单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 509 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-05 |
Exploring the current landscape of single-cell RNA sequencing applications in gastric cancer research
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18159
PMID:38494861
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综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序在胃癌研究中的应用现状 | 研究单细胞RNA测序在揭示肿瘤异质性及识别潜在治疗靶点方面的重要性 | 肿瘤异质性和技术限制仍然是该领域面临的主要障碍 | 探讨单细胞RNA测序对胃癌研究的意义及其优缺点 | 胃癌的细胞群体、稀有细胞及动态转录变化 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 122 | 2024-08-04 |
How Mycobacterium tuberculosis builds a home: Single-cell analysis reveals M. tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of anti-inflammatory macrophages in infected mouse lungs
2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.20.590421
PMID:38712150
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研究论文 | 本研究探讨了结核分枝杆菌在感染小鼠肺部中如何通过ESX-1介导招募抗炎性巨噬细胞 | 揭示了ESX-1在MNP异质性和反应中的关键作用，以及其在抗炎信号诱导中的重要性 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类系统存在差异 | 探讨结核分枝杆菌如何通过ESX-1影响巨噬细胞的招募和分化 | 小鼠肺部的单核吞噬细胞及小鼠骨髓来源的巨噬细胞 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了小鼠和小鼠骨髓来源的巨噬细胞 |
| 123 | 2024-08-05 |
Single-cell multi-ome regression models identify functional and disease-associated enhancers and enable chromatin potential analysis
2024-Apr, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01689-8
PMID:38514783
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研究论文 | 本文提出了一种基因水平的调控模型SCARlink，利用多组学测序数据预测单细胞基因表达并将增强子与目标基因连接起来 | SCARlink模型通过正则化的泊松回归联合建模所有调控效应，相比于传统方法具有更好的性能，尤其是在低覆盖数据集上 | 模型依赖于高覆盖多组学数据，对于特定情况下的解析能力可能存在不足 | 研究旨在开发精确预测单细胞基因表达的技术，并识别疾病相关的功能增强子 | 本研究的对象为单细胞水平的基因表达和增强子 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq和scATAC-seq联合测序 | 正则化泊松回归 | NA | 高覆盖和低覆盖的多组学数据集 |
| 124 | 2024-08-05 |
Systematic mapping of TF-mediated cell fate changes by a pooled induction coupled with scRNA-seq and multi-omics approaches
2024-04-25, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277926.123
PMID:38580401
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研究论文 | 本文介绍了一种新方法iTF-seq，用于识别可以诱导细胞命运改变的转录因子 | 创新点在于引入了iTF-seq方法，能够在单细胞水平上监测转录组变化并识别影响细胞命运的转录因子 | 对多个转录因子在可诱导方式下的命运转换潜力的理解仍然有限 | 探索转录因子介导的细胞命运变化机制 | 小鼠胚胎干细胞 | 数字病理学 | NA | 多组学方法 | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎干细胞 |
| 125 | 2024-08-07 |
Corrigendum: A statistical learning method for simultaneous copy number estimation and subclone clustering with single-cell sequencing data
2024-Apr-25, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279293.124
PMID:38664005
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 126 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveal distinct immune-infiltrating phenotypes and macrophage-tumor interaction axes among different lineages of pituitary neuroendocrine tumors
2024-04-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01325-4
PMID:38658971
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研究论文 | 本研究揭示了不同垂体神经内分泌肿瘤的免疫细胞浸润表型及巨噬细胞与肿瘤细胞的相互作用轴。 | 首次系统分析并分类了PitNET中的肿瘤免疫微环境亚型及其与肿瘤细胞的独特相互作用。 | 该研究未涉及PitNET以外的其他肿瘤类型，可能限制了结论的广泛适用性。 | 探讨不同类型PitNET中肿瘤及免疫细胞的多样性及其影响。 | 23例PitNET样本以及与之相关的细胞类型和免疫细胞。 | 数字病理学 | 垂体癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），大量RNA测序，空间转录组学，免疫组织化学，量热免疫荧光（QIF） | NA | RNA数据 | 23个PitNET样本和365个大量RNA测序样本 |
| 127 | 2024-08-04 |
NR2E3 loss disrupts photoreceptor cell maturation and fate in human organoid models of retinal development
2024-Apr-23, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173892
PMID:38652563
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研究论文 | 本文研究了NR2E3缺失对人类视网膜发育中的感光细胞成熟和命运的影响 | 提出了人类感光细胞发育的详细谱系，并定义了杆状视网膜特异性转录因子的作用 | 缺乏与小鼠模型的比较数据 | 研究NR2E3在光感受器细胞发育中的具体角色 | 使用携带视网膜疾病变异的类器官和同源及无关对照进行研究 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA序列数据 | 使用了数个视网膜类器官样本 |
| 128 | 2024-08-04 |
Single cell lineage tracing reveals clonal dynamics of anti-EGFR therapy resistance in triple negative breast cancer
2024-04-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01327-2
PMID:38605363
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研究论文 | 该研究揭示了三阴性乳腺癌中抗EGFR治疗抵抗的克隆动力学 | 首次使用单细胞转录组学和细胞条形码技术重构EGFR扩增的三阴性乳腺癌细胞的亚克隆动态 | 研究中未提及样本的多样性及其对结果的影响 | 探究EGFR扩增的三阴性乳腺癌细胞对阿法替尼治疗的反应差异及其机制 | EGFR扩增的三阴性乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞转录组学，细胞条形码 | 深度学习 | 基因表达数据 | 应用于阿法替尼治疗响应的少量细胞样本 |
| 129 | 2024-08-05 |
Human umbilical cord mesenchymal stem cells promote steroid-induced osteonecrosis of the femoral head repair by improving microvascular endothelial cell function
2024-04-29, Aging
DOI:10.18632/aging.205794
PMID:38696318
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研究论文 | 本研究探讨了人脐带间充质干细胞对类固醇诱导的股骨头坏死修复的作用及其机制 | 研究显示hUCMSCs通过调节FAK/PI3K/AKT信号通路，促进内皮细胞功能和血管生成 | 本研究的样本主要基于兔模型，临床转化尚需进一步验证 | 研究人脐带间充质干细胞在治疗类固醇诱导的股骨头坏死中的效果及机制 | 研究对象为类固醇诱导的股骨头坏死兔模型及Dexamethasone处理的骨微血管内皮细胞模型 | 数字病理学 | 股骨头坏死 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、组织学数据 | 兔模型和细胞模型 |
| 130 | 2024-08-04 |
Immune cell senescence and exhaustion promote the occurrence of liver metastasis in colorectal cancer by regulating epithelial-mesenchymal transition
2024-04-26, Aging
DOI:10.18632/aging.205778
PMID:38683136
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研究论文 | 本研究探讨了衰老和耗竭的免疫细胞如何通过调节上皮-间充质转化促进结直肠癌的肝转移。 | 该研究通过单细胞多组学分析揭示了衰老和耗竭的免疫细胞在结直肠癌肝转移中的分子机制，并构建了相关的调控网络。 | 该研究可能在样本量和研究范围上存在限制，尚需更大规模的验证。 | 研究衰老和耗竭免疫细胞在结直肠癌肝转移中的作用机制。 | 16名转移性结直肠癌患者的原发性结直肠癌及其对应的肝转移组织。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 16名转移性结直肠癌患者的样本 |
| 131 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of macrophage-related genes in prostate cancer by integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing
2024-04-24, Aging
DOI:10.18632/aging.205727
PMID:38663915
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研究论文 | 本文全面分析了前列腺癌中与巨噬细胞相关的基因及其在肿瘤微环境和免疫疗法中的作用 | 提出了一个基于巨噬细胞相关的8基因风险特征，并鉴定了其在多个外部前列腺癌队列中的有效性 | 当前研究对巨噬细胞在前列腺癌免疫疗法中的作用探讨较少 | 研究巨噬细胞相关基因在前列腺癌中的分子分层、预后及对免疫治疗反应的影响 | 前列腺癌中的巨噬细胞相关基因及其相互作用 | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA测序 | LASSO Cox回归模型 | 单细胞RNA测序和整体RNA测序数据 | 八个外部前列腺癌队列 |
| 132 | 2024-08-05 |
Biological significance of METTL5 in atherosclerosis: comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data
2024-04-24, Aging
DOI:10.18632/aging.205755
PMID:38663914
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研究论文 | 该研究分析了METTL5在动脉粥样硬化中的生物学意义，结合单细胞和大规模RNA测序数据。 | 首次深入探讨了METTL5在动脉粥样硬化中的作用，并通过不同的方法确定了其在该疾病中的潜在病理机制。 | 本研究仅限于分析公共数据库中的数据，缺乏实际病理验证和临床样本的直接支持。 | 探讨m6A甲基转移酶METTL5在动脉粥样硬化发病机制中的作用。 | 动脉粥样硬化样本及其相关的m6A甲基化基因。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, qRT-PCR | NA | RNA序列数据 | 使用了动脉粥样硬化样本以及与之对照的健康组织样本的数据 |
| 133 | 2024-08-04 |
An integrated single-cell RNA-seq map of human neuroblastoma tumors and preclinical models uncovers divergent mesenchymal-like gene expression programs
2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.13.536639
PMID:38712039
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研究论文 | 本文生成了神经母细胞瘤细胞系、患者来源的异种移植模型（PDX）和基因工程小鼠模型（GEMM）的单细胞RNA-seq图谱 | 提出了一种无监督机器学习方法，可以比较临床样本与前临床模型中的基因表达程序 | 关于肿瘤异质性与前临床模型之间关系的理解仍需进一步加强 | 研究神经母细胞瘤患者肿瘤异质性与前临床模型之间的关系 | 神经母细胞瘤细胞系、PDX模型和GEMM模型 | 数字病理学 | 小儿癌症 | 单细胞RNA-seq | 无监督机器学习 | 基因表达数据 | 多个神经母细胞瘤细胞系和来自高风险患者的样本 |
| 134 | 2024-08-05 |
Tertiary lymphoid structures associated with enhanced anti-tumor immunity and favorable prognosis in cervical squamous carcinoma
2024-04-17, Aging
DOI:10.18632/aging.205733
PMID:38709170
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研究论文 | 本研究探讨了三级淋巴结构与宫颈鳞状癌免疫和预后之间的关系 | 首次总结了三级淋巴结构在宫颈鳞状癌中的临床重要性，并显示其与更佳预后相关 | 目前尚无针对高级和复发性宫颈鳞状癌的有效治疗选择 | 研究三级淋巴结构对宫颈鳞状癌预后的影响及其与免疫相关性的分析 | 主要研究对象为宫颈鳞状癌患者的组织样本和免疫特征 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用大量转录组和单细胞RNA-seq数据集，另有独立的内部队列进行验证 |
| 135 | 2024-08-04 |
FERMT2 upregulation in CAFs enhances EMT of OSCC and M2 macrophage polarization
2024-04, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14610
PMID:37357349
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研究论文 | 该研究探讨了FERMT2在口腔鳞状细胞癌中的表达及其在肿瘤微环境中的作用 | FERMT2在肿瘤相关成纤维细胞中的上调可能独立预测口腔鳞状细胞癌患者不良的疾病特异性生存 | 该研究未涉及临床试验数据 | 了解FERMT2在口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境中的作用 | 主要研究对象为口腔鳞状细胞癌细胞系及正常口腔成纤维细胞 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用了人类口腔鳞状细胞癌细胞系SCC15和CAL27，以及初级正常口腔成纤维细胞和OCAFs |
| 136 | 2024-08-04 |
SOX18 meditates the resistance of Bmi1-expressing cells to cetuximab in HNSCC
2024-04, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14596
PMID:37184032
|
研究论文 | 本研究发现了Bmi1表达细胞在cetuximab治疗下的抗药性机制 | 首次揭示了SRY-box转录因子18(SOX18)在HNSCC中促进Bmi1表达细胞对cetuximab抗性的作用 | 研究中未提及相关临床试验或样本的数据 | 探讨SOX18在Bmi1阳性细胞中的调节机制并寻找更好的治疗靶点 | Bmi1表达细胞及其在HNSCC中的作用 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, 免疫组化, 免疫荧光, 西方印迹法 | NA | NA | 使用了Bmi1CreER, RosatdTomato, 和RosaDTA小鼠进行相关研究 |
| 137 | 2024-08-05 |
METTL3-mediated ALDH m6A methylation regulates the malignant behavior of BMI1+ HNSCC stem cells
2024-04, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14609
PMID:37249063
|
研究论文 | 本研究揭示了甲基转移酶样蛋白3（METTL3）对头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）癌症干细胞的影响及其机制 | 首次揭示METTL3通过SOX4调节BMI1+ HNSCC癌症干细胞的恶性行为和细胞分裂通路 | 本研究未详细探讨METTL3在其他癌症类型中的作用 | 研究METTL3对HNSCC癌症干细胞的影响及其机制 | BMI1+ HNSCC癌症干细胞 | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、MeRIP测序 | 小鼠模型 | 基因组数据 | 14名HNSCC患者的样本数据 |
| 138 | 2024-08-04 |
Single Cell Atlas: a single-cell multi-omics human cell encyclopedia
2024-04-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03246-2
PMID:38641842
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研究论文 | 构建了一个包含人类组织的单细胞多组学地图 | 首次整合五种单细胞组学、空间转录组学和两种体积组学的数据，形成全面的单细胞多组学图谱 | 未提及特定的局限性 | 旨在深入探索健康成人和胎儿组织中的异质细胞群体 | 涉及125个健康成人和胎儿组织的细胞样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 组学数据 | 125个健康成人和胎儿组织 |
| 139 | 2024-08-04 |
spVC for the detection and interpretation of spatial gene expression variation
2024-04-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03245-3
PMID:38641849
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研究论文 | 提出了一种基于广义泊松模型的统计方法spVC，用于检测和解释空间基因表达的变异性 | spVC集成了常量和空间变化的协变量效应，克服了现有方法的局限性 | 当前研究未提及样本多样性或样本大小的限制 | 旨在提高对空间基因表达变异性理解的深度和准确性 | 研究针对空间基因表达变异性 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | 广义泊松模型 | NA | NA |
| 140 | 2024-08-04 |
Powerful and accurate detection of temporal gene expression patterns from multi-sample multi-stage single-cell transcriptomics data with TDEseq
2024-04-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03237-3
PMID:38622747
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研究论文 | 本研究提出了一种名为TDEseq的非参数统计方法，旨在从单细胞转录组数据中检测时间基因表达模式 | TDEseq利用平滑样条基函数和分层结构线性加性混合模型，增强了对时间点相关性的处理能力 | NA | 提高在单细胞转录组研究中识别时间基因表达模式的准确性和能力 | 特定细胞类型中的时间表达模式 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 分层结构线性加性混合模型 | 转录组数据 | 分析了四个已发布的scRNA-seq数据集 |