单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-05	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing unveils a machine learning-based pan-cancer major histocompatibility complex-related signature for predicting immunotherapy efficacy 2024-May-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03714-5 PMID:38714579	研究论文	该文章探讨了主要组织相容性复合体（MHC）在肿瘤免疫治疗中的潜在生物标志物作用，并开发了MHCsig以预测免疫治疗的疗效	开发了新的MHCsig，可以有效预测多种肿瘤免疫治疗的益处	NA	研究MHC与免疫治疗反应之间的关系	免疫治疗患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	肿瘤	RNA测序	NA	基因组数据	大量的全癌症数据和临床队列
282	2024-08-05	Overexpressing S100A9 ameliorates NK cell dysfunction in estrogen receptor-positive breast cancer 2024-May-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03699-1 PMID:38713229	研究论文	本研究探讨了S100A9在雌激素受体阳性乳腺癌中的作用，改善了自然杀伤细胞的功能	首次揭示了S100A9在ER+/HER2-BC中对NK细胞功能的重要调节作用	研究主要集中在细胞及分子水平，临床验证和长时间效应尚不明确	探索雌激素受体阳性乳腺癌中NK细胞的功能状态及其调节机制	雌激素受体阳性乳腺癌细胞系及其对NK细胞的影响	数字病理学	乳腺癌	单细胞mRNA测序, 批量mRNA测序, qPCR, ELISA	NA	基因表达数据	研究中使用了MCF-7, T47D, MDA-MB-468和MDA-MB-231细胞系
283	2024-08-04	Blocking OLFM4/galectin-3 axis in placental polymorphonuclear myeloid-derived suppressor cells triggers intestinal inflammation in newborns 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112058 PMID:38613883	研究论文	该研究报告了胎盘多核脉形骨髓来源抑制细胞与新生儿肠道炎症之间的密切关系	首次揭示了OLFM4/凝集素-3轴在胎盘多核脉形骨髓来源抑制细胞与新生儿肠道炎症之间的重要作用	该研究未能探讨ELF（外源性生长因子）对结果的潜在影响	研究胎盘多核脉形骨髓来源抑制细胞与新生儿肠道炎症的关联	主要研究胎盘多核脉形骨髓来源抑制细胞及其对子代的新生儿肠道炎症的影响	数字病理学	新生儿坏死性肠炎	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	包括缺乏Olfm4的小鼠母体和健康小鼠的胎盘样本
284	2024-08-05	IFI30 as a key regulator of PDL1 immunotherapy prognosis in breast cancer 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112093 PMID:38669947	研究论文	本研究探讨了IFI30在乳腺癌中的作用及其与PD-L1免疫治疗的预测关系	揭示了IFI30在乳腺癌组织中表达上调，并与肿瘤分期和预后显著相关，同时还发现其与免疫相关信号通路的显著关联	本研究的具体机制和IFI30与PD-L1轴之间的关系仍不清晰	研究IFI30在乳腺癌中的作用及其对PD-L1表达和T细胞浸润的影响	乳腺癌组织中的IFI30表达及其与PD-L1的关系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化	NA	RNA，蛋白质	通过TCGA和GTEx数据库以及自制的乳腺癌组织微阵列进行分析
285	2024-08-04	LoRA-TV: read depth profile-based clustering of tumor cells in single-cell sequencing 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae277 PMID:38877886	研究论文	本研究提出了一种基于单细胞测序数据读深度特征的肿瘤细胞聚类新方法LoRA-TV	LoRA-TV利用低秩优化和鲁棒平滑方法聚合共享的基因组特征，以提高肿瘤细胞聚类性能	NA	研究如何通过单细胞测序揭示肿瘤细胞群体的异质性	肿瘤细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	模拟数据和实际数据	NA
286	2024-08-07	scRNA-seq: oh, the joys 2024-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02263-0 PMID:38654084	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
287	2024-08-05	Therapeutic Inducers of Natural Killer cell Killing (ThINKK): preclinical assessment of safety and efficacy in allogeneic hematopoietic stem cell transplant settings 2024-May-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008435 PMID:38754915	研究论文	该研究评估了自然杀伤（NK）细胞杀伤的治疗诱导剂（ThINKK）在异基因造血干细胞移植中的安全性和有效性	本研究首次展示了ThINKK细胞具有产量型I干扰素的特性，并且在异基因T细胞激活能力较低	未明确指出研究的限制	本研究旨在改善异基因HSCT后早期的移植物抗白血病效应	该研究的对象为从造血干细胞扩增和分化而来的ThINKK细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序和流式细胞术	人类小鼠异种移植模型	细胞数据	NA
288	2024-08-04	[Mechanism of Fuzheng Huayu Tablets against hepatic fibrosis based on transcriptome and single-cell sequencing] 2024-May, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20240202.706 PMID:38812160	研究论文	本研究探讨了复正化瘤片(FZHY)在肝纤维化治疗中巨噬细胞极化的作用	识别出与肝纤维化巨噬细胞极化相关的26个潜在基因，并筛选出10个核心蛋白	未提及具体的局限性	研究FZHY在肝纤维化治疗中的机制	主要研究肝纤维化相关的巨噬细胞及其极化	数字病理学	肝纤维化	单细胞测序、转录组测序	小鼠模型	基因组数据	小鼠模型的具体样本数量未提及
289	2024-08-04	The 9p21.3 coronary artery disease risk locus drives vascular smooth muscle cells to osteochondrogenic state 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.25.595888 PMID:38853913	研究论文	这篇文章探讨了9p21.3 CAD风险位点如何驱动血管平滑肌细胞转变为骨软骨生成状态	本研究揭示了9p21.3风险单倍型促使VSMCs获取具有骨软骨生成特征的新细胞状态，并识别了一组在这一转录程序中至关重要的标志基因	在本文中没有提及具体的局限性	研究9p21.3风险位点及其在VSMCs中导致疾病倾向状态的作用	诱导性多能干细胞源的血管平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	NA	使用了来自风险和非风险供体的iPSC细胞系
290	2024-08-04	Investigating the basis of lineage decisions and developmental trajectories in the dorsal spinal cord through pseudotime analyses 2024-May-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202209 PMID:38804879	研究论文	本研究通过伪时间分析探讨了背侧脊髓内神经元的谱系决策和发育轨迹	本研究结合小鼠胚胎干细胞衍生的背侧内神经元单细胞RNA测序图谱和伪时间分析，提供了一种新的资源来研究背侧内神经元的命运特异性	本研究主要是基于小鼠模型，可能无法完全适用于其他物种	研究背侧内神经元的发育过程和基因表达时机	小鼠胚胎干细胞衍生的背侧内神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
291	2024-08-04	Clustering and visualization of single-cell RNA-seq data using path metrics 2024-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012014 PMID:38809943	研究论文	本研究提出了一种新的单细胞RNA-seq数据分析框架，称为单细胞路径度量分析（scPMP），以改善聚类效果。	该文章的创新点在于提出了一种基于功率加权路径度量的新方法，能够更好地保持局部聚类结构和全局数据几何。	没有提到具体的研究限制	该研究旨在改善单细胞数据分析中的聚类质量和几何保真度。	研究对象为单细胞RNA-seq数据，涉及组织和癌症组成的高分辨率表征。	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	路径度量结合多维缩放	NA	NA
292	2024-08-05	Single-cell and single-nucleus RNA-sequencing from paired normal-adenocarcinoma lung samples provide both common and discordant biological insights 2024-May, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011301 PMID:38814983	研究论文	本文比较了配对正常-腺癌肺样本中单细胞RNA测序和单核RNA测序的生物学洞见	首次系统比较了scRNA-seq和snRNA-seq在正常和腺癌肺组织样本中的一致性和差异性	免疫细胞去除的额外操作影响了细胞活力，并放大了与应激反应相关的转录特征	探讨正常肺组织向腺癌组织转变的细胞过渡，以及不同RNA测序技术所捕获的生物信息	配对的正常及腺癌人类肺样本	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	细胞转录组	160,621个细胞/细胞核
293	2024-08-04	SCSMD: Single Cell Consistent Clustering based on Spectral Matrix Decomposition 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae273 PMID:38855914	研究论文	本文提出了一种基于谱矩阵分解的单细胞一致性聚类方法SCSMD	SCSMD融合了多种聚类方法的优势，以确定最佳聚类方案	NA	研究单细胞测序数据分析中的聚类问题	真实的scRNA-seq数据集，总共15个数据集	数字病理学	脑胶质瘤	scRNA-seq	NA	数据集	15个真实的scRNA-seq数据集
294	2024-08-04	High-density generation of spatial transcriptomics with STAGE 2024-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae294 PMID:38647109	研究论文	本文开发了一种名为STAGE的空间位置监督自编码生成器，用于生成高密度的空间转录组数据	STAGE使用定制的自监督编码器学习基因表达的连续模式，从而能够生成高分辨率的基因表达，并提高空间转录组数据的质量	尚未提及关于STAGE的适用范围或者可能存在的局限性	研究旨在改善空间转录组技术中数据分辨率和质量的不足	研究对象是空间转录组数据集和基因表达模式	数字病理学	NA	自编码生成器	自编码器	转录组数据	四个空间转录组数据集
295	2024-08-04	Structural, Functional, and Genetic Changes Surrounding Electrodes Implanted in the Brain 2024-05-07, Accounts of chemical research IF:16.4Q1 DOI:10.1021/acs.accounts.4c00057 PMID:38630432	研究论文	该文章研究植入电极周围的结构、功能和基因变化，旨在改善可植入神经技术的设计	创新点在于开发了新的'设备切片'技术，捕捉慢性植入电极与活体大鼠脑组织的相互作用，并揭示了电极周围组织重塑的新观察结果	尚需进一步的信息有效链接生物反应与设备设计的特定方面	探讨设备与组织整合的基本科学原理，以改善可植入神经技术的设计	研究植入电极周围细胞的结构、功能和基因变化	数字病理	NA	单细胞电生理学，双光子成像，空间转录组学	NA	基因表达数据，细胞电生理数据	使用活体大鼠脑组织进行研究，具体样本大小未提供
296	2024-08-05	Identification of a novel prognostic signature based on vitamin metabolism clustering-related genes in lung adenocarcinoma 2024-May-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-245 PMID:38854940	研究论文	本研究建立了一个基于维生素代谢相关基因的肺腺癌预后模型	首次探索了维生素代谢在肺腺癌中的作用，并建立了一个预后签名	未提及样本的多样性和验证该模型在其他人群中的效果	旨在识别与肺腺癌相关的维生素代谢差异表达基因	研究对象为肺腺癌患者及其维生素代谢模式	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Cox回归模型	基因表达数据	使用了TCGA-LUAD、GSE68465和GSE72094的数据
297	2024-08-05	Contribution of crosstalk of mesothelial and tumoral epithelial cells in pleural metastasis of lung cancer 2024-May-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-118 PMID:38854934	研究论文	本文探讨了胸膜转移中间皮细胞与肿瘤上皮细胞之间的相互作用	首次通过单细胞RNA测序系统性调查了不同细胞类型及其在肺癌胸膜转移中的相互作用	缺乏对所有可能相关细胞类型全面的探讨和分析	研究中间皮细胞与恶性肿瘤细胞在肺癌胸膜转移中的相互作用及其机制	肺癌患者的中间皮细胞和肿瘤上皮细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	包括5个来自正常、非恶性疾病及肺癌患者的数据集
298	2024-08-05	Prognostic impact and immunotherapeutic implications of NETosis-related prognostic model in clear cell renal cell carcinoma 2024-May-27, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05761-y PMID:38801430	研究论文	本文构建了一个与坏死性凋亡相关的预后模型，以探讨其在透明细胞肾细胞癌中的影响	提出了一个新的与坏死性凋亡相关的预后标识符，并探讨了其在免疫特征和肿瘤突变负担等方面的作用	研究的外部验证和算法应用的多样性可能影响结果的广泛适用性	研究坏死性凋亡对透明细胞肾细胞癌预后和免疫治疗的影响	透明细胞肾细胞癌患者及其相关细胞系	数字病理学	肾癌	实时定量PCR（RT-qPCR）、单细胞RNA测序	NA	RNA数据	使用了ccRCC组织样本和细胞系
299	2024-08-05	Machine learning identifies the role of SMAD6 in the prognosis and drug susceptibility in bladder cancer 2024-May-20, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05798-z PMID:38767747	研究论文	本研究揭示了膀胱癌的两种新亚型，并确定了SMAD6作为一个有前景的治疗靶点	首次识别SMAD6在膀胱癌预后和药物敏感性中的作用，并发现膀胱癌的两种新亚型	尚未在临床试验中验证SMAD6作为治疗靶点的实际效果	预测膀胱癌的预后并识别新疗法的精确治疗靶点	TGF-β信号通路相关基因及其在膀胱癌样本中的表达	机器学习	膀胱癌	无监督聚类分析	机器学习分类器	转录组数据	TCGA-BLCA样本
300	2024-08-04	Characterizing dysregulations via cell-cell communications in Alzheimer's brains using single-cell transcriptomes 2024-May-13, BMC neuroscience IF:2.4Q3 DOI:10.1186/s12868-024-00867-y PMID:38741048	研究论文	本文利用单细胞转录组研究阿尔茨海默病大脑中细胞间通信的失调。	该研究通过单细胞测序技术揭示了阿尔茨海默病大脑中细胞间通信网络的特征和失调机制。	该研究主要集中于大脑前额叶区域，可能无法全面代表阿尔茨海默病的所有相关区域。	探讨在阿尔茨海默病和健康脑中细胞间通信的差异。	人类前额叶皮层的单细胞转录组数据。	数字病理	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了大量公共的单核RNA测序数据