单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 540 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-05 |
PIPET: predicting relevant subpopulations in single-cell data using phenotypic information from bulk data
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae260
PMID:38819254
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研究论文 | 本研究介绍了一种基于大规模数据的表型信息预测单个细胞数据中相关亚群的算法PIPET | 提出了一种新颖的算法，可以使用大规模数据中的多变量表型信息预测单细胞数据中的相关亚群 | 尚未提及具体的局限性 | 旨在探索如何将小样本的单细胞数据与大样本丰富的临床特征进行整合 | 研究单个细胞RNA测序数据中的细胞亚群及其与肿瘤相关的表型信息 | 数字病理学 | 肺腺癌, 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 多分类模型 | 基因表达数据 | 模拟数据集与肺腺癌和乳腺癌单细胞数据中的细胞亚群 |
| 322 | 2024-08-05 |
Reduction of specific enterocytes from loss of intestinal LGR4 improves lipid metabolism in mice
2024-May-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48622-5
PMID:38782937
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研究论文 | 该研究探讨肠道LGR4缺乏对脂质代谢的影响 | 首次发现LGR4缺失导致特定肠细胞的减少，从而改善脂质和葡萄糖代谢 | 研究仅在小鼠模型中进行，缺乏人类临床数据支持 | 探究肠道LGR4对营养吸收和能量平衡的影响 | Lgr4小鼠及其肠道吸收细胞 | 数字病理学 | 肥胖症和肝脏脂肪变性 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 使用了Lgr4小鼠和野生型小鼠进行对比 |
| 323 | 2024-08-05 |
Carboxypeptidase M modulates BMSCs osteogenesis-adipogenesis via the MAPK/ERK pathway: An integrated single-cell and bulk transcriptomic study
2024-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202302508R
PMID:38713087
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研究论文 | 本研究探讨了羧肽酶M（CPM）在骨髓来源的间充质干细胞（BMSCs）成骨与成脂过程中的调节作用 | 本研究揭示了CPM作为BMSCs分化的关键调节因子，并提供了MAPK/ERK通路在此过程中的作用机制的新线索 | 研究主要基于现有的数据分析，可能存在单细胞RNA测序数据的局限性 | 研究骨质疏松症（OP）中BMSCs成骨与成脂的平衡失调机制 | 主要研究骨髓来源的间充质干细胞（BMSCs）及其在骨质疏松症中的功能 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和大规模RNA测序 | NA | 细胞数据 | 分析了来自八个scRNA-seq数据集的56,377个细胞 |
| 324 | 2024-08-05 |
Cross-species single-cell analysis uncovers the immunopathological mechanisms associated with IgA nephropathy progression
2024-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173651
PMID:38716725
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研究论文 | 本研究通过跨物种单细胞分析揭示了与IgA肾病进展相关的免疫病理机制 | 采用跨物种单细胞RNA测序的方法探索IgA肾病的致病程序，并发现了与病情进展相关的特定蛋白表达 | 本研究的.sample size相对较小，未来需要更大范围的研究来验证结果 | 探讨IgA肾病的致病机制及其与肾功能下降的关系 | 人类IgA肾病及小鼠和大鼠IgA肾病模型 | 数字病理学 | IgA肾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠IgA肾病模型 | 基因表达数据 | 21个进展样本和28个非进展样本 |
| 325 | 2024-08-04 |
Decoding the principle of cell-fate determination for its reverse control
2024-May-06, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00372-2
PMID:38710700
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研究论文 | 该文章探讨了细胞命运决定的机制及其反向控制 | 提出了一种利用单细胞RNA-seq数据进行动态分子调控网络建模的概念控制框架 | 获取用于模型开发的基本动态实验数据仍然是一个重大障碍 | 理解和操控细胞命运决定的过程 | 细胞命运决定的核心调控电路及其主调控因子 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 动态分子调控网络数据 | NA |
| 326 | 2024-08-04 |
Developmental regulation of primitive erythropoiesis
2024-05-01, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000806
PMID:38415349
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综述 | 本文概述了原始红细胞生成的最新研究进展，重点关注其胚胎起源和发展调控的物种特异性差异 | 揭示了新的转录因子及其非经典角色，扩展了对原始红细胞生成的理解，并表明了胚胎中红细胞生成的保护性特征 | 研究主要针对小鼠及稀有早期人类胚胎样本，缺乏更广泛的物种比较 | 深入理解原始红细胞生成的分子和代谢途径，以便为体外生成红细胞提供基础 | 重点研究原始红细胞的起源和发育调控，包括小鼠胚胎和稀有人类胚胎样本 | NA | NA | 单细胞转录组学和谱系追踪 | NA | 细胞样本 | 小鼠胚胎和稀有人类胚胎样本 |
| 327 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of adipose tissue-derived mesenchymal stem cells under chondrogenic induction
2024-May, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:37915134
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪组织来源的间充质干细胞在软骨诱导下的异质性。 | 揭示了不同细胞簇之间在增殖和分化平衡中的差异，特别是在软骨刺激前后的动态变化。 | 研究主要集中在特定时间点的单细胞RNA测序，可能缺乏对更长期分化过程的全面了解。 | 研究脂肪组织来源间充质干细胞对软骨诱导的反应及其异质性。 | 脂肪组织来源的间充质干细胞（AT-MSCs）。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 37,219个高质量转录本 |
| 328 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome atlas reveals somatic cell embryogenic differentiation features during regeneration
2024-May-31, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae107
PMID:38401160
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研究论文 | 该文章研究了在植物再生过程中，体细胞胚胎发生中的细胞分化特征。 | 研究揭示了棉花体细胞胚胎发生中的标记基因调控模式，并识别出特定的细胞群体和新型基因。 | 研究主要集中在棉花样本上，可能不适用于其他植物类型的细胞分化研究。 | 探索植物再生过程中的体细胞全能性及其分化特征。 | 研究体细胞胚胎发生过程中的不同细胞群体和基因表达。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 样本包括了非胚胎性愈伤组织和初级胚胎性愈伤组织的异质细胞 |
| 329 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the expansion of circulating tissue-homing B cell subsets in secondary acute dengue viral infection
2024-May-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e30314
PMID:38818157
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研究论文 | 本研究分析了登革病毒感染患者外周血中B细胞亚群的变化 | 首次揭示了二次登革病毒感染中循环组织归巢B细胞亚群的扩增 | 仅分析了来自登革病毒感染患者的外周血样本，不包括其他部位的B细胞 | 探讨组织归巢B细胞在登革病毒感染中的抗病毒免疫作用 | 登革病毒感染患者的B细胞亚群 | 数字病理学 | 登革热 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 文本 | 从登革病毒感染患者中获取的外周血样本 |
| 330 | 2024-08-05 |
Advancing skeletal health and disease research with single-cell RNA sequencing
2024-May-30, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00538-3
PMID:38816888
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在骨骼健康和疾病研究中的应用。 | 提供了一种获得高质量骨骼组织单细胞的简化方法，揭示了关节疾病的新见解。 | 在高度矿化的骨骼组织中，单细胞级别机制的研究面临技术挑战。 | 研究骨骼健康和疾病的细胞和分子层面的机制。 | 主要研究脊椎、关节、骨骼、肌肉和腱相关的疾病。 | 数字病理学 | 关节疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | NA |
| 331 | 2024-08-05 |
An amphioxus neurula stage cell atlas supports a complex scenario for the emergence of vertebrate head mesoderm
2024-May-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48774-4
PMID:38811547
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研究论文 | 本研究构建了头索动物神经胚阶段的细胞图谱，以支持脊椎动物头部中胚层出现的复杂情境 | 通过使用scRNA-seq构建细胞图谱，验证了头索动物中存在的前脊板样区域，并支持了特定细胞群体的同源性 | 未明确说明研究的局限性 | 探讨脊椎动物形态创新的出现与新胚胎细胞种群的关系 | 头索动物的胚胎细胞群体 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 332 | 2024-08-04 |
Next-Generation Sequencing-Based Spatial Transcriptomics: A Perspective from Barcoding Chemistry
2024-May-27, JACS Au
IF:8.5Q1
DOI:10.1021/jacsau.4c00118
PMID:38818076
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评论 | 这篇文章探讨了基于下一代测序的空间转录组学方法及其条形码化学的进展 | 强调了空间条形码化学在空间转录组学中的重要性和创新应用 | 该文章未深入探讨特定实验结果或案例 | 旨在揭示细胞类型、位置及其相互作用相关的基因表达特征 | 关注空间转录组技术及其应用于生物学和医学研究 | 数字病理学 | 肿瘤 | 下一代测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 333 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing technology in diabetic wound healing: New insights into the progenitors-based repair strategies
2024-May-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v16.i5.462
PMID:38817326
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研究论文 | 本文章集中于单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口愈合中的应用，探讨基于祖细胞的修复策略 | 揭示了基于祖细胞的修复策略并强调了不同愈合相关细胞的生物行为和信号通路的变化 | 未提及具体的实验数据或样本分析 | 揭示糖尿病伤口愈合的复杂生物学并为干预提供新的目标 | 糖尿病伤口中的祖细胞及其在愈合过程中的角色 | 数字病理学 | 糖尿病相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞和分子层面的数据 | NA |
| 334 | 2024-08-04 |
SpaNCMG: improving spatial domains identification of spatial transcriptomics using neighborhood-complementary mixed-view graph convolutional network
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae259
PMID:38811360
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研究论文 | 本文提出了一种SpaNCMG算法，以提高空间转录组学中的空间域识别准确性 | 提出基于邻域互补混合视图图卷积网络的算法，有效整合KNN的局部信息与r半径的全局结构 | 处理高维数据时可能存在计算复杂度和噪声影响的挑战 | 旨在实现空间域的精确描述和定位 | 通过五个数据集与四个测序平台的应用测试算法性能 | 数字病理学 | NA | KPCA | 图卷积网络 | 转录组数据 | 五个数据集 |
| 335 | 2024-08-04 |
Understanding glioblastoma at the single-cell level: Recent advances and future challenges
2024-May, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002640
PMID:38814900
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研究论文 | 这篇文章讨论了胶质母细胞瘤在单细胞水平上的研究进展及面临的挑战 | 文章揭示了单细胞转录组学在研究胶质母细胞瘤的遗传和分子特征方面的新见解 | 挑战包括高成本、复杂的数据分析与解读，以及将研究成果转化为临床实践的困难 | 全面理解胶质母细胞瘤的细胞与分子异质性 | 胶质母细胞瘤的单细胞级别特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-08-04 |
Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation
2024-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07372-6
PMID:38658756
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研究论文 | 本文研究了肝脏门静脉区域的巨噬细胞如何保护肝脏免受常驻细菌引发的炎症影响。 | 揭示了肝脏不同区域的免疫系统功能差异，并发现了由肠道微生物诱导的免疫抑制性巨噬细胞的特定亚群。 | 未明确指出研究的局限性 | 探讨肝脏门静脉区免疫抑制机制及其在慢性肝炎症中的作用。 | 功能性特异性巨噬细胞以及与肠道微生物的相互作用。 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎，原发性硬化性胆管炎 | 单细胞转录组学，体内成像 | 动物实验模型 | NA | NA |
| 337 | 2024-08-04 |
Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with Monopogen
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01873-x
PMID:37592035
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研究论文 | 本文介绍了Monopogen，一种用来从单细胞测序数据中检测单核苷酸变异的计算工具。 | Monopogen结合了群体遗传学、细胞谱系追踪和单细胞组学，能够识别与心肌细胞代谢水平和表观基因组程序相关的变异，并提高了体细胞SNV的检测。 | NA | 研究单细胞组学技术如何依赖于细胞的遗传背景进行转录和表观遗传特征的分子表征。 | 检测单细胞测序数据中的单核苷酸变异。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 能够识别10万个至300万个生殖系SNV |
| 338 | 2024-08-04 |
De novo detection of somatic mutations in high-throughput single-cell profiling data sets
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01863-z
PMID:37414936
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研究论文 | 本研究介绍了一种名为SComatic的算法，用于在单细胞转录组和ATAC-seq数据集中检测体细胞突变 | SComatic可以直接在没有匹配的DNA测序数据的情况下检测体细胞突变，并且能够区分突变与多态性、RNA编辑事件和伪影 | 未提及具体的限制 | 研究单细胞分辨率下的体细胞突变，以了解癌症进化和克隆马赛克 | 研究对象为688个单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据集中的260万单细胞 | 数字病理学 | 癌症 | ATAC-seq | NA | 单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据 | 688个单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据集中的260万单细胞 |
| 339 | 2024-08-05 |
Young glial progenitor cells competitively replace aged and diseased human glia in the adult chimeric mouse brain
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01798-5
PMID:37460676
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研究论文 | 本研究探讨健康的胶质细胞是否能够在成年小鼠大脑中竞争并取代生病的人类胶质细胞 | 研究表明年轻的健康胶质前体细胞能够替代衰老和患病的人类胶质细胞，提出了替代这些细胞的治疗策略 | 研究主要在小鼠模型中进行，临床应用的效果尚未验证 | 研究是否健康的胶质细胞可以在成年大脑中竞争并替代生病的胶质细胞 | 健康的人类胶质前体细胞与人类亨廷顿病相关的病变胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 成年小鼠的脑组织 |
| 340 | 2024-08-04 |
The upregulation and transcriptional regulatory mechanisms of Extra spindle pole bodies like 1 in bladder cancer: An immunohistochemistry and high-throughput screening Evaluation
2024-May-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31192
PMID:38813236
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研究论文 | 本研究探讨了在膀胱癌中Extra Spindle Pole Bodies Like 1 (ESPL1)的表达水平和转录调控机制 | 本研究首次揭示了ESPL1在膀胱癌中的上调表达及其与转录因子的相关性，提出ESPL1可能作为膀胱癌的免疫相关预测和诊断标志物 | 该研究样本虽多，但对特定亚型膀胱癌的适用性可能存在局限性，需进一步验证 | 研究ESPL1在膀胱癌中的表达及其转录调控机制 | 膀胱癌患者样本及其相关的细胞分子机制 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 免疫组化(IHC), 单细胞测序(scRNA-seq), ATAC-seq, ChIP-seq, Hi-C | NA | 组织和血液样本 | 1391个样本用于数据库分析，202个样本用于IHC验证，6625个血液样本和537个组织样本用于miR-299-5p检测 |