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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-06 |
Immunomodulatory Role of the Stem Cell Circadian Clock in Muscle Repair
2024-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.24.595728
PMID:38854114
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研究论文 | 本研究揭示了肌肉干细胞生物钟通过调控NAD+代谢节律影响免疫微环境的时间依赖性机制 | 首次发现肌肉干细胞生物钟通过NAD+代谢节律调控中性粒细胞活化的时间依赖性免疫反应 | 未明确说明样本规模和实验模型的具体细节 | 探究生物钟调控肌肉干细胞与免疫微环境互作的分子机制 | 肌肉干细胞和再生肌肉微环境中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 肌肉再生障碍 | 单核单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 182 | 2025-10-06 |
Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma
2024-May-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.03.029
PMID:38653236
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学、空间蛋白质组学和计算方法,揭示胶质母细胞瘤的多层次组织结构 | 首次结合多种空间组学技术系统揭示胶质瘤细胞状态的三类组织模式,发现缺氧作为长程组织者的新功能 | 未明确说明样本规模和技术平台的详细参数 | 解析胶质瘤细胞状态的组织结构和空间分布规律 | 胶质瘤组织样本,包括高级别和低级别IDH突变胶质瘤 | 空间生物学 | 胶质瘤 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 计算分析 | NA | 空间转录组数据, 空间蛋白组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 183 | 2025-10-07 |
Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach
2024-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.28.582604
PMID:38464095
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研究论文 | 介绍用于加速单细胞测序数据分析的用户友好平台SciDAP | 开发了基于通用工作流语言(CWL)的可移植和可重复分析流程,为非计算专业的生物学家提供单细胞数据分析解决方案 | 未提及平台在处理特定数据类型或大规模数据集时的性能限制 | 解决单细胞测序数据分析的复杂性和可重复性问题 | 单细胞RNA测序、ATAC测序和多组学测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、单细胞多组学测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | SciDAP | 基于通用工作流语言(CWL)的科学数据分析平台 |
| 184 | 2025-10-07 |
The Mas-related G protein-coupled receptor d (Mrgprd) mediates pain hypersensitivity in painful diabetic neuropathy
2024-May-01, Pain
IF:5.9Q1
DOI:10.1097/j.pain.0000000000003120
PMID:38147415
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现Mrgprd在糖尿病神经痛模型中的关键作用,并证实其介导疼痛过敏的机制 | 首次揭示Mrgprd在疼痛性糖尿病神经病变中通过增强背根神经节伤害感受器兴奋性介导神经病理性疼痛的新机制 | 研究仅限于高脂饮食小鼠模型,尚未在人类样本或临床环境中验证 | 探索疼痛性糖尿病神经病变中背根神经节伤害感受器超兴奋性的分子机制 | 高脂饮食诱导的疼痛性糖尿病神经病变小鼠模型的背根神经节神经元 | 神经科学 | 糖尿病神经病变 | 单细胞RNA测序, 体内钙成像 | NA | 基因表达数据, 钙信号数据 | 高脂饮食小鼠模型的背根神经节组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2025-10-07 |
Role of macrophages in regression of myocardial fibrosis following alleviation of left ventricular pressure overload
2024-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00240.2023
PMID:38363214
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研究论文 | 本研究探讨巨噬细胞在左心室压力超负荷缓解后心肌纤维化消退中的作用 | 首次揭示巨噬细胞在压力超负荷缓解后对胶原降解和间质纤维化部分消退的潜在益处 | 纤维化消退不完全,具体机制仍需进一步研究 | 确定巨噬细胞表型在压力超负荷和负荷缓解过程中的时间变化及其对胶原降解的影响 | 小鼠心肌组织 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 免疫组织化学,流式细胞术,RT-PCR,免疫印迹,单细胞测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞表型数据 | 对照组,2周和4周TAC组,2周,4周和6周unTAC组小鼠 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 186 | 2025-10-07 |
Macrophages in necrotic liver lesion repair: opportunities for therapeutical applications
2024-05-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00053.2024
PMID:38618702
|
综述 | 本文综述了肝脏巨噬细胞在坏死性肝损伤修复中的不同作用及其治疗应用前景 | 通过特异性巨噬细胞标记物、靶向细胞清除和单细胞RNA测序技术,揭示了单核来源巨噬细胞亚群在肝损伤和修复中的不同功能 | NA | 探讨肝脏巨噬细胞在坏死性肝损伤修复中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 肝脏巨噬细胞(包括库普弗细胞和单核来源巨噬细胞) | NA | 急性肝衰竭、慢加急性肝衰竭 | 单细胞RNA测序、靶向细胞清除 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal Evolution of Developing Palate in Mice
2024-05, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241232317
PMID:38619065
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间增强分辨率组学测序技术,构建了小鼠腭部发育的时空转录图谱 | 首次整合scRNA-seq和stereo-seq技术解析腭部发育的时空动态变化,发现间充质和上皮细胞在空间上分为3个功能域 | 研究仅针对C57BL/6J小鼠特定胚胎时期,结果可能不适用于其他物种或发育阶段 | 探索腭部发育过程中的主要细胞群体及其功能作用 | C57BL/6J小鼠胚胎期12.5、14.5和16.5天的腭部组织 | 发育生物学 | 腭部发育异常 | 单细胞RNA测序, 空间增强分辨率组学测序 | CellTrek | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 3个发育时间点的小鼠腭部样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 188 | 2025-10-07 |
Interleukin 21 Drives a Hypermetabolic State and CD4+ T-Cell-Associated Pathogenicity in Chronic Intestinal Inflammation
2024-05, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.01.026
PMID:38266738
|
研究论文 | 本研究揭示了白细胞介素21通过调控调节性T细胞的代谢状态驱动慢性肠道炎症的机制 | 首次发现IL21通过破坏线粒体-内质网接触点,诱导调节性T细胞进入高代谢状态并增强其炎症反应 | 研究主要基于体外实验和动物模型,在人类疾病中的直接应用仍需进一步验证 | 探究细胞代谢在调节性T细胞维持肠道稳态中的作用机制 | 人类调节性T细胞和CD4+ T细胞诱导的小鼠结肠炎模型 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 电子显微镜、共聚焦成像、邻近连接分析、免疫印迹、质谱流式、代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 图像、蛋白质、代谢物、基因表达 | NA | Agilent | 代谢分析 | Seahorse XF分析仪 | Seahorse XF实时代谢分析系统 |
| 189 | 2025-10-07 |
Group 1 ILCs: Heterogeneity, plasticity, and transcriptional regulation
2024-05, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13327
PMID:38563448
|
综述 | 本文系统综述了小鼠第1组先天淋巴细胞的异质性、可塑性及转录调控机制 | 整合单细胞RNA测序和命运图谱研究的最新发现,揭示第1组ILC的异质性和组织特异性特征 | 主要基于小鼠模型研究,人类第1组ILC的直接证据有限 | 探讨第1组先天淋巴细胞的发育程序、表型异质性和转录调控机制 | 小鼠第1组先天淋巴细胞(包括ILC1和自然杀伤细胞) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序, 命运图谱技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2025-10-07 |
Multimodal Learning for Mapping the Genotype-Phenotype Dynamics
2024-May-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4355413/v1
PMID:38798675
|
研究论文 | 开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学在细胞水平的基因型-表型关系流形 | 提出了计算整合遗传学框架,同时分析基因型和表型的高维景观,通过多模态基础模型揭示传统基因表达分析无法检测的跨组织生物标志物 | NA | 解析基因表达与表型表现之间的动态相互作用关系 | 人类转录组学数据,特别是内皮细胞中的VWF基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,语言模型 | 多模态基础模型,语言模型 | 基因表达数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 191 | 2025-10-07 |
Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2024-05-28, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c01401
PMID:38751164
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人脐带间充质基质细胞来源的细胞外囊泡诱导胎儿样伤口愈合特征 | 首次发现hucMSC-EVs诱导产生造血性成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞,并揭示其通过PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路激活的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用的转化价值仍需验证 | 探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制 | 小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠伤口组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2025-10-07 |
A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers
2024-05-03, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adj4857
PMID:38696569
|
研究论文 | 本研究通过构建涵盖20种癌症类型的B细胞蓝图,揭示了肿瘤浸润B细胞的异质性及其与临床预后的关联 | 首次系统构建了跨癌种的B细胞发育图谱,发现两条独立发育路径及其与免疫治疗响应的关联,揭示了表观遗传-代谢交互作用机制 | 样本量相对有限(269例患者),尚未验证代谢干预的实验效果 | 解析肿瘤浸润B细胞的功能特征及其在癌症免疫中的作用机制 | 人类肿瘤组织中的B淋巴细胞 | 单细胞生物学 | 多癌种肿瘤 | 单细胞转录组测序, B细胞受体谱分析, 染色质可及性检测 | NA | 单细胞多组学数据 | 477个样本来自269名患者,涵盖20种癌症类型 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 193 | 2025-10-07 |
Transcript and protein signatures derived from shared molecular interactions across cancers are associated with mortality
2024-05-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05268-7
PMID:38734658
|
研究论文 | 通过分析多种实体癌中的共享细胞间相互作用,构建多细胞肿瘤模型并识别与死亡率相关的基因特征 | 首次构建跨癌种的共享多细胞肿瘤模型,并在mRNA和蛋白质水平验证基因特征与死亡率关联 | 研究仅涵盖五种实体癌,样本来源有限 | 识别跨癌种的共享细胞间相互作用及其与癌症死亡率的关系 | 乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌和卵巢癌患者 | 生物信息学 | 多癌种 | 单细胞RNA测序,NicheNet分析,Cox比例风险模型 | 共享多细胞肿瘤模型 | 单细胞RNA测序数据,蛋白质组数据 | TCGA队列:9185个肿瘤样本和727个对照;UKBB队列:10384名癌症患者和5063个对照 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
| 194 | 2025-10-07 |
Choline metabolism reprogramming mediates an immunosuppressive microenvironment in non-small cell lung cancer (NSCLC) by promoting tumor-associated macrophage functional polarization and endothelial cell proliferation
2024-05-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05242-3
PMID:38730286
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研究论文 | 本研究探讨胆碱代谢通过调控肿瘤相关巨噬细胞功能和内皮细胞增殖重塑非小细胞肺癌免疫抑制微环境的机制 | 首次发现胆碱酯酶水平与免疫治疗预后的关联,并构建了胆碱代谢相关基因特征揭示其在免疫抑制微环境中的作用机制 | 研究为单中心回顾性分析,样本量有限,需要多中心前瞻性研究验证 | 探索胆碱代谢在非小细胞肺癌免疫治疗耐药中的作用机制 | 277例接受一线免疫治疗的晚期非小细胞肺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,Cox回归分析,Kaplan-Meier生存分析,功能富集分析 | 预后模型,列线图 | 临床数据,基因表达数据,单细胞测序数据 | 277例晚期NSCLC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 195 | 2025-10-07 |
Integrative analyses of bulk and single-cell transcriptomics reveals the infiltration and crosstalk of cancer-associated fibroblasts as a novel predictor for prognosis and microenvironment remodeling in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-05-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05238-z
PMID:38702814
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研究论文 | 本研究通过整合分析和单细胞转录组学揭示了癌症相关成纤维细胞在肝内胆管癌中的浸润特征及其与肿瘤细胞的相互作用 | 首次构建了CAFs浸润评分系统并揭示了成纤维细胞与肿瘤细胞通过多种信号通路相互作用的机制 | 研究结果需要进一步实验验证,样本量相对有限 | 探索肝内胆管癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其与肿瘤细胞的相互作用 | 肝内胆管癌组织和癌旁正常组织 | 生物信息学 | 肝内胆管癌 | 加权基因共表达网络分析,单细胞转录组学分析,SCENIC分析 | WGCNA,回归分析 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | TCGA-CHOL队列,GSE89748队列和107,943队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 196 | 2025-10-07 |
A multi-platform analysis of human gingival crevicular fluid reveals ferroptosis as a relevant regulated cell death mechanism during the clinical progression of periodontitis
2024-05-27, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00306-y
PMID:38802345
|
研究论文 | 通过多平台分析揭示铁死亡在牙周炎临床进展中的重要作用 | 首次在牙周炎患者中发现与铁死亡相关的蛋白质和生物学过程 | 样本量较小(16名患者),观察时间有限(12周) | 研究铁死亡在牙周炎进展中的作用机制 | 牙周炎患者的龈沟液和牙龈组织 | 生物信息学 | 牙周炎 | 蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、Western blot、生物信息学分析 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 16名牙周炎诊断患者,12周临床监测 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 使用公共单细胞RNA测序数据集GSE164241 |
| 197 | 2025-10-07 |
Machine learning and deep learning to identifying subarachnoid haemorrhage macrophage-associated biomarkers by bulk and single-cell sequencing
2024-05, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18296
PMID:38702954
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组测序分析蛛网膜下腔出血大鼠模型中的巨噬细胞亚群,并开发诊断模型识别关键生物标志物 | 结合单细胞测序和批量RNA测序识别SAH特异性巨噬细胞亚群,并开发基于机器学习和卷积神经网络的诊断模型 | 需要进一步的实验和临床研究来验证研究结果并探索治疗靶点的临床意义 | 识别蛛网膜下腔出血巨噬细胞相关生物标志物以改进诊断和治疗策略 | 蛛网膜下腔出血大鼠模型的脑组织样本 | 机器学习, 深度学习 | 蛛网膜下腔出血 | 单细胞转录组测序, 批量RNA测序 | 卷积神经网络, 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 198 | 2025-10-07 |
Transcriptomic and spatial dissection of human ex vivo right atrial tissue reveals proinflammatory microvascular changes in ischemic heart disease
2024-May-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101556
PMID:38776872
|
研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析人类离体右心房组织,揭示缺血性心脏病中促炎性微血管变化 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术系统分析人类右心房组织在心血管疾病中的基因表达变化 | 研究样本为离体组织,可能无法完全反映体内真实情况;对照组为接受预防性手术的瓣膜病患者 | 揭示缺血性心脏病和心力衰竭中右心房组织的分子和细胞变化机制 | 人类离体右心房组织和心包液 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 未明确样本数量(使用瓣膜病患者作为对照组) | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 199 | 2025-10-07 |
Systematic dissection of tumor-normal single-cell ecosystems across a thousand tumors of 30 cancer types
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48310-4
PMID:38744958
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研究论文 | 通过整合分析490万个单细胞转录组数据,系统解析了30种癌症类型中肿瘤-正常组织的生态系统 | 首次在如此大规模的单细胞水平上系统描绘肿瘤-正常组织生态系统,发现了AKR1C1或WNT5A标记的炎症成纤维细胞特征及干扰素富集的群落状态 | 样本来源和癌症类型可能存在选择偏差,部分发现需要进一步功能验证 | 全面解析肿瘤微环境中肿瘤与正常组织的相互作用和异质性 | 1070个肿瘤样本和493个正常样本,涵盖30种癌症类型 | 单细胞生物学 | 多癌种 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 去卷积分析, 共现分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据 | 490万单细胞(1070肿瘤+493正常样本), 137个空间转录组, 8887个TCGA样本, 1261个免疫治疗样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 200 | 2025-10-07 |
Heart failure promotes multimorbidity through innate immune memory
2024-05-24, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.ade3814
PMID:38787963
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研究论文 | 本研究揭示了心力衰竭通过改变造血干细胞表观基因组驱动多病共存的新机制 | 首次发现心力衰竭通过抑制TGF-β信号通路改变造血干细胞的表观遗传状态,形成天然免疫记忆,从而促进多病共存 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究心力衰竭促进多病共存的分子机制 | 心力衰竭小鼠模型及其造血干细胞 | 基础医学研究 | 心血管疾病 | 骨髓移植、染色质可及性分析、单细胞RNA测序 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |