单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-02-08	TRPV4-Expressing Tissue-Resident Macrophages Regulate the Function of Collecting Lymphatic Vessels via Thromboxane A2 Receptors in Lymphatic Muscle Cells 2024-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.21.595189 PMID:38826322	研究论文	本文研究了TRPV4通道在收集淋巴管中的表达及其对淋巴管收缩功能的调节作用	揭示了TRPV4通道在淋巴系统中的新作用，特别是其在组织驻留巨噬细胞中的表达及其通过血栓素A2受体调节淋巴管收缩功能的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	表征TRPV4通道在收集淋巴管中的表达并确定其对淋巴管收缩功能的调节程度	收集淋巴管及其周围的细胞	生物医学	淋巴水肿	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自小鼠、大鼠和非人灵长类动物的淋巴管样本
22	2025-02-08	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2024-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582604 PMID:38464095	研究论文	本文介绍了SciDAP平台，一个用户友好的单细胞测序数据分析工具，旨在简化scRNA-Seq、scATAC-Seq和scMultiome数据的分析过程	SciDAP平台通过使用Common Workflow Language (CWL)编写的可移植和可重复的管道，为非计算专业的生物学家提供了无需编码的单细胞测序数据分析方法	本文未明确提及SciDAP平台在处理特定类型数据或大规模数据集时的性能限制	开发一个用户友好的平台，以简化单细胞测序数据的分析过程，提高分析结果的可重复性	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）和单细胞多组学测序（scMultiome）数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome	NA	单细胞测序数据	NA
23	2025-02-08	Multimodal Learning for Mapping the Genotype-Phenotype Dynamics 2024-May-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4355413/v1 PMID:38798675	研究论文	本文提出了一种计算整合遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观，并应用于开发多模态基础模型以探索人类转录组学在细胞水平上的基因型-表型关系	整合单细胞RNA测序和语言模型等先进学习方法，开发多模态基础模型，揭示基因网络的尺度自由模式和上下文依赖的基因-基因相互作用，以及基因的多功能性	NA	探索基因表达与表型表现之间的动态相互作用，揭示细胞功能和复杂性的新维度	人类转录组学在细胞水平上的基因型-表型关系	计算生物学	NA	单细胞RNA测序，语言模型	多模态基础模型	基因表达数据	NA
24	2025-02-06	Group 1 ILCs: Heterogeneity, plasticity, and transcriptional regulation 2024-05, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13327 PMID:38563448	综述	本文综述了小鼠第1组先天淋巴细胞（ILCs）的基本特征，探讨了其发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控的最新发现	利用单细胞RNA测序技术揭示了第1组ILCs的异质性，并通过命运图谱研究加深了对这些细胞发育和效应成熟程序的理解	主要基于小鼠模型，人类ILCs的研究可能有所不同	探讨第1组先天淋巴细胞的发育、表型异质性、可塑性及转录调控	小鼠第1组先天淋巴细胞（ILC1s和自然杀伤细胞NK cells）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
25	2025-02-01	Batf3+ DCs and the 4-1BB/4-1BBL axis are required at the effector phase in the tumor microenvironment for PD-1/PD-L1 blockade efficacy 2024-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114141 PMID:38656869	研究论文	本文研究了Batf3+树突状细胞（DCs）和4-1BB/4-1BBL轴在肿瘤微环境（TME）中对PD-1/PD-L1阻断疗效的影响	首次明确了Batf3+ DCs在PD-1/PD-L1阻断疗效中的关键作用，并揭示了4-1BBL作为DCs提供的主要正向共刺激信号	研究主要基于小鼠模型和人类肿瘤样本的免疫荧光和空间转录组学分析，尚未在更大规模的人类临床试验中验证	探讨PD-1/PD-L1阻断疗效的细胞机制	Batf3+ DCs和CD8 T细胞	免疫学	癌症	流式细胞术、基因靶向小鼠、阻断抗体研究、免疫荧光、空间转录组学	NA	细胞数据、基因表达数据	人类肿瘤样本和小鼠模型
26	2024-08-04	Accurately deciphering spatial domains for spatially resolved transcriptomics with stCluster 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae329 PMID:38975895	研究论文	本文介绍了一种新方法stCluster，用于提高空间转录组数据的空间域识别准确性	stCluster结合了图对比学习和多任务学习，以优化空间转录组数据的表示	目前还未提及具体的局限性	优化空间转录组数据的解读，以更好地识别复杂空间域	空间转录组数据以及其与基因表达和空间组织的关系	数字病理学	NA	图对比学习	NA	空间转录组数据	覆盖组织、器官和胚胎等多个数据集和平台
27	2024-08-05	The heterogeneity of tumour-associated macrophages contributes to the clinical outcomes and indications for immune checkpoint blockade in colorectal cancer patients 2024-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152805 PMID:38669865	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞在结直肠癌患者临床结果和免疫检查点抑制治疗中的作用	研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性与患者预后及免疫疗法反应之间的关系	研究仅基于60名结直肠癌患者的数据，样本量相对较小	了解肿瘤相关巨噬细胞的异质性如何影响结直肠癌的临床结果和免疫治疗指征	结直肠癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	60名结直肠癌患者
28	2025-01-23	Ly6Chi Monocytes Are Metabolically Reprogrammed in the Blood during Inflammatory Stimulation and Require Intact OxPhos for Chemotaxis and Monocyte to Macrophage Differentiation 2024-05-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13110916 PMID:38891050	研究论文	本文研究了急性炎症过程中单核细胞的起源和转录重编程，特别是Ly6Chi单核细胞在血液中的代谢重编程及其在趋化和向巨噬细胞分化中的作用	揭示了Ly6Chi单核细胞在急性炎症初期六小时内经历两次主要的转录重编程事件，并证明氧化磷酸化（OxPhos）在这些过程中起关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨急性炎症中单核细胞的代谢重编程及其功能	Ly6Chi单核细胞及其向巨噬细胞的分化	免疫学	炎症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类单核细胞样本
29	2025-01-23	25-Hydroxycholesterol regulates lysosome AMP kinase activation and metabolic reprogramming to educate immunosuppressive macrophages 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.021 PMID:38640930	研究论文	本文研究了25-羟基胆固醇（25HC）在肿瘤微环境中通过调节巨噬细胞的代谢重编程和免疫抑制功能，影响CD8 T细胞的监视和抗肿瘤反应	揭示了胆固醇-25-羟化酶（Ch25h）通过STAT6转录因子被IL-4和IL-13诱导表达，导致25HC积累，并发现CH25H亚群在免疫抑制巨噬细胞亚群中富集，与多种癌症的较低生存率相关	未明确提及具体局限性	研究25-羟基胆固醇在肿瘤微环境中对巨噬细胞免疫抑制功能和代谢重编程的影响	巨噬细胞、CD8 T细胞、肿瘤微环境	免疫代谢	癌症	scRNA-seq分析	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
30	2025-01-23	Type I interferons induce an epigenetically distinct memory B cell subset in chronic viral infection 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.016 PMID:38593796	研究论文	本文通过单细胞ATAC-seq和RNA-seq技术，研究了在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染中，记忆B细胞（MBCs）的发育变化及其可逆性	发现了一种在慢性病毒感染期间富含干扰素刺激基因（ISGs）的记忆B细胞亚群，该亚群与通常与慢性感染相关的T-bet亚群不同	研究仅在特定病毒感染模型中进行，未涉及其他类型的慢性病毒感染	探讨慢性病毒感染如何影响记忆B细胞的发育及其可逆性	记忆B细胞（MBCs）	免疫学	病毒感染	单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量
31	2025-01-23	A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers 2024-May-03, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj4857 PMID:38696569	研究论文	本文通过单细胞转录组、B细胞受体库和染色质可及性数据，构建了跨越20种癌症类型的B细胞蓝图，揭示了肿瘤浸润B细胞的功能和异质性	首次构建了涵盖多种癌症类型的B细胞蓝图，揭示了B细胞在肿瘤中的异质性及其与临床结果和免疫治疗抵抗的关联	研究样本量相对有限（477个样本，269名患者），且未涵盖所有癌症类型	解码肿瘤浸润B细胞的功能及其在癌症中的作用	肿瘤浸润B细胞	癌症免疫学	癌症	单细胞转录组测序、B细胞受体库分析、染色质可及性分析	NA	单细胞转录组数据、B细胞受体库数据、染色质可及性数据	477个样本，269名患者，涵盖20种癌症类型
32	2025-01-23	A human neural crest model reveals the developmental impact of neuroblastoma-associated chromosomal aberrations 2024-May-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47945-7 PMID:38702304	研究论文	本文通过人类胚胎干细胞分化和单细胞转录组及表观基因组分析，研究了神经母细胞瘤中常见的染色体17q/1q增益对胚胎肿瘤发生的影响	首次使用人类胚胎干细胞模型揭示了染色体拷贝数变异在胚胎肿瘤发生中的具体作用机制	研究主要依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内环境	探讨染色体拷贝数变异如何影响胚胎肿瘤的发生	人类胚胎干细胞及其分化的神经嵴细胞	发育生物学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	人类胚胎干细胞模型	单细胞RNA-seq数据、表观遗传数据	NA
33	2025-01-22	Adhesion G Protein-Coupled Receptor Gpr126 (Adgrg6) Expression Profiling in Diseased Mouse, Rat, and Human Kidneys 2024-05-18, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100874 PMID:38786096	研究论文	本文研究了粘附G蛋白偶联受体Gpr126在小鼠、大鼠和人类患病肾脏中的表达特征	揭示了Gpr126在肾脏疾病中的表达变化，特别是在不同类型的肾损伤中的动态表达模式	研究主要基于表达分析，未深入探讨Gpr126在肾脏疾病中的具体功能机制	探讨Gpr126在肾脏疾病中的表达变化及其潜在的治疗靶点价值	小鼠、大鼠和人类的患病肾脏	分子生物学	肾脏疾病	RT-PCR, RNAscope分析, 微阵列分析, 单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	小鼠、大鼠和人类肾脏样本，包括多种肾脏疾病患者
34	2025-01-22	Single-Cell Transcriptomic Profiling Unveils Dynamic Immune Cell Responses during Haemonchus contortus Infection 2024-05-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100842 PMID:38786064	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，监测了山羊在Haemonchus contortus感染期间外周血单核细胞（PBMCs）的动态免疫细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了H. contortus感染期间宿主PBMCs的细胞类型特异性机制	样本量较小，仅使用了四只山羊	研究H. contortus感染期间宿主免疫反应的遗传机制	山羊的外周血单核细胞（PBMCs）	生物信息学	寄生虫感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	四只山羊（两只感染，两只健康对照）
35	2025-01-21	ARID1B maintains mesenchymal stem cell quiescence via inhibition of BCL11B-mediated non-canonical Activin signaling 2024-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48285-2 PMID:38816354	研究论文	本文探讨了ARID1B在间充质干细胞（MSCs）静息状态维持中的作用及其机制	揭示了ARID1B通过抑制BCL11B介导的非经典Activin信号通路来维持MSCs静息状态的新机制	研究主要基于小鼠切牙模型，尚未在人类细胞中验证	研究ARID1B在间充质干细胞静息状态维持中的作用及其分子机制	小鼠切牙模型中的GLI1+间充质干细胞	细胞生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	小鼠切牙模型中的间充质干细胞
36	2025-01-21	Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 (TREM2) regulates phagocytosis in glioblastoma 2024-05-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad257 PMID:38237157	研究论文	本文研究了髓系细胞表达的触发受体2（TREM2）在胶质母细胞瘤中的吞噬作用调控机制	揭示了TREM2在胶质母细胞瘤中的吞噬作用而非免疫抑制功能，并提出了其作为脑肿瘤潜在治疗策略的可能性	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探讨TREM2在胶质母细胞瘤免疫病理和进展中的作用	胶质母细胞瘤中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠胶质瘤模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量
37	2025-01-16	Single-cell profiling reveals the metastasis-associated immune signature of hepatocellular carcinoma 2024-05, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1264 PMID:38780041	研究论文	本文通过单细胞转录组数据分析，揭示了肝细胞癌（HCC）转移相关的免疫特征	发现了与HCC转移相关的效应调节性T细胞（eTregs）富集现象，并识别出PHLDA1作为耗竭特异性基因，以及CCR7+树突状细胞（DCs）的新集群	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索肝细胞癌转移相关的免疫特征	肝细胞癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肝癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	不同阶段的肝细胞癌患者
38	2025-01-14	Spatial transcriptomics reveals gene interactions and signaling pathway dynamics in rat embryos with anorectal malformation 2024-05-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09878-1 PMID:38769159	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了正常和肛门直肠畸形（ARM）大鼠胚胎中基因相互作用和信号通路动态	首次在ARM胚胎中应用空间转录组学技术，结合多种生物信息学分析方法，揭示了位置特异性的基因表达和信号通路动态	研究仅针对大鼠胚胎，未涉及人类样本，且样本量有限	研究肛门直肠畸形（ARM）的分子机制和基因调控	大鼠胚胎的肛门直肠区域	数字病理学	肛门直肠畸形	空间转录组学，WGCNA，GSEA，PROGENy，免疫荧光染色	NA	基因表达数据	妊娠14至16天的大鼠胚胎，包括正常和ARM病例
39	2025-01-12	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	本文介绍了一种基于Nextflow DSL2的管道STQ，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像，特别针对患者来源的异种移植（PDX）癌症样本进行优化	该管道能够对测序转录本进行分类以解析小鼠和人类物种，并将转录本映射到参考转录组，同时将H&E WSI与Visium载玻片的空间布局对齐，为每个Visium点生成成像和定量形态学特征	NA	开发一种用于处理空间转录组数据和H&E染色图像的管道，以支持PDX癌症样本的多模态分析	患者来源的异种移植（PDX）癌症样本	数字病理学	黑色素瘤	10x Genomics Visium空间转录组技术，H&E染色	NA	空间转录组数据，H&E染色全切片图像	四个黑色素瘤PDX样本
40	2025-01-07	Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer 2024-May-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48700-8 PMID:38782901	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，探讨了非小细胞肺癌中的肿瘤生态系统，特别是髓系细胞的作用	揭示了肿瘤中抗炎性巨噬细胞与NK细胞/T细胞之间的反向关系，以及巨噬细胞在肿瘤中的转录重编程现象	样本量相对较小，仅包括25名未接受治疗的患者	研究非小细胞肺癌肿瘤生态系统中的免疫细胞类型及其作用	25名未接受治疗的腺癌和鳞状细胞癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间转录组数据	约900,000个细胞，来自25名患者