单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 558 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-08-05 |
Malignant transformation of white sponge nevus: a case report of a novel keratin 4 mutation
2024-May-21, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-024-04300-y
PMID:38773401
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病例报告 | 本文报告了一例白色海绵痣的恶性转化，并识别出KRT4基因的独特突变 | 识别出一种新的KRT4基因插入突变，并提出其可能与白色海绵痣的恶性转化相关 | 仅基于单例病例的观察，缺乏更大样本的验证研究 | 探讨白色海绵痣的恶性转化及其潜在的遗传因素 | 一例70岁男性患者的白色海绵痣病例 | NA | 口腔疾病 | 外显子测序以及单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 1例 |
| 342 | 2024-08-04 |
Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma
2024-May-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.03.029
PMID:38653236
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学、空间蛋白组学和计算方法来定义脑胶质瘤的细胞状态及其组织结构 | 首次揭示了脑胶质瘤的多层次组织结构以及缺氧在长距离组织中的作用 | 未提供关于样本大小和具体数据的详细信息 | 探讨脑胶质瘤细胞状态的组织架构 | 脑胶质瘤中的恶性细胞及其不同状态 | 数字病理学 | 脑瘤 | 空间转录组学，空间蛋白组学，计算方法 | NA | NA | NA |
| 343 | 2024-08-04 |
Role of ferroptosis in neuroimmunity and neurodegeneration in multiple sclerosis revealed by multi-omics data
2024-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18396
PMID:38801304
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研究论文 | 本文探讨了铁死亡在多发性硬化症中的神经免疫和神经退行性病变中的作用 | 研究首次定义并验证了铁死亡水平的计算指标，并利用多组学数据揭示其在多发性硬化症中的双重作用 | 研究可能受到样本量和病理复杂性的限制 | 了解铁死亡在多发性硬化症中的具体作用 | 多发性硬化症患者的铁死亡水平及其与神经免疫和神经退行的关系 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | snRNA-seq, 空间转录组学, 空间蛋白组学 | NA | 基因表达数据 | 七个不同白质病变的取样区域 |
| 344 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveals the intra-tumoral heterogeneity and SQSTM1/P62 and Wnt/β-catenin mediated epithelial to mesenchymal transition and stemness of triple-negative breast cancer
2024-May-01, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2024.114032
PMID:38583856
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了三阴性乳腺癌中的肿瘤内异质性和相关信号通路的角色 | 本研究首次系统分析了SQSTM1/P62和Wnt/β-catenin在三阴性乳腺癌中介导上皮-间质转化及干性中的作用 | 虽然SQSTM1/P62对细胞存活并非至关重要，但其在EMT及干性标志物的分子修饰中的作用仍需进一步验证 | 探讨SQSTM1/P62和Wnt/β-catenin在三阴性乳腺癌进展中的机制 | 三阴性乳腺癌及正常患者来源的间充质干细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因和蛋白表达数据 | 三阴性乳腺癌和正常患者来源的样本 |
| 345 | 2024-08-04 |
Exploring the potential relationship between short sleep risks and cognitive function from the perspective of inflammatory biomarkers and cellular pathways: Insights from population-based and mice studies
2024-May, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14783
PMID:38797980
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研究论文 | 本研究探讨了短睡眠、炎症生物标志物与认知功能之间的关系。 | 本研究首次从炎症生物标志物和细胞通路的角度系统性揭示了短睡眠对认知功能的影响机制。 | 本研究的局限性在于未能探索其他因素对短睡眠与认知功能之间关系的影响。 | 研究短睡眠对人群和小鼠的认知功能影响及其分子机制。 | 针对美国人群的NHANES数据和小鼠模型进行研究。 | 生物医学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 生物标志物数据，基因表达数据 | NHANES数据（2011-2014），以及小鼠研究样本 |
| 346 | 2024-08-05 |
FCRL3 expression is upregulated and closely correlates with TIGIT expression in regulatory T cells of patients with systemic lupus erythematosus
2024-May, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350739
PMID:38461541
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研究论文 | 本研究探讨了系统性红斑狼疮患者调节性T细胞中FCRL3和TIGIT的表达关系 | 发现FCRL3在系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞中表达上调，并与TIGIT表达呈正相关 | 未提及具体的样本数量和多样性 | 研究FCRL3和TIGIT在调节性T细胞中的共表达情况 | 系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞 | NA | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序与流式细胞术 | NA | NA | NA |
| 347 | 2024-08-05 |
Group 1 ILCs: Heterogeneity, plasticity, and transcriptional regulation
2024-May, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13327
PMID:38563448
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review | 本综述概述了小鼠1组先天淋巴细胞的基本特征及其相关的最新发现 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了1组ILCs的异质性，并探讨其发育程序、表型异质性、可塑性和转录调控 | 由于主要集中在小鼠模型，可能限制了对人类ILCs的全面理解 | 探索小鼠1组先天淋巴细胞的发育程序及其特征 | 主要研究小鼠的ILC1和自然杀伤细胞 | NA | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | NA |
| 348 | 2024-08-05 |
Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2024-May-28, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c01401
PMID:38751164
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研究论文 | 本研究探讨了人脐带间充质干细胞衍生的细胞外囊泡在伤口愈合中的作用 | 揭示了hucMSC-EV诱导的MMP13+成纤维细胞及其独特的信号通路 | 对成纤维细胞和角质形成细胞的响应机制理解有限 | 探索hucMSC-EV在小鼠皮肤伤口微环境中的影响 | 小鼠的皮肤伤口微环境及成纤维细胞和角质形成细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 小鼠 |
| 349 | 2024-08-05 |
Novel insights into the protective effects of leonurine against acute kidney injury: Inhibition of ER stress-associated ferroptosis via regulating ATF4/CHOP/ACSL4 pathway
2024-May-25, Chemico-biological interactions
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.cbi.2024.111016
PMID:38670420
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研究论文 | 本研究探讨了药用成分leonurine在急性肾损伤中的保护作用及其机制 | 首次揭示了leonurine通过调节ATF4/CHOP/ASCL4信号通路抑制与内质网应激关联的铁死亡 | 未提及该研究的具体局限性 | 研究leonurine对急性肾损伤的益处及其作用机制 | 急性肾损伤模型中的leonurine的治疗效果 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | NA | NA | 组织学数据，单细胞RNA测序数据 | NA |
| 350 | 2024-08-05 |
Benchmarking mapping algorithms for cell-type annotating in mouse brain by integrating single-nucleus RNA-seq and Stereo-seq data
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae250
PMID:38796691
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研究论文 | 本文评估了九种映射算法在小鼠大脑空间转录组数据的细胞类型注释中的应用 | 提出了一种评估映射算法适用性的工作流，能够提高空间数据注释的效率和准确性 | 关于这些算法在Stereo-seq ST数据上的准确性评估仍未解决 | 阐明小鼠大脑区域中空间转录组数据的细胞类型注释问题 | 使用不同分辨率的10个ST数据集和24个伪ST数据集进行算法比较 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 空间转录组数据 | 10个ST数据集和24个伪ST数据集 |
| 351 | 2024-08-04 |
A Galectin-9-Driven CD11chigh Decidual Macrophage Subset Suppresses Uterine Vascular Remodeling in Preeclampsia
2024-May-21, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究揭示了CD11chigh胎盘巨噬细胞亚群在先兆子痫的形成中抑制子宫血管重塑的作用 | 发现了一个独特的CD11chigh dMφ亚群，其通过抑制子宫螺旋动脉重塑发挥作用，并阐明了其与胎盘来源的galectin-9的关系 | 临床实验证据需要进一步验证以确认galectin-9作为预测先兆子痫的生物标志物的有效性 | 探讨CD11chigh dMφ在先兆子痫中的作用及其潜在机制 | 研究对象包括孕妇和小鼠模型，以及相关的免疫细胞亚群 | 数字病理学 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | 条件性基因敲除小鼠和一种新的先兆子痫小鼠模型 | 生物样本 | 多个独立的先兆子痫小鼠模型以及一项回顾性先兆子痫队列研究 |
| 352 | 2024-08-04 |
LINC00330/CCL2 axis-mediated ESCC TAM reprogramming affects tumor progression
2024-May-20, Cellular & molecular biology letters
IF:9.2Q1
DOI:10.1186/s11658-024-00592-8
PMID:38769475
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研究论文 | 本研究探讨了LINC00330/CCL2轴介导的肿瘤相关巨噬细胞（TAM）重编程在食管鳞状细胞癌进展中的作用 | 揭示了LINC00330通过破坏CCL2/CCR2轴和其下游信号通路来抑制ESCC进展的新机制 | 在研究中未提及样本容量和具体的实验设计限制 | 研究LINC00330在ESCC进展中对TAM重编程的影响 | 食管鳞状细胞癌相关的长期非编码RNA和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 转录组测序 | NA | 临床样本和单细胞测序数据 | NA |
| 353 | 2024-08-05 |
DeepDecon accurately estimates cancer cell fractions in bulk RNA-seq data
2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2024.100969
PMID:38800361
|
研究论文 | 提出了一种名为DeepDecon的深度神经网络模型，用于准确估计大规模RNA-seq数据中的癌细胞比例 | DeepDecon通过利用单细胞基因表达信息，提供了一种迭代估计癌细胞比例的精炼策略，是对现有分解方法的显著改进 | 该研究未提及具体的样本类型和数量限制 | 研究肿瘤组织的细胞组成对疾病诊断、预后和治疗的重要性 | 通过大规模RNA-seq数据预测肿瘤细胞的比例 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | 深度神经网络 | RNA-seq数据 | NA |
| 354 | 2024-08-05 |
Comprehensive integration of single-cell transcriptomic data illuminates the regulatory network architecture of plant cell fate specification
2024-May, Plant diversity
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.pld.2024.03.008
PMID:38798726
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研究论文 | 本研究介绍了一个全面的单细胞转录组图谱，阐明了植物细胞命运特征的调控网络结构 | 整合了63个此前发布的scRNA-seq数据集，识别了47种不同的细胞类型或状态，极大扩展了我们对植物细胞组成的现有认识 | NA | 探讨植物形态发生过程中基因表达程序及其调控网络 | 植物幼苗的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 63个scRNA-seq数据集 |
| 355 | 2024-08-04 |
Improving replicability in single-cell RNA-Seq cell type discovery with Dune
2024-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05814-6
PMID:38789920
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研究论文 | 本文提出了一种新方法Dune，用于优化单细胞RNA-Seq中细胞类型发现的簇分辨率和可重复性之间的权衡 | Dune通过迭代合并簇来最大化不同分区之间的一致性，改善了集群分析的稳健性 | 本文未提及具体限制因素 | 旨在提高单细胞转录组测序中细胞分类的可靠性和再现性 | 涉及单细胞RNA-Seq数据集中的细胞类型分类 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 使用来自不同平台的多个数据集进行验证 |
| 356 | 2024-08-05 |
Identifying potential drug targets for keloid: A Mendelian randomization study
2024-May-24, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.04.023
PMID:38797322
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研究论文 | 本文识别了瘢痕疙瘩的潜在药物靶点 | 通过孟德尔随机化研究发现七种潜在的药物靶点，特别强调了NTM的临床相关性 | 本研究可能受限于样本量和数据库的可用性 | 识别瘢痕疙瘩的药物靶点以改进治疗效果 | 靶向瘢痕疙瘩的七种蛋白质 | 数字病理学 | 瘢痕疙瘩 | 孟德尔随机化分析 | NA | 蛋白质数据, scRNA-seq数据 | NA |
| 357 | 2024-08-04 |
The Identification of RPL4 as a Hub Gene Associated with Goat Litter Size via Weighted Gene Co-Expression Network Analysis
2024-May-15, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani14101470
PMID:38791687
|
研究论文 | 本研究通过加权基因共表达网络分析识别出与山羊窝重相关的枢纽基因RPL4 | 揭示了RPL4基因在山羊生育能力中的重要作用，为评估山羊窝重提供了生物标志物 | 未提及样本的地理分布和环境影响因素 | 探索与山羊生殖性能相关的标志基因 | 山羊卵母细胞中的基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 卵母细胞数据集GSE136005来自GEO数据库 |
| 358 | 2024-08-04 |
Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning
2024-May-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.04.006
PMID:38754367
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研究论文 | 本文介绍了一种结合深度学习模型的图像基础空间转录组学分析管道Polaris | Polaris提供了一种统一的分析解决方案，简化了空间转录组数据的处理 | NA | 开发一种高效的空间转录组学分析工具 | 专注于单细胞基因表达的定量分析 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 深度学习模型 | 图像 | NA |
| 359 | 2024-08-04 |
Transcriptomic signature, bioactivity and safety of a non-hepatotoxic analgesic generating AM404 in the midbrain PAG region
2024-05-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-61791-z
PMID:38750093
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研究论文 | 本文开发了一种无肝毒性的非阿片类小分子SRP-001，能够有效管理疼痛且安全性高 | SRP-001不会产生肝毒性代谢物，且在高剂量下保护肝脏紧密连接的完整性 | 研究主要集中在小鼠模型上，临床应用仍需进一步验证 | 研究一种新的非肝毒性镇痛药SRP-001及其机制 | CD-1小鼠及其对SRP-001和ApAP的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 生物医学数据 | CD-1小鼠，具体样本量未提及 |
| 360 | 2024-08-05 |
Identifying Key Regulatory Genes in Drug Resistance Acquisition: Modeling Pseudotime Trajectories of Breast Cancer Single-Cell Transcriptome
2024-May-15, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16101884
PMID:38791962
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研究论文 | 本文提出了一种结合数学建模和伪时间分析的方法，以研究乳腺癌单细胞转录组中的药物耐药性关键调控基因 | 创新点在于使用时间序列scRNA-seq数据和单基因数学模型，识别了约560-680个表现多稳定表达状态的基因 | 对分子系统层面动态细胞转变的理解仍然有限 | 研究药物耐药性获得的关键调控基因 | MCF-7乳腺癌细胞系在他莫昔芬处理下的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 单基因数学模型 | 基因表达数据 | 6000个基因的多个亚群体 |