单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	Integrated Single-cell Multiomic Analysis of HIV Latency Reversal Reveals Novel Regulators of Viral Reactivation 2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae003 PMID:38902848	研究论文	通过整合单细胞多组学分析，研究HIV潜伏逆转的新调控因子	首次采用整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序方法，同时分析转录组和表观基因组特征，揭示了HIV潜伏逆转的新调控因子	样本仅限于CD4+ T细胞，未涵盖其他可能影响HIV潜伏的细胞类型	理解HIV潜伏机制并识别新的病毒再激活调控因子	约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞	生物信息学	HIV感染	scRNA-seq, scATAC-seq	机器学习模型	单细胞转录组和表观基因组数据	约125,000个CD4+ T细胞
2	2025-04-02	Villus myofibroblasts are developmental and adult progenitors of mammalian gut lymphatic musculature 2024-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.005 PMID:38537630	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和小鼠肠道的定量谱系追踪，揭示了绒毛平滑肌的形成、组装和维持机制	发现了上皮下成纤维细胞祖细胞通过中间收缩性肌成纤维细胞分化为成熟平滑肌纤维的局部层次结构，并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在平滑肌纤维组装和脂肪吸收中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类肠道中的机制是否相同尚不清楚	探究肠道绒毛平滑肌的形成、组装和维持机制	小鼠肠道绒毛平滑肌	developmental biology	NA	single-cell RNA sequencing, quantitative lineage tracing	NA	RNA sequencing data, lineage tracing data	小鼠肠道样本
3	2025-03-28	A phase 2 randomized trial with autologous polyclonal expanded regulatory T cells in children with new-onset type 1 diabetes 2024-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn2404 PMID:38718135	研究论文	一项关于在儿童新发1型糖尿病中使用自体多克隆扩增调节性T细胞的随机2期临床试验	首次在儿童和青少年中评估自体多克隆扩增调节性T细胞（expT）治疗新发1型糖尿病的安全性和有效性	单次剂量治疗未能显著改善β细胞功能，且治疗效果与T细胞质量相关	评估自体多克隆扩增调节性T细胞在儿童新发1型糖尿病中的治疗效果	110名新发1型糖尿病的儿童和青少年	临床试验	1型糖尿病	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	110名儿童和青少年
4	2025-03-26	Systematic dissection of tumor-normal single-cell ecosystems across a thousand tumors of 30 cancer types 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48310-4 PMID:38744958	研究论文	通过整合分析数百万个单细胞转录组数据，系统解析了30种癌症类型中肿瘤与正常组织的生态系统	首次在如此大规模的样本中（1070个肿瘤和493个正常样本）整合单细胞转录组、空间转录组和TCGA数据，定义了肿瘤-正常生态系统的多种细胞状态和标志性基因特征	研究虽然样本量大，但可能无法涵盖所有癌症亚型的异质性	全面研究肿瘤与正常组织的生态系统，以更好地理解肿瘤微环境的复杂性	1070个肿瘤样本和493个正常样本，涵盖30种癌症类型	数字病理学	多种癌症	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、TCGA数据	1070个肿瘤样本和493个正常样本，外加137个空间转录组样本、8887个TCGA样本和1261个接受检查点抑制剂治疗的肿瘤样本
5	2025-03-22	Heart failure promotes multimorbidity through innate immune memory 2024-05-24, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ade3814 PMID:38787963	研究论文	本文探讨了心力衰竭（HF）如何通过造血干细胞（HSCs）的改变促进多发病，并揭示了其机制	研究发现HF通过改变HSCs的表观基因组，影响其生成促炎性巨噬细胞的能力，从而驱动反复的HF事件和相关并发症	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示心力衰竭与多发病之间的病理相互作用机制	心力衰竭小鼠模型及其造血干细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全局染色质可及性分析	小鼠模型	基因表达数据，染色质可及性数据	小鼠骨髓移植实验
6	2025-03-22	Gene networks and systems biology in Alzheimer's disease: Insights from multi-omics approaches 2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13790 PMID:38534018	综述	本文综述了阿尔茨海默病（AD）领域中的基因网络和系统生物学研究，探讨了多组学方法的应用及其发现	本文强调了单细胞组学和空间组学技术在AD研究中的应用，提供了对基因调控网络的全面研究	本文主要集中于技术应用的综述，未涉及具体实验数据或模型验证	探讨阿尔茨海默病的基因网络和系统生物学研究	阿尔茨海默病	系统生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、表观基因组学、空间组学	NA	RNA转录本、染色质状态	NA
7	2025-03-21	Transfer Learning Reveals Cancer-Associated Fibroblasts Are Associated with Epithelial-Mesenchymal Transition and Inflammation in Cancer Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-May-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1660 PMID:38587552	研究论文	本研究通过整合人类肿瘤的单细胞数据和人类类器官共培养实验，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中癌症相关成纤维细胞（CAF）与上皮细胞的上皮-间质转化（EMT）和炎症的关联	引入了从人类单细胞数据到类器官共培养分析的迁移学习，用于实验验证细胞间相互作用的发现，并识别了成纤维细胞介导的EMT和炎症调控	研究主要基于体外实验和计算模型，未涉及体内实验验证	探索PDAC中CAF与上皮细胞之间的相互作用及其对EMT和炎症的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAF）和上皮细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、类器官共培养实验	迁移学习	单细胞RNA测序数据、转录数据	NA
8	2025-03-20	Bioengineered vascular grafts with a pathogenic TGFBR1 variant model aneurysm formation in vivo and reveal underlying collagen defects 2024-May-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg6298 PMID:38718134	研究论文	本研究通过结合人类诱导多能干细胞、生物工程血管移植物和基因编辑技术，在动物宿主中建立了功能性的人类胸主动脉瘤模型，揭示了胶原缺陷在疾病形成中的作用	首次在动物宿主中结合hiPSCs、BVGs和基因编辑技术，成功模拟了人类胸主动脉瘤的形成，并揭示了胶原修饰酶活性降低在疾病中的关键作用	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	建立更好的人类胸主动脉瘤疾病模型，以深入理解其发病机制	人类诱导多能干细胞、生物工程血管移植物、裸鼠	生物医学工程	胸主动脉瘤	基因编辑、空间转录组学分析、组织学分析、蛋白质测定	NA	基因表达数据、蛋白质数据、组织学数据	NA
9	2025-03-19	SCIPAC: quantitative estimation of cell-phenotype associations 2024-05-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03263-1 PMID:38741183	研究论文	本文介绍了SCIPAC算法，该算法首次定量估计单细胞数据中每个细胞与表型（如癌症）之间的关联	SCIPAC是首个能够定量估计单细胞数据中每个细胞与表型之间关联的算法，并提供每个关联的p值	NA	开发一种算法来定量估计单细胞数据中细胞与表型之间的关联	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	四个真实数据集（包括癌症和非癌症数据）
10	2025-03-15	Inferring B Cell Phylogenies from Paired H and L Chain BCR Sequences with Dowser 2024-May-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300851 PMID:38557795	研究论文	本研究探讨了如何利用配对的H和L链BCR序列构建B细胞系统发育树，并发现结合L链显著提高了树的准确性和可重复性	首次系统地研究了在构建B细胞系统发育树时结合H和L链的策略，并提出了使用最大似然法分别处理H和L链的建议	当部分L链缺失时，许多系统发育方法会显著偏差分支长度估计	研究如何利用配对的H和L链BCR序列构建更准确的B细胞系统发育树	B细胞的H和L链BCR序列	生物信息学	NA	单细胞测序	最大似然法	序列数据	NA
11	2025-03-14	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	研究论文	本研究通过单细胞分析对比了人类外周动脉和静脉的细胞组成，揭示了它们在重塑潜力上的差异	首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了它们在重塑潜力上的显著差异	研究样本量较小，仅包括30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉	探讨动脉和静脉在闭塞性疾病和损伤反应中的生物学差异	人类外周动脉和静脉	单细胞分析	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学数据	30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉
12	2025-03-12	Immunomodulatory Role of the Stem Cell Circadian Clock in Muscle Repair 2024-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595728 PMID:38854114	研究论文	本研究揭示了肌肉干细胞中的生物钟如何调控免疫微环境以促进肌肉再生	发现了肌肉干细胞生物钟通过调控NAD+代谢和炎症反应基因的表达，影响肌肉再生的时间依赖性机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索肌肉干细胞生物钟在肌肉再生中的作用及其与免疫微环境的相互作用	肌肉干细胞及其免疫微环境	生物医学	肌肉损伤	单核单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
13	2025-03-12	Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-May-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1 PMID:38798691	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	首次揭示了NAT在PDAC中通过上调TME中的补体基因表达，改善免疫抑制状态，并与患者生存率提高相关	样本量相对较小（23例NAT治疗患者和13例未治疗患者），且需要进一步验证补体基因表达作为预后标志物的临床实用性	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤学	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗患者和13例未治疗患者
14	2025-03-10	Single Cell Analysis of Human Colonoids Exposed to Uranium-Bearing Dust 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13855 PMID:38771937	研究论文	本文研究了铀尘暴露对人类结肠类器官的分子和细胞变化的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了铀尘暴露对结肠上皮细胞的转录组变化和谱系分化的影响	研究仅基于三个生物学上不同的供体的结肠类器官，样本量较小	确定铀尘暴露对结肠的分子和细胞变化	人类结肠类器官	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个生物学上不同的供体的结肠类器官
15	2025-03-06	Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma 2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.25757 PMID:38047487	研究论文	本研究构建并验证了一个与NAD+代谢相关的新型风险模型，用于骨肉瘤的预后预测	通过结合生物信息学分析和体外实验验证，首次揭示了NAD代谢相关基因在骨肉瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其对预后的影响	研究主要依赖于公开数据库的数据，且体外实验的样本量可能有限	探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	Cox分析、共识聚类、主成分分析、t-SNE、UMAP、基因集富集分析、基因集变异分析、Lasso分析、生存和ROC曲线、Nomogram、免疫相关分析、药物敏感性分析、单细胞RNA测序分析	风险模型和Nomogram	基因表达数据	从TARGET和GEO数据库获取的骨肉瘤数据
16	2025-03-05	Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration 2024-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.05.588321 PMID:38645054	研究论文	本研究通过化学遗传学方法长期激活多巴胺神经元，揭示了帕金森病中多巴胺神经元退化的机制	开发了一种化学遗传学（DREADD）小鼠模型，长期增加多巴胺神经元活动，并揭示了其与帕金森病中多巴胺神经元退化的关系	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨长期多巴胺神经元活动增加是否及如何导致神经元退化	多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	化学遗传学（DREADD）、电生理学、空间转录组学	DREADD小鼠模型	电生理数据、转录组数据	小鼠模型及人类患者样本
17	2025-02-27	Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48267-4 PMID:38744839	研究论文	本文通过空间转录组学和多路单细胞技术，揭示了双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在及其与树突状细胞的相互作用	首次发现双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在，并揭示其与表达DNASE1L3和C1q的树突状细胞的相互作用	研究主要基于人类样本，未在小鼠中观察到相同现象，可能限制了结果的普适性	探讨肠道相关淋巴组织对细菌的初始反应及细菌处理机制	双阴性2型B细胞、树突状细胞、DNASE1L3、C1q	免疫学	自身免疫疾病	空间转录组学、多路单细胞技术	NA	单细胞数据	人类肠道相关淋巴组织样本
18	2025-02-26	SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918 PMID:38537539	研究论文	本研究探讨了SFXN1在肺腺癌（LUAD）中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了SFXN1在LUAD中的上调及其与不良预后的关联，并发现SFXN1通过抑制NK和细胞毒性T细胞的浸润促进肿瘤进展	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨SFXN1在LUAD中的功能及其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌（LUAD）	肿瘤学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化	NA	RNA-seq数据、scRNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
19	2025-02-21	MAPPING ALZHEIMER'S DISEASE PSEUDO-PROGRESSION WITH MULTIMODAL BIOMARKER TRAJECTORY EMBEDDINGS 2024-May, Proceedings. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging DOI:10.1109/isbi56570.2024.10635249 PMID:39371469	研究论文	本研究提出了一种新方法，通过医学影像和其他模态的纵向生物标志物数据来理解阿尔茨海默病的异质性进展路径	采用单细胞转录组学领域的PHATE和Slingshot两种流行机器学习方法，将多模态生物标志物轨迹投影到低维空间，作为伪时间估计	目前尚未提及具体局限性	旨在更准确地测量阿尔茨海默病的进展，以便早期发现脑功能丧失、及时干预和开发有效治疗方法	阿尔茨海默病患者	机器学习	阿尔茨海默病	PHATE, Slingshot	NA	医学影像数据, 多模态生物标志物数据	阿尔茨海默病神经影像倡议（ADNI）数据集
20	2025-02-18	Spatial Transcriptomic Analysis Identifies Epithelium-Macrophage Crosstalk in Endometriotic Lesions 2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.23.586434 PMID:38798560	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了子宫内膜异位症病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用	揭示了子宫内膜异位症病变中上皮细胞在驱动炎症信号和促进巨噬细胞修复表型中的新作用，并提出了补体3在病变病理生物学中的新角色	研究主要关注浅表腹膜子宫内膜异位症病变，未涉及深部病变或其他类型的子宫内膜异位症	识别子宫内膜异位症病变中细胞类型特异性基因表达变化，并阐明基质、上皮细胞和巨噬细胞之间的相互作用	浅表腹膜子宫内膜异位症病变及患者匹配的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA