单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 539 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-09-14 |
CASCC: a co-expression-assisted single-cell RNA-seq data clustering method
2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae283
PMID:38662553
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CASCC的单细胞RNA测序数据聚类方法，通过基因共表达特征提高生物学准确性 | CASCC方法利用无监督自适应吸引子算法识别的基因共表达特征，改进了现有聚类方法的局限性 | 现有聚类方法在处理过渡细胞群时存在不均匀性问题 | 开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法，以提高生物学准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督自适应吸引子算法 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-09-14 |
scTPC: a novel semisupervised deep clustering model for scRNA-seq data
2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae293
PMID:38684178
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研究论文 | 本文提出了一种名为scTPC的新型半监督深度聚类模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | scTPC模型结合了三元组约束、成对约束和交叉熵约束，通过深度学习方法在学习的潜在特征空间中进行深度聚类，并引入了加权交叉熵损失来优化模型 | NA | 研究目的是提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 10个真实scRNA-seq数据集和5个模拟数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2024-09-14 |
scPRAM accurately predicts single-cell gene expression perturbation response based on attention mechanism
2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae265
PMID:38625746
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研究论文 | 本文介绍了一种基于注意力机制的单细胞基因表达扰动响应预测方法scPRAM | scPRAM通过变分自编码器和最优传输对扰动前后的细胞状态进行对齐，并利用注意力机制准确预测未见过的细胞类型的基因表达响应，超越了现有方法 | NA | 预测单细胞基因表达对各种外部扰动的响应 | 单细胞基因表达扰动响应 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 注意力机制 | 基因表达数据 | 多个真实扰动数据集，涉及药物治疗和细菌感染 | NA | NA | NA | NA |
| 204 | 2024-09-14 |
CopyVAE: a variational autoencoder-based approach for copy number variation inference using single-cell transcriptomics
2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae284
PMID:38676578
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研究论文 | 本文介绍了一种基于变分自编码器（VAE）的深度学习框架CopyVAE，用于从单细胞转录组数据中推断拷贝数变异（CNV） | CopyVAE在检测CNV方面比现有方法具有更高的敏感性和特异性 | NA | 提高从单细胞测序数据中推断CNV的准确性和可靠性 | 拷贝数变异（CNV） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器（VAE） | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 205 | 2024-09-14 |
Topological benchmarking of algorithms to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data
2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae267
PMID:38627250
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研究论文 | 本文提出了一种名为STREAMLINE的三步基准测试管道，用于评估从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的算法在捕捉网络拓扑结构和识别枢纽基因方面的能力 | 本文创新性地提出了STREAMLINE基准测试管道，量化了算法捕捉网络拓扑结构的能力，并提供了根据感兴趣的全局网络属性选择算法的指导 | NA | 评估从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的算法在捕捉网络拓扑结构方面的能力 | 单细胞RNA测序数据推断的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因调控网络 | 使用了来自三种不同生物体的实验数据以及不同类型网络的模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2024-09-13 |
Coordinated immune dysregulation in juvenile dermatomyositis revealed by single-cell genomics
2024-May-14, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176963
PMID:38743491
|
研究论文 | 本文通过单细胞基因组学研究了青少年皮肌炎（JDM）中的免疫失调 | 揭示了JDM中B细胞向未成熟幼稚状态的偏移以及T细胞的Th2介导炎症特征，并发现了免疫群体中超激活的I型IFN反应与先前未被发现的细胞状态之间的协调关系 | NA | 探讨青少年皮肌炎（JDM）中免疫系统的失调机制 | JDM患者的血液样本 | NA | 青少年皮肌炎 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 不同疾病活动阶段的JDM患者血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2024-09-11 |
Spatial analysis of recurrent glioblastoma reveals perivascular niche organization
2024-May-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.179853
PMID:38805346
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研究论文 | 研究分析了复发性胶质母细胞瘤的肿瘤微环境组织结构 | 首次通过成像技术同时评估肿瘤组织的缺氧、血管生成、炎症微环境、细胞外基质组织、TERT启动子突变状态和多种致癌扩增 | NA | 探讨胶质母细胞瘤中遗传多样性与肿瘤微环境之间的关系 | 复发性胶质母细胞瘤的肿瘤组织 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 成像技术 | NA | 图像 | 匹配的原发和复发性胶质母细胞瘤肿瘤组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2024-09-11 |
Selective CAR T cell-mediated B cell depletion suppresses IFN signature in SLE
2024-May-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.179433
PMID:38722688
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析，研究了CD19 CAR T细胞介导的B细胞耗竭对系统性红斑狼疮（SLE）患者免疫特征的影响 | 本文首次揭示了CAR T细胞介导的B细胞耗竭与SLE患者中I型干扰素信号减少之间的因果关系 | NA | 探讨CAR T细胞介导的B细胞耗竭对SLE患者免疫特征的影响及其分子机制 | 系统性红斑狼疮（SLE）患者 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | SLE患者 | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-09-11 |
Liver sinusoidal endothelial cells contribute to portal hypertension through collagen type IV-driven sinusoidal remodeling
2024-May-07, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174775
PMID:38713515
|
研究论文 | 研究探讨了肝窦内皮细胞通过胶原蛋白IV驱动的肝窦重塑在门脉高压中的作用 | 首次揭示了肝窦内皮细胞在肝纤维化和门脉高压中通过胶原蛋白IV沉积促进肝窦重塑的作用 | NA | 探讨胶原蛋白IV在肝纤维化和门脉高压中的作用及其细胞来源和表达调控机制 | 肝窦内皮细胞、胶原蛋白IV、肝纤维化、门脉高压 | NA | 肝病 | RNA测序、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、CRISPRi-dCas9-KRAB表观基因组编辑 | NA | RNA | 人类肝硬化肝脏样本、小鼠纤维化肝脏样本、体外培养的肝窦内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2024-09-10 |
Data normalization for addressing the challenges in the analysis of single-cell transcriptomic datasets
2024-May-06, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10364-5
PMID:38711017
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综述 | 本文综述了单细胞转录组数据分析中的数据标准化方法 | 本文详细讨论了不同标准化方法的分类及其优缺点 | 没有一种标准化方法在所有情况下都表现最佳，需要根据具体指标评估 | 指导读者选择最合适的数据标准化方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-09-07 |
Advanced sequencing-based high-throughput and long-read single-cell transcriptome analysis
2024-05-14, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00105b
PMID:38669201
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综述 | 本文综述了基于高级测序技术的高通量和长读长单细胞转录组分析方法 | 介绍了下一代测序（NGS）和第三代测序（TGS）技术在解决单细胞转录组分析中低丰度和异质性问题方面的进展 | NA | 探讨单细胞转录组分析在揭示细胞类型、状态及其在发育、健康和疾病中的相互作用中的重要性 | 单细胞转录组 | 基因组学 | NA | NGS, TGS | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2024-09-06 |
BEST4+ cells in the intestinal epithelium
2024-05-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00042.2024
PMID:38557358
|
综述 | 本文综述了BEST4+细胞在人类肠上皮中的新发现及其潜在功能 | BEST4+细胞是单细胞转录组学揭示的一种新型成熟吸收细胞，具有独特的基因表达谱 | 大多数关于BEST4+细胞功能的假设缺乏功能验证，特别是由于小鼠中不存在BEST4+细胞 | 总结现有关于BEST4+细胞的文献，强调其在健康和疾病中肠上皮的预测作用 | BEST4+细胞及其在肠上皮中的功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 人类、猕猴、猪、斑马鱼和兔子的肠上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-09-04 |
De novo identification of CD4+ T cell epitopes
2024-May, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02255-0
PMID:38658646
|
研究论文 | 本文介绍了使用SABR-IIs平台进行CD4 T细胞抗原发现的方法，该平台能够展示共价连接的肽段并诱导信号传导 | 开发了一种新的SABR-IIs平台，用于快速、灵活、可扩展和多功能的CD4 T细胞配体从头鉴定 | NA | 探索和鉴定CD4 T细胞的抗原特异性 | CD4 T细胞及其抗原识别 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-09-02 |
MR1-restricted T cell clonotypes are associated with "resistance" to Mycobacterium tuberculosis infection
2024-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166505
PMID:38716731
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研究论文 | 研究探讨了MR1限制性T细胞克隆型与抵抗结核分枝杆菌感染之间的关系 | 发现MR1限制性T细胞克隆型与抵抗结核分枝杆菌感染有关，揭示了人类MR1T细胞TCR谱系的捐赠者特异性多样性 | NA | 研究MR1限制性T细胞与抵抗结核分枝杆菌感染的关联 | MR1限制性T细胞克隆型及其与结核分枝杆菌感染的关系 | NA | 结核病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 18,251个MR1T细胞，来自8名捐赠者 | NA | NA | NA | NA |
| 215 | 2024-09-01 |
Multi-omics analysis of macrophage-associated receptor and ligand reveals a strong prognostic signature and subtypes in hepatocellular carcinoma
2024-05-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-62668-x
PMID:38806553
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，识别与肝细胞癌相关的巨噬细胞相关受体配体标记基因，并探索其分子免疫机制 | 本研究开发了一种新的肝细胞癌风险调整模型，并发现了SPP1、ANGPT2和NCL作为肝细胞癌的关键生物学目标，以及wortmannin、ribavirin和tarnafloxin作为潜在的治疗药物 | NA | 旨在识别与肝细胞癌相关的巨噬细胞相关受体配体标记基因，并探索其分子免疫机制 | 肝细胞癌患者及其免疫细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, ELISA | LASSO回归模型 | RNA序列数据 | 包含原发和复发的单细胞RNA测序数据，以及来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的bulk RNA-Seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-08-31 |
Characterizing enteric neurons in dopamine transporter (DAT)-Cre reporter mice reveals dopaminergic subtypes with dual-transmitter content
2024-May, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.16307
PMID:38487941
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研究论文 | 本研究利用报告鼠系对肠道中的多巴胺能神经元进行了全面表征，揭示了具有双重递质含量的多巴胺能亚型。 | 本研究首次在肠道神经系统中发现了一种新型多巴胺能神经元群体，这些神经元同时表达胆碱乙酰转移酶和多巴胺转运体。 | 需要进一步研究以定义这些多巴胺能肠道神经元的功能特征及其在疾病中的作用。 | 旨在全面表征肠道中的多巴胺能神经元，并揭示其亚型和功能。 | 肠道神经系统中的多巴胺能神经元及其亚型。 | 神经科学 | NA | 免疫荧光、单细胞转录组学、原位杂交 | NA | 图像 | 使用多巴胺转运体报告鼠系进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2024-08-31 |
Involvement of microglia-expressed MS4A6A in the onset of glioblastoma
2024-May, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.16309
PMID:38488530
|
研究论文 | 本文探讨了微胶质细胞表达的MS4A6A在胶质母细胞瘤发病中的作用 | 首次揭示了MS4A6A在胶质母细胞瘤中的表达及其对肿瘤细胞增殖和迁移的影响 | 尚未阐明MS4A6A参与胶质母细胞瘤调控的具体机制 | 研究MS4A6A在胶质母细胞瘤中的作用及其作为潜在生物标志物的可能性 | 胶质母细胞瘤患者样本及微胶质细胞中的MS4A6A表达 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 胶质母细胞瘤患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-08-28 |
Single cell RNA-sequencing reveals the cellular senescence of placental mesenchymal stem/stromal cell in preeclampsia
2024-05, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2024.03.014
PMID:38588616
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了子痫前期中胎盘间充质干细胞/基质细胞的细胞衰老机制 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了子痫前期中胎盘间充质干细胞/基质细胞的细胞衰老特征，并鉴定了与子痫前期相关的特征基因CTSZ | NA | 揭示子痫前期中胎盘间充质干细胞/基质细胞的细胞衰老机制 | 胎盘间充质干细胞/基质细胞在子痫前期中的细胞衰老 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自GEO数据库的多个数据集，包括GSE173193、GSE99007和GSE75010 | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2024-08-26 |
Prognositic value of anoikis and tumor immune microenvironment-related gene in the treatment of osteosarcoma
2024-May-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences
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研究论文 | 本研究探讨了与肿瘤免疫微环境相关的细胞凋亡（anoikis）基因在骨肉瘤治疗中的预后价值 | 首次在骨肉瘤中研究了anoikis及其与肿瘤免疫微环境的关系，并构建了基于这些基因的预后模型 | NA | 阐明anoikis及肿瘤免疫微环境相关基因在骨肉瘤治疗中的预后价值 | 骨肉瘤患者及其肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）算法 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 51个与肿瘤微环境密切相关的关键anoikis相关基因（ANRGs） | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2024-08-24 |
Angiogenesis-related immune response may be the prelude to the syndesmophyte formation in Ankylosing spondylitis
2024-May-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112040
PMID:38631220
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序方法，分析了强直性脊柱炎模型中疾病进展过程中的外周血单个核细胞比例变化，并探讨了局部炎症与骨形成之间的关系。 | 首次揭示了CD4+CXCR5+ T滤泡辅助细胞在强直性脊柱炎骨病变中的定位及其作为促血管生成级联反应上游启动者的作用。 | NA | 探讨强直性脊柱炎中局部炎症与骨形成之间的关系，并阐明其发病机制。 | 强直性脊柱炎模型中的外周血单个核细胞及骨病变。 | 免疫学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及强直性脊柱炎的猕猴模型 | NA | NA | NA | NA |