单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 490 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-06-17 |
To be or not to be - Decoding the Trabecular Meshwork Cell Identity
2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.591346
PMID:38746421
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序对比原代人小梁网细胞培养物与组织，解码小梁网细胞身份 | 首次采用单细胞RNA测序方法比较原代hTM细胞培养物与组织中的细胞身份和可翻译性 | 未明确说明局限性 | 揭示原代hTM细胞培养物与组织之间的细胞身份差异及其可翻译性 | 原代人小梁网细胞培养物和小梁网组织 | 单细胞转录组学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14个原代hTM样本，包括4个来自青光眼患者的样本，传代1-4次 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2026-06-17 |
Opto-combinatorial indexing enables high-content transcriptomics by linking cell images and transcriptomes
2024-04-16, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d3lc00866e
PMID:38506394
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研究论文 | 提出一种结合光学索引与单细胞转录组学的综合分析方法，通过细胞与水凝胶珠的光学索引组合实现细胞图像与转录组的链接 | 引入光学组合索引实现高通量成像与单细胞RNA测序的直接关联，无需复杂设备即可进行多路化学转录组学分析 | 未提及方法在异质性组织样本中的适用性或大规模验证的局限性 | 开发一种整合细胞图像与单细胞转录组数据的简单方法，用于揭示细胞表型与基因表达的关系 | 混合物种实验细胞、经电穿孔和脂质体转染标记的细胞、紫杉醇处理的HeLa细胞 | 计算机视觉 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 未明确说明样本数量，涉及混合物种实验和HeLa细胞多浓度处理 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 下一代测序平台用于DNA分子条形码测序 |
| 43 | 2026-06-15 |
Single-cell transcriptome atlas in C57BL/6 mice encodes morphological phenotypes in the aging kidneys
2024-04-19, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-024-03514-0
PMID:38641839
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研究论文 | 构建C57BL/6小鼠不同发育阶段肾脏的单细胞转录组图谱，并关联形态表型 | 首次全面描绘C57BL/6小鼠从胚胎期到衰老期的肾脏形态和单细胞转录组图谱，并揭示肾小球基底膜结节的年龄相关形成机制 | 仅使用C57BL/6单一品系小鼠，可能无法完全代表其他品系或人类肾脏衰老特征 | 提供C57BL/6小鼠肾脏发育的参考标准，并探究衰老相关的形态表型及分子机制 | C57BL/6小鼠肾脏组织（从胚胎18.5天到30月龄） | 数字病理学 | 衰老相关肾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 8个年龄组，每组5-6只小鼠，共约48只 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2026-06-01 |
Decoding the universal human chromatin landscape through teratoma-based profiling
2024-04-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae021
PMID:38281248
|
研究论文 | 本研究通过畸胎瘤分析，整合人类胚胎干细胞来源畸胎瘤的表观基因组和转录组，构建表观遗传特征矩阵，并利用单细胞多组学图谱揭示组织异质性 | 首次构建基于畸胎瘤的全人类染色质图谱，整合单细胞多组学（RNA-Seq和ATAC-Seq）与组织学数字染色工具，实现细胞类型注释和表观遗传景观量化 | 未提及，可能涉及畸胎瘤模型的生理相关性或样本规模限制 | 解析人类畸胎瘤的表观基因组和转录组景观，建立通用性染色质状态模型 | 人类胚胎干细胞来源的畸胎瘤组织及其细胞类型 | 数字病理学, 单细胞组学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq, scATAC-seq, 组织学数字染色 | CNN, 特征矩阵模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织学图像 | 基于畸胎瘤样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞多组学平台用于scRNA-Seq和scATAC-Seq分析 |
| 45 | 2026-06-01 |
q-Diffusion leverages the full dimensionality of gene coexpression in single-cell transcriptomics
2024-04-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06104-w
PMID:38565955
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研究论文 | 提出q-diffusion框架，利用单细胞转录组中基因共表达的完整维度，提升数据分析效果 | 首次提出能捕获整个基因库共表达结构的q-diffusion框架，在统计显著性、分类精度和聚类效果上超越现有方法 | 未明确说明局限 | 开发一种能充分利用单细胞RNA测序数据全维度信息的方法，以增强细胞生物学理解 | 转移性结直肠癌患者、外周血单个核细胞（PBMC）、人类皮层组织 | 机器学习 | 转移性结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | q-diffusion | 基因表达数据 | CALGB/SWOG 80405临床试验样本、体外PBMC数据集、Tabula Sapiens人类图谱、空间scRNAseq人皮层组织数据 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 46 | 2026-05-31 |
Interferon-α stimulates DExH-box helicase 58 to prevent hepatocyte ferroptosis
2024-04-15, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00524-9
PMID:38622688
|
研究论文 | 本研究揭示干扰素-α通过刺激DExH盒螺旋酶58防止肝细胞铁死亡，为肝缺血再灌注损伤提供潜在治疗策略 | 首次发现DHX58作为RNA结合蛋白，通过招募m6A读取器YTHDC2促进GPX4 mRNA翻译，以m6A依赖方式抑制铁死亡，并揭示IFN-α在其中的调控作用 | 未提及具体局限性 | 探究DEAD/DExH盒螺旋酶家族成员在肝缺血再灌注损伤中调控肝细胞铁死亡的机制 | 肝细胞特异性Dhx58敲除小鼠和肝脏I/R损伤模型 | 数字病理学 | 其他疾病（肝缺血再灌注损伤） | 转录组分析、单细胞RNA测序、RNA免疫沉淀测序、免疫沉淀质谱 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 肝细胞特异性Dhx58敲除小鼠；肝脏I/R损伤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 47 | 2026-05-31 |
The implications of single-cell RNA-seq analysis in prostate cancer: unraveling tumor heterogeneity, therapeutic implications and pathways towards personalized therapy
2024-04-11, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00526-7
PMID:38605399
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示前列腺癌肿瘤异质性、治疗意义及个性化治疗路径中的应用 | 系统总结了单细胞RNA测序与其他单细胞技术在前列腺癌研究中的综合应用，特别是小鼠与人类前列腺癌差异及多组学整合分析 | 单细胞技术在前列腺癌中的应用仍有限，现有研究多集中于特定亚型，未来需扩大样本和数据类型 | 探讨单细胞RNA测序在前列腺癌基础与临床研究中的意义，并为个性化医疗提供新见解 | 前列腺癌肿瘤细胞及微环境 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 48 | 2026-05-29 |
Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer
2024-04, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02598-7
PMID:38332180
|
research paper | 研究化疗免疫联合疗法在膀胱癌中诱导三级淋巴结构形成的协同作用 | 首次系统揭示免疫治疗和化疗对三级淋巴结构（TLS）形成的各自影响，并证明联合疗法在促进TLS成熟和提高治疗反应率方面具有协同优势 | NA | 探究免疫治疗联合其他治疗方式能否增强免疫反应，从而改善膀胱癌患者的总体缓解率 | 膀胱癌患者的肿瘤组织样本及转录组数据 | machine learning | bladder cancer | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 包括IMvigor 210研究队列和RJBLC-I2N003队列中的膀胱癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2026-05-11 |
The role of positional information in determining dermal fibroblast diversity
2024-04, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.matbio.2024.02.009
PMID:38423396
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综述 | 综述了位置信息在决定真皮成纤维细胞多样性中的作用 | 系统总结了位置信息如何影响成纤维细胞异质性和可塑性，并探讨其在皮肤稳态、伤口愈合、纤维化和癌症中的潜在应用 | 作为综述，缺乏原始实验数据支持，未提供具体机制验证 | 阐明位置信息对真皮成纤维细胞多样性的调控作用及其在皮肤疾病中的意义 | 真皮成纤维细胞及其在皮肤中的异质性和可塑性 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2026-05-10 |
A Multimodal Omics Framework to Empower Target Discovery for Cardiovascular Regeneration
2024-04, Cardiovascular drugs and therapy
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10557-023-07484-7
PMID:37421484
|
综述 | 本文提出一个多物种、多组学的元分析框架，以促进心血管再生靶点的发现 | 提出基于单细胞RNA测序技术的多物种、多组学元分析框架，整合跨物种、跨发育阶段的心脏健康与损伤研究数据，驱动心血管再生新靶点的发现 | NA | 提出策略性框架以识别促进心血管再生的新靶点 | 健康与受伤心脏的多物种研究，涵盖不同发育阶段 | 机器学习和生物信息学 | 缺血性心脏病 | 单细胞RNA测序 | 元分析框架 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-05-01 |
SUMOylation inhibitors activate anti-tumor immunity by reshaping the immune microenvironment in a preclinical model of hepatocellular carcinoma
2024-Apr, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00880-z
PMID:38055116
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研究论文 | 本文研究了SUMO化抑制剂在肝细胞癌临床前模型中通过重塑免疫微环境激活抗肿瘤免疫的作用机制 | 首次发现SUMO化抑制剂TAK-981和ML-792能通过减少耗竭CD8+T细胞并增强细胞毒性NK细胞、M1巨噬细胞和CTL细胞来重塑肿瘤微环境，同时发现其可通过调节肠道微生物群丰度来恢复抗肿瘤免疫 | 该研究为临床前模型结果，尚未在人体临床试验中验证，其疗效和安全性仍需进一步评估 | 评估SUMO化抑制剂治疗肝细胞癌的效果并探索其免疫调节机制 | 小鼠肝细胞癌皮下模型和原位模型 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、流式细胞术、多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、质谱流式数据 | 小鼠肝细胞癌模型样本（皮下和原位模型） | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式 | NA | NA |
| 52 | 2026-04-28 |
Inflammatory recruitment of healthy hematopoietic stem and progenitor cells in the acute myeloid leukemia niche
2024-04, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02136-7
PMID:38228679
|
研究论文 | 揭示急性髓系白血病微环境中健康造血干细胞和祖细胞被炎症性募集的机制 | 首次证明健康造血干细胞和祖细胞在低白血病浸润时即主动参与骨髓微环境炎症反应，并识别出AML来源的纳米级胞外囊泡是触发该炎症反应的关键因素 | 未明确讨论样本量大小及临床验证结果 | 探究急性髓系白血病微环境中健康造血干细胞和祖细胞是否主动参与炎症传播及其机制 | 急性髓系白血病小鼠模型中的健康造血干细胞和祖细胞 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个独立同源小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-04-28 |
Single-cell RNA sequencing reveals the complex cellular niche of pterygium
2024-04, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.01.013
PMID:38290663
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了翼状胬肉的复杂细胞微环境及潜在发病机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术全面解析翼状胬肉的细胞异质性，发现免疫成纤维细胞、EMT上皮细胞和活化血管内皮细胞等新亚群，并揭示巨噬细胞与ACKR1+活化血管内皮细胞的相互作用在疾病发展中的关键作用 | 需要进一步的体内外实验验证单细胞测序发现的细胞间相互作用机制，且样本量有限 | 探究翼状胬肉的发病机制及潜在治疗靶点 | 翼状胬肉患者及正常对照者的结膜组织细胞 | 数字病理学 | 眼部疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 45605个细胞（来自翼状胬肉患者和正常对照） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 54 | 2026-04-25 |
spVC for the detection and interpretation of spatial gene expression variation
2024-04-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03245-3
PMID:38641849
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研究论文 | 提出 spVC 方法，用于检测和解释空间基因表达变异 | 基于广义泊松模型，整合协变量的常数和空间变化效应，提高连续表达模式捕获能力和可解释性 | 未明确提及局限性 | 开发一种统计方法来检测和解释空间转录组数据中的基因表达变异 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 广义泊松模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2026-04-25 |
[Prediction of prognosis of patients with radical resection of intrahepatic cholangiocarcinoma based on single cell omics]
2024-Apr-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery]
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研究论文 | 基于单细胞组学分析肝内胆管癌根治术后患者预后预测 | 首次通过单细胞测序整合多个数据集，识别与预后相关的关键上皮细胞亚群，并提出抗氧化型与非抗氧化型的ICC组织分型概念，构建预后预测模型 | 研究为回顾性病例系列，样本量有限，且模型验证仅基于公开数据集，可能需进一步外部验证 | 分析基于单细胞组学的肝内胆管癌根治术后患者预后预测 | 肝内胆管癌患者（46例单细胞测序、100例微阵列数据） | 计算机视觉, 机器学习 | 肝内胆管癌 | 单细胞测序, 微阵列分析, ssGSEA算法, Cox比例风险模型 | Cox比例风险模型 | 单细胞测序数据, 微阵列表达数据 | 46例患者（单细胞测序），100例患者（微阵列数据） | Gene Expression Omnibus数据库, EMBI数据库 | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2026-04-24 |
Immune microniches shape intestinal Treg function
2024-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07251-0
PMID:38570678
|
研究论文 | 通过活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序和空间转录组学，研究了肠道中免疫微环境如何塑造调节性T细胞的功能 | 首次揭示了固有层而非淋巴聚集区是支持效应调节性T细胞功能的关键微环境，并识别了CD206巨噬细胞与效应T细胞之间的耐受性相互作用 | 未说明 | 理解肠道免疫系统中调节性T细胞的空间组织和功能维持机制 | 小鼠肠道组织中对肝螺杆菌有反应的调节性T细胞 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 活体成像、光激活引导单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | 小鼠肠道样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 57 | 2026-04-20 |
Single-cell insights: pioneering an integrated atlas of chromatin accessibility and transcriptomic landscapes in diabetic cardiomyopathy
2024-04-25, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-024-02233-y
PMID:38664790
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研究论文 | 本研究整合了单细胞RNA测序和ATAC测序数据，揭示了糖尿病心肌病中复杂的细胞状态和分子变化 | 首次整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，构建了糖尿病心肌病的染色质可及性和转录组景观综合图谱，识别了关键的细胞亚群变化和转录因子 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；样本量相对有限 | 阐明糖尿病心肌病的细胞和分子机制，以发现潜在治疗靶点 | 野生型和糖尿病心肌病小鼠的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞基因表达数据, 染色质可及性数据, 图像数据 | WT和DCM小鼠的心脏组织样本 | 10x Genomics | 单细胞多组学 | 10x Multiome | 使用Cell Ranger ARC v2.0.1处理10x Multiome文库的单细胞RNA和ATAC数据 |
| 58 | 2026-04-18 |
The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.04.588111
PMID:38617255
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研究论文 | 本文详细比较了Seurat和Scanpy这两个广泛使用的单细胞RNA测序分析软件包在算法和输出结果上的差异 | 揭示了Seurat和Scanpy在单细胞RNA-seq分析中存在的显著差异，其影响相当于减少5%的测序reads或20%的细胞数量，并强调了软件版本更新对结果的影响 | 研究主要聚焦于Seurat和Scanpy，可能未涵盖所有单细胞分析工具，且差异的生物学意义需进一步验证 | 评估单细胞RNA测序分析中软件包选择和版本控制对结果的影响 | 单细胞RNA测序数据分析软件包（Seurat和Scanpy）及其算法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2026-04-14 |
GTADC: A Graph-Based Method for Inferring Cell Spatial Distribution in Cancer Tissues
2024-04-03, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14040436
PMID:38672453
|
研究论文 | 提出一种基于图深度学习的GTADC方法，用于推断癌症组织中细胞的空间分布 | 利用Silhouette分数精确捕获每种细胞类型内具有显著表达差异的基因，并引入图结构有效整合空间转录组学和单细胞测序数据的空间关系与拓扑结构 | 未明确说明方法在特定癌症类型或数据规模下的验证局限性 | 实现癌症组织中不同细胞类型空间组成的精确解析，以支持早期癌症检测与理解 | 癌症组织中的细胞空间分布与相互作用 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 基于图的深度学习方法（GTADC） | 空间转录组数据，单细胞基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2026-04-14 |
Colorectal Cancer-Associated Myofibroblasts Exhibit Enhanced Angiogenin Expression and Signaling via the PLXNB2 Receptor
2024-04, The Journal of surgical research
IF:1.8Q2
DOI:10.1016/j.jss.2023.12.036
PMID:38295715
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了结直肠癌相关肌成纤维细胞中血管生成素及其受体PLXNB2表达上调，并参与肿瘤-基质细胞通讯 | 首次在人类结直肠癌组织中，利用单细胞RNA测序数据定量推断细胞间通讯网络，发现CRC相关肌成纤维细胞特异性上调血管生成素和PLXNB2受体表达 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证；样本来源为公开数据库和独立数据集，但具体样本数量未明确说明 | 探究血管生成素在人类结直肠癌肿瘤微环境中细胞间通讯的作用 | 人类正常结肠组织和结直肠癌组织中的细胞，特别是肌成纤维细胞和CRC细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | CellChat | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |