单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-22	Barcoding Notch signaling in the developing brain 2024-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.10.593533 PMID:38766256	研究论文	本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构	SABER-seq是一种新型平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动	传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性	开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入	斑马鱼大脑中的Notch信号	NA	NA	CRISPR-Cas, 单细胞转录组学	NA	基因组数据	斑马鱼大脑中的细胞
2	2024-12-21	The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing† 2024-May-09, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae032 PMID:38386960	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在子宫内膜异位症和子宫腺肌症研究中的应用，探讨了这两种疾病的细胞成分和分子特征	利用单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞起源和免疫微环境特征	对子宫腺肌症免疫特征的理解仍需进一步探索	探讨子宫内膜异位症和子宫腺肌症的发病机制及细胞水平的治疗靶点	子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞成分和分子特征	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
3	2024-12-21	Edge-relational window-attentional graph neural network for gene expression prediction in spatial transcriptomics analysis 2024-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108449 PMID:38626512	研究论文	提出了一种基于边缘关系窗口注意力图神经网络的虚拟空间转录组学方法，用于从标准组织图像中预测基因表达	创新性地构建了异构图来建模局部窗口交互，并结合注意力机制进行全局信息分析，无需先验基因表达数据	未提及具体的局限性	开发一种成本效益高的虚拟空间转录组学方法，用于基因表达预测，无需昂贵的专用设备	空间转录组学中的基因表达预测	数字病理学	乳腺癌	图神经网络	图卷积网络 (GCN)	图像	两个公开的乳腺癌数据集
4	2024-12-20	PPPCT: Privacy-Preserving framework for Parallel Clustering Transcriptomics data 2024-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108351 PMID:38520921	研究论文	本文提出了一种隐私保护的并行聚类转录组数据框架，用于处理单细胞RNA测序数据	该方法通过使用Intel SGX处理器确保敏感代码和数据的安全性，并采用对数变换、非负矩阵分解和并行k-means聚类等技术，在保证隐私的同时提高了聚类质量和计算效率	NA	解决单细胞转录组数据聚类中的隐私保护问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、非负矩阵分解、并行k-means聚类	并行计算框架	转录组数据	5000个基因和6000个细胞的单细胞RNA测序数据集
5	2024-12-18	Single cell RNA analysis uncovers the cell differentiation and functionalization for air breathing of frog lung 2024-05-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06369-1 PMID:38816547	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了陆生蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了蛙肺发育过程中13种细胞类型的分化轨迹和功能化机制，并整合了其他两栖动物和陆生哺乳动物的数据，揭示了四足动物肺进化的保守性和差异性	研究仅限于一种陆生蛙，可能无法完全代表所有两栖动物的肺发育过程	揭示蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制，并探讨四足动物肺进化的细胞类型演变	陆生蛙（Microhyla fissipes）的肺发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	一种陆生蛙的肺组织样本
6	2024-12-18	SpatialPrompt: spatially aware scalable and accurate tool for spot deconvolution and domain identification in spatial transcriptomics 2024-05-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06349-5 PMID:38796505	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialPrompt的空间感知可扩展工具，用于空间转录组学中的点反卷积和域识别	SpatialPrompt整合了基因表达、空间位置和单细胞RNA测序数据作为参考，使用非负岭回归和图神经网络高效捕捉局部微环境信息	NA	开发一种高效且准确的空间转录组学点反卷积和域识别工具	空间转录组学中的点反卷积和域识别	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络	基因表达数据	在50,000个点的鼠海马数据集上进行测试
7	2024-12-18	Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain 2024-05-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06315-1 PMID:38773256	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了Mchenga conophorus慈鲷鱼端脑的空间转录图谱，并将其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物的端脑进行比较	揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞类型之间的显著转录相似性，并支持了硬骨鱼端脑部分外翻的假设	NA	研究脊椎动物前脑的组织和进化	Mchenga conophorus慈鲷鱼的端脑及其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物端脑的比较	数字病理学	NA	空间转录组学和单核RNA测序	NA	转录组数据	Mchenga conophorus慈鲷鱼及其他脊椎动物的端脑样本
8	2024-12-18	Midkine promotes renal fibrosis by stabilizing C/EBPβ to facilitate endothelial-mesenchymal transition 2024-05-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06154-0 PMID:38714800	研究论文	研究探讨了Midkine通过稳定C/EBPβ促进内皮细胞向间充质细胞转化的机制，从而促进肾纤维化	首次揭示了Midkine在TGF-β诱导的内皮细胞向间充质细胞转化过程中的作用，并阐明了其通过稳定C/EBPβ促进这一过程的分子机制	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏对临床样本的直接验证	探讨Midkine在肾纤维化中的作用及其分子机制	内皮细胞、间充质细胞、肾纤维化	NA	肾病	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
9	2024-12-17	PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes 2024-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01887-5 PMID:37524958	研究论文	PhyloVelo通过使用单调表达基因（MEGs）增强转录组速度场映射	引入PhyloVelo框架，利用单调表达基因（MEGs）估计转录组动力学的速度，并通过整合单细胞RNA测序数据与谱系信息重建转录组速度场	NA	提高在疾病条件下准确追踪细胞命运转变的能力	单细胞RNA测序数据和谱系信息	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	七个谱系追踪的单细胞RNA测序数据集
10	2024-12-16	Charting the cellular landscape of pulmonary arterial hypertension through single-cell omics 2024-May-03, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02823-0 PMID:38702687	综述	本文综述了单细胞组学技术，特别是单细胞RNA测序（scRNAseq），如何增强我们对肺动脉高压（PAH）的理解	scRNAseq提供了更精细的视角，详细描述了PAH中的细胞多样性，识别了独特的细胞亚群、基因网络和驱动疾病的分子通路	本文主要讨论了现有研究的结果，未涉及具体的实验数据或方法	探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用及其对疾病理解的影响	肺动脉高压（PAH）的细胞病理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	涉及人类、大鼠和小鼠模型
11	2024-12-16	CXCR6-positive circulating mucosal-associated invariant T cells can identify patients with non-small cell lung cancer responding to anti-PD-1 immunotherapy 2024-May-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03046-3 PMID:38698468	研究论文	研究探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的免疫特征及其与抗PD-1免疫治疗疗效的相关性	首次揭示了CXCR6阳性CD8+MAIT细胞在预测NSCLC患者对PD-1免疫治疗反应中的潜在作用	研究样本量较小，需要进一步验证结果的普适性	探讨MAIT细胞在NSCLC中的免疫特征及其与免疫检查点抑制剂治疗疗效的相关性	非小细胞肺癌患者及其对PD-1免疫治疗的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、免疫荧光数据	转移性非小细胞肺癌患者的血液和肺组织样本
12	2024-12-16	Molecular mechanisms reconstruction from single-cell multi-omics data with HuMMuS 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae143 PMID:38460192	研究论文	本文介绍了一种名为HuMMuS的新方法，用于从单细胞多组学数据中推断调控机制	HuMMuS能够捕捉生物大分子之间的合作，并可以轻松包含额外的分子调控层，这是与现有技术的主要区别	NA	开发一种新方法来推断单细胞多组学数据中的调控机制	单细胞多组学数据中的调控机制	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	多组学数据	小鼠大脑皮层的snmC-seq、scATAC-seq和scRNA-seq数据
13	2024-12-14	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	本文设计了一个基于Nextflow DSL2的管道，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的苏木精和伊红（H&E）染色全切片图像（WSI），优化用于患者来源的异种移植（PDX）癌症样本	本文提出了一个创新的管道，能够同时处理空间转录组数据和H&E图像，并进行物种去卷积和转录本映射	NA	开发一个能够同时处理空间转录组数据和H&E图像的管道，以分析患者来源的异种移植癌症样本	10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	图像和文本	4个黑色素瘤PDX样本
14	2024-12-13	Targeting pathogenic fibroblast-like synoviocyte subsets in rheumatoid arthritis 2024-May-23, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03343-4 PMID:38783357	研究论文	本文讨论了类风湿性关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群的特征及其潜在的治疗策略	通过单细胞RNA测序等高通量技术，识别出类风湿性关节炎中特定的致病性成纤维样滑膜细胞亚群，并探讨了针对这些亚群的新治疗策略	目前尚未有针对成纤维样滑膜细胞的特异性疗法应用于类风湿性关节炎的临床管理	探讨类风湿性关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群的特征及其潜在的治疗策略	类风湿性关节炎中的成纤维样滑膜细胞亚群	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15	2024-12-13	scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592708 PMID:38766089	研究论文	本文介绍了一个名为scDAPP的单细胞转录组学分析管道，旨在优化跨组比较分析	scDAPP是一个基于R的工作流程，自动化了许多预处理步骤，使用经过基准测试的软件，并生成全面的中间数据和最终结果，适用于单细胞或核转录组数据的比较分析	NA	开发一个自动化和标准化的数据处理和分析管道，以应对单细胞转录组学数据复杂实验设计的需求	单细胞或核转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
16	2024-12-13	Efficient and accurate detection of viral sequences at single-cell resolution reveals putative novel viruses perturbing host gene expression 2024-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.11.571168 PMID:38168363	研究论文	本文介绍了一种在单细胞分辨率下高效准确检测病毒序列的方法，并应用于猕猴外周血单核细胞数据中，揭示了可能的新病毒及其对宿主基因表达的影响	本文提出了一种基于高度保守氨基酸域的病毒序列检测方法，能够在单细胞转录组数据中快速准确地检测病毒序列，覆盖多达10种病毒	本文的方法依赖于高度保守的氨基酸域，可能无法检测到所有类型的病毒	开发一种能够在单细胞分辨率下高效准确检测病毒序列的方法，并研究病毒与宿主基因表达的关系	猕猴外周血单核细胞中的病毒序列及其对宿主基因表达的影响	生物信息学	NA	高通量测序	NA	转录组数据	猕猴外周血单核细胞
17	2024-12-13	SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025 PMID:38504518	研究论文	研究探讨了SOCS3通过调节微胶质细胞和巨噬细胞中SPP1表达来调控病理性视网膜血管生成的机制	首次揭示了SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的关键作用	NA	探讨SOCS3在病理性视网膜血管生成中的作用机制	微胶质细胞、巨噬细胞和视网膜血管生成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用血管生成小鼠模型进行研究
18	2024-12-12	A human neural crest model reveals the developmental impact of neuroblastoma-associated chromosomal aberrations 2024-May-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47945-7 PMID:38702304	研究论文	本文利用女性人类胚胎干细胞分化和单细胞转录组及表观组分析，研究了染色体17q/1q增益对神经母细胞瘤（NB）起源细胞的影响	首次展示了染色体拷贝数变异（CNA）如何通过影响神经嵴细胞及其交感肾上腺衍生物的特异性，促进神经母细胞瘤的发生，并揭示了MYCN过表达与CNA共同作用的机制	研究主要集中在体外模型，尚未在体内验证这些发现	探讨染色体拷贝数变异（CNA）在胚胎性肿瘤发生中的作用机制	女性人类胚胎干细胞分化后的神经嵴细胞及其交感肾上腺衍生物	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞转录组和表观组分析	NA	单细胞转录组和表观组数据	女性人类胚胎干细胞分化后的多个单细胞样本
19	2024-12-06	Learning Consistency and Specificity of Cells From Single-Cell Multi-Omic Data 2024-05, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3370868 PMID:38709615	研究论文	提出了一种基于自表示学习的多组学数据整合聚类算法sLMIC，用于整合单细胞表观基因组和转录组数据，提取细胞的一致性和特异性特征	提出了sLMIC算法，通过构建多层网络去除组学数据的异质性，并利用低秩和互斥约束分离细胞的自表示特征，明确表征组学数据的一致性和多样性	未提及	解决单细胞多组学数据整合分析中的异质性、复杂耦合和可解释性问题	单细胞表观基因组和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞DNA甲基化测序、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	自表示学习模型	多组学数据	13个来自不同生物体和组织的多组学单细胞数据集
20	2024-12-02	The prognostic genes model of breast cancer drug resistance based on single-cell sequencing analysis and transcriptome analysis 2024-May-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01372-6 PMID:38795164	研究论文	本文通过转录组数据分析和单细胞测序，识别并验证了与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建了一个基于这些基因的预后模型	本文创新性地结合了转录组分析和单细胞测序数据，识别出与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建了一个新的预后模型	本文的局限性在于仅在细胞系中验证了部分基因，未来需要在更多临床样本中进一步验证	研究目的是识别与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建一个预测乳腺癌预后的模型	研究对象是乳腺癌及其药物抗性相关的预后基因	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	转录组数据	细胞系和乳腺癌样本