单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 539 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-05 |
Increased Thyroid DPP4 Expression Is Associated With Inflammatory Process in Patients With Hashimoto Thyroiditis
2024-May-17, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/clinem/dgad723
PMID:38127960
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研究论文 | 本研究旨在调查Hashimoto甲状腺炎患者外周血和甲状腺组织中DPP4的表达，并探索其在病理生理过程中的作用 | 首次在Hashimoto甲状腺炎患者的甲状腺中发现DPP4表达显著增加，并主要局限于淋巴细胞 | 样本量较小，且未能探讨DPP4在其他类型甲状腺疾病中的作用 | 研究Hashimoto甲状腺炎患者中DPP4的表达及其在炎症过程中的角色 | 40名未服药的Hashimoto甲状腺炎患者和81名对照个体 | 数字病理学 | Hashimoto甲状腺炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 血液和甲状腺组织样本 | 共121个样本（40名HT患者和81名对照个体） |
| 222 | 2024-08-04 |
HATCHet2: clone- and haplotype-specific copy number inference from bulk tumor sequencing data
2024-05-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03267-x
PMID:38773520
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研究论文 | 本文介绍了一种新算法HATCHet2，用于从肿瘤的多样本群体DNA测序数据中同时推断克隆和单倍型特异的拷贝数异常。 | HATCHet2改进了早期HATCHet方法，通过引入新的统计量mhBAF来提高对焦点拷贝数异常的识别，并能识别镜像亚克隆CNAs。 | 该研究可能受限于从相对较小的样本中得出的结论，并未涵盖更广泛的样本多样性。 | 研究的目的是提高从肿瘤样本中推断拷贝数异常的准确性。 | 研究对象为来自10名前列腺癌患者的肿瘤样本。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 群体DNA测序 | HATCHet2 | 基因组数据 | 10个前列腺癌患者的肿瘤样本 |
| 223 | 2024-08-05 |
SorLA restricts TNFα release from microglia to shape a glioma-supportive brain microenvironment
2024-May, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00117-6
PMID:38499808
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研究论文 | 本文探讨了SorLA在胶质瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞功能特性中的影响 | 揭示了SorLA在调节小胶质细胞释放TNFα中的作用，其对胶质瘤微环境及肿瘤进展有重要影响 | 本研究主要依赖于已发布的scRNA-seq数据和体外模型，可能限制了在临床背景下的直接适用性 | 研究SorLA如何影响胶质瘤微环境中的小胶质细胞功能 | 胶质瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（GAMs） | 数字病理学 | 胶质瘤 | scRNA-seq | 小鼠模型 | 基因表达数据 | NA |
| 224 | 2024-08-05 |
ZEB1 controls a lineage-specific transcriptional program essential for melanoma cell state transitions
2024-May, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03010-7
PMID:38519642
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研究论文 | 本研究解码了ZEB1转录因子在黑色素瘤细胞状态转变中的关键作用 | 识别并验证了关键谱系特异基因的ZEB1结合峰，阐明了其在黑色素瘤细胞身份中的重要性 | 未提及具体实验的局限性 | 探讨ZEB1在黑色素瘤细胞内肿瘤异质性中的转录调控机制 | 黑色素瘤细胞模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | ChIP-sequencing和RNA-sequencing | NA | 单细胞空间多重分析及scRNA-Seq分析 | 人类黑色素瘤样本 |
| 225 | 2024-08-05 |
Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.557439
PMID:37781613
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研究论文 | 这篇文章探讨了MEIOC如何在小鼠生殖细胞中分子地支持早期减数分裂。 | 该研究首次揭示了MEIOC在减数分裂启动前如何介导转录组变化，并早于之前的认识。 | 本研究主要集中在小鼠模型，结果的普遍适用性可能有限。 | 研究MEIOC如何影响小鼠生殖细胞中的减数分裂启动。 | 小鼠的生殖细胞，特别是有能力启动减数分裂的 spermatogenic cells。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq 和 bulk RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 226 | 2024-08-05 |
Comparative single cell analysis reveals complex patterns of cell type and cell signaling innovations at the fetal-maternal interface
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.01.591945
PMID:38746137
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研究论文 | 本研究揭示了胎盘-母体接口处细胞类型和信号传导创新的复杂模式 | 发现了新型的绒毛膜和决定位细胞类型，并重建了细胞间信号网络 | 研究中未提及样本的具体数量和选择标准 | 探索哺乳动物胎盘-母体接口的细胞类型和信号传导动态 | 对树袋熊、马达加斯加普通刺猬和小鼠等不同哺乳动物胎盘-母体接口的单细胞RNA测序进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 227 | 2024-08-04 |
Emerging Roles of Spatial Transcriptomics in Liver Research
2024-May, Seminars in liver disease
IF:4.3Q1
DOI:10.1055/a-2299-7880
PMID:38574750
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研究论文 | 空间转录组学在肝脏研究中的新兴角色，揭示了基因表达的复杂地图。 | 该文章通过空间转录组学技术识别肝细胞的分区功能，揭示了脂肪肝中脂质相关巨噬细胞的作用和肝再生过程中的内皮细胞信号。 | NA | 探讨空间转录组学在肝脏疾病理解和治疗中的应用 | 主要关注健康和病态肝脏中的细胞动力学和分子机制 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 228 | 2024-08-04 |
Somatic PDGFRB activating variants promote smooth muscle cell phenotype modulation in intracranial fusiform aneurysm
2024-May-13, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-024-01040-7
PMID:38741091
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研究论文 | 本研究探讨了PDGFRB体细胞变异在脑内梭形动脉瘤中对平滑肌细胞表型调节的作用。 | 该文章揭示了PDGFRB体细胞突变如何影响脑内梭形动脉瘤中平滑肌细胞表型，并探索了相关细胞信号通路及治疗干预。 | 本研究的样本量较小，且研究主要集中在单细胞水平，未能全面揭示所有可能的分子机制。 | 研究PDGFRB体细胞突变对梭形动脉瘤平滑肌细胞表型调节的影响及其潜在的治疗方案。 | 研究对象为脑内梭形动脉瘤的平滑肌细胞及相关基因突变。 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞测序、全外显子测序、免疫荧光 | 斑马鱼模型 | 生物样本 | 七个脑动脉瘤样本（六个梭形和一个囊性） |
| 229 | 2024-08-04 |
Integrating population genetics, stem cell biology and cellular genomics to study complex human diseases
2024-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01731-9
PMID:38741017
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研究论文 | 探讨了如何将种群遗传学、干细胞生物学和细胞基因组学整合在一起以研究复杂的人类疾病 | 文章创新性地将人类多能干细胞与单细胞测序相结合，揭示了人类遗传变异的功能后果 | 整合这些领域和方法存在重大挑战，特别是在经济性和实用性上的问题 | 研究人类遗传变异的功能后果及其对复杂疾病的影响 | 主要研究对象为人类多能干细胞及其与遗传变异的关系 | 干细胞生物学 | 复杂疾病 | 单细胞测序 | 人类多能干细胞 | 细胞基因组数据 | NA |
| 230 | 2024-08-05 |
DeepGRNCS: deep learning-based framework for jointly inferring gene regulatory networks across cell subpopulations
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae334
PMID:38980373
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研究论文 | 本研究提出了一个基于深度学习的框架DeepGRNCS，用于联合推断细胞亚群中的基因调控网络 | 该方法通过考虑细胞间的异质性和不同细胞亚群之间的相似性，克服了现有单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的方法的局限 | 该研究的局限性在于未详细讨论DeepGRNCS在不同数据集上的表现差异 | 旨在通过推断细胞亚群中的基因调控网络，深入理解细胞功能和疾病发病机制 | 主要研究对象为细胞亚群中的基因表达和转录因子之间的关系 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 包括多个模拟和真实的scRNA-seq数据集 |
| 231 | 2024-08-04 |
Characterizing efficient feature selection for single-cell expression analysis
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae317
PMID:38975891
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研究论文 | 本文系统地比较了11种特征选择方法在单细胞RNA-seq数据分析中的表现 | 提出了使用细胞聚类准确性作为特征选择方法评估的标准，并发现低表达基因在高性能方法中往往被排除 | 未具体提及研究的局限性 | 评估不同特征选择方法在单细胞表达分析中的有效性 | 对比11种特征选择方法的性能 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 232 | 2024-08-04 |
Transcriptional programs mediating neuronal toxicity and altered glial-neuronal signaling in a Drosophila knock-in tauopathy model
2024-05-15, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278576.123
PMID:38599684
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研究论文 | 本文描述了利用CRISPR-Cas基因编辑技术构建的前额颞叶痴呆果蝇模型。 | 创造了与人类前额颞叶痴呆相关的正交突变，并且展示了非细胞自主变更在胶质细胞中的潜在作用。 | 研究可能受到模型局限性的影响，虽然模型重现了人类疾病的某些特征，但依然无法完全模拟人类遗传背景。 | 揭示TAU P301L突变引起的神经元功能障碍和死亡的分子事件。 | 研究对象为携带Tau P251L突变的果蝇及其对照品。 | 数字病理学 | 前额颞叶痴呆 | CRISPR-Cas基因编辑 | 果蝇模型 | 单细胞RNA测序数据 | 约130,000个细胞 |
| 233 | 2024-08-05 |
FlyBase: updates to the Drosophila genes and genomes database
2024-05-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyad211
PMID:38301657
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研究论文 | 本文描述了FlyBase关于果蝇基因和基因组数据库的最新进展和更新 | 引入了单细胞RNA测序数据，改善了功能信息的内容和显示，更新了同源性流程，增加了新的化学报告，并增强了宣传资源 | NA | 介绍FlyBase的最新开发和更新 | 果蝇基因组和基因信息 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 234 | 2024-08-04 |
Spatially resolved transcriptome of the aging mouse brain
2024-05, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.14109
PMID:38372175
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研究论文 | 本文生成了小鼠大脑老化的空间转录组图谱。 | 建立了老化小鼠大脑的空间分子图谱，揭示了特定大脑区域的基因表达变化。 | 研究中对人脑老化的理解可能不适用于所有哺乳动物，数据主要来源于小鼠。 | 探讨老化小鼠大脑的基因表达及细胞类型在空间组织中的变化。 | 年轻和老年小鼠的大脑空间转录组图谱及其基因表达特征。 | 数字病理学 | 老年疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的大脑样本 |
| 235 | 2024-08-05 |
Mutant U2AF1-Induced Mis-Splicing of mRNA Translation Genes Confers Resistance to Chemotherapy in Acute Myeloid Leukemia
2024-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2543
PMID:38417135
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研究论文 | 该文章探讨了U2AF1突变导致的mRNA翻译基因误剪接与急性髓性白血病化疗耐药之间的关系 | 本研究首次揭示了U2AF1突变如何通过影响mRNA剪接和翻译过程来促成急性髓性白血病的化疗耐药 | 本研究为回顾性分析，可能存在数据整合和样本选择偏差的局限性 | 探讨急性髓性白血病患者对诱导化疗的耐药机制 | 超过1500例急性髓性白血病患者的多组学数据 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据 | 超过1500例急性髓性白血病患者 |
| 236 | 2024-08-05 |
Striking the Balance with a PD-L1×4-1BB Bispecific Antibody
2024-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0566
PMID:38745496
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研究论文 | 本文介绍了一种新型PD-L1×4-1BB双特异性抗体ATG-101用于癌症免疫疗法 | ATG-101在降低4-1BB亲和力的同时，具有高亲和力的PD-L1，从而减轻肝毒性 | 尽管ATG-101具有良好的抗肿瘤活性，但其长期安全性和效力仍需进一步验证 | 研究ATG-101的潜力，以改善癌症免疫治疗中的肝毒性问题 | 研究对象为肿瘤微环境中的T细胞和免疫细胞群体 | 免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 在非人灵长类动物中进行了ATG-101治疗，且未给出样本具体数量 |
| 237 | 2024-08-05 |
ATG-101 Is a Tetravalent PD-L1×4-1BB Bispecific Antibody That Stimulates Antitumor Immunity through PD-L1 Blockade and PD-L1-Directed 4-1BB Activation
2024-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2701
PMID:38501978
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研究论文 | ATG-101是一种四价PD-L1×4-1BB双特异性抗体，通过PD-L1阻断和PD-L1导向的4-1BB激活刺激抗肿瘤免疫 | 本研究工程化了ATG-101，发现其能够同时与PD-L1和4-1BB结合，并能有效激活T细胞，显示出在ICIs抗性肿瘤中的潜在抗肿瘤活性 | 虽然ATG-101表现出良好的耐受性，但在临床试验中仍需进一步评估其长期安全性和有效性 | 本研究旨在开发一种新的抗肿瘤免疫疗法，以克服现有免疫检查点抑制剂的耐药性 | 研究对象为ATG-101抗体及其对4-1BB+ T细胞和肿瘤微环境的影响 | 免疫肿瘤学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 多个体内肿瘤模型 |
| 238 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing of mutant whole mouse embryos: from the epiblast to the end of gastrulation
2024-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.591777
PMID:38746120
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研究论文 | 本研究设计了一种强大的单细胞分析流程，以研究小鼠胚胎在内胚层形成过程中的基因表达动态 | 提出了一种方法以克服在单细胞分析突变小鼠胚胎中的技术限制 | 突变胚胎的单细胞分析仍然稀少，且通常仅限于FACS分选的群体 | 探索突变如何影响胚胎在胃肠发育阶段的细胞景观 | 突变的小鼠胚胎，从E6.5到E8的发育阶段 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 239 | 2024-08-04 |
Integrating spatial transcriptomics and bulk RNA-seq: predicting gene expression with enhanced resolution through graph attention networks
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae316
PMID:38960406
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研究论文 | 本研究提出了一种新的方法STGAT，利用图注意网络提高了基因表达的空间分辨率。 | STGAT方法结合了空间转录组学和大规模RNA测序数据，可以在近细胞级别预测基因表达，填补了现有数据的空白。 | 目前仅在乳腺癌样本中进行了测试，可能不适用于其他类型的癌症。 | 本研究旨在通过空间转录组学与大规模RNA测序数据结合，改进基因表达的预测。 | 研究对象为肿瘤组织样本，特别是只有WSI和大规模RNA测序数据的患者样本。 | 数字病理 | 乳腺癌 | RNA-seq | GAT | 图像 | 两个乳腺癌空间转录组数据集 |
| 240 | 2024-08-04 |
Spatial Biology of Breast Cancer
2024-05-02, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a041335
PMID:38110242
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评论 | 本研究讨论了空间生物学在乳腺癌中的应用及其影响 | 探讨了空间转录组学和蛋白质组学以及新兴的多重成像技术对乳腺癌研究的贡献 | 未具体提及具体研究数据或样本限制 | 旨在探索空间方法对乳腺癌进展和治疗的理解 | 涉及乳腺癌相关的空间关系及其生物学机制 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学, 蛋白质组学, 多重成像技术 | NA | NA | NA |