单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-09-11	Single cell and bulk RNA sequencing identifies tumor microenvironment subtypes and chemoresistance-related IGF1+ cancer-associated fibroblast in gastric cancer 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167123 PMID:38484940	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，识别了胃癌肿瘤微环境亚型及与化疗耐药相关的IGF1+癌症相关成纤维细胞	首次通过单细胞RNA测序数据识别了胃癌肿瘤微环境的四种亚型，并发现IGF1+癌症相关成纤维细胞与化疗耐药和胃癌复发相关	研究样本量有限，且仅限于胃癌患者，结果的普适性有待进一步验证	揭示胃癌肿瘤微环境的异质性及其对治疗反应的影响机制	胃癌肿瘤微环境及其亚型，特别是与化疗耐药相关的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR，双免疫荧光染色	非负矩阵分解（NMF）	RNA	50个胃癌样本，1406名胃癌患者
82	2024-09-11	Fructose overconsumption accelerates renal dysfunction with aberrant glomerular endothelial-mesangial cell interactions in db/db mice 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167074 PMID:38354758	研究论文	研究探讨了过量果糖摄入对db/db小鼠肾脏功能的影响及其机制	建立了由过量果糖摄入引起的新型糖尿病模型，揭示了果糖摄入通过Lrg1介导的肾小球内皮细胞与系膜细胞之间的异常交流加速糖尿病肾病进展	研究仅在db/db小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨过量果糖摄入对糖尿病肾病进展的影响及其机制	db/db小鼠的肾脏功能及细胞间相互作用	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	db/db小鼠模型
83	2024-09-06	Distinct subpopulations of human subcutaneous adipose tissue precursor cells revealed by single-cell RNA sequencing 2024-04-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00726.2023 PMID:38581663	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了人体皮下脂肪组织前体细胞的不同亚群	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了人体皮下脂肪组织前体细胞的不同亚群，并分析了这些亚群在不同部位的特异性表达	研究样本仅来自八名女性，且未涉及男性样本，可能存在性别差异的影响	探讨人体皮下脂肪组织前体细胞在不同部位的差异及其对脂肪生成的影响	人体皮下腹部和臀股部脂肪组织中的脂肪来源干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	八名女性
84	2024-09-06	IL-36 Regulates Neutrophil Chemotaxis and Bone Loss at the Oral Barrier 2024-04, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231225413 PMID:38414292	研究论文	研究探讨了IL-36家族在口腔屏障中调节中性粒细胞趋化性和骨丢失的机制	首次揭示了IL-36γ在口腔屏障中通过纤维母细胞促进中性粒细胞趋化性的作用，并阐明了其在牙周炎中的病理生理功能	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床数据支持	探讨纤维母细胞在口腔屏障中驱动中性粒细胞趋化信号的特定调节机制	IL-36家族在口腔屏障中的作用及其对中性粒细胞趋化性和骨丢失的影响	NA	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和鼠类牙龈上皮细胞及鼠类中性粒细胞
85	2024-08-31	Opto-combinatorial indexing enables high-content transcriptomics by linking cell images and transcriptomes 2024-04-16, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d3lc00866e PMID:38506394	研究论文	本文介绍了一种将细胞表型行为与单细胞RNA测序（scRNA-seq）相结合的集成分析方法，通过利用细胞的光学指数和凝胶珠的组合实现	该方法通过联合颜色编码将传统落射荧光显微镜测得的光学组合与细胞-凝胶珠对创建的DNA分子条形码相匹配，实现了细胞图像与scRNA-seq的准确链接	NA	旨在开发一种新的方法，将细胞表型与单细胞转录组学数据关联起来	细胞表型行为与单细胞RNA测序数据的关联	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	图像和文本	涉及多种浓度紫杉醇处理的HeLa细胞
86	2024-08-30	Bulk and single-cell transcriptome reveal the immuno-prognostic subtypes and tumour microenvironment heterogeneity in HCC 2024-04, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.15828 PMID:38293784	研究论文	本研究通过分析大量和单细胞转录组数据，揭示了肝细胞癌（HCC）中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性	本研究开发了一种基于相对表达顺序（REO）的免疫相关特征，能够将HCC样本分为两个风险亚组，并验证了其在大量和单细胞转录组数据中的有效性	NA	研究目的是识别肝细胞癌中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性	肝细胞癌（HCC）样本	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	907个HCC样本（包括72个内部样本）和两个单细胞转录组数据集
87	2024-08-19	Interleukin-1β polarization in M1 macrophage mediates myocardial fibrosis in diabetes 2024-Apr-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111858 PMID:38492336	研究论文	研究糖尿病中M1巨噬细胞通过白细胞介素-1β介导心肌纤维化的机制	发现M1巨噬细胞分泌的白细胞介素-1β与成纤维细胞表面的受体相互作用，导致心肌纤维化	NA	探讨糖尿病中心肌纤维化的机制	糖尿病中的心肌纤维化	NA	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	db/db小鼠
88	2024-08-18	Single-cell analysis of the CD8+ T-cell compartment in multiple myeloma reveals disease specific changes are chiefly restricted to a CD69- subset suggesting potent cytotoxic effectors exist within the tumor bed 2024-04-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283062 PMID:37794800	研究论文	本研究分析了多发性骨髓瘤患者骨髓和外周血中的CD8+ T细胞，发现疾病特异性变化主要限于CD69-子集，表明肿瘤床内存在强大的细胞毒性效应细胞	首次详细分析了多发性骨髓瘤肿瘤微环境中CD8+ T细胞的特定变化，并揭示了CD69表达在区分不同CD8+ T细胞子集中的关键作用	研究仅限于未治疗的多发性骨髓瘤患者和非骨髓瘤对照组，未涉及治疗后的患者	探讨多发性骨髓瘤中CD8+ T细胞的特定变化及其在疾病控制中的作用	多发性骨髓瘤患者的骨髓和外周血中的CD8+ T细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	流式细胞术、质谱细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及多发性骨髓瘤患者和非骨髓瘤对照组的骨髓和外周血样本
89	2024-08-15	Placenta accreta spectrum disorder at single-cell resolution: a loss of boundary limits in the decidua and endothelium 2024-04, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2023.10.001 PMID:38296740	研究论文	本研究使用单细胞和空间分辨转录组学技术，分析了胎盘植入谱系障碍中母胎界面的细胞异质性	首次在单细胞分辨率下描述胎盘植入谱系障碍的细胞图谱，揭示了母胎界面细胞类型间的显著基因表达差异	研究样本量较小，仅包括12个胎盘样本	深入理解胎盘植入谱系障碍的病理生理机制	胎盘植入谱系障碍中的母胎界面细胞异质性	数字病理学	胎盘疾病	单细胞RNA测序、空间分辨转录组学	NA	转录组数据	12个胎盘样本，包括6个胎盘植入谱系障碍样本和6个对照样本
90	2024-08-14	Multimodal Analytical Tools to Enhance Mechanistic Understanding of Aortic Valve Calcification 2024-04, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2023.06.017 PMID:37517686	综述	本文综述了转录组学、蛋白质组学和分子影像技术在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）和药物靶点研究中的应用	探讨了大规模RNA测序和单细胞RNA测序在分析组织基因表达谱和细胞亚群中的作用，以及蛋白质组学技术在理解细胞行为和病原途径中的影响	NA	增强对主动脉瓣钙化机制的理解	钙化性主动脉瓣疾病及其药物靶点	分子影像	心血管疾病	RNA测序, 蛋白质组学, 正电子发射断层扫描/计算机断层扫描	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 影像数据	NA
91	2024-08-11	Intestinal cell diversity and treatment responses in a parasitic nematode at single cell resolution 2024-Apr-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10203-7 PMID:38575858	研究论文	本文利用单细胞转录组数据集，详细描述了寄生线虫Ascaris suum肠道细胞的多样性及其对治疗的反应	首次对寄生线虫肠道细胞群体进行了多样性特征描述，并识别了这些细胞的生物标志物，以支持在实验条件下追踪组成细胞	NA	旨在理解寄生线虫肠道细胞的多样性和分子变异，以开发新型治疗药物	寄生线虫Ascaris suum的肠道细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
92	2024-08-08	Single-cell clonal tracing of glandular and circulating T cells identifies a population of CD9+ CD8+ T cells in primary Sjogren's syndrome 2024-04-29, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad071 PMID:37395700	研究论文	本文通过单细胞转录组学和免疫组库测序，研究了原发性干燥综合征（pSS）患者的外分泌腺和外周血中的免疫细胞，发现了一群具有组织定居特性的CD8+ CD9+细胞。	本文首次详细描述了pSS患者受损外分泌腺的免疫细胞景观，并鉴定出一群新的CD8+ CD9+细胞，这些细胞在pSS患者的唾液腺中高度富集，并可能与皮肤血管炎病变中的组织定居记忆细胞有关。	本文仅提供了pSS患者外分泌腺和外周血中免疫细胞的初步图景，未涉及更广泛的系统性研究。	研究pSS患者外分泌腺和外周血中的免疫细胞，以了解其适应性免疫反应。	原发性干燥综合征患者的外分泌腺和外周血中的免疫细胞。	免疫学	自身免疫疾病	单细胞转录组学，免疫组库测序	NA	基因表达数据	外周血样本和唾液腺活检样本
93	2024-08-07	Preprocessing of Single Cell RNA Sequencing Data Using Correlated Clustering and Projection 2024-04-08, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.3c00674 PMID:37402705	研究论文	本文介绍了一种名为Correlated Clustering and Projection (CCP)的新型数据域降维方法，用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的预处理	首次提出CCP方法，将每个相似基因簇投影到一个超基因中，该超基因定义为所有细胞中成对非线性基因-基因相关性的累积。此外，引入了Residue-Similarity指数(RSI)作为新的聚类和分类度量，以及R-S图作为新的可视化工具	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析，特别是解决数据稀疏性和大量基因带来的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	14个基准数据集
94	2024-08-07	Spatial transcriptomics reveals a low extent of transcriptionally active hepatitis B virus integration in patients with HBsAg loss 2024-04-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330577 PMID:37968095	研究论文	本研究通过构建高分辨率的空间转录组，分析了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件的发生和相对分布	首次通过空间转录组学方法，研究了不同阶段慢性HBV感染患者中转录活性HBV整合事件的分布，特别是HBsAg丢失患者	研究样本量较小，仅包括18名患者，可能影响结果的普遍性	探索慢性HBV感染不同阶段，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件在肝脏组织中的分布	慢性HBV感染患者的肝脏组织	数字病理学	肝炎	空间转录组学	NA	转录组数据	18名慢性HBV感染患者的肝脏活检样本，包含13,059个组织点
95	2024-08-07	Establishment and Evaluation of Exosomes-Related Gene Risk Model in Hepatocellular Carcinoma 2024-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-023-10441-6 PMID:37405532	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌患者血液样本中外泌体mRNA表达水平，建立并评估了一个基于外泌体相关基因的风险预测模型，用于肝癌的诊断和预后评估	首次证实了与肝癌发生发展相关的六个基因存在于血液外泌体中，可用于肝癌患者的液体活检，避免了穿刺诊断的需要	NA	建立一个基于外泌体mRNA表达水平的风险预测模型，用于肝癌的诊断和预后评估	肝细胞癌患者血液样本中的外泌体mRNA表达水平	数字病理学	肝细胞癌	液体活检	Lasso Cox分析	mRNA数据	肝细胞癌患者和正常对照的mRNA数据来自TCGA和exoRBase 2.0数据库
96	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Pro-angiogenic Macrophage Profiles Reveal Novel Prognostic Biomarkers and Therapeutic Targets for Osteosarcoma 2024-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-023-10483-w PMID:37603193	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了与骨肉瘤预后相关的促血管生成巨噬细胞亚型，并发现了新的预后生物标志物和治疗靶点	首次报道了促血管生成巨噬细胞在骨肉瘤预后中的作用，并开发了一个基于LASSO算法的预后模型	NA	探索骨肉瘤的预后生物标志物和治疗靶点	骨肉瘤患者的促血管生成巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	LASSO算法	基因表达数据	NA
97	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals RAC1 Involvement in Macrophages Efferocytosis in Diabetic Kidney Disease 2024-Apr, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-023-01942-y PMID:38064011	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了RAC1在糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用中的作用	首次揭示了RAC1在糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用中的关键作用，并通过实验验证了RAC1的表达变化对巨噬细胞功能的影响	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证	探讨糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用相关的分子机制	糖尿病肾病中的巨噬细胞及其吞噬作用	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及多个数据集，包括GSE131882, GSE195460, GSE151302, GSE131685
98	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals characteristic transcription factors in polydactyly 2024-Apr, European review for medical and pharmacological sciences DOI:10.26355/eurrev_202404_36050 PMID:38708480	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了多指畸形中的特征性转录因子	本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析了多指畸形样本中的转录因子及其调控网络，揭示了HOX家族成员和GLI2转录因子在多指畸形过程中的作用	研究仅基于四个多指畸形样本的单细胞RNA测序数据，样本量较小，可能影响结果的普遍性	旨在为多指畸形的潜在生物标志物和治疗靶点的识别提供指导	多指畸形样本中的纤维细胞和角质细胞的转录因子及其调控网络	数字病理学	多指畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	四个多指畸形样本，共11,806个单细胞
99	2024-08-04	Bento: a toolkit for subcellular analysis of spatial transcriptomics data 2024-04-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03217-7 PMID:38566187	研究论文	Bento是一个用于亚细胞空间转录组数据分析的Python工具包	Bento利用单分子信息实现亚细胞尺度的空间分析，填补了现有方法在多细胞尺度的局限	目前尚未提到Bento在极端实验条件或特定细胞类型下的表现	开发一个用于亚细胞尺度空间分析的工具包	分子坐标和分割边界的数据	数字病理学	NA	NA	NA	空间转录组数据	演示了MERFISH、seqFISH+、分子地图绘制和Xenium数据集
100	2024-08-04	Spot-Based Global Registration for Subpixel Stitching of Single-Molecule Resolution Images for Tissue-Scale Spatial Transcriptomics 2024-04-30, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.3c05686 PMID:38621224	研究论文	该文章提出了一种名为基于点的全球配准(SBGR)的新策略，用于高分辨率图像的对齐。	提出的SBGR方法通过关注识别的分子点而非原始图像，实现了超像素精度的图像拼接，并克服了现有图像拼接方法的局限。	该方法在背景信号异质性和分子标记信号微弱的情况下仍需提高适应性。	研究旨在开发一种新方法，以提高单分子分辨率图像在组织尺度空间转录组学中的拼接精度。	研究对象为组织尺度的单分子分辨率图像。	数字病理学	NA	NA	NA	图像	NA