单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 539 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-04 |
Decoding the principle of cell-fate determination for its reverse control
2024-May-06, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00372-2
PMID:38710700
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研究论文 | 该文章探讨了细胞命运决定的机制及其反向控制 | 提出了一种利用单细胞RNA-seq数据进行动态分子调控网络建模的概念控制框架 | 获取用于模型开发的基本动态实验数据仍然是一个重大障碍 | 理解和操控细胞命运决定的过程 | 细胞命运决定的核心调控电路及其主调控因子 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 动态分子调控网络数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 362 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of adipose tissue-derived mesenchymal stem cells under chondrogenic induction
2024-May, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:37915134
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪组织来源的间充质干细胞在软骨诱导下的异质性。 | 揭示了不同细胞簇之间在增殖和分化平衡中的差异，特别是在软骨刺激前后的动态变化。 | 研究主要集中在特定时间点的单细胞RNA测序，可能缺乏对更长期分化过程的全面了解。 | 研究脂肪组织来源间充质干细胞对软骨诱导的反应及其异质性。 | 脂肪组织来源的间充质干细胞（AT-MSCs）。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 37,219个高质量转录本 | NA | NA | NA | NA |
| 363 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome atlas reveals somatic cell embryogenic differentiation features during regeneration
2024-May-31, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae107
PMID:38401160
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研究论文 | 该文章研究了在植物再生过程中，体细胞胚胎发生中的细胞分化特征。 | 研究揭示了棉花体细胞胚胎发生中的标记基因调控模式，并识别出特定的细胞群体和新型基因。 | 研究主要集中在棉花样本上，可能不适用于其他植物类型的细胞分化研究。 | 探索植物再生过程中的体细胞全能性及其分化特征。 | 研究体细胞胚胎发生过程中的不同细胞群体和基因表达。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 样本包括了非胚胎性愈伤组织和初级胚胎性愈伤组织的异质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 364 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the expansion of circulating tissue-homing B cell subsets in secondary acute dengue viral infection
2024-May-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e30314
PMID:38818157
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研究论文 | 本研究分析了登革病毒感染患者外周血中B细胞亚群的变化 | 首次揭示了二次登革病毒感染中循环组织归巢B细胞亚群的扩增 | 仅分析了来自登革病毒感染患者的外周血样本，不包括其他部位的B细胞 | 探讨组织归巢B细胞在登革病毒感染中的抗病毒免疫作用 | 登革病毒感染患者的B细胞亚群 | 数字病理学 | 登革热 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 文本 | 从登革病毒感染患者中获取的外周血样本 | NA | NA | NA | NA |
| 365 | 2024-08-05 |
Advancing skeletal health and disease research with single-cell RNA sequencing
2024-May-30, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00538-3
PMID:38816888
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在骨骼健康和疾病研究中的应用。 | 提供了一种获得高质量骨骼组织单细胞的简化方法，揭示了关节疾病的新见解。 | 在高度矿化的骨骼组织中，单细胞级别机制的研究面临技术挑战。 | 研究骨骼健康和疾病的细胞和分子层面的机制。 | 主要研究脊椎、关节、骨骼、肌肉和腱相关的疾病。 | 数字病理学 | 关节疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 366 | 2024-08-05 |
An amphioxus neurula stage cell atlas supports a complex scenario for the emergence of vertebrate head mesoderm
2024-May-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48774-4
PMID:38811547
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研究论文 | 本研究构建了头索动物神经胚阶段的细胞图谱，以支持脊椎动物头部中胚层出现的复杂情境 | 通过使用scRNA-seq构建细胞图谱，验证了头索动物中存在的前脊板样区域，并支持了特定细胞群体的同源性 | 未明确说明研究的局限性 | 探讨脊椎动物形态创新的出现与新胚胎细胞种群的关系 | 头索动物的胚胎细胞群体 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 367 | 2024-08-04 |
Next-Generation Sequencing-Based Spatial Transcriptomics: A Perspective from Barcoding Chemistry
2024-May-27, JACS Au
IF:8.5Q1
DOI:10.1021/jacsau.4c00118
PMID:38818076
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评论 | 这篇文章探讨了基于下一代测序的空间转录组学方法及其条形码化学的进展 | 强调了空间条形码化学在空间转录组学中的重要性和创新应用 | 该文章未深入探讨特定实验结果或案例 | 旨在揭示细胞类型、位置及其相互作用相关的基因表达特征 | 关注空间转录组技术及其应用于生物学和医学研究 | 数字病理学 | 肿瘤 | 下一代测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 368 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing technology in diabetic wound healing: New insights into the progenitors-based repair strategies
2024-May-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v16.i5.462
PMID:38817326
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研究论文 | 本文章集中于单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口愈合中的应用，探讨基于祖细胞的修复策略 | 揭示了基于祖细胞的修复策略并强调了不同愈合相关细胞的生物行为和信号通路的变化 | 未提及具体的实验数据或样本分析 | 揭示糖尿病伤口愈合的复杂生物学并为干预提供新的目标 | 糖尿病伤口中的祖细胞及其在愈合过程中的角色 | 数字病理学 | 糖尿病相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞和分子层面的数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 369 | 2024-08-04 |
SpaNCMG: improving spatial domains identification of spatial transcriptomics using neighborhood-complementary mixed-view graph convolutional network
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae259
PMID:38811360
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研究论文 | 本文提出了一种SpaNCMG算法，以提高空间转录组学中的空间域识别准确性 | 提出基于邻域互补混合视图图卷积网络的算法，有效整合KNN的局部信息与r半径的全局结构 | 处理高维数据时可能存在计算复杂度和噪声影响的挑战 | 旨在实现空间域的精确描述和定位 | 通过五个数据集与四个测序平台的应用测试算法性能 | 数字病理学 | NA | KPCA | 图卷积网络 | 转录组数据 | 五个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 370 | 2024-08-04 |
Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation
2024-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07372-6
PMID:38658756
|
研究论文 | 本文研究了肝脏门静脉区域的巨噬细胞如何保护肝脏免受常驻细菌引发的炎症影响。 | 揭示了肝脏不同区域的免疫系统功能差异，并发现了由肠道微生物诱导的免疫抑制性巨噬细胞的特定亚群。 | 未明确指出研究的局限性 | 探讨肝脏门静脉区免疫抑制机制及其在慢性肝炎症中的作用。 | 功能性特异性巨噬细胞以及与肠道微生物的相互作用。 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎，原发性硬化性胆管炎 | 单细胞转录组学，体内成像 | 动物实验模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 371 | 2024-08-04 |
Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with Monopogen
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01873-x
PMID:37592035
|
研究论文 | 本文介绍了Monopogen，一种用来从单细胞测序数据中检测单核苷酸变异的计算工具。 | Monopogen结合了群体遗传学、细胞谱系追踪和单细胞组学，能够识别与心肌细胞代谢水平和表观基因组程序相关的变异，并提高了体细胞SNV的检测。 | NA | 研究单细胞组学技术如何依赖于细胞的遗传背景进行转录和表观遗传特征的分子表征。 | 检测单细胞测序数据中的单核苷酸变异。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 能够识别10万个至300万个生殖系SNV | NA | NA | NA | NA |
| 372 | 2024-08-04 |
The upregulation and transcriptional regulatory mechanisms of Extra spindle pole bodies like 1 in bladder cancer: An immunohistochemistry and high-throughput screening Evaluation
2024-May-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31192
PMID:38813236
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研究论文 | 本研究探讨了在膀胱癌中Extra Spindle Pole Bodies Like 1 (ESPL1)的表达水平和转录调控机制 | 本研究首次揭示了ESPL1在膀胱癌中的上调表达及其与转录因子的相关性，提出ESPL1可能作为膀胱癌的免疫相关预测和诊断标志物 | 该研究样本虽多，但对特定亚型膀胱癌的适用性可能存在局限性，需进一步验证 | 研究ESPL1在膀胱癌中的表达及其转录调控机制 | 膀胱癌患者样本及其相关的细胞分子机制 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 免疫组化(IHC), 单细胞测序(scRNA-seq), ATAC-seq, ChIP-seq, Hi-C | NA | 组织和血液样本 | 1391个样本用于数据库分析，202个样本用于IHC验证，6625个血液样本和537个组织样本用于miR-299-5p检测 | NA | NA | NA | NA |
| 373 | 2024-08-05 |
Non-apoptotic regulatory cell death scoring system to predict the clinical outcome and drug choices in breast cancer
2024-May-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31342
PMID:38813233
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研究论文 | 本研究提出了一种新型的非凋亡调节细胞死亡评分系统，用于预测乳腺癌的临床结果和药物选择 | 提出了一个与非凋亡调节细胞死亡相关的新风险特征，有望成为乳腺癌的潜在预后标记 | 未提及具体的局限性 | 研究非凋亡调节细胞死亡在乳腺癌中的作用及其预后价值 | 乳腺癌患者的RNA序列和临床数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA测序 | Lasso回归、随机森林、XGBoost | 基因表达数据 | 从TCGA数据库和GEO数据库使用的样本数量未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 374 | 2024-08-05 |
GHSR in a subset of GABA neurons controls food deprivation-induced hyperphagia in male mice
2024-May-30, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqae061
PMID:38815068
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研究论文 | 本研究探讨了生长激素分泌素受体（GHSR）在特定GABA神经元中对食物剥夺引起的贪食的调控作用 | 确定了GHSR主要作用于下丘脑弓形核中的非AgRP GABA神经元子集 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不适用于其他物种或更广泛的生理条件 | 验证GHSR在特定GABA神经元中的表达是否足以介导其对进食的影响 | 选择性表达GHSR的特定GABA神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本数据 | 涉及多个基因型小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 375 | 2024-08-04 |
Integration of single-cell sequencing and bulk RNA-seq to identify and develop a prognostic signature related to colorectal cancer stem cells
2024-05-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-62913-3
PMID:38806611
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序与传统RNA测序相结合，识别并开发与结直肠癌干细胞相关的预后标记。 | 首次提出基于结直肠癌干细胞相关基因的预后风险模型，并鉴定关键基因RPS17作为潜在的预后标记和治疗靶点。 | 目前尚无临床可用的基于CRCSC相关基因的预后标记。 | 研究结直肠癌干细胞在肿瘤转移、复发和化疗耐药中的作用，并开发相关的预后标记。 | 本研究对象为结直肠癌相关干细胞及其相关基因。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因数据 | 使用TCGA和GEO数据库的数据进行分析，样本数量未具体列出 | NA | NA | NA | NA |
| 376 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the evolution of the immune landscape during perihematomal edema progression after intracerebral hemorrhage
2024-May-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03113-8
PMID:38807233
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脑出血后周围血肿水肿的免疫环境演变。 | 首次在单细胞水平上全面描绘了人类周围血肿水肿组织中的多样免疫细胞群体。 | 研究仅限于9名患者，样本量较小，可能影响结果的普遍性。 | 目标是表征人类周围血肿水肿组织中免疫细胞群体的转录组特征。 | 9名基底节脑出血患者的周围血肿水肿组织样本。 | 数字病理学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 9名患者的周围血肿水肿组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 377 | 2024-08-05 |
GLI1+ Cells Contribute to Vascular Remodeling in Pulmonary Hypertension
2024-May-24, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323736
PMID:38639105
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研究论文 | 这篇文章探讨了GLI1+细胞在肺动脉高压中对血管重塑的贡献 | 阐明了GLI1+细胞作为肺动脉高压中血管平滑肌细胞的新来源，并探索了其信号通路的潜在治疗作用 | 尚未完全阐明GLI1+细胞在动态血管重塑过程中的具体机制 | 研究GLI1+细胞在肺动脉高压中的作用及其在血管重塑中的重要性 | 主要研究GLI1+细胞在肺动脉高压小鼠模型中的表型和功能 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 组织样本 | 使用了GLI1Cre-ERT2; tdTomatoflox小鼠进行实验分析 | NA | NA | NA | NA |
| 378 | 2024-08-04 |
Analysis of synthetic cellular barcodes in the genome and transcriptome with BARtab and bartools
2024-May-20, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100763
PMID:38670101
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研究论文 | 本文介绍了一种用于细胞条形码分析的工具BARtab和bartools | 提出了一个综合的端到端细胞条形码分析工具包，包含多个功能以简化数据提取和分析 | 未提及具体的局限性 | 研究细胞条形码在基因组和转录组中的应用 | 针对细胞条形码的网络状况进行分析，包含人群水平、单细胞和空间转录组实验 | 数字病理学 | NA | 高通量测序 | NA | 转录组数据 | 多个示例样本，包括大样本、单细胞及空间转录组实验 | NA | NA | NA | NA |
| 379 | 2024-08-04 |
Semaglutide ameliorates obesity-induced cardiac inflammation and oxidative stress mediated via reduction of neutrophil Cxcl2, S100a8, and S100a9 expression
2024-May, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-023-04784-2
PMID:37318712
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研究论文 | 本研究探讨了塞马鲁肽在肥胖导致的心脏炎症和氧化压力中的作用。 | 揭示了塞马鲁肽通过降低中性粒细胞Cxcl2、S100a8和S100a9表达来减轻肥胖引起的心脏炎症和氧化压力的新机制。 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类的生理情况。 | 探究肥胖引起的心肌损伤机制及塞马鲁肽的心脏保护影响。 | 肥胖小鼠模型及其心脏组织和血清中的炎症和氧化压力水平。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 血清和心脏组织样本 | 肥胖小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 380 | 2024-08-04 |
Immune rebalancing at the maternal-fetal interface of maternal SARS-CoV-2 infection during early pregnancy
2024-May-28, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae006
PMID:38441496
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研究论文 | 该研究分析了早期妊娠中母体SARS-CoV-2感染对母胎界面的影響。 | 发现了早期妊娠中母体感染SARS-CoV-2引起的免疫应答和代谢变化，以及随后建立的新动态平衡。 | 目前对早期妊娠SARS-CoV-2感染对母胎界面的影响仍然了解不足。 | 探讨母体SARS-CoV-2感染对母胎界面的影响及其机制。 | 分析了感染SARS-CoV-2的胎盘样本。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学和代谢组学 | NA | 胎盘样本 | NA | NA | NA | NA | NA |