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当前共找到 491 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-12-14 |
q-Diffusion leverages the full dimensionality of gene coexpression in single-cell transcriptomics
2024-04-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06104-w
PMID:38565955
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为q-diffusion的框架，用于捕捉单细胞转录组数据中基因共表达的完整维度 | q-diffusion框架在捕捉基因共表达结构方面优于现有的分析工具，能够提供更丰富的细胞生物学理解 | NA | 探索单细胞RNA测序数据的完整维度，以更深入地理解细胞生物学 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达结构 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及CALGB/SWOG 80405临床试验、体外PBMC数据集和人类皮质组织的空间单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 162 | 2024-12-13 |
Single-Cell Analysis Reveals a Subset of High IL-12p40-Secreting Dendritic Cells within Mouse Bone Marrow-Derived Macrophages Differentiated with M-CSF
2024-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300431
PMID:38416039
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研究论文 | 本研究揭示了在小鼠骨髓来源的巨噬细胞中，通过M-CSF分化后存在一小部分高IL-12p40分泌的树突状细胞 | 首次发现M-CSF分化的小鼠骨髓来源巨噬细胞中存在高表达IL-12p40的树突状细胞亚群，并通过单细胞RNA测序证实了这一亚群的存在 | 研究仅限于小鼠模型，且主要在体外培养条件下进行，可能无法完全反映体内情况 | 探讨小鼠骨髓来源巨噬细胞中IL-12p40高表达的树突状细胞亚群的存在及其生物学意义 | 小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的树突状细胞亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2024-12-12 |
The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq
2024-Apr-30, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05788-5
PMID:38689234
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研究论文 | 研究了数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响 | 比较了16种数据转换方法对单细胞聚类分析和批次整合分析的影响，并探讨了数据转换对深度特征编码分析的影响 | 数据转换方法的性能在不同数据集之间差异较大，每个数据集的最优方法不同 | 研究数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器模型、原型网络 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-12-12 |
NKX2-2 based nuclei sorting on frozen human archival pancreas enables the enrichment of islet endocrine populations for single-nucleus RNA sequencing
2024-Apr-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10335-w
PMID:38689254
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研究论文 | 本文开发了一种基于NKX2-2抗体的单核RNA测序方法，用于从冷冻存档的人胰腺组织中富集胰岛内分泌细胞群体 | 创新性地使用NKX2-2抗体进行荧光激活的核排序，以富集胰腺内分泌细胞的核，并首次在冷冻存档的胰腺组织中进行单核RNA测序 | 研究仅限于胰腺内分泌细胞群体，未涵盖其他细胞类型 | 开发一种新的方法，利用冷冻存档的胰腺组织进行单核RNA测序，以富集胰岛内分泌细胞群体 | 人胰腺组织中的胰岛内分泌细胞 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 从冷冻存档的人胰腺组织中提取的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-12-12 |
Comparative analysis of 10X Chromium vs. BD Rhapsody whole transcriptome single-cell sequencing technologies in complex human tissues
2024-Apr-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28358
PMID:38689972
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研究论文 | 本文比较了10X Chromium和BD Rhapsody两种单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的应用 | 首次直接比较了两种商业化的高通量单细胞RNA测序技术在前列腺癌样本中的应用，揭示了平台间的差异 | 研究仅限于局部前列腺癌样本，未涵盖其他类型的癌症或组织 | 比较不同单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的表现，为选择合适的测序平台提供依据 | 局部前列腺癌患者的样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自接受根治性前列腺切除术的局部前列腺癌患者的配对样本 | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-12-10 |
Joint Bayesian estimation of cell dependence and gene associations in spatially resolved transcriptomic data
2024-04-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-60002-z
PMID:38664448
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研究论文 | 本文提出了一种联合贝叶斯方法，用于同时估计空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性 | 本文的创新点在于提出了一种联合贝叶斯方法，能够同时估计基因和空间细胞的相关性，从而保留基因表达的依赖结构 | 本文的局限性在于仅通过模拟和真实数据集进行了方法的验证，未探讨其在其他类型数据上的适用性 | 本文的研究目的是开发一种新的方法，用于分析空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性 | 本文的研究对象是空间转录组数据中的基因表达和细胞空间位置 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | 多个真实空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-12-10 |
Glioblastoma-instructed microglia transition to heterogeneous phenotypic states with phagocytic and dendritic cell-like features in patient tumors and patient-derived orthotopic xenografts
2024-04-02, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01321-8
PMID:38566128
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研究论文 | 研究了胶质母细胞瘤（GBM）患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中，GBM诱导的微胶质细胞向具有吞噬和树突状细胞样特征的异质表型状态的转变 | 首次系统地描述了GBM患者肿瘤和PDOX中肿瘤微环境（TME）的单细胞和空间水平特征，揭示了GBM细胞与宿主细胞之间的相互作用及其在TME中的异质性 | 研究主要集中在GBM患者肿瘤和PDOX中的TME，未涉及其他类型的肿瘤或更广泛的免疫细胞群体 | 深入了解GBM生态系统及其在临床前模型中的再现，以提高临床试验的准确性和成功率 | GBM患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中的肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多色流式细胞术、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 不同肿瘤表型的GBM PDOX和患者肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-12-09 |
Shaoxia: a web-based interactive analysis platform for single cell RNA sequencing data
2024-Apr-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10322-1
PMID:38658838
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研究论文 | 本文介绍了一个名为Shaoxia的基于网络的单细胞RNA测序数据交互分析平台 | Shaoxia平台通过高性能计算能力和用户友好的界面，使不具备编程专业知识的实验室研究人员也能进行单细胞RNA测序数据分析 | NA | 开发一个易于使用的软件，涵盖单细胞RNA测序数据分析的所有方面 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-12-09 |
Library size confounds biology in spatial transcriptomics data
2024-04-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03241-7
PMID:38637899
|
研究论文 | 本文探讨了空间转录组学数据中库大小对生物学解释的影响 | 首次揭示了库大小与组织结构之间的关联，并指出使用单细胞RNA测序的归一化方法会对空间域识别产生负面影响 | 仅限于空间转录组学数据，未涵盖其他类型的分子数据 | 研究空间转录组学数据中的库大小效应及其对分析的影响 | 空间转录组学数据及其分析方法 | 单细胞测序 | NA | RNA-seq | NA | 空间转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-12-09 |
The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.04.588111
PMID:38617255
|
研究论文 | 本文详细研究了Seurat和Scanpy在单细胞RNA测序分析中的算法和方法差异 | 发现了Seurat和Scanpy在输出结果上存在显著差异，这种差异相当于在基准测试中减少5%的读取量或分析20%的细胞群体 | 本文未提及具体的解决方案或改进措施 | 探讨不同软件包和版本对单细胞RNA测序分析结果的影响 | Seurat和Scanpy软件包及其不同版本 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-12-09 |
Distribution-Agnostic Deep Learning Enables Accurate Single-Cell Data Recovery and Transcriptional Regulation Interpretation
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307280
PMID:38380499
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Bis的分布无关深度学习模型，用于准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控 | Bis模型采用最优传输自动编码器，能够捕捉单细胞RNA测序数据的复杂分布，并通过正则化细胞嵌入空间来处理数据稀疏性问题 | NA | 开发一种能够准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控的深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-12-02 |
Fibroblast expression of neurotransmitter receptor HTR2A associates with inflammation in rheumatoid arthritis joint
2024-Apr-25, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-024-01352-w
PMID:38662111
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研究论文 | 研究神经递质受体HTR2A在类风湿性关节炎（RA）中的表达及其与炎症的关系 | 首次探讨了HTR2A在RA中的表达及其与炎症的关系，并发现miRNAs在调节HTR2A表达中的作用 | 研究主要基于scRNA-seq数据和免疫组化验证，样本量有限，需要进一步的大规模验证 | 探讨神经递质受体HTR2A在RA中的表达及其与炎症的关系，寻找潜在的治疗策略 | 类风湿性关节炎（RA）和骨关节炎（OA）患者的滑膜组织和滑液中的细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、qPCR | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫组化图像 | RA和OA患者的滑膜组织样本，以及RA患者滑液中的外泌体样本 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-11-27 |
To be or not to be - Decoding the Trabecular Meshwork Cell Identity
2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.591346
PMID:38746421
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序比较人小梁网细胞培养与组织，探讨细胞身份和可翻译性 | 首次报道了通过单细胞RNA测序比较人小梁网细胞培养与组织的研究方法 | 研究结果从细胞培养到组织研究的翻译仍存在挑战 | 探讨小梁网细胞的身份及其在组织中的可翻译性 | 人小梁网细胞培养与组织 | NA | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 共14个初级人小梁网样本，包括4个青光眼患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-11-26 |
Sample multiplexing for retinal single-cell RNA-sequencing
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.23.589797
PMID:38712294
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重化方法 | 提出了使用胆固醇修饰寡核苷酸进行样本多重化的方法，以提高单细胞RNA测序分析的精度 | NA | 研究视网膜神经节细胞的细胞类型分布和转录组变异 | 小鼠视网膜神经节细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-11-26 |
Extracellular cancer‑associated fibroblasts: A novel subgroup in the cervical cancer microenvironment that exhibits tumor‑promoting roles and prognosis biomarker functions
2024-Apr, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2024.14300
PMID:38449793
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析宫颈癌微环境中CAF的异质性，并发现了一种新的亚群ecCAFs，具有促肿瘤作用和预后生物标志物功能 | 首次通过单细胞RNA测序将宫颈癌微环境中的CAF分为myCAFs和ecCAFs，并发现ecCAFs具有更强的促肿瘤作用 | 研究样本量较小，仅基于五个宫颈癌样本进行分析 | 评估宫颈癌微环境中CAF的异质性，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 宫颈癌微环境中的CAF及其在肿瘤进展中的作用 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五个宫颈癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-11-21 |
RNA splicing analysis deciphers developmental hierarchies and reveals therapeutic targets in adult glioma
2024-Apr-25, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173789
PMID:38662454
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研究论文 | 本文通过计算方法分析了成人胶质瘤中的RNA可变剪接（AS），揭示了与神经发育层次相关的预后AS特征，并探讨了其治疗潜力 | 本文首次揭示了AS特征与神经发育层次的关联，并验证了PTBP1作为AS特征的关键调控因子，为胶质瘤治疗提供了新的靶点 | 本文主要依赖于计算分析和体外模型验证，尚未在临床样本中进行全面验证 | 探讨成人胶质瘤中RNA可变剪接的调控机制及其在治疗中的潜在应用 | 成人胶质瘤中的RNA可变剪接及其调控因子 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及大量和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-11-21 |
Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular landscape of fetal cystic hygroma
2024-04-22, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01859-x
PMID:38650036
|
研究论文 | 本研究使用单细胞转录组测序技术揭示了胎儿囊性水囊瘤的细胞和分子景观 | 首次报道了胎儿囊性水囊瘤中单细胞的转录组变化，并揭示了淋巴内皮细胞在其中的富集以及VEGF信号通路的激活 | 本研究仅限于CH患者的淋巴组织，未涵盖其他可能的相关组织或细胞类型 | 探讨胎儿囊性水囊瘤的分子机制，特别是细胞亚群的转录组特征和VEGF信号通路的作用 | 胎儿囊性水囊瘤患者的淋巴组织 | 数字病理学 | 胎儿疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | CH患者和对照捐赠者的淋巴组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-11-21 |
Revealing Prdx4 as a potential diagnostic and therapeutic target for acute pancreatitis based on machine learning analysis
2024-04-19, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01854-2
PMID:38641608
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研究论文 | 本研究通过机器学习分析揭示了Prdx4作为急性胰腺炎的潜在诊断和治疗靶点 | 首次使用LASSO和SVM-RFE机器学习方法筛选出Prdx4作为急性胰腺炎的潜在生物标志物，并通过免疫组织化学和重组Prdx4治疗验证了其治疗潜力 | 研究样本量较小，且仅限于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 探索急性胰腺炎的关键基因，以实现有效的诊断和治疗 | 急性胰腺炎及其相关基因Prdx4 | 机器学习 | 急性胰腺炎 | LASSO, SVM-RFE, ssGSEA, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 1357个差异表达基因, 小鼠胰腺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-08-07 |
2024-Apr, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.534
PMID:38585235
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研究论文 | 本研究通过诱导实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型，探讨了视网膜小胶质细胞在疾病发展中的动态变化及其在调节免疫反应中的作用 | 首次在EAU模型中识别出一种新的炎症亚型视网膜小胶质细胞，并揭示了CD74和CCL5在调节其炎症表型中的作用 | NA | 探讨自身免疫性葡萄膜炎发病机制及寻找潜在治疗策略 | 视网膜免疫细胞及小胶质细胞的动态变化 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 在EAU小鼠模型中，对四个时间点的视网膜免疫细胞进行了单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-11-17 |
Osimertinib in combination with anti-angiogenesis therapy presents a promising option for osimertinib-resistant non-small cell lung cancer
2024-04-24, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-024-03389-w
PMID:38658988
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研究论文 | 本文探讨了奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者中的应用 | 提出了奥希替尼联合抗血管生成疗法作为奥希替尼耐药非小细胞肺癌的新治疗策略 | 研究为回顾性研究，且样本量有限 | 探讨奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药非小细胞肺癌患者中的疗效 | 奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 111例晚期非小细胞肺癌患者 | NA | NA | NA | NA |