单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2024-08-04	[Prediction of prognosis of patients with radical resection of intrahepatic cholangiocarcinoma based on single cell omics] 2024-Apr-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery] DOI:10.3760/cma.j.cn112139-20231215-00276 PMID:38432673	研究论文	基于单细胞组学分析，旨在评估肝内胆管癌患者根治性切除术后的生存获益	探讨了与患者预后相关的上皮细胞群体，并提出了抗氧化型肝内胆管癌组织分类的概念	缺乏足够的临床指标及其对预后的影响数据	评估肝内胆管癌患者根治性切除术的预后	46例接受根治性切除术的肝内胆管癌患者	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞测序	Cox比例风险模型	基因表达数据和生存数据	共包括146名患者，46名进行根治性切除术，100名用于微阵列数据分析
422	2024-08-07	Osteosarcoma Cells Secrete CXCL14 That Activates Integrin α11β1 on Fibroblasts to Form a Lung Metastatic Niche 2024-Apr-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1307 PMID:38295227	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了未经治疗的骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞群体，发现CXCL14在具有肿瘤细胞启动特性和促转移特性的干细胞样簇中特异性富集，并能通过与纤维母细胞上的整合素α11β1结合，诱导其重编程，形成支持肺转移的微环境。	本文首次揭示了骨肉瘤细胞与纤维母细胞之间的相互作用，以及CXCL14-整合素α11β1轴在促进骨肉瘤肺转移中的作用，并提出针对这一轴的治疗策略。	NA	研究骨肉瘤细胞与纤维母细胞之间的相互作用及其在肺转移形成中的机制。	骨肉瘤细胞、纤维母细胞、肺转移微环境。	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
423	2024-08-07	Integrative analysis of the bladder cancer from a cell cycle NCAM1 perspective at both single cell and bulk resolution 2024-Apr-06, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24260 PMID:38581187	研究论文	本文从细胞周期NCAM1的角度，对膀胱癌进行综合分析，包括单细胞和整体水平的研究	发现NCAM1作为膀胱癌中新的细胞增殖抑制因子，并开发了一种预测膀胱癌生存率的诺模图	临床预后评估的细胞周期抑制剂有限	探索细胞周期相关基因作为膀胱癌预后预测的潜在生物标志物和治疗靶点	膀胱癌及其细胞周期相关基因	数字病理学	膀胱癌	scRNA-seq, RT-qPCR, CCK-8	NA	转录组数据	来自TCGA-BLCA和GSE190888队列的数据
424	2024-08-07	The Predictive Value of Neutrophil Extracellular Trap-Related Risk Score in Prognosis and Immune Microenvironment of Colorectal Cancer Patients 2024-Apr-05, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01135-4 PMID:38580851	研究论文	本研究通过分析中性粒细胞外陷阱（NETs）相关风险评分在结直肠癌（CRC）患者预后和免疫微环境中的预测价值	开发了一种新的可靠的NET风险评分，用于CRC患者的预后评估，并发现高风险患者具有不利的预后和疾病进展状态	NA	评估NET风险评分在CRC患者预后和免疫微环境中的作用	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	单变量Cox回归分析和LASSO Cox回归分析	NA	bulk和scRNA-seq数据	数据来自Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库
425	2024-08-04	Spatial transcriptomics reveals discrete tumour microenvironments and autocrine loops within ovarian cancer subclones 2024-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47271-y PMID:38570491	研究论文	该文使用空间转录组学识别卵巢癌亚克隆及其与浸润细胞群体的关联	研究揭示了卵巢癌亚克隆的高亚克隆异质性及其特定的配体和受体表达模式	NA	探索高等级浆液性卵巢癌中亚克隆的特征及其微环境交互	高等级浆液性卵巢癌亚克隆及其与免疫细胞和基质细胞的相互作用	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学	NA	NA	使用多个样本对单个肿瘤切片进行分析
426	2024-08-04	The novel molecular mechanism of pulmonary fibrosis: insight into lipid metabolism from reanalysis of single-cell RNA-seq databases 2024-Apr-03, Lipids in health and disease IF:3.9Q2 DOI:10.1186/s12944-024-02062-8 PMID:38570797	研究论文	本研究探讨了肺纤维化中脂质代谢的异常与疾病机制之间的关系	首次识别低密度脂蛋白（LDL）的失调作为肺纤维化的新风险因素，揭示了不同细胞类型中脂质代谢基因的重新编程	研究中没有提供样本大小和具体的实验数据支持	研究肺纤维化的分子机制，特别是脂质代谢在其中的作用	重点分析与肺纤维化相关的单细胞RNA测序数据及脂质代谢基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
427	2024-08-04	Progression from ductal carcinoma in situ to invasive breast cancer: molecular features and clinical significance 2024-Apr-03, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01779-3 PMID:38570490	研究论文	本研究探讨了导管内癌（DCIS）向浸润性乳腺癌（IDC）转变的分子特征及其临床意义	本研究系统总结了关于DCIS的关键信号通路和分子特征，并探索了肿瘤细胞内部变化及肿瘤微环境的影响	文中未提及具体的研究限制	深入理解DCIS及其向IDC转变的生物学特性以促进临床管理	主要关注DCIS和IDC的分子特征及其进展	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学、人工智能	前临床模型	NA	NA
428	2024-08-04	Shared inflammatory glial cell signature after stab wound injury, revealed by spatial, temporal, and cell-type-specific profiling of the murine cerebral cortex 2024-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46625-w PMID:38570482	研究论文	该文章揭示了创伤性脑损伤后小鼠大脑皮层中炎症胶质细胞的转录组特征	首次结合空间和单细胞转录组学确定受伤小鼠脑皮层中特定胶质细胞的状态及其共享的伤害调控基因	未提及具体的临床相关性或在人类中的应用	全面了解特定细胞类型响应创伤的机制及其相互作用	受伤小鼠大脑皮层中的特定胶质细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
429	2024-08-07	Eph-ephrin signaling couples endothelial cell sorting and arterial specification 2024-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46300-0 PMID:38570531	research paper	本文通过结合细胞类型特异性和可诱导的小鼠遗传学、体外流动实验、单细胞RNA测序和生化方法，研究了Eph-ephrin信号在动脉指定和细胞分类中的作用	揭示了Eph-ephrin相互作用如何整合细胞分离和动静脉指定在血管中的机制，对由EPHB4突变引起的人类血管畸形具有潜在相关性	NA	探讨Eph-ephrin信号在动脉指定和细胞分类中的作用	Eph-ephrin信号在血管形成中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
430	2024-08-04	Single-cell profile reveals the landscape of cardiac immunity and identifies a cardio-protective Ym-1hi neutrophil in myocardial ischemia-reperfusion injury 2024-Apr-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.02.003 PMID:38395651	研究论文	本研究揭示了心脏免疫学的整体情况，并确定了一种具有心脏保护作用的Ym-1hi中性粒细胞在心肌缺血再灌注损伤中的作用	首次识别心肌缺血再灌注损伤中具保护作用的新型 Ym-1hi 中性粒细胞亚型	未提供人类样本的详细分析，主要集中在小鼠实验上	研究心肌缺血再灌注损伤中中性粒细胞的亚型及其动态变化	小鼠心脏中隔离的CD45阳性细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	在六个时间点对小鼠心脏进行取样，具体样本量未明确说明
431	2024-08-04	Macrophage diversity in human cancers: New insight provided by single-cell resolution and spatial context 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28332 PMID:38571605	研究论文	本文总结了最近研究中使用先进技术揭示的人类癌症中肿瘤相关巨噬细胞的新功能亚群	该研究强调了特定肿瘤相关巨噬细胞亚群的转录组特征及其临床意义，并利用空间转录组学技术揭示了巨噬细胞与其他细胞类型之间的空间相互作用	对特定肿瘤类型中肿瘤相关巨噬细胞状态的知识仍然有限	探讨肿瘤微环境中巨噬细胞表型的多样性及其在不同人类癌症中的功能	研究肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞及其特定亚群	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	涉及多个不同类型人类癌症的巨噬细胞
432	2024-08-07	Identification and validation of mutual hub genes in idiopathic pulmonary fibrosis and rheumatoid arthritis-associated usual interstitial pneumonia 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28088 PMID:38571583	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析探索特发性肺纤维化（IPF）和类风湿关节炎相关寻常间质性肺炎（RA-UIP）中的共同枢纽基因和通路	筛选出四个共同枢纽基因（THBS2, TIMP1, POSTN, 和 CD19），并验证这些基因在IPF和RA-UIP中的潜在生物标志物作用	NA	探索IPF和RA-UIP中的共同枢纽基因和通路	IPF和RA-UIP患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	GSE199152数据集中的IPF和RA-UIP患者肺组织样本
433	2024-08-04	The human infertility single-cell testis atlas (HISTA): an interactive molecular scRNA-Seq reference of the human testis 2024-Apr-05, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13637 PMID:38577799	研究论文	本研究描述了人类不育单细胞睾丸图谱（HISTA）的生成和使用，这是一个通过scRNA-Seq分析理解人类精子生成的交互式Web工具	HISTA整合了来自不同供体和不育状态的scRNA-Seq数据，并提供了交互式工具以支持数据探索和基因表达分析	HISTA依赖于现有数据集的质量和多样性，可能无法涵盖所有人类睾丸的转录组特征	研究人类睾丸的高维转录组特征，以帮助理解精子生成	12名捐赠者的scRNA-Seq数据，包括健康成人对照、青少年及多个不育案例	数字病理学	不育	scRNA-Seq	机器学习	基因表达数据	12名捐赠者的样本
434	2024-08-04	Virus-reactive T cells expanded in aplastic anemia eliminate hematopoietic progenitor cells by molecular mimicry 2024-Apr-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023023142 PMID:38277625	研究论文	本研究探讨了反应性T细胞在再生障碍性贫血中的作用。	新发现的病毒相关T细胞通过分子模仿机制消除造血前体细胞的作用。	尚未明确T细胞克隆的具体贡献及其抗原特异性。	研究再生障碍性贫血患者中T细胞的分化状态及其对造血前体细胞的影响。	对15名获得性再生障碍性贫血患者的T细胞克隆进行分析。	数字病理学	再生障碍性贫血	单细胞测序和免疫表型分析	NA	细胞	15名获得性再生障碍性贫血患者
435	2024-08-04	CITEViz: interactively classify cell populations in CITE-Seq via a flow cytometry-like gating workflow using R-Shiny 2024-Apr-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05762-1 PMID:38566005	研究论文	CITEViz是一个交互式R-Shiny应用程序，用于在CITE-Seq数据中高效分类细胞群体	CITEViz通过简化CITE-Seq数据的流式细胞术门控工作流程，实现了对细胞群体的标准化分类	目前CITEViz的功能可能不覆盖所有类型的多组学数据处理	开发一个工具以优化和标准化CITE-Seq数据的门控过程	外周血单核细胞的CITE-Seq数据集及主要血细胞群体	数字病理学	NA	CITE-Seq	NA	单细胞测序数据	涉及外周血单核细胞的CITE-Seq数据集
436	2024-08-07	Dupilumab-associated head and neck dermatitis shows a pronounced type 22 immune signature mediated by oligoclonally expanded T cells 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46540-0 PMID:38565563	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析了与度匹鲁单抗相关的头颈部皮炎（DAHND）的免疫特征，发现度匹鲁单抗治疗后，传统的2型炎症在DAHND病变中被有效抑制，同时伴随IL22相关反应的过度激活	首次揭示了度匹鲁单抗治疗后，传统的2型炎症在DAHND病变中被有效抑制，同时伴随IL22相关反应的过度激活	NA	探讨度匹鲁单抗治疗头颈部皮炎的免疫机制	度匹鲁单抗治疗后的头颈部皮炎病变	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
437	2024-08-07	Single cell analysis reveals the roles and regulatory mechanisms of type-I interferons in Parkinson's disease 2024-Apr-02, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01590-1 PMID:38566100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了帕金森病中I型干扰素的作用及其调控机制	首次详细描述了不同细胞类型中I型干扰素的具体特征及其在帕金森病中的作用机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未来需更多实验验证	揭示I型干扰素在帕金森病中的作用及其调控机制	帕金森病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	39,024个单细胞RNA测序结果，包括5名帕金森病患者和6名健康对照
438	2024-08-04	Dissecting the spatiotemporal diversity of adult neural stem cells 2024-Apr, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00022-z PMID:38365956	研究论文	本研究探讨了成体神经干细胞的时空多样性	该研究结合单细胞转录组学和在体RNA代谢标记技术，揭示了成体神经干细胞的组织原则	本研究主要集中于斑马鱼大脑，限制了其对其他类型动物的适用性	研究成体神经干细胞的功能状态及其在空间和时间上的调节	成体斑马鱼大脑中的神经干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学、在体RNA代谢标记	NA	基因表达数据	斑马鱼大脑不同区域的单细胞样本
439	2024-08-04	Deciphering cutaneous melanoma prognosis through LDL metabolism: Single-cell transcriptomics analysis via 101 machine learning algorithms 2024-Apr, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15070 PMID:38570935	研究论文	本文探讨了低密度脂蛋白（LDL）代谢与皮肤黑色素瘤之间的关系	结合机器学习算法构建的LDL相关特征，可以用于评估皮肤黑色素瘤患者的预后和免疫状态	未提及具体的临床验证和应用，可能限制了结果的广泛适用性	调查低密度脂蛋白在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤进展的影响	分析与低密度脂蛋白代谢相关的基因及其在皮肤黑色素瘤细胞中的表现	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞测序、bulk-RNA测序	机器学习算法	基因组数据	使用了多个数据集，包括GSE215120，TCGA，GSE19234，GSE22153和GSE65904
440	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals the ameliorative effect of rosmarinic acid on diabetic nephropathy-induced kidney injury by modulating oxidative stress and inflammation 2024-Apr, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2024.01.003 PMID:38572101	研究论文	本研究探讨了迷迭香酸对糖尿病肾病诱导的肾损伤的改善作用	揭示了单细胞层次上迷迭香酸对肾损伤的多样性反应及其机制	研究可能未涵盖所有与糖尿病肾病相关的细胞反应	探讨迷迭香酸在糖尿病肾病中改善肾脏损伤的作用	糖尿病肾病诱导的肾损伤及迷迭香酸的治疗效果	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞转录组学	NA	细胞数据	NA