单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-02-06	Maternal factor Trim75 contributes to zygotic genome activation program in mouse early embryos 2024-Apr-20, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09349-0 PMID:38643284	研究论文	本研究探讨了母源因子Trim75在小鼠早期胚胎合子基因组激活（ZGA）中的作用	首次将Trim75识别为次要ZGA的潜在驱动因子，并揭示了其通过招募EP300和建立H3K27ac在基因体内促进哺乳动物胚胎植入前发育的机制	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，未直接在人类胚胎中验证Trim75的功能	阐明母源因子在哺乳动物合子基因组激活中的作用	小鼠早期胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	基于已发表的小鼠胚胎干细胞单细胞RNA测序数据
42	2025-02-06	Immune microniches shape intestinal Treg function 2024-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07251-0 PMID:38570678	研究论文	本文研究了肠道免疫系统中T调节细胞（Treg）功能的空间机制，特别是在耐受和炎症条件下的微环境作用	通过活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肠道固有层中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化	研究主要聚焦于Helicobacter hepaticus反应性T细胞，可能不适用于其他微生物或抗原的反应	探索肠道免疫系统中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化	Helicobacter hepaticus反应性T细胞	免疫学	炎症性疾病	活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
43	2025-02-05	BuDDI: BulkDeconvolution withDomainInvariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.20.549951 PMID:37503097	研究论文	本文提出了一种名为BuDDI的新方法，通过域适应技术整合批量数据和单细胞RNA测序数据，以推断细胞类型特异性的扰动效应	BuDDI利用变分自编码器（VAE）学习独立的潜在空间，涵盖细胞类型比例、扰动效应、结构化实验变异性和剩余变异性，从而模拟细胞类型特异性的扰动响应	BuDDI在训练过程中未使用单细胞扰动数据，仅依赖批量数据，可能在某些复杂实验设计中存在局限性	研究目的是通过整合批量数据和单细胞RNA测序数据，推断细胞类型特异性的扰动效应	研究对象为批量数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	批量数据和单细胞RNA测序数据	模拟和真实数据，实验设计复杂度逐渐增加
44	2025-02-05	The Extracellular Niche and Tumor Microenvironment Enhance KRAS Inhibitor Efficacy in Pancreatic Cancer 2024-Apr-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2504 PMID:38294344	研究论文	本文研究了KRAS抑制剂MRTX1133在胰腺导管腺癌（PDAC）中的疗效，并探讨了肿瘤微环境对治疗效果的影响	研究发现ITGB1是增强MRTX1133治疗反应的靶点，并在3D细胞培养和体内模型中验证了MRTX1133的显著疗效，揭示了KRASG12D抑制在调节肿瘤微环境中的免疫反应	研究主要基于细胞系和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	开发新的胰腺导管腺癌治疗策略	胰腺导管腺癌细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型	肿瘤学	胰腺癌	CRISPR-Cas9功能缺失筛选、单细胞测序、多光谱成像	NA	基因表达数据、肿瘤组织数据	多个PDAC细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型
45	2025-01-30	Integration of single-cell transcriptome and chromatin accessibility and its application on tumor investigation 2024-Apr, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnae015 PMID:39872661	综述	本文综述了单细胞转录组和染色质可及性测序方法的最新突破，并描述了整合这些单细胞测序数据的生物信息学策略及其在肿瘤研究中的应用	整合单细胞转录组和染色质可及性测序数据，以更深入地理解肿瘤发生和进展	讨论了该领域面临的挑战和预期发展，但未具体说明当前方法的局限性	总结单细胞测序方法的最新进展及其在肿瘤研究中的应用	单细胞转录组和染色质可及性测序数据	生物信息学	肿瘤	单细胞转录组测序, 染色质可及性测序	NA	单细胞测序数据	NA
46	2024-08-04	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.17.576110 PMID:38328153	研究论文	本文汇总了九种癌症类型的单细胞RNA测序数据集，以研究癌细胞对免疫检查点抑制治疗的反应	该研究整合了不同癌症类型的多个单细胞RNA测序数据集，提供了独特资源以便研究水肿及探索用户友好的界面	该研究整合了有限的样本数量，可能无法代表所有癌症类型的广泛反应	本研究旨在探索癌细胞对免疫检查点抑制治疗的反应	研究对象为174名患者的90270个癌细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	174名患者和90270个癌细胞
47	2025-01-22	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cardiac Fibroblast-Specific Transcriptomic Changes in Dilated Cardiomyopathy 2024-04-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13090752 PMID:38727290	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了扩张型心肌病中心脏成纤维细胞的特异性转录组变化	利用最新的单细胞分析工具和更新的生物信息学工作流程，更全面地注释了数据集，并检测到心脏成纤维细胞群体中的差异基因表达	研究结果需要进一步验证，且样本量可能有限	检测扩张型心肌病中的细胞特异性转录组变化	人类扩张型心肌病心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	人类心脏组织样本
48	2025-01-22	How Mycobacterium tuberculosis builds a home: Single-cell analysis reveals M. tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of anti-inflammatory macrophages in infected mouse lungs 2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.20.590421 PMID:38712150	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了ESX-1在结核分枝杆菌感染小鼠和鼠骨髓源性巨噬细胞中的异质性和反应中的作用	首次揭示了ESX-1在结核分枝杆菌感染过程中招募和分化抗炎性单核吞噬细胞的作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类感染的情况	研究结核分枝杆菌ESX-1在单核吞噬细胞招募和分化中的作用	小鼠和鼠骨髓源性巨噬细胞	生物医学	结核病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠和鼠骨髓源性巨噬细胞
49	2025-01-22	Proinflammatory phenotype of B10 and B10pro cells elicited by TNF-α in rheumatoid arthritis 2024-Apr-11, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224878 PMID:38302261	研究论文	本研究探讨了TNF-α在类风湿性关节炎（RA）中对B10和B10pro细胞的促炎表型的影响及其机制	揭示了TNF-α通过干扰SHIP-1引发B10和B10pro细胞的促炎表型，为RA的疾病发展提供了新的解释	研究主要基于RA患者和小鼠模型，结果可能不适用于其他自身免疫疾病	探讨TNF-α在RA中对B10和B10pro细胞的调节作用及其机制	健康个体和RA患者的B10和B10pro细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq数据库重分析、转录组测序、TNF-α-/-和B细胞特异性SHIP-1-/-小鼠疾病模型研究	小鼠疾病模型	基因表达数据	健康个体和RA患者的B10和B10pro细胞样本
50	2025-01-22	Single-cell transcriptome analyses reveal disturbed decidual homoeostasis in obstetric antiphospholipid syndrome 2024-Apr-11, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224930 PMID:38331588	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了产科抗磷脂综合征（OAPS）患者蜕膜细胞的组成和分子特征，并识别了异常的蜕膜微环境	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析OAPS患者蜕膜细胞的组成和分子特征，揭示了异常的蜕膜微环境	样本量较小，仅包括5名OAPS患者和5名健康对照	揭示OAPS患者蜕膜细胞的组成和分子特征，探索其发病机制	产科抗磷脂综合征（OAPS）患者和健康对照的蜕膜细胞	生物信息学	产科抗磷脂综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术，免疫组织化学染色，免疫荧光，ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	5名OAPS患者和5名健康对照的蜕膜样本
51	2025-01-22	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.547944 PMID:37461466	研究论文	本文介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据，以准确注释细胞类型	MMoCHi是一种基于标记的分类方法，能够在不依赖参考图谱的情况下整合基因和蛋白质表达数据，优于现有的转录组分类器和多模态无监督聚类方法	NA	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以准确注释免疫细胞类型	免疫细胞	单细胞组学	NA	CITE-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	分选的T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集
52	2025-01-19	Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Heterogeneity and Transcriptional Dynamics in Porcine Circulating CD8+ T Cells 2024-04-16, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080692 PMID:38667307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了猪外周血循环CD8+ T细胞的异质性和转录动态	首次全面描述了猪CD8+ T细胞亚型的异质性和分化轨迹，并鉴定了潜在的转录调控因子	研究主要集中于猪的外周血样本，未涉及其他组织或疾病状态下的CD8+ T细胞	研究猪免疫系统中CD8+ T细胞的异质性和功能	猪外周血中的CD8+ T细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	猪外周血样本
53	2025-01-19	Single-Cell DNA Sequencing Reveals an Evolutionary Pattern of CHIP in Transplant Eligible Multiple Myeloma Patients 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080657 PMID:38667272	研究论文	本文通过单细胞DNA测序技术研究了多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式	首次在多发性骨髓瘤患者中使用高吞吐量单细胞DNA测序技术，揭示了CHIP的进化模式和与治疗反应的关系	样本量较小，仅包括12名患者，且仅对部分患者进行了纵向样本分析	研究多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式及其与治疗反应的关系	多发性骨髓瘤患者	基因组学	多发性骨髓瘤	单细胞DNA测序	NA	DNA序列数据	12名多发性骨髓瘤患者，其中4名患者有纵向样本
54	2025-01-19	Potential Roles of Specific Subclasses of Premotor Interneurons in Spinal Cord Function Recovery after Traumatic Spinal Cord Injury in Adults 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080652 PMID:38667267	综述	本文回顾了在成人创伤性脊髓损伤后，前运动中间神经元在形成新的脊髓内回路中的作用，并强调了研究人员在分类这些细胞群体时遇到的困难	本文强调了单细胞RNA测序和转录组实验在成人脊髓中间神经元分类中的重要性，指出了传统基于胚胎发育转录因子差异表达的方法在成人中的局限性	目前的研究在明确参与运动功能恢复的特定中间神经元群体身份方面仍存在困难	探讨成人创伤性脊髓损伤后，特定亚类前运动中间神经元在脊髓功能恢复中的潜在作用	成人创伤性脊髓损伤后的前运动中间神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序, 转录组实验	NA	RNA测序数据, 转录组数据	NA
55	2025-01-16	ATF3 characterizes aggressive drug-tolerant persister cells in HGSOC 2024-04-24, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06674-x PMID:38658567	研究论文	本文研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中药物耐受性持续细胞（DTP）的特征，特别是ATF3在这些细胞中的作用	研究发现ATF3在促进药物耐受性持续细胞状态中起关键作用，并揭示了ATF3与部分上皮-间质转化（EMT）在HGSOC复发中的关联	研究主要基于实验室模型和有限的患者样本，可能无法完全反映临床实际情况	探讨HGSOC中药物耐受性持续细胞的分子机制及其在复发中的作用	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞系和患者样本	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	259名HGSOC患者的TCGA数据和4名HGSOC患者的单细胞RNA测序数据
56	2025-01-16	Intestinal cell diversity and treatment responses in a parasitic nematode at single cell resolution 2024-Apr-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10203-7 PMID:38575858	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据集，揭示了成年雌性猪蛔虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应	首次在单细胞水平上表征了猪蛔虫肠道细胞的多样性，并识别了与这些细胞相关的生物标志物	研究主要集中于猪蛔虫，可能不适用于所有寄生线虫	研究寄生线虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应，以开发新的抗寄生虫疗法	成年雌性猪蛔虫的肠道细胞	生物信息学	寄生虫感染	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未处理的猪蛔虫肠道细胞
57	2024-12-31	Defining predictors of responsiveness to advanced therapies in Crohn's disease and ulcerative colitis: protocol for the IBD-RESPONSE and nested CD-metaRESPONSE prospective, multicentre, observational cohort study in precision medicine 2024-04-17, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-073639 PMID:38631839	研究论文	本文介绍了一项前瞻性、多中心、观察性队列研究，旨在通过多组学数据创建预测工具，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	该研究首次整合了肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据，以创建预测模型，并计划进行跨治疗比较和独立复制队列研究	研究的主要局限性在于其观察性设计，可能无法完全控制混杂因素，且样本量相对较小（1325名参与者）	研究目标是识别和验证预测模型，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	研究对象为开始接受先进疗法的克罗恩病和溃疡性结肠炎患者	精准医学	克罗恩病和溃疡性结肠炎	多组学数据分析	预测模型	多组学数据（肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据）	1325名参与者
58	2024-12-18	Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs 2024-04-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06182-w PMID:38658617	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了未经治疗的犬原发性骨肉瘤的细胞和分子异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成，并发现了41种转录组学上不同的细胞类型，包括滤泡辅助T细胞、成熟的调节性树突状细胞和8种肿瘤相关巨噬细胞群体	研究仅限于6只未经治疗的犬，样本量较小，可能无法完全代表所有犬骨肉瘤的情况	揭示犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子异质性，为转化免疫肿瘤学研究提供基础	6只未经治疗的犬原发性骨肉瘤	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	35,310个细胞
59	2024-12-17	Single-cell transcriptomics unveil profiles and interplay of immune subsets in rare autoimmune childhood Sjögren's disease 2024-04-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06124-6 PMID:38641668	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了儿童罕见自身免疫性疾病Sjögren病的免疫亚群特征及其相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出儿童Sjögren病中的关键免疫细胞亚群，包括IFN基因富集的单核细胞、CD4 T效应记忆细胞和XCL1 NK细胞，并发现这些细胞在伴有复发性腮腺炎的儿童患者中尤为显著	研究仅限于儿童Sjögren病的外周免疫细胞，未涉及其他组织或器官的免疫细胞	揭示儿童Sjögren病的免疫细胞亚群及其相互作用，为精准医学奠定基础	儿童Sjögren病患者的免疫细胞亚群及其相互作用	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
60	2024-12-17	SPADE: spatial deconvolution for domain specific cell-type estimation 2024-04-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06172-y PMID:38632414	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的组成	SPADE通过整合空间模式到细胞类型组成的分析中，显著提升了对空间基因表达模式的理解	NA	理解不同细胞类型在其空间背景下的基因表达	细胞类型的组成及其在不同位置的比例	基因组学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、组织学数据	空间反卷积	基因表达数据	合成数据和真实数据集