单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 497 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics reveals a low extent of transcriptionally active hepatitis B virus integration in patients with HBsAg loss
2024-04-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330577
PMID:37968095
|
研究论文 | 本研究通过构建高分辨率的空间转录组，分析了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件的发生和相对分布 | 首次通过空间转录组学方法，研究了不同阶段慢性HBV感染患者中转录活性HBV整合事件的分布，特别是HBsAg丢失患者 | 研究样本量较小，仅包括18名患者，可能影响结果的普遍性 | 探索慢性HBV感染不同阶段，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件在肝脏组织中的分布 | 慢性HBV感染患者的肝脏组织 | 数字病理学 | 肝炎 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 18名慢性HBV感染患者的肝脏活检样本，包含13,059个组织点 |
| 142 | 2024-08-07 |
Establishment and Evaluation of Exosomes-Related Gene Risk Model in Hepatocellular Carcinoma
2024-Apr, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-023-10441-6
PMID:37405532
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研究论文 | 本研究通过分析肝细胞癌患者血液样本中外泌体mRNA表达水平，建立并评估了一个基于外泌体相关基因的风险预测模型，用于肝癌的诊断和预后评估 | 首次证实了与肝癌发生发展相关的六个基因存在于血液外泌体中，可用于肝癌患者的液体活检，避免了穿刺诊断的需要 | NA | 建立一个基于外泌体mRNA表达水平的风险预测模型，用于肝癌的诊断和预后评估 | 肝细胞癌患者血液样本中的外泌体mRNA表达水平 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 液体活检 | Lasso Cox分析 | mRNA数据 | 肝细胞癌患者和正常对照的mRNA数据来自TCGA和exoRBase 2.0数据库 |
| 143 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Pro-angiogenic Macrophage Profiles Reveal Novel Prognostic Biomarkers and Therapeutic Targets for Osteosarcoma
2024-Apr, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-023-10483-w
PMID:37603193
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了与骨肉瘤预后相关的促血管生成巨噬细胞亚型，并发现了新的预后生物标志物和治疗靶点 | 首次报道了促血管生成巨噬细胞在骨肉瘤预后中的作用，并开发了一个基于LASSO算法的预后模型 | NA | 探索骨肉瘤的预后生物标志物和治疗靶点 | 骨肉瘤患者的促血管生成巨噬细胞亚型及其相关基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | LASSO算法 | 基因表达数据 | NA |
| 144 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals RAC1 Involvement in Macrophages Efferocytosis in Diabetic Kidney Disease
2024-Apr, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-023-01942-y
PMID:38064011
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了RAC1在糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用中的作用 | 首次揭示了RAC1在糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用中的关键作用，并通过实验验证了RAC1的表达变化对巨噬细胞功能的影响 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证 | 探讨糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用相关的分子机制 | 糖尿病肾病中的巨噬细胞及其吞噬作用 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及多个数据集，包括GSE131882, GSE195460, GSE151302, GSE131685 |
| 145 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals characteristic transcription factors in polydactyly
2024-Apr, European review for medical and pharmacological sciences
DOI:10.26355/eurrev_202404_36050
PMID:38708480
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了多指畸形中的特征性转录因子 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析了多指畸形样本中的转录因子及其调控网络，揭示了HOX家族成员和GLI2转录因子在多指畸形过程中的作用 | 研究仅基于四个多指畸形样本的单细胞RNA测序数据，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在为多指畸形的潜在生物标志物和治疗靶点的识别提供指导 | 多指畸形样本中的纤维细胞和角质细胞的转录因子及其调控网络 | 数字病理学 | 多指畸形 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 四个多指畸形样本，共11,806个单细胞 |
| 146 | 2024-08-04 |
Bento: a toolkit for subcellular analysis of spatial transcriptomics data
2024-04-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03217-7
PMID:38566187
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研究论文 | Bento是一个用于亚细胞空间转录组数据分析的Python工具包 | Bento利用单分子信息实现亚细胞尺度的空间分析，填补了现有方法在多细胞尺度的局限 | 目前尚未提到Bento在极端实验条件或特定细胞类型下的表现 | 开发一个用于亚细胞尺度空间分析的工具包 | 分子坐标和分割边界的数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 空间转录组数据 | 演示了MERFISH、seqFISH+、分子地图绘制和Xenium数据集 |
| 147 | 2024-08-04 |
Spot-Based Global Registration for Subpixel Stitching of Single-Molecule Resolution Images for Tissue-Scale Spatial Transcriptomics
2024-04-30, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c05686
PMID:38621224
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研究论文 | 该文章提出了一种名为基于点的全球配准(SBGR)的新策略，用于高分辨率图像的对齐。 | 提出的SBGR方法通过关注识别的分子点而非原始图像，实现了超像素精度的图像拼接，并克服了现有图像拼接方法的局限。 | 该方法在背景信号异质性和分子标记信号微弱的情况下仍需提高适应性。 | 研究旨在开发一种新方法，以提高单分子分辨率图像在组织尺度空间转录组学中的拼接精度。 | 研究对象为组织尺度的单分子分辨率图像。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 图像 | NA |
| 148 | 2024-08-05 |
ScRNA-seq reveals novel immune-suppressive T cells and investigates CMV-TCR-T cells cytotoxicity against GBM
2024-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-008967
PMID:38688579
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了新的免疫抑制T细胞，并研究了CMV-TCR-T细胞对胶质母细胞瘤的细胞毒性 | 首次识别了在CMV感染下的胶质母细胞瘤中的新型免疫细胞亚群，特别是FXYD6+ T细胞作为免疫抑制T细胞 | CMV感染对GBM免疫微环境的具体影响机制尚不完全明确，工程化TCR-T细胞的长期效果尚需进一步研究 | 研究CMV感染对胶质母细胞瘤免疫微环境的影响以及CMV-TCR-T细胞的治疗潜力 | CMV感染的胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 涉及CMV感染的胶质母细胞瘤患者的多种样本 |
| 149 | 2024-08-04 |
Pten regulates endocytic trafficking of cell adhesion and Wnt signaling molecules to pattern the retina
2024-Apr-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114005
PMID:38551961
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研究论文 | 本研究展示了磷酸酶和张力同源物（Pten）如何通过调节细胞粘附分子和Wnt蛋白的囊泡运输来控制视网膜星爆细胞的间距 | 揭示了Pten在星爆细胞模式形成中的作用，以及与Down综合征细胞粘附分子Dscam的协同效应 | 对具体机制的深入探讨和长时间的观察尚待进一步研究 | 探讨Pten如何通过调节内吞运输模式来决定视网膜星爆细胞的排列 | 主要研究视网膜星爆细胞及其相关的细胞粘附和信号传导分子 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 分子标志物和囊泡蛋白组 | NA |
| 150 | 2024-08-05 |
Well-Paired-Seq2: High-Throughput and High-Sensitivity Strategy for Characterizing Low RNA-Content Cell/Nucleus Transcriptomes
2024-04-23, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c05785
PMID:38597061
|
研究论文 | 本文介绍了一种新型的高通量高灵敏度策略Well-Paired-Seq2，用于表征低RNA含量细胞/细胞核的转录组 | 该研究创新地利用尺寸排斥和准静态流体动力学实现高效细胞捕获，并显著提高了转录组的检测灵敏度 | 未提及具体的样本类型和数量限制 | 研究旨在解决低RNA含量细胞的转录组分析中的灵敏度和通量问题 | 研究对象为低RNA含量的单细胞及细胞核转录组 | 数字病理学 | 肾透明细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 无具体样本数量，提到的分析样本包括冷冻临床样本 |
| 151 | 2024-08-04 |
Multi-Omics Pan-Cancer Analysis of Procollagen N-Propeptidase Gene Family of ADAMTS as Novel Biomarkers to Associate with Prognosis, Tumor Immune Microenvironment, Signaling Pathways, and Drug Sensitivities
2024-Apr-12, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2904151
PMID:38682182
|
研究论文 | 本研究旨在进行ADAMTS的procollagen N-propeptidase亚组的全癌症分析 | 首次揭示了PNPSA成员在肿瘤免疫微环境和预后中的双重角色，及其在不同癌症中的潜在生物标志物和治疗靶点 | 本研究主要依赖于公开数据库，可能存在数据的不一致性和局限性 | 探讨PNPSA在全癌症中的表达、基因组变异及其与肿瘤进展的关系 | ADAMTS家族的procollagen N-propeptidase亚组的成员 | 数字病理学 | 肿瘤 | 多组学分析 | NA | 基因组数据 | 基于多个集成的开放数据库进行分析，样本数未特定说明 |
| 152 | 2024-08-04 |
CD301 and LSECtin glycan-binding receptors of innate immune cells serve as prognostic markers and potential predictors of immune response in breast cancer subtypes
2024-04-01, Glycobiology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/glycob/cwae003
PMID:38206856
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研究论文 | 这篇文章探讨了糖基化在乳腺癌不同亚型中的作用，并确认CD301和LSECtin作为预后标志物和免疫反应的潜在预测因子 | 本研究首次系统性地确定了改变的糖基化在乳腺癌中的相关性，并识别了特定的糖结合受体作为预后指标 | 研究仅基于特定的样本群体，可能无法广泛适用所有乳腺癌患者 | 研究旨在探索糖基化改变在乳腺癌中的预后作用 | 研究对象为一大批不同组织病理类型的侵袭性乳腺癌样本（n = 1859） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 重组C型糖结合受体 | 无 | 组织微数组 | 1859个侵袭性乳腺癌样本 |
| 153 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals periodontal ligament fibroblast heterogeneity with distinct IL-1β and RANKL expression in periodontitis
2024-Apr, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mocell.2024.100059
PMID:38554844
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研究论文 | 这项研究揭示了牙周韧带成纤维细胞在牙周炎中的异质性，并探讨了IL-1β和RANKL的不同表达。 | 首次揭示了牙周韧带成纤维细胞的异质性，并确定了与骨吸收相关的不同细胞亚群。 | 研究中仅使用了人类牙周炎患者的单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的样本或疾病模型。 | 研究牙周韧带成纤维细胞在牙周炎中的功能和异质性。 | 人类牙周炎患者的牙周韧带成纤维细胞亚群。 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 来自人类牙周炎患者的多个单细胞样本数据 |
| 154 | 2024-08-05 |
Revealing Genetic Dynamics: scRNA-seq Unravels Modifications in Human PDL Cells across In Vivo and In Vitro Environments
2024-Apr-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25094731
PMID:38731950
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析人类牙周韧带(PDL)细胞在体内和体外环境中的遗传变化 | 首次通过scRNA-seq揭示了PDL中不同细胞亚群的独特基因特征及其对培养条件的反应 | 未详细探讨不同捐献者之间的PDL细胞差异及其生物学影响 | 旨在填补对PDL病理生理学的理解空白 | 主要人类PDL样本，涉及7个捐献者 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组数据 | 7个主要人类PDL样本 |
| 155 | 2024-08-04 |
Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis
2024-04, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-024-01666-3
PMID:38589485
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研究论文 | 这篇文章探讨了植物与丛枝菌根真菌的共生相互作用，并揭示了在不同共生阶段植物根细胞的转录组特征。 | 创新点在于结合单细胞和空间转录组学的方法，以分析复杂的生物相互作用，提供了新的视角。 | 研究可能受到单细胞 RNA 测序技术局限性的影响，无法覆盖所有细胞类型的反应。 | 研究植物与丛枝菌根真菌的共生关系及其分子基础。 | 研究对象为白花苜蓿（Medicago truncatula）和不规则根霉（Rhizophagus irregularis）的转录组。 | 数字病理学 | NA | 单细胞和空间 RNA 测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多个植物根细胞类型的样本 |
| 156 | 2024-08-05 |
High-Throughput Host-Microbe Single-Cell RNA Sequencing Reveals Ferroptosis-Associated Heterogeneity during Acinetobacter baumannii Infection
2024-04-24, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202400538
PMID:38419141
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研究论文 | 该文章首次报告了一种高通量交叉物种双单细胞RNA测序技术，以同时捕获真核和细菌RNA | 创新点在于开发了一种高通量的scRandom-seq技术，能够高效捕获宿主与微生物之间的复杂相互作用 | 限制未具体说明，但涉及高通量技术可能存在样本处理和解析上的挑战 | 研究宿主与微生物之间的相互作用及其在感染中的复杂性 | 研究对象为Acinetobacter baumannii感染模型中的宿主细胞及其与微生物的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | THP-1来源的巨噬细胞和细菌细胞 |
| 157 | 2024-08-05 |
Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis
2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.05.569919
PMID:38106055
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研究论文 | 本研究探讨了肌营养不良症中缺少肌营养蛋白对骨骼肌发育的早期影响 | 首次揭示了肌营养蛋白缺失与细胞连接蛋白家族的显著失调有关 | 未提及特定的实验条件或样本的多样性 | 探讨肌营养蛋白缺失对骨骼肌发育的早期后果 | 人类多能干细胞的肌源性轨迹 | 数字病理学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞转录组谱分析 | NA | NA | NA |
| 158 | 2024-08-05 |
Uncovering the Cellular Microenvironment in Chronic Rhinosinusitis via Single-Cell RNA Sequencing: Application and Future Directions
2024-Apr, Clinical reviews in allergy & immunology
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s12016-024-08992-6
PMID:38687404
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review | 这篇文章回顾了慢性鼻窦炎中单细胞RNA测序的最新进展 | 该文章提供了对慢性鼻窦炎的新见解，探讨了分子生物标志物、信号通路和免疫微环境的关系 | 关于慢性鼻窦炎的异质性及其治疗的具体应用缺乏深入的实验数据 | 探讨慢性鼻窦炎的细胞微环境以及改进诊断和治疗的可能途径 | 慢性鼻窦炎患者的细胞组成、功能与相互作用 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 159 | 2024-08-04 |
Pianno: a probabilistic framework automating semantic annotation for spatial transcriptomics
2024-Apr-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47152-4
PMID:38565531
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研究论文 | 该论文介绍了一个名为Pianno的贝叶斯框架，用于自动化空间转录组的结构语义注释。 | Pianno能够基于标记基因自动进行生物身份注释，显著提高了空间语义注释的准确性。 | 研究中未提及Pianno在特定情况下的有效性或可能的局限性。 | 研究旨在优化空间转录组中生物标识注释的自动化过程。 | 研究的对象包括各种空间转录组数据生成的组织切片。 | 数字病理学 | NA | 贝叶斯框架 | NA | 空间转录组数据 | 多种空间转录组平台生成的数据 |
| 160 | 2024-08-05 |
Marmosets contain multitudes
2024-Apr-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97866
PMID:38661001
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研究论文 | 单细胞RNA测序揭示了眉猴在其兄弟姐妹之间携带遗传上不同细胞的程度 | 首次通过单细胞RNA测序展示了眉猴的遗传多样性 | 未提及具体的实验范围或样本来源 | 探讨眉猴细胞的遗传多样性 | 眉猴的细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |