单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-04	Ablation of Vitamin D Signaling in Cardiomyocytes Leads to Functional Impairment and Stimulation of Pro-Inflammatory and Pro-Fibrotic Gene Regulatory Networks in a Left Ventricular Hypertrophy Model in Mice 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115929 PMID:38892126	研究论文	本研究 aimed to clarify vitamin D 信号在左心室肥厚和功能障碍发展中的角色	本研究首次显示在小鼠心肌细胞中去除维生素 D 受体会导致心脏功能损害及促炎和促纤维化基因网络的刺激	研究主要在小鼠模型中进行，可能难以直接推广到人类	阐明维生素 D 信号在左心室肥厚和功能障碍中的作用	主要研究对象为小鼠，包括野生型小鼠和心肌细胞特异性 VDR 敲除小鼠	心血管疾病	心血管疾病	横向主动脉缩窄术（TAC）	NA	心脏组织切片转录组数据	4 个月大的雄性小鼠，包括多种基因型
202	2024-08-04	Ly6Chi Monocytes Are Metabolically Reprogrammed in the Blood during Inflammatory Stimulation and Require Intact OxPhos for Chemotaxis and Monocyte to Macrophage Differentiation 2024-May-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13110916 PMID:38891050	研究论文	本研究探讨了急性炎症模型中单核细胞的起源和转录重编程	揭示了Ly6C单核细胞在急性炎症中的代谢重编程及其对趋化和单核细胞向巨噬细胞分化的依赖	未明确提及	研究单核细胞在急性炎症过程中的功能和代谢重编程	Ly6C单核细胞在急性炎症期间的转录重编程和代谢变化	数字病理学	炎症	单细胞转录组学	NA	NA	小鼠和人类单核细胞
203	2024-08-05	Based on scRNA-seq and bulk RNA-seq to establish tumor immune microenvironment-associated signature of skin melanoma and predict immunotherapy response 2024-May-25, Archives of dermatological research IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s00403-024-03080-3 PMID:38795156	研究论文	本研究基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据建立了与皮肤黑色素瘤相关的肿瘤免疫微环境标志，并预测了免疫治疗反应	通过对SKCM的scRNA-seq数据分析，识别出五个肿瘤免疫微环境相关基因，并构建了TIMAS用于预测免疫治疗结果	研究未提及样本规模及其可能影响结果的局限性	探索与皮肤黑色素瘤相关的肿瘤微环境的预后指标以提高免疫治疗的有效性	分析皮肤黑色素瘤患者的肿瘤免疫微环境及其基因表达	数字病理学	皮肤癌	scRNA-seq 和 bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
204	2024-08-04	Differential gene expression analysis of spatial transcriptomic experiments using spatial mixed models 2024-05-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-61758-0 PMID:38744956	研究论文	本文探讨了使用空间混合模型进行空间转录组实验的差异基因表达分析	使用线性混合模型与空间相关结构来有效处理数据中的空间自相关性，降低了第一类错误率	没有提到具体的局限性	研究如何有效分析空间转录组数据中的差异基因表达	空间转录组数据中的细胞和组织领域	数字病理学	NA	空间转录组学	线性混合模型	基因数据	NA
205	2024-08-05	CD276 regulates the immune escape of esophageal squamous cell carcinoma through CXCL1-CXCR2 induced NETs 2024-May-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008662 PMID:38724465	研究论文	本研究揭示了CD276在食管鳞状细胞癌中的免疫逃逸机制	首次阐明了CD276通过CXCL1-CXCR2信号通路调节NET形成及自然杀伤细胞的作用	本研究主要基于小鼠模型的实验结果，缺乏临床试验数据支持	探讨CD276在食管鳞状细胞癌中的功能及其调节免疫监视机制	研究对象为食管鳞状细胞癌患者的组织样本及相应的小鼠模型	数字病理	食管癌	免疫组化(IHC), 流式细胞术, 单细胞RNA测序	小鼠模型	组织样本, 细胞数据	多名食管鳞状细胞癌患者的组织及实验小鼠
206	2024-08-04	Single-cell landscape of idiopathic multicentric Castleman disease in identical twins 2024-May-02, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021992 PMID:38170173	研究论文	该文章呈现了在同卵双胞胎中发生的特异性多中心卡斯尔曼病的罕见案例，并研究了受影响的淋巴器官和宿主循环中的免疫环境	通过同卵双胞胎模型提供了IL-6信号潜在来源细胞的证据，并描述了独特的单核细胞宿主免疫反应表型	未提及该研究的具体限制	研究特发性多中心卡斯尔曼病的免疫环境	同卵双胞胎中的特发性多中心卡斯尔曼病患者	数字病理学	特发性多中心卡斯尔曼病	空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）	NA	单细胞测序数据	同卵双胞胎的单核细胞
207	2024-08-04	Bioengineered vascular grafts with a pathogenic TGFBR1 variant model aneurysm formation in vivo and reveal underlying collagen defects 2024-May-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg6298 PMID:38718134	研究论文	本研究建立了一个功能性人类胸主动脉瘤（TAA）动物模型，以揭示相关的胶原缺陷	提出了一种结合人诱导多能干细胞、工程血管移植物和基因编辑的新型人类TAA模型	未提及该研究的具体局限性	研究人类胸主动脉瘤的发生机制及其相关基因突变的影响	使用人诱导多能干细胞衍生的血管平滑肌细胞和基因修饰细胞构建的血管移植物	数字病理学	胸主动脉瘤	基因编辑	NA	组织样本	使用了控制组和实验组的血管移植物
208	2024-08-05	Single-cell analysis of a progressive Rosai-Dorfman disease affecting the cerebral parenchyma: a case report 2024-05-20, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01794-z PMID:38769536	case report	报告了一例影响大脑实质的渐进性Rosai-Dorfman疾病的单细胞分析	首次通过单细胞RNA测序探讨神经性RDD的可能致病机制	该案例是基于单个患者，结果可能缺乏普遍性	探讨神经性Rosai-Dorfman疾病的致病机制	一例致命和皮质类固醇抗药性的神经性RDD病例	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	组织活检样本	1个患者的活检样本
209	2024-08-04	SCIMAP: A Python Toolkit for Integrated Spatial Analysis of Multiplexed Imaging Data 2024-May-03, ArXiv PMID:38745703	研究论文	SCIMAP是一个专为多重成像数据的集成空间分析而设计的Python工具包	开发了一个针对多重成像数据复杂性的专用工具包，提供高效的数据预处理、分析和可视化功能	目前尚缺乏专门针对多重成像数据的现成软件工具	旨在满足对多重成像数据复杂性的分析和视觉化需求	主要研究多达10^7个细胞及其表现出的空间关系	数字病理学	NA	NA	NA	图像	多达10^7个细胞，测量多达100种生物分子
210	2024-08-05	Human-like adrenal features in Chinese tree shrews revealed by multi-omics analysis of adrenal cell populations and steroid synthesis 2024-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2023.280 PMID:38766745	研究论文	本文通过多组学分析揭示了中国树鼩的肾上腺细胞群和类固醇合成中的人类样特征	首次使用单细胞RNA测序和空间转录组分析系统性映射了中国树鼩肾上腺细胞类型和类固醇代谢通路	研究主要集中在树鼩的肾上腺细胞类型及其与人类的比较，其他模型的比较可能有限	研究树鼩中肾上腺类固醇合成的细胞类型及其功能	中国树鼩的肾上腺细胞群和类固醇合成机制	数字病理学	多囊卵巢综合症，原发性醛固酮增多症，高血压	单细胞RNA测序，空间转录组分析，质谱，免疫组化	NA	RNA序列，代谢数据	多种细胞类型的样本，包括树鼩，人类，猕猴和小鼠的比较
211	2024-08-05	Applications of single-cell RNA sequencing in spermatogenesis and molecular evolution 2024-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.010 PMID:38766742	评论	本文综述了单细胞RNA测序在精子发生和分子演化中的应用	该文章创新性地探索了单细胞转录组测序技术在揭示精子发生细胞异质性及其分子演化过程中的作用	文章主要为综述，缺乏实验数据支持	阐明单细胞RNA测序在哺乳动物精子发生中的调控机制	精子发生细胞及其生态位细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
212	2024-08-05	Meiotic transcriptional reprogramming mediated by cell-cell communications in humans and mice revealed by scATAC-seq and scRNA-seq 2024-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2023.414 PMID:38766744	研究论文	本研究通过scATAC-seq和scRNA-seq揭示了人类和小鼠中的减数分裂转录重编程受到细胞间通讯的介导	首次展示了精原细胞在减数分裂早期阶段重编程的转录变化以及Sertoli细胞与生殖细胞之间信号的角色	对减数分裂调控机制的深入了解仍然有限，需要更多研究来确认发现	研究减数分裂过程中转录重编程的机制及其与生殖细胞功能的关系	人类和小鼠的精巢组织中的减数分裂细胞	数字病理学	无阻塞性无精症	scATAC-seq和scRNA-seq	NA	细胞数据	人类和小鼠的精巢组织样本
213	2024-08-04	MUSTANG: Multi-sample spatial transcriptomics data analysis with cross-sample transcriptional similarity guidance 2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.100986 PMID:38800365	研究论文	本文提出了一种多样本空间转录组数据分析框架MUSTANG，用于细胞去卷积	MUSTANG通过跨样本的表达相似性信息共享与样本内基因表达模式的空间相关性，提供了一种新颖的分析方法	NA	提供一种新方法以分析多样本空间转录组数据	多样本的空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	数据集	一个半合成的空间转录组数据集和三个真实世界的空间转录组数据集
214	2024-08-04	KLRB1 defines an activated phenotype of CD4+ T cells and shows significant upregulation in patients with primary Sjögren's syndrome 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112072 PMID:38636371	研究论文	本研究探讨KLRB1在CD4+ T细胞中的作用及其在原发性干燥综合症中的重要性	发现KLRB1在CD4+ T细胞激活表型中的独特性并与临床疾病指标相关	样本量有限，仅包含37名健康对照和44名患者的数据	研究KLRB1在原发性干燥综合症中的作用	44名原发性干燥综合症患者和37名健康对照的外周血样本	数字病理学	原发性干燥综合症	单细胞RNA测序	流式细胞术	血液样本	共81个样本，包括44名患者和37名健康对照
215	2024-08-04	Deciphering Abnormal Platelet Subpopulations in COVID-19, Sepsis and Systemic Lupus Erythematosus through Machine Learning and Single-Cell Transcriptomics 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115941 PMID:38892129	研究论文	本研究旨在理解激活血小板的转录异质性及其对败血症、新冠肺炎和系统性红斑狼疮等疾病的影响	本研究通过单细胞转录组分析和机器学习方法，揭示了血小板亚群在疾病严重性中的差异，并标识出重要的血小板异质性生物标志物	本研究的局限性在于对激活血小板转录组异质性的了解仍然有限，未来需进一步验证发现的生物标志物	本研究旨在剖析激活血小板的复杂转录谱，以帮助开发针对异常和致病血小板亚型的靶向疗法	本研究分析了来自413例患者的47,977个血小板的单细胞转录谱	数字病理	新冠肺炎, 败血症, 系统性红斑狼疮	单细胞转录组, 深度神经网络 (DNN), 极端梯度提升 (XGB), UMAP	NA	转录组	413个样本
216	2024-08-04	Identification of Marker Genes in Infectious Diseases from ScRNA-seq Data Using Interpretable Machine Learning 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115920 PMID:38892107	研究论文	本文提出了一种早期诊断系统，用于区分免疫失调综合征的严重程度	通过可解释的机器学习方法识别感染相关的关键基因，能够区分不同感染程度	本文未提及样本量及数据来源的具体限制	构建用于识别感染严重程度的早期诊断系统	重点研究不同免疫细胞和基因在感染中的表达变化	机器学习	感染性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
217	2024-08-05	Sex-Based Mechanisms of Cardiac Development and Function: Applications for Induced-Pluripotent Stem Cell Derived-Cardiomyocytes 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115964 PMID:38892161	研究论文	本文概述了性别在心脏发育和功能中的机制，并探讨了诱导多能干细胞衍生心肌细胞的应用	首次全面理解性别特异性心脏差异的机制	对性别差异的机制尚未完全阐明	研究性别在心脏生理和病理中的作用和机制	主要研究男性和女性的心脏发育及其功能的差异	数字病理学	心血管疾病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	NA	NA
218	2024-08-05	scZAG: Integrating ZINB-Based Autoencoder with Adaptive Data Augmentation Graph Contrastive Learning for scRNA-seq Clustering 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115976 PMID:38892162	研究论文	本文提出了一种结合ZINB模型和自适应数据增强图对比学习的深度学习框架，用于单细胞RNA测序的聚类分析	创新地结合了ZINB模型去噪和自适应图对比学习，解决了单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题	可能未能充分涵盖所有潜在的高维拓扑结构	研究单细胞RNA测序数据的聚类分析方法	重点研究单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别和聚类	计算机视觉	NA	ZINB模型，图对比学习	APPNPGCN	基因表达数据	10个常见的单细胞RNA测序数据集
219	2024-08-04	Circadian Rhythm Disruption in Hepatocellular Carcinoma Investigated by Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-May-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115748 PMID:38891936	研究论文	本研究通过整合分析大规模和单细胞RNA测序数据，探讨了肝细胞癌中的生物钟节律失调	首次结合大规模RNA转录组分析和单细胞测序，确定与生物钟节律失调相关的基因的表达变化	具体的细胞和分子机制尚不清楚	研究生物钟节律失调在肝细胞癌发生中的作用及其相关基因	肝细胞癌患者的CRD相关基因表达	数字病理学	肝癌	RNA测序	NA	转录组数据	NA
220	2024-08-04	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Metabolic Changes in Epithelial Glycosphingolipids and Establishes a Prognostic Risk Model for Pancreatic Cancer 2024-May-24, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics14111094 PMID:38893622	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序分析揭示了胰腺癌中上皮糖鞘脂代谢的变化，并建立了预后风险模型	首次将上皮糖鞘脂代谢与胰腺癌的预后联系起来，建立了基于六基因的预后模型	该研究的样本量及其外部验证的数据库可能限制了结果的广泛适用性	探索胰腺癌中糖鞘脂代谢的变化及其与患者预后的关系	胰腺腺癌组织中的上皮细胞及其代谢特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞代谢数据	胰腺癌患者的单细胞测序数据，具体样本数量未提供