单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-04	Immune rebalancing at the maternal-fetal interface of maternal SARS-CoV-2 infection during early pregnancy 2024-May-28, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwae006 PMID:38441496	研究论文	该研究分析了早期妊娠中母体SARS-CoV-2感染对母胎界面的影響。	发现了早期妊娠中母体感染SARS-CoV-2引起的免疫应答和代谢变化，以及随后建立的新动态平衡。	目前对早期妊娠SARS-CoV-2感染对母胎界面的影响仍然了解不足。	探讨母体SARS-CoV-2感染对母胎界面的影响及其机制。	分析了感染SARS-CoV-2的胎盘样本。	数字病理学	NA	单细胞转录组学和代谢组学	NA	胎盘样本	NA
322	2024-08-05	CCR5-overexpressing mesenchymal stem cells protect against experimental autoimmune uveitis: insights from single-cell transcriptome analysis 2024-May-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03134-3 PMID:38802924	研究论文	研究CCR5过表达的间充质干细胞在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的保护作用	本研究首次显示CCR5在间充质干细胞中过表达可以增强其归巢能力并改善其免疫调节效果，从而预防实验性自身免疫性葡萄膜炎	本研究主要基于小鼠模型，临床应用效果和机制仍需进一步验证	探讨自身免疫性葡萄膜炎的病理机制及基于间充质干细胞的治疗策略	小鼠模型以经典的实验性自身免疫性葡萄膜炎为研究对象	数字病理学	自身免疫性疾病	scRNA-seq, RNA-seq	NA	RNA序列	小鼠模型
323	2024-08-05	Deciphering bat influenza H18N11 infection dynamics in male Jamaican fruit bats on a single-cell level 2024-May-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48934-6 PMID:38802391	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了自热带果蝠感染的流感病毒H18N11的免疫反应动态	首次在单细胞水平上解析了果蝠对流感病毒H18N11的免疫反应	研究仅限于雄性牙买加果蝠，可能无法代表其他性别或种群的反应	深入了解果蝠对病毒感染的免疫反应	雄性牙买加果蝠及其感染的流感病毒H18N11	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	雄性牙买加果蝠若干个体的单细胞样本
324	2024-08-05	A multi-platform analysis of human gingival crevicular fluid reveals ferroptosis as a relevant regulated cell death mechanism during the clinical progression of periodontitis 2024-May-27, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00306-y PMID:38802345	研究论文	本文探讨了铁死亡在牙周炎临床进展中的重要性	首次在牙周病患者中揭示了与铁死亡相关的蛋白质和过程	未提及具体的限制	研究铁死亡与牙周炎进展之间的关联	十六名被诊断为牙周炎的患者	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白组数据和基因组数据	十六名牙周炎患者样本
325	2024-08-05	Integrative analysis indicates the potential values of ANKRD53 in stomach adenocarcinoma 2024-May-27, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01054-5 PMID:38801557	研究论文	本研究通过整合分析探讨了ANKRD53在胃腺癌中的潜在价值	提出ANKRD53作为胃腺癌的独立预测生物标志物，并与其他临床病理参数结合创建预后列线图	未提及	研究ANKRD53在胃腺癌中的作用及其预后潜力	胃腺癌样本及相关细胞系	数字病理	胃癌	RNA-seq和scRNA-seq	NA	基因表达数据	STAD样本与正常样本的比较
326	2024-08-05	Integrated analysis of tumor-associated macrophages and M2 macrophages in CRC: unraveling molecular heterogeneity and developing a novel risk signature 2024-May-27, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01881-z PMID:38802881	研究论文	本研究探讨与结直肠癌相关的肿瘤相关巨噬细胞和M2巨噬细胞的分子异质性	开发了一种新的与TAM-M2相关的风险签名并发现了新的生物标志物	未提及局限性	发掘与结直肠癌中TAM-M2巨噬细胞相关的新生物标志物	研究对象为结直肠癌中的肿瘤相关巨噬细胞和M2巨噬细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序和传统RNA测序	LASSO Cox模型	基因表达数据	涉及377个与TAM-M2相关的基因
327	2024-08-05	Deciphering anoikis resistance and identifying prognostic biomarkers in clear cell renal cell carcinoma epithelial cells 2024-05-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-62978-0 PMID:38802480	研究论文	本研究针对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后和管理挑战进行探讨	通过开发新的风险预后模型，识别了与抗坏死相关的关键预后基因，并整合了临床参数进行预测	研究的样本规模相对较小，仅涉及七名ccRCC患者	研究的目的是揭示ccRCC中的坏死抵抗机制，并识别预后生物标志物	研究对象为透明细胞肾细胞癌的上皮细胞及其相关基因	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	LASSO和多变量Cox回归模型	基因表达数据	七名ccRCC患者的样本
328	2024-08-05	A new integrative analysis of histopathology and single cell RNA-seq reveals the CCL5 mediated T and NK cell interaction with vascular cells in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2024-May-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05304-6 PMID:38797830	研究论文	本研究揭示了CCL5介导的T细胞和NK细胞与血管细胞在特发性肺动脉高压中的相互作用	识别了在特发性肺动脉高压中新的炎性通路，特别是通过CCL5的上调促进了T细胞和NK细胞的炎症反应	尚未系统地探讨CCL5介导的相互作用在不同亚型特发性肺动脉高压患者中的普遍性	研究特发性肺动脉高压中的免疫相关机制	特发性肺动脉高压患者和单克露亭诱导的大鼠模型	数字病理学	特发性肺动脉高压	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	涉及的样本数量和类型未具体说明
329	2024-08-05	Sustained neurotrophic factor cotreatment enhances donor and host retinal ganglion cell survival in mice 2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.07.583961 PMID:38558999	研究论文	本文探讨了神经生长因子的联合治疗如何增强小鼠捐赠者和宿主视网膜神经节细胞的存活	首次提出通过使用缓释BDNF和GDNF以改善视网膜微环境，从而增加视网膜神经节细胞存活和功能	研究中主要采用小鼠模型，可能无法完全反映人类的生理和病理情况	探讨神经生长因子在视网膜神经节细胞移植中的应用潜力	研究对象为视网膜神经节细胞及其成长的微环境	数字病理	青光眼	单细胞RNA测序	小鼠模型	数据集	涉及人类胎儿视网膜的单细胞RNA测序数据集
330	2024-08-05	Comprehensive data mining reveals RTK/RAS signaling pathway as a promoter of prostate cancer lineage plasticity through transcription factors and CNV 2024-05-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-62256-z PMID:38778150	研究论文	本研究揭示了RTK/RAS信号通路通过转录因子和CNV促进前列腺癌谱系可塑性	探索了RTK/RAS信号通路与前列腺癌谱系可塑性之间的综合联系，发现了多个新的相关基因	对RTK/RAS信号通路与谱系可塑性之间复杂调控网络的探索仍然有限	调查RTK/RAS信号通路在前列腺癌谱系可塑性中的作用	涉及前列腺癌细胞及其谱系可塑性的多组学数据	数字病理学	前列腺癌	多组学分析	NA	基因表达数据	涉及前列腺癌细胞的多组学数据
331	2024-08-05	Interleukin-1 receptor accessory protein blockade limits the development of atherosclerosis and reduces plaque inflammation 2024-May-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae046 PMID:38563353	research paper	研究IL1RAP在动脉粥样硬化中的作用	开发了一种新型的抗IL1RAP阻断抗体并应用于小鼠模型中	本研究主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨IL1RAP在动脉粥样硬化中的信号传导作用	高胆固醇饮食喂养的ApoE缺陷小鼠	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	ApoE缺陷小鼠和人类动脉粥样硬化斑块
332	2024-08-05	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Populations of Vascular Cells in Neointimal Hyperplasia 2024-May-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2905173 PMID:38812305	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了新生内膜增生中血管细胞的动态群体。	揭示了新生内膜增生中血管细胞的高度异质性，并识别了14个细胞簇和7种细胞类型，重点关注了特定的亚群体。	本研究主要基于小鼠模型，可能不能完全代表人类疾病的复杂性。	研究新生内膜增生中血管细胞的异质性及其相互作用。	小鼠模型中的血管细胞，特别是内皮细胞、血管平滑肌细胞和成纤维细胞。	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	小鼠模型中的左侧颈动脉与右侧颈动脉对照
333	2024-08-05	Bioinformatics Analysis Reveals Prognostic Significance of the Macrophage Marker Gene Signature in Gastric Adenocarcinoma 2024-May-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2905172 PMID:38812299	研究论文	本文分析了巨噬细胞标记基因特征在胃腺癌中的预后意义	研究构建了一个基于巨噬细胞标记基因特征的风险评分模型，以预测胃腺癌患者的预后	NA	评估巨噬细胞标记基因特征在胃腺癌患者预后中的作用	胃腺癌患者的个体临床数据	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序，RNA-seq	风险评分模型，列线图模型	基因表达数据	NA
334	2024-08-04	Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals Heterogeneity of Early Pig Skin Development and a Subpopulation with Hair Placode Formation 2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306703 PMID:38561967	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了早期猪皮肤发育的异质性和毛发小丘形成的亚群体	首次描述了胚胎皮肤的空间时间转录组图谱，为研究皮肤相关疾病提供了重要资源	尚未建立完整的跨物种比较，且对皮肤细胞的相对代表性分析仍需更多研究	了解早期猪皮肤发育及其与人类皮肤疾病的关系	正常和无毛猪胎儿的皮肤样本	数字病理学	皮肤相关疾病	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	皮肤样本	四个发育阶段的正常和无毛胎猪皮肤样本
335	2024-08-04	Integrating single-cell and spatial analysis reveals MUC1-mediated cellular crosstalk in mucinous colorectal adenocarcinoma 2024-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1701 PMID:38778448	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序和空间转录组数据，以系统性描述粘液性结直肠腺癌的肿瘤微环境	研究揭示了MUC1介导的细胞间相互作用，为粘液性结直肠腺癌的治疗提供了新的机制信息	研究的病理特征模糊，治疗方法仍然面临挑战	深入理解粘液性结直肠腺癌的细胞水平转录动态，以开发专门的治疗策略	研究对象包括粘液性结直肠腺癌的肿瘤细胞、间质细胞和免疫细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序和空间转录组学	三维生物打印技术	RNA数据	涉及的样本数量和类型未明确指出
336	2024-08-05	Bioengineered Hydrogels Recapitulate Fibroblast Heterogeneity in Cancer 2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202307129 PMID:38493497	研究论文	该研究利用生物工程水凝胶重现肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞的异质性	创新性地应用可调节的透明质酸水凝胶系统来培养患者来源的成纤维细胞，并揭示了它们的异质性特征	缺乏全面的临床验证，且水凝胶系统可能无法完全模拟体内环境的复杂性	开发反映癌相关成纤维细胞异质性的体外模型以促进治疗策略的开发	人头颈鳞状细胞癌组织中提取的不同成纤维细胞亚群	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	水凝胶培养模型	转录组数据	来源于患者的头颈鳞状细胞癌组织样本
337	2024-08-04	Bulk and single-cell RNA sequencing reveal the contribution of laminin γ2 -CD44 to the immune resistance in lymphocyte-infiltrated squamous lung cancer subtype 2024-May-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31299 PMID:38803944	研究论文	本文分析了LUSC中间质微环境的异质性及其导致免疫耐受的分子机制	识别了LUSC中一种淋巴细胞浸润亚型CS3，以及LAMC2和CD44的共同高表达与免疫耐受的关系	本研究为回顾性分析，可能受到样本选择偏差的影响	旨在探讨导致LUSC患者免疫耐受的特征和分子机制，以改善免疫疗法的效果	包含513个LUSC样本的RNA测序数据及其单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA数据	513个LUSC样本
338	2024-08-04	Spatial transcriptomic brain imaging reveals the effects of immunomodulation therapy on specific regional brain cells in a mouse dementia model 2024-May-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10434-8 PMID:38796425	研究论文	本研究使用空间转录组学技术分析了免疫调节治疗对小鼠痴呆模型中大脑特定区域细胞的影响	开发了一个适用于条形码空间转录组学的分析工作流，并提供了名为STquantool的定制分析管道	未提及具体的样本大小和实验限制	研究免疫调节治疗在阿尔茨海默病中的有效性及其对大脑细胞的影响	小鼠阿尔茨海默病模型	数字病理学	阿尔茨海默病	10x Genomics Visium	NA	转录组数据	NA
339	2024-08-05	irGSEA: the integration of single-cell rank-based gene set enrichment analysis 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae243 PMID:38801700	研究论文	irGSEA是一个R包，用于评估不同基因集评分方法在单细胞RNA测序数据中的结果。	该包整合了六种基于基因表达排名的评分方法，并使用稳健的排名聚合算法汇总结果。	未提及具体的限制	评估多种基因集评分方法在单细胞RNA测序数据的表现。	单细胞RNA测序数据中的基因集评分方法。	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	表达矩阵	NA
340	2024-08-04	Bi-allelic variants in chromatoid body protein TDRD6 cause spermiogenesis defects and severe oligoasthenoteratozoospermia in humans 2024-May-21, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2023-109766 PMID:38341271	研究论文	本研究探讨了TDRD6变异与人类不孕症之间的关联。	首次识别出五名中国不育男性中的双等位TDRD6变异，并揭示其在精子发生中的关键角色。	仅涉及五名患者，样本量较小，结果可能无法普遍适用。	研究TDRD6变异与人类精子发生缺陷之间的关系。	不孕男性及其变异的TDRD6基因。	数字病理学	生育障碍	全外显子测序，单细胞RNA测序，定量RT-PCR	CRISPR-Cas9系统的小鼠模型	基因组数据，RNA数据	5名不育男性