单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-04	The 9p21.3 coronary artery disease risk locus drives vascular smooth muscle cells to osteochondrogenic state 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.25.595888 PMID:38853913	研究论文	这篇文章探讨了9p21.3 CAD风险位点如何驱动血管平滑肌细胞转变为骨软骨生成状态	本研究揭示了9p21.3风险单倍型促使VSMCs获取具有骨软骨生成特征的新细胞状态，并识别了一组在这一转录程序中至关重要的标志基因	在本文中没有提及具体的局限性	研究9p21.3风险位点及其在VSMCs中导致疾病倾向状态的作用	诱导性多能干细胞源的血管平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	NA	使用了来自风险和非风险供体的iPSC细胞系
282	2024-08-04	Investigating the basis of lineage decisions and developmental trajectories in the dorsal spinal cord through pseudotime analyses 2024-May-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202209 PMID:38804879	研究论文	本研究通过伪时间分析探讨了背侧脊髓内神经元的谱系决策和发育轨迹	本研究结合小鼠胚胎干细胞衍生的背侧内神经元单细胞RNA测序图谱和伪时间分析，提供了一种新的资源来研究背侧内神经元的命运特异性	本研究主要是基于小鼠模型，可能无法完全适用于其他物种	研究背侧内神经元的发育过程和基因表达时机	小鼠胚胎干细胞衍生的背侧内神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
283	2024-08-04	Clustering and visualization of single-cell RNA-seq data using path metrics 2024-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012014 PMID:38809943	研究论文	本研究提出了一种新的单细胞RNA-seq数据分析框架，称为单细胞路径度量分析（scPMP），以改善聚类效果。	该文章的创新点在于提出了一种基于功率加权路径度量的新方法，能够更好地保持局部聚类结构和全局数据几何。	没有提到具体的研究限制	该研究旨在改善单细胞数据分析中的聚类质量和几何保真度。	研究对象为单细胞RNA-seq数据，涉及组织和癌症组成的高分辨率表征。	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	路径度量结合多维缩放	NA	NA
284	2024-08-05	Single-cell and single-nucleus RNA-sequencing from paired normal-adenocarcinoma lung samples provide both common and discordant biological insights 2024-May, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011301 PMID:38814983	研究论文	本文比较了配对正常-腺癌肺样本中单细胞RNA测序和单核RNA测序的生物学洞见	首次系统比较了scRNA-seq和snRNA-seq在正常和腺癌肺组织样本中的一致性和差异性	免疫细胞去除的额外操作影响了细胞活力，并放大了与应激反应相关的转录特征	探讨正常肺组织向腺癌组织转变的细胞过渡，以及不同RNA测序技术所捕获的生物信息	配对的正常及腺癌人类肺样本	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	细胞转录组	160,621个细胞/细胞核
285	2024-08-04	SCSMD: Single Cell Consistent Clustering based on Spectral Matrix Decomposition 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae273 PMID:38855914	研究论文	本文提出了一种基于谱矩阵分解的单细胞一致性聚类方法SCSMD	SCSMD融合了多种聚类方法的优势，以确定最佳聚类方案	NA	研究单细胞测序数据分析中的聚类问题	真实的scRNA-seq数据集，总共15个数据集	数字病理学	脑胶质瘤	scRNA-seq	NA	数据集	15个真实的scRNA-seq数据集
286	2024-08-04	High-density generation of spatial transcriptomics with STAGE 2024-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae294 PMID:38647109	研究论文	本文开发了一种名为STAGE的空间位置监督自编码生成器，用于生成高密度的空间转录组数据	STAGE使用定制的自监督编码器学习基因表达的连续模式，从而能够生成高分辨率的基因表达，并提高空间转录组数据的质量	尚未提及关于STAGE的适用范围或者可能存在的局限性	研究旨在改善空间转录组技术中数据分辨率和质量的不足	研究对象是空间转录组数据集和基因表达模式	数字病理学	NA	自编码生成器	自编码器	转录组数据	四个空间转录组数据集
287	2024-08-04	Structural, Functional, and Genetic Changes Surrounding Electrodes Implanted in the Brain 2024-05-07, Accounts of chemical research IF:16.4Q1 DOI:10.1021/acs.accounts.4c00057 PMID:38630432	研究论文	该文章研究植入电极周围的结构、功能和基因变化，旨在改善可植入神经技术的设计	创新点在于开发了新的'设备切片'技术，捕捉慢性植入电极与活体大鼠脑组织的相互作用，并揭示了电极周围组织重塑的新观察结果	尚需进一步的信息有效链接生物反应与设备设计的特定方面	探讨设备与组织整合的基本科学原理，以改善可植入神经技术的设计	研究植入电极周围细胞的结构、功能和基因变化	数字病理	NA	单细胞电生理学，双光子成像，空间转录组学	NA	基因表达数据，细胞电生理数据	使用活体大鼠脑组织进行研究，具体样本大小未提供
288	2024-08-05	Identification of a novel prognostic signature based on vitamin metabolism clustering-related genes in lung adenocarcinoma 2024-May-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-245 PMID:38854940	研究论文	本研究建立了一个基于维生素代谢相关基因的肺腺癌预后模型	首次探索了维生素代谢在肺腺癌中的作用，并建立了一个预后签名	未提及样本的多样性和验证该模型在其他人群中的效果	旨在识别与肺腺癌相关的维生素代谢差异表达基因	研究对象为肺腺癌患者及其维生素代谢模式	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Cox回归模型	基因表达数据	使用了TCGA-LUAD、GSE68465和GSE72094的数据
289	2024-08-05	Contribution of crosstalk of mesothelial and tumoral epithelial cells in pleural metastasis of lung cancer 2024-May-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-118 PMID:38854934	研究论文	本文探讨了胸膜转移中间皮细胞与肿瘤上皮细胞之间的相互作用	首次通过单细胞RNA测序系统性调查了不同细胞类型及其在肺癌胸膜转移中的相互作用	缺乏对所有可能相关细胞类型全面的探讨和分析	研究中间皮细胞与恶性肿瘤细胞在肺癌胸膜转移中的相互作用及其机制	肺癌患者的中间皮细胞和肿瘤上皮细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	包括5个来自正常、非恶性疾病及肺癌患者的数据集
290	2024-08-05	Prognostic impact and immunotherapeutic implications of NETosis-related prognostic model in clear cell renal cell carcinoma 2024-May-27, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05761-y PMID:38801430	研究论文	本文构建了一个与坏死性凋亡相关的预后模型，以探讨其在透明细胞肾细胞癌中的影响	提出了一个新的与坏死性凋亡相关的预后标识符，并探讨了其在免疫特征和肿瘤突变负担等方面的作用	研究的外部验证和算法应用的多样性可能影响结果的广泛适用性	研究坏死性凋亡对透明细胞肾细胞癌预后和免疫治疗的影响	透明细胞肾细胞癌患者及其相关细胞系	数字病理学	肾癌	实时定量PCR（RT-qPCR）、单细胞RNA测序	NA	RNA数据	使用了ccRCC组织样本和细胞系
291	2024-08-05	Machine learning identifies the role of SMAD6 in the prognosis and drug susceptibility in bladder cancer 2024-May-20, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05798-z PMID:38767747	研究论文	本研究揭示了膀胱癌的两种新亚型，并确定了SMAD6作为一个有前景的治疗靶点	首次识别SMAD6在膀胱癌预后和药物敏感性中的作用，并发现膀胱癌的两种新亚型	尚未在临床试验中验证SMAD6作为治疗靶点的实际效果	预测膀胱癌的预后并识别新疗法的精确治疗靶点	TGF-β信号通路相关基因及其在膀胱癌样本中的表达	机器学习	膀胱癌	无监督聚类分析	机器学习分类器	转录组数据	TCGA-BLCA样本
292	2024-08-04	Characterizing dysregulations via cell-cell communications in Alzheimer's brains using single-cell transcriptomes 2024-May-13, BMC neuroscience IF:2.4Q3 DOI:10.1186/s12868-024-00867-y PMID:38741048	研究论文	本文利用单细胞转录组研究阿尔茨海默病大脑中细胞间通信的失调。	该研究通过单细胞测序技术揭示了阿尔茨海默病大脑中细胞间通信网络的特征和失调机制。	该研究主要集中于大脑前额叶区域，可能无法全面代表阿尔茨海默病的所有相关区域。	探讨在阿尔茨海默病和健康脑中细胞间通信的差异。	人类前额叶皮层的单细胞转录组数据。	数字病理	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了大量公共的单核RNA测序数据
293	2024-08-05	Bioinformatic Analysis of Gene Expression Related to Sialic Acid Biosynthesis in Patients With Medulloblastoma 2024-May, Cureus DOI:10.7759/cureus.59997 PMID:38854216	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨与小脑胶质瘤患者中唾液酸代谢相关的基因表达。	首次在小脑胶质瘤中揭示了唾液酸代谢相关基因的异常表达及其与整体生存率的关联。	本研究依赖于公开数据库，需进一步实验验证其结果。	探讨唾液酸相关基因在小脑胶质瘤患者中的表达及其对生存率的影响。	小脑胶质瘤患者的基因表达及其与唾液酸代谢的关系。	数字病理学	小脑胶质瘤	RNA-seq	Cox回归模型	文本	包含来自不同分子亚组的大量小脑胶质瘤样本
294	2024-08-05	Fourteen years of cellular deconvolution: methodology, applications, technical evaluation and outstanding challenges 2024-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae267 PMID:38619038	综述	本文提供了关于53种细胞去卷积方法的全面综述	本文通过对53种方法进行基准测试，填补了细胞去卷积方法选择的空白	缺乏足够的文档和性能评估，使得生命科学家难以选择合适的方法	研究细胞去卷积方法及其在生物医学研究中的应用	对53种细胞去卷积方法的技术评估和应用现状进行综述	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	RNA数据	63名个体的30种组织中283种细胞类型
295	2024-08-04	Single-cell metabolomics in rare disease: From technology to disease 2024-May-31, Intractable & rare diseases research IF:1.1Q2 DOI:10.5582/irdr.2023.01073 PMID:38836176	研究论文	该文章探讨了单细胞代谢组学在稀有疾病中的应用和潜力	文章创新性地提出单细胞代谢组学能够彻底改变稀有疾病的诊断、治疗和管理策略	文章未具体说明现有研究的局限性	推动稀有疾病的准确和快速诊断，并促进治疗药物的发展	稀有疾病，特别是代谢类稀有疾病	数字病理学	稀有疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
296	2024-08-05	CD47, a novel YAP target gene, contributes to hepatic stellate cell activation and liver fibrosis induced by high-fat diet 2024-May-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31621 PMID:38831842	研究论文	本研究探讨了CD47在高脂饮食诱导的肝星状细胞活化和肝纤维化中的作用	本研究首次揭示了CD47作为YAP的转录靶点，在高脂饮食条件下促进肝星状细胞活化的机制	关于CD47在肝星状细胞中的具体调控机制仍不完全明了	研究CD47在肝星状细胞活化及肝纤维化中的角色及其调控机制	小鼠肝星状细胞及其在高脂饮食条件下的行为	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
297	2024-08-04	Harnessing TME depicted by histological images to improve cancer prognosis through a deep learning system 2024-May-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101536 PMID:38697103	研究论文	本研究提供了一种强大的深度学习系统，通过组织学图像增强肿瘤微环境(TME)信息以改善癌症预后	提出了整合图像和图形深度学习的模型(IGI-DL)，并开发了基于TME的癌症预后预测模型	研究未涉及空间转录组学(ST)的临床可用性限制	改善癌症预后，尤其是在没有ST数据的患者中	使用组织学图像来预测癌症预后和TME	数字病理学	乳腺癌和结直肠癌	深度学习	IGI-DL模型	组织学图像	使用The Cancer Genome Atlas的乳腺癌和结直肠癌队列，以及外部的Molecular and Cellular Oncology结直肠癌队列
298	2024-08-04	Targeting PDGF signaling of cancer-associated fibroblasts blocks feedback activation of HIF-1α and tumor progression of clear cell ovarian cancer 2024-May-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101532 PMID:38670097	研究论文	该研究探讨了与卵巢透明细胞癌相关的癌症相关成纤维细胞的PDGF信号通路。	该研究揭示了在卵巢透明细胞癌中的化疗抗性机制，并提出了针对CAFs的治疗策略。	该研究主要基于体外和小鼠模型，临床相关性仍需进一步验证。	研究卵巢透明细胞癌的化疗抗性机制及潜在的治疗方法。	卵巢透明细胞癌患者的手术标本及其相关的癌症相关成纤维细胞。	数字病理学	卵巢癌	单细胞分析和空间转录组学	NA	显微镜图像	手术标本分析及共培养实验
299	2024-08-05	A comprehensive single-cell breast tumor atlas defines epithelial and immune heterogeneity and interactions predicting anti-PD-1 therapy response 2024-May-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101511 PMID:38614094	研究论文	我们展示了一个包含236,363个细胞的初级乳腺肿瘤微环境单细胞RNA测序综合图谱	首次通过InteractPrint方法揭示了肿瘤上皮细胞与免疫细胞的相互作用，并能够预测抗PD-1治疗的反应	在这项研究中没有提到样本的时间顺序或长期效果的评估	目标是分析乳腺肿瘤微环境中免疫和肿瘤上皮细胞的异质性	本研究的对象包括来自119个活检样本的肿瘤微环境中的免疫细胞和癌上皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	InteractPrint	细胞数据	119个活检样本
300	2024-08-05	Monocyte bioenergetics: An immunometabolic perspective in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis 2024-May-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101564 PMID:38733988	研究论文	本文揭示了代谢功能障碍相关脂肪肝炎患者外周单核细胞的生物能量特征	首次指出在代谢功能障碍相关脂肪肝炎中，外周单核细胞表现出特定的高糖酵解和线粒体呼吸特征	研究主要基于小鼠模型，临床适用性可能受限	探讨单核细胞的生物能量特征在代谢功能障碍相关脂肪肝炎中的作用	代谢功能障碍相关脂肪肝炎患者的外周单核细胞	免疫代谢	代谢功能障碍相关脂肪肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	NA