单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 539 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-05 |
scPLAN: a hierarchical computational framework for single transcriptomics data annotation, integration and cell-type label refinement
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae305
PMID:38935069
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研究论文 | scPLAN是一个用于单细胞RNA测序数据分析的层次计算框架 | scPLAN通过层次细胞类型树对未标记的scRNA-seq数据进行注释，系统性识别潜在的新细胞类型 | 现有的整合方法无法整合不同标注深度的数据集，也未能利用更复杂注释的数据集或新生物发现来提升旧数据的标注 | 提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和整合精确度 | 未标记的scRNA-seq数据和已有标注的数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 层次模型 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 282 | 2024-08-05 |
Transcriptomic Analyses Reveal the Effects of Walnut Kernel Cake on Adipose Deposition in Pigs
2024-May-23, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15060667
PMID:38927603
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研究论文 | 该研究探讨了核桃仁饼对猪脂肪沉积的影响及其潜在的饲料替代价值 | 首次揭示了核桃仁饼在促进猪脂肪沉积和改善肉质方面的应用潜力 | 对核桃仁饼在猪饲料中的应用研究尚处于起步阶段，缺乏大规模的临床试验数据 | 旨在评估核桃仁饼作为猪饲料中的蛋白质替代品的效果 | 以大迪庆藏猪为研究对象 | 数字病理学 | NA | 转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 大迪庆藏猪的样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 283 | 2024-08-04 |
Single-Nucleus RNA-Seq Reveals Spermatogonial Stem Cell Developmental Pattern in Shaziling Pigs
2024-May-21, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14060607
PMID:38927011
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研究论文 | 本文探讨了Shaziling猪睾丸内精原干细胞的发育模式 | 首次利用单细胞转录组技术生成了Shaziling猪睾丸发育的细胞图谱，并识别了新的标记基因 | 本研究仅涵盖了特定的猪种和有限的发展阶段 | 旨在揭示Shaziling猪精原干细胞的发育模式，以促进其繁育 | 研究对象为Shaziling猪的精原干细胞和睾丸组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 82,027个单细胞，来自9个Shaziling猪睾丸 | NA | NA | NA | NA |
| 284 | 2024-08-05 |
Activation of CD14+ Monocytes via the IFN-γ Signaling Pathway Is Associated with Immune-Related Adverse Events in Hepatocellular Carcinoma Patients Receiving PD-1 Inhibition Combination Therapy
2024-May-21, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12061140
PMID:38927347
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研究论文 | 研究探讨了HCC患者接受PD-1抑制联合治疗后，CD14+单核细胞通过IFN-γ信号通路激活与免疫相关不良事件之间的关系 | 首次揭示了在PD-1抑制联合治疗中，IFN-γ信号通路诱导的单核细胞激活是HCC患者发生免疫相关不良事件的重要机制 | 该研究的样本量较小，仅包含71名HCC患者，可能影响结果的普遍适用性 | 探明HCC患者在PD-1抑制联合治疗中免疫相关不良事件的机制 | 71名接受PD-1抑制联合治疗的肝癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, Olink蛋白组学 | NA | 血液样本 | 71名HCC患者 | NA | NA | NA | NA |
| 285 | 2024-08-05 |
Cystatin M/E ameliorates bone resorption through increasing osteoclastic cell estrogen influx
2024-May-06, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4313179/v1
PMID:38766009
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研究论文 | 本研究评估了Cystatin M/E在减缓骨吸收过程中的作用，特别是在多发性骨髓瘤模型中。 | 本研究首次显示Cystatin M/E能够增加骨吸收前体细胞的雌激素浓度，并抑制其成熟。 | 研究主要集中在小鼠模型上，临床转化需要更多的人体数据支持。 | 探讨Cystatin M/E如何通过改善雌激素受体的表达来减少骨质流失。 | 使用多发性骨髓瘤及卵巢切除小鼠模型进行实验。 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 蛋白质和mRNA数组 | 包含多发性骨髓瘤及卵巢切除小鼠模型的实验样本 | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2024-08-04 |
Single-Cell Sequencing Technology in Ruminant Livestock: Challenges and Opportunities
2024-May-27, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb46060316
PMID:38920988
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评论 | 该文综述了单细胞测序技术在反刍动物中的应用及其面临的挑战和机遇 | 探讨了反刍动物中特有的单细胞组学技术，以及对细胞和分子机制深入理解的潜力 | 面临精准标注独特细胞群体和细胞在组织内空间分辨率等挑战 | 旨在提高对健康和高产反刍动物所需特征的理解 | 关注牛、羊和山羊的细胞多样性及免疫细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 已经探讨的动物种类包括牛、羊和山羊 | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-08-05 |
CASi: A framework for cross-timepoint analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-05-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-58566-x
PMID:38724550
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研究论文 | 本研究开发了CASi，一个用于多时间点单细胞RNA测序数据分析的综合框架 | 提出了一个新的框架，专门用于分析多时间点的单细胞RNA测序数据，并提供多种分析功能 | 尚未在其他类型的单细胞数据集上进行广泛验证 | 旨在改善多时间点的单细胞RNA测序数据分析 | 关注单细胞层面基因表达差异研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 通过综合模拟研究与真实的多时间点单细胞数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 288 | 2024-08-04 |
Single-Cell Sequencing Reveals MYOF-Enriched Monocyte/Macrophage Subcluster as a Favorable Prognostic Factor in Sepsis
2024-05, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202300673
PMID:38456367
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了脓毒症中MYOF富集的单核细胞/巨噬细胞亚簇作为有利预后因素 | 该研究首次展示了MYOF基因在脓毒症中的重要性，并揭示了其与生存结果的相关性 | 该研究的限制未被明确提及 | 探讨脓毒症中免疫细胞景观及其与预后的关系 | 单细胞RNA测序得到的脓毒症患者免疫细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 研究中未明确样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 289 | 2024-08-05 |
Fibroblast Diversity and Epigenetic Regulation in Cardiac Fibrosis
2024-May-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25116004
PMID:38892192
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综述 | 本文探讨了心脏纤维化中成纤维细胞的多样性和表观遗传调控机制 | 强调了表观遗传调控在心脏纤维化发病机制中的关键作用，尤其是针对DNA甲基转移酶和组蛋白去乙酰化酶的靶向治疗潜力 | 研究主要集中在分子和细胞机制的探索上，具体的临床验证和应用尚需进一步研究 | 旨在阐明心脏纤维化中成纤维细胞的多样性及其激活过程的调控机制 | 研究对象为心脏成纤维细胞及其在心脏纤维化中的作用 | 心血管疾病 | 心脏纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-08-04 |
Ablation of Vitamin D Signaling in Cardiomyocytes Leads to Functional Impairment and Stimulation of Pro-Inflammatory and Pro-Fibrotic Gene Regulatory Networks in a Left Ventricular Hypertrophy Model in Mice
2024-May-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25115929
PMID:38892126
|
研究论文 | 本研究 aimed to clarify vitamin D 信号在左心室肥厚和功能障碍发展中的角色 | 本研究首次显示在小鼠心肌细胞中去除维生素 D 受体会导致心脏功能损害及促炎和促纤维化基因网络的刺激 | 研究主要在小鼠模型中进行，可能难以直接推广到人类 | 阐明维生素 D 信号在左心室肥厚和功能障碍中的作用 | 主要研究对象为小鼠，包括野生型小鼠和心肌细胞特异性 VDR 敲除小鼠 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 横向主动脉缩窄术（TAC） | NA | 心脏组织切片转录组数据 | 4 个月大的雄性小鼠，包括多种基因型 | NA | NA | NA | NA |
| 291 | 2024-08-05 |
Based on scRNA-seq and bulk RNA-seq to establish tumor immune microenvironment-associated signature of skin melanoma and predict immunotherapy response
2024-May-25, Archives of dermatological research
IF:1.8Q3
DOI:10.1007/s00403-024-03080-3
PMID:38795156
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研究论文 | 本研究基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据建立了与皮肤黑色素瘤相关的肿瘤免疫微环境标志，并预测了免疫治疗反应 | 通过对SKCM的scRNA-seq数据分析，识别出五个肿瘤免疫微环境相关基因，并构建了TIMAS用于预测免疫治疗结果 | 研究未提及样本规模及其可能影响结果的局限性 | 探索与皮肤黑色素瘤相关的肿瘤微环境的预后指标以提高免疫治疗的有效性 | 分析皮肤黑色素瘤患者的肿瘤免疫微环境及其基因表达 | 数字病理学 | 皮肤癌 | scRNA-seq 和 bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-08-04 |
Differential gene expression analysis of spatial transcriptomic experiments using spatial mixed models
2024-05-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-61758-0
PMID:38744956
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研究论文 | 本文探讨了使用空间混合模型进行空间转录组实验的差异基因表达分析 | 使用线性混合模型与空间相关结构来有效处理数据中的空间自相关性，降低了第一类错误率 | 没有提到具体的局限性 | 研究如何有效分析空间转录组数据中的差异基因表达 | 空间转录组数据中的细胞和组织领域 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 线性混合模型 | 基因数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2024-08-05 |
CD276 regulates the immune escape of esophageal squamous cell carcinoma through CXCL1-CXCR2 induced NETs
2024-May-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-008662
PMID:38724465
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研究论文 | 本研究揭示了CD276在食管鳞状细胞癌中的免疫逃逸机制 | 首次阐明了CD276通过CXCL1-CXCR2信号通路调节NET形成及自然杀伤细胞的作用 | 本研究主要基于小鼠模型的实验结果，缺乏临床试验数据支持 | 探讨CD276在食管鳞状细胞癌中的功能及其调节免疫监视机制 | 研究对象为食管鳞状细胞癌患者的组织样本及相应的小鼠模型 | 数字病理 | 食管癌 | 免疫组化(IHC), 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 组织样本, 细胞数据 | 多名食管鳞状细胞癌患者的组织及实验小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 294 | 2024-08-04 |
Single-cell landscape of idiopathic multicentric Castleman disease in identical twins
2024-May-02, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021992
PMID:38170173
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研究论文 | 该文章呈现了在同卵双胞胎中发生的特异性多中心卡斯尔曼病的罕见案例，并研究了受影响的淋巴器官和宿主循环中的免疫环境 | 通过同卵双胞胎模型提供了IL-6信号潜在来源细胞的证据，并描述了独特的单核细胞宿主免疫反应表型 | 未提及该研究的具体限制 | 研究特发性多中心卡斯尔曼病的免疫环境 | 同卵双胞胎中的特发性多中心卡斯尔曼病患者 | 数字病理学 | 特发性多中心卡斯尔曼病 | 空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq） | NA | 单细胞测序数据 | 同卵双胞胎的单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 295 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of a progressive Rosai-Dorfman disease affecting the cerebral parenchyma: a case report
2024-05-20, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01794-z
PMID:38769536
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case report | 报告了一例影响大脑实质的渐进性Rosai-Dorfman疾病的单细胞分析 | 首次通过单细胞RNA测序探讨神经性RDD的可能致病机制 | 该案例是基于单个患者，结果可能缺乏普遍性 | 探讨神经性Rosai-Dorfman疾病的致病机制 | 一例致命和皮质类固醇抗药性的神经性RDD病例 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组织活检样本 | 1个患者的活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-08-04 |
SCIMAP: A Python Toolkit for Integrated Spatial Analysis of Multiplexed Imaging Data
2024-May-03, ArXiv
PMID:38745703
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研究论文 | SCIMAP是一个专为多重成像数据的集成空间分析而设计的Python工具包 | 开发了一个针对多重成像数据复杂性的专用工具包，提供高效的数据预处理、分析和可视化功能 | 目前尚缺乏专门针对多重成像数据的现成软件工具 | 旨在满足对多重成像数据复杂性的分析和视觉化需求 | 主要研究多达10^7个细胞及其表现出的空间关系 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 图像 | 多达10^7个细胞，测量多达100种生物分子 | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-08-05 |
Human-like adrenal features in Chinese tree shrews revealed by multi-omics analysis of adrenal cell populations and steroid synthesis
2024-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了中国树鼩的肾上腺细胞群和类固醇合成中的人类样特征 | 首次使用单细胞RNA测序和空间转录组分析系统性映射了中国树鼩肾上腺细胞类型和类固醇代谢通路 | 研究主要集中在树鼩的肾上腺细胞类型及其与人类的比较，其他模型的比较可能有限 | 研究树鼩中肾上腺类固醇合成的细胞类型及其功能 | 中国树鼩的肾上腺细胞群和类固醇合成机制 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合症，原发性醛固酮增多症，高血压 | 单细胞RNA测序，空间转录组分析，质谱，免疫组化 | NA | RNA序列，代谢数据 | 多种细胞类型的样本，包括树鼩，人类，猕猴和小鼠的比较 | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2024-08-05 |
Applications of single-cell RNA sequencing in spermatogenesis and molecular evolution
2024-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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评论 | 本文综述了单细胞RNA测序在精子发生和分子演化中的应用 | 该文章创新性地探索了单细胞转录组测序技术在揭示精子发生细胞异质性及其分子演化过程中的作用 | 文章主要为综述，缺乏实验数据支持 | 阐明单细胞RNA测序在哺乳动物精子发生中的调控机制 | 精子发生细胞及其生态位细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 299 | 2024-08-05 |
Meiotic transcriptional reprogramming mediated by cell-cell communications in humans and mice revealed by scATAC-seq and scRNA-seq
2024-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 本研究通过scATAC-seq和scRNA-seq揭示了人类和小鼠中的减数分裂转录重编程受到细胞间通讯的介导 | 首次展示了精原细胞在减数分裂早期阶段重编程的转录变化以及Sertoli细胞与生殖细胞之间信号的角色 | 对减数分裂调控机制的深入了解仍然有限，需要更多研究来确认发现 | 研究减数分裂过程中转录重编程的机制及其与生殖细胞功能的关系 | 人类和小鼠的精巢组织中的减数分裂细胞 | 数字病理学 | 无阻塞性无精症 | scATAC-seq和scRNA-seq | NA | 细胞数据 | 人类和小鼠的精巢组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 300 | 2024-08-04 |
KLRB1 defines an activated phenotype of CD4+ T cells and shows significant upregulation in patients with primary Sjögren's syndrome
2024-May-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112072
PMID:38636371
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研究论文 | 本研究探讨KLRB1在CD4+ T细胞中的作用及其在原发性干燥综合症中的重要性 | 发现KLRB1在CD4+ T细胞激活表型中的独特性并与临床疾病指标相关 | 样本量有限，仅包含37名健康对照和44名患者的数据 | 研究KLRB1在原发性干燥综合症中的作用 | 44名原发性干燥综合症患者和37名健康对照的外周血样本 | 数字病理学 | 原发性干燥综合症 | 单细胞RNA测序 | 流式细胞术 | 血液样本 | 共81个样本，包括44名患者和37名健康对照 | NA | NA | NA | NA |