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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-19 |
DNMT1-targeting remodeling global DNA hypomethylation for enhanced tumor suppression and circumvented toxicity in oral squamous cell carcinoma
2024-05-16, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-01993-1
PMID:38755637
|
研究论文 | 该研究探讨了靶向DNMT1通过重塑全局DNA低甲基化模式增强对口腔鳞状细胞癌的肿瘤抑制效果并规避毒性 | 发现DNMT1靶向可重塑一种新型的全局DNA低甲基化模式,该模式通过平衡信号协同作用增强抗癌疗效并减少毒性,且靶向DNMT1的抗癌效果优于PI3K抑制剂 | 主要基于细胞实验和异种移植小鼠模型,缺乏临床试验数据验证 | 探究DNMT1相关的全局DNA甲基化如何调控口腔鳞状细胞癌,以及靶向DNMT1的抗肿瘤效果和毒性规避机制 | 口腔鳞状细胞癌细胞、异种移植OSCC小鼠模型、人类样本 | 机器学习 | 口腔鳞状细胞癌 | shRNA敲低、DNA甲基化微阵列、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、多重免疫组化、蛋白质免疫印迹 | NA | 图像、文本 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-09-18 |
Single-cell transcriptome analysis reveals subtype-specific clonal evolution and microenvironmental changes in liver metastasis of pancreatic adenocarcinoma and their clinical implications
2024-05-03, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02003-0
PMID:38702773
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌原发灶及配对肝转移灶,揭示亚型特异性克隆演化和微环境变化及其临床意义 | 揭示了即使小比例(22%)的基底样恶性导管细胞也可导致不良化疗反应和患者生存,上皮-间质转化程序具有亚型特异性,克隆同质性随癌基因拷贝数增加和抑癌基因丢失而显著增加,并发现初始SELLhi调节性T细胞和活化TIGIThi调节性T细胞参与塑造免疫抑制微环境 | 样本量有限,仅分析了治疗初治的原发性PDAC样本,未涵盖不同治疗阶段或更大规模的验证队列 | 阐明胰腺导管腺癌进展和转移过程中肿瘤内异质性与肿瘤微环境的相互作用及其临床关联 | 治疗初治的原发性胰腺导管腺癌样本及配对的肝转移样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 未明确说明具体样本数量,涉及治疗初治的原发性PDAC样本及配对的肝转移样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-09-16 |
Improving replicability in single-cell RNA-Seq cell type discovery with Dune
2024-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05814-6
PMID:38789920
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研究论文 | 本文提出了一种名为Dune的新方法,通过迭代合并聚类结果中的簇来优化聚类分辨率与可重复性之间的权衡 | 提出了一种基于迭代合并簇的方法,最大化不同分区之间的一致性,从而提高聚类结果的鲁棒性和可重复性,减少对调参的依赖 | 未明确提及具体局限性 | 优化单细胞RNA测序细胞类型发现中聚类分辨率与可重复性之间的权衡 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类结果 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 多个来自不同平台的数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-09-14 |
A Gold Standard-Derived Modular Barcoding Approach to Cancer Transcriptomics
2024-May-15, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16101886
PMID:38791964
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研究论文 | 该文章开发了一种基于金标准衍生的模块化条形码方法,用于癌症转录组分析,构建癌症类型特异性的基因表达模块并组装成灵活条形码,适用于多种用途 | 提出从高质量金标准(如TCGA)有机衍生模块,创建灵活条形码;可揭示新基因关系、加速低分辨率数据集分析、重建和扩展癌症亚型分类方案、作为解码器桥接不同基因签名、高效应用单细胞RNA测序信息到其他数据集;模块可与原生电子表格程序命令结合,供非生物信息学人员使用 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发一种模块化条形码方法,以快速解码转录组范围的数据,用于癌症研究和潜在的临床应用 | 癌症转录组数据,包括TCGA等金标准数据集和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 肺癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2026-09-09 |
Cis-regulatory control of transcriptional timing and noise in response to estrogen
2024-05-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100542
PMID:38663407
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和机器学习,研究雌激素反应中顺式调节元件对转录时序和噪声的控制机制 | 结合单细胞RNA-seq和机器学习,识别调控转录时序和噪声的预测因子,揭示多增强子加速时间响应及启动子与增强子活性对噪声的不同影响 | 未明确提及,可能涉及样本类型单一或验证范围有限 | 阐明顺式调节元件组合如何控制转录水平、时间动态和细胞间变异 | 雌激素处理时间过程中的细胞表达动态 | 机器学习、单细胞测序 | 乳腺癌(雌激素相关) | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型(未具体指明) | 基因表达数据 | 未具体说明,涉及单细胞RNA-seq时间过程数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-08-28 |
Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48267-4
PMID:38744839
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研究论文 | 通过空间转录组学和多重单细胞技术,发现双阴性2型B细胞与表达DNASE1L3的树突状细胞在肠道相关淋巴组织的上皮下穹窿区与微生物群共定位,提出自身免疫病基本特征与正常肠道免疫的微生物相关成分有关 | 首次揭示双阴性2型B细胞在健康状态下的肠道相关淋巴组织中与树突状细胞的相互作用,并发现人类特异性表达DNASE1L3的树突状细胞与采样细菌相关,而非凋亡细胞DNA | 研究主要基于人类和小鼠的比较,未深入探讨这些相互作用的机制以及其与自身免疫病发生发展的因果关系 | 探究肠道相关淋巴组织对细菌的初始免疫反应及双阴性B细胞和DNASE1L3在其中的作用 | 肠道相关淋巴组织中的双阴性2型B细胞、树突状细胞和微生物群 | 空间转录组学、单细胞技术 | 自身免疫性疾病(如狼疮) | 空间转录组学、多重单细胞技术 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明,涉及人类和小鼠样本 | NA | 空间转录组学、单细胞测序 | NA | 迭代应用空间转录组学和多路复用单细胞技术 |
| 7 | 2026-08-28 |
Differential gene expression analysis of spatial transcriptomic experiments using spatial mixed models
2024-05-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-61758-0
PMID:38744956
|
研究论文 | 本文介绍了使用空间混合模型对空间转录组学实验进行差异基因表达分析的方法,以有效处理空间依赖性并减少统计检验中的I型错误率膨胀。 | 将空间随机效应纳入线性混合模型,以充分考虑ST数据中的空间自相关性,并证明指数相关结构的空间线性模型比非空间模型更适合ST数据,尤其是在单细胞分辨率下。 | 未明确提及,但可能涉及计算复杂度或需要对不同空间技术进行参数调整。 | 提出一种考虑空间依赖性的差异表达分析方法,以提高ST数据中差异表达检验的统计可靠性。 | 空间转录组学数据,包括多类组织切片和不同分辨率的ST技术数据。 | 生物信息学 | 不适用 | 空间转录组学 | 线性混合模型 | 空间转录组学数据 | 未明确 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 8 | 2026-08-27 |
IGF2BP3 promotes glutamine metabolism of endometriosis by interacting with UCA1 to enhances the mRNA stability of GLS1
2024-05-17, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00834-7
PMID:38760723
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研究论文 | 本研究探讨了IGF2BP3通过与UCA1相互作用增强GLS1 mRNA稳定性,进而促进子宫内膜异位症谷氨酰胺代谢的机制。 | 首次揭示了IGF2BP3通过结合UCA1和GLS1 mRNA 3'UTR区域来增强其稳定性,从而促进谷氨酰胺代谢,为子宫内膜异位症的治疗提供了新的潜在靶点。 | 摘要中未提及研究的局限性。 | 阐明IGF2BP3在子宫内膜异位症发生发展中的作用及其分子机制。 | 子宫内膜异位症患者异位内膜组织及正常子宫内膜组织,以及异位子宫内膜间质细胞(eESCs)。 | 分子生物学 | 子宫内膜异位症 | RNA免疫沉淀、RNA pull-down、荧光原位杂交、单细胞空间转录组学、免疫组织化学 | NA | 组织样本,细胞,转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | Na |
| 9 | 2026-08-27 |
SorLA restricts TNFα release from microglia to shape a glioma-supportive brain microenvironment
2024-05, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00117-6
PMID:38499808
|
研究论文 | 本研究探讨了SorLA蛋白在胶质瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞(GAMs)中的功能,揭示其通过限制TNFα释放来塑造支持胶质瘤的脑微环境 | 首次揭示SorLA在胶质瘤微环境中通过调节TNFα分泌影响小胶质细胞的炎症反应,并发现SORL1表达水平与GAMs功能表型相关 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,对人类的验证有限;未明确SorLA调控TNFα释放的具体分子机制 | 探究SorLA对胶质瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞功能的影响及其在胶质瘤进展中的作用 | 胶质瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞(GAMs) | 神经科学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析、体外模型、小鼠胶质瘤模型 | NA | 单细胞转录组数据、实验数据 | 未明确,包括已发表的GBM患者scRNA-seq数据和体外/体内模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-08-26 |
Increased Thyroid DPP4 Expression Is Associated With Inflammatory Process in Patients With Hashimoto Thyroiditis
2024-05-17, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/clinem/dgad723
PMID:38127960
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研究论文 | 本研究旨在探讨桥本甲状腺炎患者外周血和甲状腺组织中DPP4的表达及其在病理生理过程中的作用 | 首次研究了桥本甲状腺炎患者甲状腺组织中DPP4的表达和活性,并通过单细胞RNA测序和体外细胞实验揭示其与炎症过程的关系 | 样本量较小,且为病例对照研究,可能无法充分代表一般人群 | 探讨桥本甲状腺炎患者外周血和甲状腺组织中DPP4的表达及其在病理生理过程中的作用 | 40名未用药的桥本甲状腺炎患者和81名对照个体 | 数字病理学 | 桥本甲状腺炎 | 单细胞RNA测序、体外细胞实验 | NA | 基因表达数据、细胞实验数据 | 40名患者和81名对照个体,以及6个旁肿瘤组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 11 | 2026-08-26 |
Tracking in situ checkpoint inhibitor-bound target T cells in patients with checkpoint-induced colitis
2024-05-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.04.010
PMID:38744246
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研究论文 | 利用多模态单细胞和亚细胞空间转录组学追踪检查点抑制剂结合的T细胞,揭示结肠炎发病机制 | 首次使用多模态单细胞和亚细胞空间转录组学追踪体内检查点抑制剂结合的T细胞,并识别其独特的微结构域和因果信号通路 | 未提及具体局限性 | 阐明检查点抑制剂诱导结肠炎中T细胞的起源和致病机制,为预防策略提供资源 | 接受检查点抑制剂治疗并发生结肠炎的癌症患者肠道组织中的T细胞 | 数字病理学 | 结肠炎 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 图像、文本 | 未提及具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 多模态单细胞和亚细胞空间转录组学 |
| 12 | 2026-08-26 |
Identification of hypoxic macrophages in glioblastoma with therapeutic potential for vasculature normalization
2024-05-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.03.013
PMID:38640932
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学绘制了51例胶质瘤患者中单核细胞来源肿瘤相关巨噬细胞的时空转录谱,识别出一种缺氧巨噬细胞亚群,并通过肾上腺髓质素信号导致血管高通透性,提出了靶向该亚群以正常化肿瘤血管的治疗策略 | 首次在弥漫性胶质瘤中描绘了缺氧巨噬细胞的空间定位和转录特征,并揭示其通过旁分泌肾上腺髓质素破坏血管内皮连接的新机制,为血管正常化治疗提供了新靶点 | 研究主要基于异种移植模型,需进一步在临床样本中验证治疗策略的有效性和安全性 | 阐明胶质瘤中单核细胞来源肿瘤相关巨噬细胞的异质性及缺氧微环境对其重编程的影响,并探索靶向缺氧巨噬细胞以改善药物递送和预后的治疗潜力 | 来自51例IDH野生型胶质母细胞瘤或IDH突变型胶质瘤患者的单核细胞来源肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 胶质母细胞瘤、弥漫性胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 51例患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 13 | 2026-08-26 |
Tumor cell-intrinsic epigenetic dysregulation shapes cancer-associated fibroblasts heterogeneity to metabolically support pancreatic cancer
2024-05-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.03.005
PMID:38579725
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胰腺导管腺癌中肿瘤细胞内在的表观遗传失调(SETD2缺失)如何通过BMP2信号重塑癌症相关成纤维细胞的异质性,并促进肿瘤代谢支持 | 首次将肿瘤细胞内在的表观遗传失调与癌症相关成纤维细胞异质性联系起来,发现脂质负载的CAF亚群及其通过ABCA8a转运体为肿瘤提供脂质以支持氧化磷酸化的代谢相互作用 | 摘要中未提及明显的局限性 | 探究肿瘤细胞内在的表观遗传失调对胰腺癌中癌症相关成纤维细胞异质性的影响及其代谢支持机制 | 胰腺导管腺癌中的肿瘤细胞和癌症相关成纤维细胞(包括脂质负载的CAF亚群) | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-08-23 |
Stem-cell states converge in multistage cutaneous squamous cell carcinoma development
2024-05-31, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adi7453
PMID:38815020
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研究论文 | 本研究通过构建基因表达网络并整合谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示了多阶段皮肤鳞状细胞癌发展过程中干细胞状态的汇聚现象 | 首次将基因表达网络与谱系追踪及单细胞RNA测序相结合,识别出癌前肿瘤细胞中表达谱系可塑性和耐药性标志物的汇聚细胞状态,并发现两种细胞状态(多谱系可塑性和增殖)呈相互排斥关系 | 信息未提供 | 探究干细胞状态在皮肤鳞状细胞癌多阶段发展中的汇聚及其在治疗中的潜在靶点 | 小鼠正常和肿瘤组织样本中的干细胞状态 | 机器学习和单细胞测序 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、基因表达网络分析、谱系追踪 | 基因表达网络模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 数百个小鼠组织样本(包括正常和肿瘤) | 未提供 | 单细胞RNA测序 | 未提供 | 未提供 |
| 15 | 2026-08-22 |
Understanding glioblastoma at the single-cell level: Recent advances and future challenges
2024-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002640
PMID:38814900
|
综述 | 本文综述了单细胞技术在胶质母细胞瘤研究中的最新进展与未来挑战,强调其对理解肿瘤异质性和治疗耐药性的重要性 | 系统总结了单细胞转录组学在胶质母细胞瘤研究中的应用,突出了其对揭示肿瘤细胞异质性和可塑性的新见解 | 单细胞技术成本高昂、数据分析复杂,且临床转化面临困难 | 探讨单细胞水平理解胶质母细胞瘤的进展,并展望个性化治疗的未来发展 | 胶质母细胞瘤的单个细胞 | 单细胞转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-08-22 |
Integrating phylogenies into single-cell RNA sequencing analysis allows comparisons across species, genes, and cells
2024-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002633
PMID:38787797
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评论文章 | 本文探讨将系统发育方法整合到单细胞RNA测序数据分析中,以促进跨物种、基因和细胞的比较,并统一物种树、基因树、细胞系统发育和细胞谱系为细胞生命之树的概念 | 提出将系统发育比较方法整合到scRNA-seq分析中,统一物种树、基因树、细胞系统发育和细胞谱系为同一概念,为跨物种比较提供新框架 | 未提供具体实验数据或验证结果,主要基于理论探讨 | 探讨如何利用系统发育方法解决跨物种scRNA-seq比较中的挑战,并促进基因和细胞进化假说的检验 | 跨物种的单细胞RNA测序数据及其系统发育关系 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-08-20 |
Investigating the basis of lineage decisions and developmental trajectories in the dorsal spinal cord through pseudotime analyses
2024-05-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202209
PMID:38804879
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研究论文 | 本研究通过结合小鼠胚胎干细胞来源的背侧中间神经元的单细胞RNA测序图谱与伪时间分析,建立了一个探究背侧脊髓中神经命运决定和发育轨迹的资源,并验证了其有效性 | 开发了一个结合单细胞RNA-Seq图谱与伪时间分析的在硅资源,用于研究背侧中间神经元的命运决定,并通过原位杂交实验在体内验证了预测的候选基因 | 未明确提及局限性 | 探究背侧脊髓中背侧中间神经元的命运决定和发育轨迹的分子机制 | 小鼠胚胎干细胞来源的背侧中间神经元及发育中的小鼠脊髓 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 基因表达数据 | 未提供具体样本数量 | 未提供 | 单细胞RNA测序 | 未提供 | 未提供 |
| 18 | 2026-08-19 |
Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.557439
PMID:37781613
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序和同步发育的批量RNA测序,揭示了MEIOC-YTHDC2-RBM46复合物在减数分裂启动前通过mRNA降解增强小鼠精原细胞减数分裂能力的机制 | 首次证明MEIOC在减数分裂启动前(早于此前认知)通过降解特定mRNA(如转录抑制因子E2F6和MGA的靶标)来增强精原细胞对维甲酸反应的分子能力,从而促进减数分裂的全面启动 | 研究仅基于小鼠模型,可能不完全适用于人类;且具体的mRNA靶标及其调控网络在体内外的全面验证仍需进一步研究 | 阐明MEIOC在精原细胞早期减数分裂中的分子机制,特别是其在减数分裂启动前通过mRNA降解增强细胞能力的作用 | 小鼠精原细胞(包括有丝分裂期的精原细胞和启动减数分裂的细胞)以及MEIOC、YTHDC2、RBM46等RNA结合蛋白 | 转录组学, 生殖生物学 | NA | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据(单细胞和批量RNA测序数据) | NA(未提供具体样本数量) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 使用了增强分辨率的单细胞RNA测序和发育同步化的批量RNA测序技术 |
| 19 | 2026-08-19 |
Deciphering infected cell types, hub gene networks and cell-cell communication in infectious bronchitis virus via single-cell RNA sequencing
2024-05, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012232
PMID:38743760
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术,系统研究了传染性支气管炎病毒感染鸡的肾脏、法氏囊和气管组织中的细胞类型、关键基因网络及细胞间通讯 | 首次通过单细胞RNA测序全面解析IBV感染后不同组织的细胞类型特异性反应,并整合WGCNA识别免疫相关基因模块及关键枢纽基因 | 摘要中未提及研究的局限性 | 探究IBV感染的细胞嗜性、宿主反应机制(包括炎症、凋亡及细胞通讯)以及鉴定关键基因模块和枢纽基因 | 感染IBV的鸡的肾脏、法氏囊和气管组织中的细胞 | 单细胞转录组学 | 传染性支气管炎(禽类疾病) | 单细胞RNA测序、免疫荧光、加权基因共表达网络分析 | 加权基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数,涉及肾脏、法氏囊和气管组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-08-18 |
Scuphr: A probabilistic framework for cell lineage tree reconstruction
2024-05, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012094
PMID:38723024
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研究论文 | 提出了一种基于概率框架的细胞谱系树重建方法Scuphr,利用健康和肿瘤组织的单细胞DNA测序数据,通过距离计算和邻接法重建谱系树,具有高并行性和高准确性 | 首次将等位基因丢失和扩增错误等单细胞DNA测序常见挑战纳入模型,并采用并行设计,在速度和准确性上优于现有方法 | 基于合成数据集和18个细胞的生物数据集验证,可能不足以完全评估其在实际大规模数据中的性能 | 开发一种基于距离的细胞谱系树重建方法,用于研究组织发育、分化和癌症进展 | 健康和肿瘤组织的细胞,包括单细胞和bulk DNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | DNA测序 | 概率模型, 邻接法 | 测序数据 | 18个细胞的生物数据集及多个合成数据集 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | NA |