单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 539 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-03-03 |
Identification of four mitochondria-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology
2024-05-16, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00623-1
PMID:38755528
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序技术识别并分析了与脓毒症相关的线粒体基因，以阐明脓毒症免疫的潜在机制 | 结合RNA测序、生物信息学分析和单细胞测序，识别出四个与脓毒症预后显著负相关的线粒体基因（FIS1、FKBP8、GLRX5、GUK1），并验证了其诊断价值 | 样本量较小（脓毒症组20例，SIRS组12例），且为单中心研究，可能限制结果的普遍性 | 识别与脓毒症患者相关的线粒体基因，以阐明脓毒症免疫的潜在机制并提供临床治疗新思路 | 脓毒症和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的住院病例 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序 | NA | RNA（mRNA）序列数据 | 脓毒症组20例，SIRS组12例，总计32例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞测序用于明确核心基因的定位 |
| 22 | 2026-03-03 |
Wnt pathway inhibition with the porcupine inhibitor LGK974 decreases trabecular bone but not fibrosis in a murine model with fibrotic bone
2024-May, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziae011
PMID:38577521
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研究论文 | 本研究通过使用porcupine抑制剂LGK974抑制Wnt通路，探究其在G-GPCR信号过度激活的小鼠模型中，对骨纤维化和骨小梁形成的影响 | 首次在G-GPCR信号过度激活的骨纤维化小鼠模型中，应用单细胞RNA测序技术分析Wnt配体表达变化，并评估LGK974对骨小梁和纤维化的特异性作用 | LGK974仅部分减少骨小梁，对骨纤维化无显著改善，且在对照小鼠中引起明显骨丢失，提示其治疗潜力有限且存在副作用 | 探索Wnt通路抑制作为骨纤维化疾病（如纤维性发育不良）潜在治疗策略的效果 | 9周龄雄性ColI(2.3)/Rs1小鼠及其同窝对照小鼠的长骨基质细胞 | 数字病理学 | 骨纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型（ColI(2.3)/Rs1转基因小鼠） | RNA测序数据 | ColI(2.3)/Rs1小鼠及同窝对照小鼠的长骨基质细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2026-03-02 |
Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis
2024-May-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48484-x
PMID:38734693
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研究论文 | 本研究通过在小鼠模型中调控SPI1表达，探讨其对阿尔茨海默病相关表型的影响 | 首次在Aβ淀粉样变性小鼠模型中系统评估SPI1表达水平变化对AD病理的调控作用，并揭示其通过免疫反应和补体系统等通路发挥作用的机制 | 研究基于小鼠模型，结果向人类AD治疗的转化仍需进一步验证 | 探究SPI1表达调控对阿尔茨海默病发病机制的影响 | Spi1敲低和过表达的小鼠模型 | NA | 阿尔茨海默病 | 靶向转录组学、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2026-03-02 |
Cis-regulatory control of transcriptional timing and noise in response to estrogen
2024-May-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100542
PMID:38663407
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA-seq和机器学习，探索了顺式调控元件如何控制雌激素响应中的转录时序和噪音，揭示了增强子与启动子活性在调控基因响应速度和细胞间变异中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA-seq时间序列数据和机器学习方法，系统识别了调控转录时序和噪音的顺式调控特征，并验证了多重增强子活性加速基因响应速度的机制 | 研究主要聚焦于雌激素响应系统，结论在其他信号通路或细胞类型中的普适性有待进一步验证 | 探究顺式调控元件如何控制基因表达的时间动态和细胞间变异（转录噪音） | 雌激素处理时间过程中的基因转录调控 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq，机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2026-03-02 |
Peripheral HMGB1 is linked to O3 pathology of disease-associated astrocytes and amyloid
2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13825
PMID:38624088
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研究论文 | 本研究探讨了臭氧暴露如何通过肺-脑轴影响阿尔茨海默病病理，特别是疾病相关星形胶质细胞和淀粉样斑块的作用 | 首次揭示了外周髓系细胞HMGB1在调节臭氧诱导的疾病相关星形胶质细胞表型中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 阐明空气污染物臭氧通过肺-脑轴影响阿尔茨海默病病理的机制 | 5xFAD转基因小鼠和Hmgb1fl/fl LysM-Cre+基因敲除小鼠 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | 未明确说明样本数量，使用转基因小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 26 | 2026-02-28 |
Airway injury induces alveolar epithelial and mesenchymal responses mediated by macrophages
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.02.587596
PMID:38617297
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型探索了气道特异性上皮损伤如何引发远端肺泡、免疫和间质细胞的广泛反应 | 揭示了气道损伤通过肺泡巨噬细胞介导的Osteopontin上调，诱导远端肺泡II型细胞增殖和新型间质细胞群MANC2的动态变化 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证，且未深入探讨长期疾病发展机制 | 探究气道损伤对远端肺组织细胞反应的影响机制 | 小鼠模型中的气道和肺泡组织细胞 | 单细胞转录组学 | 肺损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-02-27 |
Direct comparison of mass cytometry and single-cell RNA sequencing of human peripheral blood mononuclear cells
2024-05-30, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03399-6
PMID:38816402
|
研究论文 | 本文直接比较了人类外周血单个核细胞在单细胞RNA测序和质谱流式细胞术中的细胞类型比例及蛋白质与mRNA测量的相关性 | 首次在同一细胞样本上同时进行单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术，为评估数据一致性和开发整合预测方法提供了金标准数据集 | 研究仅针对人类外周血单个核细胞，未扩展到其他组织或疾病状态，且样本量有限 | 评估单细胞转录组学和蛋白质组学测量之间的一致性，并为单细胞分析工具提供基准数据集 | 人类外周血单个核细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 一个分割样本的人类外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 28 | 2026-02-27 |
Time-course RNAseq data of murine AB1 mesothelioma and Renca renal cancer following immune checkpoint therapy
2024-05-03, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03294-0
PMID:38702329
|
研究论文 | 本文提供了小鼠AB1间皮瘤和Renca肾癌在接受免疫检查点治疗后的时间进程RNAseq数据，包括整体和单细胞测序 | 结合时间进程的整体RNA测序和单细胞测序，在治疗前和治疗后多个时间点分析免疫微环境，并比较不同样本解离协议的影响 | 研究基于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况；样本数量相对有限 | 表征免疫检查点阻断治疗反应的时间关键转录事件，并评估样本处理协议对转录信息质量的影响 | 小鼠AB1间皮瘤和Renca肾细胞癌模型 | 转录组学 | 间皮瘤, 肾癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | RNA序列数据 | 144个整体RNAseq样本（来自两种癌症类型，跨越4个时间点），12个单细胞测序样本（治疗前1小时） | NA | 整体RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-02-25 |
Emerging Roles of Spatial Transcriptomics in Liver Research
2024-05, Seminars in liver disease
IF:4.3Q1
DOI:10.1055/a-2299-7880
PMID:38574750
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综述 | 本文综述了空间转录组学在肝脏研究中的新兴作用，包括其在揭示肝细胞分区功能、肝脏疾病发病机制及肝癌异质性方面的应用 | 空间转录组学作为一种突破性技术，能够以高精度映射组织复杂结构中的基因表达，特别是在肝脏研究中揭示了肝细胞的分区功能、脂质相关巨噬细胞在脂肪变性中的作用以及肿瘤微环境与免疫系统的相互作用 | NA | 探讨空间转录组学在肝脏研究中的应用，以增强对肝脏疾病的理解和治疗 | 健康与疾病状态下的肝脏组织，包括肝细胞、巨噬细胞、内皮细胞及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2026-01-15 |
Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals Heterogeneity of Early Pig Skin Development and a Subpopulation with Hair Placode Formation
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306703
PMID:38561967
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了早期猪皮肤发育的异质性，并识别出一个与毛囊形成相关的细胞亚群 | 首次构建了胚胎皮肤的整合时空转录组图谱，并通过跨物种比较发现猪表皮比小鼠更接近人类，同时识别出毛囊起始结构的新前体细胞 | 研究主要基于猪模型，虽然与人类有较高保守性，但直接应用于人类皮肤疾病仍需进一步验证 | 研究早期皮肤发育的细胞异性和毛囊形成机制，为人类皮肤疾病研究提供参考图谱 | 正常和无毛胎猪的皮肤样本，覆盖四个发育时期 | 数字病理学 | 皮肤相关疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 正常和无毛胎猪皮肤样本，涵盖四个发育时期 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 31 | 2026-01-15 |
scmFormer Integrates Large-Scale Single-Cell Proteomics and Transcriptomics Data by Multi-Task Transformer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307835
PMID:38483032
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研究论文 | 本文提出了一种名为scmFormer的新型单细胞多模态/多任务Transformer模型，用于整合大规模单细胞蛋白质组学与转录组学数据 | scmFormer是首个能够整合单细胞蛋白质组学与其他组学数据的Transformer模型，在整合大规模单细胞多模态数据和异质多批次配对多组学数据方面表现优异 | NA | 开发一个强大的工具来整合和分析单细胞多组学数据 | 单细胞多组学数据，特别是蛋白质组学和转录组学数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞多组学 | Transformer | 单细胞蛋白质组学和转录组学数据 | 超过148万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 32 | 2026-01-15 |
Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Transcriptomics
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303752
PMID:38311573
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术，首次建立了小鼠椎间盘的空间转录组图谱，揭示了核髓祖细胞（NPPCs）的分布和分化序列 | 首次生成小鼠椎间盘的空间转录组图谱，通过空间分辨率识别核髓祖细胞标记物（如Ctsk）的分布，并推翻了Tie2作为NPPCs标记物的传统观点 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；空间转录组学技术可能受限于分辨率，无法完全捕获所有细胞类型 | 探究椎间盘核髓祖细胞的分化序列和标记物，以理解椎间盘退变的细胞机制 | 小鼠椎间盘组织，特别是核髓（NP）区域 | 空间转录组学 | 椎间盘退变 | 空间转录组学，原位测序（ISS），细胞谱系追踪 | NA | 空间转录组数据，原位测序数据 | 小鼠椎间盘组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台用于生成空间分辨的转录组图谱 |
| 33 | 2026-01-15 |
Integration Analysis of Single-Cell Multi-Omics Reveals Prostate Cancer Heterogeneity
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305724
PMID:38483933
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞多组学数据，揭示了前列腺癌的异质性及其在肿瘤微环境中的细胞生态系统 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量ATAC测序，系统描绘了前列腺癌阶段特异性微环境中的细胞异质性，并识别了SOX9AR标记的俱乐部细胞干细胞亚群以及CD8CXCR6 T细胞亚群的变化 | 研究样本量有限，且主要基于观察性数据，需要进一步功能实验验证发现的细胞亚群和相互作用机制 | 探究前列腺癌的细胞异质性及其在肿瘤微环境中的形成机制，以促进疾病诊断和治疗 | 前列腺癌患者和健康对照者的组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量ATAC测序 | 机器学习, 计算智能 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 表观基因组数据 | 一系列前列腺癌患者和健康对照者（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量ATAC-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-01-15 |
Bioengineered Hydrogels Recapitulate Fibroblast Heterogeneity in Cancer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307129
PMID:38493497
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研究论文 | 本研究利用头颈部鳞状细胞癌的单细胞RNA测序数据，预测调控癌症相关成纤维细胞亚群的微环境和细胞特征，并通过可调谐的透明质酸水凝胶系统在体外培养患者来源的CAFs，以模拟其异质性 | 通过结合单细胞RNA测序数据与可调谐水凝胶系统，首次在体外成功模拟了癌症相关成纤维细胞的异质性，并识别了微管动力学作为CAF可塑性的关键介质 | 研究主要基于头颈部鳞状细胞癌数据，可能不适用于其他癌症类型；水凝胶系统虽能模拟异质性，但可能无法完全复制体内复杂的肿瘤微环境 | 开发能反映癌症相关成纤维细胞异质性的体外模型，以促进CAF生物学理解和靶向治疗策略的评估 | 癌症相关成纤维细胞，特别是头颈部鳞状细胞癌中的CAF亚群 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-01-14 |
Shared and Compartment-Specific Processes in Nucleus Pulposus and Annulus Fibrosus During Intervertebral Disc Degeneration
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309032
PMID:38403470
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了健康和病变人类椎间盘中的纤维环和髓核细胞，揭示了椎间盘退变过程中共享和特异性的细胞变化 | 首次在单细胞水平上同时比较了纤维环和髓核在椎间盘退变中的细胞变化，并识别出新的疾病相关细胞亚群及其调控网络 | 样本数量有限，且仅基于手术分离的组织，可能无法完全代表早期退变阶段 | 阐明椎间盘退变的细胞机制，为精准治疗提供靶点 | 人类椎间盘的纤维环和髓核组织 | 单细胞组学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 纤维环：19,978和26,983个细胞；髓核：20,884和24,489个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-12-03 |
ScRNA-seq of gastric cancer tissues reveals differences in the immune microenvironment of primary tumors and metastases
2024-05, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03012-5
PMID:38555278
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胃癌组织，揭示了原发肿瘤与转移灶之间免疫微环境的差异 | 首次在单细胞分辨率上系统比较了胃癌原发灶与转移灶的免疫微环境差异，并发现ApoE表达巨噬细胞与不良预后的关联 | 样本量相对有限（46例组织），且未进行长期临床随访验证功能机制 | 探究胃癌原发肿瘤与转移灶之间免疫微环境的差异及其对疾病进展的影响 | 胃癌患者的原发肿瘤组织、癌旁非肿瘤组织及转移灶组织 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 46例胃癌组织（包括原发灶、癌旁组织和转移灶） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-12-03 |
ZEB1 controls a lineage-specific transcriptional program essential for melanoma cell state transitions
2024-05, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03010-7
PMID:38519642
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研究论文 | 本研究通过全基因组分析揭示了转录因子ZEB1在黑色素瘤细胞状态转换中的关键调控作用 | 首次在全基因组层面鉴定ZEB1在黑色素瘤中的转录靶点，并设计了黑色素瘤特异的ZEB1调控网络，结合单细胞空间多组学分析验证其在肿瘤异质性中的作用 | 研究主要基于黑色素瘤模型，在乳腺癌细胞中的比较分析显示谱系特异性，可能限制了结论在其他癌症类型的普适性 | 阐明黑色素瘤细胞可塑性和肿瘤异质性的转录调控机制 | 黑色素瘤细胞模型和人类黑色素瘤样本 | 计算生物学 | 黑色素瘤 | ChIP测序，RNA测序，单细胞RNA测序，空间多组学分析 | NA | 基因组测序数据，转录组数据，单细胞数据 | 未明确具体样本数量，包括黑色素瘤模型和人类黑色素瘤样本 | NA | ChIP-seq，RNA-seq，scRNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 38 | 2025-12-03 |
LPCAT2 inhibits colorectal cancer progression via the PRMT1/SLC7A11 axis
2024-05, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-02996-4
PMID:38605214
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现LPCAT2+肿瘤细胞群恶性程度较低，并阐明LPCAT2通过PRMT1/SLC7A11轴诱导铁死亡抑制结直肠癌进展的分子机制 | 首次在结直肠癌中鉴定出LPCAT2+低恶性细胞群，并揭示LPCAT2通过调控PRMT1乙酰化抑制其核转位，进而下调SLC7A11表达诱导铁死亡的新通路 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床样本验证相对有限，且未深入探讨LPCAT2表达异质性的调控机制 | 探究LPCAT2在结直肠癌进展中的功能及分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 人类和小鼠结直肠癌组织、结直肠癌细胞系、LPCAT2基因敲除小鼠 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类和小鼠结直肠癌组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2025-11-26 |
Multimodal cortical neuronal cell type classification
2024-05, Pflugers Archiv : European journal of physiology
DOI:10.1007/s00424-024-02923-2
PMID:38376567
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综述 | 本文综述了大脑皮层神经元细胞类型分类方法的历史演变和当前基于单细胞转录组学的分类进展 | 整合了形态学、电生理和转录组学多模态特征，提出了皮层神经元的新型分类框架 | 承认转录组学定义的细胞类型是否对应真实功能类型仍需未来验证 | 建立可靠的大脑皮层神经元细胞类型分类系统 | 大脑皮层兴奋性和抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-11-14 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集 | 通过引入代表正常组织的背景数据集，增强目标数据集中有趣模式的识别，同时减少共享主导模式的影响 | 方法主要针对空间转录组数据，在其他数据类型上的适用性尚未验证 | 开发能够更好识别空间转录组数据中生物学相关特征的方法 | 小鼠癌前肺组织样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |