本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-08-04 |
CIRI-Deep Enables Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Circular RNAs with Deep Learning
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308115
PMID:38308181
|
研究论文 | 本文提出了一种深度学习模型CIRI-deep,用于对环状RNA的转录组分析 | CIRI-deep通过深度学习方法,解决了现有单细胞和空间转录组技术对环状RNA分析的局限 | 目前尚未提供具体的局限性信息 | 研究环状RNA在不同RNA-seq数据中的调控和分析 | 使用高达2500万的高置信度环状RNA调控事件的数据集 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 深度学习模型 | RNA-seq数据 | 2500万 | NA | NA | NA | NA |
| 382 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveal metastatic CLDN4+ cancer cells underlying the recurrence of malignant pleural effusion in patients with advanced non-small-cell lung cancer
2024-04, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1649
PMID:38629624
|
研究论文 | 本研究揭示了在晚期非小细胞肺癌患者中,CLDN4+癌细胞与恶性胸腔积液复发之间的关联 | 首次通过单细胞转录组学方法识别出与复发性恶性胸腔积液相关的CLDN4+转移性癌细胞 | 需要在更大样本量的群体中进一步验证CLDN4的临床价值和其生物功能的机制研究 | 探讨非小细胞肺癌患者中复发性恶性胸腔积液的细胞和基因标志 | 研究对象为16名合并胸腔积液的非小细胞肺癌患者 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 16名非小细胞肺癌患者的胸腔积液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 383 | 2024-08-04 |
Modeling single cell trajectory using forward-backward stochastic differential equations
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012015
PMID:38620017
|
研究论文 | 本文提出了一种利用前向-后向随机微分方程建模单细胞发育轨迹的方法 | 结合前向-后向随机微分方程与精细化近似程序,以动态方式建模非线性轨迹 | 现有的SDE方法通常依赖数值近似,可能导致推断不准确,偏离真实轨迹 | 研究单细胞发育轨迹的动态建模 | 单细胞转录组测序数据 | 计算机视觉 | NA | 随机微分方程 | 前向-后向随机微分方程 | 单细胞转录组数据 | 多个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 384 | 2024-08-07 |
NAMPT-Driven M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages Leads to an Immunosuppressive Microenvironment in Colorectal Cancer
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303177
PMID:38308188
|
研究论文 | 本研究探讨了NAMPT在结直肠癌肿瘤微环境中对肿瘤相关巨噬细胞M2极化的作用及其对免疫抑制微环境的影响 | 首次发现NAMPT在SPP1肿瘤相关巨噬细胞中高表达,并与结直肠癌患者的预后不良相关 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据,需进一步临床验证 | 探究NAMPT在结直肠癌肿瘤微环境中对肿瘤相关巨噬细胞的作用及其对患者预后的影响 | NAMPT在肿瘤相关巨噬细胞中的表达及其对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及结直肠癌患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 385 | 2024-08-07 |
Identification of Potent siRNA Delivery Peptides Using Computer Modeling
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308345
PMID:38311577
|
研究论文 | 本文通过计算机建模和单细胞RNA测序(scRNA-seq)的综合程序,筛选出理想的siRNA递送肽 | 开发了一种基于计算机建模和scRNA-seq的综合程序,用于筛选具有理想组装和递送能力的siRNA递送肽 | NA | 开发新的siRNA递送肽,用于RNA干扰(RNAi)疗法 | siRNA递送肽及其在体内的安全性和有效性 | 计算机建模 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 序列数据 | 包含12种氨基酸的肽库 | NA | NA | NA | NA |
| 386 | 2024-08-07 |
Pericyte signaling via soluble guanylate cyclase shapes the vascular niche and microenvironment of tumors
2024-Apr, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00078-5
PMID:38528180
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了通过特定删除可溶性鸟苷酸环化酶(sGC)的NO受体,研究了周细胞如何影响肿瘤血管微环境和血管生态位 | 首次详细探讨了周细胞在肿瘤血管微环境中的作用,并提出针对周细胞sGC的治疗策略 | 研究主要集中在细胞和分子层面,未来需进一步在动物模型和临床试验中验证 | 阐明周细胞在肿瘤血管微环境中的作用,并探索新的癌症治疗策略 | 周细胞、内皮细胞、癌症相关成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 387 | 2024-08-07 |
Partial label learning for automated classification of single-cell transcriptomic profiles
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012006
PMID:38578796
|
研究论文 | 本文研究了如何利用部分标签学习框架自动分类单细胞转录组数据,并探讨了标签集结构的整合效果 | 提出了利用部分标签学习框架,而不是完全监督的训练数据集,来分类单细胞转录组数据 | 文章未明确提及具体的局限性 | 旨在解决单细胞转录组数据的自动分类问题 | 单细胞转录组数据的分类及其细胞谱系关系的识别 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNASeq) | SVM, kNN, 基于原型的方法, 逻辑回归, 集成方法 | 转录组数据 | 文章未提供具体的样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 388 | 2024-08-07 |
Cell Heterogeneity Analysis Revealed the Key Role of Fibroblasts in the Magnum Regression of Ducks
2024-Apr-01, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani14071072
PMID:38612311
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了鸭子输卵管中段(magnum)在产蛋和停产后细胞异质性的变化 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了鸭子输卵管中段在产蛋和停产后细胞异质性的差异,特别是涉及蛋白质分泌和细胞外基质(ECM)产生的成纤维细胞的变化 | 研究仅限于特定年龄的鸭子,且样本数量有限,可能需要进一步扩大样本范围以验证结果的普遍性 | 探究鸭子输卵管中段在产蛋和停产后分子机制的差异 | 鸭子输卵管中段的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 13,708个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 389 | 2024-08-07 |
Integration analysis of single-cell transcriptome reveals specific monocyte subsets associated with melanoma brain and leptomeningeal metastasis
2024-Apr, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI)
IF:2.0Q3
DOI:10.1111/srt.13710
PMID:38616506
|
研究论文 | 本研究通过整合分析单细胞转录组数据,揭示了与黑色素瘤脑和软脑膜转移相关的特定单核细胞亚群 | 本研究首次详细分析了黑色素瘤脑转移和软脑膜转移中单核细胞亚群的组成和分子表达差异,并发现了与转移相关的特定单核细胞亚群 | NA | 阐明黑色素瘤中枢神经系统转移的病理机制,为开发针对单核细胞或细胞因子的治疗策略提供依据 | 黑色素瘤脑转移和软脑膜转移中的单核细胞亚群 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 涉及血液、原发肿瘤、脑转移和软脑膜转移组织中的单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 390 | 2024-08-04 |
[Current status and prospects of genetic research on IgA nephropathy]
2024-Apr-23, Zhonghua yi xue za zhi
|
评论 | 本文讨论了IgA肾病的遗传研究现状和前景 | 提出了基因组医学时代如何通过全基因组测序和多组学研究寻找IgA肾病的易感基因及靶向药物的见解 | 仅讨论了目前的研究进展,未提供新的实验数据或结果 | 探讨IgA肾病的遗传因素及其在发病机制中的作用 | IgA肾病相关的易感基因和临床表型 | 数字病理学 | NA | 全基因组测序(WGS),单细胞测序,表达数量性性状位点(eQTL) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 391 | 2024-08-04 |
Evaluation of McCauley et al.: A framework for systematic evaluation of tissue signaling responses by single-cell RNA-seq
2024-Apr-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.03.007
PMID:38636454
|
评论 | 对McCauley等人论文的同行评审过程的单次快照 | 开发了一个系统性评估组织信号响应的框架 | 没有提供关于具体实验数据或结果的详细信息 | 评估组织信号反应的系统性方法 | 人类气道上皮中的信号反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 392 | 2024-08-07 |
Decoding the biology and clinical implication of neutrophils in intracranial aneurysm
2024-Apr, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.52014
PMID:38317016
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和外部批量mRNA测序数据,深入探讨了侵入颅内动脉瘤(IA)壁的中性粒细胞的特征和功能异质性 | 首次详细描述了中性粒细胞在颅内动脉瘤中的生物学特性和潜在临床意义,揭示了中性粒细胞在IA形成和破裂中的不同亚群及其作用机制 | NA | 阐明中性粒细胞在颅内动脉瘤中的生物学特性和临床意义 | 中性粒细胞在颅内动脉瘤中的功能和临床意义 | NA | 颅内动脉瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | 涉及人和小鼠模型的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 393 | 2024-08-04 |
Set7 Methyltransferase and Phenotypic Switch in Diabetic Glomerular Endothelial Cells
2024-Apr-17, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000345
PMID:38630537
|
研究论文 | 本研究探讨了Set7甲基转移酶在糖尿病肾病(DKD)中对肾小管内皮细胞功能的影响 | 揭示了Set7在糖尿病肾小管内皮细胞表型转变中的调控作用,并表明靶向Set7可能保护肾小管细胞损伤 | 本研究主要在小鼠模型中进行,未来需要更多人类样本的验证 | 研究Set7在糖尿病肾病中对内皮细胞功能的作用 | 以糖尿病小鼠模型为研究对象 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞转录组学 | NA | RNA-seq | 小鼠模型和人类肾脏细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 394 | 2024-08-07 |
Dynamic Hippo pathway activity underlies mesenchymal differentiation during lung alveolar morphogenesis
2024-Apr-05, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202430
PMID:38602485
|
研究论文 | 研究探讨了Hippo信号通路在肺泡形态发生中调节次级嵴肌成纤维细胞(SCMF)功能的动态变化 | 首次揭示了Hippo信号通路在肺泡形态发生中对SCMF功能、增殖和时间身份的调节作用 | NA | 研究Hippo信号通路在肺泡形态发生中对SCMF的调节作用 | 次级嵴肌成纤维细胞(SCMF)及其在肺泡形态发生中的作用 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 从报告鼠中纯化的SCMF细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 395 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of pediatric renal tissues revealed the potential relationship between immunoglobulin A nephropathy and immunoglobulin A vasculitis with nephritis
2024-04, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1651
PMID:38591641
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 396 | 2024-08-07 |
Treatment resistance in pancreatic and biliary tract cancer: molecular and clinical pharmacology perspectives
2024-Apr, Expert review of clinical pharmacology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/17512433.2024.2319340
PMID:38413373
|
研究论文 | 本文综述了胆道癌和胰腺癌治疗抵抗的分子和临床药理学视角,探讨了当前治疗方案及其抵抗机制,并提出了克服这些障碍的策略。 | 本文提出了通过个性化患者方法和人工智能应用来指导有效治疗策略的新思路。 | 目前尚未形成统一的治疗抵抗理论,进展有限。 | 旨在识别和克服胆道癌和胰腺癌治疗抵抗的分子机制,以改善患者治疗效果。 | 胆道癌和胰腺癌的治疗抵抗机制及其克服策略。 | NA | 胆道癌、胰腺癌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 397 | 2024-08-07 |
Irisin delays the onset of type 1 diabetes in NOD mice by enhancing intestinal barrier
2024-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.130857
PMID:38493812
|
研究论文 | 本研究探讨了irisin激素通过增强结肠肠屏障功能来延缓1型糖尿病(T1D)在NOD小鼠中的发病 | 首次揭示了irisin通过调节AMPK/PI3K/AKT通路和增加MUC3表达来增强结肠肠屏障功能,从而延缓T1D的发病 | NA | 研究irisin是否能通过增强结肠肠屏障来延缓T1D的发病 | 1型糖尿病(T1D)患者和非肥胖糖尿病(NOD)小鼠 | NA | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 398 | 2024-08-07 |
Cell Type- and Age-Specific Expression of lncRNAs across Kidney Cell Types
2024-Apr-15, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000354
PMID:38621182
|
研究论文 | 本研究采用靶向单细胞RNA测序方法,分析了不同细胞类型和年龄阶段肾脏细胞中长非编码RNA(lncRNA)的表达情况 | 首次构建了不同细胞类型中lncRNA的转录组图谱,并探讨了lncRNA在肾脏老化中的功能角色 | lncRNA的功能仍不完全清楚,需要进一步的研究来阐明其在细胞分化和稳态中的具体作用 | 揭示lncRNA在肾脏细胞类型和年龄特异性表达中的作用 | 肾脏细胞中的长非编码RNA(lncRNA) | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 包括正常和老龄小鼠的多种组织 | NA | NA | NA | NA |
| 399 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing of virus-specific cellular immune responses in chronic hepatitis B patients
2024-Apr-08, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03187-2
PMID:38589415
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究慢性乙型肝炎患者的HBV特异性细胞免疫反应 | 创建了HBV免疫反应的单细胞RNA测序数据集,有助于更好地理解失调的免疫反应 | NA | 探索慢性乙型肝炎患者中HBV特异性T细胞反应的转录变化 | 慢性乙型肝炎患者和健康对照者的血液及肝脏组织样本 | 数字病理学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 21名慢性乙型肝炎患者和10名健康对照者的血液样本,以及5份匹配的肝脏活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 400 | 2024-08-04 |
Histone 3 lysine 9 acetylation-specific reprogramming regulates esophageal squamous cell carcinoma progression and metastasis
2024-Apr, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00738-y
PMID:38291129
|
研究论文 | 本研究探讨了H3K9ac在食道鳞状细胞癌(ESCC)进展和转移中的特定作用 | 识别了ESCC中H3K9ac特异性的表观遗传重编程及其与肿瘤发生和转移的关系 | 仅分析了三个ESCC患者的样本,样本量较小 | 揭示H3K9ac在食道鳞状细胞癌进展和转移中的作用 | 食道鳞状细胞癌(ESCC)患者的配对正常组织、原发肿瘤和转移淋巴结组织 | 数字病理 | 食道癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 3名食道鳞状细胞癌患者的配对样本 | NA | NA | NA | NA |