单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-07	Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment 2024-Apr, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698 PMID:38387508	研究论文	本研究全面评估了1623份结肠癌样本，识别基于铁死亡相关基因的铁死亡调控模式，并系统地将其与肿瘤微环境（TME）细胞浸润特征相关联	构建了铁死亡调控基因评分（FRG-score）以量化个体肿瘤中铁死亡改变的模式，并通过免疫治疗队列验证了低FRG-score患者的显著治疗和临床益处	NA	旨在识别和验证基于铁死亡调控模式的结肠癌免疫治疗特征	结肠癌样本及其铁死亡调控模式与肿瘤微环境的关系	数字病理学	结肠癌	scRNA-seq	NA	基因数据	1623份结肠癌样本
382	2024-08-07	High lymphocyte signature genes expression in parathyroid endocrine cells and its downregulation linked to tumorigenesis 2024-Apr, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105053 PMID:38471398	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了甲状旁腺内分泌细胞中淋巴细胞标志物的高表达及其与肿瘤发生的关系	首次发现甲状旁腺内分泌细胞中CD4和CD226的高表达，并揭示了其在甲状旁腺腺瘤发病机制中的作用	由于正常甲状旁腺样本获取困难，研究样本数量有限	深入理解甲状旁腺内分泌细胞的功能及其在肿瘤发生中的作用	甲状旁腺内分泌细胞及其在甲状旁腺腺瘤中的变化	数字病理学	甲状旁腺疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	6个正常甲状旁腺样本和8个甲状旁腺腺瘤样本
383	2024-08-07	Lung type 3 innate lymphoid cells respond early following Mycobacterium tuberculosis infection 2024-Apr-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03299-23 PMID:38407132	研究论文	研究探讨了肺部类型3先天淋巴细胞（ILC3s）在结核分枝杆菌感染早期的反应机制	揭示了ILC3在结核分枝杆菌感染早期的激活和招募机制，特别是IL-1R信号通路和CXCR5信号通路的作用	NA	研究ILC3在结核分枝杆菌感染早期的反应机制及其作为潜在疫苗靶点的可能性	肺部类型3先天淋巴细胞（ILC3s）及其在结核分枝杆菌感染中的作用	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型中的肺部先天淋巴细胞（ILCs）
384	2024-08-07	Interferon Regulatory Factor 6 Determines Intestinal Epithelial Cell Development and Immunity 2024-Apr-09, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.03.013 PMID:38604478	研究论文	研究探讨了干扰素调节因子6（IRF6）在肠道上皮细胞（IEC）发育和免疫中的作用	首次揭示了IRF6在IEC生物学中的作用，包括调节上皮细胞发育和调节先天免疫反应以减少细胞毒性和维持屏障功能	NA	研究IRF6在肠道上皮细胞发育和免疫中的具体作用	肠道上皮细胞（IEC）和IRF6的功能	NA	NA	CRISPR筛选，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及转化的鼠IEC和IEC类器官
385	2024-08-04	Deciphering the cellular heterogeneity of the insect brain with single-cell RNA sequencing 2024-Apr, Insect science IF:2.9Q1 DOI:10.1111/1744-7917.13270 PMID:37702319	综述	本文回顾了昆虫大脑的基本结构及其与行为的关联，重点探讨学习和记忆相关的方面	介绍了单细胞RNA测序在昆虫大脑研究中的应用，揭示了细胞亚群的分类及发育轨迹	缺乏关于昆虫大脑功能调节如何具体作用的更深入解析	探讨昆虫大脑的细胞异质性及其对行为的影响	昆虫大脑的不同细胞类型及其连接和功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
386	2024-08-07	The Impact of FBN1-α5β1 Axis in Fibro/Adipogenic Progenitor Cells (FAPCD9-) on Intramuscular Fat Content in Pigs 2024-Apr-10, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c00059 PMID:38598771	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序分析了广东小耳花猪（高IMF）和约克夏猪（低IMF）的背最长肌，发现高IMF猪具有更多的纤维/脂肪生成祖细胞（FAPs），而低IMF猪则表现出更高的FBN1-整合素α5β1轴表达，抑制了脂肪生成分化。	本研究首次揭示了FBN1-α5β1轴在纤维/脂肪生成祖细胞中的作用，及其对猪肌肉内脂肪含量的影响。	NA	探讨纤维/脂肪生成祖细胞及其相关分子轴在猪肌肉内脂肪含量中的作用。	广东小耳花猪和约克夏猪的背最长肌。	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	广东小耳花猪和约克夏猪的背最长肌样本
387	2024-08-04	Single-cell multiomics reveals the interplay of clonal evolution and cellular plasticity in hepatoblastoma 2024-Apr-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47280-x PMID:38589411	研究论文	该研究利用单细胞多组学策略揭示了肝母细胞瘤中克隆演变与细胞可塑性之间的相互作用	通过单细胞测序，研究了HB细胞状态的连续性及其差异化极性，并揭示了基因调控网络与转录因子激活序列	具体的机制尚不完全明了，且对临床结果的影响仍需进一步研究	解析肝母细胞瘤细胞可塑性的分子决定因素	肝母细胞瘤中的不同基因亚克隆及其细胞状态变化	数字病理学	肝癌	单细胞多组学	NA	基因组数据，空间转录组数据	NA
388	2024-08-07	Drug repositioning for immunotherapy in breast cancer using single-cell analysis 2024-Apr-08, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00359-z PMID:38589404	meta-analysis	本研究利用单细胞RNA测序数据和已知治疗性肽，调查了恶性与正常人类乳腺上皮细胞中这些肽的失调情况，并通过ATAC-seq在染色质水平上验证了这些发现，同时评估了不同BC细胞系中的蛋白质水平。此外，采用内部药物再定位方法，识别可能对BC患者无复发生存期产生积极影响的潜在药物。	本研究通过整合药物再定位流程与单细胞分析，提出了一种免疫治疗乳腺癌的新方法，并确定了潜在的药物和药物靶点，以强化免疫系统对抗乳腺癌。	NA	研究旨在通过免疫调节肽的失调作为免疫治疗策略，增强乳腺癌的免疫反应。	研究对象包括恶性与正常人类乳腺上皮细胞，以及不同乳腺癌细胞系中的蛋白质水平。	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing, ATAC-seq	NA	RNA sequencing data, chromatin data, protein levels	具体样本数量未在摘要中提及
389	2024-08-07	Differentiation of type 17 MAIT cells in circulation contributes to the severity of sepsis 2024-Apr-08, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.03.010 PMID:38599461	研究论文	本研究探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在脓毒症严重程度中的作用	首次发现循环中的MAIT17细胞在脓毒症患者中比例较高，且与疾病严重程度相关	NA	揭示MAIT17细胞在脓毒症中的新作用及其分子机制	MAIT17细胞在脓毒症中的作用及相关的信号通路	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
390	2024-08-04	Inhibition of ATR opposes glioblastoma invasion through disruption of cytoskeletal networks and integrin internalization via macropinocytosis 2024-04-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad210 PMID:37936324	研究论文	本研究报告了抑制ATR可以通过干扰细胞骨架网络和整合素内吞作用来减少胶质母细胞瘤的侵袭	首次提出ATR在胶质母细胞瘤细胞侵袭中的新角色，并且聚焦于ATR的药物靶向对临床的潜在益处	未明确描述临床应用的具体措施和时间框架	探讨ATR抑制对胶质母细胞瘤侵袭的影响	胶质母细胞瘤细胞的运动和侵袭性	数字病理	胶质母细胞瘤	时间延迟显微镜、超分辨率成像和体内成像	正交胶质母细胞瘤模型	图像	具体样本量未提供，使用胶质母细胞瘤肿瘤标本进行研究
391	2024-08-04	CD200+ fibroblasts form a pro-resolving mesenchymal network in arthritis 2024-Apr, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01774-4 PMID:38396288	研究论文	这篇文章探讨了在关节炎中成纤维细胞的表型变化及其在炎症解决过程中的作用。	文章首次使用正电子发射断层扫描技术检测成纤维细胞激活蛋白，并展示了成纤维细胞在炎症解决过程中的动态分子调控。	这项研究主要集中在实验性关节炎模型中，可能不完全适用于人类的所有疾病状态。	研究成纤维细胞在炎症解决过程中的表型变化及其功能。	研究对象为在实验性关节炎中活化的成纤维细胞。	数字病理学	关节炎	正电子发射断层扫描（PET），单细胞RNA测序	NA	生物样本（活检）	实验性关节炎的小鼠模型和人类关节活检样本
392	2024-08-04	Tracking the immune response profiles elicited by the BNT162b2 vaccine in COVID-19 unexperienced and experienced individuals 2024-04, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110164 PMID:38417765	研究论文	本文对BNT162b2疫苗在COVID-19经历和未经历感染个体中的免疫反应进行了纵向分析	研究揭示了疫苗接种后免疫反应的动态变化，在经历自然感染与否的个体中有不同的克隆扩展模式。	研究可能未考虑其他因素如个体遗传背景和免疫系统的差异对免疫反应的影响	旨在分析BNT162b2疫苗在不同感染经历个体中的免疫反应	针对曾经历和未经历SARS-CoV-2感染的个体进行了免疫学分析	数字病理学	NA	CITE-seq, LIBRA-seq, VDJ-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
393	2024-08-07	Cannabidiol protects against acute aortic dissection by inhibiting macrophage infiltration and PMAIP1-induced vascular smooth muscle cell apoptosis 2024-Apr, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.02.006 PMID:38387723	研究论文	研究探讨了大麻二酚（CBD）对急性主动脉夹层（AAD）的保护作用及其机制	首次揭示了CBD通过抑制巨噬细胞浸润和PMAIP1诱导的血管平滑肌细胞凋亡来减轻AAD的进展	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证	探索CBD作为AAD治疗药物的潜在效果及其作用机制	急性主动脉夹层、巨噬细胞、血管平滑肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序	NA	RNA	包括人类和鼠类的AAD样本
394	2024-08-04	Bulk and single-cell RNA sequencing analysis with 101 machine learning combinations reveal neutrophil extracellular trap involvement in hepatic ischemia-reperfusion injury and early allograft dysfunction 2024-Apr-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111874 PMID:38493695	研究论文	本研究分析了中性粒细胞外网在肝脏缺血再灌注损伤及早期移植物功能障碍中的作用	新发现了两种明显的肝脏缺血再灌注损伤亚型，并建立了一种早期移植物功能障碍预测模型	研究主要依赖于公开数据库，可能存在数据选择偏倚的风险	综合分析肝脏缺血再灌注损伤中的中性粒细胞外网相关基因表达模式	肝脏缺血再灌注损伤相关样本及其基因表达模式	数字病理学	肝脏疾病	RNA-seq	NMF算法	基因表达数据	101个样本
395	2024-08-07	MGP+ and IDO1+ tumor-associated macrophages facilitate immunoresistance in breast cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Apr-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111818 PMID:38460300	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了31名接受PD-1免疫治疗的乳腺癌患者的肿瘤组织中髓系细胞的变化，揭示了MGP+和IDO1+肿瘤相关巨噬细胞在乳腺癌中的免疫抵抗机制	本研究发现了MGP TAMs和IDO1 TAMs在乳腺癌患者中影响免疫治疗效果的新机制，并提供了新的生物标志物以预测治疗反应和克服免疫治疗抵抗	NA	探讨乳腺癌患者在接受PD-1免疫治疗后肿瘤相关巨噬细胞的变化及其对免疫治疗效果的影响	乳腺癌患者的肿瘤组织中的髓系细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	31名乳腺癌患者
396	2024-08-07	Single cell transcriptome profiling of infrapatellar fat pad highlights the role of interstitial inflammatory fibroblasts in osteoarthritis 2024-Apr-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111888 PMID:38522139	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了髌下脂肪垫（IFP）的细胞异质性，揭示了间质炎症性成纤维细胞（iiFBs）在骨关节炎（OA）中的作用。	首次通过单细胞转录组测序揭示了髌下脂肪垫中间质炎症性成纤维细胞的特性和其在骨关节炎中的作用。	NA	探索髌下脂肪垫在骨关节炎发病机制中的作用，并识别潜在的治疗靶点。	髌下脂肪垫的细胞异质性及其在骨关节炎中的作用。	数字病理学	骨关节炎	单细胞和单核RNA测序	NA	转录组	10个髌下脂肪垫样本，包括5个来自骨关节炎患者和5个来自健康对照。
397	2024-08-05	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq identifies FBXO2 as a candidate biomarker associated with chemoresistance in HGSOC 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28490 PMID:38590858	研究论文	这项研究确定了FBXO2作为与HGSOC化疗抗药性相关的潜在生物标志物	首次通过结合单细胞RNA测序和整体RNA测序数据集识别出FBXO2在化疗抗药性中的作用	在体外验证中可能受限于细胞系的选择，临床适用性还有待进一步研究	研究HGSOC中与化疗抗药性相关的生物标志物	高等级浆液性卵巢癌患者的恶性上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	NA	转录组数据	8871个恶性上皮细胞
398	2024-08-07	Gene features of tumor-specific T cells relevant to immunotherapy, targeted therapy and chemotherapy in lung cancer 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28374 PMID:38590880	研究论文	本文通过单细胞RNA测序定义了肿瘤特异性T细胞（TSTs）及其特征（TSTGs），并应用LASSO回归筛选出与生存最相关的TSTGs，构建了肿瘤特异性T细胞评分（TSTS），以预测肺癌患者对免疫疗法、靶向疗法和化疗的反应。	本文创新性地通过单细胞RNA测序技术筛选出肿瘤特异性T细胞的特征基因，并构建了一个新的评分系统（TSTS），用于预测肺癌患者对不同治疗方式的反应。	NA	研究旨在寻找能够预测肺癌患者对免疫疗法、靶向疗法和化疗反应的生物标志物，以优化临床治疗选择。	肺癌患者的肿瘤特异性T细胞及其特征基因。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	NA
399	2024-08-07	Identification of fatty acids synthesis and metabolism-related gene signature and prediction of prognostic model in hepatocellular carcinoma 2024-Apr-07, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03306-4 PMID:38584256	研究论文	本研究通过分析基因表达综合数据库（GEO）、癌症基因组图谱（TCGA）和国际癌症基因组联盟（ICGC）的数据，识别了与肝细胞癌（HCC）中脂肪酸合成与代谢（FASM）相关的基因特征，并构建了预测预后模型。	本研究首次揭示了FASM相关基因特征在HCC中的分子特性、生理功能和临床预后价值，并通过一系列功能实验验证了FASM效应基因在促进肿瘤进展中的作用。	NA	旨在理解肝细胞癌中脂肪酸合成与代谢的异质性，并评估其对患者预后和治疗反应的影响。	肝细胞癌患者及其脂肪酸合成与代谢相关的基因特征。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	转录组数据	涉及来自GEO、TCGA和ICGC数据库的肝细胞癌患者数据
400	2024-08-07	Locally delivered hydrogels with controlled release of nanoscale exosomes promote cardiac repair after myocardial infarction 2024-Apr, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2024.02.035 PMID:38417558	研究论文	本文介绍了一种生物工程化的可注射透明质酸水凝胶，用于优化滋养层干细胞衍生外泌体的局部递送效率，以促进心肌梗塞后的心脏修复。	该水凝胶通过精心设计的超支化聚合物交联剂，增强了生物降解性和独特的控释能力，同时保留了纳米级外泌体的生物活性。	NA	旨在通过局部递送含有控释纳米级外泌体的水凝胶，促进心肌梗塞后的心脏修复。	研究对象为心肌梗塞后的心脏修复。	生物工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA