本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
CYBB-Mediated Ferroptosis Associated with Immunosuppression in Mycobacterium leprae-Infected Monocyte-Derived Macrophages
2024-04, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.10.012
PMID:37925067
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示麻风分枝杆菌感染通过CYBB介导的铁死亡促进巨噬细胞M2极化,导致免疫逃逸的机制 | 首次发现CYBB介导的铁死亡在麻风分枝杆菌感染中促进巨噬细胞M2极化的新机制 | 研究样本量较小(4名健康个体),主要在体外实验验证 | 探究麻风分枝杆菌感染巨噬细胞后触发M2极化的分子机制 | 人单核细胞来源的巨噬细胞和麻风分枝杆菌 | 单细胞测序分析 | 麻风病 | 单细胞RNA测序, 多组学数据分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 多组学数据 | 4名健康个体的单核细胞来源巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
Direct programming of human pluripotent stem cells into endothelial progenitors with SOX17 and FGF2
2024-04-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.006
PMID:38518781
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现SOX17因子可将人多能干细胞直接编程为内皮祖细胞 | 首次发现SOX17过表达单独即可诱导内皮祖细胞分化,并与FGF2联合实现90%以上分化效率 | 未探讨SOX17调控下游靶基因的具体分子机制 | 探索转录因子在人多能干细胞向内皮祖细胞分化过程中的调控作用 | 人多能干细胞(hPSCs)和内皮祖细胞(EPs) | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas13d基因编辑 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
Adult Human, but Not Rodent, Spermatogonial Stem Cells Retain States with a Foetal-like Signature
2024-04-24, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13090742
PMID:38727278
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了人类与啮齿类动物精原干细胞在发育过程中的转录组差异 | 发现人类成年精原干细胞保留具有胎儿样特征的0B状态,而啮齿类动物则不会在成年期维持此状态 | 研究主要基于转录组数据分析,需要进一步的功能实验验证 | 比较不同物种精原干细胞的发育轨迹和转录状态 | 人类、绵羊、猪、水牛、猕猴、大鼠和小鼠的睾丸生殖细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 34个成年人类睾丸样本,28个胎儿和青春期前样本,以及多个其他物种样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2025-10-06 |
Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109397
PMID:38510120
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,首次绘制了人类视网膜类器官发育的单细胞时空转录组图谱 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,系统解析人类视网膜类器官发育的时空转录组特征,并揭示染色质可及性与转录因子结合模式的动态变化 | 研究基于体外培养的视网膜类器官模型,与真实人类视网膜发育过程可能存在时间出现和细胞丰度方面的差异 | 解析人类视网膜发育早期的分子机制 | 人多能干细胞来源的视网膜类器官 | 空间转录组学 | 视网膜发育疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 125 | 2025-10-06 |
Cell-type-specific mRNA transcription and degradation kinetics in zebrafish embryogenesis from metabolically labeled single-cell RNA-seq
2024-Apr-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47290-9
PMID:38600066
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和代谢标记技术,定量分析斑马鱼胚胎发育过程中不同细胞类型的mRNA转录和降解动力学 | 首次在具有多样细胞身份的胚胎中系统解析mRNA转录和降解对基因表达谱形成的相对贡献,开发了量化单个细胞类型中mRNA转录和降解速率的动力学模型 | 研究局限于斑马鱼胚胎发育早期阶段,尚未扩展到更多发育时期或其他生物系统 | 系统解析胚胎发育过程中mRNA转录和降解动力学对细胞特化的调控机制 | 斑马鱼胚胎发育过程中的不同细胞类型,特别是原始生殖细胞和包被层细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢标记 | 动力学模型 | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
Inhibition of ATR opposes glioblastoma invasion through disruption of cytoskeletal networks and integrin internalization via macropinocytosis
2024-04-05, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad210
PMID:37936324
|
研究论文 | 本研究揭示了抑制ATR激酶可通过破坏细胞骨架网络和整合素内存作用来抑制胶质母细胞瘤的侵袭 | 首次发现ATR在胶质母细胞瘤侵袭中的新作用机制,涉及细胞骨架调控和巨胞饮介导的整合素内存 | 研究主要基于临床前模型,尚未进行临床试验验证 | 探索ATR抑制对胶质母细胞瘤侵袭的抑制作用及其分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 延时显微镜、超高分辨率成像、活体成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | 两种原位胶质母细胞瘤模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
A single-cell atlas enables mapping of homeostatic cellular shifts in the adult human breast
2024-Apr, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01688-9
PMID:38548988
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了包含55名捐赠者的人类乳腺细胞图谱,揭示了乳腺组织稳态的细胞变化 | 首次系统性地绘制了成人乳腺单细胞图谱,发现BRCA1/2携带者的免疫细胞具有独特的基因表达特征 | 样本主要来自整形手术和风险降低乳房切除术患者,可能无法完全代表普通人群 | 构建人类乳腺细胞图谱并研究影响乳腺癌风险的细胞稳态变化 | 55名接受乳房缩小术或风险降低乳房切除术的捐赠者的乳腺组织 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫组织化学数据 | 55名捐赠者,超过800,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
Synovial fibroblast gene expression is associated with sensory nerve growth and pain in rheumatoid arthritis
2024-04-10, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adk3506
PMID:38598614
|
研究论文 | 本研究通过机器学习方法识别与类风湿关节炎疼痛相关的滑膜成纤维细胞基因表达模块,并验证其促进疼痛感觉神经生长的机制 | 开发了基于图的基因表达模块识别方法,首次发现滑膜衬里层成纤维细胞基因表达与疼痛感觉神经生长的直接关联 | 研究样本主要来自炎症程度较低的类风湿关节炎患者,结果在高度炎症情况下的适用性需进一步验证 | 探究类风湿关节炎疼痛机制与滑膜成纤维细胞基因表达的关系 | 类风湿关节炎患者的滑膜活检样本、滑膜成纤维细胞、背根神经节神经元 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序、机器学习、受体-配体相互作用分析 | GbGMI(基于图的基因表达模块识别) | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 两个独立队列的类风湿关节炎患者滑膜活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-06 |
Multimodal Analytical Tools to Enhance Mechanistic Understanding of Aortic Valve Calcification
2024-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2023.06.017
PMID:37517686
|
综述 | 本文综述了用于增强主动脉瓣钙化机制理解的多模态分析工具 | 整合转录组学、蛋白质组学和分子成像技术,构建研究钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)的整体方法,具有识别新调控通路的潜力 | NA | 推进钙化性主动脉瓣疾病和药物靶点研究 | 钙化性主动脉瓣疾病(CAVD) | 生物医学研究 | 心血管疾病 | 转录组学, 蛋白质组学, 分子成像, 正电子发射断层扫描/计算机断层扫描 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 影像数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis
2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.23.590827
PMID:38712255
|
研究论文 | 提出一种基于图神经网络的空间微环境连续变化分析方法ONTraC | 首次开发基于图神经网络的生态位轨迹构建方法,能够系统表征组织微环境的空间连续变化 | NA | 分析组织微环境的空间连续变化特征 | 组织微环境、胚胎发育过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络(GNN) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 131 | 2025-10-06 |
scRNA-seq analysis of cells comprising the amphioxus notochord
2024-04, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.003
PMID:38224933
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析文昌鱼脊索细胞的组成和功能特性 | 首次在单细胞水平揭示文昌鱼脊索细胞的基因表达特征,发现脊索特异性肌原纤维基因和不同类型Müller细胞的功能分化 | 未涉及其他脊索动物物种的比较分析,样本来源相对单一 | 解析脊索细胞的组成特性和功能分化 | 文昌鱼脊索细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, Iso-seq分析, 原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury
2024-04, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011
PMID:38286185
|
研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞在斑马鱼心脏损伤后通过激活FGF和MAPK/ERK信号通路促进心外膜再生反应的新机制 | 首次发现中性粒细胞作为早期响应细胞通过分泌hbegfa配体协同FGF和MAPK/ERK信号通路激活心外膜细胞增殖和扩张 | 研究仅限于斑马鱼模型,未在哺乳动物系统中验证 | 探究中性粒细胞在斑马鱼心脏再生早期事件中的功能和作用机制 | 斑马鱼心脏损伤模型中的中性粒细胞和心外膜细胞 | 发育生物学 | 心脏损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1天心脏损伤后的中性粒细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-07 |
Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis
2024-04, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-024-01666-3
PMID:38589485
|
研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组技术揭示了植物与丛枝菌根真菌共生关系的细胞和空间动态过程 | 首次在细胞和空间分辨率水平整合分析植物和真菌转录组,揭示了皮层细胞在不同定殖阶段的动态转录组特征 | 研究仅限于两种模式生物,且技术方法可能无法完全捕获所有细胞类型的转录信息 | 探索植物与丛枝菌根真菌共生关系的分子机制 | 蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)和根内球囊霉(Rhizophagus irregularis) | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 134 | 2025-10-07 |
ALDH2 as an immunological and prognostic biomarker: Insights from pan-cancer analysis
2024-Apr-19, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037820
PMID:38640328
|
研究论文 | 通过泛癌分析揭示ALDH2作为免疫和预后生物标志物的潜力 | 首次在泛癌水平系统分析ALDH2表达与免疫细胞浸润的关联 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 评估ALDH2在泛癌中的生物学意义和临床价值 | 多种癌症类型和正常组织 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 单细胞测序、免疫组化染色、生物信息学分析 | 多种算法(EPIC, MCPCOUNTER, TIDTIMER, xCell, CIBERSORT, quanTIseq) | 基因组数据、表达数据、临床数据 | TCGA等多数据库的泛癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2025-10-07 |
Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients
2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.17.576110
PMID:38328153
|
研究论文 | 整合了免疫检查点阻断治疗患者的癌细胞特异性单细胞RNA-seq数据集 | 整合了来自9种癌症类型、174名患者的8个scRNA-seq数据集,创建了专门用于研究癌细胞对ICB治疗反应的独特资源 | 样本量相对有限,数据来源于已有的研究数据集 | 研究不同癌症类型中癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应机制 | 癌细胞 | 单细胞组学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 174名患者,90,270个癌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 136 | 2025-10-07 |
How Mycobacterium tuberculosis builds a home: Single-cell analysis reveals M. tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of anti-inflammatory macrophages in infected mouse lungs
2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.20.590421
PMID:38712150
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究结核分枝杆菌ESX-1系统在感染小鼠肺部调控单核吞噬细胞异质性和抗炎反应的作用机制 | 首次揭示ESX-1系统通过招募和分化抗炎性单核吞噬细胞帮助结核分枝杆菌建立生存环境的机制 | 研究仅使用小鼠和鼠源骨髓衍生巨噬细胞模型,未在人体样本中验证 | 探究结核分枝杆菌ESX-1分泌系统对宿主单核吞噬细胞招募和分化的调控作用 | 感染结核分枝杆菌的小鼠肺部组织和鼠骨髓衍生巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠肺部组织和骨髓衍生巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 137 | 2025-10-07 |
Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues
2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.06.547944
PMID:37461466
|
研究论文 | 提出一种基于标记的多模态分类方法MMoCHi,用于整合CITE-seq数据中的基因和蛋白表达信息进行细胞类型注释 | 开发了不依赖参考图谱的多模态层次分类方法,能够识别传统方法难以解析的免疫细胞亚群并发现新的亚群标记 | NA | 开发能够整合多模态单细胞数据的细胞类型分类方法 | 免疫细胞,特别是T淋巴细胞亚群和跨组织人类免疫细胞 | 生物信息学 | NA | CITE-seq,单细胞RNA测序 | 基于标记的分类器 | 单细胞转录组数据,表面蛋白组数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-07 |
Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche
2024-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00594-3
PMID:38553564
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学系统分析部分重编程对老年小鼠脑室下区神经发生生态位的影响 | 首次揭示部分重编程可特异性恢复老年神经发生生态位中的神经母细胞比例,并证明其改善作用具有生态位内在性 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性仍需验证 | 探索部分重编程对老年大脑神经发生生态位的影响机制 | 老年小鼠的脑室下区神经发生生态位和神经干细胞培养物 | 神经科学 | 老年性脑功能衰退 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 老年小鼠神经发生生态位和神经干细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-07 |
Lipoxin A 4 /FPR2 signaling mitigates ferroptosis of alveolar epithelial cells via NRF2-dependent pathway during lung ischemia-reperfusion injury
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590127
PMID:38712069
|
研究论文 | 本研究探讨了肺泡上皮细胞中铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用及Lipoxin A4/FPR2信号通路的保护机制 | 首次揭示了Lipoxin A4通过FPR2受体激活NRF2通路抑制肺泡上皮细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用的转化价值需进一步验证 | 探究铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的细胞特异性作用及Lipoxin A4的保护机制 | 肺移植患者样本、C57BL/6小鼠、Fpr2-/-和Nrf2-/-基因敲除小鼠、肺泡II型上皮细胞 | 分子生物学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序、基因敲除模型、原位肺移植模型、体外细胞研究 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、生理指标、生化指标 | 未明确样本数量,包含患者组织样本和多个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates
2024-Apr, European journal of protistology
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062
PMID:38368736
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示捕食性裂口纲纤毛虫的基因组进化机制 | 首次对六种捕食性裂口纲纤毛虫进行单细胞转录组测序,发现与跨膜活性和氧化应激反应相关的基因家族扩张及三次全基因组复制事件 | 样本数量有限(仅六种捕食性物种),基因组进化机制仍需功能验证 | 探究纤毛虫捕食能力的遗传进化基础 | 六种捕食性裂口纲纤毛虫 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 6种捕食性裂口纲纤毛虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |