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当前共找到 539 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-01-28 |
Airway injury induces alveolar epithelial and mesenchymal responses mediated by macrophages
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.02.587596
PMID:38617297
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探究气道特异性上皮损伤如何引发远端肺泡、免疫和间质细胞的次级组织范围响应 | 首次揭示急性气道损伤可通过肺泡巨噬细胞介导的骨桥蛋白信号通路，触发远端肺泡Ⅱ型细胞的瞬时增殖和新型间质细胞群（MANC2）的动态变化 | 研究基于小鼠模型，人类组织中的验证尚需进一步开展 | 探究气道损伤对远端肺组织微环境的影响机制 | 小鼠气道-肺泡组织 | 单细胞转录组学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-01-15 |
Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals Heterogeneity of Early Pig Skin Development and a Subpopulation with Hair Placode Formation
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306703
PMID:38561967
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了早期猪皮肤发育的异质性，并识别出一个与毛囊形成相关的细胞亚群 | 首次构建了胚胎皮肤的整合时空转录组图谱，并通过跨物种比较发现猪表皮比小鼠更接近人类，同时识别出毛囊起始结构的新前体细胞 | 研究主要基于猪模型，虽然与人类有较高保守性，但直接应用于人类皮肤疾病仍需进一步验证 | 研究早期皮肤发育的细胞异性和毛囊形成机制，为人类皮肤疾病研究提供参考图谱 | 正常和无毛胎猪的皮肤样本，覆盖四个发育时期 | 数字病理学 | 皮肤相关疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 正常和无毛胎猪皮肤样本，涵盖四个发育时期 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2026-01-15 |
scmFormer Integrates Large-Scale Single-Cell Proteomics and Transcriptomics Data by Multi-Task Transformer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307835
PMID:38483032
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研究论文 | 本文提出了一种名为scmFormer的新型单细胞多模态/多任务Transformer模型，用于整合大规模单细胞蛋白质组学与转录组学数据 | scmFormer是首个能够整合单细胞蛋白质组学与其他组学数据的Transformer模型，在整合大规模单细胞多模态数据和异质多批次配对多组学数据方面表现优异 | NA | 开发一个强大的工具来整合和分析单细胞多组学数据 | 单细胞多组学数据，特别是蛋白质组学和转录组学数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞多组学 | Transformer | 单细胞蛋白质组学和转录组学数据 | 超过148万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-01-15 |
Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Transcriptomics
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303752
PMID:38311573
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术，首次建立了小鼠椎间盘的空间转录组图谱，揭示了核髓祖细胞（NPPCs）的分布和分化序列 | 首次生成小鼠椎间盘的空间转录组图谱，通过空间分辨率识别核髓祖细胞标记物（如Ctsk）的分布，并推翻了Tie2作为NPPCs标记物的传统观点 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；空间转录组学技术可能受限于分辨率，无法完全捕获所有细胞类型 | 探究椎间盘核髓祖细胞的分化序列和标记物，以理解椎间盘退变的细胞机制 | 小鼠椎间盘组织，特别是核髓（NP）区域 | 空间转录组学 | 椎间盘退变 | 空间转录组学，原位测序（ISS），细胞谱系追踪 | NA | 空间转录组数据，原位测序数据 | 小鼠椎间盘组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台用于生成空间分辨的转录组图谱 |
| 5 | 2026-01-15 |
Integration Analysis of Single-Cell Multi-Omics Reveals Prostate Cancer Heterogeneity
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305724
PMID:38483933
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞多组学数据，揭示了前列腺癌的异质性及其在肿瘤微环境中的细胞生态系统 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量ATAC测序，系统描绘了前列腺癌阶段特异性微环境中的细胞异质性，并识别了SOX9AR标记的俱乐部细胞干细胞亚群以及CD8CXCR6 T细胞亚群的变化 | 研究样本量有限，且主要基于观察性数据，需要进一步功能实验验证发现的细胞亚群和相互作用机制 | 探究前列腺癌的细胞异质性及其在肿瘤微环境中的形成机制，以促进疾病诊断和治疗 | 前列腺癌患者和健康对照者的组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量ATAC测序 | 机器学习, 计算智能 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 表观基因组数据 | 一系列前列腺癌患者和健康对照者（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量ATAC-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-01-15 |
Bioengineered Hydrogels Recapitulate Fibroblast Heterogeneity in Cancer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307129
PMID:38493497
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研究论文 | 本研究利用头颈部鳞状细胞癌的单细胞RNA测序数据，预测调控癌症相关成纤维细胞亚群的微环境和细胞特征，并通过可调谐的透明质酸水凝胶系统在体外培养患者来源的CAFs，以模拟其异质性 | 通过结合单细胞RNA测序数据与可调谐水凝胶系统，首次在体外成功模拟了癌症相关成纤维细胞的异质性，并识别了微管动力学作为CAF可塑性的关键介质 | 研究主要基于头颈部鳞状细胞癌数据，可能不适用于其他癌症类型；水凝胶系统虽能模拟异质性，但可能无法完全复制体内复杂的肿瘤微环境 | 开发能反映癌症相关成纤维细胞异质性的体外模型，以促进CAF生物学理解和靶向治疗策略的评估 | 癌症相关成纤维细胞，特别是头颈部鳞状细胞癌中的CAF亚群 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-01-14 |
Shared and Compartment-Specific Processes in Nucleus Pulposus and Annulus Fibrosus During Intervertebral Disc Degeneration
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309032
PMID:38403470
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了健康和病变人类椎间盘中的纤维环和髓核细胞，揭示了椎间盘退变过程中共享和特异性的细胞变化 | 首次在单细胞水平上同时比较了纤维环和髓核在椎间盘退变中的细胞变化，并识别出新的疾病相关细胞亚群及其调控网络 | 样本数量有限，且仅基于手术分离的组织，可能无法完全代表早期退变阶段 | 阐明椎间盘退变的细胞机制，为精准治疗提供靶点 | 人类椎间盘的纤维环和髓核组织 | 单细胞组学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 纤维环：19,978和26,983个细胞；髓核：20,884和24,489个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-12-03 |
ScRNA-seq of gastric cancer tissues reveals differences in the immune microenvironment of primary tumors and metastases
2024-05, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03012-5
PMID:38555278
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胃癌组织，揭示了原发肿瘤与转移灶之间免疫微环境的差异 | 首次在单细胞分辨率上系统比较了胃癌原发灶与转移灶的免疫微环境差异，并发现ApoE表达巨噬细胞与不良预后的关联 | 样本量相对有限（46例组织），且未进行长期临床随访验证功能机制 | 探究胃癌原发肿瘤与转移灶之间免疫微环境的差异及其对疾病进展的影响 | 胃癌患者的原发肿瘤组织、癌旁非肿瘤组织及转移灶组织 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 46例胃癌组织（包括原发灶、癌旁组织和转移灶） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-12-03 |
ZEB1 controls a lineage-specific transcriptional program essential for melanoma cell state transitions
2024-05, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03010-7
PMID:38519642
|
研究论文 | 本研究通过全基因组分析揭示了转录因子ZEB1在黑色素瘤细胞状态转换中的关键调控作用 | 首次在全基因组层面鉴定ZEB1在黑色素瘤中的转录靶点，并设计了黑色素瘤特异的ZEB1调控网络，结合单细胞空间多组学分析验证其在肿瘤异质性中的作用 | 研究主要基于黑色素瘤模型，在乳腺癌细胞中的比较分析显示谱系特异性，可能限制了结论在其他癌症类型的普适性 | 阐明黑色素瘤细胞可塑性和肿瘤异质性的转录调控机制 | 黑色素瘤细胞模型和人类黑色素瘤样本 | 计算生物学 | 黑色素瘤 | ChIP测序，RNA测序，单细胞RNA测序，空间多组学分析 | NA | 基因组测序数据，转录组数据，单细胞数据 | 未明确具体样本数量，包括黑色素瘤模型和人类黑色素瘤样本 | NA | ChIP-seq，RNA-seq，scRNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-12-03 |
LPCAT2 inhibits colorectal cancer progression via the PRMT1/SLC7A11 axis
2024-05, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-02996-4
PMID:38605214
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现LPCAT2+肿瘤细胞群恶性程度较低，并阐明LPCAT2通过PRMT1/SLC7A11轴诱导铁死亡抑制结直肠癌进展的分子机制 | 首次在结直肠癌中鉴定出LPCAT2+低恶性细胞群，并揭示LPCAT2通过调控PRMT1乙酰化抑制其核转位，进而下调SLC7A11表达诱导铁死亡的新通路 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床样本验证相对有限，且未深入探讨LPCAT2表达异质性的调控机制 | 探究LPCAT2在结直肠癌进展中的功能及分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 人类和小鼠结直肠癌组织、结直肠癌细胞系、LPCAT2基因敲除小鼠 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类和小鼠结直肠癌组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-11-26 |
Multimodal cortical neuronal cell type classification
2024-05, Pflugers Archiv : European journal of physiology
DOI:10.1007/s00424-024-02923-2
PMID:38376567
|
综述 | 本文综述了大脑皮层神经元细胞类型分类方法的历史演变和当前基于单细胞转录组学的分类进展 | 整合了形态学、电生理和转录组学多模态特征，提出了皮层神经元的新型分类框架 | 承认转录组学定义的细胞类型是否对应真实功能类型仍需未来验证 | 建立可靠的大脑皮层神经元细胞类型分类系统 | 大脑皮层兴奋性和抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-11-14 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集 | 通过引入代表正常组织的背景数据集，增强目标数据集中有趣模式的识别，同时减少共享主导模式的影响 | 方法主要针对空间转录组数据，在其他数据类型上的适用性尚未验证 | 开发能够更好识别空间转录组数据中生物学相关特征的方法 | 小鼠癌前肺组织样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-11-08 |
Multi-model analysis of gallbladder cancer reveals the role of OxLDL-absorbing neutrophils in promoting liver invasion
2024-May-31, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00521-7
PMID:38822440
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研究论文 | 通过多模型分析揭示胆囊癌中吸收氧化低密度脂蛋白的中性粒细胞在促进肝脏侵袭中的作用 | 发现通过细胞间接触诱导的OLR1介导的oxLDL吸收中性粒细胞亚群在胆囊癌肝侵袭中的促瘤作用 | NA | 研究胆囊癌肝侵袭的肿瘤微环境特征及中性粒细胞的作用机制 | 胆囊癌患者样本 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,蛋白质组学,多重免疫组化 | 多模型分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据,组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-31 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable genes from spatial transcriptomic data
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.06.592851
PMID:38765956
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研究论文 | 开发了一个名为scBSP的快速准确工具，用于从空间转录组数据中识别空间可变基因 | 实现了稀疏矩阵运算，显著提高了计算效率和内存使用，能在10秒内处理包含19,950个基因和181,367个点的高清空间转录组数据 | NA | 开发高效识别空间可变基因的计算工具 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 稀疏矩阵运算 | 空间转录组数据 | 19,950个基因，181,367个点，可达数百万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-15 |
FlyBase: updates to the Drosophila genes and genomes database
2024-05-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyad211
PMID:38301657
|
研究论文 | 介绍果蝇数据库FlyBase的最新开发进展和功能更新 | 新增单细胞RNA测序数据、改进功能信息展示、更新直系同源分析流程、新增化学报告功能以及加强科普资源 | NA | 维护和更新果蝇基因组数据库资源 | 黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)基因和基因组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、功能注释数据、化学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-08 |
Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic
2024-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.04.592534
PMID:38765980
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研究论文 | 开发了一种名为seismic的新框架，用于整合单细胞RNA测序与全基因组关联研究，以揭示复杂性状与细胞类型之间的关联 | 提出了一种新的特异性评分来表征细胞类型，能够系统、可扩展且可解释地识别疾病-细胞类型关联 | NA | 揭示复杂性状和疾病的细胞类型特异性生物学过程 | 28种复杂性状和超过1,000种不同粒度级别的细胞类型表征 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究 | seismic框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-10-05 |
Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics
2024-05-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adh2602
PMID:38781372
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研究论文 | 通过单细胞基因组学技术揭示自闭症谱系障碍中细胞类型特异的分子级联反应和特征 | 首次结合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学技术，系统揭示自闭症中细胞类型特异性基因调控网络的失调 | 研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映活体状态下的分子变化 | 探索自闭症谱系障碍的分子机制和遗传易感性 | 自闭症患者死后脑组织 | 单细胞基因组学 | 自闭症谱系障碍 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-05 |
Optimizing cryopreservation of nasal polyp tissue for cellular functional studies and single-cell RNA sequencing
2024-May, International forum of allergy & rhinology
IF:7.2Q1
DOI:10.1002/alr.23275
PMID:37742089
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研究论文 | 比较不同冷冻保存方法对鼻息肉组织细胞功能和单细胞RNA测序的影响 | 首次系统评估鼻息肉组织不同冷冻保存方法对特定细胞类型功能和单细胞测序的影响 | 仅针对鼻息肉组织，研究结果可能不适用于其他组织类型 | 优化鼻息肉组织的冷冻保存方法以支持细胞功能研究和单细胞RNA测序 | 鼻息肉组织样本 | 单细胞测序 | 鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-05 |
Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592310
PMID:38746317
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研究论文 | 开发了T细胞注释工具TCAT，用于在单细胞水平量化T细胞的基因表达程序 | 提出了TCAT分析框架，能够同时量化预定义的基因表达程序，揭示了46个可重复的T细胞功能程序 | NA | 改进T细胞特征分析框架，解决传统分类与单细胞数据连续状态不匹配的问题 | T细胞亚群、激活状态和功能 | 单细胞分析 | COVID-19, 癌症 | 单细胞RNA测序 | TCAT分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 170万个T细胞，来自700名个体的38种组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-10-05 |
Small nucleolar RNA host gene 18 controls vascular smooth muscle cell contractile phenotype and neointimal hyperplasia
2024-05-29, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae055
PMID:38498586
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研究论文 | 本研究揭示了长链非编码RNA SNHG18通过调控miR-22-3p生物合成来维持血管平滑肌细胞收缩表型并抑制损伤诱导的新内膜增生 | 首次发现SNHG18在血管疾病中的功能作用，揭示了其通过竞争性结合ADAR2促进miR-22-3p生成的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本验证相对有限 | 探索SNHG18在血管平滑肌细胞表型调控和血管损伤修复中的作用机制 | 血管平滑肌细胞、小鼠损伤血管模型、人类动脉样本 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、基因功能增益/缺失研究 | NA | 基因表达数据、测序数据 | 小鼠和人类动脉样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |