单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 539 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-08-07 |
A New Immunological Index for the Elderly: High Proportion of Multiple TCR T Cells Based on scRNA-Seq
2024-05-07, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0509-1
PMID:38722790
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-03-25 |
Single-Cell Gene-Regulatory Networks of Advanced Symptomatic Atherosclerosis
2024-May-24, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323184
PMID:38639096
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了晚期症状性动脉粥样硬化中的关键平滑肌细胞和巨噬细胞亚型，并整合基因调控网络分析，揭示了GRN39在疾病进展中的核心作用 | 首次将最基因丰富的单细胞亚簇与冠状动脉疾病的基因调控网络框架整合，识别并独立验证了GRN39在促进晚期症状性动脉粥样硬化中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类疾病的复杂性；单细胞测序技术（SmartSeq2）的基因覆盖范围（约8000基因/细胞）相对有限 | 探究动脉粥样硬化进展中血管细胞类型转化的单细胞基因表达模式及其临床和病理生理学相关性 | Ldlr-/-Apob100/100小鼠（具有人类样血浆脂蛋白）以及人类无症状和症状性颈动脉斑块中的单细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（SmartSeq2），基因调控网络分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 16,588个单细胞（来自小鼠和人类），600名冠状动脉疾病患者（STARNET研究） | NA | 单细胞RNA-seq | SmartSeq2 | SmartSeq2（约8000基因/细胞） |
| 3 | 2026-03-21 |
YBX1 promotes stemness and cisplatin insensitivity in intrahepatic cholangiocarcinoma via the AKT/β-catenin axis
2024-05, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3689
PMID:38676365
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研究论文 | 本研究探讨了YBX1在肝内胆管癌中通过AKT/β-catenin轴促进肿瘤干细胞性和顺铂不敏感性的作用 | 揭示了YBX1作为调控肝内胆管癌干细胞性和化疗耐药的关键分子，并阐明了其通过AKT/β-catenin轴的作用机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证有限，且未涉及其他化疗药物的敏感性 | 探究YBX1在肝内胆管癌干细胞性和顺铂敏感性中的调控作用及分子机制 | 肝内胆管癌细胞系、临床组织样本及小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 肝内胆管癌 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 集落形成实验, 球体形成实验, 体内肿瘤生长实验 | NA | RNA-seq数据, 临床数据, 实验数据 | 三个bulk和单细胞RNA-seq数据集, 临床样本, 细胞系及小鼠模型 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-03-21 |
Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity of neutrophils in non-small cell lung cancer
2024-05, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3690
PMID:38735760
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性 | 识别了四种主要的肿瘤相关中性粒细胞亚群，包括一个促进肿瘤形成的终末分化状态，并揭示了其与巨噬细胞的密切关联及糖酵解活性增强 | 研究基于公共数据库数据，可能受样本来源和数量的限制，未进行实验验证 | 探究非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用 | 肿瘤相关中性粒细胞和来自血液的多形核中性粒细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-21 |
Comprehensive profiling of endocrine metabolism identifies a novel signature with robust predictive value in ovarian cancer
2024-05, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3686
PMID:38689382
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研究论文 | 本研究通过分析卵巢癌的单细胞RNA测序数据，基于分泌信号通路构建了一个四基因签名，用于预测卵巢癌的预后和免疫治疗反应 | 首次从分泌信号通路角度构建卵巢癌预后模型，并验证其在免疫治疗预测中的价值 | 研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立的前瞻性队列验证 | 开发卵巢癌的预后预测模型并评估其与免疫治疗反应的关系 | 卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 单核苷酸变异主成分分析 | 随机森林 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-03-15 |
Tracking in situ checkpoint inhibitor-bound target T cells in patients with checkpoint-induced colitis
2024-May-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.04.010
PMID:38744246
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研究论文 | 本研究利用多模态单细胞和亚细胞空间转录组学追踪检查点抑制剂（CPI）结合T细胞在肠道组织中的分布，以揭示CPI诱导结肠炎的机制 | 首次在患者肠道组织中应用多模态单细胞和亚细胞空间转录组学技术追踪CPI结合T细胞，并识别出与炎症相关的特定微域和细胞间信号通路 | 研究样本可能有限，且机制分析主要基于观察性数据，需要进一步实验验证 | 探究检查点抑制剂诱导结肠炎的免疫机制，识别关键细胞类型和空间分布特征 | 接受检查点抑制剂治疗并出现结肠炎的患者的肠道组织样本 | 数字病理学 | 结肠炎 | 多模态单细胞和亚细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-03-06 |
6-Formylindolo[3,2-b]carbazole, a potent ligand for the aryl hydrocarbon receptor, attenuates concanavalin-induced hepatitis by limiting T-cell activation and infiltration of proinflammatory CD11b+ Kupffer cells
2024-05-29, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae018
PMID:38366630
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研究论文 | 本研究探讨了强效芳烃受体激动剂FICZ在刀豆蛋白A诱导的小鼠自身免疫性肝炎模型中的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序技术，系统揭示了FICZ通过限制CD3+ T细胞活化和CD11b+ Kupffer细胞浸润减轻肝炎的分子机制 | 研究局限于小鼠模型，尚未在人体中验证；机制研究主要聚焦于免疫细胞亚群，对肝实质细胞的直接作用未充分探讨 | 阐明芳烃受体激活在自身免疫性肝炎中的保护作用机制 | 刀豆蛋白A诱导的自身免疫性肝炎小鼠模型 | 免疫学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序, 转座酶可及染色质测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 未明确说明样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-03-06 |
Integrating spatial transcriptomics and bulk RNA-seq: predicting gene expression with enhanced resolution through graph attention networks
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae316
PMID:38960406
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为STGAT的新方法，利用图注意力网络从全切片图像和批量RNA-seq数据中预测基因表达，以提高空间分辨率 | STGAT首次结合图注意力网络来推断空间转录组学中的点级基因表达，并在乳腺癌数据中展示了优于现有方法的性能 | 方法依赖于可用的空间转录组学数据进行训练，在数据有限的情况下可能影响泛化能力 | 开发从WSI和批量RNA-seq数据中预测点级基因表达的方法，以重新分析大规模队列研究并发现新的生物标志物 | 乳腺癌组织样本，包括空间转录组学数据和TCGA数据集 | 计算机视觉 | 乳腺癌 | 空间转录组学，批量RNA-seq | 图注意力网络 | 图像，文本 | 两个乳腺癌空间转录组学数据集和TCGA乳腺癌数据集 | NA | 空间转录组学，批量RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-03-06 |
Human IL-6 fosters long-term engraftment of patient-derived disease-driving myeloma cells in immunodeficient mice
2024-May-07, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177300
PMID:38713510
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研究论文 | 本文介绍了一种基于人IL-6转基因NSG小鼠的异种移植模型，用于支持患者来源的多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病的长期植入和研究 | 开发了人IL-6转基因NSG小鼠模型，首次可靠地支持恶性及癌前人类浆细胞的植入，包括从多种浆细胞疾病患者中获取的细胞 | 模型依赖于免疫缺陷小鼠，可能无法完全模拟人类免疫系统与骨髓瘤的相互作用，且样本来源和规模可能有限 | 建立一种有效的患者来源异种移植模型，用于多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病的研究和临床前药物开发 | 患者来源的恶性及癌前人类浆细胞，包括来自未确定意义的单克隆丙种球蛋白病、复发前后多发性骨髓瘤、浆细胞白血病和淀粉样轻链淀粉样变性患者的细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | 异种移植模型 | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-03-03 |
Identification of four mitochondria-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology
2024-05-16, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00623-1
PMID:38755528
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序技术识别并分析了与脓毒症相关的线粒体基因，以阐明脓毒症免疫的潜在机制 | 结合RNA测序、生物信息学分析和单细胞测序，识别出四个与脓毒症预后显著负相关的线粒体基因（FIS1、FKBP8、GLRX5、GUK1），并验证了其诊断价值 | 样本量较小（脓毒症组20例，SIRS组12例），且为单中心研究，可能限制结果的普遍性 | 识别与脓毒症患者相关的线粒体基因，以阐明脓毒症免疫的潜在机制并提供临床治疗新思路 | 脓毒症和全身炎症反应综合征（SIRS）患者的住院病例 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序 | NA | RNA（mRNA）序列数据 | 脓毒症组20例，SIRS组12例，总计32例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞测序用于明确核心基因的定位 |
| 11 | 2026-03-03 |
Wnt pathway inhibition with the porcupine inhibitor LGK974 decreases trabecular bone but not fibrosis in a murine model with fibrotic bone
2024-May, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziae011
PMID:38577521
|
研究论文 | 本研究通过使用porcupine抑制剂LGK974抑制Wnt通路，探究其在G-GPCR信号过度激活的小鼠模型中，对骨纤维化和骨小梁形成的影响 | 首次在G-GPCR信号过度激活的骨纤维化小鼠模型中，应用单细胞RNA测序技术分析Wnt配体表达变化，并评估LGK974对骨小梁和纤维化的特异性作用 | LGK974仅部分减少骨小梁，对骨纤维化无显著改善，且在对照小鼠中引起明显骨丢失，提示其治疗潜力有限且存在副作用 | 探索Wnt通路抑制作为骨纤维化疾病（如纤维性发育不良）潜在治疗策略的效果 | 9周龄雄性ColI(2.3)/Rs1小鼠及其同窝对照小鼠的长骨基质细胞 | 数字病理学 | 骨纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型（ColI(2.3)/Rs1转基因小鼠） | RNA测序数据 | ColI(2.3)/Rs1小鼠及同窝对照小鼠的长骨基质细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-02 |
Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis
2024-May-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48484-x
PMID:38734693
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研究论文 | 本研究通过在小鼠模型中调控SPI1表达，探讨其对阿尔茨海默病相关表型的影响 | 首次在Aβ淀粉样变性小鼠模型中系统评估SPI1表达水平变化对AD病理的调控作用，并揭示其通过免疫反应和补体系统等通路发挥作用的机制 | 研究基于小鼠模型，结果向人类AD治疗的转化仍需进一步验证 | 探究SPI1表达调控对阿尔茨海默病发病机制的影响 | Spi1敲低和过表达的小鼠模型 | NA | 阿尔茨海默病 | 靶向转录组学、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2026-03-02 |
Cis-regulatory control of transcriptional timing and noise in response to estrogen
2024-May-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100542
PMID:38663407
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA-seq和机器学习，探索了顺式调控元件如何控制雌激素响应中的转录时序和噪音，揭示了增强子与启动子活性在调控基因响应速度和细胞间变异中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA-seq时间序列数据和机器学习方法，系统识别了调控转录时序和噪音的顺式调控特征，并验证了多重增强子活性加速基因响应速度的机制 | 研究主要聚焦于雌激素响应系统，结论在其他信号通路或细胞类型中的普适性有待进一步验证 | 探究顺式调控元件如何控制基因表达的时间动态和细胞间变异（转录噪音） | 雌激素处理时间过程中的基因转录调控 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq，机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-03-02 |
Peripheral HMGB1 is linked to O3 pathology of disease-associated astrocytes and amyloid
2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13825
PMID:38624088
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研究论文 | 本研究探讨了臭氧暴露如何通过肺-脑轴影响阿尔茨海默病病理，特别是疾病相关星形胶质细胞和淀粉样斑块的作用 | 首次揭示了外周髓系细胞HMGB1在调节臭氧诱导的疾病相关星形胶质细胞表型中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 阐明空气污染物臭氧通过肺-脑轴影响阿尔茨海默病病理的机制 | 5xFAD转基因小鼠和Hmgb1fl/fl LysM-Cre+基因敲除小鼠 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | 未明确说明样本数量，使用转基因小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2026-02-28 |
Airway injury induces alveolar epithelial and mesenchymal responses mediated by macrophages
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.02.587596
PMID:38617297
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探索了气道特异性上皮损伤如何引发远端肺泡、免疫和间质细胞的广泛反应 | 揭示了气道损伤通过肺泡巨噬细胞介导的Osteopontin上调，诱导远端肺泡II型细胞增殖和新型间质细胞群MANC2的动态变化 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证，且未深入探讨长期疾病发展机制 | 探究气道损伤对远端肺组织细胞反应的影响机制 | 小鼠模型中的气道和肺泡组织细胞 | 单细胞转录组学 | 肺损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-02-27 |
Direct comparison of mass cytometry and single-cell RNA sequencing of human peripheral blood mononuclear cells
2024-05-30, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03399-6
PMID:38816402
|
研究论文 | 本文直接比较了人类外周血单个核细胞在单细胞RNA测序和质谱流式细胞术中的细胞类型比例及蛋白质与mRNA测量的相关性 | 首次在同一细胞样本上同时进行单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术，为评估数据一致性和开发整合预测方法提供了金标准数据集 | 研究仅针对人类外周血单个核细胞，未扩展到其他组织或疾病状态，且样本量有限 | 评估单细胞转录组学和蛋白质组学测量之间的一致性，并为单细胞分析工具提供基准数据集 | 人类外周血单个核细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 一个分割样本的人类外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 17 | 2026-02-27 |
Time-course RNAseq data of murine AB1 mesothelioma and Renca renal cancer following immune checkpoint therapy
2024-05-03, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03294-0
PMID:38702329
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研究论文 | 本文提供了小鼠AB1间皮瘤和Renca肾癌在接受免疫检查点治疗后的时间进程RNAseq数据，包括整体和单细胞测序 | 结合时间进程的整体RNA测序和单细胞测序，在治疗前和治疗后多个时间点分析免疫微环境，并比较不同样本解离协议的影响 | 研究基于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况；样本数量相对有限 | 表征免疫检查点阻断治疗反应的时间关键转录事件，并评估样本处理协议对转录信息质量的影响 | 小鼠AB1间皮瘤和Renca肾细胞癌模型 | 转录组学 | 间皮瘤, 肾癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | RNA序列数据 | 144个整体RNAseq样本（来自两种癌症类型，跨越4个时间点），12个单细胞测序样本（治疗前1小时） | NA | 整体RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-02-25 |
Emerging Roles of Spatial Transcriptomics in Liver Research
2024-05, Seminars in liver disease
IF:4.3Q1
DOI:10.1055/a-2299-7880
PMID:38574750
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综述 | 本文综述了空间转录组学在肝脏研究中的新兴作用，包括其在揭示肝细胞分区功能、肝脏疾病发病机制及肝癌异质性方面的应用 | 空间转录组学作为一种突破性技术，能够以高精度映射组织复杂结构中的基因表达，特别是在肝脏研究中揭示了肝细胞的分区功能、脂质相关巨噬细胞在脂肪变性中的作用以及肿瘤微环境与免疫系统的相互作用 | NA | 探讨空间转录组学在肝脏研究中的应用，以增强对肝脏疾病的理解和治疗 | 健康与疾病状态下的肝脏组织，包括肝细胞、巨噬细胞、内皮细胞及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2026-01-15 |
Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals Heterogeneity of Early Pig Skin Development and a Subpopulation with Hair Placode Formation
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306703
PMID:38561967
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了早期猪皮肤发育的异质性，并识别出一个与毛囊形成相关的细胞亚群 | 首次构建了胚胎皮肤的整合时空转录组图谱，并通过跨物种比较发现猪表皮比小鼠更接近人类，同时识别出毛囊起始结构的新前体细胞 | 研究主要基于猪模型，虽然与人类有较高保守性，但直接应用于人类皮肤疾病仍需进一步验证 | 研究早期皮肤发育的细胞异性和毛囊形成机制，为人类皮肤疾病研究提供参考图谱 | 正常和无毛胎猪的皮肤样本，覆盖四个发育时期 | 数字病理学 | 皮肤相关疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 正常和无毛胎猪皮肤样本，涵盖四个发育时期 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-01-15 |
scmFormer Integrates Large-Scale Single-Cell Proteomics and Transcriptomics Data by Multi-Task Transformer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307835
PMID:38483032
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研究论文 | 本文提出了一种名为scmFormer的新型单细胞多模态/多任务Transformer模型，用于整合大规模单细胞蛋白质组学与转录组学数据 | scmFormer是首个能够整合单细胞蛋白质组学与其他组学数据的Transformer模型，在整合大规模单细胞多模态数据和异质多批次配对多组学数据方面表现优异 | NA | 开发一个强大的工具来整合和分析单细胞多组学数据 | 单细胞多组学数据，特别是蛋白质组学和转录组学数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞多组学 | Transformer | 单细胞蛋白质组学和转录组学数据 | 超过148万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | NA |