单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 509 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-11-06 |
Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109397
PMID:38510120
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次在单细胞水平上解析了人视网膜类器官发育的时空转录组和染色质可及性 | 首次在单细胞水平上提供了视网膜类器官发育的时空转录组数据，并结合单细胞ATAC测序揭示了细胞类型特异的转录因子结合位点 | 研究主要集中在视网膜类器官的早期发育阶段，可能无法完全代表真实的人类视网膜发育过程 | 研究人视网膜类器官发育的分子机制 | 人视网膜类器官的早期发育 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据 | 多个视网膜类器官样本 |
| 42 | 2024-11-02 |
Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics
2024-Apr-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02186-3
PMID:38580861
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GeneTrajectory的方法，通过最优传输距离计算基因分布之间的距离，以提取基因程序并定义其伪时间顺序，从而推断单细胞数据中的基因轨迹 | GeneTrajectory方法通过计算基因分布之间的最优传输距离，能够更准确地提取基因动态，并区分细胞轨迹方法无法解析的关键基因程序 | NA | 开发一种新的方法来推断单细胞数据中的基因轨迹，以揭示生物过程中的基因动态 | 单细胞RNA测序数据中的基因动态和细胞状态转换 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 最优传输距离 | 基因分布 | NA |
| 43 | 2024-10-30 |
scLENS: data-driven signal detection for unbiased scRNA-seq data analysis
2024-Apr-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47884-3
PMID:38678050
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研究论文 | 本文开发了一种名为scLENS的降维工具，用于无偏差的单细胞RNA测序数据分析 | scLENS通过L2归一化解决了对数归一化过程中的信号失真问题，并利用随机矩阵理论和信号鲁棒性测试实现了数据驱动的信号维度确定 | NA | 解决单细胞RNA测序数据分析中的信号失真和用户偏差问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 44 | 2024-10-26 |
Senolytic and senomorphic agent procyanidin C1 alleviates structural and functional decline in the aged retina
2024-Apr-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2311028121
PMID:38657052
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研究论文 | 研究了衰老视网膜中细胞衰老负担增加对结构和功能的影响，并验证了原花青素C1（PCC1）的抗衰老和抗衰老细胞特性 | 首次全面描述了PCC1对衰老视网膜的改善作用，并通过单细胞RNA测序揭示了其分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证 | 探讨衰老视网膜中的细胞衰老负担及其治疗潜力 | 衰老视网膜的结构和功能变化 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 45 | 2024-10-25 |
Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone
2024-Apr, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.107158
PMID:38479598
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对小鼠骨膜和骨内膜相关的间充质细胞进行了分类和鉴定 | 本研究通过整合已发表数据和内部数据，创建了一个小鼠骨相关细胞的图谱，揭示了11种主要细胞群，并发现了与成骨细胞密切相关的几种新型细胞类型 | 本研究主要集中在小鼠模型上，结果的普适性可能有限 | 增加成骨细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据量，比较骨膜和骨内细胞的差异，并明确与小鼠骨相关的主要细胞类型 | 小鼠骨膜和骨内膜相关的间充质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过100,000个间充质细胞 |
| 46 | 2024-10-24 |
Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis
2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.23.590827
PMID:38712255
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图神经网络的建模框架ONTraC，用于分析组织微环境中空间连续变化 | 提出了ONTraC方法，通过图神经网络构建微环境轨迹，相比现有方法在重建空间轨迹方面表现更优 | NA | 开发一种新的计算方法来分析组织微环境中的空间连续变化 | 组织微环境中的空间连续变化 | 计算机视觉 | NA | 图神经网络 | 图神经网络 | 空间转录组数据 | NA |
| 47 | 2024-10-24 |
PROSTATE CELL HETEROGENEITY AND CXCL17 UPREGULATION IN MOUSE STEROID HORMONE IMBALANCE
2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.24.590980
PMID:38712029
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研究论文 | 研究了在小鼠激素失衡模型中前列腺细胞异质性和CXCL17上调的现象 | 首次在小鼠激素失衡模型中识别出特定的泡沫细胞亚群，并确认了CXCL17在驱动巨噬细胞迁移和腔内定位中的潜在病理作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果 | 进一步表征激素失衡模型中前列腺的细胞异质性，并识别招募的泡沫细胞的特定转录组特征 | 小鼠前列腺中的巨噬细胞和泡沫细胞 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6J雄性小鼠，植入睾酮和雌二醇缓释颗粒（T+E2），两周后采集前列腺样本 |
| 48 | 2024-10-24 |
Tissue and cellular spatiotemporal dynamics in colon aging
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590125
PMID:38712088
|
研究论文 | 研究构建了结肠在不同解剖区域和年龄组的细胞和空间图谱，并开发了一种新的计算框架cSplotch，用于分析空间转录组学和单核RNA测序数据，以揭示结肠衰老过程中的细胞和分子动态变化 | 开发了新的计算框架cSplotch，利用层次贝叶斯模型分析空间解析的细胞表达，结合组织学特征跨样本和数据模式共享信息 | NA | 揭示结肠衰老过程中的细胞和分子动态变化 | 结肠组织在不同解剖区域和年龄组的细胞和分子表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | 层次贝叶斯模型 | 空间转录组数据，单核RNA测序数据 | 约1500个鼠类肠道组织样本，约400,000个单核RNA测序样本 |
| 49 | 2024-10-24 |
Therapeutic Activity of Resolvin D1 (RvD1) in Murine MASH
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590633
PMID:38712196
|
研究论文 | 研究了Resolvin D1 (RvD1)在实验性代谢相关脂肪性肝炎（MASH）小鼠模型中的治疗作用及其机制 | 揭示了RvD1通过抑制Stat1-Cxcl10信号通路减少炎症、缓解内质网应激介导的细胞凋亡以及促进MMP介导的纤维化逆转 | NA | 确定RvD1保护MASH进展的机制 | 实验性MASH小鼠模型中的RvD1治疗效果 | NA | 代谢相关脂肪性肝炎 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）、Kupffer细胞、T细胞和原代肝细胞 |
| 50 | 2024-10-24 |
STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIPS OF MUCOCILIARY CLEARANCE IN HUMAN AIRWAYS
2024-Apr-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4164522/v1
PMID:38746209
|
研究论文 | 研究探讨了人类气道中组织水平结构与纤毛器官功能之间的复杂关系，特别是气道的形态组织及其在黏液纤毛清除中的作用 | 首次在人类和老鼠中绘制了纤毛和分泌细胞类型沿气道树的分布图，并揭示了物种间纤毛功能的差异 | 依赖动物数据限制了对人类气道屏障功能的关键见解，并阻碍了与人类相关的气道疾病建模 | 理解气道形态组织与黏液纤毛清除功能之间的关系，并探讨这种关系在其他纤毛器官中的潜在影响 | 人类气道的形态组织及其在黏液纤毛清除中的作用 | NA | 慢性阻塞性肺病 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-10-24 |
Long-Term Follow-Up Defines the Population That Benefits from Early Interception in a High-Risk Smoldering Multiple Myeloma Clinical Trial Using the Combination of Ixazomib, Lenalidomide, and Dexamethasone
2024-Apr-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.04.19.24306082
PMID:38699307
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研究论文 | 本研究探讨了伊沙佐米、来那度胺和地塞米松联合治疗高风险冒烟型多发性骨髓瘤（HR-SMM）的长期随访结果，并分析了深度反应对长期预后的影响 | 首次研究了深度反应对HR-SMM患者长期预后的影响，并探讨了基因组改变和20/2/20模型在定义早期治疗受益人群中的作用 | 研究样本量较小，且未探讨所有可能的基因组改变对预后的影响 | 评估伊沙佐米、来那度胺和地塞米松联合治疗HR-SMM的长期疗效和安全性，并探讨深度反应对预后的影响 | 高风险冒烟型多发性骨髓瘤患者 | NA | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、全基因组测序 | NA | 基因组数据、单细胞数据 | 55名患者 |
| 52 | 2024-10-24 |
Single-molecule RNA-FISH analysis reveals stochasticity in reactivation of latent HIV-1 regulated by Nuclear Orphan Receptors NR4A and cMYC
2024-Apr-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4166090/v1
PMID:38699331
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研究论文 | 研究使用单分子RNA荧光原位杂交（smRNA-FISH）和FISH-Quant分析，揭示了HIV-1潜伏细胞再激活的高度变异性和随机性，并发现NR4A3和cMYC作为与随机再激活相关的外源因子 | 首次揭示了HIV-1潜伏细胞再激活的随机性和爆发性，并识别了NR4A3和cMYC作为潜在的调节因子 | 研究主要集中在细胞系和无病毒患者样本，未涵盖所有HIV-1感染情况 | 探讨HIV-1潜伏细胞再激活的机制及其潜在的药物靶点 | HIV-1潜伏细胞及其再激活过程 | 生物医学 | HIV感染 | 单分子RNA荧光原位杂交（smRNA-FISH）、RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 包括潜伏细胞系和无病毒患者的CD4 T细胞 |
| 53 | 2024-10-24 |
Precision and Accuracy of Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
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研究论文 | 评估单细胞/核RNA测序数据的精度和准确性 | 首次系统评估了18个单细胞/核RNA测序数据集的精度和准确性，并强调了细胞数量和RNA质量对表达精度和准确性的关键影响 | 研究仅限于人类脑部研究数据和培养的单核吞噬细胞数据，未涵盖其他组织或细胞类型 | 评估单细胞/核RNA测序数据的精度和准确性，以提高下游分析的可靠性 | 18个单细胞/核RNA测序数据集的精度和准确性 | 生物信息学 | NA | 单细胞/核RNA测序 (sc/snRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | 3,483,905个细胞来自297个个体 |
| 54 | 2024-10-24 |
IQGAP2 regulates blood-brain barrier immune dynamics
2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.07.527394
PMID:38645082
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研究论文 | 研究探讨了IQGAP2蛋白在调节血脑屏障免疫动态中的作用 | 首次揭示了IQGAP2在维持血脑屏障免疫特权和限制白细胞进入中枢神经系统中的关键作用 | 研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，尚未在人类中进行广泛验证 | 探讨IQGAP2在血脑屏障免疫动态中的作用 | 脑内皮细胞和IQGAP2蛋白 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序和免疫组织化学 | NA | RNA | 小鼠和斑马鱼模型，以及人类组织样本 |
| 55 | 2024-10-24 |
A single cell atlas of the mouse seminal vesicle
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.08.588538
PMID:38645090
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研究论文 | 本文报道了首个小鼠精囊的单细胞RNA测序图谱 | 首次生成小鼠精囊的单细胞RNA测序图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征 | NA | 研究小鼠精囊的细胞组成及其在生殖过程中的作用 | 小鼠精囊的分泌细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 23只不同年龄和饮食挑战的小鼠 |
| 56 | 2024-10-24 |
Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease
2024-Apr-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4183332/v1
PMID:38659911
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研究论文 | 本文通过全外显子测序和同源性映射，识别了MYO1C基因中的隐性变异作为儿童肾病综合征的新潜在原因 | 首次识别MYO1C基因中的隐性变异作为儿童肾病综合征的新潜在原因 | 研究样本仅限于1649名患有肾病综合征的儿童，可能存在样本偏倚 | 揭示肾病综合征的新的单基因原因 | MYO1C基因中的隐性变异 | NA | 肾病 | 全外显子测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1649名患有肾病综合征的儿童 |
| 57 | 2024-10-24 |
Leveraging cross-source heterogeneity to improve the performance of bulk gene expression deconvolution
2024-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.07.588458
PMID:38645128
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CSsingle的新方法，用于从现有的批量转录组数据中提取细胞信息 | CSsingle方法通过使用scRNA-seq参考数据，能够更准确地将批量数据反卷积为预定义的细胞类型集合，并显示出比现有方法更高的准确性和鲁棒性 | NA | 提高批量基因表达反卷积的性能 | 批量转录组数据和scRNA-seq参考数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多种真实数据集 |
| 58 | 2024-10-20 |
Comparative Single Cell Analysis of Transcriptional Bursting Reveals the Role of Genome Organization on de novo Transcript Origination
2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.591771
PMID:38746255
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研究论文 | 本文通过比较单细胞RNA测序研究了转录爆发与基因组组织在新生转录本起源中的作用 | 本文首次量化了物种和细胞类型特异性差异对转录爆发的影响，并识别出一组198个基因，这些基因在不同物种间具有高度预测性且对物种特异性差异具有鲁棒性 | 本文主要集中在三个近缘物种的比较研究，可能无法完全代表所有物种的转录爆发机制 | 研究转录爆发与基因组组织在新生转录本起源中的作用 | 精子发生过程中的转录爆发和基因组组织 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 三个近缘物种的细胞样本 |
| 59 | 2024-10-19 |
Human Motor Neurons Elicit Pathological Hallmarks of ALS and Reveal Potential Biomarkers of the Disease in Response to Prolonged IFNγ Exposure
2024-Apr-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1787-23.2024
PMID:38413232
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研究论文 | 研究探讨了人类运动神经元在长时间IFNγ暴露下表现出ALS病理特征，并揭示了潜在的ALS生物标志物 | 首次展示了长时间IFNγ暴露下人类运动神经元中TDP-43的严重细胞质聚集，并发现PD-L1表达增加可能与ALS发展有关 | 研究主要集中在体外实验，缺乏体内验证；样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨IFNγ暴露对人类运动神经元的影响，揭示ALS病理机制和潜在治疗靶点 | 人类诱导多能干细胞衍生的脊髓运动神经元 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 60 | 2024-10-19 |
Single-cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension
2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.11.579846
PMID:38370670
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学技术，发现脂肪酸结合蛋白在肺动脉高压中的调控作用 | 首次揭示了FABP4和FABP5在肺动脉高压中的异常表达及其对内皮细胞糖酵解和远端动脉编程的影响 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本，需要进一步在更多临床样本中验证 | 探讨肺动脉高压的细胞和分子机制，为开发新的治疗方法提供依据 | 肺动脉高压患者的内皮细胞和肺组织 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、空间转录组学分析 | NA | RNA | 包括CKO小鼠、IPAH患者和PH大鼠的肺动脉内皮细胞及肺组织 |