单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-05	Single-cell BCR and transcriptome analysis reveals peripheral immune signatures in patients with thyroid-associated ophthalmopathy 2024-05-09, Aging DOI:10.18632/aging.205814 PMID:38728262	研究论文	本研究分析了甲状腺相关眼病患者外周免疫特征的单细胞BCR和转录组。	首次在单细胞水平上揭示了甲状腺相关眼病活动期的免疫细胞再配置和分子调控机制。	研究的对象主要集中在TAO患者和健康人的外周血，可能未能全面反映疾病的复杂性。	探讨甲状腺相关眼病的发病机制，为未来治疗提供新思路。	以甲状腺相关眼病患者和健康人为研究对象，分析他们的免疫成分。	数字病理学	甲状腺相关眼病	单细胞RNA测序和B细胞受体分析	NA	基因组数据	涉及多个甲状腺相关眼病患者和健康个体的外周血样本
182	2024-08-04	Sphingolipids in prostate cancer prognosis: integrating single-cell and bulk sequencing 2024-05-06, Aging DOI:10.18632/aging.205803 PMID:38713159	研究论文	本研究整合了单细胞和整体转录组数据，探讨了鞘脂代谢在前列腺癌预后中的作用	构建了一种以鞘脂代谢为重点的五基因预后模型，能够有效区分高风险和低风险患者	未提供样本规模和数据来源的详细信息	探讨鞘脂代谢在前列腺癌的诊断和治疗中的作用	前列腺癌患者的单细胞和整体转录组数据	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序、整体转录组测序	Cox回归和LASSO回归模型	基因表达数据	NA
183	2024-08-04	MNMST: topology of cell networks leverages identification of spatial domains from spatial transcriptomics data 2024-05-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03272-0 PMID:38783355	研究论文	本文提出了一种多层网络模型，用于识别空间转录组学数据中的空间域	提出了基于细胞网络拓扑结构的模型，能够更有效地区分和表征空间域	目前未提及具体的局限性	旨在改进空间转录组学数据的分析和解释能力	空间转录组学数据中的空间域	数字病理学	NA	空间转录组学	多层网络模型	转录组数据	NA
184	2024-08-05	SCIPAC: quantitative estimation of cell-phenotype associations 2024-05-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03263-1 PMID:38741183	research paper	开发了SCIPAC算法，定量估计单细胞数据中细胞与表型的关联	SCIPAC是第一个定量估算单细胞数据中每个细胞与表型关联的算法	NA	定量分析单细胞RNA测序数据中的细胞类型与表型的关联性	单细胞RNA测序数据中的细胞与不同表型的关联	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	数据集	四个真实的癌症和非癌症数据集
185	2024-08-05	Single-cell 3D genome structure reveals distinct human pluripotent states 2024-05-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03268-w PMID:38741214	研究论文	研究揭示了人类多能性胚胎干细胞的三维基因组结构与其多能状态之间的关系	首次通过单细胞高分辨率3D基因组结构分析展示了不同多能状态的特征性基因组重塑	未深入探讨多能性状态的调控机制和其他潜在的外部影响因素	探讨多能性胚胎干细胞的转录特征及其与基因组结构的关系	人类多能性胚胎干细胞(hESCs)在不同多能性状态下的特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，三维基因组结构分析	NA	基因组数据	NA
186	2024-08-05	A phase 2 randomized trial with autologous polyclonal expanded regulatory T cells in children with new-onset type 1 diabetes 2024-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn2404 PMID:38718135	研究论文	该研究探讨了自体多克隆扩增调节性T细胞在新发1型糖尿病儿童中的安全性和有效性	本研究首次在儿童中进行随机双盲的2期临床试验，评估自体多克隆扩增调节性T细胞的治疗效果	尽管自体多克隆扩增调节性T细胞的单次给药是安全的，但未能阻止β细胞功能在一年内的下降	研究自体多克隆扩增调节性T细胞在新发1型糖尿病儿童中的效果	110名新发1型糖尿病儿童和青少年	NA	1型糖尿病	流式细胞术、bulk和单细胞RNA测序	NA	血液样本	110名儿童和青少年
187	2024-08-05	Single-Cell Profiling Reveals the Impact of Genetic Alterations on the Differentiation of Inflammation-Induced Murine Colon Tumors 2024-May-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16112040 PMID:38893159	研究论文	该研究揭示了基因突变如何影响炎症诱导的鼠类结肠肿瘤细胞分化	本研究首次明确了在炎症诱导的结肠肿瘤中，BLM和MSH2KO突变对肿瘤细胞分化的不同影响	研究主要基于鼠类模型，可能无法完全代表人类结肠癌的复杂性	探讨基因突变对炎症诱导的结肠肿瘤细胞分化的影响	以炎症诱导的鼠类结肠肿瘤为研究对象	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包含多种突变的鼠类肿瘤样本
188	2024-08-05	M2 Macrophages Guide Periosteal Stromal Cell Recruitment and Initiate Bone Injury Regeneration 2024-May-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12061205 PMID:38927412	研究论文	这项研究创建了猪颅骨膜的详细细胞图谱，强调了细胞动态与相互作用在颅骨损伤修复中的重要性	该研究揭示了M2巨噬细胞在骨膜免疫反应调节和骨再生过程中的关键作用	研究仅限于猪颅骨膜，结果的广泛适用性需要进一步验证	探讨骨膜在骨损伤修复中的作用	猪颅骨膜	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
189	2024-08-05	scPLAN: a hierarchical computational framework for single transcriptomics data annotation, integration and cell-type label refinement 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae305 PMID:38935069	研究论文	scPLAN是一个用于单细胞RNA测序数据分析的层次计算框架	scPLAN通过层次细胞类型树对未标记的scRNA-seq数据进行注释，系统性识别潜在的新细胞类型	现有的整合方法无法整合不同标注深度的数据集，也未能利用更复杂注释的数据集或新生物发现来提升旧数据的标注	提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和整合精确度	未标记的scRNA-seq数据和已有标注的数据集	数字病理学	NA	scRNA-seq	层次模型	转录组数据	NA
190	2024-08-05	Transcriptomic Analyses Reveal the Effects of Walnut Kernel Cake on Adipose Deposition in Pigs 2024-May-23, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15060667 PMID:38927603	研究论文	该研究探讨了核桃仁饼对猪脂肪沉积的影响及其潜在的饲料替代价值	首次揭示了核桃仁饼在促进猪脂肪沉积和改善肉质方面的应用潜力	对核桃仁饼在猪饲料中的应用研究尚处于起步阶段，缺乏大规模的临床试验数据	旨在评估核桃仁饼作为猪饲料中的蛋白质替代品的效果	以大迪庆藏猪为研究对象	数字病理学	NA	转录组分析	NA	单细胞转录组数据	大迪庆藏猪的样本数量未明确提及
191	2024-08-04	Single-Nucleus RNA-Seq Reveals Spermatogonial Stem Cell Developmental Pattern in Shaziling Pigs 2024-May-21, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060607 PMID:38927011	研究论文	本文探讨了Shaziling猪睾丸内精原干细胞的发育模式	首次利用单细胞转录组技术生成了Shaziling猪睾丸发育的细胞图谱，并识别了新的标记基因	本研究仅涵盖了特定的猪种和有限的发展阶段	旨在揭示Shaziling猪精原干细胞的发育模式，以促进其繁育	研究对象为Shaziling猪的精原干细胞和睾丸组织	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞	82,027个单细胞，来自9个Shaziling猪睾丸
192	2024-08-05	Activation of CD14+ Monocytes via the IFN-γ Signaling Pathway Is Associated with Immune-Related Adverse Events in Hepatocellular Carcinoma Patients Receiving PD-1 Inhibition Combination Therapy 2024-May-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12061140 PMID:38927347	研究论文	研究探讨了HCC患者接受PD-1抑制联合治疗后，CD14+单核细胞通过IFN-γ信号通路激活与免疫相关不良事件之间的关系	首次揭示了在PD-1抑制联合治疗中，IFN-γ信号通路诱导的单核细胞激活是HCC患者发生免疫相关不良事件的重要机制	该研究的样本量较小，仅包含71名HCC患者，可能影响结果的普遍适用性	探明HCC患者在PD-1抑制联合治疗中免疫相关不良事件的机制	71名接受PD-1抑制联合治疗的肝癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序, Olink蛋白组学	NA	血液样本	71名HCC患者
193	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis of macrophage subpopulations contributing to chemotherapy resistance in ovarian cancer 2024-May-18, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152811 PMID:38941863	研究论文	这项研究探讨了巨噬细胞亚群在卵巢癌化疗耐药中的复杂功能和机制	识别并分析了卵巢癌中与化疗耐药相关的15个不同巨噬细胞亚群	尚未提及具体的实验设计和样本代表性	了解巨噬细胞在卵巢癌化疗耐药中的作用和机制	卵巢癌细胞中的巨噬细胞亚群	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
194	2024-08-05	Cystatin M/E ameliorates bone resorption through increasing osteoclastic cell estrogen influx 2024-May-06, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4313179/v1 PMID:38766009	研究论文	本研究评估了Cystatin M/E在减缓骨吸收过程中的作用，特别是在多发性骨髓瘤模型中。	本研究首次显示Cystatin M/E能够增加骨吸收前体细胞的雌激素浓度，并抑制其成熟。	研究主要集中在小鼠模型上，临床转化需要更多的人体数据支持。	探讨Cystatin M/E如何通过改善雌激素受体的表达来减少骨质流失。	使用多发性骨髓瘤及卵巢切除小鼠模型进行实验。	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	蛋白质和mRNA数组	包含多发性骨髓瘤及卵巢切除小鼠模型的实验样本
195	2024-08-04	Unraveling molecular advancements in chordoma tumorigenesis and treatment response: a review of scientific discoveries and clinical implications 2024-05, Neurosurgical focus IF:3.3Q1 DOI:10.3171/2024.2.FOCUS2417 PMID:38691860	综述	本文回顾了脊索瘤的分子进展及其治疗反应的科学发现和临床意义	提供了对脊索瘤分子机制的深入了解，并探讨了新的治疗方法和技术	目前很少有系统治疗显示出显著的有效性，且脊索瘤在多模式治疗后仍倾向复发	研究脊索瘤的分子发病机制及其在治疗中的临床应用	脊索瘤及其分子特征和治疗反应	数字病理学	脊索瘤	单细胞转录组分析、空间转录组学、游离DNA分析	NA	转录组、基因组	NA
196	2024-08-04	Single-Cell Sequencing Technology in Ruminant Livestock: Challenges and Opportunities 2024-May-27, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46060316 PMID:38920988	评论	该文综述了单细胞测序技术在反刍动物中的应用及其面临的挑战和机遇	探讨了反刍动物中特有的单细胞组学技术，以及对细胞和分子机制深入理解的潜力	面临精准标注独特细胞群体和细胞在组织内空间分辨率等挑战	旨在提高对健康和高产反刍动物所需特征的理解	关注牛、羊和山羊的细胞多样性及免疫细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq	NA	基因组数据	已经探讨的动物种类包括牛、羊和山羊
197	2024-08-05	Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT 2024-May-23, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000934 PMID:38779918	研究论文	该研究探讨了循环肿瘤细胞如何通过免疫检查点CD155-TIGIT逃避自然杀伤细胞的杀伤作用	揭示了循环肿瘤细胞通过CD155-TIGIT途径逃避NK细胞免疫监视的机制	研究中未提供不同癌症类型的广泛样本数据以验证结果	了解循环肿瘤细胞在血液传播中如何逃避免疫监视	研究对象为循环肿瘤细胞及其与血小板的相互作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 多重免疫荧光	NA	生物样本	来自多个癌症类型的血液样本
198	2024-08-05	CASi: A framework for cross-timepoint analysis of single-cell RNA sequencing data 2024-05-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-58566-x PMID:38724550	研究论文	本研究开发了CASi，一个用于多时间点单细胞RNA测序数据分析的综合框架	提出了一个新的框架，专门用于分析多时间点的单细胞RNA测序数据，并提供多种分析功能	尚未在其他类型的单细胞数据集上进行广泛验证	旨在改善多时间点的单细胞RNA测序数据分析	关注单细胞层面基因表达差异研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	通过综合模拟研究与真实的多时间点单细胞数据集进行验证
199	2024-08-04	Single-Cell Sequencing Reveals MYOF-Enriched Monocyte/Macrophage Subcluster as a Favorable Prognostic Factor in Sepsis 2024-05, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202300673 PMID:38456367	research paper	本研究利用单细胞RNA测序揭示了脓毒症中MYOF富集的单核细胞/巨噬细胞亚簇作为有利预后因素	该研究首次展示了MYOF基因在脓毒症中的重要性，并揭示了其与生存结果的相关性	该研究的限制未被明确提及	探讨脓毒症中免疫细胞景观及其与预后的关系	单细胞RNA测序得到的脓毒症患者免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究中未明确样本数量
200	2024-08-05	Fibroblast Diversity and Epigenetic Regulation in Cardiac Fibrosis 2024-May-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25116004 PMID:38892192	综述	本文探讨了心脏纤维化中成纤维细胞的多样性和表观遗传调控机制	强调了表观遗传调控在心脏纤维化发病机制中的关键作用，尤其是针对DNA甲基转移酶和组蛋白去乙酰化酶的靶向治疗潜力	研究主要集中在分子和细胞机制的探索上，具体的临床验证和应用尚需进一步研究	旨在阐明心脏纤维化中成纤维细胞的多样性及其激活过程的调控机制	研究对象为心脏成纤维细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病	心脏纤维化	单细胞RNA测序	NA	文本	NA