单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-12-10	Joint Bayesian estimation of cell dependence and gene associations in spatially resolved transcriptomic data 2024-04-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60002-z PMID:38664448	研究论文	本文提出了一种联合贝叶斯方法，用于同时估计空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性	本文的创新点在于提出了一种联合贝叶斯方法，能够同时估计基因和空间细胞的相关性，从而保留基因表达的依赖结构	本文的局限性在于仅通过模拟和真实数据集进行了方法的验证，未探讨其在其他类型数据上的适用性	本文的研究目的是开发一种新的方法，用于分析空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性	本文的研究对象是空间转录组数据中的基因表达和细胞空间位置	生物信息学	NA	空间转录组学	贝叶斯模型	基因表达数据	多个真实空间转录组数据集
102	2024-12-10	Cross-modality mapping using image varifolds to align tissue-scale atlases to molecular-scale measures with application to 2D brain sections 2024-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47883-4 PMID:38664422	研究论文	本文提出了一种在分子尺度转录组学和组织尺度图谱之间建立对应关系的方法	通过将空间转录组数据表示为编码位置和高维特征（基因、细胞类型）身份的广义函数，解决了传统图像表示无法有效建模高维数据的问题	NA	解决在图谱构建和跨样本/技术对齐中，由于样本稀少和传统图像表示无法有效建模高维数据的问题	小鼠脑图谱与基于基因和细胞的转录组数据（来自MERFISH和BARseq技术）以及组织病理学和跨物种图谱	数字病理学	NA	LDDMM	NA	图像	NA
103	2024-12-10	Glioblastoma-instructed microglia transition to heterogeneous phenotypic states with phagocytic and dendritic cell-like features in patient tumors and patient-derived orthotopic xenografts 2024-04-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01321-8 PMID:38566128	研究论文	研究了胶质母细胞瘤（GBM）患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中，GBM诱导的微胶质细胞向具有吞噬和树突状细胞样特征的异质表型状态的转变	首次系统地描述了GBM患者肿瘤和PDOX中肿瘤微环境（TME）的单细胞和空间水平特征，揭示了GBM细胞与宿主细胞之间的相互作用及其在TME中的异质性	研究主要集中在GBM患者肿瘤和PDOX中的TME，未涉及其他类型的肿瘤或更广泛的免疫细胞群体	深入了解GBM生态系统及其在临床前模型中的再现，以提高临床试验的准确性和成功率	GBM患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中的肿瘤微环境（TME）	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多色流式细胞术、免疫组化	NA	基因表达数据	不同肿瘤表型的GBM PDOX和患者肿瘤样本
104	2024-12-09	Shaoxia: a web-based interactive analysis platform for single cell RNA sequencing data 2024-Apr-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10322-1 PMID:38658838	研究论文	本文介绍了一个名为Shaoxia的基于网络的单细胞RNA测序数据交互分析平台	Shaoxia平台通过高性能计算能力和用户友好的界面，使不具备编程专业知识的实验室研究人员也能进行单细胞RNA测序数据分析	NA	开发一个易于使用的软件，涵盖单细胞RNA测序数据分析的所有方面	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
105	2024-12-09	Library size confounds biology in spatial transcriptomics data 2024-04-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03241-7 PMID:38637899	研究论文	本文探讨了空间转录组学数据中库大小对生物学解释的影响	首次揭示了库大小与组织结构之间的关联，并指出使用单细胞RNA测序的归一化方法会对空间域识别产生负面影响	仅限于空间转录组学数据，未涵盖其他类型的分子数据	研究空间转录组学数据中的库大小效应及其对分析的影响	空间转录组学数据及其分析方法	单细胞测序	NA	RNA-seq	NA	空间转录组数据	未具体说明样本数量
106	2024-12-09	The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588111 PMID:38617255	研究论文	本文详细研究了Seurat和Scanpy在单细胞RNA测序分析中的算法和方法差异	发现了Seurat和Scanpy在输出结果上存在显著差异，这种差异相当于在基准测试中减少5%的读取量或分析20%的细胞群体	本文未提及具体的解决方案或改进措施	探讨不同软件包和版本对单细胞RNA测序分析结果的影响	Seurat和Scanpy软件包及其不同版本	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
107	2024-12-09	Distribution-Agnostic Deep Learning Enables Accurate Single-Cell Data Recovery and Transcriptional Regulation Interpretation 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202307280 PMID:38380499	研究论文	本文介绍了一种名为Bis的分布无关深度学习模型，用于准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控	Bis模型采用最优传输自动编码器，能够捕捉单细胞RNA测序数据的复杂分布，并通过正则化细胞嵌入空间来处理数据稀疏性问题	NA	开发一种能够准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控的深度学习模型	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	基因表达数据	NA
108	2024-12-02	Fibroblast expression of neurotransmitter receptor HTR2A associates with inflammation in rheumatoid arthritis joint 2024-Apr-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01352-w PMID:38662111	研究论文	研究神经递质受体HTR2A在类风湿性关节炎（RA）中的表达及其与炎症的关系	首次探讨了HTR2A在RA中的表达及其与炎症的关系，并发现miRNAs在调节HTR2A表达中的作用	研究主要基于scRNA-seq数据和免疫组化验证，样本量有限，需要进一步的大规模验证	探讨神经递质受体HTR2A在RA中的表达及其与炎症的关系，寻找潜在的治疗策略	类风湿性关节炎（RA）和骨关节炎（OA）患者的滑膜组织和滑液中的细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、qPCR	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像	RA和OA患者的滑膜组织样本，以及RA患者滑液中的外泌体样本
109	2024-12-01	A Systematic Overview of Single-Cell Transcriptomics Databases, their Use cases, and Limitations 2024-Apr-15, ArXiv PMID:38699169	综述	本文系统地概述了单细胞转录组学数据库、其应用案例和局限性	本文提出了通过用户友好的基于网络的平台来弥合计算科学家和湿实验室科学家之间的差距，以促进跨学科研究	本文讨论了构建大规模单细胞RNA测序数据库的技术和方法学挑战	本文旨在探讨单细胞RNA测序数据库的利用和局限性，以促进有效利用这些数据进行稳健的发现和识别新的生物学见解	本文研究了大规模单细胞RNA测序数据库，并根据其范围和目的进行了分类	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	NA
110	2024-11-29	Single-Cell Analysis of Rohon-Beard Neurons Implicates Fgf Signaling in Axon Maintenance and Cell Survival 2024-Apr-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1600-23.2024 PMID:38423763	研究论文	通过单细胞RNA测序研究斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元，揭示了Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术定义了斑马鱼幼体Rohon-Beard神经元的三个主要亚型，并发现Fgf信号通路在维持轴突和细胞存活中的关键作用	研究主要集中在斑马鱼模型上，尚未在哺乳动物中验证结果	探讨Rohon-Beard神经元的分子亚型及其在轴突维持和细胞存活中的调控机制	斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard神经元
111	2024-11-27	To be or not to be - Decoding the Trabecular Meshwork Cell Identity 2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.591346 PMID:38746421	研究论文	研究通过单细胞RNA测序比较人小梁网细胞培养与组织，探讨细胞身份和可翻译性	首次报道了通过单细胞RNA测序比较人小梁网细胞培养与组织的研究方法	研究结果从细胞培养到组织研究的翻译仍存在挑战	探讨小梁网细胞的身份及其在组织中的可翻译性	人小梁网细胞培养与组织	NA	青光眼	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	共14个初级人小梁网样本，包括4个青光眼患者样本
112	2024-11-26	Sample multiplexing for retinal single-cell RNA-sequencing 2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.23.589797 PMID:38712294	研究论文	本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重化方法	提出了使用胆固醇修饰寡核苷酸进行样本多重化的方法，以提高单细胞RNA测序分析的精度	NA	研究视网膜神经节细胞的细胞类型分布和转录组变异	小鼠视网膜神经节细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠视网膜样本
113	2024-11-26	Extracellular cancer‑associated fibroblasts: A novel subgroup in the cervical cancer microenvironment that exhibits tumor‑promoting roles and prognosis biomarker functions 2024-Apr, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14300 PMID:38449793	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析宫颈癌微环境中CAF的异质性，并发现了一种新的亚群ecCAFs，具有促肿瘤作用和预后生物标志物功能	首次通过单细胞RNA测序将宫颈癌微环境中的CAF分为myCAFs和ecCAFs，并发现ecCAFs具有更强的促肿瘤作用	研究样本量较小，仅基于五个宫颈癌样本进行分析	评估宫颈癌微环境中CAF的异质性，并探索其作为治疗靶点的潜力	宫颈癌微环境中的CAF及其在肿瘤进展中的作用	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	五个宫颈癌样本
114	2024-11-21	RNA splicing analysis deciphers developmental hierarchies and reveals therapeutic targets in adult glioma 2024-Apr-25, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173789 PMID:38662454	研究论文	本文通过计算方法分析了成人胶质瘤中的RNA可变剪接（AS），揭示了与神经发育层次相关的预后AS特征，并探讨了其治疗潜力	本文首次揭示了AS特征与神经发育层次的关联，并验证了PTBP1作为AS特征的关键调控因子，为胶质瘤治疗提供了新的靶点	本文主要依赖于计算分析和体外模型验证，尚未在临床样本中进行全面验证	探讨成人胶质瘤中RNA可变剪接的调控机制及其在治疗中的潜在应用	成人胶质瘤中的RNA可变剪接及其调控因子	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	RNA序列	涉及大量和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未明确提及
115	2024-11-21	Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular landscape of fetal cystic hygroma 2024-04-22, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01859-x PMID:38650036	研究论文	本研究使用单细胞转录组测序技术揭示了胎儿囊性水囊瘤的细胞和分子景观	首次报道了胎儿囊性水囊瘤中单细胞的转录组变化，并揭示了淋巴内皮细胞在其中的富集以及VEGF信号通路的激活	本研究仅限于CH患者的淋巴组织，未涵盖其他可能的相关组织或细胞类型	探讨胎儿囊性水囊瘤的分子机制，特别是细胞亚群的转录组特征和VEGF信号通路的作用	胎儿囊性水囊瘤患者的淋巴组织	数字病理学	胎儿疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	CH患者和对照捐赠者的淋巴组织样本
116	2024-11-21	Revealing Prdx4 as a potential diagnostic and therapeutic target for acute pancreatitis based on machine learning analysis 2024-04-19, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01854-2 PMID:38641608	研究论文	本研究通过机器学习分析揭示了Prdx4作为急性胰腺炎的潜在诊断和治疗靶点	首次使用LASSO和SVM-RFE机器学习方法筛选出Prdx4作为急性胰腺炎的潜在生物标志物，并通过免疫组织化学和重组Prdx4治疗验证了其治疗潜力	研究样本量较小，且仅限于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探索急性胰腺炎的关键基因，以实现有效的诊断和治疗	急性胰腺炎及其相关基因Prdx4	机器学习	急性胰腺炎	LASSO, SVM-RFE, ssGSEA, 免疫组织化学	NA	基因表达数据, 单细胞转录组数据	1357个差异表达基因, 小鼠胰腺组织样本
117	2024-08-07	2024-Apr, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.534 PMID:38585235	研究论文	本研究通过诱导实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型，探讨了视网膜小胶质细胞在疾病发展中的动态变化及其在调节免疫反应中的作用	首次在EAU模型中识别出一种新的炎症亚型视网膜小胶质细胞，并揭示了CD74和CCL5在调节其炎症表型中的作用	NA	探讨自身免疫性葡萄膜炎发病机制及寻找潜在治疗策略	视网膜免疫细胞及小胶质细胞的动态变化	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	在EAU小鼠模型中，对四个时间点的视网膜免疫细胞进行了单细胞RNA测序
118	2024-11-17	Osimertinib in combination with anti-angiogenesis therapy presents a promising option for osimertinib-resistant non-small cell lung cancer 2024-04-24, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03389-w PMID:38658988	研究论文	本文探讨了奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者中的应用	提出了奥希替尼联合抗血管生成疗法作为奥希替尼耐药非小细胞肺癌的新治疗策略	研究为回顾性研究，且样本量有限	探讨奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药非小细胞肺癌患者中的疗效	奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	111例晚期非小细胞肺癌患者
119	2024-11-10	High throughput functional profiling of genes at intraocular pressure loci reveals distinct networks for glaucoma 2024-04-18, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae003 PMID:38272457	研究论文	研究通过基因敲除和高通量功能分析，揭示了与青光眼相关基因的网络	首次在单细胞水平上通过高通量分析研究了基因敲除对眼内压相关基因的影响，并识别出三个具有相似转录组特征的基因网络	研究仅限于特定的细胞系和基因敲除，可能无法完全代表所有青光眼病例	旨在识别与原发性开角型青光眼相关的遗传和形态变异	原发性开角型青光眼相关的基因和细胞形态	数字病理学	青光眼	单细胞RNA测序	NA	图像和基因表达数据	62个基因在55个位点的敲除，包括五个非靶向对照组
120	2024-11-08	A Multimodal Omics Framework to Empower Target Discovery for Cardiovascular Regeneration 2024-Apr, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07484-7 PMID:37421484	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在多物种和多发育阶段中研究健康和受损心脏的发现，并提出了一种多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	提出了一个多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	NA	推动心血管再生新靶点的发现	健康和受损心脏的细胞转录组	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组	多物种和多发育阶段的样本