单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 539 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-05 |
Single-cell and single-nucleus RNA-sequencing from paired normal-adenocarcinoma lung samples provide both common and discordant biological insights
2024-May, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011301
PMID:38814983
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研究论文 | 本文比较了配对正常-腺癌肺样本中单细胞RNA测序和单核RNA测序的生物学洞见 | 首次系统比较了scRNA-seq和snRNA-seq在正常和腺癌肺组织样本中的一致性和差异性 | 免疫细胞去除的额外操作影响了细胞活力，并放大了与应激反应相关的转录特征 | 探讨正常肺组织向腺癌组织转变的细胞过渡，以及不同RNA测序技术所捕获的生物信息 | 配对的正常及腺癌人类肺样本 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 细胞转录组 | 160,621个细胞/细胞核 | NA | NA | NA | NA |
| 322 | 2024-08-04 |
SCSMD: Single Cell Consistent Clustering based on Spectral Matrix Decomposition
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae273
PMID:38855914
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研究论文 | 本文提出了一种基于谱矩阵分解的单细胞一致性聚类方法SCSMD | SCSMD融合了多种聚类方法的优势，以确定最佳聚类方案 | NA | 研究单细胞测序数据分析中的聚类问题 | 真实的scRNA-seq数据集，总共15个数据集 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | scRNA-seq | NA | 数据集 | 15个真实的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 323 | 2024-08-04 |
High-density generation of spatial transcriptomics with STAGE
2024-May-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae294
PMID:38647109
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研究论文 | 本文开发了一种名为STAGE的空间位置监督自编码生成器，用于生成高密度的空间转录组数据 | STAGE使用定制的自监督编码器学习基因表达的连续模式，从而能够生成高分辨率的基因表达，并提高空间转录组数据的质量 | 尚未提及关于STAGE的适用范围或者可能存在的局限性 | 研究旨在改善空间转录组技术中数据分辨率和质量的不足 | 研究对象是空间转录组数据集和基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 自编码生成器 | 自编码器 | 转录组数据 | 四个空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 324 | 2024-08-04 |
Structural, Functional, and Genetic Changes Surrounding Electrodes Implanted in the Brain
2024-05-07, Accounts of chemical research
IF:16.4Q1
DOI:10.1021/acs.accounts.4c00057
PMID:38630432
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研究论文 | 该文章研究植入电极周围的结构、功能和基因变化，旨在改善可植入神经技术的设计 | 创新点在于开发了新的'设备切片'技术，捕捉慢性植入电极与活体大鼠脑组织的相互作用，并揭示了电极周围组织重塑的新观察结果 | 尚需进一步的信息有效链接生物反应与设备设计的特定方面 | 探讨设备与组织整合的基本科学原理，以改善可植入神经技术的设计 | 研究植入电极周围细胞的结构、功能和基因变化 | 数字病理 | NA | 单细胞电生理学，双光子成像，空间转录组学 | NA | 基因表达数据，细胞电生理数据 | 使用活体大鼠脑组织进行研究，具体样本大小未提供 | NA | NA | NA | NA |
| 325 | 2024-08-05 |
Identification of a novel prognostic signature based on vitamin metabolism clustering-related genes in lung adenocarcinoma
2024-May-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-245
PMID:38854940
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研究论文 | 本研究建立了一个基于维生素代谢相关基因的肺腺癌预后模型 | 首次探索了维生素代谢在肺腺癌中的作用，并建立了一个预后签名 | 未提及样本的多样性和验证该模型在其他人群中的效果 | 旨在识别与肺腺癌相关的维生素代谢差异表达基因 | 研究对象为肺腺癌患者及其维生素代谢模式 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用了TCGA-LUAD、GSE68465和GSE72094的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-08-05 |
Contribution of crosstalk of mesothelial and tumoral epithelial cells in pleural metastasis of lung cancer
2024-May-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-118
PMID:38854934
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研究论文 | 本文探讨了胸膜转移中间皮细胞与肿瘤上皮细胞之间的相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序系统性调查了不同细胞类型及其在肺癌胸膜转移中的相互作用 | 缺乏对所有可能相关细胞类型全面的探讨和分析 | 研究中间皮细胞与恶性肿瘤细胞在肺癌胸膜转移中的相互作用及其机制 | 肺癌患者的中间皮细胞和肿瘤上皮细胞 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 包括5个来自正常、非恶性疾病及肺癌患者的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2024-08-05 |
Prognostic impact and immunotherapeutic implications of NETosis-related prognostic model in clear cell renal cell carcinoma
2024-May-27, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05761-y
PMID:38801430
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研究论文 | 本文构建了一个与坏死性凋亡相关的预后模型，以探讨其在透明细胞肾细胞癌中的影响 | 提出了一个新的与坏死性凋亡相关的预后标识符，并探讨了其在免疫特征和肿瘤突变负担等方面的作用 | 研究的外部验证和算法应用的多样性可能影响结果的广泛适用性 | 研究坏死性凋亡对透明细胞肾细胞癌预后和免疫治疗的影响 | 透明细胞肾细胞癌患者及其相关细胞系 | 数字病理学 | 肾癌 | 实时定量PCR（RT-qPCR）、单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了ccRCC组织样本和细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 328 | 2024-08-05 |
Machine learning identifies the role of SMAD6 in the prognosis and drug susceptibility in bladder cancer
2024-May-20, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05798-z
PMID:38767747
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研究论文 | 本研究揭示了膀胱癌的两种新亚型，并确定了SMAD6作为一个有前景的治疗靶点 | 首次识别SMAD6在膀胱癌预后和药物敏感性中的作用，并发现膀胱癌的两种新亚型 | 尚未在临床试验中验证SMAD6作为治疗靶点的实际效果 | 预测膀胱癌的预后并识别新疗法的精确治疗靶点 | TGF-β信号通路相关基因及其在膀胱癌样本中的表达 | 机器学习 | 膀胱癌 | 无监督聚类分析 | 机器学习分类器 | 转录组数据 | TCGA-BLCA样本 | NA | NA | NA | NA |
| 329 | 2024-08-05 |
Bioinformatic Analysis of Gene Expression Related to Sialic Acid Biosynthesis in Patients With Medulloblastoma
2024-May, Cureus
DOI:10.7759/cureus.59997
PMID:38854216
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析探讨与小脑胶质瘤患者中唾液酸代谢相关的基因表达。 | 首次在小脑胶质瘤中揭示了唾液酸代谢相关基因的异常表达及其与整体生存率的关联。 | 本研究依赖于公开数据库，需进一步实验验证其结果。 | 探讨唾液酸相关基因在小脑胶质瘤患者中的表达及其对生存率的影响。 | 小脑胶质瘤患者的基因表达及其与唾液酸代谢的关系。 | 数字病理学 | 小脑胶质瘤 | RNA-seq | Cox回归模型 | 文本 | 包含来自不同分子亚组的大量小脑胶质瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 330 | 2024-08-05 |
Fourteen years of cellular deconvolution: methodology, applications, technical evaluation and outstanding challenges
2024-May-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae267
PMID:38619038
|
综述 | 本文提供了关于53种细胞去卷积方法的全面综述 | 本文通过对53种方法进行基准测试，填补了细胞去卷积方法选择的空白 | 缺乏足够的文档和性能评估，使得生命科学家难以选择合适的方法 | 研究细胞去卷积方法及其在生物医学研究中的应用 | 对53种细胞去卷积方法的技术评估和应用现状进行综述 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA数据 | 63名个体的30种组织中283种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 331 | 2024-08-04 |
Single-cell metabolomics in rare disease: From technology to disease
2024-May-31, Intractable & rare diseases research
IF:1.1Q2
DOI:10.5582/irdr.2023.01073
PMID:38836176
|
研究论文 | 该文章探讨了单细胞代谢组学在稀有疾病中的应用和潜力 | 文章创新性地提出单细胞代谢组学能够彻底改变稀有疾病的诊断、治疗和管理策略 | 文章未具体说明现有研究的局限性 | 推动稀有疾病的准确和快速诊断，并促进治疗药物的发展 | 稀有疾病，特别是代谢类稀有疾病 | 数字病理学 | 稀有疾病 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2024-08-05 |
CD47, a novel YAP target gene, contributes to hepatic stellate cell activation and liver fibrosis induced by high-fat diet
2024-May-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31621
PMID:38831842
|
研究论文 | 本研究探讨了CD47在高脂饮食诱导的肝星状细胞活化和肝纤维化中的作用 | 本研究首次揭示了CD47作为YAP的转录靶点，在高脂饮食条件下促进肝星状细胞活化的机制 | 关于CD47在肝星状细胞中的具体调控机制仍不完全明了 | 研究CD47在肝星状细胞活化及肝纤维化中的角色及其调控机制 | 小鼠肝星状细胞及其在高脂饮食条件下的行为 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 333 | 2024-08-04 |
Harnessing TME depicted by histological images to improve cancer prognosis through a deep learning system
2024-May-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101536
PMID:38697103
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研究论文 | 本研究提供了一种强大的深度学习系统，通过组织学图像增强肿瘤微环境(TME)信息以改善癌症预后 | 提出了整合图像和图形深度学习的模型(IGI-DL)，并开发了基于TME的癌症预后预测模型 | 研究未涉及空间转录组学(ST)的临床可用性限制 | 改善癌症预后，尤其是在没有ST数据的患者中 | 使用组织学图像来预测癌症预后和TME | 数字病理学 | 乳腺癌和结直肠癌 | 深度学习 | IGI-DL模型 | 组织学图像 | 使用The Cancer Genome Atlas的乳腺癌和结直肠癌队列，以及外部的Molecular and Cellular Oncology结直肠癌队列 | NA | NA | NA | NA |
| 334 | 2024-08-04 |
Targeting PDGF signaling of cancer-associated fibroblasts blocks feedback activation of HIF-1α and tumor progression of clear cell ovarian cancer
2024-May-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101532
PMID:38670097
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研究论文 | 该研究探讨了与卵巢透明细胞癌相关的癌症相关成纤维细胞的PDGF信号通路。 | 该研究揭示了在卵巢透明细胞癌中的化疗抗性机制，并提出了针对CAFs的治疗策略。 | 该研究主要基于体外和小鼠模型，临床相关性仍需进一步验证。 | 研究卵巢透明细胞癌的化疗抗性机制及潜在的治疗方法。 | 卵巢透明细胞癌患者的手术标本及其相关的癌症相关成纤维细胞。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞分析和空间转录组学 | NA | 显微镜图像 | 手术标本分析及共培养实验 | NA | NA | NA | NA |
| 335 | 2024-08-05 |
A comprehensive single-cell breast tumor atlas defines epithelial and immune heterogeneity and interactions predicting anti-PD-1 therapy response
2024-May-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101511
PMID:38614094
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研究论文 | 我们展示了一个包含236,363个细胞的初级乳腺肿瘤微环境单细胞RNA测序综合图谱 | 首次通过InteractPrint方法揭示了肿瘤上皮细胞与免疫细胞的相互作用，并能够预测抗PD-1治疗的反应 | 在这项研究中没有提到样本的时间顺序或长期效果的评估 | 目标是分析乳腺肿瘤微环境中免疫和肿瘤上皮细胞的异质性 | 本研究的对象包括来自119个活检样本的肿瘤微环境中的免疫细胞和癌上皮细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | InteractPrint | 细胞数据 | 119个活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-08-05 |
Monocyte bioenergetics: An immunometabolic perspective in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis
2024-May-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101564
PMID:38733988
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研究论文 | 本文揭示了代谢功能障碍相关脂肪肝炎患者外周单核细胞的生物能量特征 | 首次指出在代谢功能障碍相关脂肪肝炎中，外周单核细胞表现出特定的高糖酵解和线粒体呼吸特征 | 研究主要基于小鼠模型，临床适用性可能受限 | 探讨单核细胞的生物能量特征在代谢功能障碍相关脂肪肝炎中的作用 | 代谢功能障碍相关脂肪肝炎患者的外周单核细胞 | 免疫代谢 | 代谢功能障碍相关脂肪肝炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 337 | 2024-08-05 |
Chemoradiotherapy-induced ACKR2+ tumor cells drive CD8+ T cell senescence and cervical cancer recurrence
2024-May-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101550
PMID:38723624
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研究论文 | 该文章探讨了化学放疗（CCRT）后宫颈癌复发的机制，发现ACKR2+肿瘤细胞在驱动CD8+ T细胞衰老中的作用 | 创新点在于识别出了一种特定的CCRT耐药性ACKR2+肿瘤细胞亚群，以及其在CD8+ T细胞衰老与肿瘤复发中的作用 | 本研究的局限性在于主要依赖回顾性分析，可能存在选择偏倚 | 研究化学放疗后宫颈癌复发的机制及预测指标 | 研究对象为宫颈癌患者的肿瘤组织样本，特别关注化学放疗前后的变化 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 338 | 2024-08-05 |
IL-7-primed bystander CD8 tumor-infiltrating lymphocytes optimize the antitumor efficacy of T cell engager immunotherapy
2024-May-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101567
PMID:38744277
|
研究论文 | 本研究探讨了Fc融合IL-7如何优化T细胞接合物免疫疗法的抗肿瘤效果 | 发现rhIL-7-hyFc能显著增加肿瘤浸润的非反应性旁观者CD8 T细胞，这些细胞在特定的T细胞接合物的作用下可转化为具有肿瘤杀伤能力的细胞 | 本研究主要集中在固体肿瘤中CD8 T细胞的变化，可能未涵盖其他类型肿瘤或免疫细胞的作用 | 探讨如何通过IL-7增强T细胞接合物免疫疗法在固体肿瘤中的效果 | 研究目的是分析IL-7对肿瘤浸润CD8 T细胞的影响及其在免疫疗法中的应用 | NA | 肿瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 多种固体肿瘤中的CD8肿瘤浸润淋巴细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-08-04 |
Multiplexed bulk and single-cell RNA-seq hybrid enables cost-efficient disease modeling with chimeric organoids
2024-May-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48282-5
PMID:38729950
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研究论文 | 本研究介绍了一种成本效益高的疾病建模方法，结合了混合的肿瘤类器官和单细胞RNA测序技术 | 提出了一种计算方法Vireo-bulk，有效分解混合RNA-seq数据，并揭示了供体iPSC系在巨噬细胞分化过程中的异质性 | 研究中未提及具体样本量和其他潜在的实验限制 | 旨在通过混合的bulk和单细胞RNA测序技术提高疾病建模的成本效益 | 以同源诱导多能干细胞分化的类器官为研究对象，探索疾病机制 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 340 | 2024-08-05 |
Investigation of ENO2 as a promising novel marker for the progression of colorectal cancer with microsatellite instability-high
2024-May-09, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12332-4
PMID:38724951
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研究论文 | 本研究探讨了ENO2作为微卫星不稳定高（MSI-H）结直肠癌进展的潜在新标志物。 | 该研究首次揭示了ENO2在MSI-H结直肠癌中的中心基因作用，并建立了基于ENO2的预后预测模型。 | 该研究仅基于单细胞RNA测序数据，临床验证可能需要更多样本与多中心数据支持。 | 探索微卫星不稳定高结直肠癌的代谢转录组相关亚型并识别预后生物标志物。 | 微卫星不稳定高结直肠癌患者的单细胞RNA测序数据。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |