单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-05	ScRNA-seq reveals novel immune-suppressive T cells and investigates CMV-TCR-T cells cytotoxicity against GBM 2024-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008967 PMID:38688579	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了新的免疫抑制T细胞，并研究了CMV-TCR-T细胞对胶质母细胞瘤的细胞毒性	首次识别了在CMV感染下的胶质母细胞瘤中的新型免疫细胞亚群，特别是FXYD6+ T细胞作为免疫抑制T细胞	CMV感染对GBM免疫微环境的具体影响机制尚不完全明确，工程化TCR-T细胞的长期效果尚需进一步研究	研究CMV感染对胶质母细胞瘤免疫微环境的影响以及CMV-TCR-T细胞的治疗潜力	CMV感染的胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	组织样本	涉及CMV感染的胶质母细胞瘤患者的多种样本
102	2024-08-04	Pten regulates endocytic trafficking of cell adhesion and Wnt signaling molecules to pattern the retina 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114005 PMID:38551961	研究论文	本研究展示了磷酸酶和张力同源物（Pten）如何通过调节细胞粘附分子和Wnt蛋白的囊泡运输来控制视网膜星爆细胞的间距	揭示了Pten在星爆细胞模式形成中的作用，以及与Down综合征细胞粘附分子Dscam的协同效应	对具体机制的深入探讨和长时间的观察尚待进一步研究	探讨Pten如何通过调节内吞运输模式来决定视网膜星爆细胞的排列	主要研究视网膜星爆细胞及其相关的细胞粘附和信号传导分子	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	分子标志物和囊泡蛋白组	NA
103	2024-08-05	Well-Paired-Seq2: High-Throughput and High-Sensitivity Strategy for Characterizing Low RNA-Content Cell/Nucleus Transcriptomes 2024-04-23, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.3c05785 PMID:38597061	研究论文	本文介绍了一种新型的高通量高灵敏度策略Well-Paired-Seq2，用于表征低RNA含量细胞/细胞核的转录组	该研究创新地利用尺寸排斥和准静态流体动力学实现高效细胞捕获，并显著提高了转录组的检测灵敏度	未提及具体的样本类型和数量限制	研究旨在解决低RNA含量细胞的转录组分析中的灵敏度和通量问题	研究对象为低RNA含量的单细胞及细胞核转录组	数字病理学	肾透明细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	无具体样本数量，提到的分析样本包括冷冻临床样本
104	2024-08-04	Multi-Omics Pan-Cancer Analysis of Procollagen N-Propeptidase Gene Family of ADAMTS as Novel Biomarkers to Associate with Prognosis, Tumor Immune Microenvironment, Signaling Pathways, and Drug Sensitivities 2024-Apr-12, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2904151 PMID:38682182	研究论文	本研究旨在进行ADAMTS的procollagen N-propeptidase亚组的全癌症分析	首次揭示了PNPSA成员在肿瘤免疫微环境和预后中的双重角色，及其在不同癌症中的潜在生物标志物和治疗靶点	本研究主要依赖于公开数据库，可能存在数据的不一致性和局限性	探讨PNPSA在全癌症中的表达、基因组变异及其与肿瘤进展的关系	ADAMTS家族的procollagen N-propeptidase亚组的成员	数字病理学	肿瘤	多组学分析	NA	基因组数据	基于多个集成的开放数据库进行分析，样本数未特定说明
105	2024-08-04	Single-cell analysis revealed a potential role of T-cell exhaustion in colorectal cancer with liver metastasis 2024-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18341 PMID:38647235	研究论文	这篇文章揭示了T细胞耗竭在具有肝转移的结直肠癌中的潜在作用	首次使用单细胞分析探讨T细胞耗竭在结直肠癌肝转移中的影响	未详细阐述样本量和临床数据的具体情况	探讨T细胞耗竭对结直肠癌肝转移的影响	结直肠癌样本及其肝转移相关的T细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	从肝转移的结直肠癌样本中识别出九个细胞亚群
106	2024-08-04	CD301 and LSECtin glycan-binding receptors of innate immune cells serve as prognostic markers and potential predictors of immune response in breast cancer subtypes 2024-04-01, Glycobiology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/glycob/cwae003 PMID:38206856	研究论文	这篇文章探讨了糖基化在乳腺癌不同亚型中的作用，并确认CD301和LSECtin作为预后标志物和免疫反应的潜在预测因子	本研究首次系统性地确定了改变的糖基化在乳腺癌中的相关性，并识别了特定的糖结合受体作为预后指标	研究仅基于特定的样本群体，可能无法广泛适用所有乳腺癌患者	研究旨在探索糖基化改变在乳腺癌中的预后作用	研究对象为一大批不同组织病理类型的侵袭性乳腺癌样本（n = 1859）	数字病理学	乳腺癌	重组C型糖结合受体	无	组织微数组	1859个侵袭性乳腺癌样本
107	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals periodontal ligament fibroblast heterogeneity with distinct IL-1β and RANKL expression in periodontitis 2024-Apr, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2024.100059 PMID:38554844	研究论文	这项研究揭示了牙周韧带成纤维细胞在牙周炎中的异质性，并探讨了IL-1β和RANKL的不同表达。	首次揭示了牙周韧带成纤维细胞的异质性，并确定了与骨吸收相关的不同细胞亚群。	研究中仅使用了人类牙周炎患者的单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的样本或疾病模型。	研究牙周韧带成纤维细胞在牙周炎中的功能和异质性。	人类牙周炎患者的牙周韧带成纤维细胞亚群。	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	来自人类牙周炎患者的多个单细胞样本数据
108	2024-08-05	Revealing Genetic Dynamics: scRNA-seq Unravels Modifications in Human PDL Cells across In Vivo and In Vitro Environments 2024-Apr-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25094731 PMID:38731950	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析人类牙周韧带(PDL)细胞在体内和体外环境中的遗传变化	首次通过scRNA-seq揭示了PDL中不同细胞亚群的独特基因特征及其对培养条件的反应	未详细探讨不同捐献者之间的PDL细胞差异及其生物学影响	旨在填补对PDL病理生理学的理解空白	主要人类PDL样本，涉及7个捐献者	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据	7个主要人类PDL样本
109	2024-08-04	Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis 2024-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01666-3 PMID:38589485	研究论文	这篇文章探讨了植物与丛枝菌根真菌的共生相互作用，并揭示了在不同共生阶段植物根细胞的转录组特征。	创新点在于结合单细胞和空间转录组学的方法，以分析复杂的生物相互作用，提供了新的视角。	研究可能受到单细胞 RNA 测序技术局限性的影响，无法覆盖所有细胞类型的反应。	研究植物与丛枝菌根真菌的共生关系及其分子基础。	研究对象为白花苜蓿（Medicago truncatula）和不规则根霉（Rhizophagus irregularis）的转录组。	数字病理学	NA	单细胞和空间 RNA 测序	NA	转录组数据	涉及多个植物根细胞类型的样本
110	2024-08-04	Fine-mapping analysis including over 254,000 East Asian and European descendants identifies 136 putative colorectal cancer susceptibility genes 2024-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47399-x PMID:38670944	研究论文	本文通过分析东亚人和欧洲人后裔的GWAS数据，确定了136个假定的结直肠癌易感基因	发现了包括56个未曾报道的基因在内的136个假定的结直肠癌易感基因，并揭示了与结直肠癌风险相关的新途径	未针对所有可能的遗传变异进行充分的功能验证，且样本仅限于东亚人和欧洲人后裔	探究与结直肠癌相关的遗传变异及其潜在功能基因	对100,204例结直肠癌患者和154,587名对照者的数据进行了分析	数字病理学	结直肠癌	全基因组关联研究 (GWAS)	NA	基因组数据，转录组数据，甲基组数据	254,791名样本
111	2024-08-05	High-Throughput Host-Microbe Single-Cell RNA Sequencing Reveals Ferroptosis-Associated Heterogeneity during Acinetobacter baumannii Infection 2024-04-24, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202400538 PMID:38419141	研究论文	该文章首次报告了一种高通量交叉物种双单细胞RNA测序技术，以同时捕获真核和细菌RNA	创新点在于开发了一种高通量的scRandom-seq技术，能够高效捕获宿主与微生物之间的复杂相互作用	限制未具体说明，但涉及高通量技术可能存在样本处理和解析上的挑战	研究宿主与微生物之间的相互作用及其在感染中的复杂性	研究对象为Acinetobacter baumannii感染模型中的宿主细胞及其与微生物的相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	THP-1来源的巨噬细胞和细菌细胞
112	2024-08-05	Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis 2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.05.569919 PMID:38106055	研究论文	本研究探讨了肌营养不良症中缺少肌营养蛋白对骨骼肌发育的早期影响	首次揭示了肌营养蛋白缺失与细胞连接蛋白家族的显著失调有关	未提及特定的实验条件或样本的多样性	探讨肌营养蛋白缺失对骨骼肌发育的早期后果	人类多能干细胞的肌源性轨迹	数字病理学	杜氏肌营养不良症	单细胞转录组谱分析	NA	NA	NA
113	2024-08-05	Uncovering the Cellular Microenvironment in Chronic Rhinosinusitis via Single-Cell RNA Sequencing: Application and Future Directions 2024-Apr, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-024-08992-6 PMID:38687404	review	这篇文章回顾了慢性鼻窦炎中单细胞RNA测序的最新进展	该文章提供了对慢性鼻窦炎的新见解，探讨了分子生物标志物、信号通路和免疫微环境的关系	关于慢性鼻窦炎的异质性及其治疗的具体应用缺乏深入的实验数据	探讨慢性鼻窦炎的细胞微环境以及改进诊断和治疗的可能途径	慢性鼻窦炎患者的细胞组成、功能与相互作用	数字病理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
114	2024-08-04	Pianno: a probabilistic framework automating semantic annotation for spatial transcriptomics 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47152-4 PMID:38565531	研究论文	该论文介绍了一个名为Pianno的贝叶斯框架，用于自动化空间转录组的结构语义注释。	Pianno能够基于标记基因自动进行生物身份注释，显著提高了空间语义注释的准确性。	研究中未提及Pianno在特定情况下的有效性或可能的局限性。	研究旨在优化空间转录组中生物标识注释的自动化过程。	研究的对象包括各种空间转录组数据生成的组织切片。	数字病理学	NA	贝叶斯框架	NA	空间转录组数据	多种空间转录组平台生成的数据
115	2024-08-05	Marmosets contain multitudes 2024-Apr-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97866 PMID:38661001	研究论文	单细胞RNA测序揭示了眉猴在其兄弟姐妹之间携带遗传上不同细胞的程度	首次通过单细胞RNA测序展示了眉猴的遗传多样性	未提及具体的实验范围或样本来源	探讨眉猴细胞的遗传多样性	眉猴的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
116	2024-08-05	Inflammatory recruitment of healthy hematopoietic stem and progenitor cells in the acute myeloid leukemia niche 2024-Apr, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02136-7 PMID:38228679	研究论文	该研究探讨了在急性髓系白血病（AML）微环境中，健康造血干细胞和祖细胞的炎症招募机制。	本研究首次表明健康造血干细胞在白血病微环境中表现出炎症基因表达程序，且其对炎症的适应尚未被充分认识。	该研究主要基于特定的同基因模型，可能限制结果的广泛适用性。	研究造血干细胞在急性髓系白血病微环境中的角色及其炎症招募机制。	研究对象为健康的造血干细胞和祖细胞，尤其是在急性髓系白血病的小环境中。	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	同基因小鼠模型	生物样本（骨髓）	两个不同的同基因AML模型
117	2024-08-04	Insights for disease modeling from single-cell transcriptomics of iPSC-derived Ngn2-induced neurons and astrocytes across differentiation time and co-culture 2024-Apr-02, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01867-4 PMID:38566045	研究论文	本文探讨了通过Ngn2诱导的人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的神经元和星形胶质细胞的单细胞转录组学，及其在疾病建模中的应用	文章提供了hiPSC衍生神经元和星形胶质细胞与其体内对应细胞的同质性和相似性的新见解，并整合了公共单细胞RNA测序数据	研究指出了所调查细胞模型在神经精神疾病研究中的重要局限性	研究旨在优化复杂脑部疾病的细胞建模方法	研究对象为通过Ngn2诱导的hiPSC衍生神经元和星形胶质细胞	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及多种hiPSC衍生细胞的样本，具体数量未说明
118	2024-08-05	Integrating Multi-omics Data for Alzheimer's Disease to Explore Its Biomarkers Via the Hypergraph-Regularized Joint Deep Semi-Non-Negative Matrix Factorization Algorithm 2024-Apr-15, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-024-02211-9 PMID:38619646	研究论文	本文提出了一种超图正则化联合深度半非负矩阵分解算法，以集成与阿尔茨海默病相关的多组学数据	本文的创新点在于提出了一种新算法HR-JDSNMF，通过高阶关联挖掘和多层次数据分解来整合多组学数据	尽管该方法优于多种其他算法，但可能仍存在在更大规模的真实世界数据上验证结果的限制	本研究旨在探讨阿尔茨海默病的多组学生物标志物	研究对象包括与阿尔茨海默病相关的基因组学、转录组学和影像数据	数字病理学	阿尔茨海默病	正电子发射断层扫描（PET）、单核苷酸多态性（SNP）、基因表达	深度半非负矩阵分解（JDSNMF）	基因组数据、转录组数据、影像数据	实验数据通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）收集，但具体样本大小未提及
119	2024-08-04	Glutamine metabolism prognostic index predicts tumour microenvironment characteristics and therapeutic efficacy in ovarian cancer 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18198 PMID:38506093	研究论文	本文探讨了谷氨酰胺代谢在卵巢癌肿瘤微环境特征和治疗效果中的预测作用	构建了谷氨酰胺代谢预测指数（GMPI），作为卵巢癌的独立预测因子	尚未全面阐明谷氨酰胺代谢在肿瘤微环境中的总体角色	研究谷氨酰胺代谢在卵巢癌中的作用及其预测患者预后的能力	患者的卵巢癌及其在肿瘤微环境中的特征	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	组织样本	NA
120	2024-08-05	Combining bulk and scRNA-seq to explore the molecular mechanisms governing the distinct efferocytosis activities of a macrophage subpopulation in PDAC 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18266 PMID:38501838	研究论文	本研究探讨了在胰腺导管腺癌（PDAC）中不同巨噬细胞亚群的吞噬活性所涉及的分子机制。	首次结合大样本和单细胞RNA测序数据，揭示了PDAC中巨噬细胞亚型在吞噬过程中的活性差异及其转录因子的作用。	样本量虽大，但只来自于基因表达公共数据库，缺乏临床数据的交叉验证。	分析巨噬细胞亚群在PDAC中的作用，以提高PDAC患者的预后。	涉及22,124个细胞的PDAC组织样本，分析其在吞噬过程中的活性及转录因子。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞类型数据	8个PDAC组织样本，分析了22,124个细胞