单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-12	Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions 2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.03.592310 PMID:38746317	研究论文	开发并验证了T-CellAnnoTator（TCAT）流程，用于单细胞水平上量化T细胞的基因表达程序，揭示其亚群、激活状态和功能	提出了TCAT分析框架，能够同时量化预定义的基因表达程序，克服传统离散分类限制，发现46个可重复的T细胞功能程序	NA	改进T细胞特征描述方法，建立可重复的单细胞注释流程	T细胞及其基因表达程序	生物信息学	传染病（Covid-19）和癌症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	来自700名个体、38种组织的1,700,000个T细胞，涵盖五种疾病背景
2	2025-09-11	Small nucleolar RNA host gene 18 controls vascular smooth muscle cell contractile phenotype and neointimal hyperplasia 2024-05-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae055 PMID:38498586	研究论文	本研究揭示长链非编码RNA SNHG18通过调控miR-22-3p维持血管平滑肌细胞收缩表型并抑制损伤诱导的新内膜增生	首次发现SNHG18在血管疾病中的功能作用，并阐明其通过竞争性结合ADAR2调控miR-22生物合成的新机制	NA	探索SNHG18在血管平滑肌细胞表型调控和血管损伤修复中的作用	小鼠和人类血管平滑肌细胞及动脉组织	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能获得/缺失实验	NA	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠和人类动脉样本（具体数量未明确说明）
3	2025-09-11	Interleukin-1 receptor accessory protein blockade limits the development of atherosclerosis and reduces plaque inflammation 2024-05-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae046 PMID:38563353	研究论文	研究使用新型抗IL1RAP阻断抗体探究其在动脉粥样硬化中的作用，发现阻断IL1RAP可减小斑块大小并减轻炎症	首次使用非消耗性IL1RAP阻断抗体，并揭示其通过抑制趋化因子产生减少斑块炎症和负担的机制	研究基于小鼠模型，人类应用需进一步验证；样本量未明确说明	探究IL1RAP在动脉粥样硬化发展中的作用及治疗潜力	载脂蛋白E缺陷小鼠（Apoe-/-）和人类动脉粥样硬化斑块样本	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、组织学分析、体外细胞实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据、组织图像数据	NA（具体数量未在摘要中说明）
4	2025-09-11	Cardiac and perivascular myofibroblasts, matrifibrocytes, and immune fibrocytes in hypertension; commonalities and differences with other cardiovascular diseases 2024-05-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae044 PMID:38395029	综述	本文讨论了高血压中心脏和血管周围成纤维细胞亚群（包括肌成纤维细胞、基质纤维细胞和免疫纤维细胞）的更新定义、调控机制及其在心血管病理生理中的作用	强调了基质纤维细胞和免疫纤维细胞在心血管纤维化中的新作用，并整合了谱系追踪和单细胞RNA测序研究的新知识	分子机制导致成纤维细胞活化的具体途径仍大部分未知，且适应性与适应不良性纤维化的转化条件需进一步明确	探讨高血压及相关心血管疾病中成纤维细胞亚群的分类、调控机制及病理作用	心脏和血管周围的成纤维细胞亚群（肌成纤维细胞、基质纤维细胞、免疫纤维细胞）	心血管病理学	心血管疾病	谱系追踪，单细胞RNA测序	NA	NA	NA
5	2025-08-30	Methods to Enable Spatial Transcriptomics of Bone Tissues 2024-May-03, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66850 PMID:38767376	研究论文	本文提出了一种处理骨组织样本以生成高质量空间转录组数据的方法	开发了针对硬骨组织的特殊处理方法，解决了传统方法在RNA保存和组织形态学维持上的难题，并扩展了该方法至石蜡包埋样本	NA	实现骨组织的空间转录组分析	骨组织样本，包括新鲜样本和石蜡包埋样本	空间转录组学	骨肉瘤	空间转录组学	NA	转录组数据，组织形态学数据	骨肉瘤原发肿瘤和肺转移样本（具体数量未明确说明）
6	2025-08-30	Integrating single-cell and spatial analysis reveals MUC1-mediated cellular crosstalk in mucinous colorectal adenocarcinoma 2024-05, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1701 PMID:38778448	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间分析技术，揭示了黏液性结直肠腺癌中MUC1介导的细胞间相互作用机制	首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学系统解析MCA肿瘤微环境，发现MUC1+恶性细胞与ZEB1+内皮细胞的关键互作	研究样本量有限，需进一步扩大队列验证发现	深入理解黏液性结直肠腺癌的细胞水平转录动态，以开发特异性治疗策略	黏液性结直肠腺癌患者的肿瘤微环境中的基质细胞和免疫细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 3D生物打印, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 空间数据	队列数据（具体数量未明确说明）
7	2025-08-30	Melanocyte stem cells in the skin: Origin, biological characteristics, homeostatic maintenance and therapeutic potential 2024-05, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1720 PMID:38778457	综述	本文全面概述了皮肤黑色素细胞干细胞（MSCs）的起源、生物学特性、稳态维持及治疗潜力	重点突出了单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9技术和实用模型在MSCs研究中的最新进展与应用价值	NA	探讨MSCs在皮肤色素性疾病和再生医学中的临床应用潜力	哺乳动物毛囊、表皮或汗腺中的黑色素细胞干细胞	再生医学	皮肤色素性疾病（如白发、白癜风、黑色素瘤）	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9	NA	NA	NA
8	2025-08-30	Landscape of gut mucosal immune cells showed gap of follicular or memory B cells into plasma cells in immunological non-responders 2024-05, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1699 PMID:38783408	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HIV感染者肠道黏膜免疫细胞，揭示了免疫无应答者中滤泡或记忆B细胞向浆细胞分化的缺陷	首次在单细胞水平描绘HIV感染者肠道黏膜免疫细胞图谱，并发现免疫无应答者中IGKC+IgA+浆细胞亚群减少及B细胞分化障碍	样本量较小（仅17例参与者），且仅为观察性研究无法确定因果关系	探究HIV感染者抗逆转录病毒治疗后肠道黏膜免疫细胞在免疫恢复中的作用	HIV阴性对照者、免疫应答者及免疫无应答者的肠道黏膜免疫细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序、免疫组化、16S rRNA基因测序、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、微生物组数据、流式细胞数据	5名HIV阴性对照、9名免疫应答者、3名免疫无应答者（共54,475个免疫细胞）
9	2025-08-03	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	research paper	该研究通过单细胞分析比较了人类外周动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了它们在重塑潜力上的差异	首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成及转录程序，发现了静脉中成纤维细胞的独特功能特性	样本量相对有限（30名器官捐赠者），且仅研究了上臂动脉和静脉	探究动脉和静脉在疾病发生和损伤反应中差异的生物学原因	人类外周动脉（肱动脉）和静脉（贵要静脉/头静脉）	单细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学图像	30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉样本
10	2025-07-25	Macrophages in cardiovascular diseases: molecular mechanisms and therapeutic targets 2024-05-31, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01840-1 PMID:38816371	综述	本文系统总结了巨噬细胞在心血管疾病调控机制中的多样表型和功能可塑性，以及单细胞测序技术带来的新视角	利用单细胞测序技术揭示了巨噬细胞的异质性、细胞间相互作用及治疗靶点的下游机制，为心血管疾病的治疗提供了新的视角	未具体提及样本量或实验设计的详细限制	探讨巨噬细胞在心血管疾病中的分子机制及治疗靶点	巨噬细胞在心血管疾病（如冠心病、瓣膜病、心肌炎、心肌病、心力衰竭、动脉粥样硬化和动脉瘤）中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
11	2025-07-25	Targeting BCL9/BCL9L enhances antigen presentation by promoting conventional type 1 dendritic cell (cDC1) activation and tumor infiltration 2024-05-29, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01838-9 PMID:38811552	研究论文	本研究探讨了靶向BCL9/BCL9L如何通过促进常规1型树突状细胞（cDC1）的激活和肿瘤浸润来增强抗原呈递	揭示了靶向BCL9/BCL9L通过XCL1-XCR1轴和NF-κB/IRF1信号通路增强cDC1激活和抗原呈递的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索BCL9/BCL9L在肿瘤抗原呈递中的作用及其对免疫治疗的潜在影响	常规1型树突状细胞（cDC1）、BCL9/BCL9L蛋白、CD8 T细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞转录组分析、基因敲除小鼠模型	Bcl9/Bcl9l敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠和野生型小鼠进行对比
12	2025-07-23	Integrated Single-cell Multiomic Analysis of HIV Latency Reversal Reveals Novel Regulators of Viral Reactivation 2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae003 PMID:38902848	研究论文	通过整合单细胞多组学分析，研究HIV潜伏期逆转的新调控因子	首次采用整合的单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序方法，同时分析约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞的转录组和表观基因组特征	样本仅限于使用三种不同的潜伏逆转剂处理的CD4+ T细胞，可能无法涵盖所有HIV潜伏调控机制	理解HIV潜伏机制并识别新的病毒再激活调控因子	潜伏感染HIV的原代CD4+ T细胞	生物信息学	HIV感染	scRNA-seq, scATAC-seq	机器学习模型	单细胞转录组和表观基因组数据	约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞
13	2025-07-23	Young glial progenitor cells competitively replace aged and diseased human glia in the adult chimeric mouse brain 2024-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01798-5 PMID:37460676	研究论文	研究健康胶质细胞在成年前脑中是否能竞争性替代病变的人类胶质细胞	首次证明年轻健康的胶质祖细胞可以竞争性替代成年小鼠脑中的衰老和病变胶质细胞，并揭示了YAP1/MYC/E2F定义的竞争优势表型	研究仅在嵌合小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索健康胶质细胞替代病变胶质细胞的潜力及其机制	人类胶质祖细胞和亨廷顿病模型小鼠	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序	嵌合小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用人类胚胎干细胞衍生的胶质祖细胞和亨廷顿病模型小鼠
14	2025-07-22	Discovery and characterization of dietary antigens in oral tolerance 2024-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.26.593976 PMID:38853977	研究论文	该研究发现了玉米、小麦和大豆中引发免疫耐受的T细胞受体及其对应表位，并揭示了这些特异性T细胞的免疫抑制特性	首次鉴定了玉米、小麦和大豆中引发免疫耐受的T细胞受体及其对应表位，揭示了这些表位来源于种子储存蛋白，并展示了这些特异性T细胞的免疫抑制特性	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探索食物抗原如何通过调节性T细胞在肠道中引发免疫耐受	玉米、小麦和大豆中的T细胞表位及其特异性T细胞	免疫学	食物过敏	表达克隆、MHC四聚体技术、RNA测序	NA	分子生物学数据、RNA测序数据	小鼠模型中的T细胞
15	2025-07-22	Batf3+ DCs and the 4-1BB/4-1BBL axis are required at the effector phase in the tumor microenvironment for PD-1/PD-L1 blockade efficacy 2024-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114141 PMID:38656869	研究论文	本文揭示了Batf3谱系树突状细胞（DCs）及其4-1BB/4-1BBL轴在肿瘤微环境（TME）中对PD-1/PD-L1阻断疗效的关键作用	首次明确了Batf3谱系DCs在TME中通过4-1BBL提供正向共刺激信号，促进CD8 T细胞功能恢复和肿瘤消退的机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类肿瘤样本，需要更大规模的临床验证	阐明PD-1/PD-L1阻断治疗中TME内T细胞再激活的细胞信号来源	Batf3谱系树突状细胞、CD8 T细胞和4-1BB/4-1BBL轴	肿瘤免疫学	癌症	流式细胞术、基因靶向小鼠、阻断抗体研究、免疫荧光和空间转录组学	NA	流式细胞数据、基因表达数据、空间转录组数据和免疫荧光图像	基因靶向小鼠模型和人类肿瘤样本（具体数量未明确说明）
16	2025-07-22	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	设计了一个基于Nextflow DSL2的管道STQ，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像，针对患者来源的异种移植(PDX)癌症样本进行了优化	开发了一个能够同时处理空间转录组数据和H&E图像的管道，支持双参考基因组输入和独立图像分析	仅在四个黑色素瘤PDX样本上展示了管道的实用性，样本量较小	优化患者来源的异种移植(PDX)癌症样本的空间转录组和H&E图像数据处理	患者来源的异种移植(PDX)癌症样本	数字病理学	黑色素瘤	10x Genomics Visium空间转录组测序, H&E染色	Nextflow DSL2	空间转录组数据, H&E图像	四个黑色素瘤PDX样本
17	2025-07-22	Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594197 PMID:38798565	研究论文	该研究开发了一个名为DeCAF的单样本分类器，用于分类临床上的限制性和允许性癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型，并在多种肿瘤类型中验证其临床相关性	将单细胞RNA测序衍生的CAF亚群特异性标记基因转化为批量RNA测序数据，开发了DeCAF分类器，并在多种肿瘤类型中验证其临床适用性	研究仅验证了四种肿瘤类型(胰腺导管腺癌、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌)，其他肿瘤类型的适用性尚不明确	开发一个能够分类癌症相关成纤维细胞亚型的工具，并验证其临床相关性	癌症相关成纤维细胞(CAF)亚群	生物信息学	胰腺癌,间皮瘤,膀胱癌,肾细胞癌	单细胞RNA测序(scRNAseq),批量RNA测序(bulk RNAseq)	单样本分类器(DeCAF)	RNA测序数据	19个独立的批量转录组数据集(涵盖四种肿瘤类型)
18	2025-07-22	Genetic and transcriptomic landscape of colonic diverticulosis 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331267 PMID:38443061	研究论文	本研究通过遗传和转录组学分析，探讨结肠憩室病的遗传和细胞决定因素及其与其他胃肠道疾病的关系	首次通过整合DNA和RNA测序数据，结合单细胞RNA-seq和全基因组关联研究，揭示了结肠憩室病的遗传和转录组学特征	样本量相对有限（404例），且仅针对结肠组织进行分析	揭示结肠憩室病的遗传和细胞机制及其与其他胃肠道疾病的关联	404例结肠憩室病患者（172例）和对照者（232例）的结肠组织	遗传学与转录组学	结肠憩室病	DNA测序、RNA测序、单细胞RNA-seq、全基因组关联研究（GWAS）、孟德尔随机化（MR）	多基因风险评分（PRS）	基因组和转录组数据	404例（172例患者和232例对照）
19	2025-07-22	A Mettl16/m6A/mybl2b/Igf2bp1 axis ensures cell cycle progression of embryonic hematopoietic stem and progenitor cells 2024-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00082-9 PMID:38605226	research paper	本研究揭示了METTL16介导的RNA m6A修饰在胚胎造血干细胞和祖细胞（HSPCs）细胞周期进程中的关键作用	首次发现METTL16通过m6A修饰调控mybl2b mRNA稳定性，进而影响HSPCs的G1/S期进程，并证明该轴在人类中保守	研究主要基于斑马鱼模型，人类细胞中的验证数据有限	阐明METTL16介导的RNA m6A修饰在胚胎发育早期HSPCs细胞周期调控中的作用机制	斑马鱼和人类的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	斑马鱼基因敲除模型	RNA测序数据	NA
20	2025-07-21	Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis 2024-May-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48484-x PMID:38734693	研究论文	本研究探讨了SPI1基因表达水平对阿尔茨海默病（AD）相关表型的影响，通过在小鼠模型中调节SPI1表达并分析其生化、组织学和转录组学效应	首次系统研究了SPI1基因表达水平（敲低和过表达）对AD病理特征的影响，并揭示了其通过免疫反应途径和补体系统等机制发挥作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究调节SPI1表达水平对AD发病机制的影响	SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	靶向转录组学、单细胞转录组学	小鼠模型	生化数据、组织学数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量（使用转基因小鼠模型）