单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-02-20	Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109397 PMID:38510120	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次展示了人类视网膜类器官发育的单细胞时空转录组	首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了类器官发育各阶段细胞类型特异性转录因子结合位点，并展示了染色质可及性与发育中人类视网膜的高度相关性	研究中使用的视网膜类器官与真实人类视网膜在部分视网膜神经元的时间出现和丰度上存在差异	研究人类视网膜早期发育的分子信息	多能干细胞衍生的视网膜类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 单细胞ATAC测序数据	NA
102	2025-02-16	Interleukin-22 inhibits cardiac fibrosis by regulating fibroblast metabolic reprogramming in myocardial infarction 2024-Apr, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155256 PMID:38492359	研究论文	本研究探讨了Interleukin-22 (IL-22)在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	揭示了IL-22通过抑制有氧糖酵解和激活JNK/PKM2通路来减轻心肌纤维化和成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	研究IL-22在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	心肌梗死患者和小鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
103	2025-02-13	Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues 2024-Apr-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03227-x PMID:38615064	研究论文	本文介绍了小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织的批量、单细胞和核水平转录组数据集	首次对小鼠胎儿和成年卵巢网进行转录组分析，揭示了其在卵巢发育和女性成熟中的潜在作用	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示卵巢网在卵巢发育和女性成熟中的功能	小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织	转录组学	NA	转录组分析	NA	转录组数据	Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠的胎儿和成年卵巢网组织
104	2025-02-09	Single-cell profiling of bronchoalveolar cells reveals a Th17 signature in neutrophilic severe equine asthma 2024-04, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13745 PMID:38153159	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术，研究了严重马哮喘（SEA）中的免疫机制，揭示了Th17免疫反应在其中的主导作用	首次在SEA中通过单细胞mRNA测序技术揭示了Th17免疫反应的主导作用，并发现了单核细胞-淋巴细胞复合物及CXCL13在中间单核细胞中的上调	研究样本量较小，仅包括11匹温血马	揭示严重马哮喘（SEA）中的免疫机制	温血马（5匹对照马和6匹SEA马）的冷冻保存的支气管肺泡细胞	数字病理学	哮喘	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	mRNA序列数据	11匹温血马（5匹对照马和6匹SEA马）
105	2025-02-06	Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges 2024-Apr-30, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09553-y PMID:38689046	综述	本文综述了单细胞转录组学技术的最新进展，包括技术方法、工作流程、数据处理统计方法及其潜在应用和挑战	介绍了单细胞转录组学技术的最新进展，包括空间转录组学和多组学的切入点	单细胞测序技术的高成本和技术限制最初阻碍了其广泛应用	探讨单细胞转录组学技术的应用、机会和挑战	单细胞转录组学技术及其应用	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
106	2025-02-06	Maternal factor Trim75 contributes to zygotic genome activation program in mouse early embryos 2024-Apr-20, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09349-0 PMID:38643284	研究论文	本研究探讨了母源因子Trim75在小鼠早期胚胎合子基因组激活（ZGA）中的作用	首次将Trim75识别为次要ZGA的潜在驱动因子，并揭示了其通过招募EP300和建立H3K27ac在基因体内促进哺乳动物胚胎植入前发育的机制	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，未直接在人类胚胎中验证Trim75的功能	阐明母源因子在哺乳动物合子基因组激活中的作用	小鼠早期胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	基于已发表的小鼠胚胎干细胞单细胞RNA测序数据
107	2025-02-06	Immune microniches shape intestinal Treg function 2024-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07251-0 PMID:38570678	研究论文	本文研究了肠道免疫系统中T调节细胞（Treg）功能的空间机制，特别是在耐受和炎症条件下的微环境作用	通过活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肠道固有层中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化	研究主要聚焦于Helicobacter hepaticus反应性T细胞，可能不适用于其他微生物或抗原的反应	探索肠道免疫系统中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化	Helicobacter hepaticus反应性T细胞	免疫学	炎症性疾病	活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
108	2025-01-30	Integration of single-cell transcriptome and chromatin accessibility and its application on tumor investigation 2024-Apr, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnae015 PMID:39872661	综述	本文综述了单细胞转录组和染色质可及性测序方法的最新突破，并描述了整合这些单细胞测序数据的生物信息学策略及其在肿瘤研究中的应用	整合单细胞转录组和染色质可及性测序数据，以更深入地理解肿瘤发生和进展	讨论了该领域面临的挑战和预期发展，但未具体说明当前方法的局限性	总结单细胞测序方法的最新进展及其在肿瘤研究中的应用	单细胞转录组和染色质可及性测序数据	生物信息学	肿瘤	单细胞转录组测序, 染色质可及性测序	NA	单细胞测序数据	NA
109	2025-01-22	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cardiac Fibroblast-Specific Transcriptomic Changes in Dilated Cardiomyopathy 2024-04-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13090752 PMID:38727290	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了扩张型心肌病中心脏成纤维细胞的特异性转录组变化	利用最新的单细胞分析工具和更新的生物信息学工作流程，更全面地注释了数据集，并检测到心脏成纤维细胞群体中的差异基因表达	研究结果需要进一步验证，且样本量可能有限	检测扩张型心肌病中的细胞特异性转录组变化	人类扩张型心肌病心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	人类心脏组织样本
110	2025-01-22	Proinflammatory phenotype of B10 and B10pro cells elicited by TNF-α in rheumatoid arthritis 2024-Apr-11, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224878 PMID:38302261	研究论文	本研究探讨了TNF-α在类风湿性关节炎（RA）中对B10和B10pro细胞的促炎表型的影响及其机制	揭示了TNF-α通过干扰SHIP-1引发B10和B10pro细胞的促炎表型，为RA的疾病发展提供了新的解释	研究主要基于RA患者和小鼠模型，结果可能不适用于其他自身免疫疾病	探讨TNF-α在RA中对B10和B10pro细胞的调节作用及其机制	健康个体和RA患者的B10和B10pro细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq数据库重分析、转录组测序、TNF-α-/-和B细胞特异性SHIP-1-/-小鼠疾病模型研究	小鼠疾病模型	基因表达数据	健康个体和RA患者的B10和B10pro细胞样本
111	2025-01-22	Single-cell transcriptome analyses reveal disturbed decidual homoeostasis in obstetric antiphospholipid syndrome 2024-Apr-11, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224930 PMID:38331588	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了产科抗磷脂综合征（OAPS）患者蜕膜细胞的组成和分子特征，并识别了异常的蜕膜微环境	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析OAPS患者蜕膜细胞的组成和分子特征，揭示了异常的蜕膜微环境	样本量较小，仅包括5名OAPS患者和5名健康对照	揭示OAPS患者蜕膜细胞的组成和分子特征，探索其发病机制	产科抗磷脂综合征（OAPS）患者和健康对照的蜕膜细胞	生物信息学	产科抗磷脂综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术，免疫组织化学染色，免疫荧光，ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	5名OAPS患者和5名健康对照的蜕膜样本
112	2025-01-19	Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Heterogeneity and Transcriptional Dynamics in Porcine Circulating CD8+ T Cells 2024-04-16, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080692 PMID:38667307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了猪外周血循环CD8+ T细胞的异质性和转录动态	首次全面描述了猪CD8+ T细胞亚型的异质性和分化轨迹，并鉴定了潜在的转录调控因子	研究主要集中于猪的外周血样本，未涉及其他组织或疾病状态下的CD8+ T细胞	研究猪免疫系统中CD8+ T细胞的异质性和功能	猪外周血中的CD8+ T细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	猪外周血样本
113	2025-01-19	Single-Cell DNA Sequencing Reveals an Evolutionary Pattern of CHIP in Transplant Eligible Multiple Myeloma Patients 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080657 PMID:38667272	研究论文	本文通过单细胞DNA测序技术研究了多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式	首次在多发性骨髓瘤患者中使用高吞吐量单细胞DNA测序技术，揭示了CHIP的进化模式和与治疗反应的关系	样本量较小，仅包括12名患者，且仅对部分患者进行了纵向样本分析	研究多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式及其与治疗反应的关系	多发性骨髓瘤患者	基因组学	多发性骨髓瘤	单细胞DNA测序	NA	DNA序列数据	12名多发性骨髓瘤患者，其中4名患者有纵向样本
114	2025-01-19	Potential Roles of Specific Subclasses of Premotor Interneurons in Spinal Cord Function Recovery after Traumatic Spinal Cord Injury in Adults 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080652 PMID:38667267	综述	本文回顾了在成人创伤性脊髓损伤后，前运动中间神经元在形成新的脊髓内回路中的作用，并强调了研究人员在分类这些细胞群体时遇到的困难	本文强调了单细胞RNA测序和转录组实验在成人脊髓中间神经元分类中的重要性，指出了传统基于胚胎发育转录因子差异表达的方法在成人中的局限性	目前的研究在明确参与运动功能恢复的特定中间神经元群体身份方面仍存在困难	探讨成人创伤性脊髓损伤后，特定亚类前运动中间神经元在脊髓功能恢复中的潜在作用	成人创伤性脊髓损伤后的前运动中间神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序, 转录组实验	NA	RNA测序数据, 转录组数据	NA
115	2025-01-16	ATF3 characterizes aggressive drug-tolerant persister cells in HGSOC 2024-04-24, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06674-x PMID:38658567	研究论文	本文研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中药物耐受性持续细胞（DTP）的特征，特别是ATF3在这些细胞中的作用	研究发现ATF3在促进药物耐受性持续细胞状态中起关键作用，并揭示了ATF3与部分上皮-间质转化（EMT）在HGSOC复发中的关联	研究主要基于实验室模型和有限的患者样本，可能无法完全反映临床实际情况	探讨HGSOC中药物耐受性持续细胞的分子机制及其在复发中的作用	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞系和患者样本	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	259名HGSOC患者的TCGA数据和4名HGSOC患者的单细胞RNA测序数据
116	2025-01-16	Intestinal cell diversity and treatment responses in a parasitic nematode at single cell resolution 2024-Apr-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10203-7 PMID:38575858	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据集，揭示了成年雌性猪蛔虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应	首次在单细胞水平上表征了猪蛔虫肠道细胞的多样性，并识别了与这些细胞相关的生物标志物	研究主要集中于猪蛔虫，可能不适用于所有寄生线虫	研究寄生线虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应，以开发新的抗寄生虫疗法	成年雌性猪蛔虫的肠道细胞	生物信息学	寄生虫感染	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未处理的猪蛔虫肠道细胞
117	2024-12-31	Defining predictors of responsiveness to advanced therapies in Crohn's disease and ulcerative colitis: protocol for the IBD-RESPONSE and nested CD-metaRESPONSE prospective, multicentre, observational cohort study in precision medicine 2024-04-17, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-073639 PMID:38631839	研究论文	本文介绍了一项前瞻性、多中心、观察性队列研究，旨在通过多组学数据创建预测工具，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	该研究首次整合了肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据，以创建预测模型，并计划进行跨治疗比较和独立复制队列研究	研究的主要局限性在于其观察性设计，可能无法完全控制混杂因素，且样本量相对较小（1325名参与者）	研究目标是识别和验证预测模型，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	研究对象为开始接受先进疗法的克罗恩病和溃疡性结肠炎患者	精准医学	克罗恩病和溃疡性结肠炎	多组学数据分析	预测模型	多组学数据（肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据）	1325名参与者
118	2024-12-18	Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs 2024-04-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06182-w PMID:38658617	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了未经治疗的犬原发性骨肉瘤的细胞和分子异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成，并发现了41种转录组学上不同的细胞类型，包括滤泡辅助T细胞、成熟的调节性树突状细胞和8种肿瘤相关巨噬细胞群体	研究仅限于6只未经治疗的犬，样本量较小，可能无法完全代表所有犬骨肉瘤的情况	揭示犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子异质性，为转化免疫肿瘤学研究提供基础	6只未经治疗的犬原发性骨肉瘤	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	35,310个细胞
119	2024-12-17	Single-cell transcriptomics unveil profiles and interplay of immune subsets in rare autoimmune childhood Sjögren's disease 2024-04-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06124-6 PMID:38641668	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了儿童罕见自身免疫性疾病Sjögren病的免疫亚群特征及其相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出儿童Sjögren病中的关键免疫细胞亚群，包括IFN基因富集的单核细胞、CD4 T效应记忆细胞和XCL1 NK细胞，并发现这些细胞在伴有复发性腮腺炎的儿童患者中尤为显著	研究仅限于儿童Sjögren病的外周免疫细胞，未涉及其他组织或器官的免疫细胞	揭示儿童Sjögren病的免疫细胞亚群及其相互作用，为精准医学奠定基础	儿童Sjögren病患者的免疫细胞亚群及其相互作用	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
120	2024-12-17	SPADE: spatial deconvolution for domain specific cell-type estimation 2024-04-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06172-y PMID:38632414	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的组成	SPADE通过整合空间模式到细胞类型组成的分析中，显著提升了对空间基因表达模式的理解	NA	理解不同细胞类型在其空间背景下的基因表达	细胞类型的组成及其在不同位置的比例	基因组学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、组织学数据	空间反卷积	基因表达数据	合成数据和真实数据集