单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-08-05	Applications of single-cell RNA sequencing in spermatogenesis and molecular evolution 2024-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.010 PMID:38766742	评论	本文综述了单细胞RNA测序在精子发生和分子演化中的应用	该文章创新性地探索了单细胞转录组测序技术在揭示精子发生细胞异质性及其分子演化过程中的作用	文章主要为综述，缺乏实验数据支持	阐明单细胞RNA测序在哺乳动物精子发生中的调控机制	精子发生细胞及其生态位细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
262	2024-08-05	Meiotic transcriptional reprogramming mediated by cell-cell communications in humans and mice revealed by scATAC-seq and scRNA-seq 2024-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2023.414 PMID:38766744	研究论文	本研究通过scATAC-seq和scRNA-seq揭示了人类和小鼠中的减数分裂转录重编程受到细胞间通讯的介导	首次展示了精原细胞在减数分裂早期阶段重编程的转录变化以及Sertoli细胞与生殖细胞之间信号的角色	对减数分裂调控机制的深入了解仍然有限，需要更多研究来确认发现	研究减数分裂过程中转录重编程的机制及其与生殖细胞功能的关系	人类和小鼠的精巢组织中的减数分裂细胞	数字病理学	无阻塞性无精症	scATAC-seq和scRNA-seq	NA	细胞数据	人类和小鼠的精巢组织样本
263	2024-08-04	KLRB1 defines an activated phenotype of CD4+ T cells and shows significant upregulation in patients with primary Sjögren's syndrome 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112072 PMID:38636371	研究论文	本研究探讨KLRB1在CD4+ T细胞中的作用及其在原发性干燥综合症中的重要性	发现KLRB1在CD4+ T细胞激活表型中的独特性并与临床疾病指标相关	样本量有限，仅包含37名健康对照和44名患者的数据	研究KLRB1在原发性干燥综合症中的作用	44名原发性干燥综合症患者和37名健康对照的外周血样本	数字病理学	原发性干燥综合症	单细胞RNA测序	流式细胞术	血液样本	共81个样本，包括44名患者和37名健康对照
264	2024-08-04	Deciphering Abnormal Platelet Subpopulations in COVID-19, Sepsis and Systemic Lupus Erythematosus through Machine Learning and Single-Cell Transcriptomics 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115941 PMID:38892129	研究论文	本研究旨在理解激活血小板的转录异质性及其对败血症、新冠肺炎和系统性红斑狼疮等疾病的影响	本研究通过单细胞转录组分析和机器学习方法，揭示了血小板亚群在疾病严重性中的差异，并标识出重要的血小板异质性生物标志物	本研究的局限性在于对激活血小板转录组异质性的了解仍然有限，未来需进一步验证发现的生物标志物	本研究旨在剖析激活血小板的复杂转录谱，以帮助开发针对异常和致病血小板亚型的靶向疗法	本研究分析了来自413例患者的47,977个血小板的单细胞转录谱	数字病理	新冠肺炎, 败血症, 系统性红斑狼疮	单细胞转录组, 深度神经网络 (DNN), 极端梯度提升 (XGB), UMAP	NA	转录组	413个样本
265	2024-08-04	Identification of Marker Genes in Infectious Diseases from ScRNA-seq Data Using Interpretable Machine Learning 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115920 PMID:38892107	研究论文	本文提出了一种早期诊断系统，用于区分免疫失调综合征的严重程度	通过可解释的机器学习方法识别感染相关的关键基因，能够区分不同感染程度	本文未提及样本量及数据来源的具体限制	构建用于识别感染严重程度的早期诊断系统	重点研究不同免疫细胞和基因在感染中的表达变化	机器学习	感染性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
266	2024-08-05	Sex-Based Mechanisms of Cardiac Development and Function: Applications for Induced-Pluripotent Stem Cell Derived-Cardiomyocytes 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115964 PMID:38892161	研究论文	本文概述了性别在心脏发育和功能中的机制，并探讨了诱导多能干细胞衍生心肌细胞的应用	首次全面理解性别特异性心脏差异的机制	对性别差异的机制尚未完全阐明	研究性别在心脏生理和病理中的作用和机制	主要研究男性和女性的心脏发育及其功能的差异	数字病理学	心血管疾病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	NA	NA
267	2024-08-05	scZAG: Integrating ZINB-Based Autoencoder with Adaptive Data Augmentation Graph Contrastive Learning for scRNA-seq Clustering 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115976 PMID:38892162	研究论文	本文提出了一种结合ZINB模型和自适应数据增强图对比学习的深度学习框架，用于单细胞RNA测序的聚类分析	创新地结合了ZINB模型去噪和自适应图对比学习，解决了单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题	可能未能充分涵盖所有潜在的高维拓扑结构	研究单细胞RNA测序数据的聚类分析方法	重点研究单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别和聚类	计算机视觉	NA	ZINB模型，图对比学习	APPNPGCN	基因表达数据	10个常见的单细胞RNA测序数据集
268	2024-08-04	Circadian Rhythm Disruption in Hepatocellular Carcinoma Investigated by Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-May-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115748 PMID:38891936	研究论文	本研究通过整合分析大规模和单细胞RNA测序数据，探讨了肝细胞癌中的生物钟节律失调	首次结合大规模RNA转录组分析和单细胞测序，确定与生物钟节律失调相关的基因的表达变化	具体的细胞和分子机制尚不清楚	研究生物钟节律失调在肝细胞癌发生中的作用及其相关基因	肝细胞癌患者的CRD相关基因表达	数字病理学	肝癌	RNA测序	NA	转录组数据	NA
269	2024-08-04	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Metabolic Changes in Epithelial Glycosphingolipids and Establishes a Prognostic Risk Model for Pancreatic Cancer 2024-May-24, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics14111094 PMID:38893622	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序分析揭示了胰腺癌中上皮糖鞘脂代谢的变化，并建立了预后风险模型	首次将上皮糖鞘脂代谢与胰腺癌的预后联系起来，建立了基于六基因的预后模型	该研究的样本量及其外部验证的数据库可能限制了结果的广泛适用性	探索胰腺癌中糖鞘脂代谢的变化及其与患者预后的关系	胰腺腺癌组织中的上皮细胞及其代谢特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞代谢数据	胰腺癌患者的单细胞测序数据，具体样本数量未提供
270	2024-08-05	Unraveling Divergent Transcriptomic Profiles: A Comparative Single-Cell RNA Sequencing Study of Epithelium, Gingiva, and Periodontal Ligament Tissues 2024-May-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115617 PMID:38891804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序研究牙周组织的转录组特征	首次揭示了牙周组织的层次结构和环境因素对细胞组成的影响	样本量较小，仅涉及7个组织样本，可能限制了研究结果的普遍性	旨在识别牙周特异性标记以深入了解牙周病理生理	主要研究人类牙周韧带、牙龈和上皮组织的细胞组成和基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	7个组织样本
271	2024-08-05	New Insight into Intestinal Mast Cells Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-May-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115594 PMID:38891782	综述	本综述总结了单细胞转录组学研究如何为肠道肥大细胞的发育及其在健康和疾病中的功能角色提供了见解	使用单细胞RNA测序技术揭示的肠道肥大细胞的起源、分化及其表型和功能	关于肥大细胞生物学的若干方面尚待澄清	探讨肥大细胞的起源、分化及其在不同组织中的功能	肠道肥大细胞亚群及其在健康与疾病中的作用	数字病理学	肿瘤进展	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
272	2024-08-04	Single-cell sequencing of tumour infiltrating T cells efficiently identifies tumour-specific T cell receptors based on the T cell activation score 2024-May-10, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03710-9 PMID:38727812	研究论文	本文通过单细胞RNA测序建立了一种有效的方法来分离肿瘤反应性T细胞受体	创新性地结合多个激活和效应分子的表达水平来提高肿瘤特异性TCR的分离效率	研究仅包含两名肺腺癌患者，样本量较小	旨在识别肿瘤特异性T细胞受体以改善癌症治疗	研究对象为肺腺癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞和自体肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	2名肺腺癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞
273	2024-08-05	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing unveils a machine learning-based pan-cancer major histocompatibility complex-related signature for predicting immunotherapy efficacy 2024-May-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03714-5 PMID:38714579	研究论文	该文章探讨了主要组织相容性复合体（MHC）在肿瘤免疫治疗中的潜在生物标志物作用，并开发了MHCsig以预测免疫治疗的疗效	开发了新的MHCsig，可以有效预测多种肿瘤免疫治疗的益处	NA	研究MHC与免疫治疗反应之间的关系	免疫治疗患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	肿瘤	RNA测序	NA	基因组数据	大量的全癌症数据和临床队列
274	2024-08-05	Overexpressing S100A9 ameliorates NK cell dysfunction in estrogen receptor-positive breast cancer 2024-May-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03699-1 PMID:38713229	研究论文	本研究探讨了S100A9在雌激素受体阳性乳腺癌中的作用，改善了自然杀伤细胞的功能	首次揭示了S100A9在ER+/HER2-BC中对NK细胞功能的重要调节作用	研究主要集中在细胞及分子水平，临床验证和长时间效应尚不明确	探索雌激素受体阳性乳腺癌中NK细胞的功能状态及其调节机制	雌激素受体阳性乳腺癌细胞系及其对NK细胞的影响	数字病理学	乳腺癌	单细胞mRNA测序, 批量mRNA测序, qPCR, ELISA	NA	基因表达数据	研究中使用了MCF-7, T47D, MDA-MB-468和MDA-MB-231细胞系
275	2024-08-04	Blocking OLFM4/galectin-3 axis in placental polymorphonuclear myeloid-derived suppressor cells triggers intestinal inflammation in newborns 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112058 PMID:38613883	研究论文	该研究报告了胎盘多核脉形骨髓来源抑制细胞与新生儿肠道炎症之间的密切关系	首次揭示了OLFM4/凝集素-3轴在胎盘多核脉形骨髓来源抑制细胞与新生儿肠道炎症之间的重要作用	该研究未能探讨ELF（外源性生长因子）对结果的潜在影响	研究胎盘多核脉形骨髓来源抑制细胞与新生儿肠道炎症的关联	主要研究胎盘多核脉形骨髓来源抑制细胞及其对子代的新生儿肠道炎症的影响	数字病理学	新生儿坏死性肠炎	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	包括缺乏Olfm4的小鼠母体和健康小鼠的胎盘样本
276	2024-08-05	IFI30 as a key regulator of PDL1 immunotherapy prognosis in breast cancer 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112093 PMID:38669947	研究论文	本研究探讨了IFI30在乳腺癌中的作用及其与PD-L1免疫治疗的预测关系	揭示了IFI30在乳腺癌组织中表达上调，并与肿瘤分期和预后显著相关，同时还发现其与免疫相关信号通路的显著关联	本研究的具体机制和IFI30与PD-L1轴之间的关系仍不清晰	研究IFI30在乳腺癌中的作用及其对PD-L1表达和T细胞浸润的影响	乳腺癌组织中的IFI30表达及其与PD-L1的关系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化	NA	RNA，蛋白质	通过TCGA和GTEx数据库以及自制的乳腺癌组织微阵列进行分析
277	2024-08-04	LoRA-TV: read depth profile-based clustering of tumor cells in single-cell sequencing 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae277 PMID:38877886	研究论文	本研究提出了一种基于单细胞测序数据读深度特征的肿瘤细胞聚类新方法LoRA-TV	LoRA-TV利用低秩优化和鲁棒平滑方法聚合共享的基因组特征，以提高肿瘤细胞聚类性能	NA	研究如何通过单细胞测序揭示肿瘤细胞群体的异质性	肿瘤细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	模拟数据和实际数据	NA
278	2024-08-07	scRNA-seq: oh, the joys 2024-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02263-0 PMID:38654084	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
279	2024-08-05	Therapeutic Inducers of Natural Killer cell Killing (ThINKK): preclinical assessment of safety and efficacy in allogeneic hematopoietic stem cell transplant settings 2024-May-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008435 PMID:38754915	研究论文	该研究评估了自然杀伤（NK）细胞杀伤的治疗诱导剂（ThINKK）在异基因造血干细胞移植中的安全性和有效性	本研究首次展示了ThINKK细胞具有产量型I干扰素的特性，并且在异基因T细胞激活能力较低	未明确指出研究的限制	本研究旨在改善异基因HSCT后早期的移植物抗白血病效应	该研究的对象为从造血干细胞扩增和分化而来的ThINKK细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序和流式细胞术	人类小鼠异种移植模型	细胞数据	NA
280	2024-08-04	[Mechanism of Fuzheng Huayu Tablets against hepatic fibrosis based on transcriptome and single-cell sequencing] 2024-May, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20240202.706 PMID:38812160	研究论文	本研究探讨了复正化瘤片(FZHY)在肝纤维化治疗中巨噬细胞极化的作用	识别出与肝纤维化巨噬细胞极化相关的26个潜在基因，并筛选出10个核心蛋白	未提及具体的局限性	研究FZHY在肝纤维化治疗中的机制	主要研究肝纤维化相关的巨噬细胞及其极化	数字病理学	肝纤维化	单细胞测序、转录组测序	小鼠模型	基因组数据	小鼠模型的具体样本数量未提及