单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-04	Cannabidiol protects against acute aortic dissection by inhibiting macrophage infiltration and PMAIP1-induced vascular smooth muscle cell apoptosis 2024-04, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.02.006 PMID:38387723	研究论文	本研究探讨了大麻二酚（CBD）在急性主动脉夹层（AAD）中的治疗作用及其机制	揭示了CBD通过抑制巨噬细胞浸润和PMAIP1诱导的血管平滑肌细胞凋亡来保护AAD的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的直接证据尚不充分	探索CBD对AAD的治疗效果及其分子机制	小鼠AAD模型和人类主动脉血管平滑肌细胞（HAVSMCs）	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序	小鼠AAD模型	RNA测序数据、病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类AAD样本
42	2025-06-29	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	通过全皮层原位测序技术揭示输入依赖性区域特性	使用BARseq高通量原位测序技术，首次在细胞分辨率下分析了104个细胞类型标记基因在1030万个细胞中的表达，揭示了皮层区域特性与转录组特征的关联	研究仅在小鼠前脑半球进行，结果在人类中的适用性尚不明确	探索大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其发育机制	小鼠前脑皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	1030万个细胞（包括4,194,658个皮层神经元）来自9个小鼠前脑半球
43	2025-06-27	Single-cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579846 PMID:38370670	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用机制	首次发现FABP4和FABP5在PAH内皮细胞中的异常表达及其通过促进糖酵解和远端动脉编程加剧血管重塑的机制	研究主要基于动物模型和有限的患者样本，临床转化需要进一步验证	阐明肺动脉高压的细胞分子机制并开发新的治疗靶点	肺动脉内皮细胞（PAECs）和肺动脉高压动物模型	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组分析	NA	转录组数据	IPAH患者血浆样本、PH大鼠和基因敲除小鼠模型
44	2025-06-19	Cellular atlas of the human ovary using morphologically guided spatial transcriptomics and single-cell sequencing 2024-04-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7506 PMID:38578993	research paper	该研究通过形态学引导的空间转录组学和单细胞测序技术，构建了人类卵巢的细胞图谱	结合空间转录组学和单细胞测序技术，首次全面描绘了人类卵巢中不同细胞类型的基因表达特征和空间分布	样本量较小(仅5名供体)，且均为绝经前女性，可能无法完全代表卵巢细胞的全貌	解析卵巢中不同细胞类型的空间分布和功能特征	人类卵巢组织	空间转录组学	生殖系统疾病	空间转录组学，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	257个卵巢区域(来自2名供体)和21,198个单细胞(来自另外3名供体)
45	2025-06-19	col1a2+ fibroblasts/muscle progenitors finetune xanthophore countershading by differentially expressing csf1a/1b in embryonic zebrafish 2024-04-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9637 PMID:38578990	research paper	研究揭示了斑马鱼胚胎中调控黄色素细胞反阴影的机制，通过成纤维细胞和肌肉祖细胞差异表达csf1a/1b来调节黄色素细胞模式	首次发现成纤维细胞和肌肉祖细胞通过差异表达csf1a/1b调控黄色素细胞的反阴影模式	研究仅限于斑马鱼胚胎，未在其他生物或发育阶段验证	探索脊椎动物反阴影色素模式的调控机制	斑马鱼胚胎中的黄色素细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马鱼胚胎
46	2025-06-18	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534017 PMID:37034704	研究论文	本文提出了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	开发了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的新方法，用于大规模筛选细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件	未明确提及方法的适用范围或潜在的实验限制	开发一种方法用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因治疗	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, 单细胞RNA测序(sc-RNA-seq)	NA	基因表达数据	493个gRNAs靶向的候选调控元件
47	2025-06-11	Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698 PMID:38387508	研究论文	该研究基于铁死亡调控模式及其与肿瘤微环境的关联，识别并验证了结肠癌的免疫治疗特征	构建了铁死亡调控基因评分（FRG-score）来量化个体肿瘤中铁死亡改变的模式，并识别了三种不同的铁死亡修饰模式	研究样本量较大但仅限于结肠癌，未涉及其他癌症类型	探索铁死亡调控模式与结肠癌肿瘤微环境的关联，并开发免疫治疗特征	1623个结肠癌样本	数字病理学	结肠癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	1623个结肠癌样本
48	2025-06-06	CYBB-Mediated Ferroptosis Associated with Immunosuppression in Mycobacterium leprae-Infected Monocyte-Derived Macrophages 2024-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.012 PMID:37925067	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了麻风分枝杆菌感染的单核细胞衍生巨噬细胞中CYBB介导的铁死亡与免疫抑制之间的关联	首次发现CYBB是促进麻风分枝杆菌感染巨噬细胞M2极化和铁死亡的关键分子，揭示了病原体通过诱导铁死亡逃避免疫的新机制	研究样本量较小（仅4名健康个体），且为体外实验，需进一步体内验证	探究麻风分枝杆菌感染巨噬细胞的极化机制及其与铁死亡的关系	人类单核细胞衍生巨噬细胞和麻风分枝杆菌	免疫学	麻风病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名健康个体的单核细胞衍生巨噬细胞
49	2025-06-03	Direct programming of human pluripotent stem cells into endothelial progenitors with SOX17 and FGF2 2024-04-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.006 PMID:38518781	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，发现SOX17在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的关键作用，并证明SOX17过表达结合FGF2处理可高效生成内皮祖细胞	揭示了SOX17在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的新作用，并开发了一种高效生成内皮祖细胞的方法	未探讨SOX17过表达对其他细胞类型分化的潜在影响	研究转录因子在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的作用	人类多能干细胞(hPSCs)和内皮祖细胞(EPs)	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas13d	NA	RNA测序数据	NA
50	2025-05-23	Synovial fibroblast gene expression is associated with sensory nerve growth and pain in rheumatoid arthritis 2024-04-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk3506 PMID:38598614	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与类风湿关节炎疼痛相关的基因表达模块，并验证了滑膜成纤维细胞与疼痛感知神经元之间的相互作用	开发了基于图的基因表达模块识别方法（GbGMI），首次揭示了滑膜成纤维细胞基因表达与疼痛感知神经元生长之间的关联	研究主要基于体外实验和小样本验证，需要进一步在更大样本和体内模型中验证	探究类风湿关节炎疼痛机制与滑膜成纤维细胞基因表达的关系	类风湿关节炎患者的滑膜活检样本和疼痛感知神经元	生物信息学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序、机器学习（GbGMI）	NA	基因表达数据	两个独立队列的滑膜活检样本（已确诊RA患者和早期未治疗RA患者）
51	2025-05-23	Multimodal Analytical Tools to Enhance Mechanistic Understanding of Aortic Valve Calcification 2024-04, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2023.06.017 PMID:37517686	综述	本文综述了用于增强主动脉瓣钙化机制理解的多模态分析工具，包括转录组学、蛋白质组学和分子成像技术	整合了转录组学、蛋白质组学和分子成像技术，为CAVD研究提供了全面的方法，并有可能识别新的调控通路	NA	促进钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)和药物靶点研究的进展	钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)	生物医学研究	心血管疾病	转录组学、蛋白质组学、分子成像、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描/计算机断层扫描(PET/CT)	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	NA
52	2025-05-14	Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis 2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.23.590827 PMID:38712255	研究论文	本文提出了一种名为ONTraC的策略，用于通过基于图神经网络的建模框架构建微环境轨迹，以分析组织微环境中的空间连续变化	ONTraC是一种新的计算方法，优于现有方法在重建空间轨迹方面的表现，并能检测组织微环境依赖的基因调控网络和细胞间相互作用活动的变化	NA	开发一种计算方法来系统表征组织微环境的结构和功能组织	组织微环境的空间连续变化	计算生物学	NA	空间转录组学	图神经网络	空间转录组数据	公共空间转录组数据集
53	2025-05-13	scRNA-seq analysis of cells comprising the amphioxus notochord 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.003 PMID:38224933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析文昌鱼脊索细胞的基因表达特征	首次在单细胞水平上揭示了文昌鱼脊索细胞的基因表达特征，并发现脊索中存在优先表达的肌原纤维基因	研究仅关注文昌鱼脊索细胞，未与其他脊索动物进行直接比较	解析脊索细胞的组成和功能，为理解脊索动物的起源和进化提供证据	文昌鱼脊索细胞	基因组学	NA	Iso-seq分析, 单细胞RNA-seq分析, 原位杂交(ISH)	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
54	2025-05-13	Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011 PMID:38286185	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞在斑马鱼心脏再生早期事件中的作用	揭示了中性粒细胞通过FGF和MAPK/ERK信号通路促进心外膜细胞再生的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证	阐明心脏再生早期事件中的关键细胞类型和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的中性粒细胞和心外膜细胞	再生医学	心血管疾病	scRNA-seq分析	斑马鱼心脏损伤模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了1 dpa（损伤后1天）的中性粒细胞进行scRNA-seq分析
55	2025-05-10	Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis 2024-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01666-3 PMID:38589485	研究论文	本研究利用单核和空间RNA测序技术，探索了截形苜蓿和Rhizophagus irregularis在AM共生中的转录组，揭示了共生过程中的细胞和空间动态	结合单细胞和空间转录组学技术，首次在细胞和空间分辨率上解析了AM共生的动态过程	研究仅针对截形苜蓿和Rhizophagus irregularis，结果可能不适用于其他植物-真菌共生系统	解析植物与AM真菌共生的分子机制，为作物改良提供理论基础	截形苜蓿和Rhizophagus irregularis	植物分子生物学	NA	单核RNA测序, 空间RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及截形苜蓿和Rhizophagus irregularis的多个细胞类型
56	2025-05-09	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588538 PMID:38645090	research paper	本文报告了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，研究了精囊在哺乳动物繁殖中的作用	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	理解精囊这一未被充分研究的生殖组织的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
57	2025-05-04	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.17.576110 PMID:38328153	research paper	本文整合了来自九种癌症类型的八个单细胞RNA测序数据集，旨在研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	整合了多个单细胞RNA测序数据集，提供了一个独特的资源，并设计了用户友好的界面，便于研究人员探索	样本量虽大但仍有限，且需要一定的编码技能进行数据探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	174名患者的90,270个癌细胞	digital pathology	various cancers	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	174名患者的90,270个癌细胞
58	2025-05-03	How Mycobacterium tuberculosis builds a home: Single-cell analysis reveals M. tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of anti-inflammatory macrophages in infected mouse lungs 2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.20.590421 PMID:38712150	research paper	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了结核分枝杆菌（MTB）ESX-1分泌系统在感染小鼠肺部时对单核吞噬细胞（MNPs）的招募和分化的影响	首次揭示了MTB ESX-1系统如何通过调控MNPs的招募和分化，促进抗炎信号的上调，从而帮助MTB在宿主体内生存	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究MTB ESX-1系统在感染过程中对宿主免疫反应的调控机制	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）	infectious disease	tuberculosis	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）
59	2025-05-03	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.547944 PMID:37461466	研究论文	介绍了一种名为MMoCHi的多模态分层分类方法，用于整合CITE-seq数据中的基因和蛋白质表达信息，以准确注释免疫细胞类型	提出了一种不依赖参考图谱的标记方法MMoCHi，能够整合基因和蛋白质表达数据，优于现有的转录组分类器和多模态无监督聚类方法	未明确提及具体局限性	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以更准确地注释免疫细胞类型	免疫细胞，特别是T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集	单细胞测序数据分析	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	已分类的T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集
60	2025-05-01	Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00594-3 PMID:38553564	研究论文	本文研究了部分重编程对老年小鼠脑部神经源性生态位的影响，发现其能恢复神经母细胞比例并改善衰老相关的分子特征	首次系统性地研究了部分重编程对老年脑部神经源性生态位的影响，并发现其具有细胞自主性的抗衰老效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索部分重编程对老年脑部神经再生的影响	老年小鼠的脑部神经源性生态位和神经干细胞	神经生物学	衰老相关脑功能衰退	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	老年小鼠的脑组织样本和神经干细胞培养物