单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-15	COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors 2024-05-20, Thorax IF:9.0Q1 DOI:10.1136/thorax-2022-219958 PMID:38286613	research paper	本研究探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）基底细胞在环境应激下的分泌型与多纤毛细胞失衡现象及其对疾病进展的影响	首次揭示了COPD-IV期基底细胞的独特基因表达模式及其对支气管上皮细胞组成和环境纳米颗粒抵抗力的影响	样本量较小（COPD-IV n=4，COPD-II n=3，健康对照n=4），且仅针对特定纳米颗粒（氧化锌）进行研究	阐明COPD患者支气管上皮细胞对环境纳米颗粒的抵抗机制	原发性人支气管上皮细胞（pHBECs）	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺病（COPD）	单细胞转录组分析、功能测定、蛋白质分析	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	COPD-IV期4例，COPD-II期3例，健康对照4例
2	2025-07-12	Unleashed monocytic engagement in Sézary syndrome during the combination of anti-CCR4 antibody with type I interferon 2024-05-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023010043 PMID:38489234	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和高通量T细胞受体测序，揭示了Sézary综合征（SS）中恶性CD4+ T细胞的免疫学转变及其与单细胞功能失调的关系	发现I型干扰素与抗CCR4抗体联合使用可激活单细胞吞噬作用并清除Sézary细胞，为SS治疗提供了新的靶向联合疗法	研究主要基于体外实验和小规模患者数据，需要更大规模的临床试验验证	探索Sézary综合征的发病机制及优化治疗方案	恶性CD4+ T细胞和功能失调的单细胞	免疫学	Sézary综合征	单细胞转录组分析, 高通量T细胞受体测序	NA	转录组数据, 临床数据	未明确说明患者数量
3	2025-07-11	Single-cell RNA sequencing reveals aberrant sphingolipid metabolism in non-small cell lung cancer impacts tumor-associated macrophages and stimulates angiogenesis via macrophage inhibitory factor signaling 2024-05, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15283 PMID:38587042	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，揭示了非小细胞肺癌中鞘脂代谢异常如何影响肿瘤相关巨噬细胞并通过巨噬细胞抑制因子信号刺激血管生成	首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，全面分析肿瘤微环境中鞘脂代谢的作用，并识别出关键的MIF-CD74配体-受体对	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探究鞘脂代谢在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的作用及其对巨噬细胞极化和血管生成的影响	非小细胞肺癌组织及肿瘤微环境中的巨噬细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	多个公开scRNA-seq数据集（具体数量未说明）
4	2025-07-11	Immune cell-related prognostic risk model and tumor immune environment modulation in esophageal carcinoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2024-05, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15301 PMID:38587029	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序技术，探讨了食管癌中免疫细胞的作用及其对肿瘤微环境的影响，并构建了一个基于免疫细胞的预后风险模型	首次在单细胞水平上构建食管癌的独立预后模型，并深入分析了免疫浸润和免疫检查点表达的差异	当前生物标志物不足以完全捕捉肿瘤免疫微环境的复杂性和多样性	探索食管癌中免疫细胞的组成、功能及其对患者预后的影响	食管癌患者的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	预后风险模型	RNA测序数据	NA
5	2025-07-04	Targeting ARNT attenuates chemoresistance through destabilizing p38α-MAPK signaling in glioblastoma 2024-05-28, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06735-1 PMID:38806469	研究论文	本研究探讨了芳烃受体核转位子（ARNT）在胶质母细胞瘤（GBM）发病机制中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	揭示了ARNT通过激活p38 MAPK信号通路促进GBM化疗耐药的新机制，并发现通过干扰ARNT/p38α蛋白相互作用可恢复替莫唑胺敏感性	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏体内实验验证	探究ARNT在GBM发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤组织和细胞系	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	慢病毒shRNA沉默、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	公共数据集中的GBM组织样本和体外培养的GBM细胞系
6	2025-07-02	Integrating spatial and single-cell transcriptomics reveals tumor heterogeneity and intercellular networks in colorectal cancer 2024-05-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06598-6 PMID:38729966	研究论文	通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，揭示了结直肠癌肿瘤微环境中的肿瘤异质性和细胞间网络	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次在结直肠癌中揭示了肿瘤异质性和细胞间相互作用的空间特征	研究样本量较小（仅3对肿瘤-正常-血液样本），且空间转录组数据分辨率有限	探究结直肠癌肿瘤微环境中的细胞异质性和细胞间相互作用	结直肠癌患者的肿瘤组织、正常组织和血液样本	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	3对结直肠癌患者的肿瘤-正常-血液样本（共41,700个细胞)
7	2025-07-02	Modeling acute myocardial infarction and cardiac fibrosis using human induced pluripotent stem cell-derived multi-cellular heart organoids 2024-05-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06703-9 PMID:38693114	研究论文	本研究利用人类诱导多能干细胞生成多细胞心脏类器官，模拟急性心肌梗死和心脏纤维化	使用多细胞心脏类器官（HOs）模拟成人心脏疾病，包括心肌梗死和心脏纤维化，克服了单细胞模型无法复现复杂心脏疾病的局限	类器官模型可能无法完全复现体内心脏的所有生理和病理特征	开发临床相关的心脏疾病体外模型，用于疾病研究和药物筛选	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）生成的多细胞心脏类器官	干细胞与再生医学	心血管疾病	免疫组化、流式细胞术、q-PCR、单细胞RNA测序	心脏类器官模型	细胞和分子数据	NA
8	2025-06-24	N-MYC impairs innate immune signaling in high-grade serous ovarian carcinoma 2024-05-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj5428 PMID:38748789	研究论文	本文研究了N-MYC在高级别浆液性卵巢癌(HGSC)中对先天免疫信号的抑制作用	发现N-MYC通过抑制STING寡聚化和MAVS聚集定位，抑制HGSC中的I型干扰素信号通路	研究主要基于细胞系和单细胞RNA测序，需要更多体内实验验证	探究N-MYC在HGSC免疫抑制中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌细胞系和临床样本	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用HGSC细胞系和临床样本
9	2025-06-18	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.595971 PMID:38853821	研究论文	本研究探讨了先驱因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制内皮细胞（EC）谱系定向的机制	揭示了ETV2通过招募REST抑制非EC谱系基因的创新机制	研究主要基于体外诱导多能干细胞模型，可能不完全反映体内情况	阐明ETV2驱动内皮细胞谱系定向的分子机制	人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	发育生物学	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因组学数据	NA
10	2025-06-18	Identification of epigenetic silencing of the SFRP2 gene in colorectal cancer as a clinical biomarker and molecular significance 2024-05-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05329-x PMID:38802858	研究论文	本研究探讨了SFRP2基因在结直肠癌中的甲基化状态及其作为临床生物标志物的潜力	首次在大型生物样本队列中验证SFRP2甲基化水平与结直肠癌临床分期的关系，并发现其在血液中的预测价值	样本量相对有限，需要更大规模研究验证	探究SFRP2甲基化水平在结直肠癌诊断和治疗中的意义	结直肠癌患者和健康参与者的血液、脂肪和结肠组织样本	分子病理学	结直肠癌	qPCR、450K DNA阵列、DNA焦磷酸测序	NA	基因表达和甲基化数据	健康参与者110人(男48/女62)，结直肠癌患者85人(男61/女24)
11	2025-06-18	A new integrative analysis of histopathology and single cell RNA-seq reveals the CCL5 mediated T and NK cell interaction with vascular cells in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2024-05-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05304-6 PMID:38797830	研究论文	通过组织病理学和单细胞RNA测序的综合分析，揭示了特发性肺动脉高压中CCL5介导的T细胞和NK细胞与血管细胞的相互作用	结合WGCNA、差异表达分析、PPI和功能富集分析，以及血流动力学相关的组织病理学评分，识别了IPAH中与炎症相关的枢纽基因，并通过单细胞RNA测序数据进一步验证了这些基因的表达细胞类型及其细胞间相互作用	研究中使用的单细胞RNA测序数据可能受到样本量和数据质量的限制	探索特发性肺动脉高压（IPAH）中炎症和免疫失调的机制	IPAH患者的肺组织样本和单细胞RNA测序数据	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、差异表达分析、PPI分析	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	IPAH患者和对照组的肺组织样本，以及单细胞RNA测序数据
12	2025-06-17	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a myeloid cell-related regulon predicting neoadjuvant immunotherapy response across cancers 2024-05-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05123-9 PMID:38773508	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了与髓系细胞相关的调节子在预测跨癌症新辅助免疫治疗反应中的作用	发现了一个与免疫检查点抑制剂(ICI)反应相关的PPARG调节子，并构建了髓系细胞图谱	研究样本量有限，主要集中在肺癌、结直肠癌和乳腺癌	探索免疫治疗反应的潜在机制并预测ICI反应	肺癌、结直肠癌和乳腺癌患者	生物信息学	肺癌、结直肠癌、乳腺癌	scRNA-seq、pySCENIC、Symphony参考映射	NA	RNA测序数据	1例治疗前和1例治疗后达到病理完全缓解的肺腺癌患者，以及多个公共数据集（包括TCGA泛癌队列和5个ICI转录组队列）
13	2025-06-13	Loss of function of male-specific lethal 3 (Msl3) does not affect spermatogenesis in rodents 2024-05, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.669 PMID:37847071	research paper	研究探讨了雄性特异性致死蛋白3（Msl3）在啮齿动物精子发生中的作用	首次在啮齿动物中研究了Msl3在减数分裂进入中的作用，并发现其功能丧失不影响精子发生	研究仅针对啮齿动物，未涉及其他哺乳动物或灵长类	探究Msl3在哺乳动物减数分裂进入中的作用	小鼠精子发生过程	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、条件性敲除小鼠模型	条件性敲除小鼠模型	RNA-seq数据	NA
14	2025-06-12	CACIMAR: cross-species analysis of cell identities, markers, regulations, and interactions using single-cell RNA sequencing data 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae283 PMID:38856169	研究论文	介绍了一个名为CACIMAR的工具，用于跨物种分析单细胞RNA测序数据，以识别细胞身份、标记物、调控和相互作用	开发了CACIMAR工具，能够通过加权和模型计算保守特征，测量细胞类型、调控网络和细胞间相互作用的保守性	未提及具体局限性	揭示跨物种的保守基因调控和细胞分子机制	小鼠、斑马鱼和小鸡的视网膜再生单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	加权和模型	单细胞RNA测序数据	公开可用的小鼠、斑马鱼和小鸡的scRNA-seq数据
15	2025-06-11	Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling 2024-05, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10695-6 PMID:38418738	研究论文	研究通过单细胞测序分析比较发育中和成熟牙髓中牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）的基因表达，揭示了FN1-ITGA5信号在牙髓发育血管化中的关键作用	揭示了FN1-ITGA5信号介导的DPSCs与ECs之间的细胞间通讯对牙髓发育血管化的重要性	研究主要基于体外和小鼠实验，临床转化仍需进一步验证	探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制，为牙髓再生治疗提供新思路	牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）	牙科医学	牙髓疾病	单细胞测序分析、免疫组化、Western blot、RT-PCR、细胞增殖实验、划痕实验、管形成实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，涉及发育中和成熟牙髓的DPSCs和ECs
16	2025-06-05	MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection 2024-05-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004899 PMID:38238904	研究论文	本研究探讨了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中促炎性同种异体移植物浸润巨噬细胞（AIMs）免疫代谢重编程中的作用	首次揭示了MEK1/2-PKM2通路在调节AIMs免疫代谢表型中的关键作用，并提出了其作为心脏移植治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	阐明心脏移植排斥反应中巨噬细胞免疫代谢调控的分子机制	同种异体移植物浸润巨噬细胞（AIMs）	免疫代谢	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、基因敲除	小鼠心脏移植模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（基于小鼠实验）
17	2025-06-04	6-Formylindolo[3,2-b]carbazole, a potent ligand for the aryl hydrocarbon receptor, attenuates concanavalin-induced hepatitis by limiting T-cell activation and infiltration of proinflammatory CD11b+ Kupffer cells 2024-05-29, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae018 PMID:38366630	研究论文	本研究探讨了FICZ通过激活芳烃受体在自身免疫性肝炎模型中的抗炎作用及其机制	首次揭示了FICZ通过调控CD3+ T细胞活化和CD11b+ Kupffer细胞浸润减轻肝炎的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人体中验证	探究FICZ通过芳烃受体途径对自身免疫性肝炎的保护作用	小鼠自身免疫性肝炎模型	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
18	2025-06-03	TCL1A-expressing B cells are critical for tertiary lymphoid structure formation and the prognosis of oral squamous cell carcinoma 2024-05-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05292-7 PMID:38764038	research paper	该研究探讨了TCL1A表达B细胞在口腔鳞状细胞癌(OSCC)三级淋巴结构形成及预后中的作用	揭示了TCL1A通过调控B细胞的增殖和trogocytosis促进三级淋巴结构形成，从而改善OSCC预后的新机制	样本量相对有限，且机制研究主要在细胞系中进行	阐明B细胞在OSCC免疫治疗中的作用机制	口腔鳞状细胞癌患者组织和B淋巴细胞	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、慢病毒转导	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据	13例OSCC组织+8例癌旁组织(单细胞测序)，146例临床样本(组织芯片)，359例TCGA样本
19	2025-06-03	Single-cell approaches define two groups of mammalian oligodendrocyte precursor cells and their evolution over developmental time 2024-05-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.03.002 PMID:38579710	研究论文	利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和单细胞空间转录组学技术，研究小鼠皮质少突胶质前体细胞在出生后的发育过程中的特征	识别出两种转录和表观遗传不同的PDGFRα OPCs群体，并揭示了它们在发育和成年期的功能差异	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探究哺乳动物少突胶质前体细胞在发育过程中的异质性和功能差异	小鼠皮质少突胶质前体细胞(OPCs)	单细胞组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 单细胞空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	NA
20	2025-06-02	Multifactoral immune modulation potentiates durable remission in multiple models of aggressive malignancy 2024-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302675R PMID:38738472	研究论文	研究报道了一种独特的免疫调节和细胞抑制剂组合，能够重塑肿瘤微环境并消除多种复杂和/或预后不良的肿瘤类型	提出了一种针对多种肿瘤模型的多因素免疫调节策略，显示出持久的抗肿瘤效果	研究结果主要基于动物模型，尚未在临床试验中得到验证	探索多因素免疫调节策略在治疗多种恶性肿瘤中的效果	非免疫原性4T-1三阴性乳腺癌模型、侵袭性MOC-2头颈鳞癌模型和高风险MYCN扩增神经母细胞瘤模型	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌、头颈鳞癌、神经母细胞瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多种肿瘤模型动物