单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-08-05	Bioengineered Hydrogels Recapitulate Fibroblast Heterogeneity in Cancer 2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202307129 PMID:38493497	研究论文	该研究利用生物工程水凝胶重现肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞的异质性	创新性地应用可调节的透明质酸水凝胶系统来培养患者来源的成纤维细胞，并揭示了它们的异质性特征	缺乏全面的临床验证，且水凝胶系统可能无法完全模拟体内环境的复杂性	开发反映癌相关成纤维细胞异质性的体外模型以促进治疗策略的开发	人头颈鳞状细胞癌组织中提取的不同成纤维细胞亚群	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	水凝胶培养模型	转录组数据	来源于患者的头颈鳞状细胞癌组织样本
362	2024-08-04	Bulk and single-cell RNA sequencing reveal the contribution of laminin γ2 -CD44 to the immune resistance in lymphocyte-infiltrated squamous lung cancer subtype 2024-May-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31299 PMID:38803944	研究论文	本文分析了LUSC中间质微环境的异质性及其导致免疫耐受的分子机制	识别了LUSC中一种淋巴细胞浸润亚型CS3，以及LAMC2和CD44的共同高表达与免疫耐受的关系	本研究为回顾性分析，可能受到样本选择偏差的影响	旨在探讨导致LUSC患者免疫耐受的特征和分子机制，以改善免疫疗法的效果	包含513个LUSC样本的RNA测序数据及其单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA数据	513个LUSC样本
363	2024-08-04	Spatial transcriptomic brain imaging reveals the effects of immunomodulation therapy on specific regional brain cells in a mouse dementia model 2024-May-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10434-8 PMID:38796425	研究论文	本研究使用空间转录组学技术分析了免疫调节治疗对小鼠痴呆模型中大脑特定区域细胞的影响	开发了一个适用于条形码空间转录组学的分析工作流，并提供了名为STquantool的定制分析管道	未提及具体的样本大小和实验限制	研究免疫调节治疗在阿尔茨海默病中的有效性及其对大脑细胞的影响	小鼠阿尔茨海默病模型	数字病理学	阿尔茨海默病	10x Genomics Visium	NA	转录组数据	NA
364	2024-08-05	irGSEA: the integration of single-cell rank-based gene set enrichment analysis 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae243 PMID:38801700	研究论文	irGSEA是一个R包，用于评估不同基因集评分方法在单细胞RNA测序数据中的结果。	该包整合了六种基于基因表达排名的评分方法，并使用稳健的排名聚合算法汇总结果。	未提及具体的限制	评估多种基因集评分方法在单细胞RNA测序数据的表现。	单细胞RNA测序数据中的基因集评分方法。	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	表达矩阵	NA
365	2024-08-04	Bi-allelic variants in chromatoid body protein TDRD6 cause spermiogenesis defects and severe oligoasthenoteratozoospermia in humans 2024-May-21, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2023-109766 PMID:38341271	研究论文	本研究探讨了TDRD6变异与人类不孕症之间的关联。	首次识别出五名中国不育男性中的双等位TDRD6变异，并揭示其在精子发生中的关键角色。	仅涉及五名患者，样本量较小，结果可能无法普遍适用。	研究TDRD6变异与人类精子发生缺陷之间的关系。	不孕男性及其变异的TDRD6基因。	数字病理学	生育障碍	全外显子测序，单细胞RNA测序，定量RT-PCR	CRISPR-Cas9系统的小鼠模型	基因组数据，RNA数据	5名不育男性
366	2024-08-05	Malignant transformation of white sponge nevus: a case report of a novel keratin 4 mutation 2024-May-21, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-024-04300-y PMID:38773401	病例报告	本文报告了一例白色海绵痣的恶性转化，并识别出KRT4基因的独特突变	识别出一种新的KRT4基因插入突变，并提出其可能与白色海绵痣的恶性转化相关	仅基于单例病例的观察，缺乏更大样本的验证研究	探讨白色海绵痣的恶性转化及其潜在的遗传因素	一例70岁男性患者的白色海绵痣病例	NA	口腔疾病	外显子测序以及单细胞RNA测序	NA	基因数据	1例
367	2024-08-04	Role of ferroptosis in neuroimmunity and neurodegeneration in multiple sclerosis revealed by multi-omics data 2024-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18396 PMID:38801304	研究论文	本文探讨了铁死亡在多发性硬化症中的神经免疫和神经退行性病变中的作用	研究首次定义并验证了铁死亡水平的计算指标，并利用多组学数据揭示其在多发性硬化症中的双重作用	研究可能受到样本量和病理复杂性的限制	了解铁死亡在多发性硬化症中的具体作用	多发性硬化症患者的铁死亡水平及其与神经免疫和神经退行的关系	数字病理学	多发性硬化症	snRNA-seq, 空间转录组学, 空间蛋白组学	NA	基因表达数据	七个不同白质病变的取样区域
368	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals the intra-tumoral heterogeneity and SQSTM1/P62 and Wnt/β-catenin mediated epithelial to mesenchymal transition and stemness of triple-negative breast cancer 2024-May-01, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2024.114032 PMID:38583856	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序揭示了三阴性乳腺癌中的肿瘤内异质性和相关信号通路的角色	本研究首次系统分析了SQSTM1/P62和Wnt/β-catenin在三阴性乳腺癌中介导上皮-间质转化及干性中的作用	虽然SQSTM1/P62对细胞存活并非至关重要，但其在EMT及干性标志物的分子修饰中的作用仍需进一步验证	探讨SQSTM1/P62和Wnt/β-catenin在三阴性乳腺癌进展中的机制	三阴性乳腺癌及正常患者来源的间充质干细胞	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因和蛋白表达数据	三阴性乳腺癌和正常患者来源的样本
369	2024-08-04	Exploring the potential relationship between short sleep risks and cognitive function from the perspective of inflammatory biomarkers and cellular pathways: Insights from population-based and mice studies 2024-May, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14783 PMID:38797980	研究论文	本研究探讨了短睡眠、炎症生物标志物与认知功能之间的关系。	本研究首次从炎症生物标志物和细胞通路的角度系统性揭示了短睡眠对认知功能的影响机制。	本研究的局限性在于未能探索其他因素对短睡眠与认知功能之间关系的影响。	研究短睡眠对人群和小鼠的认知功能影响及其分子机制。	针对美国人群的NHANES数据和小鼠模型进行研究。	生物医学	NA	单细胞转录组学	NA	生物标志物数据，基因表达数据	NHANES数据（2011-2014），以及小鼠研究样本
370	2024-08-05	FCRL3 expression is upregulated and closely correlates with TIGIT expression in regulatory T cells of patients with systemic lupus erythematosus 2024-May, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350739 PMID:38461541	研究论文	本研究探讨了系统性红斑狼疮患者调节性T细胞中FCRL3和TIGIT的表达关系	发现FCRL3在系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞中表达上调，并与TIGIT表达呈正相关	未提及具体的样本数量和多样性	研究FCRL3和TIGIT在调节性T细胞中的共表达情况	系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞	NA	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序与流式细胞术	NA	NA	NA
371	2024-08-05	Novel insights into the protective effects of leonurine against acute kidney injury: Inhibition of ER stress-associated ferroptosis via regulating ATF4/CHOP/ACSL4 pathway 2024-May-25, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2024.111016 PMID:38670420	研究论文	本研究探讨了药用成分leonurine在急性肾损伤中的保护作用及其机制	首次揭示了leonurine通过调节ATF4/CHOP/ASCL4信号通路抑制与内质网应激关联的铁死亡	未提及该研究的具体局限性	研究leonurine对急性肾损伤的益处及其作用机制	急性肾损伤模型中的leonurine的治疗效果	数字病理学	急性肾损伤	NA	NA	组织学数据，单细胞RNA测序数据	NA
372	2024-08-05	Benchmarking mapping algorithms for cell-type annotating in mouse brain by integrating single-nucleus RNA-seq and Stereo-seq data 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae250 PMID:38796691	研究论文	本文评估了九种映射算法在小鼠大脑空间转录组数据的细胞类型注释中的应用	提出了一种评估映射算法适用性的工作流，能够提高空间数据注释的效率和准确性	关于这些算法在Stereo-seq ST数据上的准确性评估仍未解决	阐明小鼠大脑区域中空间转录组数据的细胞类型注释问题	使用不同分辨率的10个ST数据集和24个伪ST数据集进行算法比较	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据	10个ST数据集和24个伪ST数据集
373	2024-08-04	A Galectin-9-Driven CD11chigh Decidual Macrophage Subset Suppresses Uterine Vascular Remodeling in Preeclampsia 2024-May-21, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.064391 PMID:38314577	研究论文	本研究揭示了CD11chigh胎盘巨噬细胞亚群在先兆子痫的形成中抑制子宫血管重塑的作用	发现了一个独特的CD11chigh dMφ亚群，其通过抑制子宫螺旋动脉重塑发挥作用，并阐明了其与胎盘来源的galectin-9的关系	临床实验证据需要进一步验证以确认galectin-9作为预测先兆子痫的生物标志物的有效性	探讨CD11chigh dMφ在先兆子痫中的作用及其潜在机制	研究对象包括孕妇和小鼠模型，以及相关的免疫细胞亚群	数字病理学	先兆子痫	单细胞RNA测序和空间转录组学	条件性基因敲除小鼠和一种新的先兆子痫小鼠模型	生物样本	多个独立的先兆子痫小鼠模型以及一项回顾性先兆子痫队列研究
374	2024-08-04	LINC00330/CCL2 axis-mediated ESCC TAM reprogramming affects tumor progression 2024-May-20, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-024-00592-8 PMID:38769475	研究论文	本研究探讨了LINC00330/CCL2轴介导的肿瘤相关巨噬细胞（TAM）重编程在食管鳞状细胞癌进展中的作用	揭示了LINC00330通过破坏CCL2/CCR2轴和其下游信号通路来抑制ESCC进展的新机制	在研究中未提及样本容量和具体的实验设计限制	研究LINC00330在ESCC进展中对TAM重编程的影响	食管鳞状细胞癌相关的长期非编码RNA和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	食管癌	转录组测序	NA	临床样本和单细胞测序数据	NA
375	2024-08-04	Improving replicability in single-cell RNA-Seq cell type discovery with Dune 2024-May-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05814-6 PMID:38789920	研究论文	本文提出了一种新方法Dune，用于优化单细胞RNA-Seq中细胞类型发现的簇分辨率和可重复性之间的权衡	Dune通过迭代合并簇来最大化不同分区之间的一致性，改善了集群分析的稳健性	本文未提及具体限制因素	旨在提高单细胞转录组测序中细胞分类的可靠性和再现性	涉及单细胞RNA-Seq数据集中的细胞类型分类	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	使用来自不同平台的多个数据集进行验证
376	2024-08-05	Identifying potential drug targets for keloid: A Mendelian randomization study 2024-May-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.04.023 PMID:38797322	研究论文	本文识别了瘢痕疙瘩的潜在药物靶点	通过孟德尔随机化研究发现七种潜在的药物靶点，特别强调了NTM的临床相关性	本研究可能受限于样本量和数据库的可用性	识别瘢痕疙瘩的药物靶点以改进治疗效果	靶向瘢痕疙瘩的七种蛋白质	数字病理学	瘢痕疙瘩	孟德尔随机化分析	NA	蛋白质数据, scRNA-seq数据	NA
377	2024-08-04	The Identification of RPL4 as a Hub Gene Associated with Goat Litter Size via Weighted Gene Co-Expression Network Analysis 2024-May-15, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14101470 PMID:38791687	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析识别出与山羊窝重相关的枢纽基因RPL4	揭示了RPL4基因在山羊生育能力中的重要作用，为评估山羊窝重提供了生物标志物	未提及样本的地理分布和环境影响因素	探索与山羊生殖性能相关的标志基因	山羊卵母细胞中的基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	加权基因共表达网络分析	基因表达数据	卵母细胞数据集GSE136005来自GEO数据库
378	2024-08-04	Transcriptomic signature, bioactivity and safety of a non-hepatotoxic analgesic generating AM404 in the midbrain PAG region 2024-05-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-61791-z PMID:38750093	研究论文	本文开发了一种无肝毒性的非阿片类小分子SRP-001，能够有效管理疼痛且安全性高	SRP-001不会产生肝毒性代谢物，且在高剂量下保护肝脏紧密连接的完整性	研究主要集中在小鼠模型上，临床应用仍需进一步验证	研究一种新的非肝毒性镇痛药SRP-001及其机制	CD-1小鼠及其对SRP-001和ApAP的反应	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	生物医学数据	CD-1小鼠，具体样本量未提及
379	2024-08-05	Identifying Key Regulatory Genes in Drug Resistance Acquisition: Modeling Pseudotime Trajectories of Breast Cancer Single-Cell Transcriptome 2024-May-15, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16101884 PMID:38791962	研究论文	本文提出了一种结合数学建模和伪时间分析的方法，以研究乳腺癌单细胞转录组中的药物耐药性关键调控基因	创新点在于使用时间序列scRNA-seq数据和单基因数学模型，识别了约560-680个表现多稳定表达状态的基因	对分子系统层面动态细胞转变的理解仍然有限	研究药物耐药性获得的关键调控基因	MCF-7乳腺癌细胞系在他莫昔芬处理下的单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	单基因数学模型	基因表达数据	6000个基因的多个亚群体
380	2024-08-05	A Gold Standard-Derived Modular Barcoding Approach to Cancer Transcriptomics 2024-May-15, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16101886 PMID:38791964	研究论文	本文提出了一种灵活条形码的癌症转录组学方法，将癌症特异性基因表达模块组合成便于管理的信息。	创新点在于采用高质量金标准导出的模块捕捉与特定癌症类型相关的功能性基因，提供了快速有效的假设生成和测试方式	本研究的局限性在于未提供与不同癌症类型之间更广泛的数据对比	研究目的在于简化癌症转录组信息，以便于更广泛的研究和临床应用	研究对象为癌症类型特异性的基因表达模块	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA