单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-01-30	Integration of single-cell transcriptome and chromatin accessibility and its application on tumor investigation 2024-Apr, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnae015 PMID:39872661	综述	本文综述了单细胞转录组和染色质可及性测序方法的最新突破，并描述了整合这些单细胞测序数据的生物信息学策略及其在肿瘤研究中的应用	整合单细胞转录组和染色质可及性测序数据，以更深入地理解肿瘤发生和进展	讨论了该领域面临的挑战和预期发展，但未具体说明当前方法的局限性	总结单细胞测序方法的最新进展及其在肿瘤研究中的应用	单细胞转录组和染色质可及性测序数据	生物信息学	肿瘤	单细胞转录组测序, 染色质可及性测序	NA	单细胞测序数据	NA
82	2025-01-22	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cardiac Fibroblast-Specific Transcriptomic Changes in Dilated Cardiomyopathy 2024-04-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13090752 PMID:38727290	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了扩张型心肌病中心脏成纤维细胞的特异性转录组变化	利用最新的单细胞分析工具和更新的生物信息学工作流程，更全面地注释了数据集，并检测到心脏成纤维细胞群体中的差异基因表达	研究结果需要进一步验证，且样本量可能有限	检测扩张型心肌病中的细胞特异性转录组变化	人类扩张型心肌病心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	人类心脏组织样本
83	2025-01-22	Proinflammatory phenotype of B10 and B10pro cells elicited by TNF-α in rheumatoid arthritis 2024-Apr-11, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224878 PMID:38302261	研究论文	本研究探讨了TNF-α在类风湿性关节炎（RA）中对B10和B10pro细胞的促炎表型的影响及其机制	揭示了TNF-α通过干扰SHIP-1引发B10和B10pro细胞的促炎表型，为RA的疾病发展提供了新的解释	研究主要基于RA患者和小鼠模型，结果可能不适用于其他自身免疫疾病	探讨TNF-α在RA中对B10和B10pro细胞的调节作用及其机制	健康个体和RA患者的B10和B10pro细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq数据库重分析、转录组测序、TNF-α-/-和B细胞特异性SHIP-1-/-小鼠疾病模型研究	小鼠疾病模型	基因表达数据	健康个体和RA患者的B10和B10pro细胞样本
84	2025-01-22	Single-cell transcriptome analyses reveal disturbed decidual homoeostasis in obstetric antiphospholipid syndrome 2024-Apr-11, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224930 PMID:38331588	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了产科抗磷脂综合征（OAPS）患者蜕膜细胞的组成和分子特征，并识别了异常的蜕膜微环境	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析OAPS患者蜕膜细胞的组成和分子特征，揭示了异常的蜕膜微环境	样本量较小，仅包括5名OAPS患者和5名健康对照	揭示OAPS患者蜕膜细胞的组成和分子特征，探索其发病机制	产科抗磷脂综合征（OAPS）患者和健康对照的蜕膜细胞	生物信息学	产科抗磷脂综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术，免疫组织化学染色，免疫荧光，ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	5名OAPS患者和5名健康对照的蜕膜样本
85	2025-01-19	Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Heterogeneity and Transcriptional Dynamics in Porcine Circulating CD8+ T Cells 2024-04-16, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080692 PMID:38667307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了猪外周血循环CD8+ T细胞的异质性和转录动态	首次全面描述了猪CD8+ T细胞亚型的异质性和分化轨迹，并鉴定了潜在的转录调控因子	研究主要集中于猪的外周血样本，未涉及其他组织或疾病状态下的CD8+ T细胞	研究猪免疫系统中CD8+ T细胞的异质性和功能	猪外周血中的CD8+ T细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	猪外周血样本
86	2025-01-19	Single-Cell DNA Sequencing Reveals an Evolutionary Pattern of CHIP in Transplant Eligible Multiple Myeloma Patients 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080657 PMID:38667272	研究论文	本文通过单细胞DNA测序技术研究了多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式	首次在多发性骨髓瘤患者中使用高吞吐量单细胞DNA测序技术，揭示了CHIP的进化模式和与治疗反应的关系	样本量较小，仅包括12名患者，且仅对部分患者进行了纵向样本分析	研究多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式及其与治疗反应的关系	多发性骨髓瘤患者	基因组学	多发性骨髓瘤	单细胞DNA测序	NA	DNA序列数据	12名多发性骨髓瘤患者，其中4名患者有纵向样本
87	2025-01-19	Potential Roles of Specific Subclasses of Premotor Interneurons in Spinal Cord Function Recovery after Traumatic Spinal Cord Injury in Adults 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080652 PMID:38667267	综述	本文回顾了在成人创伤性脊髓损伤后，前运动中间神经元在形成新的脊髓内回路中的作用，并强调了研究人员在分类这些细胞群体时遇到的困难	本文强调了单细胞RNA测序和转录组实验在成人脊髓中间神经元分类中的重要性，指出了传统基于胚胎发育转录因子差异表达的方法在成人中的局限性	目前的研究在明确参与运动功能恢复的特定中间神经元群体身份方面仍存在困难	探讨成人创伤性脊髓损伤后，特定亚类前运动中间神经元在脊髓功能恢复中的潜在作用	成人创伤性脊髓损伤后的前运动中间神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序, 转录组实验	NA	RNA测序数据, 转录组数据	NA
88	2025-01-16	ATF3 characterizes aggressive drug-tolerant persister cells in HGSOC 2024-04-24, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06674-x PMID:38658567	研究论文	本文研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中药物耐受性持续细胞（DTP）的特征，特别是ATF3在这些细胞中的作用	研究发现ATF3在促进药物耐受性持续细胞状态中起关键作用，并揭示了ATF3与部分上皮-间质转化（EMT）在HGSOC复发中的关联	研究主要基于实验室模型和有限的患者样本，可能无法完全反映临床实际情况	探讨HGSOC中药物耐受性持续细胞的分子机制及其在复发中的作用	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞系和患者样本	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	259名HGSOC患者的TCGA数据和4名HGSOC患者的单细胞RNA测序数据
89	2025-01-16	Intestinal cell diversity and treatment responses in a parasitic nematode at single cell resolution 2024-Apr-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10203-7 PMID:38575858	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据集，揭示了成年雌性猪蛔虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应	首次在单细胞水平上表征了猪蛔虫肠道细胞的多样性，并识别了与这些细胞相关的生物标志物	研究主要集中于猪蛔虫，可能不适用于所有寄生线虫	研究寄生线虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应，以开发新的抗寄生虫疗法	成年雌性猪蛔虫的肠道细胞	生物信息学	寄生虫感染	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未处理的猪蛔虫肠道细胞
90	2024-12-31	Defining predictors of responsiveness to advanced therapies in Crohn's disease and ulcerative colitis: protocol for the IBD-RESPONSE and nested CD-metaRESPONSE prospective, multicentre, observational cohort study in precision medicine 2024-04-17, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-073639 PMID:38631839	研究论文	本文介绍了一项前瞻性、多中心、观察性队列研究，旨在通过多组学数据创建预测工具，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	该研究首次整合了肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据，以创建预测模型，并计划进行跨治疗比较和独立复制队列研究	研究的主要局限性在于其观察性设计，可能无法完全控制混杂因素，且样本量相对较小（1325名参与者）	研究目标是识别和验证预测模型，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	研究对象为开始接受先进疗法的克罗恩病和溃疡性结肠炎患者	精准医学	克罗恩病和溃疡性结肠炎	多组学数据分析	预测模型	多组学数据（肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据）	1325名参与者
91	2024-12-18	Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs 2024-04-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06182-w PMID:38658617	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了未经治疗的犬原发性骨肉瘤的细胞和分子异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成，并发现了41种转录组学上不同的细胞类型，包括滤泡辅助T细胞、成熟的调节性树突状细胞和8种肿瘤相关巨噬细胞群体	研究仅限于6只未经治疗的犬，样本量较小，可能无法完全代表所有犬骨肉瘤的情况	揭示犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子异质性，为转化免疫肿瘤学研究提供基础	6只未经治疗的犬原发性骨肉瘤	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	35,310个细胞
92	2024-12-17	Single-cell transcriptomics unveil profiles and interplay of immune subsets in rare autoimmune childhood Sjögren's disease 2024-04-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06124-6 PMID:38641668	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了儿童罕见自身免疫性疾病Sjögren病的免疫亚群特征及其相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出儿童Sjögren病中的关键免疫细胞亚群，包括IFN基因富集的单核细胞、CD4 T效应记忆细胞和XCL1 NK细胞，并发现这些细胞在伴有复发性腮腺炎的儿童患者中尤为显著	研究仅限于儿童Sjögren病的外周免疫细胞，未涉及其他组织或器官的免疫细胞	揭示儿童Sjögren病的免疫细胞亚群及其相互作用，为精准医学奠定基础	儿童Sjögren病患者的免疫细胞亚群及其相互作用	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
93	2024-12-17	SPADE: spatial deconvolution for domain specific cell-type estimation 2024-04-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06172-y PMID:38632414	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的组成	SPADE通过整合空间模式到细胞类型组成的分析中，显著提升了对空间基因表达模式的理解	NA	理解不同细胞类型在其空间背景下的基因表达	细胞类型的组成及其在不同位置的比例	基因组学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、组织学数据	空间反卷积	基因表达数据	合成数据和真实数据集
94	2024-12-15	Vaccine-elicited IL-1R signaling results in Th17 TRM-mediated immunity 2024-04-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06138-0 PMID:38594380	研究论文	本文研究了疫苗引发的IL-1R信号传导如何导致Th17 TRM介导的免疫反应	首次揭示了IL-1α在疫苗介导的肺部Th17 TRM细胞生成中的关键作用，并证明了IL-1α可以作为分子佐剂独立于LTA1生成肺部Th17 TRM细胞	研究主要集中在IL-1α的作用，未探讨其他IL-1家族成员在Th17 TRM细胞生成中的潜在作用	探讨疫苗引发的IL-1R信号传导在肺部Th17 TRM细胞生成中的作用	疫苗引发的IL-1R信号传导、肺部Th17 TRM细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
95	2024-12-14	A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia 2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.26.559569 PMID:37808650	研究论文	本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经再生的化合物	首次使用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子分析，筛选出促进神经再生的化合物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经再生能力，以恢复视网膜疾病患者的视力	小鼠Müller胶质细胞的神经再生	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	92种化合物
96	2024-12-14	q-Diffusion leverages the full dimensionality of gene coexpression in single-cell transcriptomics 2024-04-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06104-w PMID:38565955	研究论文	本文介绍了一种名为q-diffusion的框架，用于捕捉单细胞转录组数据中基因共表达的完整维度	q-diffusion框架在捕捉基因共表达结构方面优于现有的分析工具，能够提供更丰富的细胞生物学理解	NA	探索单细胞RNA测序数据的完整维度，以更深入地理解细胞生物学	单细胞RNA测序数据中的基因共表达结构	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及CALGB/SWOG 80405临床试验、体外PBMC数据集和人类皮质组织的空间单细胞RNA测序数据
97	2024-12-13	Single-Cell Analysis Reveals a Subset of High IL-12p40-Secreting Dendritic Cells within Mouse Bone Marrow-Derived Macrophages Differentiated with M-CSF 2024-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300431 PMID:38416039	研究论文	本研究揭示了在小鼠骨髓来源的巨噬细胞中，通过M-CSF分化后存在一小部分高IL-12p40分泌的树突状细胞	首次发现M-CSF分化的小鼠骨髓来源巨噬细胞中存在高表达IL-12p40的树突状细胞亚群，并通过单细胞RNA测序证实了这一亚群的存在	研究仅限于小鼠模型，且主要在体外培养条件下进行，可能无法完全反映体内情况	探讨小鼠骨髓来源巨噬细胞中IL-12p40高表达的树突状细胞亚群的存在及其生物学意义	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的树突状细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的细胞亚群
98	2024-12-12	The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq 2024-Apr-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05788-5 PMID:38689234	研究论文	研究了数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	比较了16种数据转换方法对单细胞聚类分析和批次整合分析的影响，并探讨了数据转换对深度特征编码分析的影响	数据转换方法的性能在不同数据集之间差异较大，每个数据集的最优方法不同	研究数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器模型、原型网络	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
99	2024-12-12	NKX2-2 based nuclei sorting on frozen human archival pancreas enables the enrichment of islet endocrine populations for single-nucleus RNA sequencing 2024-Apr-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10335-w PMID:38689254	研究论文	本文开发了一种基于NKX2-2抗体的单核RNA测序方法，用于从冷冻存档的人胰腺组织中富集胰岛内分泌细胞群体	创新性地使用NKX2-2抗体进行荧光激活的核排序，以富集胰腺内分泌细胞的核，并首次在冷冻存档的胰腺组织中进行单核RNA测序	研究仅限于胰腺内分泌细胞群体，未涵盖其他细胞类型	开发一种新的方法，利用冷冻存档的胰腺组织进行单核RNA测序，以富集胰岛内分泌细胞群体	人胰腺组织中的胰岛内分泌细胞	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	从冷冻存档的人胰腺组织中提取的多个样本
100	2024-12-12	Comparative analysis of 10X Chromium vs. BD Rhapsody whole transcriptome single-cell sequencing technologies in complex human tissues 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28358 PMID:38689972	研究论文	本文比较了10X Chromium和BD Rhapsody两种单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的应用	首次直接比较了两种商业化的高通量单细胞RNA测序技术在前列腺癌样本中的应用，揭示了平台间的差异	研究仅限于局部前列腺癌样本，未涵盖其他类型的癌症或组织	比较不同单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的表现，为选择合适的测序平台提供依据	局部前列腺癌患者的样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自接受根治性前列腺切除术的局部前列腺癌患者的配对样本