单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 498 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-10-24 |
Single-molecule RNA-FISH analysis reveals stochasticity in reactivation of latent HIV-1 regulated by Nuclear Orphan Receptors NR4A and cMYC
2024-Apr-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4166090/v1
PMID:38699331
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研究论文 | 研究使用单分子RNA荧光原位杂交（smRNA-FISH）和FISH-Quant分析，揭示了HIV-1潜伏细胞再激活的高度变异性和随机性，并发现NR4A3和cMYC作为与随机再激活相关的外源因子 | 首次揭示了HIV-1潜伏细胞再激活的随机性和爆发性，并识别了NR4A3和cMYC作为潜在的调节因子 | 研究主要集中在细胞系和无病毒患者样本，未涵盖所有HIV-1感染情况 | 探讨HIV-1潜伏细胞再激活的机制及其潜在的药物靶点 | HIV-1潜伏细胞及其再激活过程 | 生物医学 | HIV感染 | 单分子RNA荧光原位杂交（smRNA-FISH）、RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 包括潜伏细胞系和无病毒患者的CD4 T细胞 |
| 102 | 2024-10-24 |
Precision and Accuracy of Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
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研究论文 | 评估单细胞/核RNA测序数据的精度和准确性 | 首次系统评估了18个单细胞/核RNA测序数据集的精度和准确性，并强调了细胞数量和RNA质量对表达精度和准确性的关键影响 | 研究仅限于人类脑部研究数据和培养的单核吞噬细胞数据，未涵盖其他组织或细胞类型 | 评估单细胞/核RNA测序数据的精度和准确性，以提高下游分析的可靠性 | 18个单细胞/核RNA测序数据集的精度和准确性 | 生物信息学 | NA | 单细胞/核RNA测序 (sc/snRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | 3,483,905个细胞来自297个个体 |
| 103 | 2024-10-24 |
Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease
2024-Apr-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4183332/v1
PMID:38659911
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研究论文 | 本文通过全外显子测序和同源性映射，识别了MYO1C基因中的隐性变异作为儿童肾病综合征的新潜在原因 | 首次识别MYO1C基因中的隐性变异作为儿童肾病综合征的新潜在原因 | 研究样本仅限于1649名患有肾病综合征的儿童，可能存在样本偏倚 | 揭示肾病综合征的新的单基因原因 | MYO1C基因中的隐性变异 | NA | 肾病 | 全外显子测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1649名患有肾病综合征的儿童 |
| 104 | 2024-10-24 |
Leveraging cross-source heterogeneity to improve the performance of bulk gene expression deconvolution
2024-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.07.588458
PMID:38645128
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CSsingle的新方法，用于从现有的批量转录组数据中提取细胞信息 | CSsingle方法通过使用scRNA-seq参考数据，能够更准确地将批量数据反卷积为预定义的细胞类型集合，并显示出比现有方法更高的准确性和鲁棒性 | NA | 提高批量基因表达反卷积的性能 | 批量转录组数据和scRNA-seq参考数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多种真实数据集 |
| 105 | 2024-10-19 |
Human Motor Neurons Elicit Pathological Hallmarks of ALS and Reveal Potential Biomarkers of the Disease in Response to Prolonged IFNγ Exposure
2024-Apr-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1787-23.2024
PMID:38413232
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研究论文 | 研究探讨了人类运动神经元在长时间IFNγ暴露下表现出ALS病理特征，并揭示了潜在的ALS生物标志物 | 首次展示了长时间IFNγ暴露下人类运动神经元中TDP-43的严重细胞质聚集，并发现PD-L1表达增加可能与ALS发展有关 | 研究主要集中在体外实验，缺乏体内验证；样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨IFNγ暴露对人类运动神经元的影响，揭示ALS病理机制和潜在治疗靶点 | 人类诱导多能干细胞衍生的脊髓运动神经元 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 106 | 2024-10-19 |
Single-cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension
2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.11.579846
PMID:38370670
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学技术，发现脂肪酸结合蛋白在肺动脉高压中的调控作用 | 首次揭示了FABP4和FABP5在肺动脉高压中的异常表达及其对内皮细胞糖酵解和远端动脉编程的影响 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本，需要进一步在更多临床样本中验证 | 探讨肺动脉高压的细胞和分子机制，为开发新的治疗方法提供依据 | 肺动脉高压患者的内皮细胞和肺组织 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、空间转录组学分析 | NA | RNA | 包括CKO小鼠、IPAH患者和PH大鼠的肺动脉内皮细胞及肺组织 |
| 107 | 2024-10-17 |
A Path to Persistence after EGFR Inhibition
2024-04-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0274
PMID:38616658
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研究论文 | 研究EGFR抑制后残留癌细胞的持久性机制 | 首次使用患者来源的异种移植模型，结合批量和单细胞RNA测序，揭示了ASCL1在EGFR-突变型肺癌中诱导药物耐受持久性的机制 | 研究主要基于体外实验和患者来源的异种移植模型，缺乏直接的人体临床数据 | 探讨EGFR抑制后残留癌细胞的持久性机制及其潜在的治疗靶点 | EGFR-突变型非小细胞肺癌中的药物耐受持久性细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 患者来源的异种移植模型 |
| 108 | 2024-10-16 |
IL-12/IL23 blockade reveals patterns of asynchronous inflammation in pyoderma gangrenosum
2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.591387
PMID:38746177
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研究论文 | 研究通过空间转录组学和计算分析，探讨了IL-12/IL-23阻断剂在坏疽性脓皮病中的免疫调节作用 | 首次描述了坏疽性脓皮病皮肤病变中B细胞的大量浸润和三级淋巴结构的形成 | 样本量较小，仅涉及两名患者 | 阐明坏疽性脓皮病的免疫失调情况及IL-12/IL-23阻断剂对病变皮肤的影响 | 坏疽性脓皮病患者的病变皮肤 | NA | 坏疽性脓皮病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 两名患者的病变皮肤样本 |
| 109 | 2024-10-16 |
NSUN2-Mediated m5C Methylation Impairs Endometrial Receptivity
2024-04, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2024.100327
PMID:38237738
|
研究论文 | 研究NSUN2介导的m5C甲基化对子宫内膜容受性的影响 | 揭示了NSUN2介导的m5C甲基化与反复植入失败之间的复杂调控机制，并提出了潜在的治疗策略 | NA | 探讨NSUN2介导的m5C甲基化在反复植入失败中的作用机制 | NSUN2在子宫内膜中的表达及其对细胞增殖、自噬和胚胎附着的影响 | NA | NA | mC-BS-seq, dot blot assay, BrdU assay, western blotting, real-time reverse-transcription PCR, Cut&Tag, coimmunoprecipitation | NA | RNA, 蛋白质 | 15个人类子宫内膜样本 |
| 110 | 2024-10-15 |
Bioinformatics-based diagnosis and evaluation of several pivotal genes and pathways associated with immune infiltration at different time points in spinal cord injury
2024-Apr, Biotechnology & genetic engineering reviews
DOI:10.1080/02648725.2023.2178970
PMID:36841940
|
研究论文 | 本研究利用生物信息学方法分析脊髓损伤后不同时间点的关键基因和信号通路，评估免疫浸润情况 | 首次通过基因表达数据和功能富集分析方法，揭示了脊髓损伤后不同时间点的免疫相关基因和信号通路 | 研究仅基于两个基因表达数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 探讨脊髓损伤后不同时间点的免疫相关基因和信号通路，为干预策略提供理论基础 | 脊髓损伤后的关键基因和信号通路 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 两个基因表达数据集（GSE464和GSE45006），分别包含370个和111个共享基因 |
| 111 | 2024-10-12 |
SMARCA4 Loss and Mutated β-Catenin Induce Proliferative Lesions in the Murine Embryonic Cerebellum
2024-Apr-10, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1605-23.2024
PMID:38383496
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研究论文 | 研究了SMARCA4缺失和β-catenin突变在小鼠胚胎小脑中诱导增殖性病变的作用 | 首次揭示了SMARCA4缺失和β-catenin突变在小鼠胚胎小脑中诱导增殖性病变的机制 | 体外实验中未观察到肿瘤形成潜力，表明胚胎微环境在病变发展中的重要性 | 探讨SMARCA4缺失和β-catenin突变在胚胎小脑中诱导肿瘤发生的机制 | 小鼠胚胎小脑中的增殖性病变 | 数字病理学 | NA | DNA甲基化分析和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及雄性和雌性小鼠的胚胎小脑样本 |
| 112 | 2024-10-08 |
The interplay of Cxcl10+/Mmp14+ monocytes and Ccl3+ neutrophils proactively mediates silica-induced pulmonary fibrosis
2024-04-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.133713
PMID:38335607
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研究论文 | 研究揭示了Cxcl10+/Mmp14+单核细胞和Ccl3+中性粒细胞在硅肺纤维化中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序识别出与硅肺纤维化相关的Cxcl10+/Mmp14+单核细胞和Ccl3+中性粒细胞，并提出抗受体-配体对治疗策略 | NA | 探讨硅肺纤维化的分子机制并寻找潜在的治疗策略 | Cxcl10+/Mmp14+单核细胞和Ccl3+中性粒细胞在硅肺纤维化中的作用 | 数字病理学 | 职业病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 硅肺小鼠的肺组织样本和硅肺患者的血清及肺组织切片 |
| 113 | 2024-10-04 |
Identification of Colorectal Cancer Cell Stemness from Single-Cell RNA Sequencing
2024-04-02, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0468
PMID:38156967
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别结直肠癌中的癌症干细胞 | 提出了一个单细胞干细胞特征（SCS_sig），能够稳健地识别表达所有标记基因的结直肠癌干细胞 | SCS_sig评分在不同肿瘤间差异较大，反映了结直肠癌转录组的异质性 | 研究结直肠癌中的癌症干细胞及其与复发的关系 | 结直肠癌中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6个原发性结肠肿瘤、9个肝转移肿瘤和11个正常对照样本 |
| 114 | 2024-09-27 |
Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: a single-cell analysis in rhesus macaques
2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.04.588047
PMID:38617282
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研究论文 | 研究了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的单细胞RNA测序分析 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的动态变化 | 样本量较小，仅包括三只感染SIV的猕猴和三只未感染的对照组 | 探讨急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的响应机制 | 急性SIV感染的猕猴中枢神经系统中的微胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三只感染SIV的猕猴和三只未感染的对照组 |
| 115 | 2024-09-25 |
Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements
2024-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534017
PMID:37034704
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研究论文 | 本文描述了一种结合高多重扰动与单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因 | 本文创新性地将高多重CRISPRa扰动与单细胞RNA测序相结合，以识别细胞类型特异性的调控元件及其对邻近基因表达的影响 | 本文的局限性在于仅在K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元中进行了实验，未来需要在更多细胞类型中验证 | 研究目的是开发一种方法，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因 | 研究对象包括CRISPRa技术、单细胞RNA测序以及细胞类型特异性的调控元件 | 基因组学 | 神经发育障碍 | CRISPRa、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 493个gRNA，K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元 |
| 116 | 2024-09-25 |
Directed Differentiation of Human Induced Pluripotent Stem Cells to Heart Valve Cells
2024-Apr-30, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文开发了一种高效的方法，通过激活特定的信号通路，将人类诱导多能干细胞（hiPSCs）定向分化为功能性的心脏瓣膜细胞 | 首次报道了一种高效策略，能够生成功能性的hiPSC衍生的瓣膜内皮样细胞和瓣膜间质样细胞，并阐明了分化轨迹和转录动力学 | NA | 解决当前心脏瓣膜疾病研究中高质量同质功能性心脏瓣膜细胞缺乏的问题 | 人类诱导多能干细胞（hiPSCs）及其分化后的心脏瓣膜细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约70% CD144+细胞和30% CD144-细胞 |
| 117 | 2024-08-07 |
Correction: Practical Compass of Single-Cell RNA-Seq Analysis
2024-Apr, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-024-00861-7
PMID:38372900
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 118 | 2024-09-19 |
Single-cell transcriptome analysis profiling lymphatic invasion-related TME in colorectal cancer
2024-04-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-59656-6
PMID:38632387
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了结直肠癌中淋巴管侵袭相关的肿瘤微环境特征 | 首次建立了基于14个淋巴管侵袭相关特征的LIRS模型，并验证了其在预测预后方面的准确性 | 研究数据主要来自TCGA和GEO数据库，可能存在样本偏倚 | 探讨结直肠癌中淋巴管侵袭的细胞和分子机制，寻找新的治疗靶点和诊断标志物 | 结直肠癌患者的淋巴管侵袭相关肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | LIRS模型 | 转录组数据 | 来自TCGA数据库的结肠腺癌患者数据和来自GEO数据库的三组结直肠癌患者单细胞RNA测序数据 |
| 119 | 2024-09-19 |
The Web-Based Portal SpatialTME Integrates Histological Images with Single-Cell and Spatial Transcriptomics to Explore the Tumor Microenvironment
2024-04-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2650
PMID:38315776
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SpatialTME的网络平台，该平台整合了组织学图像与单细胞和空间转录组学数据，以探索肿瘤微环境 | 开发了一个综合的交互式分析资源，专门用于表征空间肿瘤微环境，并提供了一个用户友好的数据库SpatialTME | NA | 探索肿瘤微环境中的细胞间相互作用及其对肿瘤发展和治疗反应的影响 | 肿瘤微环境中的细胞间相互作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | 296个空间转录组学切片，涵盖19种癌症类型 |
| 120 | 2024-09-19 |
Tumor Cell-Intrinsic p38 MAPK Signaling Promotes IL1α-Mediated Stromal Inflammation and Therapeutic Resistance in Pancreatic Cancer
2024-04-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1200
PMID:38285896
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研究论文 | 研究探讨了p38 MAPK信号通路在胰腺癌中通过IL1α介导的基质炎症和治疗抗性中的作用 | 首次揭示了肿瘤细胞内在的p38-p65/Sp1-IL1α信号机制，该机制维持基质炎症和CAF激活 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床验证 | 揭示胰腺癌中p38 MAPK信号通路对IL1α表达的调控机制及其在治疗抗性中的作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的p38 MAPK信号通路和IL1α表达 | 癌症研究 | 胰腺癌 | 转录组分析、染色质免疫共沉淀、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了高度纤维化的PDAC小鼠模型PKT进行单细胞RNA测序 |