为胰腺导管腺癌患者的肿瘤微环境及其免疫细胞特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序, 空间RNA测序, 多组学分析	NA	数据集	使用了已发表的数据集和内部患者队列
392	2024-08-04	Bio-nanoparticles loaded with synovial-derived exosomes ameliorate osteoarthritis progression by modifying the oxidative microenvironment 2024-May-20, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02538-w PMID:38769545	研究论文	本研究旨在开发一种负载SOD3富集外泌体的水凝胶微球，以保护软骨并为骨关节炎治疗引入新的有效方法	首次使用S-EXOs负载的水凝胶微球对软骨进行保护，并提出了一种创新的骨关节炎治疗方案	本研究未对长时间使用S-EXOs的潜在副作用进行详细评估	研究S-EXOs在骨关节炎中的保护机制及其治疗潜力	聚焦于软骨细胞和外泌体（EXOs）在骨关节炎中的作用	数字病理学	骨关节炎	单细胞测序, PCR, 西方印迹, 免疫荧光	NA	细胞, 组织	4247个细胞
393	2024-08-04	Reference-free inferring of transcriptomic events in cancer cells on single-cell data 2024-May-20, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12331-5 PMID:38769480	研究论文	本文研究了在单细胞数据上无参考文献地推断癌细胞转录组事件的方式	提出了一种不依赖参考的k-mer分解方法，以更详细地识别致病变异	没有针对特定的参考基因组进行分析，可能会忽略一些特定变异	探讨癌细胞的转录组变异及其与肿瘤相关事件的关系	食管癌和胶质母细胞瘤患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	食管癌，胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及食管癌和胶质母细胞瘤患者的数据集
394	2024-08-05	Integrating single-cell RNA-sequencing and bulk RNA-sequencing data to explore the role of mitophagy-related genes in prostate cancer 2024-May-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e30766 PMID:38774081	研究论文	本文通过综合分析前列腺癌样本的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，探讨线粒体自噬相关基因在前列腺癌中的作用	创新点在于建立了前列腺癌亚型和预后模型，并识别了与线粒体自噬相关的预后基因	研究受限于所使用的数据来源，仅基于公开数据库的样本进行分析	研究前列腺癌中线粒体自噬相关基因的作用及其对预后的影响	前列腺癌样本及其对照组样本	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	Cox回归模型	基因表达数据	多个前列腺癌样本和对照样本
395	2024-08-05	Circulating hematopoietic stem/progenitor cell subsets contribute to human hematopoietic homeostasis 2024-May-09, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022666 PMID:38446574	研究论文	这项研究揭示了循环造血干/祖细胞亚群在维持人类造血稳态中的作用。	创新点在于通过结合单细胞转录组测序和功能分析，深入了解了人类循环造血干/祖细胞亚群的生物特性及其与骨髓相应群体的关系。	本研究未详细探讨特定疾病情况下cHSPCs的行为及其临床应用。	研究的目的是揭示循环造血干/祖细胞在维持人类造血稳态中的作用及其特征。	研究对象为人类循环造血干/祖细胞及其在不同生理状态下的表现。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	涉及患者的临床试验数据，具体样本量未在摘要中提供
396	2024-08-05	Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 (TREM2) regulates phagocytosis in glioblastoma 2024-May-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad257 PMID:38237157	研究论文	本文探讨了TREM2在胶质母细胞瘤中的作用，特别是在吞噬作用的调控上	本研究发现TREM2与免疫抑制通路无关，而与吞噬作用的经典标志物存在强正相关	尚未全面了解TREM2在胶质母细胞瘤免疫病理学及进展中的作用	研究TREM2在胶质母细胞瘤进展及免疫调节中的作用	本研究主要针对小鼠胶质瘤模型和人类胶质瘤的单细胞RNA测序数据	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序和细胞计数	NA	RNA序列数据	涉及2个不同的小鼠胶质瘤模型
397	2024-08-04	The p21+ perinecrotic hepatocytes produce the chemokine CXCL14 after a severe acetaminophen overdose promoting hepatocyte injury and delaying regeneration 2024-May, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2024.153804 PMID:38614205	研究论文	该文章探讨了p21+的肝细胞在严重的对乙酰氨基酚（APAP）过量后产生化学因子CXCL14，导致肝细胞损伤和再生延迟	揭示了p21肝细胞的分泌表型及其在APAP过量后对肝脏恢复的直接阻碍作用	研究主要依赖动物模型，可能无法完全反映人类的病理情况	探讨APAP过量后肝细胞p21的持续诱导和CXCL14分泌对急性肝衰竭的影响	p21+肝细胞及其分泌的CXCL14化学因子	数字病理学	急性肝衰竭	单核RNA测序，空间转录组学	小鼠模型	生物样本（肝脏组织）	包含多个性别的小鼠样本
398	2024-08-05	Targeting dysregulated phago-/auto-lysosomes in Sertoli cells to ameliorate late-onset hypogonadism 2024-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00614-2 PMID:38649614	研究论文	该文章探讨了Sertoli细胞在晚发性性腺功能减退症中的功能及其潜在治疗策略	首次揭示了老化Sertoli细胞中吞噬体/自噬体功能失调的机制以及其在晚发性性腺功能减退症中的作用	尚未完全理解年龄相关睾丸功能障碍的所有机制	研究Sertoli细胞在晚发性性腺功能减退症中的角色，寻找可能的治疗方法	人类睾丸组织及其Sertoli细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	人类睾丸组织样本和小鼠模型
399	2024-08-05	Envelope protein-specific B cell receptors direct lentiviral vector tropism in vivo 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.002 PMID:38449314	研究论文	本文研究了慢病毒载体在体内如何通过特异性B细胞受体影响其转导。	发现不同伪类型的包膜蛋白通过独特的B细胞受体对特定B细胞亚群体进行选择性转导，提出了新的基因递送概念。	研究未详细探讨不同伪类型对B细胞行为的全面影响。	探讨慢病毒载体的转导机制及其在B细胞亚群体中的生物分布。	转导的脾脏B细胞及其特异性B细胞受体。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
400	2024-08-04	Transcriptomic profiling and regulatory pathways of cardiac resident macrophages in aging 2024-May-20, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05235-x PMID:38763956	研究论文	本研究探讨了衰老对心脏常驻巨噬细胞的转录组特征及其调控通路	揭示了衰老过程中心脏常驻巨噬细胞亚群的功能差异，特别是 CCR2 巨噬细胞在炎症反应中的作用	仅使用了老鼠模型，结果可能不适用于人类	探究衰老对心脏常驻巨噬细胞的影响及其与心血管疾病的关系	老龄小鼠的心脏常驻巨噬细胞及其亚群	数字病理学	心血管疾病	Smart-Seq	NA	基因表达数据	20 个月大的老鼠